3CQ0 | Genus

Total Genus 134

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	134
sequence length	328
structure length	325
Chain Sequence	ATSSLEQLKKAGTHVVADSGDFEAISKYEPQDSTTNPSLILAASKLEKYARFIDAAVEYGRKHGKTDHEKIENAMDKILVEFGTQILKVVPGRVSTEVDARLSFDKKATVKKALHIIKLYKDAGVPKERVLIKIASTWEGIQAARELEVKHGIHCNMTLLFSFTQAVACAEANVTLISPFVGRIMDFYKALDYTAETDPGVLSVKKIYSYYKRHGYATEVMAASFRNLDELKALAGIDNMTLPLNLLEQLYESTDPIENKLNSESAKEEGVEKVSFINDEPHFRYVLNEDQMATEKLSDGIRKFSADIEALYKLVEEKMLEHHHH

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__470605007201219__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__470605007201219__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3CQ0/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__470605007201219__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"470605007201219","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3CQ0/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__470605007201219__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfe8c53b6b7516fd2a6a0ec/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfe8c53b6b7516fd2a6a0ec/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfe8c53b6b7516fd2a6a0ec/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfe8c53b6b7516fd2a6a0ec/pdb.gz): 1746 ms

reading 325 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

325 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 38 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:324});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Saccharomyces cerevisiae
publication title	The crystal structure and identification of NQM1/YGR043C, a transaldolase from Saccharomyces cerevisiae pubmed doi rcsb
molecule keywords	Putative transaldolase YGR043C
total genus	134
structure length	325
sequence length	328
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.2.1.2: Transaldolase.
pdb deposition date	2008-04-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00923	TAL_FSA	Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3cq0A00

3GDTA 1WOBA 4DQWA 5F4WA 2O7QA 2TRSA 3KRSA 3QF0A 5CG7A 1THFD 3TMQA 4AWTA 3RFAA 3CEPA 1YXDA 1TPUA 5E93A 4BI5A 2BX7A 1Z42A 1K7XA 1YXCA 1UJPA 3GYEA 3P81A 2V2HA 3LX9A 5K4XA 1Q6QA 4N9EA 4JTKA 1EIXA 1OFDA 3G1AA 1JUBA 2EPHA 4PC8A 4JNMA 3W1MA 2WNZA 1NEYA 1S5TA 3ATYA 1VGAA 1EP3A 2BLEA 4MY8A 2Y61A 3LHWA 1I8JA 3E49A 2C15A 5D09A 2A0NA 1IGSA 4LVFA 3TJLA 1TPFA 3IVUA 1RQHA 1F74A 2E5DA 3GIYA 4O8RA 2FJKA 1KW1A 4AB4A 2CLLA 1DORA 1ZY9A 2ZZ4A 4LVGA 1DQWA 3BGGA 3TR2A 1QMLA 3SFKA 1QOPA 5AYYA 3EX3A 3CIWA 3G8EA 2CWNA 2GVJA 3GR7A 5F2MA 2VFIA 2G5WA 1GYNA 3TCEA 2Y63A 2ZA2A 1WXJA 2JGQA 4DPPA 2VEPA 1PE1A 3A24A 4LC8A 3DBPA 3W7OA 3NL2A 4UMCA 3W70A 3B0UX 4X3ZA 1WOAA 2J9YA 4Y6GA 5AC7A 1TYGA 4MZYA 5HNRA 1LLZA 4LS0A 2Q8LA 5DCEA 3HG5A 2A6LA 3IIZA 4ZQRA 3S42A 5BMXA 2C1HA 1KTCA 3IGXA 1ONRA 3W86A 2X2GA 3OVQA 2RH9A 5KSWA 4EVZA 3BLFA 3HIJA 4OV9A 4RX0A 3IIVA 4FEZA 4JIPA 1OFOA 3W9ZA 2YPIA 3NQCA 1KM0A 4EOUA 1UASA 1Q6OA 1GQNA 3IIXA 3LLFA 4UCGA 3H53A 2A4AA 4NXKA 4UFHA 2VKZG 4XBSA 2E77A 3O6DA 4ADTA 2ZRXA 3HO8A 4ALDA 1EEPA 4XKYB 5HR7A 1P0KA 3QMSA 3NQAA 2F7FA 1GVFA 1XFBA 5HJLA 3TC6A 2QCFA 3CQ0A 1EX5A 2R94A 1EP2A 1M7OA 4IJBA 2ZFAA 1ZALA 3PAJA 5CPMA 5TIMA 4NT0A 3UPWA 4EF8A 4UTUA 3PF3A 3OEXA 5LSMA 3TSDA 3RLUA 2ZRVA 3O6YX 2FPYA 5EKYA 3B4UA 2C13A 1M6JA 3VFLA 1YPFA 4L4MA 3B8DA 4XTIA 1HTIA 4EF9A 3RLVA 2KZHA 1HFBA 3UY8A 1O4UA 4IMEA 1VRDA 1UCWA 1OFRA 4HHPA 4WXYA 3W1XA 3TH6A 2J9ZA 4E0CA 4O54A 4UTKA 4AWSA 4O0ZA 2NUYA 2CZ5A 2ZDRA 2QUTA 3MBFA 3O06A 4WXZA 2QEZA 1H1YA 3DFTA 1VYSX 5DY3A 4BI7A 3NZRA 1WBJA 5H2ZA 2HTMA 3B0VC 4K37A 1FCBA 4UTJA 2Y7GA 3W2UA 3LHVA 3UD6A 2I9EA 2ABBA 2E6FA 2Y7DA 1C9DA 1TMHA 1T0OA 1W5NA 1NF0A 1QCWA 1MEWA 1NSJA 4YXGA 2NXIA 1PL9A 3BO9A 3M7WA 4MYAA 1AL7A 3OIXA 3S0CA 4LV9A 5F1UA 2B7QA 2HMCA 5EPDA 3IV3A 1XDMA 3KX6A 3F4NA 2QUVA 3TXZA 1TCDA 2CLHA 3W1TA 1LRNA 2VFEA 1H7NA 2XN0A 3O07A 4IX0A 5I3JA 1TPDA 4H3DA 3STGA 3CHVA 4OGZA 3EWZA 1OFBA 3P80A 3N73A 1X8FA 3R12A 4H4IA 4TX9A 3EEGA 4AWUA 3TIMA 4NNAA 3NQ7A 4RZ6A 3M5XA 3THQA 3TXVA 3TUUA 1N55A 1L6WA 2ALDA 5CPLA 3QJAA 5KMYA 1GEQA 4ZVJA 2WSQA 1G4PA 2GVGA 3CLMA 5A8GA 1I2QA 4OT7A 2ZRYA 1XCFA 3DH7A 4GUFA 3L21A 3NZ1A 1OHLA 3LCGA 3S1XA 5D38A 3WFAA 2C0AA 2A85A 1Z48A 1OJXA 4AXKA 4O14A 1OYBA 4S2BA 4TIMA 2DORA 4WY0B 3IRDA 3L5LA 1H50A 2WSYA 1IXNA 1QFEA 2DZUA 3W7CA 4P61A 1AW1A 4DXVA 3M41A 3N9RA 3PUDA 2ZTKA 1PIIA 3W7RA 1ZAJA 4BR1A 3M5ZA 4KKXA 3HBLA 4LWWA 4X2RA 4NX0A 2OZ0A 1MSSA 3EX2A 3QSRA 1R2TA 4WOQA 5K2ZA 4NNBA 4FXRA 4TR9A 1JJKA 4K7VA 4WZHA 1D3HA 3DFOA 3LBMA 4Q33A 3G0XA 3ABOA 2P10A 2B0MA 1QPQA 2Z6IA 4NJHA 4EIVA 4ONVA 4M6PA 2RFGA 2YX0A 1SW3A 3W84A 4AHQA 5TBOA 4HSNA 5G4WA 4XUGA 1F7BA 1NF7A 1TSIA 1YDVA 2XN2A 3MI2A 4CCEA 4POCA 4NX5A 1QWGA 3W1NA 3F4WA 1OX4A 3PM6A 4MPQA 3NAVA 1XI3A 4OU1A 1TTIA 2WPBA 3NQVA 3HGOA 3VCRA 3U2OA 3D0CA 1TB3A 3DKJA 4RK8A 1MXSA 3G0SA 3DFQA 3P7YA 5AFDA 2NXGA 5FESA 3W2NA 2QDHA 3NXFA 4FNRA 3T78A 4HNVA 4BWLA 3ZWSA 5DLCA 1A5CA 5BRBA 4TMBA 3T44A 4LY8A 5D02A 2WNNA 5I3GA 4FX7A 4B5NA 5C2XA 1D9EA 4AHPA 1I45A 3GKFA 2ZRWA 1TV8A 2NWSA 2Z0IA 4WQ6A 3LTSA 4TU1A 3O8AA 4FIRA 4K8HA 4N9BA 2CU0A 2QJHA 3L0KA 3TAOA 3LBCA 1BTMA 3EXSA 3OA3A 3S5ZA 5FF3A 2FDSA 4LVDA 2OCZA 3WK3A 3FLUA 1TTQA 2PE4A 4ORIA 1KV8A 1A50A 4C1LA 4JN6A 5SWUA 2E6DA 3NQDA 2VEKA 2NWRA 4WOZA 3C2VA 1W5MA 4AAJA 1UUOA 3G8RA 2Z1BA 3FKKA 4IQLA 4Z1DA 2CLMA 3DAQA 2NV1A 1B4EA 1PV8A 1AK5A 4AF0A 2V81A 1DL3A 1YTDA 4GWEA 3GLCA 1SZGA 3USBA 1H5YA 1OYCA 2A1YA 5IM51 3P74A 3F1QA 4LW7A 4GUGA 4MKNA 5D30A 3MMTA 5C5YA 1WQ5A 1XBYA 3SECA 1OF6A 5HWMA 1KFBA 4JDYA 4WY0F 5HULA 3S1UA 2ZZ1A 3W1LA 3V1PA 3NPWA 4YCPA 1KTNA 5LNWA 3M43A 3QM3A 4HN4A 3ANYA 3OG3A 5CZSA 4ZZ9A 3PG8A 3QH2A 2NX9A 2QUUA 2CLFA 3HPZA 5AHIA 3E02A 5EMUA 3CIXA 1H61A 1OFQA 1YTEA 2AAMA 4HNTA 3BG9A 3LTPA 3THAA 3N9SA 4MJMA 1SQ7A 3TW6A 3LCLA 5MHBA 2FB3A 4O17A 5F2LA 3UWVA 1VH7A 4PL2A 3W7KA 1QPOA 1LROA 5EY5A 2W6RA 3N14A 1DJQA 2ZYFA 2F84A 3UQNA 3LTYA 2PC4A 4MFEA 1W37A 1I2OA 4CCCA 3GB6A 6TIMA 4N9CA 2AQWA 4HPXA 1F6PA 5C55A 3DENA 5AHNA 2G96A 1GVSA 1H1ZA 3G1SA 3SW6A 2FLIA 3BG5A 3UXAA 3UY7A 4FHAA 3W7HA 3S8HA 3W71A 5I3FA 3PB0A 1SR9A 3C6CA 3CB8A 1XDLA 5CSRA 4Q32A 4M6VA 1F76A 3BG3A 3TE9A 5J5DA 1UBSA 1SO6A 3QPZA 4KFNA 3B04A 3BLEA 3AJXA 4DELA 4IMGA 1H7OA 3RK8A 3GR8A 3VE9A 2YW3A 3NQFA 1FWNA 4MIMA 4GXMA 1TPH1 4IPIA 4PCFA 4P2VA 1J5TA 1LBFA 5LGZA 4CNOA 2BXVA 3LM7A 3TMLA 1K7FA 3W7EA 1G6CA 2ZZ2A 1WV2A 2QAFA 4X22A 2OT0A 1YXYA 3KHJA 1LTDA 1EWDA 2BWGA 3FYPA 5FF2A 4IPJA 5DELA 1I2PA 4JGDA 1DHPA 3M0ZA 5BMWA 1QPRA 4ZQPA 5L6UA 2YFNA 2GJNA 2PRLA 2CLKA 5F2GA 5G1YA 4MLJA 3VKJA 1FUYA 3L67A 2NXHA 4JTJA 4UTIA 4QNEA 1J4EA 3W7GA 3NQMA 3C2FA 4FNPA 3NM3A 1NVMA 3MP4A 4FIQA 3FFSA 2A6NA 1N7KA 3M6YA 1VC4A 1ZFJA 2E5BA 2QCLA 2ZTJA 2C6QA 2ISWA 5ABTA 5D2TA 3CM4A 3GXNA 1FQ0A 3PVFA 1ZJIA 2CLEA 3N2MA 4UMBA 4YL2A 4JX6A 4QM1A 4QITA 3UXDA 3G18A 5LNVA 2EKCA 4NZJA 4W9TA 5F4XA 3LERA 1OK6A 5HWNA 2A7RA 1OF8A 1W3NA 3UPBA 2QJIA 4IGHA 1K8YA 1OVDA 4O53A 4A29A 4FXSA 4UMAA 1KLZA 2FB2A 3GDMA 5LGXA 1B3OA 3DFSA 3C56A 4Z0SA 2EGZA 1GOXA 2V0TA 3QZEA 4RV8A 1XC4A 3LDVA 2DZSA 2V8ZA 5BOOA 4M7SA 4MY9A 1SSGA 1LCOA 4FNQA 3RF9A 1S3HA 1EPXA 4OWGA 4UTLA 2JGYA 1YYAA 3PBVA 5K4ZA 3OVRA 1X1ZA 1QO2A 5KZEA 4U28A 2HSAA 1S5VA 3O15A 3GNNA 4LT9A 5DN1A 3VNDA 3N2XA 3NPVA 3CTLA 4FO4A 1ICSA 3EKZA 1TPB1 1H62A 4RR4A 4DF1A 2WO5A 2DZTA 3TX9A 3W72A 3TA6A 3KVJA 3CU2A 3G24A 1FDYA 4JICA 2GPTA 3PBYA 4UNLA 2CZFA 1ME7A 1LORA 1KA9F 3EXTA 1XBXA 1HUVA 1OX6A 3BW4A 1Z44A 1I2RA 3L5MA 4RZ4A 1ADOA 2QDGA 5D03A 4IXHA 2XN1A 2YGYA 2J9XA 3W23A 4NJJA 2H8XA 3L2IA 3A5VA 1M5WA 2FTPA 1EB3A 1F6KA 4MVAA 4PEKA 2IQTA 2B7PA 1VHNA 4UTTC 3P5YA 4ZQNA 3L9CA 3QEZA 1VCVA 3M1ZA 3WK1A 3P60A 2GOUA 4O52A 5EYWA 4CQ8A 3UZ5A 2V30A 1WBHA 3LV5A 1O94A 4GE8A 2E09A 2Y7FA 2GJLA 4X9SA 2JKAA 2X1UA 4JTIA 3EKLA 4YMZA 4NJIA 3C2OA 2C14A 3W1QA 5F4SA 2ATMA 4RJEA 5DBUA 2Z6JA 3OHIA 2WOQA 1QPNA 4I9AA 4LTSA 1P5BA 1SW7A 4LU0A 4GC4A 4BF9A 3NG3A 2BTMA 5D33A 3R8RA 1SZEA 4ADSA 3C61A 4O13A 5C6MA 1EUNA 1JCNA 1SO4A 4BI6A 2NUWA 1H7XA 4RLIA 4YWIA 1OFPA 4Y9AA 3RU6A 1NAL1 3LHZA 2JK2A 2VFGA 4AF0B 1J2WA 3NNTA 4LOCA 5A5WA 5HQEA 3B06A 3W74A 2Y88A 2NX1A 2G95A 1TPC1 2EHHA 5K7JA 1JCLA 4ZQMA 2YR1A 4QIUA 1KBIA 1R2SA 3NPXA 3E0IA 5G2WA 2QCDB 2BSLA 3KAOA 1QO5A 4ML9A 3MBDA 2RHGA 1A5SA 1GTHA 1P0NA 2V2DA 3W7NA 4JTTA 1LDCA 2QAPA 1VYPX 1KM1A 2A2IA 2DZXA 3C52A 2Q8ZA 2DP3A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5BYW A;  3T8L A;  3PZI A;  4UIO A;  3SIM A;  1F07 A;  1FY6 A;  3M16 A;  5FL0 A;  1VQT A;  3KVK A;  4F79 A;  2PGR A;  2RDW A;  4NU7 A;  5CLW A;  1LWI A;  2Q3O A;  1Y65 A;  4K3Z A;  5JVL A;  2W91 A;  2WNW A;  1KWG A;  3MCM A;  2XG9 A;  4LRT A;  1Q6C A;  3OLG A;  5AYZ A;  1HQT A;  1QWK A;  1XRT A;  4LBR A;  4BWL C;  3TDF A;  1OT1 A;  2XM1 A;  1V03 A;  3EWB X;  1GVY A;  2PS2 A;  2VQU A;  4JY8 A;  4OHQ A;  3TQK A;  1FWE C;  4K8E A;  3NEV A;  1X6N A;  3DXI A;  1KGU A;  2E5C A;  2JEQ A;  1MEI A;  3SR7 A;  3AMC A;  1ZAH A;  3ANV A;  4FNU A;  1EX1 A;  2W4X A;  1V6T A;  3T4C A;  1UB3 A;  4P7Q A;  6XIA A;  2RKX A;  2DSU A;  4JFU A;  1E0V A;  4Q22 A;  4REQ B;  4XZ9 A;  2FHF A;  4ZB5 A;  3GAK A;  2O92 A;  3T7V A;  3QC3 A;  1U83 A;  5LIY X;  4LGX A;  2PCE A;  3BMX A;  1PPI A;  2X1I A;  5D4Y A;  4HNN A;  1IR2 A;  1TQJ A;  4KT2 A;  1UD8 A;  4DJF A;  1RJQ A;  4C6I A;  3A12 A;  1A3H A;  4BK9 A;  1EQP A;  3DES A;  4KPL A;  3MJY A;  5LXX A;  4NJK A;  1MFV A;  3G1X A;  1W32 A;  2NQ5 A;  3W53 A;  1AA1 B;  2A7P A;  5A3H A;  3BLI A;  3NL6 A;  1LF1 A;  4QCE A;  2VOT A;  4ZQO A;  3EWD A;  3KOW A;  2ODO A;  3LCX A;  5G4E A;  2P0I A;  4UNK A;  3PFR A;  1XQL A;  5AB3 A;  4GO9 A;  3UEQ A;  4CKQ A;  5G1M A;  5JUV A;  3AYS A;  4KGL A;  5BRP A;  4H8V A;  1W9D M;  4JTR A;  4E4F A;  1D8W A;  1HGY A;  3TV8 A;  1OM0 A;  5IFP A;  1IEW A;  3WBW A;  3BL3 A;  5DMY A;  2DT1 A;  3LMZ A;  3BAR A;  1BYC A;  5EML A;  1FWR A;  1T99 A;  4LNY A;  2NVD A;  3WK0 A;  3AIV A;  2E1D A;  2EPL X;  1XYC A;  5LA0 A;  4B5W A;  4AYG A;  4KH2 A;  5KZD A;  3WBE A;  3WSU A;  1RV8 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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3CQ0A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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