3CU2 | Genus

Total Genus 92

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	92
sequence length	235
structure length	235
Chain Sequence	MSKLSLIQQLKQQKLSVGILSANWLQLNEEVTTLLENQINVLHFDIADGQFSSLFTVGAIGIKYFPTHCFKDVHLMVRNQLEVAKAVVANGANLVTLQLEQYHDFALTIEWLAKQKTTYANQVYPVLIGACLCPETPISELEPYLDQIDVIQLLTLDPRNGTKYPSELILDRVIQVEKRLGNRRVEKLINIDGSMTLELAKYFKQGTHQIDWLVSGSALFSGELKTNLKVWKSSI

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__648065678812646__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__648065678812646__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3CU2/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__648065678812646__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"648065678812646","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3CU2/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__648065678812646__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfe8fa04111f19cfca5e4f2/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfe8fa04111f19cfca5e4f2/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfe8fa04111f19cfca5e4f2/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfe8fa04111f19cfca5e4f2/pdb.gz): 497 ms

reading 235 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

235 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 21 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:234});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Haemophilus somnus
publication title	Crystal structure of ribulose-5-phosphate 3-epimerase (YP_718263.1) from Haemophilus somnus 129PT at 1.91 A resolution rcsb
molecule keywords	Ribulose-5-phosphate 3-epimerase
total genus	92
structure length	235
sequence length	235
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.1.3.1: Ribulose-phosphate 3-epimerase.
pdb deposition date	2008-04-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00834	Ribul_P_3_epim	Ribulose-phosphate 3 epimerase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3cu2A00

4MZ1A 2YW3A 2G97A 4FEZA 4O13A 4ADUA 4G1KA 3LHWA 5LGXA 1G4TA 4FNPA 5K2ZA 4UMAA 1O94A 5FEWA 3B03A 3LV6A 5LZLA 3FKRA 3TIMA 5D09A 2WSQA 3EB2A 3PM6A 4NXKA 3RF9A 1GVSA 2V8ZA 3G1VA 3U8GA 4FNTA 1GEQA 2Z2UA 4RV8A 3BGGA 3CHVA 3I7RA 3CT7A 5LNWA 3DZ1A 3W7HA 1OX4A 4JTHA 4Y90A 3W1XA 1X1ZA 2OCZA 2KZHA 4AB4A 3L68A 4CQ8A 3B04A 5FF2A 3LBCA 3QEZA 2QDGA 3UZ5A 4S1FA 2BLEA 2B7NA 3EX1A 1YPFA 3UPBA 3ABOA 2A7RA 4HKPA 3W1PA 4GE8A 1BTMA 2FPYA 2NWRA 3TAKA 4GFSA 1K02A 4NXSA 2VELA 3O1NA 2DZUA 1AL7A 2P0OA 4UFKA 3NQVA 3BG9A 4IX0A 4Z1AA 3W74A 4JICA 4QM1A 3Q2DA 3G1XA 5CPLA 2QJHA 3BK0A 4DF2A 4EOUA 4K37A 3QZEA 5G2IA 3TXVA 3TFCA 3W1MA 2YXGA 3QC3A 4CNNA 3HMJG 4CCEA 4MY1A 4M19A 1RVGA 4HPJA 3O06A 4AAJA 1Q6RA 3MBFA 2JBMA 1KM2A 5AC6A 3EWBX 3UY7A 3GDTA 5EBUA 1GWJA 2NXHA 2EPHA 2E77A 3W70A 3SR7A 2ZTJA 4GUHA 1M5WA 2B7PA 2NX1A 1DVJA 1YPIA 5IBXC 3DFQA 3MP5A 5KITA 1S5TA 3FEMA 3G24A 3KOFA 1ZCOA 4PODA 5BMWA 1L6YA 1H50A 3BLFA 3W2JA 4TR9A 3TNOA 3M43A 2NV2A 3SIZA 2E09A 4GUJA 1JJKA 2VFIA 3GAYA 3MYPA 1OYCA 1KFKA 2NXGA 3IGUA 3KHJA 4QQ3A 3G22A 3KXQA 4Z1BA 3R2GA 2A6LA 2DJXA 3M7WA 4X9SA 1F6KA 1B4EA 1HUVA 3BPWA 2DZWA 1EIXA 2CLHA 3BW4A 4AMAA 4UTHA 3NQ6A 5F4SA 3CU2A 3NPXA 1M6JA 1A53A 3A5FA 5KZEA 3W2NA 1ME7A 4AWUA 1OFOA 5DY2A 1QOPA 4RCXA 2ZZ1A 1VH7A 3ZR4A 3I7SA 3DHDA 4XUGA 5E1QA 4UXDA 3FYOA 3TUUA 3N3MA 2TRSA 4QJ1A 4XTIA 3HGOA 1DKWA 1KM0A 3W7GA 4U4MA 1L9WA 1ONRA 2NLIA 5C2XA 1LOSA 1W5MA 3B4UA 1VS1A 2CWNA 3W75A 1LP6A 4NZJA 3HPZA 4IOTA 4K8HA 4JYEA 1W5PA 1J2WA 4MIMA 5F2LA 4NU7A 4DQWA 4MLJA 5HWNA 2TYSA 2WNQA 1W3IA 5DCEA 5EMUA 3ABQA 4AWTA 4O4VA 3TC6A 3SGZA 3NAVA 2BXVA 4TIMA 4FX7A 3QSRA 4ZQPA 2HS6A 4Z1CA 3PG8A 1A5AA 1WAUA 3UNDA 3TMQA 2NX9A 1TQXA 1UCWA 4Q33A 2YCEA 4UCGA 4ZVJA 4I7UA 4NJJA 3LRMA 3QPYA 1K7EA 1PCKA 3LHZA 4TMBA 2YYUA 1WA3A 3N9RA 4JX4A 3MI2A 1LRTA 3C4UA 2ZZ3A 4GXMA 3N73A 4MY9A 1FQ0A 3NPVA 1SR9A 5CPOA 2P1FA 1KM1A 2H3BA 3BV4A 3VNDA 3WJWA 3IV3A 3EKLA 1A5BA 4Y9AA 2A7NA 3LHTA 5F2GA 1FXPA 4UTTC 1NVMA 3T78A 1OK4A 3B0PA 3PF3A 4CLMA 1YXYA 3KVLA 2VEIA 2H8ZA 1KBIA 1AMKA 1F73A 1O4UA 4ONVA 3SGUA 3T40A 3CM4A 1QDSA 3T4CA 3G1YA 3LM7A 3MYOA 4HNUA 4OV9A 1IIGA 1LRNA 3I68A 3W85A 4E2BA 1VCVA 5EY5A 5CZTA 1A5CA 1A50A 3DU0A 2OT0A 4UFMA 3TQVA 1CX9A 2QJGA 1ICSA 2RKXA 1TSIA 3TA6A 4GBUA 2A1YA 2Z1BA 3RFAA 5C54A 4JDYA 4NQ1A 4Z0SA 5F1VA 3S5NA 1EEPA 1YDOA 1GQNA 2V5LA 2EF9A 4XBSA 1KFJA 5IBXA 2WSYA 6ALDA 1GOXA 2X1UA 1TTIA 4RZ5A 4AF0B 3EX2A 3KRZA 5E0KA 5AYYA 5FEZA 1SW0A 2FLIA 3O6DA 2ZA1A 3LI0A 3P8IA 4EF9A 2NWSA 2PRHA 4JTEA 3ATZA 3LBMA 3WJSA 4O15A 3W6YA 3GXNA 3HGJA 4KFPA 1JUBA 4N6EA 4IMFA 5DY3A 4FNSA 1FDZA 3SJ3A 5GVJA 2FDSA 2FTPA 2QCDB 4JTTA 3TX9A 2YSWA 3CEPA 1W5OA 3F1QA 3DFTA 1ME9A 3DFSA 1VRDA 4WXZA 1W3NA 3LGEA 3W7OA 1QNVA 3BW3A 4L4LA 1I2QA 3W1AA 3N2MA 3N34A 4UMBA 3NZRA 1GG0A 4MOZA 4S2BA 2CLMA 4JX5A 3QW3A 5LNUA 1TV5A 2ISSA 3OHIA 4H6KA 1JUKA 3T44A 1MZHA 3A5VA 5CG7A 4M7SA 3R89A 2P10A 1H1ZA 3BVJA 2R8WA 4K7YA 2WNZA 1LDCA 5CPNA 1WYIA 3DKJA 4GUFA 4RXFA 3NZ1A 1EWDA 2DORA 1G67A 3TQ0A 5HR6A 4NNBA 4A2SA 3MO7A 2FIQA 4P2VA 3S6DA 4LS0A 1V7YA 4WJEA 1BEUA 2NX3A 3LXAA 3U2OA 3UXAA 1OFEA 1VGAA 5AOUA 5HUPA 2B7OA 2C3ZA 3QMTA 2CLLA 2FB3A 4XTDA 1YADA 1H60A 3QSTA 4I7VA 5CGQA 4BWLC 4CQAA 1DQWA 5K3VA 1KM6A 3EWUA 3R8RA 2C0AA 1EP1A 1R30A 3RNDA 1OK6A 3NQ2A 5A8GA 3W7DA 1JCJA 3CEUA 3V75A 3P7YA 3NPWA 5BOOA 5TBOA 1FX6A 1JCYA 1R2RA 3QM3A 2OJPA 1OF8A 1PVNA 4ZL1A 3CQ0A 5AHNA 1TYGA 1H5YA 3GR7A 3NQ8A 5BRBA 1XXXA 1OYBA 4LS1A 3NQEA 3LCXA 2CLOA 3IEBA 4N02A 4FXRA 3P80A 1R47A 4Y8FA 3I6RA 4HHPA 3WJYA 4R7JA 2AGKA 4DO5A 4UTTA 5I3GA 1BWKA 4O1DA 1KFEA 1OFRA 3A24A 2C14A 4LC8A 5K9XA 1HL2A 3LCWA 2HMCA 4LUJA 3NL5A 1W31A 1F74A 4JTGA 1KTCA 2JK2A 3P5YA 3WJZA 1G69A 2QCGA 3JS3A 2V2CA 4JN6A 2Y6ZA 1OVDA 3AO0A 3STFA 1FBAA 4WOQA 4YCOA 1F5ZA 1WBJA 5FEXA 1VYPX 3EWWA 2YDAA 4POCA 5E93A 4ORIA 2QCFA 3WK1A 2B0MA 1WDWA 1HFBA 5A5WA 1SZEA 2ZQ0A 1K7FA 3IIZA 3N19B 1AW5A 1O60A 3NA8A 3OIXA 5BMXA 5HWJA 1TV8A 4N4PA 2GPTA 1RV8A 4XKYA 1H7NA 3GNDA 1MEIA 4WUIA 2RH9A 3GDMA 3D0CA 2X2GA 3CWNA 4EF8A 3W1UA 1KW1A 3TKFA 1G4SA 1JULA 5L6UA 1VLIA 2GUUA 1WXJA 4JEQA 2NV1A 1O5KA 3CPRA 3QW4B 3C2OA 2Q8ZA 3FJ6A 2A6NA 3FKKA 3BARA 3LCLA 4Z08A 4A21A 1VC4A 3LOTA 2Y88A 1LRQA 4MVAA 1KLZA 3G8EA 4ADTA 2ZA3A 3TH6A 1NAL1 1TJPA 1W56A 2VFGA 4UTJA 3HO8A 4LWWA 3PUEA 1KFCA 1OFQA 3BG3A 4DBEA 1QCWA 2CZEA 4UFJA 4FNRA 1EA0A 5FESA 3FOKA 2RDTA 5G2WA 1SQ7A 3W84A 2QEZA 3DFOA 4E38A 3FYPA 3M5VA 2WOQA 5EPDA 2ZFAA 3K30A 3S1UA 2FQIA 4OV4A 4HIBA 2BSLA 1MEHA 1Q6OA 1GTHA 4FIRA 3TXZA 1G4EA 2XN0A 3A9IA 3CLMA 3LCHA 2WQPA 2ZRWA 4UIOA 3W07A 1GVRA 2QUTA 1FWSA 1FDYA 4WZHA 3MP4A 3G1HA 3BLEA 1XBXA 3FLUA 4HT3A 3M16A 3HIJA 1SZGA 2GJNA 3W7EA 2NUXA 2GQAA 2Z6JA 5G5IA 3GNNA 2ZYFA 1Z42A 1LBFA 3B0VC 2OMAA 2C13A 3W1LA 3LTYA 4GNJA 4NJKA 3W7KA 1T0OA 3B8DA 5HINA 3BO9A 2VXNA 5F1UA 4UR8A 4O1AA 2DZXA 1LTDA 2A7PA 3MI6A 4NVTA 3C6CA 1TTQA 2ZRUA 4GJ1A 4GRSA 1TV7A 3HQ1A 4BWLA 3DXIA 2Y85A 1L6SA 2ZZ2A 4ZQRA 4UTWA 3NEVA 5HJLA 4IMDA 2YGYA 3VE9A 3CIWA 3G3MA 1TMHA 3FJLA 3ZS4A 3B0UX 1ZAHA 2X1TA 4WY0A 5J5DA 5KZMA 3NQDA 1TREA 4PL1A 3BW2A 4MPQA 3DBPA 2DZSA 4FB7A 2V2DA 4YL2A 2J88A 3EXSA 1WV2A 1JRCA 2PC4A 4O1CA 1PHQA 3UY8A 4MLRA 4NJHA 4BFAA 3ZFHA 2LLEA 3UWVA 5AB3A 3EX4A 3C2EA 3CB8A 1VZWA 3EXRA 5D38A 5LHFA 4UTUA 1SO3A 1GVFA 1K03A 3CTLA 1JVNA 3O63A 4RXGA 1L2UA 1OX6A 2GOUA 4BK9A 3M5XA 5CSSA 2V81A 4LS2A 4ADSA 5DXXA 4O0KA 4LTSA 4LVGA 3W1NA 4A3UA 1AK5A 1B4KA 4JIPA 3F4WA 2ZA2A 5AHMA 1QOQA 1ZJIA 1ML1A 3PBUA 2G95A 4B5NA 2VEMA 4N9EA 4U28A 3UQNA 4IPJA 1HO1A 1QPQA 4AWSA 4JTFA 3UWQA 3L66A 3MP3A 5AYXA 5LGZA 2ATSA 4YCPA 5DLCA 1MSSA 2GQ9A 2OZ0A 3GXPA 1DJQA 3P62A 3W76A 3E02A 1IXNA 1F6PA 5AYZA 4NUWA 1KLYA 3KX6A 3DGRA 1WOAA 3L9CA 3SECA 1YDVA 2A0NA 3W7QA 4JTKA 3UD6A 4AHPA 1YDNA 3NQGA 1ADOA 1EUNA 3PUDA 4RKAA 3NQMA 1SW3A 1S5VA 2VFEA 4PTNA 2RFGA 2ZZ5A 2Q3OA 3N2XA 5F4XA 1XUZA 2QKFA 3C52A 5MHBA 2VENA 5T26A 1OFAA 5IM51 4IJBA 5H91A 5DBUA 4FHAA 2QUUA 1VYSX 3LCFA 2CFFA 1PIIA 3W1RA 2F7FA 2E5CA 3B06A 2Z6IA 2E5DA 3W7RA 3E49A 3HPSA 3ZWTA 2E5BA 2JGYA 1TQJA 1SO6A 1LBMA 1NF0A 2HSAA 2VEKA 4IMEA 3TC7A 3HOJA 2V82A 5DBTA 4JY8A 3S5YA 1FWNA 4PL2A 4UTLA 1TPFA 2GVLA 2J24A 1IXOA 4HNTA 4JS3A 4TO8A 4X2RA 1UBSA 3HJZA 1FCUA 1LROA 4NJIA 3G1DA 3W23A 2JGQA 4PC8A 3W83A 1XI3A 3LRKA 4AEOA 1TB3A 3IIPA 1OFDA 3ABSA 1FXQA 1KTNA 5K4XA 1GYLA 1KBJA 2IQTA 3HG3A 1QMLA 1KV5A 3EEGA 1XL9A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3CU2A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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