3CIVA

Crystal structure of the endo-beta-1,4-mannanase from alicyclobacillus acidocaldarius
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
316
structure length
316
Chain Sequence
ESAFDLGFIRGMTFGFVGQHGTWGTDEARASMRALAEQPFNWVTLAFAGLMEHPGDPAIAYGPPVTVSDDEIASMAELAHALGLKVCLKPTVNCRDGTWRGEIRFEKEHGPDLESWEAWFGSYSDMMAHYAHVAKRTGCEMFCVGCEMTTAEPHEAMWRETIARVRTEYDGLVTYNCNHGREEHVRFWDAVDLISSSAYYPIDRWRDRVPVLREVAEAHEKPLFFMEVGCPSRSGSGACPWDYRHPGAVCLDEQARFYEAMFAAMPDEPWFKGYMLWEWPWKLYPREAASEDGSYCIYGKPAEDVVARAFSAIANR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Biochemical and Structural Characterization of the Intracellular Mannanase AaManA of Alicyclobacillus acidocaldarius Reveals a Novel Glycoside Hydrolase Family Belonging to Clan GH-A
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endo-beta-1,4-mannanase
molecule tags Hydrolase
source organism Alicyclobacillus acidocaldarius
total genus 125
structure length 316
sequence length 316
ec nomenclature ec 3.2.1.78: Mannan endo-1,4-beta-mannosidase.
pdb deposition date 2008-03-12
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3civA00
4Z2LA 2YA2A 1KGXA 3WF4A 1TCMA 4Q22A 8A3HA 1H11A 1OT1A 3WH9A 3QHOA 2YA1A 1E71M 1V3LA 5BXPA 2EJ1A 1NWTA 2WXDM 5DT5A 3WF3A 3UG5A 4OOZA 1FP8A 3LPFA 3M46A 1MXGA 5JUVA 4AZGA 4QLKA 4MB3A 2BY1A 4ATWA 1PJ9A 4AZBA 2WZEA 1Y7VA 4LYPA 1B31A 1WKYA 2O9OA 1GNXA 3NDZA 3DHPA 3FHAA 3NUKA 5EMYA 4MJ2A 1BYCA 2WC3A 2D20A 3AZRA 3KWXA 3K8LA 3VIIA 1V0MA 3VIKA 3N13A 1JI2A 4AZ6A 4AD5A 4QLLA 1V3JA 2VT0A 3QGVA 2GFTA 2YBUA 2WBKA 3CH9A 2Y4SA 4FK9A 5AC4A 3ZT6A 5I5RA 3PZTA 1TFVA 3OLGA 2A3CA 3CUFA 2CHNA 1JZ5A 1HVQA 1NWSA 2YBTA 3W6LA 2CBUA 3AISA 4M8UA 1NP0A 2PWHA 4UFIA 3BC9A 1PPIA 1J18A 1IV8A 3BAIA 3TONA 1FP9A 2CCRA 4M81A 1WPCA 4UFMA 2XVLA 1ZBKA 2G3NA 1JZ8A 1J0YA 1V0KA 1UWQA 4AD3A 1V3MA 3SCNA 4D72A 1HJXA 1SYTA 2IXVA 3L4ZA 3WIJA 1QBBA 4FLRA 4RE2A 1GOIA 1W3LA 3CLWA 5F7UA 5D9PA 2PWFA 4W93A 3SUWA 2BS9A 3M07A 2CETA 1O6IA 1CZ1A 2V5CA 2A3EA 2V3FA 2XTKA 1BAGA 4JFWA 3WD3A 1V6XA 3RM8A 2ZUNA 3AHZA 3AICA 4W86A 1X6NA 5CQ1A 4AIEA 1GQJA 1C91A 1E56A 1B3ZA 2TAAA 1AQ0A 2EPMX 1DWAM 3WENA 7A3HA 3W24A 2GJXB 1W3HA 1FA2A 3PTMA 1W9VA 4AISA 1K9TA 4L4PA 1QPKA 5CPQA 4ML4A 2J47A 2VRJA 3VTRA 4PMNA 4J3VA 2VZUA 3VGEA 1W3JA 1VIWA 3KL3A 3VKKA 4PMZA 1B3VA 1EO5A 5E0CA 5CPTA 2XYLA 5HNNA 1OCQA 1MYRA 2YDRA 3W25A 1W32A 3WNLA 1NOUA 1LL4A 1U2YA 4PMOA 3VD5A 4AYSA 2WLZA 3RCNA 4TVUA 1TG7A 5FD0A 4HMDA 2OWCA 1UD2A 4NRRA 4J3WA 5A94A 1CLVA 4KH2A 2GDVA 2XFFA 4CU8A 2OWWA 5M03A 3VUPA 2JF6A 4U33A 5TD4A 5GPRA 3UR8A 1FHLA 4P8XA 1GCYA 2WLYA 1VB9A 1ITXA 1J12A 1UHVA 1ISWA 5DT7A 2AAAA 4QDMA 3BGAA 2ZX6A 2YL5A 1QHPA 1BTCA 2UY5A 2VZTA 1KWGA 3VM5A 2D24A 3L4UA 1DWFM 2BY3A 2EPKX 3CUJA 2V3EA 1W1YA 3M6DA 3VGBA 1RD6A 2BHYA 4OOUA 1J9YA 3WELA 1LL6A 4AEEA 3TTQA 1JI1A 3VD9A 1C90A 4WIWA 3CGTA 1IZJA 2WKLA 2WK2A 1JD7A 5A6AA 3BAXA 3RMEA 2CBIA 1GZJA 1K9EA 4P8UA 2W4XA 3WY1A 3CUHA 1TVPA 3VX1A 5A95A 3AHYA 2VO5A 2UY3A 5ABHA 1HL8A 1Q4NX 4JFSA 2EXOA 1AQMA 1M03A 2WSKA 2YA0A 4OJYA 4U2ZA 4FMVA 1BQCA 3GYCA 5FOOA 4GKLA 1E0XA 3DC0A 4BQ3A 2VTFA 2PB1A 3U5YA 1UWSA 1GJWA 3DECA 1UD4A 4PRWA 4JFUA 4M56A 3CHCA 3CZEA 1B3XA 3WQ5A 1OGBA 3WDQA 5GQBA 3MSDA 4FLQA 1QHOA 3ARWA 4A4AA 3ECQA 1W9PA 1C92A 3AXHA 1HP4A 4AD1A 2WMHA 4QLJA 4OZOA 3A4AA 4MAZA 3ZM8A 2GDUA 3I3EA 1N82A 3WF1A 4IM4A 4MPKA 4JKKA 3BLKA 1CGTA 2B31A 2G3IA 2ZX5A 4PMRA 2Z1KA 1E4NA 1CGYA 2D22A 1I1WA 5E09A 4D6EA 3ARZA 4HPGA 2GJXA 3FHQA 3VIMA 2D0HA 1CLXA 2J7CA 5CGMA 2J75A 3VD3A 4XZWA 1H49A 3FW6A 5EFDA 3PN8A 4KGJA 4AZ5A 4N42A 3BAJA 5BROA 2W63A 1B1YA 2CPUA 4EK7A 4MDPA 3UEQA 3VVGA 1UD6A 3CZLA 1E0VA 4ZXOA 1LWJA 3AIEA 3OLDA 2BHZA 3POHA 3SCWA 1EHAA 1RP9A 2X0YA 3GNRA 3WDJA 3WNOA 2VUYA 5BWFA 3AYSA 4J28A 3EMCA 4XX6A 3PZ9A 3MUY1 3OB8A 1NM9A 3IAPA 5ECUA 2J7BA 1FH8A 3AHXA 1EDQA 5A8OA 3IJ9A 1F4HA 4M82A 5I2UA 3EMQA 5A2BA 4D71A 4CN4A 1S46A 3WDRA 1UR8A 2FHBA 1DHKA 3SUUA 1JZ7A 3DHUA 3THDA 1EDTA 2EPNA 5E9AA 2PF0A 1BGGA 1HKJA 3VDBA 4AXNA 3ZSSA 3KEHA 1V6VA 1KR0A 4GI6A 2C0HA 3KZSA 4BA0A 5E0FA 4P7LA 1BFNA 5A8MA 4RL3A 1KWKA 2XSBA 3B9EA 4TTUA 6CGTA 1H0GA 3UR7A 3UCQA 2XVNA 1UWUA 4BQ5A 2NT1A 1GUVA 2D3NA 3WNKA 1EOKA 5E6ZA 1PZ3A 1NOFA 1CGWA 1P6WA 3SCUA 4ZXLA 2XWDA 4GPNA 1MW3A 1M53A 2A3BA 1SFSA 3EYPA 1E72M 4IUGA 2WHJA 2VOTA 2V3DA 4UFKA 1ZS2A 3S6TA 3CMJA 2ZOXA 5JIPA 1B90A 4D6HA 3MMDA 3VMNA 6TAAA 1VRXA 3K8MA 5BRQA 4D1JA 1UKSA 1ZJAA 1XYZA 4EE9A 1W9XA 3A47A 2ZUTA 3WBEA 2XVKA 1DWGM 2WBGA 1FFQA 1UYQA 3IK2A 2YKKA 5HPCA 1VJZA 4TOQA 3N12A 3AROA 1JDDA 1KXQA 3PHAA 4J3UA 1MQRA 2E4TA 3ZT5A 1UWRA 4W89A 2RGMA 1VJSA 5GNXA 1V03A 3CHEA 1HVXA 3FAXA 5CSYA 4F9DA 1L8NA 1ISVA 4MNMA 5A8QA 4S3KA 5D9OA 1E6RA 7TAAA 3GH5A 4AW7A 3OZPA 2J7EA 1CXHA 1EQPA 2J7HA 3WL1A 1G0CA 2F61A 4HOZA 1QNOA 2CBVA 2WZHA 4W84A 4X0VA 3GXDA 1XH1A 1JZ3A 1IZKA 3ARYA 1XSKA 4V27A 2ZWYA 1HN1A 2GVYA 2W67A 4F9JA 4DM1A 3VD7A 3RJXA 1ZJBA 2QV4A 2O92A 3G6LA 1CPUA 3POCA 3SUVA 2WM0A 4J27A 4D6DA 1FH7A 1XRVA 1EQCA 3B9AA 1GOMA 3BCDA 3VO0A 2D0FA 3K4AA 9CGTA 4PCTA 1GOWA 2HVMA 3WNMA 3FAWA 5A2CA 4FLOA 2J78A 1JXKA 1ZBVA 2YIHA 4UOQA 1V3HA 1HX0A 3GZAA 4DUVA 1JYNA 1E0WA 4B16A 4CN1A 4UQDA 2EEXA 3SEPA 1W2PA 3CUGA 3WQWA 3FN9A 3T0DA 3ARTA 4JKLA 2IXUA 4QFUA 3WF0A 2EO7A 3WDHA 2F2HA 2RGLA 5A6BD 1OT2A 3O2LA 4C7DA 3VGFA 4HZ8A 2VR5A 3PZMA 5BXTA 1VF8A 1XD1A 4PUDA 4D6CA 2VZSA 5D9MA 2FGZA 1BYDA 3AIUA 4DM2A 2FHFA 1CXLA 4CD7A 4LGXA 1H4PA 1BYBA 1TE1A 3OZOA 3D3AA 1Q6FA 3CZJA 4MADA 3AS3A 1E40A 1E70M 1JIBA 1X1NA 1JXJA 1L0PA 2X0HA 2UWFA 1E55A 4W87A 4GQQA 2VQUA 1J01A 1D3CA 1JAKA 1TA3B 2DIJA 1EH9A 2GK1B 3AS1A 4GO8A 1ZU8A 1VFOA 1XC6A 1V08A 4X9YA 2X09A 3MSGA 4P7QA 3WUEA 1WP6A 2F8QA 1JFHA 1OSEA 1MWOA 2VZVA 1W1PA 1GJUA 4WK9A 1U30A 4E2OA 5HDRA 5IXEA 4QCFA 2G3MA 1UA7A 2E3ZA 4W7UA 3SCQA 3MUIA 3NSXA 1OB0A 1VEMA 1J0ZA 3A4XA 2ZUUA 5EFFA 1WZKA 3AHTA 1HKIA 2OWXA 2WVTA 2J7GA 3CBWA 3MV11 1CECA 2CKSA 1D7FA 2XG9A 1WDPA 1UD8A 3OG2A 3SUTA 3VIOA 1UKPA 3ARVA 2WVSA 4NI3A 2BXYA 3EDJA 3MV01 2VVNA 4UR9A 3EMZA 3SCOA 4ACZB 1H5VA 2YDSA 1CXEA 4N0RA 4UFLA 3IJ8A 4M1RA 4Z2KA 3MUZ1 5JBDA 2AOSA 2WKGA 3ZR6A 4B3LA 1GPFA 1WO2A 5GNYA 3PZNA 1MFVA 3NJ3A 4XZBA 4CVUA 4A3YA 3UERA 2DDXA 3UG4A 1WZAA 3WMBA 3WF2A 2NSXA 2DT3A 1E1FA 5M3WA 3VOCA 1E6QM 2JFEX 4LYQA 1R87A 5JBFA 5M17A 4IISA 4J3TA 1V3KA 3ARPA 2WVVB 2VNCA 2E9MA 3QOKA 5CZKA 2Y8VA 1QI0A 3VIJA 2VX5A 3W81A 1C7TA 2BVYA 3CO4A 2J25A 2WMGA 3PZOA 3EDFA 5LA0A 3O9NA 4HZ7A 5I79A 2DH3A 1QW9A 1J10A 1ZB5A 3F5KA 4NZCA 1ITCA 2CBJA 4DWSB 2EBNA 4H41A 1E6ZA 2VX6A 5IHSA 2DSKA 4BF7A 1UUQA 2G8ZA 4MNLA 3AIQA 2O9RA 2OSYA 1V3IA 2VX4A 4BQ2A 2YLLA 5CPSA 2ZXQA 3W0KA 4MB1A 4XV0A 1NWUA 1ISXA 1B30A 4WSKA 2D3LA 1JYWA 2EQDA 1QI3A 1MW0A 3SUSA 1UG6A 3N15A 3RIKA 4X0NA 1UH4A 3GH7A 1KBKA 3OLEA 5AYBA 3T2PA 4PMUA 1H09A 1V6UA 3PZGA 2VRQA 1X6LA 5I6SA 1TA3A 2O9TA 2GK1A 1EIBA 1HXJA 3LPOA 1GHRA 3GH4A 1OWQA 1WDRA 4GZIA 4U3AA 3BAYA 3ARQA 1HJQA 2IUZA 1XGZA 2BHUA 5A3HA 1RP8A 2ZXDA 4CUCA 4HMCA 1BGAA 4UZSA 8CGTA 2Y8KA 3G6MA 3L4YA 1CIUA 1R7AA 4UOJA 4JFTA 3WD0A 1WAWA 3WFZA 4F79A 2WHKA 4HP5A 2JALA 4HA3A 4ZFMA 3PZUA 3RM4A 4D1IA 4DWSD 3B8SA 5BYWA 4WLCA 1E5NA 1PX4A 3TTSA 3UETA 2FGLA 3TP4A 1UH2A 3AMGA 2ZE0A 6A3HA 5BXSA 3WEZA 1CGXA 2V38A 4LYRA 4AMCA 3AS0A 2XIBA 4JZ5A 4WJXA 5ABFB 3NCOA 2O9PA 3BXWA 4H8HA 1CEOA 5HOSA 4ACZA 1CGUA 3K8KA 3A3HA 4JHZA 4EKJA 1HJUA 3N17A 1GQKA 4PMYA 2YL8A 2C8NA 4ATLA 2W61A 3I3BA 1VEPA 1V0LA 3WD4A 3WSUA 1E43A 4EANA 3WH6A 4AZIA 2YL9A 5I24A 3ZJ8A 2YDQA 1NH6A 4DWSC 4FLSA 2VX7A 4MB4A 1GVIA 4GXPA 4UFHA 1W2VA 1WB0A 2D1ZA 1JZ4A 4AWEA 5A8PA 1EHNA 2XSAA 3L2LA 1B3WA 3RILA 2J7DA 1I1XA 2WNWA 1US2A 1PX3A 3VDCA 2XJ7A 3WMSA 3EDEA 2YOCA 2X1IA 3AMDA 2OLHA 1KGUA 2OSXA 2WHLA 1ZBCA 3GDBA 2FDMA 1UKQA 3CZKA 1GOKA 1QVBA 2PBGA 4PYSA 4WF7A 1KCKA 4D6FA 1JFXA 4Z2GA 4W7VA 1W91A 4HTYA 4C7FA 5HXMA 1CBGA 2OYMA 1ODZA 3VDHA 3CTTA 1MFUA 4AEFA 1H1NA 1JD9A 1MW1A 3HMCA 2VURA 2VMFA 5BCAA 1BHGA 4B15A 1VFMA 3OIHA 3F5JA 1E6XM 3AJ7A 4JAWA 4P7OA 3N18A 1BG4A 3WKZA 4CVWA 1E5JA 4IPNB 1WZLA 3AXIA 3EDDA 3MMUA 3NDYA 5A69A 2MANA 4K68A 1UWTA 2DQXA 3ARUA 4B9YA 2WYSA 4E8CA 1KQYA 2WCSA 2E8YA 4F66A 3SURA 1H0IA 1R7OA 1RH9A 1WNOA 4U5IA 4AZCB 4AIUA 2E8ZA 3W37A 4W8BA 1FH9A 4IPLA 3FY1A 3WDIA 2E0PA 1Q6GA 2VC9A 2BXZA 4DUWA 2ZX8A 1QNRA 2NW0A 2Q8XA 5I77A 1MQQA 5AYIA 4HPHA 4QAWA 4F8XA 2CHOA 3VGDA 2JE8A 2D0GA 5DMYA 1F4AA 4BCEA 1E4LA 3W82A 3VD4A 4JKMA 2D2OA 1E4MM 1OD0A 1DEDA 3DYMA 3AIBA 3AXXA 1UQYA 4BS0A 1UR2A 3AZSA 3BLPX 3WQ8A 4HOXA 2ZXBA 4U31A 4R5EA 4PEEA 4UFJA 2W92A 1HF6A 3AFBA 3EDKA 1HIZA 2DEPA 2J4GA 5I0DA 1XCWA 4ZEPA 3TOPA 2YL6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Z2L A;  2YA2 A;  1KGX A;  3WF4 A;  1TCM A;  4Q22 A;  8A3H A;  1H11 A;  1OT1 A;  3WH9 A;  3QHO A;  2YA1 A;  1E71 M;  1V3L A;  5BXP A;  2EJ1 A;  1NWT A;  2WXD M;  5DT5 A;  3WF3 A;  3UG5 A;  4OOZ A;  1FP8 A;  3LPF A;  3M46 A;  1MXG A;  5JUV A;  4AZG A;  4QLK A;  4MB3 A;  2BY1 A;  4ATW A;  1PJ9 A;  4AZB A;  2WZE A;  1Y7V A;  4LYP A;  1B31 A;  1WKY A;  2O9O A;  1GNX A;  3NDZ A;  3DHP A;  3FHA A;  3NUK A;  5EMY A;  4MJ2 A;  1BYC A;  2WC3 A;  2D20 A;  3AZR A;  3KWX A;  3K8L A;  3VII A;  1V0M A;  3VIK A;  3N13 A;  1JI2 A;  4AZ6 A;  4AD5 A;  4QLL A;  1V3J A;  2VT0 A;  3QGV A;  2GFT A;  2YBU A;  2WBK A;  3CH9 A;  2Y4S A;  4FK9 A;  5AC4 A;  3ZT6 A;  5I5R A;  3PZT A;  1TFV A;  3OLG A;  2A3C A;  3CUF A;  2CHN A;  1JZ5 A;  1HVQ A;  1NWS A;  2YBT A;  3W6L A;  2CBU A;  3AIS A;  4M8U A;  1NP0 A;  2PWH A;  4UFI A;  3BC9 A;  1PPI A;  1J18 A;  1IV8 A;  3BAI A;  3TON A;  1FP9 A;  2CCR A;  4M81 A;  1WPC A;  4UFM A;  2XVL A;  1ZBK A;  2G3N A;  1JZ8 A;  1J0Y A;  1V0K A;  1UWQ A;  4AD3 A;  1V3M A;  3SCN A;  4D72 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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