3CLM | Genus

Total Genus 150

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	150
sequence length	352
structure length	352
Chain Sequence	GMTILSDVKALGQQIWLDNLSRSLVQSGELAQMLKQGVCGVTSNPAIFQKAFAGDALYADEVAALKRQNLSPKQRYETMAVADVRAACDVCLAEHESTGGKTGFVSLEVSPELAKDAQGTVEEARRLHAAIARKNAMIKVPATDAGIDALETLVSDGISVNLTLLFSRAQTLKAYAAYARGIAKRLAAGQSVAHIQVVASFFISRVDSALDATLPDRLKGKTAIALAKAAYQDWEQYFTAPEFAALEAQGANRVQLLWASTGVKNPAYPDTLYVDSLIGVHTVNTVPDATLKAFIDHGTAKATLTESADEARARLAEIAALGIDVETLAARLQEDGLKQFEEAFEKLLAPLV

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of transaldolase (YP_208650.1) from Neisseria gonorrhoeae FA 1090 at 1.14 A resolution rcsb
molecule keywords	Transaldolase
molecule tags	Lyase
source organism	Neisseria gonorrhoeae
total genus	150
structure length	352
sequence length	352
ec nomenclature	ec 2.2.1.2: Transaldolase.
pdb deposition date	2008-03-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00923	TAL_FSA	Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3clmA00

2H3BA 1Q6LA 1L9WA 2E6AA 5HUOA 4NNCA 1P1XA 1W5NA 3KHJA 1KA9F 3B0PA 4LWWA 3PY2A 4C1KA 4PL2A 3RMJA 3L5MA 2GUUA 1TPUA 1V5XA 1KM2A 2JGYA 3GR7A 2QKFA 5LKYA 4HNTA 1IXNA 1H7OA 3ATZA 3BGJA 4UXDA 2A7NA 3W2LA 4UTWA 3LCXA 1I8JA 1O60A 1XFBA 1XBXA 3QC3A 4JX5A 2Y61A 4DO5A 3NL6A 5K9CA 1QO5A 4UFMA 1HO4A 4UTKA 4ZQNA 1SO4A 3W7DA 1H1ZA 2A6NA 3PBVA 3FIGA 5T26A 3WFAA 2CU0A 1KFKA 3N34A 4FXSA 1G67A 3C2VA 4DPPA 5FEWA 2OT1A 4ZQCA 3TAKA 4ZL1A 4GXMA 1GQNA 1XCFA 2ZA3A 4KFNA 1OK6A 1TPVA 1ONRA 5D2WA 1XBVA 3IIXA 3QW4B 1FX6A 4MKNA 2Y70A 4RK8A 4PA8A 2ZRVA 2ABBA 2X1TA 1VH7A 3G1SA 5LSMA 1W31A 1TREA 1YXDA 2Y6ZA 2DZPA 3FLUA 5HWNA 1OFDA 5C2XA 2OMAA 1R47A 3B8DA 1H7WA 1FWSA 1D9EA 4E2DA 2RDUA 1VYPX 3CHVA 4PEKA 1DV7A 4BI7A 1I4NA 1ZFJA 1KV8A 5D2TA 1OFRA 4MVAA 4LUIA 4LOCA 2KZHA 3GDLA 1OFEA 5F1UA 4JTUA 3UWWA 3OHIA 3GK0A 4MPQA 4RR4A 3S8HA 1YADA 4CLMA 1XC4A 1DKWA 1TYGA 3IV3A 3G1XA 3HPZA 5L9FA 2QCFA 1MEHA 3NQ7A 2JKAA 4GUJA 4X9SA 4ZQRA 1OYBA 5I3HA 4O18A 5DCBA 3IIZA 3GZ3A 3UWYA 5LNSA 3UWQA 1T0OA 1X1ZA 4S2BA 4UMBA 3O05A 4O8RA 1EEPA 5AHIA 3O63A 5L6UA 1C9DA 2WOQA 2TYSA 2C6QA 3M41A 5KMYA 1PVNA 3L67A 5I3IA 3WJXA 3F03K 4S2CA 3QMTA 4FIQA 2OT0A 5AYXA 4J9JA 4BK9A 1KFEA 1G4EA 2GVGA 2XN1A 4GUGA 4JNMA 1K7FA 4MZ1A 3ABOA 3E0IA 3LM7A 1WQ5A 1L6SA 4JYEA 4TO8A 1P5BA 3HIJA 1WOAA 3EX2A 3F4NA 4NUWA 3DFOA 4N2YA 4DO4A 4HPJA 4Q4KA 3BG3A 1CI1A 3Q94A 4NU7A 3PSWA 1F76A 1HO1A 1VGAA 1KFLA 2E6FA 3T7VA 2VFHA 3GDRA 2BTMA 4K7YA 2FQIA 3LI0A 3SFKA 3QQ0A 3B05A 5A5WA 1WBJA 2YDAA 3W2JA 1SFLA 3HGRA 2FIQA 3UXAA 2CZDA 3GXTA 4GUFA 2VEMA 2J24A 1YTKA 1YXCA 3WK0A 3RU6A 1G7VA 3L5LA 3QF0A 4UTTC 4Q33A 3O8AA 3W1AA 3W86A 1TMHA 2CWNA 3DH7A 1FWRA 3UD6A 5G1YA 3NG3A 1FDZA 3IGSA 5KINA 1SR9A 4S1FA 1DHPA 2HS8A 3S1VA 2QJIA 1OFAA 2VFGA 2Y62A 3GLCA 5DXYA 3S1UA 4O4VA 3NPUA 1JRCA 3FYOA 4FXRA 2YCEA 3UNDA 1KM1A 4D2JA 3S5ZA 2H3DA 2Q8ZA 1T96A 3CIWA 1UJPA 3NQVA 1B57A 5G2WA 4ONVA 4Z0JA 3W1UA 3P5ZA 4JTGA 1WA3A 3LOTA 4O14A 3IIPA 1LLZA 1J2WA 2PURA 3IGUA 1O4UA 2E5BA 1OHLA 4MY8A 1XI3A 5C6MA 1DQXA 1LOLA 3P84A 4AXKA 1THFD 1UUOA 4A21A 4XUGA 3DHFA 4AF0B 3NQDA 3SGZA 1EP1A 4G1KA 4WQ6A 2V9DA 3PB0A 3WK1A 2Q8LA 4UTWC 4CNNA 4LS2A 1YTDA 4M5PA 5LHFA 4MLRA 4LVBA 5D04C 3TQ0A 4O12A 3AJXA 1D3GA 1SO6A 4LC6A 2QCDB 3L0KA 3CWNA 4K6AA 1JCXA 4KWVA 1LDCA 3UXDA 2CLLA 2TRSA 3GDKA 4FNSA 3QH2A 4JTIA 2FDSA 1PE1A 3LV6A 1PCKA 5HNRA 2W0UA 4NVTA 1A5BA 2G97A 3TX9A 4XTDA 2C14A 4L4MA 4LTSA 1K8XA 2E1DA 1GOXA 5TIMA 3I7QA 4ZQMA 4K7VA 1NF7A 2DP3A 1LCOA 2JGQA 2V82A 7TIMA 4N6EA 2A1YA 5BW6A 3IEBA 3TU9A 3DI1A 4NJIA 1UBSA 1ICPA 3BVJA 1Z41A 2Z6JA 1K3UA 1YDOA 3TSDA 4JTFA 4YLWA 4Z1BA 2IQTA 3HG5A 3M5VA 4XQ6A 4JEQA 2EF9A 3PR2A 2CLKA 2A5HA 2DZUA 2YYUA 3O6YX 3O16A 4U28A 3W71A 5K2ZA 4DBDA 3ABSA 1BWLA 3TXVA 3U6WA 4BWLC 4GUIA 2I1OA 1W5QA 5D03A 5K9XA 3ANYA 5DLCA 2ZZ2A 1TIMA 2NX9A 4QNEA 3P8IA 4NJGA 4Y9AA 1KFBA 4FHAA 1G4PA 4O52A 4LVGA 3RF9A 4JYDA 3JS3A 1R2RA 4HIBA 3WK3A 4TU1A 4QIUA 1JCYA 1N55A 3W07A 1W1ZA 3MYOA 2E5DA 2Q3RA 1QDSA 4H6KA 4JTEA 4DELA 3PBUA 1AW5A 4NT0A 2CFFA 4RZ4A 4JIPA 5AN7A 1JCMP 1SUXA 2C15A 1ZAJA 3NQFA 1ME7A 4M7TA 3W70A 2C16A 3TMQA 1EIXA 3L21A 4HSNA 4GFSA 1WX0A 4FEZA 3HGSA 2BXVA 4MJMA 4YMZA 3HPSA 1X7FA 1W37A 3BV4A 1SO3A 1X6UA 4I7UA 1ZJIA 2G96A 2PCQA 3W84A 4TIMA 2NV2A 5HULA 3FS2A 5F2GA 1KV5A 2ZTJA 4OGZA 3TIMA 2QR6A 1SW0A 3W2MA 4Z0SA 1TPH1 3BG5A 3W1PA 1N8FA 4A22A 4WOQA 3BW3A 5H91A 2V2CA 4LW7A 4O28A 4IXHA 4O13A 2ZDRA 3QQ1A 4KFPA 1H60A 4FNQA 1LRTA 5U7SA 3N2XA 4O0ZA 5G4WA 3TFCA 3PVFA 3NGJA 5TBOA 1F74A 3W1NA 3G22A 4JDBA 3FA5A 1K03A 2RKXA 3OBKA 2Y7FA 3LLFA 1OVDA 5DCEA 4NJHA 2V2HA 1QCWA 1KTCA 2PE4A 4ADTA 4PCFA 4IQLA 4GRSA 1TPB1 3HGJA 3W83A 1VJIA 3W7OA 1VRDA 3W72A 5HWMA 3GYEA 5K4ZA 2F7FA 1YYAA 3NQEA 1VCGA 4LRSA 3C4UA 3EWZA 5D2VA 4JTLA 3QMSA 1NSJA 1VHCA 1LBMA 4DF2A 4N9CA 3UY7A 3HJZA 1PIIA 5F4SA 3V1PA 5D2YA 4A2RA 3SY5A 4M19A 4MUZA 3BO9A 3Q58A 2YYTA 3TCEA 1JCJA 3NL5A 4BR1A 3G1YA 1LRNA 1LYXA 3N9RA 5G2IA 1GG1A 1W5OA 1GG0A 5CZJA 4JX4A 3UWUA 4H3DA 2NUYA 3HO8A 3N2MA 3TFXA 1OFQA 2DZXA 3HBLA 4TMCA 3L68A 3FJLA 2QDHA 3E12A 1R30A 3WJZA 4YCOA 2J9XA 1KFJA 1YDVA 3DHDA 4JY8A 4BFAA 3C8FA 2RFGA 3I65A 2WNZA 4N4QA 5FF2A 3QSTA 4WOZA 4R7JA 3VCRA 2NWSA 3W2UA 4NJJA 2VFFA 3GAKA 4NJKA 1DORA 3TV8A 2QJHA 3MHUA 4NXSA 4DPQA 3TUUA 2QUVA 1VZWA 3BLFA 2V5BA 1EX5A 1OABA 1SO5A 1X1OA 1XUZA 1NAL1 3L0NA 1X8FA 4R34A 1F2JA 4QAIA 3NL2A 2FFCA 1FXPA 4E0CA 2A7RA 5CZ0A 2QCDA 3A22A 1RQBA 4ORIA 1JR1A 4IPIA 5G1TA 5I3JA 3NPWA 3PB2A 1ZALA 4WXZA 1UB3A 4IWWA 3C56A 4P61A 4M6VA 1TRDA 2G95A 3G1FA 2GPTA 1HG3A 1MSSA 3E02A 1WXJA 4NX0A 1MO0A 3KVMA 4I9AA 3E96A 1QR7A 3L2IA 3NPVA 1OG0A 2VFDA 5AHMA 1I2RA 1IXQA 4I7VA 4MOZA 1OFPA 4JX6A 3MHFA 1K7EA 2ZZ3A 3LI1A 3HG3A 5D30A 3TW6A 1WDWA 2TPSA 2FJKA 1A53A 3G3MA 1UCWA 1GTHA 1K8ZA 2TMDA 3QPZA 3W1XA 3IIVA 2I9EA 1O95A 1P0NA 2NXHA 3NDOA 1JCLA 3G1AA 4N9BA 3S6DA 3CU2A 3GR8A 1VYRA 2B7PA 4RXGA 1VPXA 1JRBA 3NVTA 3TC6A 4MFEA 4RLIA 1PV8A 4FNTA 5F2LA 1TPEA 4QNWA 5FF7A 1RD5A 3TC7A 4O1CA 2UV8G 1UUMA 4HSOA 3KFTA 3UQNA 3P8JA 2C18A 1BEUA 2QCMA 3W23A 1F6PA 4OWGA 1G69A 4QJ1A 5F4WA 2H6RA 1OK4A 1RR2A 3P74A 5HR6A 3PBYA 4Y6GA 1NEYA 3VI2A 3W7JA 2WNNA 2E6YA 3C2EA 3L65A 3GVGA 3H53A 5D09A 1P0KA 3TMLA 3W7MA 3W7KA 3G24A 1A5AA 3LHYA 3SIZA 3LERA 3EXSA 4DF1A 2AGKA 1K8YA 3DZ1A 1FWTA 5HJLA 2V5LA 1L6YA 1YLVA 4MZYA 2WO5A 2C1HA 3M0ZA 2F84A 4NQ1A 2VFEA 2YXGA 2WJZA 4UCGA 1XXXA 1T8XA 1K7XA 2EAWA 4O54A 1FQ0A 4UFLA 2EHHA 3B04A 5I3GA 3KVJA 1E51A 3V75A 3H54A 2H8XA 5DY3A 5EA9A 3QM3A 3HPXA 2QAFA 3N19B 2RHGA 4UNKA 2C13A 3A24A 4GUHA 3NAVA 3M5ZA 2Z2UA 3S0CA 1TPDA 1TPFA 3HB9A 3TW7A 4EVZA 3LXBA 4JIQA 3BLIA 2VEPA 4ZZ9A 3HQ1A 2NUXA 5LHEA 4QITA 1AMKA 1QMLA 2NXIA 5CSRA 3F1QA 3G0UA 2ABAA 4ZQOA 3VNDA 3NPXA 1D3HA 1PCWA 4AWTA 1W3TA 3STEA 4IX0A 1H7NA 1Q6QA 3RK8A 3DAQA 2A21A 2Y7GA 4OT7A 1J4EA 2P10A 3NQGA 5DBTA 1EPXA 3NZ1A 3SW6A 1SQ7A 3KRUA 2NZLA 5BNKA 1U5JA 8TIMA 1B4KA 3S5NA 4IMGA 1KTBA 3CPRA 3SECA 3FJ6A 3LRMA 1B3OA 4UMCA 2QAPA 3GX9A 3AO0A 3ZWSA 2GJNA 2J9YA 2B7NA 2DJXA 3KRSA 3B03A 3G1HA 1ALDA 4JTTA 1W0MA 1HUVA 1TJPA 3PULA 2QUTA 5FF4A 3Q2DA 4O1AA 1F6KA 5K7JA 1NVMA 2VC6A 1VLWA 5BOOA 3PUEA 3ABQA 1GTEA 3BLEA 3UWZA 3A5VA 1OYAA 5FF3A 4Z1AA 3NQ8A 5LNVA 3TJXA 3I7RA 2X1RA 3QW3A 4DXVA 3EX4A 3MMTA 1H1YA 2QCLA 3W1LA 1MZHA 4U4MA 3C6CA 3W2KA 1LTDA 3QPYA 3DBPA 3TJLA 2ZRZA 4LRTA 1BTMA 4N9EA 1TQXA 2FB2A 1QPOA 1H51A 1QPRA 5LNWA 1Q3NA 5C54A 3UYCA 5IBXA 3PSVA 3TK7A 3EX3A 3NEVA 5FI8A 2ZA2A 1W54A 1KM0A 1LOSA 1RV8A 2Q3OA 4WX2A 1KFCA 5AFDA 3LHWA 1AL7A 5AC8A 1IXOA 1QO2A 1GVOA 5KTLA 2VKZG 5HINA 3I6RA 2GOUA 3DFQA 4LS1A 1LZOA 3TXZA 2X16A 1LRQA 3YPIA 3PBWA 1SFJA 1NFBA 3MBFA 3NR0A 3G0SA 3LCIA 2JBMA 4XKYB 4UFIA 3P80A 3KOFA 1P4CA 1WOBA 3DFSA 3HF3A 4CCCA 4O1DA 4KKXA 1XDMA 3LCFA 2YFOA 1KBIA 3EB2A 1DL3A 5G4EA 3KVLA 1JUEA 1XBYA 5ABTA 3A21A 3LTSA 2ZA1A 1LP6A 1TTIA 3ZS4A 1YXYA 2ZCGA 1QFEA 4FNUA 2EGZA 2ISSA 4K36A 5EPDA 2YSWA 1EWDA 2Y88A 3FEMA 2YPIA 1TPC1 3ZR4A 1AL8A 4JTJA 1A5SA 3E9AA 5DELA 3W7IA 3EX6A 1SSDA 3TNOA 4LC8A 3EWYA 4Z08A 3STFA 4EIVA 2HTMA 3KX6A 2NUWA 3SGUA 3NXFA 3BK0A 4LNYA 3GKFA 1TQJA 3R2GA 2V8ZA 1AW2A 4PH6A 3R89A 4Y8FA 3W74A 4FX8A 4TR9A 3W7LA 2WPBA 3LTYA 2DZSA 3BG9A 3R8RA 2WQPA 2YZRA 2CLMA 5EMUA 4AWSA 5DXXA 1MEWA 1RQEA 3MUXA 1Z44A 3G3DA 5K3VA 3C2RA 3W7NA 3ZWTA 2TSYA 4AMAA 3PC0A 4E2BA 4CCDA 3WJWA 6TIMA 1O5XA 3NNTA 3W7GA 3MI6A 3DU0A 5CPOA 2H8ZA 3QEZA 3CB8A 3DXIA 2NX3A 1KM4A 3LCHA 2PRMA 4Y96A 1F7BA 3VE9A 3BW4A 2BZNA 1IF2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3CLMA

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