3C8NA

Crystal structure of apo-fgd1 from mycobacterium tuberculosis
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
347
structure length
343
Chain Sequence
HHHSSGLVPRGMELKLGYKASAEQFAPRELVELAVAAEAHGMDSATVSDHFQPWRHQGGHAPFSLSWMTAVGERTNRLLLGTSVLTPTFRYNPAVIAQAFATMGCLYPNRVFLGVGTGEALNEIATGYEGAWPEFKERFARLRESVGLMRQLWSDRVDFDGDYYRLKGASIYDVPDGGVPVYIAAGGPAVAKYAGRAGDGFICTSGKGEELYTEKLMPAVREGAAAADRSVDGIDKMIEIKISYDPDPELAMNNTRFWAPLSLTAEQKHSIDDPIEMEKAADALPIEQIAKRWIVASDPDEAVEKVGQYVTWGLNHLVFHAPGHDQRRFLELFQSDLAPRLRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase FGD1 involved in the activation of the anti-tuberculosis drug candidate PA-824 reveal the basis of coenzyme and substrate binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Probable F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase FG
molecule tags Oxidoreductase
source organism Mycobacterium tuberculosis
total genus 119
structure length 343
sequence length 347
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 1.1.98.2: Glucose-6-phosphate dehydrogenase (coenzyme-F420).
pdb deposition date 2008-02-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00296 Bac_luciferase Luciferase-like monooxygenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.30 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Luciferase-like domain 3c8nA00
1YW1A 3B9NA 1RHCA 1LUCA 3B4YA 1EZWA 1TVLA 3SDOA 3FGCA 2I7GA 4US5A 3RAOA 1XKJA 1LUCB 1F07A 4US5D 4J2PA 1BRLA 3FGCB 4UWMA 5DQPA 1FVPA 5AECA 3C8NA 1BRLB 2B81A 3B9OA 5LXEA 1NQKA 1NFPA 1Z69A 1M41A 1BSLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OA3A 1DHKA 2A7RA 3OYZA 2UY5A 2VZSA 4QQ3A 4J7RA 4KIEA 3QR0A 3RUBL 3TYAA 4Q6XA 4L56A 4YWSA 4GA8A 4MG4A 5F2IA 2AQWA 4A35A 2AGTA 1VFLA 2EAWA 2JGQA 1MZHA 2QJNA 4HYRA 2XVGA 4W5ZA 3UNTA 1C92A 3PBUA 5LA2A 3UFYA 4CNNA 4IT1A 1WKDA 1XLMA 3IVUA 3VIMA 4V15A 4FNPA 3TTEA 2B7QA 1X98A 1B3WA 3IUDA 4A21A 2ESCA 4E5TA 3SFKA 5F2LA 3TTQA 2CLLA 2X1SA 4CNPA 3PAJA 3MYOA 1YNYA 4Q8OA 4OKDA 4DF2A 1TJRA 2X1TA 1WZMA 4CUCA 1E40A 1GJWA 1V7AA 1JUBA 1QNOA 1SVDA 4M56A 4FLQA 3IEBA 1AJZA 1XDMA 3WYZA 3VMOA 4NX0A 3A5VA 2G4JA 3B0VC 2BV9A 4F40A 4LVDA 3BAWA 1AA1B 4NAEA 3UA4A 3KOYA 3QV9A 4E2VA 2V3EA 2IKGA 1OGBA 3WLNA 1JZ6A 1S2VA 1VENA 2DVUA 1V6XA 4YN5A 3DKLA 5TNVA 1Y5VA 1TPVA 1P7TB 4WGXA 1JCTA 3LQLA 5D05A 5BXRA 5GNXA 1YIXA 1LBMA 4UQBA 4FEZA 3DKJA 4GJIA 1EOKA 4IWWA 2Y8VA 4R9OA 3WUGA 1EYWA 3HZ3A 1BKSA 3QSRA 1W2PA 3P3BA 1B9BA 4WR3A 2WMFA 1WE5A 1W9VA 2WKGA 5FF7A 2EG8A 3INPA 1MFVA 4H9VA 1TWDA 4Z2JA 4LF1A 3BPWA 2QUVA 1MUWA 2FB2A 3UPMA 2WMKA 3HV9A 4S3AA 5A6MA 2FH8A 3H2FA 4DI8A 3FVMA 3W28A 2QF7A 1TVNA 2I5GA 4QLJA 4P8UA 3KCLA 1A5BA 3N13A 3WMBA 3LCXA 1SSGA 1NP2A 2GQ9A 2V67A 4A8NA 1R2TA 4Q8WA 3ZVHB 1H5VA 3DUGA 1XYLA 2EGZA 1DWJM 2VWTA 1O68A 2I9UA 1Y5XA 1DJIA 4A8RA 4MKNA 4D6EA 3CUFA 1EBHA 3OQ8A 3WJZA 3BANA 1XPYA 1SSDA 2WCGA 4JTEA 3TJXA 3R8GA 2WO5A 2CHOA 2FGZA 3S3GA 3RG6A 3AISA 5D32A 3K8KA 2G3FA 1GHRA 1SO6A 2V2CA 3KBVA 4ZXLA 2OWWA 4H8HA 2WMGA 1F05A 4CN6A 2E8YA 1KC7A 4S3DA 2ZXDA 1ONEA 4V28A 4DZAA 4JCMA 3QZEA 2BG5A 3ARPA 4DUWA 2ZRXA 4YTQA 2CKRA 2VR5A 1R0MA 1SO3A 3R25A 4HB7A 4RJEA 3C3UA 3V3WA 3VAVA 2Z2UA 4GFIA 1SFSA 2C91A 1Q45A 4IMGA 1TIMA 3GK0A 4C90A 4GIAA 4EF9A 2XTKA 3GVVA 2P88A 3LBCA 1PKYA 1JAEA 1UWIA 4MUPA 2UY4A 4MNJA 3F4CA 4KQNA 3DFPA 1QOXA 1S5NA 4D6HA 3C2FA 4PBEA 4BFAA 2V3GA 3ENLA 4DJDA 4RE4A 4LU0A 1NWSA 4UTWA 3W0KA 3T55A 2ZA2A 3KWSA 3SAZA 2OG9A 1EA9C 2GPTA 3CIXA 1JPIA 2WMHA 3VA8A 1JGMA 2F7FA 1KCXA 5JUVA 3ANVA 1UH2A 2IPFA 3G1SA 4O15A 4WRHA 4CQDA 1EL3A 4GI6A 1S3HA 1IR1A 4R9XA 2FZ8A 6REQB 2J9ZA 1N8IA 2XVKA 1L2UA 3WIJA 5A8PA 4ML4A 3VX0A 1AH4A 4RZ6A 3RAOA 4S1FA 3CAKA 1N55A 1XLAA 3U5YA 1SZNA 5I07A 4C6NA 2HCVA 4CNOA 4WK9A 4C6QA 1VHCA 2JIWA 6A3HA 5F4SA 4DWDA 2ZX6A 4U28A 4LEQA 4YHGA 3LMZA 4XAPA 1D3GA 2AL2A 1K70A 3T0DA 1KTBA 1GJPA 3U7VA 1OD0A 1I6NA 3THAA 4L9ZA 1OK6A 4JNZA 2Z7GA 5EB8A 4I5RA 2NVAA 3EKGA 4JS3A 1T96A 2ZBTA 3ZT6A 2ICSA 2OSXA 2OXNA 3HG4A 1BQGA 4W84A 3NO1A 1C8YA 5HUOA 4YU1A 2XG9A 4J40A 1TV3A 4UTTA 2EPOA 4RR4A 4QR6A 1D8WA 1K7XA 4NZ5A 4MVAA 1NOWA 2VC5A 3B8IA 3N17A 1JFXA 3KDNA 4C6EA 3RPDA 2YL8A 1A3XA 1FWIC 2H9AB 2QMKA 1AH0A 4JFVA 4C6KA 1IF2A 4QCFA 3MV11 1VH7A 5GNZA 4Q8NA 4UFKA 3AI0A 3LEPA 4RPPA 4MMWA 2GVEA 3WDIA 4IF2A 5G4EA 1C29A 2ZVRA 1PYMA 1CB7B 3BJFA 5BOFA 2EQDA 2HJPA 4GG9A 2F38A 1U5VA 4MSSA 3VVGA 2ZUSA 4DAIA 2BS9A 3NYDA 2YDRA 2X2YA 4MWAC 4B5TA 1XM3A 1A4MA 5EBUA 1OYCA 4W5UA 2XU2A 3CV2A 2GK1B 2PURA 1C9WA 3S4TA 2NV2A 4S3JA 3NJ3A 3ONBA 2ZXBA 1I4NA 4LXFA 1TCMA 3FEQA 1DJQA 4GKTA 4DXVA 5EMJA 4Q4SA 1W3HA 3GFYA 2WBGA 5D03A 1SMDA 4B5UA 3LTYA 2CLHA 1KBIA 4UQCA 3PC0A 2DVXA 3VC6A 2FJKA 3GU9A 1LUCB 5A6BA 1RP9A 4XO7A 4ZB0A 1RLCL 3QHMA 1EJUC 3ZR5A 3CQIA 4ZE4A 3MS8A 2DUZA 1XICA 1U5JA 4ADSA 3VD4A 4FXRA 2BMBA 2PDJA 1N7KA 4XO6A 1OWQA 5LNSA 3PG8A 2C6QA 4KWOA 1V3MA 4ZOBA 1KD0A 1R86A 4MAZA 3UXLA 1O66A 3IRDA 3H7UA 3WH8A 1CXEA 4RZBA 2VC9A 3EWBX 1O5QA 2PTXA 3CIVA 4D6GA 4GUIA 2YL6A 5FF0A 1EC8A 2FH6A 3GTFA 5K4XA 1V3HA 4JL2A 1PCWA 2D2GA 1JYNA 1TZ7A 9CGTA 3TNBA 3TC6A 1ICSA 1VYSX 4LWWA 4OVXA 4UR7A 4JFWA 3KVJA 3LI0A 3DHFA 4DZHA 3N15A 3U4FA 1M04A 2FZ9A 2W61A 1R5YA 5C0QA 4V2XA 3GVGA 1J12A 4QDPA 3EXSA 3RPTA 5FAJA 3B4UA 5E0KA 3SRFA 2FDMA 3CNYA 1LWHA 4W89A 2R91A 2GOKA 1RY0A 3O6DA 3DGRA 3RK8A 3SW6A 4K1GA 4H04A 3WLTA 3P7YA 3OGVA 3LNPA 3WQGA 1ISYA 4UZUA 3WNOA 4FO4A 1E3ZA 1VPXA 1UP0A 2CBUA 3LCIA 3SIZA 3WUEA 2OWCA 3VCNA 4O0KA 3MSRA 1X96A 1PWLA 1NOFA 1XIDA 4JTDA 4AAJA 4M19A 2RFGA 4OV9A 3CU2A 3VINA 4JFUA 1QWKA 3BICA 2RHGA 3TA6A 1XL9A 1AZ2A 1SR9A 3PPCA 1XLLA 3BH4A 3A3WA 4C6LA 1XRTA 3EEGA 1B3YA 2A3EA 4J2MA 1G7UA 4JTHA 3QMTA 4GVGA 4E8CA 2QDEA 3V4BA 2OOGA 4GC3A 5T26A 1B54A 5T9CE 4EIVA 1EJSC 2CLKA 1PWMA 4PSRA 2GJRA 3LERA 1DBTA 2WVTA 1BSIA 4RZ5A 3UESA 5DRCA 4IQDA 5FJIA 3F1QA 2NWRA 3W2UA 1RBLA 3FW6A 3AXKA 4Z1BA 2YXGA 1HQTA 2V3DA 2OLAA 3S42A 4LBRA 4OOUA 3VOHA 2HISA 3RDKA 4ONVA 4E2BA 3OLIA 3PPHA 3V35A 3CAQA 4I9AA 2HPIA 2VMFA 5G2IA 3SUWA 1NFPA 3M5ZA 4R7OA 3TSMA 4F4RA 4YLWA 2X7WA 1XYAA 3N6QA 1DJWA 4EPEC 4DX3A 2X7VA 4IP5A 3QHOA 4IMAA 2VFEA 4F2UA 4IGNA 4O10A 1SZEA 4PL1A 4LX4A 4TIMA 3GVQA 4LTSA 4D1JA 3WL0A 3I3EA 4RV8A 3NUKA 3REQB 1YNQA 2A0NA 1E6XM 2H3DA 1XLEA 2PB1A 3TAOA 4JY9A 1MQQA 4GYKA 4Z42C 1EQCA 1CGWA 3A22A 3LPPA 4ECLA 1W54A 1GT8A 3JZUA 3U6WA 1X39A 4GXWA 1GNXA 3GQYA 1JYWA 3GH4A 4Q8MA 5KEZA 2I16A 3WF3A 4JNYA 3AYSA 1E43A 1L9WA 4FNTA 4EPDC 1XIJA 2VI0A 3C2RA 2CC0A 2QCDA 2P53A 2ZA1A 3JS3A 3BO9A 1VEOA 2LLEA 4JNMA 1R9YA 1W9UA 3MANA 4W85A 1SMAA 5IXEA 1DJGA 2DSWA 1KRMA 1TIWA 5I77A 2V2DA 4JAWA 1E0VA 2PCEA 3N29A 3W7JA 3FGCB 1LRNA 1YPXA 3WQ8A 4RNIA 3W7GA 1E1EA 4AIEA 3S5SA 4GMEA 3IJDA 3M0XA 3AXHA 4JTKA 4NILA 5I78A 2CZEA 1EZWA 3P74A 3AMLA 1VYRA 2FTWA 3H23A 1RVKA 1RJRA 5A8NA 5IHRA 1KFBA 3FVDA 4H4IA 4IOTA 4W8BA 3EWDA 3P14A 4YWIA 4WOQA 3UG8A 3WD0A 4CVWA 1LYXA 2QCNA 3QXBA 3G1XA 2J7BA 2EG6A 3PJTA 4XZNX 4ZENA 4B16A 3TYEA 4I9MA 3MC5A 2OU4A 4K8HA 3CZLA 4AZBA 3G6MA 4ZA0A 5CGMA 4AIUA 1PIFA 5M3WA 1G9HA 3MSYA 1LLOA 1EUNA 4NYYA 2IPWA 3S2JA 3P81A 4KW2A 3H2EA 4Q4QA 4PMZA 3SO7A 4N02A 1HJWA 4LUTB 4JTSA 3DI1A 5BU6A 3R8HA 3UZZA 5H2ZA 4ILSA 2VZVA 1TPUA 3NG3A 3P8IA 4LFYA 3G1FA 3S1UA 2IQDA 1IEXA 4YTTA 1IEVA 1PJ9A 4MPQA 5AB3A 1IEWA 3LPOA 3F4VA 1TV2A 3EX2A 3W24A 1VPQA 4IGHA 4Y2WA 4UQEA 1KBBA 4LUIA 3EMQA 3GXPA 3WEMA 1SYTA 4CD6A 4X61A 1FRBA 1OFBA 1K3UA 2QW5A 1YTDA 1X7FA 1B90A 4IQLA 2VVSA 3VMNA 5E9XA 1UH4A 1EF3A 4ZVJA 1R87A 2DW7A 3HPAA 4XAFA 4PMVA 3TN4A 3L65A 4MB3A 1US3A 3PY2A 4DPPA 1K02A 4B5XA 4HQVA 4F2TA 3TWBA 1SW0A 2HE8A 3AICA 3NM1A 3AHXA 2V69A 1OVDA 2V2HA 3FA4A 4TX9A 1CIUA 1IGSA 1E15A 3BSHA 1VLIA 1SGJA 3TUUA 1ZSXA 5I03A 1OM0A 4DRSA 3S9ZA 2WMIA 4FP1A 5CJ5A 4GWEA 5HR6A 1BVNP 2AMXA 3GDKA 4HPGA 3N9RA 4YVVA 1V3LA 2ALRA 4OE7A 2MNRA 1GOMA 2Z1SA 2FPYA 2WJEA 3E38A 4K39A 5I3HA 4NASA 3A5FA 3AALA 5DT5A 1JQVA 2Y7DA 1EX5A 3SRDA 1TUFA 1C7TA 1E3XA 2IXUA 4OECA 4A2RA 2Y5JA 1U30A 1A5OC 3WQ4A 1TWSA 4JX6A 1CGYA 2NXIA 3C0LA 4HA4A 3DFSA 2V6AA 1ML1A 3O06A 3WLLA 4W7UA 1U5HA 1P1MA 2PEVA 1HXJA 4Y90A 1TFVA 3N9SA 3IAPA 1E4NA 4BCEA 4AIBA 1L6SA 1MXSA 1KRBC 2FHFA 5I0DA 2XSAA 3WEZA 2YPIA 3FS2A 3I4KA 1C8VA 4WIWA 4LUJA 5I02A 1K6WA 3MI6A 2DH2A 4MFEA 4D8AA 1EDQA 2Z2AA 2VGIA 1J6PA 3B0PA 2ODOA 2HXTA 3L4YA 2VFHA 1SPQA 4AUBA 3N2CA 5AHIA 2UZ9A 4X9YA 1BF2A 1RQEA 3RRXA 5TQLA 3VOCA 4XD6A 3NOEA 3HB9A 4MNLA 3OW1A 3T2OA 3KZSA 4NG3A 4RNFA 3NDZA 1GEHA 1GHSA 1CX9A 3VGDA 3GS6A 1XCWA 3CMFA 4JD4A 1K4HA 1KWGA 2QJHA 4OBTA 3CZJA 1ZJAA 1V77A 3JUGA 1F61A 4DZIA 3IUIA 2G5WA 2G0WA 3R89A 1P7TA 4GO8A 1M7PA 3DC0A 1VYPX 5I24A 2YCKX 3GB6A 4LAUA 1E0TA 4HA3A 8XIMA 4CCDA 1W3TA 3MP4A 2A4AA 5G1MA 2CNCA 3LSBA 4PRRA 3BVJA 1MO0A 1EJWC 3HMCA 3LG3A 4X0NA 3C2OA 5C55A 5KSWA 4YTUA 3V0UA 2Q8XA 1PTAA 2X0YA 1TSIA 1A3WA 3CHDA 3MT1A 3V0SA 4N7QA 2XFWA 1DE5A 4FHAA 3WLSA 1MW2A 3ARXA 2XFYA 1MVYA 4NKCA 3L67A 3N73A 2WCSA 5AFDA 8TIMA 2BASA 2ZUWA 5CXPA 1GVOA 3L12A 3RJXA 2XFRA 1CW2A 2P3ZA 3RITA 4UUIA 3CK5A 3WBXA 4NUWA 3IWPA 3TZNA 1WZLA 3MPGA 3VDGA 3ZVHA 3OZPA 4BA0A 1NJJA 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