3CIVA

Crystal structure of the endo-beta-1,4-mannanase from alicyclobacillus acidocaldarius
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
316
structure length
316
Chain Sequence
ESAFDLGFIRGMTFGFVGQHGTWGTDEARASMRALAEQPFNWVTLAFAGLMEHPGDPAIAYGPPVTVSDDEIASMAELAHALGLKVCLKPTVNCRDGTWRGEIRFEKEHGPDLESWEAWFGSYSDMMAHYAHVAKRTGCEMFCVGCEMTTAEPHEAMWRETIARVRTEYDGLVTYNCNHGREEHVRFWDAVDLISSSAYYPIDRWRDRVPVLREVAEAHEKPLFFMEVGCPSRSGSGACPWDYRHPGAVCLDEQARFYEAMFAAMPDEPWFKGYMLWEWPWKLYPREAASEDGSYCIYGKPAEDVVARAFSAIANR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Biochemical and Structural Characterization of the Intracellular Mannanase AaManA of Alicyclobacillus acidocaldarius Reveals a Novel Glycoside Hydrolase Family Belonging to Clan GH-A
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endo-beta-1,4-mannanase
molecule tags Hydrolase
source organism Alicyclobacillus acidocaldarius
total genus 125
structure length 316
sequence length 316
ec nomenclature ec 3.2.1.78: Mannan endo-1,4-beta-mannosidase.
pdb deposition date 2008-03-12
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3civA00
2VX7A 3N1AA 3WMBA 1M01A 2EBNA 3SUSA 3MV01 5JIWA 1JZ4A 1HP5A 1E70M 1W9BM 3EDKA 3VDCA 4E2OA 4EAMA 2ZX9A 4W85A 1B0IA 4TX8A 2WVVB 5M5DA 3WNMA 1CPUA 2VR5A 3TTSA 2YJQA 4MB3A 5D9OA 4PMYA 3PTMA 3ARYA 1ZS2A 1W2VA 1UKTA 2DIJA 4RE2A 1J0IA 1PX8A 3K4DA 3CO4A 5ECUA 1EIBA 2FH8A 3WUGA 4ZE4A 3BLKA 3TA9A 1KGUA 2WCGA 2UY2A 4D6IA 3ZT5A 4XB3A 2J77A 1UKQA 3L2MA 3WF2A 2GK1A 4ZXLA 4QLKA 3FHQA 7TAAA 3N12A 2VVNA 3NSNA 1UH4A 2XIBA 7A3HA 4Z2IA 1TUXA 3SUWA 1QI0A 1EHAA 4DUWA 2J7FA 2WMGA 5FL1A 3K1DA 1BYAA 1NQ6A 5BWFA 4GQQA 3VVGA 4E8DA 3T2PA 1E6SM 1X1NA 2XHYA 1GOQA 2BHUA 2Y2WA 2NW0A 5GPRA 2DSVA 1PZ2A 3N15A 3ZO9A 1PZ3A 3RMEA 2CERA 1PJ9A 1H09A 3OGSA 4UOQA 3A4XA 5A6BA 4WKFA 3WQ6A 3MS8A 4UFIA 4IISA 4J3XA 2NT0A 1FFQA 1HP4A 4U3AA 3PZ9A 1E5NA 1EA9C 4BQ2A 1VJZA 3WDJA 1NH6A 4HPGA 1BVZA 2D3NA 5E6ZA 4AY1A 3RO8A 3AMCA 1U33A 2HVMA 3BAKA 3VGFA 1V03A 2WSKA 1BFNA 3AS1A 4XUYA 2AOSA 4A3HA 4TTGA 1O7AA 1C91A 2WLZA 1MWOA 4NRRA 4V27A 1DWGM 2W66A 4H7VA 3T0DA 3VMPA 4D71A 1V3HA 1CLVA 1CXHA 1JFXA 1C93A 3BGAA 5CSYA 5LA2A 4GXPA 2OWWA 3NDYA 1VFFA 4DM1A 2ZX7A 2D22A 3ZJ8A 4U3CA 5A8PA 3CUHA 2PB1A 3L4UA 2V5CA 1CZ1A 4J3SA 3GH5A 2JF7A 3T2OA 1UD3A 3PZOA 3D3AA 2X8RA 1V6YA 4M80A 1GHSA 2PI6A 1EO7A 1H2JA 1H0IA 4CKQA 1ECEA 1LL4A 2VZSA 2CBIA 2WKLA 1K9TA 4NZCA 3ARVA 2EPKX 1C8QA 1O6IA 1BAGA 1F4HA 1XCWA 1UWUA 1C8YA 2V5DA 3AXXA 4JAWA 4S3KA 1BGGA 4J3TA 1B3YA 1U30A 3L2LA 3QHMA 1QI2A 3W25A 3ALGA 6TAAA 4KMQA 1MXGA 3BSGA 1UR8A 3THDA 1EGZA 6CGTA 1OIMA 1UOKA 1QBAA 3WENA 2VMFA 1KXQA 2CPUA 4ML4A 4OBSA 2WM0A 3PZTA 3SURA 4UQ9A 2DSZA 3WQ8A 2VCCA 3T08A 4BS0A 4PTXA 1JL8A 2BHZA 5CGTA 3OZOA 4MB5A 1JF6A 1WNOA 4JKMA 4NRSA 1HF6A 1VFUA 4W84A 3VGGA 1WB0A 2CKSA 2BVDA 3ZQ9A 3WUEA 3NJ3A 1W3KA 4W5UA 1GQKA 5LYRA 1B1YA 3IAQA 3WMCA 1LG1A 3WF3A 2ZUVA 1JG9A 2D2OA 3ZR6A 3ZOAA 2ZUWA 1EO5A 5A69A 1KWKA 3VMOA 3WL1A 1DTUA 1QHPA 4JZ5A 2E9BA 2YDSA 1BLIA 2GJRA 2J25A 1JD7A 2XVNA 3IJ8A 1DHKA 3BAIA 4QLLA 4PSPA 1E6NA 2J62A 1TA3A 4UNIA 4GI9A 3BC9A 4E4PA 3WNLA 1D7FA 1NWSA 1OGGA 2W61A 7CGTA 2WAGA 5A8OA 1BF2A 4CVWA 3WELA 4QCFA 2J78A 2QV4A 2CHNA 3NUKA 1B30A 4AZBA 1AQHA 3EMZA 1Q6FA 2BY0A 2VC9A 3WDRA 1XD0A 1LF1A 4OKDA 3AHVA 4KRUA 4PYSA 4H41A 1UG6A 1UHVA 1I1XA 5HBFA 1SMAA 3DC0A 4Z2HA 3WNNA 1B3WA 5A8MA 2O9RA 3CIVA 3AIUA 1XRVA 3OBAA 3WUBA 3ZJ6A 3VDAA 4LQ1A 5JUVA 4JIEA 1G01A 3F5JA 4ZFMA 1TCMA 1XSKA 2VZUA 3BAJA 4AZCA 5IHRA 1NARA 4D6HA 2WHKA 3M07A 1FOBA 4MADA 1GQLA 1H0GA 2PWFA 5AC5A 1FFRA 2OSXA 4J3WA 1MVYA 4HOXA 3POHA 1UWRA 3AIQA 1KXTA 9CGTA 4CD6A 4HOZA 5EBAA 1E6ZA 2O9OA 4TTUA 3WD4A 4JCLA 1C8XA 2GVYA 2DH2A 2CBVA 1UD5A 2FHCA 1C7TA 1E71M 1DWAM 2YDQA 3ZM8A 3POCA 5JBDA 3AS0A 4BZYA 1XCXA 2YA0A 2PWDA 3N04A 4AEEA 3PTKA 5CQ1A 1XH2A 3CHDA 5FOOA 1KBKA 3VNYA 4P8XA 1EDQA 3MO4A 1XH1A 3I3DA 1HJUA 4AISA 1AVAA 5DT7A 1JZ3A 4B9YA 3MUY1 1V3LA 2WANA 3GNRA 3OZPA 5A95A 1PBGA 1G5AA 2WWDA 3NSXA 4HU8A 3CTTA 2YBUA 3KEHA 1R7AA 4U31A 3ARXA 1VEMA 4B9ZA 1H41A 2EXOA 5AYBA 1CGWA 2BNJA 4GQRA 5I24A 3GDBA 4JFUA 1QPKA 4KWUA 3W26A 1BG9A 3AQUA 2WCSA 1K9FA 2OYMA 4A4AA 3RCNA 1K6AA 3WMSA 2OSYA 2YL6A 2EPMX 3K4AA 1GW1A 3BAWA 3OLGA 5D8ZA 3VM7A 3L4VA 5DT5A 4AZ5A 1HX0A 1BG4A 1V02E 3DYOA 1ZBWA 1V6XA 1ZL1A 4D6EA 1B2YA 2D23A 3M7SA 4V2XA 5GNZA 2ZXAA 3PHAA 2E9LA 2TAAA 4HA1A 4PCTA 2G4FA 4CN6A 3UETA 4ZE5A 4PMXA 3DYMA 5BXSA 1GUVA 2J7EA 1H4PA 1JDCA 1UR2A 2WW5A 1GVIA 1HKKA 3TTOA 2WK2A 2XWDA 3WNOA 2WMFA 3U5UA 1M04A 3FY1A 1CTNA 5DFAA 1LQ0A 4UQCA 4CD7A 3HMCA 1OGSA 1CYGA 3WKZA 5FCZA 1E72M 3FAWA 1W1PA 3BSHA 3WDIA 1AQ0A 3AZRA 1J01A 1KR0A 2GSJA 3B9AA 1E6QM 1H11A 2PF0A 3AIWA 1PAMA 2WVSA 4GO8A 1HN1A 3IK2A 2BXYA 5A6BD 3ARRA 3D5HA 1GOMA 1WPCA 3GH4A 3W81A 1PEZA 1E6XM 2A3HA 3TTQA 3IJ7A 1GNXA 2DT2A 3ARSA 1FP8A 3CGTA 4W89A 1IT0A 1MW0A 4P8WA 4W8LA 4HMDA 2ZWZA 1IV8A 4BF7A 3RPMA 2HISA 1JZ6A 4AW7A 4LYQA 1V0LA 1BYCA 2Y24A 2PC8A 4ATWA 2A3BA 5A1AA 1US3A 2CCRA 2VI0A 4XX6A 4AZIA 3AROA 2ZXQA 4M8UA 1JF5A 3VIOA 3AXHA 4PSRA 3TTYA 2VNCA 1TG7A 5ABGA 2G41A 5IFTA 1QHZA 4PCSA 1CIUA 1GOKA 3RDKA 4Y7EA 1OWQA 3EDDA 3JUGA 4IM4A 1HIZA 4UOJA 3U7BA 2DEPA 4PBGA 3WH7A 1R86A 1W9PA 4F79A 2FGZA 5BCAA 2G3NA 1OIFA 5HNNA 4PMVA 2E9MA 1BSIA 1J18A 4JCMA 4WKHA 5FD0A 1B3VA 4PRWA 3VINA 3CUIA 4CCCA 1OBAA 5F7UA 2GK1B 1OSEA 1GPFA 2D0HA 3K8MA 4OBRA 3RM4A 3OLIA 5I23A 2UY3A 2F2HA 1N82A 1MQPA 1QVBA 2BV9A 2X2YA 1HKJA 4CU6A 3GBDA 3KL3A 4OIFA 1BVNP 4HTYA 4TXEA 3MSGA 3AYSA 3OLEA 4UZUA 1UR4A 1WZKA 4B3LA 4MNLA 1UD8A 1D2KA 2WVTA 2OLHA 3DECA 4LPCA 4H04A 4AD1A 1WE5A 4GI8A 3OB8A 2WMIA 3K8KA 2OWXA 2V38A 4R27A 1SFSA 4GIAA 4AYSA 2PWEA 3A3HA 2XVPA 1GOIA 3RM8A 4MB1A 3VD7A 5A2CA 3HU7A 1E55A 2CETA 2Z1SA 4UQDA 1CBGA 1CGVA 2VZTA 2DSUA 5I5RA 2CKRA 2DH3A 3GXIA 2C0HA 3GZAA 2JE8A 1GORA 1HJWA 4P7RA 1E4IA 1JYXA 2VZVA 4AWEA 2QPUA 5AY7A 1UR9A 4NF7A 1HL8A 4U5KA 4PTWA 3VX0A 2WVVA 4W93A 5JBFA 3CHEA 3UEQA 2ZUMA 2O9PA 1A47A 4YN5A 4GINA 2J7GA 3EMCA 1W9VA 1US2A 2YA1A 3EBVA 5BXPA 1ITCA 4QCEA 4EE9A 3WF0A 2VRJA 4KH2A 1QNOA 3MU7A 1E5JA 2VRQA 4UZSA 4GKLA 1RP8A 3AISA 5I6SA 3ZJKA 2DIEA 3OA5A 2AMGA 1IZJA 1WO2A 2BY2A 6A3HA 3FHAA 4DUXA 3AZSA 2WHMA 3BH4A 3VIMA 2Y4SA 4EK7A 1E15A 4JHZA 1W3HA 1YQ2A 5CJ5A 1J0JA 1LJYA 2QMJA 3BAYA 3UG3A 4AXNA 4X9YA 5DEZA 1KGWA 4QAWA 4PMNA 4F9DA 4NSBA 1WDRA 4U33A 4DWSD 1LLOA 3BCDA 2DT1A 4UFMA 2VT0A 3WQWA 3BMVA 3CMGA 1TMQA 2GJXB 1FH9A 2WZHA 3ZSSA 3CHCA 5CLWA 2J7DA 3KL5A 3VIIA 5I3DA 3SCNA 2ZUTA 2A3CA 1DWIM 1GQIA 2CESA 3ZT6A 1LWHA 4MTVA 4S3JA 4Z2LA 2QLYA 4TVDA 1E73M 1HNYA 1JDAA 3TOPA 3A6OA 2DSKA 2D24A 2IXUA 5CLTA 4D1JA 1QNPA 3VIGA 2YLAA 1CDGA 1ZJBA 3L4YA 3VDHA 4PMDA 4D6GA 2G8ZA 3SEPA 2VRKA 2ZUNA 1ISYA 1B3XA 1UH3A 2E8YA 3CZEA 1BGAA 1C3FA 2YDRA 1UKOA 2QF8A 1J0YA 2V3EA 2GJPA 1VAHA 4H8UA 2XWEA 2PBOA 1ODZA 2OYLA 5A6KA 4AC1X 1CGTA 1UKPA 3GYCA 1CGYA 1J12A 4WSJA 4AMCA 1XYZA 4MNKA 1Q4NX 1G0CA 1LL7A 3WDHA 1QW9A 1SYTA 4CN4A 1EQPA 3RILA 4ACYA 1J0KA 1EDGA 5ABEA 3WFZA 5LA1A 1QI4A 5EFFA 3AHYA 2O92A 3GTNA 1JAEA 3QR3A 2XFRA 2J75A 5HXMA 1TZ7A 2W5FA 4HZ6A 3M46A 3WQVA 1VFOA 2XSAA 4JFTA 1E40A 3VD3A 3UR7A 2ZXDA 2EQDA 2Y5EA 1DP0A 4MDOA 4UCFA 4WF7A 2B31A 1B90A 1NOFA 1UR0A 1WZAA 8A3HA 1EH9A 4JL1A 4FLQA 1WP6A 1NWUA 2E3ZA 3MUAA 1KB3A 1W3JA 5FKYA 4HOWA 2J7HA 2VL4A 2WC4A 1WKYA 2X05A 1V6UA 4UFLA 1CWYA 3MMUA 3RIKA 3PZNA 4CD8A 3S2CA 1VEPA 4P8UA 3IANA 3RJXA 2D1ZA 2YOCA 2E40A 2G3IA 1DWJM 4MNJA 1CGXA 3ARQA 2NSXA 5A8QA 4AZHA 4PMQA 1F4AA 5A6JA 2IXVA 2UY4A 1MW1A 2WHJA 1RD6A 1PIGA 1W3LA 3WNPA 1HJXA 2DSWA 3T0AA 1RPKA 2J47A 1JNDA 2WB5A 1W1YA 1JZ7A 4DWSA 3QHOA 4IUGA 3U5YA 1J0HA 1KQZA 4AZ6A 4JFSA 1ODUA 3OIHA 5I78A 3ARPA 3M6DA 3UR8A 4UFHA 2WSPA 1E4NA 3IJ9A 1EXPA 2XM1A 3PN8A 1HVQA 5E70A 3FN9A 5M03A 1CXKA 3WUFA 3N9KA 4XV0A 2FH6A 1OD0A 1D3CA 2XTKA 1JYVA 1WCGA 1V3KA 4WKAA 4WLCA 3AS2A 2OWCA 4AD2A 1UA7A 4PMUA 1VRXA 1TVPA 5HDRA 2D3LA 4HA4A 4FLOA 3VD5A 3FNDA 4DM2A 2DT3A 3GXFA 4J3VA 2CIPA 4P7OA 5GQBA 5CPSA 1M03A 1VIWA 1VFMA 3O2LA 4GZEA 3N11A 1E0VA 3WDPP 4AZGA 4MNMA 4OOUA 2YL8A 1W1VA 4M24A 1LWJA 2WVUA 3SCPA 3B9EA 1UWSA 3SCWA 3CLWA 2JIWA 4OUEA 4D1IA 2NT1A 3SIMA 5A8NA 3MUIA 4GZJA 5DF0A 5D4YA 3PBGA 5GNYA 5A6AA 8CGTA 2J7CA 3AHXA 4CD5A 1ISZA 3NSMA 4PTVA 4IPLA 1E0XA 3SCUA 4UQAA 3HN3A 4CGTA 5A2BA 2F8QA 4ZEPA 3AMDA 2CNCA 3J7HA 1HKIA 3A47A 3KE0A 2VR4A 3W37A 2CHOA 2XM2A 3AIRA 3DYPA 5DO8A 2E4TA 1CGUA 3AHZA 1KXHA 4TVCA 4F9JA 2VQUA 2W91A 4UQBA 3WD1A 5ABFB 2XSBA 1V3IA 2GDVA 5CZKA 3BXWA 3AYRA 2EPLX 4HU0A 3WQ4A 5DMYA 1UZ1A 3W53A 4CD4A 1C90A 1V02A 1J9YA 1ZBVA 3FXYA 3AI0A 2BVYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2VX7 A;  3N1A A;  3WMB A;  1M01 A;  2EBN A;  3SUS A;  3MV0 1;  5JIW A;  1JZ4 A;  1HP5 A;  1E70 M;  1W9B M;  3EDK A;  3VDC A;  4E2O A;  4EAM A;  2ZX9 A;  4W85 A;  1B0I A;  4TX8 A;  2WVV B;  5M5D A;  3WNM A;  1CPU A;  2VR5 A;  3TTS A;  2YJQ A;  4MB3 A;  5D9O A;  4PMY A;  3PTM A;  3ARY A;  1ZS2 A;  1W2V A;  1UKT A;  2DIJ A;  4RE2 A;  1J0I A;  1PX8 A;  3K4D A;  3CO4 A;  5ECU A;  1EIB A;  2FH8 A;  3WUG A;  4ZE4 A;  3BLK A;  3TA9 A;  1KGU A;  2WCG A;  2UY2 A;  4D6I A;  3ZT5 A;  4XB3 A;  2J77 A;  1UKQ A;  3L2M A;  3WF2 A;  2GK1 A;  4ZXL A;  4QLK A;  3FHQ A;  7TAA A;  3N12 A;  2VVN A;  3NSN A;  1UH4 A;  2XIB A;  7A3H A;  4Z2I A;  1TUX A;  3SUW A;  1QI0 A;  1EHA A;  4DUW A;  2J7F A;  2WMG A;  5FL1 A;  3K1D A;  1BYA A;  1NQ6 A;  5BWF A;  4GQQ A;  3VVG A;  4E8D A;  3T2P A;  1E6S M;  1X1N A;  2XHY A;  1GOQ A;  2BHU A;  2Y2W A;  2NW0 A;  5GPR A;  2DSV A;  1PZ2 A;  3N15 A;  3ZO9 A;  1PZ3 A;  3RME A;  2CER A;  1PJ9 A;  1H09 A;  3OGS A;  4UOQ A;  3A4X A;  5A6B A;  4WKF A;  3WQ6 A;  3MS8 A;  4UFI A;  4IIS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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