3CIVA

Crystal structure of the endo-beta-1,4-mannanase from alicyclobacillus acidocaldarius
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
316
structure length
316
Chain Sequence
ESAFDLGFIRGMTFGFVGQHGTWGTDEARASMRALAEQPFNWVTLAFAGLMEHPGDPAIAYGPPVTVSDDEIASMAELAHALGLKVCLKPTVNCRDGTWRGEIRFEKEHGPDLESWEAWFGSYSDMMAHYAHVAKRTGCEMFCVGCEMTTAEPHEAMWRETIARVRTEYDGLVTYNCNHGREEHVRFWDAVDLISSSAYYPIDRWRDRVPVLREVAEAHEKPLFFMEVGCPSRSGSGACPWDYRHPGAVCLDEQARFYEAMFAAMPDEPWFKGYMLWEWPWKLYPREAASEDGSYCIYGKPAEDVVARAFSAIANR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Biochemical and Structural Characterization of the Intracellular Mannanase AaManA of Alicyclobacillus acidocaldarius Reveals a Novel Glycoside Hydrolase Family Belonging to Clan GH-A
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endo-beta-1,4-mannanase
molecule tags Hydrolase
source organism Alicyclobacillus acidocaldarius
total genus 125
structure length 316
sequence length 316
ec nomenclature ec 3.2.1.78: Mannan endo-1,4-beta-mannosidase.
pdb deposition date 2008-03-12
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3civA00
3AS0A 5D9MA 1LJYA 2ZXDA 2D0GA 5E6ZA 1CDGA 4M80A 1C91A 2Y8VA 2VZVA 1C93A 3UEQA 4IPLA 2WMIB 1XSKA 2G3JA 4CGTA 1NWTA 3QHMA 1J0KA 1C8QA 2CCRA 5EBAA 4HA3A 4WSJA 3SCOA 4MAVA 1AQMA 2YA2A 1UQYA 3L2LA 1V3JA 1XYFA 1JZ6A 2CIPA 2YA0A 4M82A 2DSVA 1JZ4A 3VOCA 2Y8KA 2GDVA 1BSIA 3L2MA 2UY5A 3GM8A 3CHFA 3GNOA 5A8OA 4AEEA 3WNPA 3KE0A 1JZ5A 3K1DA 4P7OA 2WMJA 4D6JA 5ECUA 3W38A 2XJ7A 5E0FA 4AMCA 1NWUA 3BXWA 4MNMA 1CGWA 2F61A 1I1XA 1XHGA 3MUY1 2XIIA 4M24A 1GQLA 1YHTA 2D3NA 1KWGA 1E6PA 1HJQA 2CBUA 1VJZA 2DIEA 5E70A 3B9AA 1JF6A 1V0KA 2X8RA 3I3EA 4XB3A 1JXJA 5HBFA 4UQAA 3WH8A 2D20A 3WEZA 1GJUA 2W92A 2E8ZA 1HKKA 5A1AA 2GK1B 1SYTA 3AYRA 3UETA 6TAAA 1UD3A 3NIYA 4PCSA 1B3VA 3SUWA 1XD1A 4GINA 4TVDA 1A47A 1WP6A 1UR0A 4H2CA 4UZSA 4UQ9A 1TMQA 2VR5A 4RE4A 1E0VA 4C7FA 1I1WA 1XSJA 1V0NA 5BXTA 3ZIZA 3AIBA 2BNJA 1V02A 4M1RA 3PZVA 2DT1A 2XWDA 4QP0A 5GNZA 5M3WA 2WAGA 1UG6A 2ZX6A 4KH2A 4URIA 5IDIA 2QHAA 3WD1A 2JFEX 3WQ4A 2DSZA 4UFLA 4NF7A 3VGFA 1GOMA 3WBEA 2QPSA 3M07A 1QNSA 4U2YA 2CHNA 3BAWA 4EKJA 4TXEA 2WNWA 4J3WA 4JCMA 3W27A 3N13A 4PMYA 1UH3A 4X9YA 1PX4A 3CZGA 5E0CA 3HN3A 7A3HA 1QOXA 3AZSA 1MXGA 4UFHA 3APGA 1BGAA 4ZE4A 2CBVA 3TONA 1XH0A 2D2OA 3CZLA 1X6NA 3SCUA 1GVIA 2WZEA 4U3CA 3CGTA 2VX7A 3HJEA 3W4RA 4PTWA 3LPGA 1UYQA 4UQDA 1H11A 2GJXB 3VIGA 2PBOA 4GZJA 4AY1A 4W8AA 1JG9A 1V3MA 2CYGA 3WH7A 4BF7A 1V03A 3FHAA 4HPHA 4W8BA 2W61A 3T0AA 4Z2HA 3CHCA 3T2OA 4HP5A 3G6MA 4MPKA 2OWWA 1CXHA 2PC8A 1EDGA 3GH4A 1UH4A 2ZIDA 1CXEA 2VZTA 1OM0A 1XGZA 5A69A 3BH4A 1Q4NX 1WZLA 4OIFA 4X0VA 3AS2A 5ABFA 1KQZA 1XH1A 3SCPA 2J7DA 4UTFA 1NQ6A 2J7BA 3CMGA 3L4VA 4DWSC 5A6SA 1FHDA 2O9OA 1TFVA 5CGMA 3CZJA 2YBUA 3PZIA 3AZTA 3AS1A 1HF6A 1B3YA 4UR9A 2DSUA 4JKMA 4PUEA 2VQUA 2ZOXA 3WEOA 4D6IA 1DHKA 4UQCA 1W91A 4H8HA 4PYSA 1MFVA 4D6CA 5FKYA 3D3AA 3PZNA 4IISA 1C92A 2OYLA 4D1IA 2YOCA 4W87A 5HPOA 4WSKA 4GQQA 2D0FA 4HMCA 2QMJA 4CN1A 5M03A 1LWJA 4Q7NA 3OLDA 4XUYA 2VQTA 1ISVA 3L4TA 3THDA 2CEQA 3OLGA 2CBJA 5LYRA 1GOKA 3W6LA 4CVUA 1ISZA 4YN5A 2GVYA 4DUVA 3MMUA 1UWIA 2A3CA 2BY1A 2GDUA 3VINA 2WMKA 2VTFA 4CD4A 4WLCA 1X1NA 5AC5A 3ZJ8A 1E15A 2DPEA 3OIHA 3OZPA 2VT0A 4PSRA 3WBAA 3OB8A 1GZJA 4AWEA 2O92A 3KL3A 1GHRA 4PMRA 4Q22A 5D9OA 2VC9A 1E3ZA 1TVNA 1QI5A 3AQUA 1G1YA 1JNDA 1W9PA 4ML4A 2WLYA 2VCBA 4AZBA 5FIPA 3A6OA 3AMDA 2EPNA 1QHOA 4MB1A 5JIWA 3AIUA 3VM5A 2XSAA 3EDEA 1EA9C 4YPJA 1W1YA 4J3SA 1H4PA 2WZIA 4W86A 1N82A 4Z2JA 2DIJA 2BY0A 1OD0A 4E2OA 1Z32X 1WDRA 4PMUA 4L4PA 3VIOA 3TTSA 2ZUSA 1EO5A 2VMFA 1BFNA 3VKKA 1XD0A 4U5KA 2UY2A 3CUHA 5CG0A 3RJXA 4NSBA 1UKQA 3AOFA 3KL0A 1EXPA 1QVBA 1EH9A 4E4PA 1BF2A 1W1VA 4D6GA 2VZSA 1J0HA 4ATLA 4MAZA 4TTGA 1EQCA 4E8DA 1TCMA 4H7VA 1JL8A 4Z2KA 3SEPA 4ACZA 3AS3A 3WF3A 1VFUA 3PBGA 3N15A 1K9FA 5HOSA 1B90A 4YHGA 3PZGA 1KCKA 4GI8A 4DWSA 1CEOA 3BLKA 5D9NA 1CXKA 1PBGA 1UR1A 4MB4A 5A3HA 2FDMA 4UOQA 9CGTA 1MW1A 1XCWA 3SCQA 3NJ3A 3QHNA 1C8YA 5A8NA 1CTNA 3VNYA 3VM7A 1CGUA 1WKYA 3PTMA 3AMCA 2XVKA 4LGXA 3W53A 5CSUA 2VUYA 2XG9A 3GBDA 4DUWA 5A8MA 2NSXA 3BAIA 5HXMA 3CLWA 3T0BA 3WNOA 1MW2A 4B16A 3CZ8A 1J10A 2XPKA 1OCQA 1QNRA 4H8UA 3AIWA 3WDPP 1EOMA 1GOWA 3F5JA 3WL0A 1E6XM 3NDZA 4D1JA 1W9VA 1OT1A 1WPCA 4HZ8A 3KL5A 1AQ0A 1CXLA 5GPRA 3KWXA 2DSWA 3K46A 4PCTA 1M53A 2BY2A 4GZIA 3VGDA 2WVSA 3WENA 3ZR5A 3GXDA 2EO7A 3UESA 2O9PA 2FH8A 1ZJAA 2BVTA 3BCFA 1F4AA 1V3LA 3E1F1 1W9BM 1ITCA 4NZCA 4DWSD 1LG1A 1OGSA 3FY1A 1KXTA 4KRTA 6CGTA 3CH9A 4D71A 4PRWA 1JGIA 4BA0A 4PN2A 4H8VA 1XCXA 1V08A 2UY4A 2VX4A 2V3FA 1W2VA 2YDRA 3AXXA 2ZXAA 3DC0A 3U5YA 1W3HA 8A3HA 1GOOA 3MKKA 1DEDA 4HOWA 5FL1A 1LF1A 1M7XA 1WAWA 2OSYA 4CD5A 5CPSA 4GI9A 5EMYA 2GFTA 3ZOAA 5A8QA 4GI6A 3BSHA 1V0LA 5A6LA 1JI1A 3AROA 1KXQA 1E6RA 1H0IA 2IUZA 4F8XA 3WQ8A 4AXNA 5HPCA 1CECA 3AHTA 1LL7A 1DWGM 4IM4A 1KWKA 1CPUA 1QNOA 3ARPA 1CXFA 3T0DA 5I79A 1E70M 1LG2A 3TA9A 1PPIA 1W2PA 1DWFM 2JF6A 4N0RA 2PWGA 4AISA 2XFRA 2FHBA 1C3FA 3WNLA 2YLAA 2DGAA 1UWUA 5D8WA 4EE9A 2GJRA 3M46A 2WVVA 2QV4A 4WK9A 3AIRA 5GQBA 1QI0A 1D3CA 3PHAA 3W25A 4CCCA 3NUKA 3WDJA 3AHYA 1EHNA 3VD4A 1GCYA 3PZ9A 2D1ZA 2XM1A 2Y4SA 1BPLB 1UWRA 3GNPA 3SUUA 2XTKA 2W67A 2OSWA 3CTTA 2BHZA 4AEFA 4RE3A 3PZOA 1J0JA 4JFSA 4HU8A 1JI2A 4PEEA 5BXRA 1NM9A 1AQHA 2W4XA 1E1FA 1R85A 2ZXQA 4BQ5A 1WNOA 4PMDA 3B9EA 3RO8A 1KBBA 2JEPA 1HKJA 4B3KA 4QLJA 2DT2A 2QPUA 3VIIA 4UFIA 1UD6A 3MUAA 4WIWA 1NWRA 3WF1A 3VUPA 2J47A 5DT5A 3VGBA 4S3JA 1B3ZA 5IFPA 1MW3A 4CCDA 4PMVA 1BTCA 3EMZA 2WYSA 1K9TA 4J3TA 1R8LA 3F4VA 1P6WA 1JZ2A 2PBGA 3BAYA 2XYLA 1M03A 3WUFA 1J0IA 3HMCA 5BXPA 1C90A 2OWCA 4AD2A 1C8XA 1EIBA 1ISYA 1CYGA 2G3NA 1V3KA 2W62A 1VB9A 3L4XA 3MANA 3CUIA 2Z1KA 2EPOA 1MQQA 4TX8A 1HIZA 2J25A 2ZX7A 5ABGA 1KQYA 4LYQA 2EPKX 3GH7A 3WQVA 3ZM8A 2WHJA 4J28A 1H41A 4H04A 4JAWA 3TTQA 2VL4A 4W89A 2MANA 3VIKA 3WN6A 4PMZA 4D6FA 1VRXA 2W91A 1OB0A 4P7NA 1J0ZA 4BQ3A 1GQKA 4XZWA 1CGXA 4LPCA 1E4MM 5E09A 4ZXLA 2XUCA 2PF0A 3WMSA 2CITA 4FLOA 3OGRA 4W93A 3WQ5A 2VO5A 2ZUVA 1NP0A 2E0PA 3RIKA 2G3IA 1GHSA 4V27A 5LA1A 1XV8A 5DO8A 1IV8A 2VRQA 4JFUA 1NOWA 1LLOA 3HU7A 3AHZA 3DECA 1FH8A 2VX5A 1Q6FA 3CUFA 4W84A 2WMIA 3WL1A 3NYDA 4J3UA 1VFOA 1MFUA 1NOFA 3IAPA 2JF7A 1X6LA 1MWOA 4MNKA 3WH5A 1L0PA 2BXZA 4EK7A 3N1AA 1BQCA 1CBGA 3CUJA 3WQ6A 1UD4A 4NRSA 4CD7A 3MU7A 5KEZA 1AVAA 5E9AA 3BCDA 1FHLA 4GQRA 1UKSA 1VENA 3CHDA 3FAWA 4E8CA 2DT0A 3TOPA 1GONA 2E9MA 1IZJA 2XM2A 2XVLA 1PZ2A 2WB5A 4Z2LA 3G6LA 1PIGA 2ZX9A 5BROA 2JEQA 3GYCA 4ATDA 2V3GA 1V6XA 3OG2A 3AXIA 3WNNA 1QNPA 2ZICA 5ABHA 2G4FA 1W9XA 2WHLA 1NOUA 7TAAA 4EANA 3ZT6A 4AD3A 3U5UA 1EO7A 4HOZA 2VVNA 3EDDA 1V3HA 4MJ4A 1WDPA 2GK1A 1SR0A 1H3GA 1HX0A 5A6AA 2XIBA 3EYPA 5C8BB 4EAMA 1CZ1A 3N12A 3N9KA 5D9PA 2V38A 3SUSA 4RE2A 1Q6DA 1BG4A 4HZ7A 3SCVA 3VIPA 3WD3A 4F9JA 4UOJA 2UWFA 1WDSA 3A4XA 2PWHA 1TA3B 2YKKA 5I77A 1V6WA 4C7DA 4W5UA 2ZWYA 4HA1A 1E72M 4JFTA 3KZSA 1HL8A 1PJ9A 1B3WA 1KGUA 1VBUA 2E9LA 1UKOA 1FFRA 3MUIA 5JUVA 5EB8A 4B3LA 4U33A 4WKFA 4MDPA 2ZUWA 4W7WA 1S46A 1QW9A 1KCLA 1HT6A 4WKHA 3EMQA 1WZKA 2FGZA 2J7CA 4QCEA 1QBAA 5HNNA 1FP8A 4MNJA 1W9DM 3VMPA 1E9LA 2Y5EA 1HVQA 3UERA 2W5FA 1ZS2A 1BVNP 3IK2A 5DT7A 1W3KA 2J62A 2CPUA 1JYVA 1UH2A 1J12A 3K4AA 4Z2IA 1BYCA 3EBVA 5CQ1A 1Q6CA 3I3DA 4PBGA 1RP9A 2OSXA 3T2QA 3GBEA 2G3MA 3F5LA 3NSNA 1GPFA 2VVSA 4HA4A 3B8SA 1U30A 1JFXA 2TAAA 3WF4A 2V5DA 4KMQA 1PX3A 4UNIA 1CGVA 1ZJBA 2O9RA 2WVTA 2JALA 5A6JA 1HL9A 2C7FA 4A3YA 1QHZA 2X09A 4UCFA 3SCWA 1JAKA 3VDBA 3GTNA 1UD2A 2GJXA 1HKMA 1EDTA 1DWJM 3ARTA 2A3BA 1PAMA 4PMNA 4TX6A 3N18A 2DH3A 1GOQA 1QBBA 3WUBA 5DFAA 3BGAA 3TP4A 2J7GA 3WMCA 2VCAA 4CN4A 1E5NA 1UWQA 3ZR6A 2IXVA 2J8FA 1JZ3A 1OD8A 2CBIA 3SCSA 1MQPA 3FN9A 3N11A 3UCQA 1ODZA 3OGVA 3AFBA 3W37A 3PTQA 4KWUA 1D7FA 1UOKA 1OSEA 3MS8A 2E9BA 1BGGA 1PEZA 3OLIA 4JFWA 4AD1A 2V3DA 3BAKA 3W24A 3S6TA 5HDRA 3QGVA 1WZMA 3WQWA 2RGMA 3J7HA 4H41A 4JIEA 3BAXA 4JZ5A 1ZL1A 3ARZA 2BVDA 3BSGA 4KGJA 1O7AA 4CU8A 1G0CA 3U57A 2JIEA 1LL4A 5FCZA 4X0NA 1BYBA 1V3IA 1ZBWA 3RJYA 3WSUA 4BS0A 2J7EA 3RM8A 3VMNA 4CU6A 3RCNA 1GOIA 1E71M 5JBFA 4P8UA 5ABEA 3VX0A 2HISA 3ARVA 1JNEA 1OWQA 2YDSA 5EFFA 3ALFA 1JXKA 3DHPA 4OOUA 2WSKA 3PZTA 3ZT7A 2EPMX 1ZU8A 4UFKA 4ZXOA 4KRUA 3VIJA 2VZOA 4JCLA 1Y7VA 4GXPA 1ZBVA 2BHYA 3IJ9A 5CLTA 4R27A 1MVYA 2WM0A 1W9UA 2VCCA 2WLZA 1G01A 1UA7A 2ESCA 4D72A 5E6YA 4ACYA 2D24A 5GNYA 3AXHA 1HNYA 1WCGA 4PTVA 5A6BA 2V5CA 5F7UA 3WFZA 4AIEA 1VFFA 1KXVA 4AZCB 2J78A 4GIAA 3AHVA 2QMKA 4MADA 2PB1A 3SCRA 1V02E 3ZJ6A 4GKLA 5DF0A 3WD0A 2WHKA 2FGLA 3O6AA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3AS0 A;  5D9M A;  1LJY A;  2ZXD A;  2D0G A;  5E6Z A;  1CDG A;  4M80 A;  1C91 A;  2Y8V A;  2VZV A;  1C93 A;  3UEQ A;  4IPL A;  2WMI B;  1XSK A;  2G3J A;  4CGT A;  1NWT A;  3QHM A;  1J0K A;  1C8Q A;  2CCR A;  5EBA A;  4HA3 A;  4WSJ A;  3SCO A;  4MAV A;  1AQM A;  2YA2 A;  1UQY A;  3L2L A;  1V3J A;  1XYF A;  1JZ6 A;  2CIP A;  2YA0 A;  4M82 A;  2DSV A;  1JZ4 A;  3VOC A;  2Y8K A;  2GDV A;  1BSI A;  3L2M A;  2UY5 A;  3GM8 A;  3CHF A;  3GNO A;  5A8O A;  4AEE A;  3WNP A;  3KE0 A;  1JZ5 A;  3K1D A;  4P7O A;  2WMJ A;  4D6J A;  5ECU A;  3W38 A;  2XJ7 A;  5E0F A;  4AMC A;  1NWU A;  3BXW A;  4MNM A;  1CGW A;  2F61 A;  1I1X A;  1XHG A;  3MUY 1;  2XII A;  4M24 A;  1GQL A;  1YHT A;  2D3N A;  1KWG A;  1E6P A;  1HJQ A;  2CBU A;  1VJZ A;  2DIE A;  5E70 A;  3B9A A;  1JF6 A;  1V0K A;  2X8R A;  3I3E A;  4XB3 A;  1JXJ A;  5HBF A;  4UQA A;  3WH8 A;  2D20 A;  3WEZ A;  1GJU A;  2W92 A;  2E8Z A;  1HKK A;  5A1A A;  2GK1 B;  1SYT A;  3AYR A;  3UET A;  6TAA A;  1UD3 A;  3NIY A;  4PCS A;  1B3V A;  3SUW A;  1XD1 A;  4GIN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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