3CU2 | Genus

Total Genus 92

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	92
sequence length	235
structure length	235
Chain Sequence	MSKLSLIQQLKQQKLSVGILSANWLQLNEEVTTLLENQINVLHFDIADGQFSSLFTVGAIGIKYFPTHCFKDVHLMVRNQLEVAKAVVANGANLVTLQLEQYHDFALTIEWLAKQKTTYANQVYPVLIGACLCPETPISELEPYLDQIDVIQLLTLDPRNGTKYPSELILDRVIQVEKRLGNRRVEKLINIDGSMTLELAKYFKQGTHQIDWLVSGSALFSGELKTNLKVWKSSI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of ribulose-5-phosphate 3-epimerase (YP_718263.1) from Haemophilus somnus 129PT at 1.91 A resolution rcsb
molecule keywords	Ribulose-5-phosphate 3-epimerase
molecule tags	Isomerase
source organism	Haemophilus somnus
total genus	92
structure length	235
sequence length	235
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.1.3.1: Ribulose-phosphate 3-epimerase.
pdb deposition date	2008-04-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00834	Ribul_P_3_epim	Ribulose-phosphate 3 epimerase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3cu2A00

4AWUA 3N3MA 3NL3A 1X1OA 4JICA 1OYCA 2PC4A 2VEMA 3L9CA 1XKYA 3V75A 1VGAA 5F2GA 4JDBA 3TK7A 2O7SA 3PR2A 3ATZA 1M7OA 4HHPA 3TC6A 3YPIA 4ADTA 4NJHA 4Z0SA 2QDHA 3W7QA 4AHQA 2YW3A 3G1AA 3EX3A 5D2XA 2VEPA 5LNWA 3DFSA 3EB2A 3MO7A 1ME8A 1F05A 2ZTJA 4NX0A 2GQAA 2Y7GA 3MYOA 4LVGA 4ZZ9A 4TR9A 1Q6LA 3NO5A 3QQ1A 4QAIA 4RXFA 2H6RA 3P8IA 2JKEA 4UTKA 3LCXA 1YLVA 1JRBA 3D0CA 5IBXA 3TNOA 1Q3NA 1C8VA 4NJGA 1GVRA 3PSVA 1IXQA 3G1HA 3O6YX 4NZFA 4TMCA 1W5PA 1C29A 1D9EA 5CZSA 4O57A 1K7FA 1OFQA 3I7SA 4O54A 3W7HA 1GYLA 5BNKA 2Y63A 3TDFA 3DHFA 2F84A 1TRDA 1EIXA 2YYUA 3JRKA 5G1TA 3L5AA 3N73A 2VKZG 1YDVA 4IUOA 2BTMA 2PRMA 1KFBA 1KV8A 2A4AA 3VNDA 5LKYA 4UTWA 1X1ZA 1OABA 3QPYA 4IWWA 3T78A 2FPVA 3TXZA 1SFLA 1K02A 4Y6GA 1N8FA 3HGRA 1YTEA 3W1XA 2R94A 3DKLA 3T7VA 1L9WA 1VC4A 4IOTA 3E02A 3RLVA 4AXKA 3OG3A 1WV2A 1XBZA 2C19A 1GG1A 3EWZA 3W7GA 5HWMA 3SIZA 3RMJA 1OFAA 1ADOA 1IIHA 3FYOA 5D2WA 5CZ0A 1X8FA 1WAUA 2A7NA 1R47A 3TJLA 5AHFA 3NQ6A 4DEFA 3RK8A 5G4WA 2CLKA 1JQXA 1WOAA 3UNDA 5T26A 4CQ8A 3TMLA 4LRTA 3G18A 7TIMA 1W0MA 4DF0A 1QO5A 3HB9A 3LHYA 3RFAA 4FXRA 1OX4B 3VI2A 1H61A 1K03A 2NUWA 2Y85A 3TUUA 3F4NA 3TFCA 4O53A 3THQA 3DFPA 4W9TA 4IQLA 3EWBX 2A1YA 2E5DA 4P61A 2ZRUA 3Q2DA 1OK6A 3LTYA 4JX6A 1OX4A 1EWDA 5CG7A 4H3DA 4PC8A 1M7PA 3I7RA 2B7OA 3FIGA 2V0TA 2DJLA 1JUEA 2RDWA 2DP3A 2YSWA 2ABBA 1F5ZA 5F2IA 4JNMA 1DQWA 1BKSA 1PS9A 2E5BA 3G0SA 1H5YA 4FIRA 2WNZA 3UPWA 2I9EA 1B9BA 1RQBA 4OQVA 3QJAA 5K9DA 3NPXA 3ZS4A 4UMAA 3CU2A 5FEPA 3W1UA 1EUNA 2J9XA 1XUUA 4K36A 4RX0A 1I2NA 4TMBA 2A0NA 2NXIA 1KBJA 2W0UA 4O14A 1VHNA 2VFEA 3HPXA 4DELA 3W7RA 2Y88A 4ZVJA 3T40A 5EL1A 5LGZA 3IIZA 3A5FA 1D3HA 3GAYA 1RR2A 1JJKA 3MI2A 4QJ1A 3DGRA 4M19A 1Z41A 2Z0IA 3O1NA 3IIOA 2Z1BA 1XCFA 1F2JA 3MUXA 4UNLA 1RQEA 2HSAA 2J9YA 2ZZ2A 2FDSA 1J2WA 2C6QA 5D09A 3W2MA 4FNSA 2QJIA 4I9AA 4Z08A 3TQKA 4LV4A 1T0OA 5DELA 5A5WA 4HPJA 1FDZA 2GVLA 4P2VA 4NNAA 3NPUA 2QCLA 4O1AA 3W7KA 4DPQA 1VLWA 3GAKA 1XM3A 2C16A 4N9BA 3QSRA 5AYZA 1XDLA 1V5XA 1WDWA 3GNDA 3DI0A 4BF9A 2E09A 3OBKA 3G3DA 2C15A 4U28A 1PCKA 1JCXA 3QPZA 3LX9A 4Z0JA 4YL2A 3S9YA 2GQ9A 1A5CA 5F1UA 3A22A 1SUXA 4NJJA 2CLIA 4UFJA 2P0OA 2A85A 3M1ZA 4N9EA 4FNRA 3G1YA 4MY8A 1QOPA 1TQXA 3MP3A 1H60A 1W56A 3FKKA 4IJBA 4DXVA 4YMZA 1YYAA 2P10A 3N9SA 3DBPA 1UASA 4NXKA 4FNPA 1B4EA 4OT7A 4JX5A 5FI8A 2EGZA 3C2EA 4Y8FA 2JGQA 4O50A 2TRSA 5DN1A 2PCQA 5L9FA 4LVBA 2QCFA 2QCCA 2VXNA 2C3ZA 3W7DA 1W8SA 1ZY9A 4FIQA 3CT7A 4IGHA 4MY9A 3CIWA 3BLFA 2B0MA 4JYFA 3VFLA 2R14A 1TREA 3CPRA 4LRSA 1OFBA 3CTLA 3LBMA 4NZJA 2ATMA 3Q58A 3FJLA 2YW4A 4UTTC 3G1FA 1PHQA 2OT1A 1BWLA 3NL6A 4O12A 1U83A 4I7WA 1LBFA 4UR7A 3P60A 3QMTA 3TJXA 3PBUA 2ZRVA 4UXDA 1HO4A 1VPXA 3R13A 3W73A 5CPOA 2XN0A 1X6UA 2GOUA 5F4WA 3DFQA 4A2SA 4FB7A 4PFMA 1GVSA 4WOZA 3ZFHA 4GE8A 3C2OA 3EXSA 2CZFA 3LHVA 3B04A 5AHLA 4LWWA 1VCFA 4OGZA 3G1VA 3GDLA 3LGEA 1TQJA 1KM3A 3PBWA 2J6XA 4GFSA 3P74A 1XBVA 4RZ5A 3EWYA 3UWQA 3UQNA 4AHOA 1S3HA 2Y7FA 2WSQA 4IMEA 4UFLA 3QM3A 4KFNA 2J27A 5E93A 3ELFA 1QPRA 3L67A 5IM51 1R30A 3QMSA 4UFHA 4PEKA 3NAVA 5KSWA 1W5OA 3H55A 1UBSA 6ALDA 2B7PA 3LRKA 1KM2A 4MLJA 1TSIA 3RLUA 2WQPA 5AC7A 1WQ5A 1ZAJA 3FJ6A 1P0NA 3W1MA 4O19A 4CNNA 3NM1A 4AWTA 1OYBA 3N34A 4FX7A 3W7OA 3NXFA 3LLFA 3BK0A 1OFDA 3GDRA 3NPVA 1RQHA 2QCDB 2DZUA 3GDMA 1QOQA 1E51A 2FLIA 2ABAA 1YPFA 1AL8A 1P4CA 4R53A 2AGKA 3WJSA 3UD6A 2JKPA 4JDYA 3DFTA 2VELA 5F1VA 1N55A 3BGGA 2OX1A 1MEIA 1VS1A 4ZQOA 3O16A 3PWAA 2VFGA 3AO0A 2RDTA 4RZ6A 5HR7A 1SO3A 1FX6A 5K9XA 3KHJA 3L0NA 5D2TA 5EYWA 4JTJA 1KLZA 3KVJA 5BMWA 1I45A 2PE4A 4HPXA 3I65A 5F2LA 3LCIA 3SGUA 4Q4KA 8TIMA 1SZGA 2Y62A 1MEHA 5HNRA 1GZGA 5CPNA 5HINA 3KX6A 1TPH1 1H62A 2I14A 3UYCA 1Z42A 1SO5A 1EP1A 1ZAIA 2JKAA 3C52A 4LS0A 3U6WA 4FX8A 3SI9A 4M6VA 4S2BA 1TPDA 4N6EA 4C1LA 4M7SA 1XI3A 1QNVA 2QJHA 2NZLA 3NG3A 2QDGA 2EKCA 4JIPA 1TPUA 3C0JA 5U4NA 2V8ZA 3EX6A 4AWSA 4BI5A 5D2VA 3JS3A 2LLEA 3H54A 3GLCA 3W7CA 4GBUA 3PAJA 1G69A 5DY3A 2JBMA 1KFCA 3LTSA 4JGDA 2V81A 4CNOA 5D04C 3W7IA 1H7RA 3M5ZA 4LW7A 1G4TA 4FX6M 5FF0A 3A24A 4QISA 5K4ZA 4C1KA 1G4EA 1W5NA 3ABOA 5CGQA 3MWAA 3BV4A 2ZYFA 3BO9A 3PBVA 2Y61A 2AAMA 2FQIA 4S1FA 5FF2A 3B0VC 1GVOA 1LLWA 2ZRZA 1TTJA 1AL7A 2VFIA 2WSYA 4O10A 5HUOA 3N9RA 3S5ZA 2YCEA 1L6SA 4K8EA 1IIGA 1QPOA 1JCMP 3IGXA 4YLWA 4LU0A 1F74A 3S5YA 1SSDA 1TRIA 1JUBA 2Z2UA 3O05A 4OE7A 5AOUA 1S5WA 3HG5A 4H4IA 2Z6IA 5LNSA 2H90A 3N2MA 2ZA2A 3C6CA 1VLIA 3W1PA 3BGJA 1KA9F 1HTIA 2QJGA 3GXNA 1GOXA 1WYIA 2QF7A 3EX2A 3TR2A 1S5TA 3WFAA 1TO3A 4DBDA 1OK4A 3QFEA 3UY7A 1F73A 3NEVA 1FWTA 1JULA 1L6YA 1SW3A 3OEXA 3IEBA 3G0UA 3LI1A 3LHTA 1LOQA 3W3OA 1LP6A 4HSOA 1EA0A 1WX0A 1LROA 3SECA 2B4GA 2GVJA 3W2LA 1RD5A 3UXAA 1FDYA 1UUMA 2H3DA 1Q6OA 1K8YA 3UXDA 2NV1A 2WJZA 1L2UA 3ZR4A 1NF7A 2A21A 1VYPX 1TIMA 2BX7A 4CQ9A 5AYYA 5DCBA 4AF0B 5D03A 3R5EA 1EUAA 5HQEA 2V82A 3PF3A 4GUGA 1VYRA 3LDVA 3NR0A 5AHNA 1S5VA 4HNUA 1AG1O 3CB8A 1DJQA 2H8XA 3P80A 5U7SA 4XUGA 4AF0A 1LM1A 3TXVA 1TV7A 3USBA 1MXSA 3GXTA 3RNDA 2PRLA 3A5VA 3KAOA 3U2OA 4EWND 2QCGA 1QR7A 3NOEA 2FFCA 1SFJA 2QUTA 4XBKA 3UWZA 3W87A 2CLEA 3WK2A 1K3UA 5K9CA 1R46A 3CC1A 1FBAA 4YCOA 2IQTA 3G3MA 3LRLA 4QNWA 2CU0A 2R91A 2ZTKA 3MHUA 4AVFA 1CI1A 4NNBA 2CW6A 5F2MA 3L2IA 5D05A 1B57A 1XFBA 4FO4A 1VYSX 1LOLA 5I3KA 3GKAA 2Q3OA 1I2PA 1AW1A 1KM5A 4Z1BA 3W70A 2BXVA 4JTIA 5HJLA 1NAL1 3M5XA 4LTSA 1ZCOA 5F4SA 1W5MA 4O1BA 5DXXA 3TAOA 1WOBA 4OV4A 4LY8A 1FDJA 1G6CA 4HT3A 3DENA 3KFTA 4MZ8A 3DZ1A 4A22A 3BPWA 3TU9A 2YZRA 1RV8A 1KTCA 1DQXA 2UV8G 3LHZA 3NQEA 5LSMA 5SWUA 1EP3A 1OJXA 3NNTA 2BWGA 1F7BA 3EEGA 2NXGA 5G2WA 4X22A 2VEIA 1XC4A 4K39A 1PV8A 3TH6A 5G2IA 6TIMA 3NYZA 5FESA 1FCBA 5C2XA 4OHQA 3C61A 5HWNA 3DI1A 3G24A 3BG5A 3M5VA 3M5YA 3PVFA 2QR6A 3DAQA 4JTTA 2J9ZA 4BWLA 1UCWA 3W2JA 3GR7A 5TQLA 3IGUA 5G1YA 1HUVA 2TMDA 3PSWA 4MLRA 4UTHA 3ABSA 1GWJA 1K7XA 3NQCA 1F6KA 4JTLA 3C2RA 2OT0A 2WNQA 3LERA 5AHIA 1QDSA 3LB0A 2A2IA 5I3GA 2NWSA 3O6CA 3W23A 4OU1A 1W37A 2OCZA 3TAKA 2NV2A 2Y6ZA 1W5QA 3F03K 4MVAA 4NJIA 4BFAA 3IRDA 2ZZ5A 3NDOA 5IBXC 1KFEA 2BZNA 3EXRA 4LOCA 2YFNA 3PB2A 2WSRA 1ICSA 1I4NA 4XKYB 1LOSA 5ABTA 2YFOA 5DY2A 1WA3A 4ADUA 2E6FA 2I1OA 5AYXA 4RZ4A 1FQ0A 3A23A 3BW2A 4JTSA 1TPFA 2GVGA 4WY0F 3BW4A 5J5RA 1OYAA 4IXHA 2FB2A 3OVPA 3THAA 4WUIA 4MJMA 3MW7A 5I3HA 1OF6A 3HIJA 1TMHA 2ISVA 5L6UA 1F76A 3M6YA 3G8RA 3PB0A 3HGJA 4UTWC 1KTBA 5TBOA 4ZL1A 1SW7A 3M7WA 3SW6A 2CLMA 3O63A 2VEKA 3KXQA 1QPQA 3AJXA 3NZRA 5CPMA 1GTEA 1LRQA 1IXPA 4JTFA 2QCEA 3PG9A 3O15A 1H7XA 2Y70A 3G1XA 1TV5A 3KVKA 4WY0B 3W1RA 2A6NA 1VCVA 2WPBA 1I2OA 3ABQA 4H6KA 3W2NA 2Y7DA 3MBDA 2RHGA 4A3UA 1TJRA 3KVMA 4O13A 1XDMA 1TPWA 2X1SA 4IXXA 3WK1A 1T99A 3TFXA 5LHEA 3P5YA 4L4LA 3EWWA 1VCGA 1YTDA 3IGSA 4ALDA 3IVSA 5E1QA 4WY0A 3P62A 1MO0A 2CLHA 2QCHA 3GX9A 5EPDA 4UTMA 3CWNA 2TPSA 1ZALA 4WXZA 1SZFA 2NWRA 4UUIA 2ISWA 1GT8A 1ICPA 2X1TA 3C3NA 4MYAA 4JYEA 4MYXA 4RR4A 3NQGA 3GYEA 3ABRA 1JCLA 1I2RA 1NSJA 2XFWA 3IIPA 1PVNA 2C18A 2CWNA 1MEWA 4HIBA 1DHPA 4RKAA 3EX4A 1A53A 4PCFA 1GG0A 3M43A 2OJPA 1A5SA 3PC0A 4M6PA 3JR2A 3ZWTA 2CZDA 3W85A 3OA3A 5AFDA 1P5BA 2ZZ3A 2E68A 2ZZ7A 4JEQA 4AB4A 2NUYA 3VKJA 1NFBA 2DU2A 4GUHA 2GJNA 3DKJA 4OBTA 3KVLA 1DOSA 1M6JA 2ZQ0A 5AHMA 4HNTA 3MMTA 2G97A 4K7VA 5CSRA 2V5LA 5HWJA 4RLIA 4JYDA 3NQ7A 3QEZA 4RK8A 3L5LA 3UWUA 1H51A 1TJPA 4QITA 4Z1DA 3B06A 4OWGA 4YWIA 3S5NA 3M47A 3GR8A 1ZNNA 1NF0A 3L65A 4RJEA 3C2FA 3NQMA 2RDUA 4QQ3A 4AH7A 2GUUA 5CZJA 1FXPA 4LVAA 4R7JA 3S8HA 4NNCA 1SO4A 5FF3A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3CU2A

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