3CBWA

Crystal structure of the ydht protein from bacillus subtilis
Total Genus 125

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
336
structure length
336
Chain Sequence
HTVSPVNPNAQQTTKTVMNWLAHLPNRTENRVLSGAFGGYSHDTFSMAEADRIRSATGQSPAIYGCDYARGWLETANIEDSIDVSCNGDLMSYWKNGGIPQISLHLANPAFQSGHFKTPITNDQYKKILDSSTVEGKRLNAMLSKIADGLQELENQGVPVLFRPLHEMNGEWFWWGLTSYNQKDNERISLYKQLYKKIYHYMTDTRGLDHLIWVYSPDANRDFKTDFYPGASYVDIVGLDAYFQDAYSINGYDQLTALNKPFAFTEVGPQTANGSFDYSLFINAIKQKYPKTIYFLAWNDEWSAAVNKGASALYHDSWTLNKGEIWNGDSLTPIVE
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTIV8 (234-237)TI1 (33-36)TVIII5 (295-298)AH1 (38-49)TIV3 (67-70)AH2 (73-83)3H1 (50-52)S2 (61-66)S1 (58-59)S9 (318-323)S3 (89-93)TIV2 (66-69)TVIII2 (101-104)3H2 (104-107)TVIII1 (87-90)AH3 (112-122)TIV4 (68-71)O1 (92-112)TI2 (96-99)AH5 (160-182)TIV5 (135-138)S4 (125-129)S5 (186-188)TI3 (134-137)TI4 (141-144)AH4 (148-155)TII1 (205-208)S6 (237-241)S7 (262-269)TIV6 (189-192)TI6 (193-196)TI8 (230-233)AH6 (211-230)TI10 (249-252)TI14 (257-260)TVIII3 (269-272)TI16 (272-275)TI9 (244-247)S8 (288-295)AH7 (278-283)TI12 (251-254)TI13 (256-259)AH8 (304-315)TI15 (271-274)3H3 (326-328)3H4 (330-332)AH9 (336-341)TII2 (333-336)TI17 (315-318)TIV1 (31-34)TIV7 (191-194)TI7 (199-202)TI11 (250-253)TI5 (156-159)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Structural genomics, unknown function
source organism Bacillus subtilis
publication title Crystal structure of the YdhT protein from Bacillus subtilis.
rcsb
molecule keywords YdhT protein
total genus 125
structure length 336
sequence length 336
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.78: Mannan endo-1,4-beta-mannosidase.
pdb deposition date 2008-02-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02156 Glyco_hydro_26 Glycosyl hydrolase family 26
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3cbwA00
1WNOA 2CKSA 1U30A 3GTNA 4F66A 3QHNA 5A2CA 5CLTA 4D72A 1OGBA 3B8SA 3BAKA 1NQ6A 1HJQA 3VX1A 1JNEA 3UESA 3CUHA 2JEQA 2Y5EA 3L4XA 3OG2A 4JL1A 4H8HA 4L4OA 3VVGA 3T0BA 1XCXA 4BQ3A 4MDOA 1D7FA 1B3WA 1W9PA 1EO5A 1GQKA 1LG2A 3WDQA 2IXUA 5GQBA 4AMCA 4D6JA 3A6OA 1R86A 3VDCA 4LPCA 1NOUA 4CD4A 2XSBA 3VIJA 1KGXA 1RP8A 5E0CA 1US3A 3WD0A 4JKMA 4U31A 4PTWA 4UZUA 3OBAA 1LJYA 4GI9A 4ZE5A 3WF1A 2XHYA 1O6IA 2GSJA 1GQLA 3A3HA 1V03A 2W91A 1E72M 1XYFA 2JALA 1OT2A 2TAAA 2BHYA 1XH0A 5M17A 1XHGA 2CESA 1MVYA 4TX8A 1CWYA 3W82A 1MW1A 2YA1A 3VGFA 1JI2A 3SCQA 2QMKA 5EB8A 2ZXDA 1LL6A 5CPQA 5CSYA 4AZ7A 4ZEPA 5HDRA 3WDJA 3DHUA 3NSXA 3RJXA 3K8KA 2UY5A 1JXKA 1RP9A 4D6IA 4JHZA 1QHZA 1BSIA 3ARUA 1XYZA 3TTQA 4MTVA 1E3XA 3VDBA 4DWSC 2QLYA 1E55A 3AMGA 5I79A 3MMDA 1ODZA 4AD4A 5BXTA 3HU7A 3OGRA 3AFBA 1CGWA 1UD6A 4GZEA 1E6XM 1KWKA 1UKTA 5CPTA 3A4AA 2XFFA 4HU8A 5TD4A 1P6WA 2W4XA 3B9AA 4KMQA 2W62A 4ATLA 4V2XA 1CXEA 5HOSA 4WIWA 1XSKA 4RE4A 5HBFA 1EDQA 2XFYA 4BS0A 2DIJA 4WKAA 2ZX7A 3CTTA 4P8WA 3RCNA 3WEMA 4AD0A 2D24A 2WVUA 4RL3A 3N12A 4CCEA 1OSEA 1BHGA 1C90A 1H5VA 3BAYA 5EFFA 3SCPA 4CGTA 2DSWA 1PZ2A 2CBJA 3WH9A 3PTMA 1CNVA 1HN1A 1I1WA 3IJ9A 4HZ7A 1XD0A 1E6QM 1Q6EA 4Z2HA 4PUEA 1V3KA 1GOQA 1RPKA 4JFSA 3AXXA 3PN8A 3W0KA 1TR1A 3ZMRA 2D2OA 1VBUA 2GDUA 2VURA 2CERA 1V3JA 3ARSA 5IXEA 2ZXBA 2Q8XA 1B3ZA 1HL8A 4UFKA 3UR7A 5FL1A 3WMCA 2AOSA 4J3WA 4J3TA 3CUFA 2X8RA 5A8MA 3A4XA 4U2ZA 2W61A 4PMNA 1GORA 4WLCA 3CZ8A 3ALFA 3WF2A 1VEMA 1ISXA 5I5RA 5BYWA 3IANA 2W63A 4A3YA 5A6MA 5BXSA 3N18A 1W3LA 1V0KA 4M56A 2CBIA 4QAWA 5A1AA 1JYNA 2ZUUA 1DWIM 1KR0A 3ZSTA 2DH3A 4CD7A 3VIGA 1QNRA 4NZCA 1KB3A 4P7RA 2VR4A 1CLXA 4MNKA 3L4ZA 3FAWA 3ZJ8A 5F7UA 4KGJA 4UOJA 2J8GA 4MB3A 4KH2A 1VIWA 4AZCA 3PZTA 2AMGA 1WZMA 1IV8A 1WDSA 1FP9A 1JF5A 2EBNA 2X0YA 3MU7A 5I78A 4QP0A 5I77A 3CHCA 3EMQA 2ZUTA 5AYBA 1V0NA 3VD4A 1E71M 2F61A 3AIQA 3SCTA 2O92A 3VMPA 3SIMA 1DWHM 2V3GA 3AZSA 4MB1A 4PMVA 3SCUA 3B9DA 4PTMA 1DWJM 4UOZA 1CGUA 1LLOA 2VQTA 4CVUA 1XD1A 1QOXA 4AZHA 1WB0A 3SCVA 2E9LA 1V3IA 5E6YA 2YOCA 4ZXOA 1QBAA 1WKYA 5DMYA 2CETA 1DEDA 2E8YA 2G41A 1KCLA 2O9RA 2GFTA 1ITCA 2J7DA 3RDKA 1UWUA 1FH9A 1MYRA 1WDPA 1UQYA 3T08A 2CEQA 1W1PA 5BCAA 4TTGA 1W3KA 2G3IA 3NSNA 3GM8A 1MFVA 3ZR5A 4AYSA 4CCDA 1UYQA 2WC7A 2ZWZA 3WIJA 4R5EA 3N1AA 6TAAA 2X05A 3EDEA 1CLVA 1J01A 5I24A 4H04A 4NI3A 1UD4A 4CN6A 1UA3A 2G3JA 4GZIA 3T2PA 1M04A 4PUDA 4PTXA 3EYPA 3WNMA 4Z2JA 1E40A 4HZ6A 3WFZA 1V3HA 2WKGA 2XWDA 4GQRA 2VMFA 3I3EA 3MUIA 4LYPA 1E1EA 1E9LA 2ZX5A 2YBTA 1QW9A 2A3CA 3ARTA 3LPFA 4UFMA 2HISA 2YBUA 3ZQ9A 2J7CA 4JFUA 3FY1A 3VD5A 4E8DA 4AIEA 3T2OA 1H49A 4N42A 1BVNP 1R87A 2BS9A 1D2KA 4W7WA 3CZLA 1CBGA 2DT3A 2G3NA 3IJ8A 1YHTA 3WY1A 5IHSA 3O9NA 2WSKA 1VF8A 1WZLA 1WCGA 1UD2A 1CTNA 2AAAA 4FK9A 2YJQA 1VJSA 3GNPA 3L4WA 3J7HA 3N15A 4QLJA 1F4HA 2G4FA 3ZSSA 2GVYA 1HJXA 1PEZA 1UR0A 5A6KA 1W9UA 2PI6A 1J0ZA 1TA3B 5ABGA 1DWGM 1DP0A 2CIPA 1LWJA 2VQUA 4ATDA 2Y2WA 4D71A 2WCGA 5A6JA 1BAGA 3POCA 3AHTA 3VINA 3WD2A 3SCOA 1UZ4A 1HJUA 3BCFA 3AIVA 3VU2A 1V0MA 2V5CA 2VZSA 3WELA 4QFUA 3WF4A 1A47A 4MB4A 1JG9A 4V28A 1NARA 1L8NA 2F8QA 3WDPP 2WBKA 1W1TA 3ALGA 1N82A 1W9VA 4OUEA 4DWSA 3GYCA 1MFUA 3RJYA 1X6LA 2MANA 3VPLA 3CPUA 2A3HA 4UNIA 1EA9C 5A69A 2PB1A 2OYLA 2WHJA 2XVGA 4B16A 2J75A 4NRSA 3TTSA 5JBEA 3WENA 5D9OA 4OKDA 5D8ZA 3ARRA 1FP8A 5ABFB 1EDTA 1J9YA 5DFAA 1JIBA 2ZUVA 4PMOA 1ISWA 3VOCA 2WPGA 5E09A 2GK1B 3SCRA 4LYRA 1OIFA 3SUTA 1B2YA 4X0VA 2EPKX 3PZMA 1QI2A 1G5AA 1K9EA 1KWGA 1QI5A 1OGSA 2Y24A 3DECA 4U33A 4U5KA 3AHXA 1Z32X 2A3BA 4MDPA 2VCBA 1FOBA 1G94A 1HP5A 3CUIA 3OZPA 3A4WA 4ACYA 2YDRA 2CITA 3FXYA 3MSGA 1SMAA 2JE8A 1UR4A 1H09A 3VGGA 4B3LA 1UWSA 1LG1A 3ZOAA 2OLHA 1EOMA 5A6SA 4CUCA 3RM9A 1J0IA 3VIOA 2VNCA 2NSXA 3VIHA 5KZ6A 2DSUA 2OSWA 1JZ5A 1GONA 1XH1A 3GH5A 5D4YA 1KBBA 2WM0A 3WF3A 1E6NA 1Q6GA 2ZICA 2FGZA 4JCLA 3VO0A 1ZBCA 1SR0A 3QGVA 2XIIA 1GCYA 4D1IA 1UH3A 1ISZA 2VX4A 2DGAA 2XWEA 4W7UA 3VX0A 4D6CA 3BLPX 4BF7A 1B3XA 3W37A 4H2CA 4IISA 3LPPA 3AZTA 2BHZA 2G8ZA 1UWIA 3WKZA 1GHRA 2PWGA 3GXIA 4GKLA 3VTRA 3D3AA 4GXPA 1JAEA 1XGZA 4W84A 1GJWA 4TXEA 5CXPA 2A3AA 3BSGA 3DYOA 2FDMA 4RE3A 2ZIDA 3RIKA 3WUGA 4BA0A 4D6FA 1UH4A 5AC5A 4PRWA 3AHYA 2QPSA 1V6UA 2ZX8A 3EDKA 2VVNA 5A6BA 1CXFA 2BY1A 2J7GA 3KL5A 1UWQA 1QNSA 1W1YA 4E4PA 3MV01 1PIGA 2WYSA 5EBAA 1EQCA 1QNOA 2WHMA 3CZGA 3GNRA 1PX4A 3FNDA 5I6SA 1HP4A 1BQCA 2CBUA 2VZOA 4PMZA 2C8NA 1NH6A 2V3FA 1FH8A 3PZIA 1KXHA 2BVTA 1CIUA 4FLSA 1JAKA 2EJ1A 2ZUMA 3NCOA 2WMIA 2FH6A 3AMCA 2J8FA 2ZWYA 3RMEA 4HPGA 1DWFM 3KL0A 3TP4A 4Y7EA 1W9DM 3O2LA 5LA0A 1XCWA 2WB5A 2W66A 2BFGA 2VT0A 3W6MA 1HL9A 2VVSA 1B3VA 4J3VA 1PX3A 4E8CA 5A94A 4HZ8A 2FHBA 3ECQA 2VX7A 2V38A 2YLAA 3AMKA 5I0DA 1JZ8A 1KFWA 3WQ4A 4PCTA 1KGWA 4W8AA 4KRTA 4NRRA 1JDCA 1JDAA 4M1RA 3ARWA 2ESCA 1H0GA 2J7BA 2BY2A 1QVBA 1HNYA 1UQZA 1VBRA 4AIUA 3K8MA 1HKIA 2CNCA 3E1F1 4J3UA 4JKLA 1HKJA 5CQ1A 4MJ4A 2X0HA 3CHEA 5A95A 4WSJA 2WNWA 4B9ZA 2GJXA 1QI0A 3VD7A 3VGEA 4W5ZA 1IZKA 4FLOA 1BGGA 3ZJ7A 2BY3A 1UA7A 3WNNA 1C7SA 5FD0A 1FFQA 1CXKA 4M24A 4PSPA 2HVMA 4UQ9A 4AEFA 3S6TA 4J3SA 1VEPA 3UR8A 4P8VA 2OWWA 1NM9A 1WAWA 3OZOA 3QR3A 4ACZB 2X1IA 2NT1A 4HMCA 5GNXA 3TOPA 1E6ZA 4LXFA 3VNZA 3GH7A 1V6YA 1CENA 1GHSA 3WL0A 2YIHA 3VM7A 5HPOA 2BNJA 4MAZA 3VMOA 3A47A 5JIWA 1C91A 2D0HA 1H2JA 1CXIA 3RILA 4FF5A 3O6AA 4AZGA 2CYGA 1BYBA 3RO8A 3AZRA 1V02E 1EXPA 3N9KA 2E9BA 3KEHA 2DDXA 3N11A 1K9TA 2JFEX 5C71A 1LL7A 3TA9A 2XVNA 1E56A 2WHKA 5CG0A 4UQCA 1CPUA 3GH4A 2CXGA 1CGYA 1FA2A 1KXVA 5C70A 3GDBA 2WZEA 3BH4A 1X6NA 1GOWA 3NSMA 5BRQA 1TMQA 4OBRA 3IJ7A 1QI4A 2XIBA 3M07A 1ESWA 3BMVA 4P7NA 1UR9A 7CGTA 5M3WA 1CZ1A 2VI0A 1QPKA 3AMLA 4QLKA 4YHEA 3AHVA 4IPLA 1MW2A 5A6BD 2J7HA 4H8UA 2WZHA 4OOUA 3AIRA 2XVPA 3W24A 5DT7A 4IPNB 2J7FA 2WMJA 5E0FA 2W5FA 3M6DA 1VFOA 2EPOA 1AQ0A 3WH8A 5FKYA 4XZBA 2V5DA 3DC0A 4CU6A 4F9JA 5IFTA 3MMWA 2E3ZA 1ODUA 2VCCA 2FHCA 5E9AA 2WWCA 4AZCB 2WMHA 1A3HA 3KE0A 3SUVA 4UFLA 3WH6A 3ARVA 4DM2A 1WDQA 5I2UA 1E1FA 4GINA 1VAHA 1MQRA 4GI8A 4MNMA 5A8OA 1E4MM 1VB9A 3SEPA 3T0DA 4PBGA 4AD5A 3N13A 1G0CA 4AZ6A 4HTYA 1EIBA 4CD6A 3K46A 1E5JA 4HPHA 1JGIA 5A2BA 3SUUA 1ITXA 2J74A 2DSKA 2CHOA 3T0AA 3WQVA 1MQQA 2QMJA 4BQ2A 3WNOA 1UKQA 3QOMA 4P7QA 2XFRA 3CO4A 1X1NA 3AIWA 4M82A 4EAMA 2VZUA 4AZ5A 1V08A 3AHZA 4W8LA 3VILA 1B90A 3WNLA 1UWTA 4M80A 1B0IA 4PMQA 1C3FA 4Q7NA 2OYMA 2Y8KA 3BXWA 3NJ3A 1E0XA 2PC8A 2W92A 3ZJKA 3UEQA 2DT0A 2PWHA 3MANA 3AS2A 1NWUA 1HKKA 2WHLA 4UOQA 1IT0A 4UQAA 3VM5A 3VGDA 3VIFA 1S46A 1DHKA 3W27A 1XSIA 1E5NA 2GJPA 4KGLA 2QV4A 3UERA 1SYTA 3WBAA 2BVDA 1DTUA 1F4AA 2E9MA 4J3XA 2D20A 1GPFA 3BSHA 2VZTA 4PYSA 1U2YA 3ARQA 5BWFA 4JKKA 2OSYA 4W87A 1B30A 1UD8A 2W67A 3WMBA 3WBEA 1GQIA 2E8ZA 1PBGA 1MQPA 1UD5A 5FCZA 1J12A 1BFNA 4XB3A 5D8WA 1EGZA 5EFDA 1KGUA 1K9DA 4AISA 1GW1A 4C7DA 4ATWA 4WJXA 2CKRA 4LQ1A 1M03A 2WZIA 5HXMA 3VDHA 1E4NA 3WUEA 5BRPA 5A6LA 1WZAA 1C8QA 1TE1A 5C8BB 2DT2A 3BGAA 1ZBKA 3EBVA 4PEEA 5LA1A 1XC6A 1GQJA 5JBDA 1KXQA 4JL2A 1VEOA 1KXTA 1G01A 1QHPA 2WVSA 1EH9A 1UD3A 1L0PA 1UKSA 2V3DA 3WL1A 1E73M 1AQMA 1SMDA 2WC3A 4S3JA 1GOMA 1UOKA 1QW8A 1SFSA 3QOKA 3OIHA 4M29A 2CCRA 1MWOA 1EQPA 3I3DA 1E6RA 3CH9A 1VRXA 7TAAA 4JAWA 4HOWA 1W3JA 3UG4A 2VR5A 3PZOA 3K4AA 3KZSA 1HJSA 2BY0A 1UR1A 4WKHA 1C7TA 4MB5A 3HN3A 1HKMA 3L4TA 2IUZA 5ECUA 3K1DA 5FIPA 4UQBA 1VFMA 5A8PA 3EDJA 3CGTA 1ECEA 4CN4A 3BMWA 3DYMA 2DT1A 1J0JA 1WO2A 2NT0A 3CMGA 4LX4A 1V3LA 4KRUA 2O9TA 5D9PA 4HA1A 1W32A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1WNO A;  2CKS A;  1U30 A;  3GTN A;  4F66 A;  3QHN A;  5A2C A;  5CLT A;  4D72 A;  1OGB A;  3B8S A;  3BAK A;  1NQ6 A;  1HJQ A;  3VX1 A;  1JNE A;  3UES A;  3CUH A;  2JEQ A;  2Y5E A;  3L4X A;  3OG2 A;  4JL1 A;  4H8H A;  4L4O A;  3VVG A;  3T0B A;  1XCX A;  4BQ3 A;  4MDO A;  1D7F A;  1B3W A;  1W9P A;  1EO5 A;  1GQK A;  1LG2 A;  3WDQ A;  2IXU A;  5GQB A;  4AMC A;  4D6J A;  3A6O A;  1R86 A;  3VDC A;  4LPC A;  1NOU A;  4CD4 A;  2XSB A;  3VIJ A;  1KGX A;  1RP8 A;  5E0C A;  1US3 A;  3WD0 A;  4JKM A;  4U31 A;  4PTW A;  4UZU A;  3OBA A;  1LJY A;  4GI9 A;  4ZE5 A;  3WF1 A;  2XHY A;  1O6I A;  2GSJ A;  1GQL A;  3A3H A;  1V03 A;  2W91 A;  1E72 M;  1XYF A;  2JAL A;  1OT2 A;  2TAA A;  2BHY A;  1XH0 A;  5M17 A;  1XHG A;  2CES A;  1MVY A;  4TX8 A;  1CWY A;  3W82 A;  1MW1 A;  2YA1 A;  3VGF A;  1JI2 A;  3SCQ A;  2QMK A;  5EB8 A;  2ZXD A;  1LL6 A;  5CPQ A;  5CSY A;  4AZ7 A;  4ZEP A;  5HDR A;  3WDJ A;  3DHU A;  3NSX A;  3RJX A;  3K8K A;  2UY5 A;  1JXK A;  1RP9 A;  4D6I A;  4JHZ A;  1QHZ A;  1BSI A;  3ARU A;  1XYZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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