3CPRA

The crystal structure of corynebacterium glutamicum dihydrodipicolinate synthase to 2.2 a resolution
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
302
structure length
301
Chain Sequence
ITSTGLTAKTGVEHFGTVGVAMVTPFTESGDIDIAAGREVAAYLVDKGLDSLVLAGTTGESPTTTAAEKLELLKAVREEVGDRAKLIAGVGTNNTRTSVELAEAAASAGADGLLVVTPYYSKPSQEGLLAHFGAIAAATEVPICLYDIPGRSGIPIESDTMRRLSELPTILAVDAKGDLVAATSLIKETGLAWYSGDDPLNLVWLALGGSGFISVIGHAAPTALRELYTSFEEGDLVRAREINAKLSPLVAAQGRLGGVSLAKAALRLQGINVGDPRLPIMAPNEQELEALREDMKKAGVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Characterization and crystal structure of lysine insensitive Corynebacterium glutamicum dihydrodipicolinate synthase (cDHDPS) protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthetase
molecule tags Lyase
source organism Corynebacterium glutamicum
total genus 116
structure length 301
sequence length 302
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2008-04-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3cprA00
2C6QA 1T0OA 2Y7GA 3QF0A 3HPSA 5F1VA 3W1QA 5AHFA 1MEWA 3PUOA 3HB9A 6TIMA 4WD0A 3G3DA 5K4ZA 1GVFA 1W56A 3UWYA 1W0MA 1G67A 4GRSA 1QNVA 3UZJA 3C6CA 3JS3A 3KVKA 4NX5A 3CT7A 2ATMA 4R33A 4FNUA 3NXFA 2TPSA 3L65A 5HWNA 4O57A 2RKXA 3TAOA 3TNOA 2FFCA 2QF7A 4FNSA 5DCDA 1KBJA 4Q4KA 5D02A 2YW4A 1TMHA 2Y63A 1FCVA 3A21A 1Q45A 3MHFA 2DJXA 3N14A 4UR7A 2QJHA 1JQXA 3NOEA 5CSSA 1SZGA 5MHBA 3TUUA 4XTIA 3EX2A 2ZA1A 2QCLA 4Y6GA 4QJ1A 4S1FA 1SR9A 1VHCA 4HNUA 4JTJA 4PC8A 1LROA 1B9BA 4NNBA 4POCA 3U2OA 3FFSA 3A5VA 2FPTA 3MBDA 4NX0A 3NQDA 4JTTA 5IBXA 3W2LA 1W37A 1V5XA 4NVTA 3B8DA 3TR2A 3L68A 4FB7A 1DVJA 3L5AA 3MP4A 3GXPA 5FEXA 4XUGA 3STFA 3GXTA 3RF9A 2GOUA 1ZAHA 3H53A 1X6UA 2QR6A 3S5NA 1KTBA 3TCEA 2CLEA 3N9RA 3TXVA 2ZBTA 1IXQA 3FKKA 4AHPA 2ZZ3A 3QC3A 4O28A 3M5XA 2WKJA 1GEQA 4Q33A 1TPVA 1XCFA 4UCGA 1WXJA 4K8EA 4ICNA 1QO2A 2CFFA 3VNDA 4PL2A 1GTHA 1YYAA 3BG9A 4JX6A 2C18A 4HIBA 1IXNA 2X30A 2ZZ5A 2JGQA 4I7VA 4BR1A 3LHWA 3W2UA 4JTGA 2UV8G 1GG0A 1UUOA 3T78A 1F2JA 1XI3A 3EWWA 3HQ1A 3RU6A 5KITA 1HO1A 1KM2A 2DP3A 4DO6A 2NX9A 1OFEA 4GFSA 4JTSA 4NJKA 3NGJA 1SFJA 3NL5A 3FS2A 3K30A 1NFBA 1ZAIA 1ADOA 1AW2A 1D9EA 3MW7A 1NSJA 3NQFA 2ISSA 3GDRA 1KM1A 1FUYA 4N9BA 1LYXA 1THFD 2VEKA 3UPBA 1YDNA 3G0SA 2NUYA 3TE9A 4JTFA 1DBTA 3C0JA 3S1VA 3N34A 4QISA 1G7UA 5ABTA 2A1YA 1DJNA 3STGA 1ME7A 4RZ5A 5G1TA 3EX6A 1KTCA 2NV1A 1OX4B 5EBUA 1D3HA 3QRHA 1LBMA 1RPXA 3W3OA 4HSNA 3B06A 4UFKA 1GQNA 3L9CA 3Q37A 3C2FA 1QFEA 2WPBA 1DORA 3D0CA 3PBWA 4QNEA 2Q3RA 3G8EA 3MI2A 5J5RA 1IGSA 2E6DA 2NXHA 3MI6A 2FIQA 4LNYA 3IVUA 3LI1A 1ML1A 5L9FA 3W2KA 1W3NA 3DFNA 4UXDA 1JUKA 1PIIA 4OU1A 3W83A 4UFJA 4OGZA 4W9TA 1QAPA 1W3IA 4MY9A 3UWQA 3UY8A 3KAOA 1G7VA 1W5OA 3ELFA 3O06A 5CPMA 2VXNA 3CU2A 3BG5A 3N9SA 1SU5A 1LBFA 3TIMA 1LTDA 1H5YA 3SECA 1LLZA 2B7NA 2FQIA 3V75A 2G96A 3HGOA 2R94A 3P60A 2Q8ZA 3W7EA 2VOMA 3W6YA 5D32A 3IIZA 3RLVA 3L5MA 3LXAA 5CPNA 2BSLA 2HS8A 1F05A 3NPVA 4UTTC 2WSYA 1TQXA 4GWEA 4AF0B 3M47A 3LTSA 4ORIA 2B7OA 3PBVA 1LRNA 4DPPA 1VCGA 4HPXA 4LWWA 4JDYA 3PR2A 3HG5A 1VLIA 1VZWA 1HFBA 3S42A 2DZPA 4RZ6A 5I3GA 1TB3A 4YL2A 1GOXA 3EKZA 4NXKA 2ISWA 3BLIA 4LW7A 2ZRUA 3BLEA 1N8FA 3KRUA 3EWUA 2O7SA 2ZDRA 3BGGA 3L0NA 4FX8A 2FPYA 1O60A 1KFBA 1DHPA 4GC4A 4ADTA 2W6RA 4O15A 1SO4A 4UIOA 2W0UA 4FHAA 1Z44A 3EKLA 3B0UX 1QPNA 1VGAA 2Y6ZA 3O8AA 2X16A 5FF7A 3TJLA 4UTIA 3LHYA 1UCWA 3F1QA 1OF8A 1YPFA 3C3NA 3BW4A 4LVGA 3S8HA 3CB8A 3QYQA 3TH6A 4XQ6A 2A21A 3KFTA 4QSHA 2QUUA 1A53A 1WOAA 5I3KA 1RZMA 1H7OA 4LRTA 1R2TA 4UR8A 4OE7A 3W84A 3FYOA 4GUFA 1ICQA 1TTIA 3C56A 1FDZA 5LNRA 3ABRA 1KFKA 3LCLA 1VLWA 1MZHA 4RX0A 4QM1A 1P5BA 1TREA 1W5NA 4PODA 3R13A 5HJLA 4GNJA 3W1PA 5C54A 2LLEA 5K9CA 1BEUA 3M1ZA 1M7PA 2PRMA 1Q6RA 1NF7A 2QCEA 1CI1A 4O50A 5LNVA 1TPWA 3C2RA 2J88A 3DKJA 1QPQA 5E0KA 3UWZA 1OABA 1YXYA 3P8IA 1FQ0A 2Y61A 2PURA 4MFDA 1VQTA 1ZENA 1XFBA 1I4NA 3N19B 4E2BA 4RZ4A 4EF8A 3QQ1A 3NQ7A 5D2XA 5D03A 1GG1A 1KM6A 3FEMA 3SJ3A 2TYSA 2I9EA 3CTLA 3BO9A 3QH2A 1IXPA 1G4SA 3LTPA 3BW2A 2WSQA 4O17A 3USBA 2RDTA 4HT3A 1SZFA 3P74A 1VH7A 4K7VA 3TFCA 2FJKA 1KA9F 2QCDB 3MMTA 5BMWA 3W71A 3LLDA 1M7OA 3S5ZA 2BXVA 1EEPA 3GX9A 1L6SA 3LB0A 1L6WA 1R47A 4KFPA 1XBYA 3W2NA 3W72A 4K8HA 3I65A 3NQ8A 2KZHA 1SPQA 2ZRWA 1TPDA 2C1HA 2GQ9A 1PCWA 4FF7A 1EUNA 4CCCA 2C14A 4OQVA 4B5NA 3O05A 3P62A 3M16A 1DJQA 3O1NA 4TMCA 8TIMA 4CNPA 3IV3A 3TXZA 4NJJA 3N2MA 2QDHA 2EHHA 2HSAA 1OFDA 2PRLA 1P1XA 2PC4A 3DFQA 4RK8A 1F6PA 4PA8A 1UJPA 2WNZA 1JCLA 4RLIA 1SSGA 3O6YX 5HWMA 1KM3A 3U8GA 5C2XA 1KM0A 3DXIA 1KV5A 3RMJA 4FXRA 1GVRA 4RCXA 5DCEA 4O8RA 2V5LA 2YYTA 1IIHA 3P8JA 2QCGA 2CW6A 5DY3A 1JUBA 3E96A 2X1RA 1L9WA 3C2VA 4K37A 2Y89A 3QEZA 1SW3A 5E93A 3UD6A 3CEUA 3ZR4A 4UTTA 2RFGA 3W7QA 5AOUA 1ZY9A 4IGHA 2DZVA 3DFSA 3V1PA 1K8YA 3CM4A 3W87A 4N02A 3HGJA 2QCHA 5AC8A 1P0KA 3INPA 1HTIA 3P84A 2QDGA 1R30A 3W7OA 3DFOA 4AAJA 3CHVA 1PHQA 3F4NA 3IIVA 4MLJA 3UXDA 1QPRA 1QOQA 2TSYA 2V30A 3DAQA 3GNNA 1WA3A 2GJLA 1TRIA 5FEWA 5FF4A 4O1CA 3BVJA 4M6QA 2QJGA 1SW0A 4WY0F 4N9EA 3VE7A 1W5PA 1J4EA 1X1ZA 5U4NA 4KFNA 5LNUA 3ABOA 5CKSA 2VFDA 3G0UA 3S5YA 4ZQNA 2Z6IA 5KTLA 1U83A 2R91A 4OV4A 1SZNA 2YR1A 4JS3A 4CQAA 1H7RA 1JRBA 4NUWA 1DQXA 3QW4B 4EWND 2GVLA 3B04A 1NEYA 6ALDA 2JK2A 1F76A 4D2JA 1RD5A 4OWGA 2AAMA 4RR4A 2H8ZA 3LCHA 3GZ3A 1FWSA 3DFPA 3LV6A 2X1SA 3TSDA 1O5KA 5CZSA 3DFTA 3TJXA 3M41A 1KFEA 4NJIA 1EX5A 1XUZA 3NEVA 4MY1A 4N9CA 4MVAA 4A3UA 3G1FA 1N55A 1RQEA 2E5BA 1HO4A 4WXZA 5L6UA 5FF0A 5G2HA 3LBMA 3NL3A 4TIMA 4QIUA 3WJWA 4MZYA 3AO0A 4O1AA 4QQ3A 5CGQA 3ZS4A 3EX4A 4XBKA 2DZTA 3HPXA 1FWWA 3BARA 2Z2UA 1SZEA 3UWWA 3LXBA 2FLIA 1I8JA 1B4EA 1LRQA 2E6YA 1VYPX 1BWKA 1G4EA 1KTNA 3H54A 2GPTA 1FBAA 1KLYA 5D2WA 2X1TA 4O0ZA 3NL2A 1EIXA 1YDVA 2V2HA 1FDYA 3GR7A 1VJIA 2A5HA 3LHUA 3R12A 1WX0A 3TU9A 3M43A 3THQA 3TV8A 3PWAA 3CLMA 5LZLA 5D2VA 3ZFHA 3LDVA 2P0OA 1RVGA 4OV9A 3RK8A 3SFKA 3G1VA 3TAKA 2TMDA 4NT0A 1ZFJA 1LLWA 2CLHA 2VC6A 2GUUA 1XM3A 2E77A 2QCNA 2V2CA 3ABQA 4HHPA 2GQAA 4ZMGA 4AHOA 5AC6A 3Q2DA 3M44A 3UZ5A 1PHWA 1FCBA 4MOZA 2E68A 1YDOA 2BX7A 3T7VA 3KVMA 3U6WA 3LTYA 4FEZA 3W1LA 4IWWA 2IQTA 5LHFA 3H55A 4FX6M 3I7SA 1ZCOA 4AXKA 1GVQA 5TBOA 1Q3NA 5DXYA 3PUDA 4RJEA 3G1XA 3N3MA 1KM5A 4FNTA 4KFOA 1JULA 4PH6A 3UNDA 4Z1DA 4NNAA 3G1HA 1DOSA 2V5BA 3TC7A 3TC6A 2CLOA 4LVFA 1ZAJA 1MEHA 3FKRA 2P1FA 4UFLA 1M5WA 5KZEA 5G4WA 4NNCA 4YLWA 3WK0A 2NUXA 1LORA 3GLCA 5D2TA 3W22A 4YCOA 2CLFA 1J5TA 3W1AA 4Y90A 3W76A 3THAA 4QITA 4FNPA 3TQKA 3DKLA 4HN4A 1A50A 1OX5A 2EKCA 2JBMA 3A22A 2FTPA 3LRMA 4WQ6A 5BOOA 2CZDA 3A23A 3SY5A 1GWJA 2CLKA 3MUXA 3NR0A 4LTSA 2VEPA 3ATZA 3G22A 4QNWA 4JD4A 1Z42A 4O0KA 2CZFA 3QQ0A 4IUOA 5IM51 5K4XA 2AGKA 4FX7A 1A5BA 4JDBA 1QR7A 3OVQA 4FNQA 3IVTA 4HNVA 4KWWA 2ZRXA 4UNKA 3AJXA 3S5OA 3SZ8A 1RR2A 4OBTA 4R53A 4BWLC 1CX9A 1L6YA 2V2DA 2FB3A 3C2OA 3S6DA 1TV8A 5SWUA 4CNNA 2ZZ1A 1WV2A 2QAPA 4K38A 3UWVA 1H7NA 2QCMA 1TIMA 4JTUA 1AG1O 1VYSX 3G1YA 1IF2A 3QZEA 3PC0A 3TSBA 3QPYA 5D04C 1B4KA 3I6RA 1UASA 3NQEA 3Q58A 3L0GA 4JR5A 4WOQA 3Q94A 2VFGA 1UB3A 2V81A 3TQ0A 2X1UA 1YLVA 4JGDA 3M5YA 3P80A 4FO4A 1H1YA 3EXTA 2WQPA 2ZZ2A 4K39A 2PCQA 5K3VA 1OG0A 2GQ8A 3DENA 5LSMA 1TTJA 3HPZA 4YMZA 3G1DA 1KBIA 4UFHA 1EWDA 5AHNA 3W7CA 2ZRYA 3GIYA 1TV5A 4MJZA 3S1WA 4MKNA 3IIOA 2OMAA 1VS1A 2I1OA 1YXDA 3SR7A 3LHTA 3QPZA 3L67A 4A2RA 2QUTA 1H61A 4AMAA 1FWRA 1HG3A 1WAUA 4ZQOA 2E09A 4ZQCA 5CZ0A 1M6JA 3W7LA 3M5ZA 1EP2A 3G1AA 4ADSA 1HL2A 4MPQA 2QJIA 5I3IA 2DORA 1X8FA 3STCA 1SUXA 1ME8A 1S5WA 5AB3A 5HINA 3FLUA 2QKFA 3MHUA 2ATSA 5TQLA 1GT8A 2JKPA 4S2CA 4AVFA 1XBVA 3GAYA 1C8VA 3NG3A 5F2MA 1R46A 1AMKA 3CWNA 4RXGA 4N6EA 3NQ2A 1FDJA 2J9YA 5A8GA 4BI6A 1XL9A 5HQEA 5KZDA 3WJYA 1FY6A 2A85A 1SO6A 4Y9AA 2OCZA 2ZFAA 5LNWA 4YCPA 4LV9A 1SW7A 3C2EA 4X9SA 3W1NA 5D30A 1RQHA 4HPJA 3R8RA 4IMFA 3FIGA 4LUJA 2B0MA 2H6RA 1H62A 1YXCA 2YFOA 4N2YA 4FIQA 1FWNA 5D38A 3CIXA 1LZOA 1Q6QA 5DY2A 4M7SA 4GUIA 1W8SA 1K7FA 2H90A 3UQNA 3GKAA 3UWUA 5K2ZA 4DF1A 4WY0A 4BFAA 3EX1A 5C55A 1O94A 3BGJA 1TPH1 5LGZA 4ZQMA 3S9YA 4UMBA 1DQWA 3LI0A 1WDWA 4JY8A 4J9JA 2TRSA 3CC1A 4WJEA 1Q6OA 1C9DA 3ZWSA 4PFMA 4PL1A 4BI7A 4JTIA 3JR2A 3W7MA 1XKYA 3NA8A 4IMEA 3IEBA 3EWXA 2CZEA 3MWAA 2ZZ6A 5DXXA 2V8ZA 2CWNA 3GB6A 3A9IA 3W7GA 4M7TA 4MIMA 3SW6A 1JVNA 1OVDA 1TPUA 1YTKA 5DBUA 3HOJA 1ICSA 1EB3A 1TV7A 2A6NA 1XC4A 1VCVA 4Y96A 2Y88A 3B0PA 2B4GA 3KHJA 4JTEA 2CLMA 1VRDA 3GDMA 2Y85A 2YPIA 3KVLA 4Z0JA 1H60A 5IBXC 1DKWA 1PCKA 5EY5A 4LVBA 3I7QA 1W5MA 3LRLA 4JY9A 2G95A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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