3CB8A

4fe-4s-pyruvate formate-lyase activating enzyme in complex with adomet and a peptide substrate
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
244
structure length
244
Chain Sequence
VIGRIHSFESCGTVDGPGIRFITFFQGCLMRCLYCHNRDTWDTHGGKEVTVEDLMKEVVTYRHFMNASGGGVTASGGEAILQAEFVRDWFRACKKEGIHTCLDTNGFVRRYDPVIDELLEVTDLVMLDLKQMNDEIHQNLVGVSNHRTLEFAKYLANKNVKVWIRYVVVPGWSDDDDSAHRLGEFTRDMGNVEKIELLPYHELGKHKWVAMGEEYKLDGVKPPKKETMERVKGILEQYGHKVMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for glycyl radical formation by pyruvate formate-lyase activating enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pyruvate formate-lyase 1-activating enzyme
molecule tags Oxidoreductase
source organism Escherichia coli
total genus 82
structure length 244
sequence length 244
ec nomenclature ec 1.97.1.4: [Formate-C-acetyltransferase]-activating enzyme.
pdb deposition date 2008-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
A PF13353 Fer4_12 4Fe-4S single cluster domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3cb8A00
4KFNA 5FF2A 2DJLA 4EF9A 1R47A 1FCVA 1OFBA 3UYCA 4FX7A 1KM5A 4RR4A 1KTNA 4FB7A 2YW3A 5HWNA 3P82A 5F2GA 4S2CA 1LOLA 5FEPA 5LGXA 2CLIA 2B7PA 2VELA 1I2RA 4UTLA 2ATSA 1D3GA 3TV8A 4EF8A 3EB2A 3UWQA 4Z1BA 4I7WA 3L65A 1YTKA 4ADSA 1QPQA 4ZQMA 3NZ1A 3GVGA 1A5AA 3TQVA 1FUYA 1LDCA 3P5YA 5I3FA 2NWRA 3P7YA 2FLIA 3QMRA 3PSVA 2NXGA 3LCWA 2ALDA 4DF1A 4KFPA 3Q2DA 4MZ8A 2PRLA 1OK4A 3P74A 3S1VA 3THQA 3UQNA 1W37A 3MBDA 3LBCA 3FYPA 4BK9A 1EPXA 4IXXA 1IXOA 2ZRZA 2NUWA 5AHIA 4UTTA 4JYDA 1NAL1 5CPLA 1LBFA 4L4MA 2B4GA 2E6YA 3EWYA 4ZMGA 2FTPA 3CPRA 3HPSA 1KLZA 2BX7A 2QUTA 1ALDA 3N34A 3SI9A 3AJXA 1PVNA 1EWDA 5LKYA 1W3NA 4R33A 3W73A 4GUFA 1KFBA 3LRLA 5J5RA 5D2YA 1OFQA 5AHNA 1H5YA 3P8JA 5D30A 2FDSA 4MJMA 4MLRA 3QPZA 4CNNA 4JTGA 1DORA 1XXXA 5F4WA 2ZRVA 2UV8G 1MEIA 3TSDA 1I2PA 3RNDA 5CPOA 3LERA 5DN1A 3BW2A 1IF2A 2FPYA 3DI0A 5K9XA 2Y62A 4WY0A 3QW4B 5J5DA 1NEYA 2R94A 1Q6QA 1RR2A 5IM51 1X7FA 1HG3A 4HPXA 3IVSA 5TBOA 1K03A 1G6CA 5LNRA 1ME7A 1OFEA 3EKZA 3UPBA 1G4PA 2J27A 1ZENA 1SQ7A 3C61A 3UD6A 3NA8A 2B7NA 5G2HA 3KHJA 1FCQA 1YDOA 1G67A 1N8FA 3JRKA 3USBA 3IVUA 5KMYA 4IPIA 1ZFJA 3UNDA 3LRMA 4IOTA 4EWND 2A2IA 1GJPA 3TX9A 4BWLA 3BV4A 3FKRA 3MP5A 3GK0A 1DJNA 3GNDA 1XUUA 3G1AA 2OCZA 3P5ZA 4DPQA 2V2HA 4EVZA 4AHOA 1L9WA 1NSJA 4UFKA 4LC8A 1EP2A 2A6LA 5D2VA 3TCEA 4IXHA 3DHFA 2QCGA 4Y90A 1TV7A 5F1VA 4O4WA 4WXYA 5LSMA 2VFDA 4UTWC 1R46A 1F76A 1TV5A 2FJKA 1OYBA 2VXNA 1QWGA 3AO0A 3MMTA 3O6YX 3MUXA 4MJZA 3W85A 3RU6A 3S1XA 4IGHA 3MYOA 2FB3A 1SFJA 1UJPA 5HUPA 2J6XA 3WJYA 3QMTA 4I7UA 4RZ5A 4ZQCA 1W0MA 3W7LA 4MIMA 3P8IA 2H8ZA 1KM3A 1ZCOA 1Q45A 2E6DA 4Z08A 3W6YA 3EXTA 3BLFA 2JKPA 4FHAA 1XKYA 3C2VA 1P1XA 3KFTA 4YCPA 1BWKA 4M7TA 3PUDA 1XBXA 4UNKA 1YXCA 4BFAA 5LZLA 2NX9A 4C1LA 7TIMA 1W5OA 3P80A 3G3DA 4CLMA 3HGSA 1VGAA 5TIMA 3W7KA 1H61A 5D04C 2EGZA 3A21A 3TUUA 3NPXA 1GEQA 4QM1A 3LRKA 1NFBA 1XBVA 4TIMA 4JTKA 2ZRUA 4UUIA 3CTLA 1SSGA 1FCBA 3G8EA 3GIYA 3GDTA 4FNRA 3HO8A 3W74A 1W5QA 4KKXA 3LB0A 3GAKA 4YL2A 3T55A 3TA6A 2VFIA 1M7OA 3TW7A 1AMKA 4JDYA 3WK2A 3UZJA 4AHPA 1H7RA 2CWNA 2X1SA 2DZSA 4FNUA 2Q8ZA 4O53A 2EPHA 3ABQA 3F1QA 5D33A 4A2RA 4RCXA 3E49A 1FWWA 2CFFA 3L2IA 4O57A 1BWLA 3NQEA 5CZSA 3NQ7A 5AB3A 3HG3A 1MXSA 3F4NA 1KW1A 2DZUA 3EWBX 1OABA 2QDHA 3PAJA 3W07A 3C52A 3KRUA 5K9CA 4GFSA 1A50A 1PL9A 4FF7A 3B05A 4QAIA 3I7RA 4RXFA 4JIPA 1Q6RA 5MHBA 1JCXA 1CI1A 4JX5A 2OT0A 1C8VA 1X6UA 4ZQPA 4LRSA 1VS1A 3VE7A 2JKEA 1XDLA 1OFDA 2E1DA 1O4UA 5AHFA 3W7EA 1VLIA 1B3OA 4K39A 2A21A 4MY1A 4JR5A 4DBEA 3FFSA 1DQWA 1F2JA 3SW6A 1SO3A 2E77A 2E6FA 4AMAA 4I9AA 1BKSA 3PR2A 3PUEA 3IIZA 2Y89A 4BI7A 1NVMA 2VC6A 2H8XA 2WQPA 3DKJA 2P1FA 2EKCA 1SZNA 1KM4A 3EWWA 3TXVA 5F4XA 4DF0A 3E0IA 4BI6A 2GQ8A 5AOUA 3CIXA 2DZPA 3UXAA 1OX5A 2PRMA 4HSNA 4NZFA 1KFJA 3NL6A 3BW4A 5IBXC 1LBLA 3STEA 3W2LA 4O17A 3A22A 3NXFA 1WXJA 3P84A 1H63A 1SR9A 2A1YA 4AH7A 1QO2A 4LVGA 4UFIA 4HNNA 3THAA 3VNDA 3QRHA 4O15A 3W7CA 1SPQA 1TQJA 3KAOA 1WYIA 1EWEA 2QKFA 1H60A 1LP6A 1FY6A 3LBMA 3W1RA 3NQCA 1P0KA 2ABBA 1FXPA 2O7QA 2AGKA 2BLEA 4JTIA 1GWJA 4LUJA 3EX4A 3EXSA 1ONRA 3SGUA 3LLDA 1AW5A 1JRCA 2Z6JA 3G0XA 2VFHA 3M5YA 2NXHA 3RK8A 1J5TA 3UPWA 2WV8A 2ATMA 4Z1AA 2OT1A 2WNZA 2O7SA 4IPJA 4BF9A 4R34A 3QFEA 5D09A 5K7JA 1ICPA 3HGJA 1SU5A 3WJXA 3L0KA 4C1KA 1LLWA 4WXZA 1RPXA 2AAMA 1ME8A 3W2MA 1JUEA 1F74A 1H7NA 3PBYA 4AWUA 4WOQA 5DXYA 2OJPA 2J24A 1W3IA 3N9SA 1K02A 4ZQOA 4JEQA 1TPUA 4TMBA 3L66A 3C0JA 1CW2A 1VZWA 4M6PA 4LRTA 2Y70A 4CQ9A 4WY0B 5D2WA 1EA0A 2W6RA 2WSRA 2BWGA 1ML1A 1KFEA 3O15A 4MKNA 2Y6ZA 3MI3A 4QSHA 5HMSA 3W1AA 4TU1A 3KXQA 2QR6A 1JQVA 4JY9A 3DH7A 8TIMA 1MSSA 5FI8A 4LUIA 4U4MA 1K7XA 3UY8A 4CNOA 3T78A 4QIUA 4UTTC 3FLUA 1G7UA 1ZAJA 3G1DA 4ML9A 4AEOA 3IRDA 3LHVA 4MY9A 1F73A 1HL2A 4JNMA 2PURA 3N2MA 2YPIA 4JTSA 4S2BA 5EY5A 1WOBA 4O1DA 2CZEA 1OG0A 3NEVA 4ICNA 3E02A 3EX6A 5DXXA 3UWYA 1WQ5A 4N02A 2B0MA 1YDVA 4L4LA 4MYXA 4HHPA 3P81A 5FF0A 4PCFA 3IEBA 3L5MA 1TPH1 2AQWA 1OF6A 4S1FA 2RDWA 1GQNA 3N14A 1GG0A 2KZHA 1YDNA 3C3NA 3S6DA 3LCLA 2TYSA 1YTDA 4GUIA 1IIHA 4K7YA 3O6CA 3HBLA 1L6YA 1I8JA 1KFLA 1UB3A 4JDBA 3W7DA 3LLFA 4NJKA 2VEPA 1DV7A 2DORA 3DENA 2JKAA 3H54A 4RLIA 1VYSX 1Q6LA 2YZRA 3HMJG 4Q33A 2X16A 1HUVA 4GRSA 3BW3A 3WK3A 4ALDA 3NQGA 5CZTA 2GJLA 3TSBA 2FPTA 4K37A 4YWIA 1WOAA 3G1VA 3F03K 2WNNA 1NF0A 4BWLC 1ZNNA 2P0OA 1QMLA 1GTHA 4XKYA 3ABSA 1H7XA 4DF2A 3O1NA 2WSQA 3NM3A 1LZOA 1VH7A 4DO4A 4O1CA 2NZLA 3SIZA 5D2TA 2CLFA 5FEXA 3TIMA 5LNSA 1SZGA 1TRIA 2V30A 1U5JA 1FXQA 4Z0JA 1YXYA 1JCYA 3I6RA 1ADOA 1A5CA 3WK0A 2I9EA 2TPSA 3INPA 1KTCA 2YCEA 5AC8A 5H2ZA 4CCEA 5CSRA 3W76A 1A53A 3L9CA 5K2ZA 4LV4A 3GKFA 4N6FA 4NU7A 3UWZA 1UBSA 1FWRA 5TQLA 1ME9A 3A9IA 4RXGA 4RJEA 3P62A 3S5YA 5AN7A 3TE9A 3RF9A 3G1HA 1JJKA 1I2NA 2ISSA 1V7YA 4O28A 5EYWA 1R2RA 1JR1A 3SY5A 4HPJA 4UTJA 3L68A 4JTHA 4O0KA 1GPWA 2Z2UA 3STCA 1G4EA 3T7VA 4OV9A 1JCLA 1PE1A 1P5BA 4HSOA 4H6KA 4Y6GA 2QJIA 2VEKA 4NJGA 3I65A 1L6WA 3UZ5A 4JX4A 5CPNA 1EB3A 4GWEA 2H3DA 4ORIA 3R5EA 2GVLA 2PE4A 1GYLA 3GNNA 4M6QA 1OF8A 2V81A 1ICQA 1UUMA 4QISA 1HO4A 2GPTA 4O16A 2G95A 4UTMA 3M44A 4O19A 5BNKA 3GXNA 4P61A 1AK5A 3WJSA 3W72A 1YXDA 4YCOA 1TTJA 3I7QA 3LGEA 4NX5A 4DQWA 1TCDA 4DO6A 1RVGA 1D9EA 3LX9A 3DHDA 4IQLA 3S0CA 1KV8A 3SZ8A 4LS1A 4NVTA 4PODA 2QF7A 5KZDA 4PC8A 4UFJA 5AFDA 3IGXA 4FNTA 3PC0A 4LNYA 1K8YA 1VHNA 3HGRA 4X2RA 1OX4A 3TW6A 4YLWA 1N55A 1JCMP 1S5TA 3G24A 5CSSA 2F7FA 1K8ZA 1FCUA 4FX6M 3W83A 3TSMA 3W3OA 3GDKA 4NXKA 4O52A 2QCCA 3PY2A 4JTUA 2GQAA 3A5FA 1AW1A 3LCGA 3QMSA 2R8WA 4JYFA 3TH6A 3C2OA 4AXKA 3ZFHA 4E38A 1IXPA 3R13A 1F7BA 3PSWA 2X2GA 3S5ZA 2J9XA 3FJLA 4W9TA 4Y96A 1KV5A 4IJBA 5D02A 1H1YA 3LOTA 1GVQA 3W70A 3W23A 2G96A 1XCFA 1OYAA 2FPVA 3FEMA 3TAOA 3CM4A 2A7NA 2VEIA 3CLMA 5I3HA 3O06A 1KM2A 2HTMA 5EKYA 2ZCGA 1SUXA 3DZ1A 3GYEA 1VJIA 3HIJA 3IIOA 3LHTA 3B0PA 1THFD 1A5BA 5K3VA 3BGGA 4AF0A 4H3DA 5EMUA 4RKAA 2V9DA 5AC7A 3O6DA 3CQ0A 4UFHA 5HUOA 2WO5A 1K7FA 5D38A 3KRSA 3W9ZA 3LXCA 2VFEA 4NT0A 1JULA 2CLKA 1M6JA 2RDUA 5C54A 4NQ1A 3B0UX 4A2SA 2DZVA 3K30A 4E0CA 2DZWA 2C0AA 3BARA 3RLUA 1SZEA 3TKFA 4N9CA 1KFKA 1FWNA 2LLEA 3IIVA 2Y7FA 1ZAIA 4JXCA 4MYAA 1GOXA 3OIXA 3STFA 1TPB1 2VEMA 4A3UA 4HNVA 2E5CA 2PRHA 4ORMA 2WPBA 1U83A 1KM1A 3W2KA 1A5SA 2QUVA 4O10A 4ZL1A 1QCWA 3W7JA 3QSTA 1O5XA 5G1TA 2XN2A 2DZTA 2ZTJA 4GUJA 4DPPA 1D3HA 3W75A 1TIMA 5SWUA 4WOZA 4GE8A 2E6AA 2A5HA 2E68A 1T99A 3R89A 2H3BA 3GR7A 1W56A 3GDMA 1QPOA 4QNEA 5C6MA 4JY8A 3HB9A 3L5AA 4FEZA 3V75A 1LROA 2B7OA 1LLZA 3EWXA 5BOOA 2YX0A 4P2VA 4UC5A 2DZXA 3HG4A 4DO5A 3S1WA 1TPC1 3OVPA 3NVTA 3Q58A 6TIMA 1F5ZA 3NQMA 1DKWA 1I45A 1VQTA 1Z41A 5LHEA 3FOKA 3PBWA 2DP3A 4WJEA 3C2EA 1LRNA 5HJLA 1PHWA 3IGSA 2VKZG 1VR6A 2QCDA 4EOUA 3NQ2A 3FIGA 2Y7DA 4N2YA 1O5KA 2I14A 1PHQA 3C4UA 4FXRA 5I3GA 2HSAA 4LOCA 1KTBA 3KVLA 4XUGA 1IXNA 4O0ZA 3L21A 4FIQA 2F84A 1T8XA 2X1UA 2OMAA 3RMJA 4A29A 1H1ZA 3LCHA 5EL1A 2WOQA 5AYYA 2YW4A 4LVBA 5DY2A 1QOQA 4TO8A 5HWMA 1T96A 1T0OA 1TTQA 3W2NA 3A5VA 4JTJA 5EBUA 2WSYA 4HNUA 3W1LA 2NX3A 1K7EA 3TQKA 3HF3A 4UR7A 2X30A 5G1YA 1M5WA 1JUKA 4R53A 3G1SA 1VPXA 1TPDA 2GOUA 2X1TA 3DU0A 4ZQNA 2X1RA 2YGYA 3B4UA 3ELFA 3STGA 3G1FA 4CNPA 1MEHA 4RK8A 1TPWA 3GXPA 3TC6A 3DBPA 3NZRA 3QQ0A 1DOSA 3LHYA 3GZ3A 3MO7A 1LRQA 3B8DA 1BTMA 3NR0A 2ZQ0A 1XC4A 3QH2A 1QFEA 1OHLA 2YXGA 3H55A 1RQBA 3T4CA 5DBTA 3EWZA 4IUOA 3W7PA 4MUZA 1ZAHA 5LNUA 2VOMA 4UFLA 3NPVA 1JCNA 5G2IA 4IMCA 5K9DA 1H7PA 1TTIA 2A6NA 2E5DA 3B0VC 3HPZA 3S42A 3TU9A 1X1ZA 4LY8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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