3CQ0 | Genus

Total Genus 134

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	134
sequence length	328
structure length	325
Chain Sequence	ATSSLEQLKKAGTHVVADSGDFEAISKYEPQDSTTNPSLILAASKLEKYARFIDAAVEYGRKHGKTDHEKIENAMDKILVEFGTQILKVVPGRVSTEVDARLSFDKKATVKKALHIIKLYKDAGVPKERVLIKIASTWEGIQAARELEVKHGIHCNMTLLFSFTQAVACAEANVTLISPFVGRIMDFYKALDYTAETDPGVLSVKKIYSYYKRHGYATEVMAASFRNLDELKALAGIDNMTLPLNLLEQLYESTDPIENKLNSESAKEEGVEKVSFINDEPHFRYVLNEDQMATEKLSDGIRKFSADIEALYKLVEEKMLEHHHH

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__313294793002918__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__313294793002918__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3CQ0/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__313294793002918__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"313294793002918","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3CQ0/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__313294793002918__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Saccharomyces cerevisiae
publication title	The crystal structure and identification of NQM1/YGR043C, a transaldolase from Saccharomyces cerevisiae pubmed doi rcsb
molecule keywords	Putative transaldolase YGR043C
total genus	134
structure length	325
sequence length	328
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.2.1.2: Transaldolase.
pdb deposition date	2008-04-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00923	TAL_FSA	Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3cq0A00

1EWEA 4UTMA 2YXGA 3MP4A 2DORA 1D3HA 2OJPA 2TRSA 3TC6A 3NR0A 3EWUA 2FPVA 2E6AA 2ZDRA 1PVNA 2JKEA 1L6SA 1IXQA 5CZ0A 2Y89A 4LS0A 2CZFA 1FCVA 2C1HA 1SZFA 2J6XA 5KTLA 1ZHAA 1B4EA 3RK8A 1TSIA 4B5NA 3PULA 3W7NA 3N9RA 4RCXA 3LCGA 4O17A 1JCJA 4IUOA 4HIBA 3UZ5A 2ZRUA 4IQLA 4U4MA 4MJMA 2NUXA 2C14A 4JTFA 3P60A 3GDRA 4LC8A 3G1VA 2EHHA 4FIQA 1RD5A 2YGYA 1WA3A 4GWEA 1W54A 4MY1A 3LCXA 3GXTA 1A50A 3KRZA 1F73A 2OT0A 4UR8A 3S9YA 5TQLA 1FX6A 2H3BA 5FEXA 3R12A 4NX0A 2R14A 1OG0A 1W3NA 2VFHA 3BVJA 3EWBX 3GNDA 1TPFA 4AF0B 1KM0A 3EKZA 2X1RA 3EX4A 3LOTA 4MFDA 5F2GA 3TXZA 1LOQA 3BG5A 1N8FA 1UB3A 4M7TA 5D02A 5HNRA 1PS9A 3TFXA 5AB3A 2X1SA 5HQEA 3M44A 3T40A 5FEZA 4IJBA 1F6PA 5K9CA 3O07A 3L65A 4AH7A 1FCQA 3V1PA 1OFRA 4NQ1A 1P5BA 1EPXA 1QOPA 3E49A 3GDLA 4FNPA 1T0OA 4OGZA 1GVQA 2I1OA 2V2CA 2Z1BA 1TPB1 3TE9A 4E2BA 3DHFA 3LLFA 5DN1A 1TQJA 2Y7DA 3W2MA 3MP5A 4FNUA 1KFJA 3HJZA 4O19A 2A0NA 4AXKA 5CPNA 4CNPA 1XL9A 3U6WA 3W23A 3SI9A 3QQ1A 3HG2A 4X2RA 2FB3A 4C1KA 4UTIA 1MEWA 5EL1A 3TW6A 4UNKA 2NXHA 1T96A 4IWWA 2QCFA 1TRDA 4R53A 5C2XA 2NWSA 4TO8A 3E12A 2ZZ5A 1TO3A 4IXXA 3L67A 4O50A 5CSSA 3CEUA 1FDZA 2X2GA 4KKXA 2ALDA 4FF7A 3W2LA 4DXVA 3ZFHA 1TMHA 1AL7A 3NPWA 3WK1A 2X30A 1ICQA 4O10A 3EXSA 3B04A 3NAVA 1OVDA 4FNQA 1GEQA 1R2TA 2CFFA 3F03K 3BLIA 3P8JA 5DCBA 3B8DA 3O1NA 1FQ0A 4GNJA 2TPSA 4O1BA 3GR8A 4KWVA 3KRSA 4QAIA 1QWGA 3W7GA 3NZRA 2ZZ4A 3IGUA 1ZNNA 3NQCA 4N9CA 3SSJA 5BMXA 4HNTA 1AG1O 5C55A 4PFMA 1TTPA 1SR9A 4DPPA 3GX9A 2RHGA 4XKYB 2B7NA 1KLZA 3DFNA 5I3FA 1K02A 1QMLA 5HINA 2GVLA 4PODA 1EUAA 1OFEA 3W1MA 4N4QA 5F2MA 2V0TA 4RK8A 4RR4A 1O95A 4E0CA 5D2XA 3W2KA 1YADA 4N9DA 4ZQRA 2DZPA 3W07A 5K4XA 4IPIA 1TQXA 3FYOA 3LBMA 4J9JA 1I45A 2DJXA 4ADUA 2YYTA 3BV4A 1ZAJA 5D2YA 5CPMA 3A22A 1TPUA 3P5YA 4ZL1A 3PBVA 3W73A 2BXVA 3M5YA 3TDFA 2C0AA 4BI7A 3PUOA 4UTWC 1AK5A 3ATYA 3I7RA 1JJKA 1LLZA 4LUJA 1XUZA 2V5BA 4A22A 4UIOA 4XUGA 2QAFA 2A7RA 2HS8A 2JGYA 3N19B 1EIXA 4P61A 4O1AA 4PC8A 1N7KA 1EEPA 3G0SA 3SECA 2DU2A 1KFBA 2ZCGA 3ZR4A 1HO4A 1A5AA 3HMJG 1VGAA 1NFBA 2UV8G 4YXGA 2GUUA 2B7OA 4QSHA 1LCOA 1DQWA 3HGRA 1OF8A 2TMDA 3STCA 3GDTA 5HMSA 3I68A 1U5JA 2ZZ1A 1XBZA 4BI6A 1IIGA 5DXYA 4ZQNA 5L6UA 3OVPA 1LOSA 2BTMA 4CQ8A 4XTIA 2B0MA 4A3UA 1SZNA 1FDYA 2GVGA 2H8XA 4K37A 3W7EA 1H1YA 4K36A 3N34A 3NDOA 4MKNA 3P84A 1LM1A 1VQTA 3KVKA 4RXGA 1G4SA 4NU7A 2Z6IA 3VE9A 4JTSA 4A2SA 4ORIA 1LLWA 4JICA 5HR6A 1QNVA 2CZ5A 2PRLA 5FF7A 1XUUA 4JX5A 3C0JA 1ICPA 1D9EA 1HG3A 1SO6A 3B03A 1JR1A 5HJLA 3W86A 4Q4KA 3NL3A 2V2HA 3HPZA 3QMSA 1OABA 2KZHA 3S5OA 1TPEA 2O7QA 2A6NA 1V7YA 5KZDA 4LW7A 3EWYA 3EXTA 2AGKA 1YYAA 2ZA3A 2CZDA 3OBKA 1DJQA 4MY8A 4N6EA 1GVFA 4GJ1A 4UTKA 3W83A 4LNYA 3B05A 1LZOA 3LDVA 4CCDA 4MZYA 3G3DA 2OMAA 4UTHA 1Z44A 3NG3A 4R34A 4PH6A 5DY3A 3I6RA 2B7PA 1HUVA 1X1ZA 2EKCA 4JIPA 3UD6A 3PG9A 1XDMA 4KWWA 5D2WA 2ZRYA 5CPLA 1JRCA 4ZQOA 3QFEA 1GG1A 2H90A 2QCDB 5C6MA 2A4AA 5LNWA 4K38A 3NQ8A 2E5DA 5FF0A 5KSWA 4DF0A 1H61A 3OA3A 2H3DA 1SQ7A 3NM1A 1FWRA 3UWWA 3RF9A 3W85A 5K9DA 1XKYA 1G67A 5CZSA 3PBUA 5FESA 1E51A 4P2VA 4AMAA 4Q33A 1XDLA 3G0XA 3IVTA 4NUWA 5HR7A 3LRKA 3BK0A 5AFDA 3KX6A 3PVFA 3W1LA 3EX2A 3QRHA 4EF9A 4NXKA 1KM6A 4DF2A 5BW6A 4LUIA 1J4EA 1DOSA 4EIVA 1MXSA 3EWZA 1Q6QA 1JCNA 4ML9A 3GYEA 4K39A 5U7SA 1VC4A 3IGXA 3O06A 4RV8A 3L68A 4HN4A 1TIMA 1EP3A 1LTDA 3DAQA 5U4NA 1IXPA 2A5HA 1FCUA 1TV8A 1UUMA 2QJIA 4M6PA 3S5ZA 4XQ6A 1EP1A 1DV7A 1PIIA 5HUOA 5TIMA 2GJLA 3I7QA 4NZFA 3JR2A 3M43A 4IOTA 3P5ZA 4EVZA 4JTKA 4PCFA 1RQEA 3DXIA 4BI5A 1F6KA 1YTDA 5FF3A 1I2PA 4POCA 4AHOA 3TSBA 4LRTA 3VNDA 5H91A 3TQVA 5EYWA 1Y0EA 3W9ZA 3B06A 3IVSA 3HPSA 1ZY9A 5D05A 2J9ZA 1TV5A 1GWJA 2Y88A 2WNQA 1Z41A 2QDGA 3LRMA 4LVAA 2F84A 5K4ZA 4GBUA 5FEWA 2CW6A 1L6WA 1WV2A 1YPFA 2G95A 3E02A 1TPVA 2QUVA 3ELFA 3NQEA 5E1QA 3Q94A 2E1DA 5D30A 5DY2A 2QCNA 1W37A 4GUIA 1XFBA 2P10A 3IIPA 2RDTA 3JRKA 4WXZA 4Y8FA 4I7WA 5CSRA 3NL6A 5EA9A 4FXSA 3FJ6A 3N2XA 2FPYA 4BWLC 4DEFA 1QPOA 2ZRZA 3ABOA 4C1LA 3B0UX 3E96A 3F1QA 2VC6A 3GVGA 2A2IA 2NX3A 3EX6A 2DZSA 1EP2A 4CLMA 3BGGA 5AN7A 3S5NA 4YCPA 2CLIA 1K8YA 5LSMA 2E68A 3PG8A 4JYFA 3P67A 4KFOA 3PSWA 5AYZA 4FEZA 1FXPA 4HNUA 1H62A 2HSAA 3FOKA 4O0KA 3DFSA 1EUNA 4R7JA 1EA0A 2ZTKA 2GQ9A 3S1WA 2E6DA 4Y9AA 2O7SA 4Y90A 1GJPA 4S1FA 5DCDA 3TUUA 4ONVA 2R94A 3VI2A 1ZAHA 5AYXA 2OZ0A 5KZMA 2GPTA 5D33A 1G69A 3UQNA 4JTHA 3ABRA 4JR5A 5T26A 1NEYA 3LCHA 5LNSA 5EMUA 4IX2A 1Z48A 3M0ZA 1P0KA 3C8FA 3W7MA 4H6KA 5D09A 1ALDA 4UTTA 2RKXA 3B4UA 2ZRWA 2FPTA 1DBTA 4ZQPA 1OYBA 4IPJA 1FBAA 1IIHA 3C2VA 1MO0A 2YCEA 4ALDA 1OFAA 4AWUA 1SW3A 1IXOA 5G4WA 2EAWA 1JUKA 1W56A 3TXVA 4HNNA 2V5LA 3SZ8A 1Q6LA 2W79A 4GFSA 4HSNA 2QCHA 4IMFA 1M5WA 3QYQA 3C52A 2VOMA 4TMCA 3QMRA 3C6CA 2Y70A 1T99A 3L2IA 1R46A 5AOUA 2NV2A 3QSRA 2C16A 3STGA 3UYCA 1KM1A 3HB9A 5EPDA 3NL5A 1IGSA 1KTNA 2FIQA 1JQVA 3GAKA 1G7UA 3LBCA 2QUTA 4WX2A 4JTLA 3KOFA 1AW1A 3W84A 4CNNA 3P8IA 1B4KA 1AMKA 4X22A 1QPQA 4N9BA 3VCRA 4NNBA 2QCGA 2YFNA 4N6FA 3QH2A 5F4SA 3TR2A 3TJLA 3F4NA 1DKWA 2NUYA 1H60A 1M7OA 2A7PA 1TREA 4ZVJA 2YPIA 4X3ZA 3NNTA 3NEVA 1F74A 2ABBA 4K7YA 1XBYA 2Y6ZA 4MIMA 3E9AA 3GAYA 3NXFA 3EX3A 1JCYA 3TQ0A 3W7PA 2VELA 1RZMA 1H63A 2H6RA 3O15A 3M5VA 3W1RA 2ZZ2A 4JN6A 5F4XA 3W6YA 1W31A 1PCWA 3N14A 3NOEA 1TYGA 1YDOA 3P82A 3DI0A 4TX9A 4UNLA 2FLIA 1PE1A 2Y63A 4OQVA 3HGSA 4IMGA 1AW2A 3R13A 3USBA 4MOZA 1NF7A 4AEOA 3RNDA 4I9AA 2GOUA 3P61A 3BW4A 4M19A 5G2HA 4JNMA 1O60A 4WY0A 1W3IA 4K8EA 1JUBA 3RFAA 1QO5A 3IIVA 4EF8A 5MHBA 2A7NA 4WOZA 1K3UA 1SO4A 2XN2A 4ZZ9A 4OHQA 1LRQA 1K7XA 1K8ZA 1O5KA 4DO6A 3PBWA 4JDYA 4UXDA 2TYSA 1K7FA 1W8SA 1SW0A 5G1TA 3SJ3A 3MO7A 1PCKA 3DENA 1SU5A 3BGJA 3LLDA 3T4CA 5G4EA 1ZALA 3WFAA 3QW4B 1ML1A 3NGJA 3M9YA 1VS1A 1VCGA 3DFQA 4DBDA 3O63A 3BW3A 4O1DA 1H7XA 1H7RA 1YLVA 2G5WA 4QNWA 5KINA 1KV8A 2WNZA 4TMBA 3NM3A 4WJEA 2Y7FA 3EKLA 1BWLA 3GXNA 2ZFAA 2WV8A 3PWAA 3WJZA 4LRSA 3NL2A 2XN0A 1KM5A 4O14A 1OJXA 1VPXA 2ZTJA 1SFJA 2Q8ZA 2Z6JA 2PRMA 3THQA 3C3NA 1JCMP 4GUGA 2BLEA 5G1YA 1QOQA 4Y6GA 3C2FA 2E77A 5G2IA 4O16A 3UPBA 4D2JA 1KA9F 2QJHA 1WOBA 3L0KA 3W1XA 2HS6A 1A5BA 4RZ5A 1RVGA 4LU0A 4NZJA 3QZEA 1DL3A 3ABQA 1XM3A 1SO3A 4LV4A 1FWTA 1TJRA 2JKPA 4XZ9A 2OCZA 2YX0A 1VHCA 3DFOA 3VE7A 3O6YX 4WXYA 3LXAA 1VRDA 5HWMA 1M6JA 4UFMA 3WK3A 1LROA 4CQAA 1OX5A 3PY2A 4UR7A 4O28A 1V5XA 3TNOA 3EB2A 1C9DA 2AQWA 2ZZ3A 3G1DA 2B7QA 2NV1A 3KXQA 2EGZA 4NJKA 2QEZA 3NPUA 2HMCA 3PM6A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3CQ0A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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