3CUG | Genus

Total Genus 132

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	132
sequence length	314
structure length	314
Chain Sequence	ATTLKEAADGAGRDFGFALDPNRLSEAQYKAIADSEFNLVVAENAMKWDATEPSQNSFSFGAGDRVASYAADTGKELYGHTLVWHSQLPDWAKNLNGSAFESAMVNHVTKVADHFEGKVASWDVVNEAFADGGGRRQDSAFQQKLGNGYIETAFRAARAADPTAKLCINDYNVEGINAKSNSLYDLVKDFKARGVPLDCVGFQSHLIVGQVPGDFRQNLQRFADLGVDVRITELDIRMRTPSDATKLATQAADYKKVVQACMQVTRCQGVTVWGITDKYSWVPDVFPGEGAALVWDASYAKKPAYAAVMEAFGA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Probing the binding sites of Family 10 and 11 Xylanases with extended Oligosaccharides rcsb
molecule keywords	Exo-beta-1,4-glucanase
molecule tags	Hydrolase
source organism	Cellulomonas fimi
total genus	132
structure length	314
sequence length	314
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2008-04-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3cugA00

4AZIA 3II1A 2VOTA 1M04A 1NWSA 2DH2A 3AROA 1XV8A 2XTKA 5CGTA 3ZQ9A 2ZUWA 1JZ2A 1V02E 4AZCA 1FH8A 3G6MA 5HPCA 2DDXA 1BYCA 1Y7VA 2VCCA 9CGTA 1J0HA 3ZM8A 5IFTA 3T2QA 4LQ1A 1NM9A 2EXOA 2HVMA 3FW6A 3A4AA 3GBDA 1OD0A 5CSUA 2PF0A 3IANA 1UWQA 2YLAA 4HTYA 1Q4NX 3LPOA 4QP0A 3WQWA 3FHAA 3MO4A 5EFDA 1V3LA 4ZFMA 3CZGA 4UQAA 1IZKA 1XH1A 1JYXA 3A4XA 1JZ3A 1KXVA 4UQ9A 1E0XA 2WKGA 4CCDA 1H11A 5GNXA 1B30A 1WAWA 1OIFA 5A8NA 2FGLA 4TTUA 2WXDM 3IK2A 1I1WA 3GDBA 3EMCA 1GJUA 4LYPA 2CETA 1UHVA 3PZGA 4H04A 1XHGA 1OSEA 1HJVA 3CHDA 4HZ8A 3VKKA 3WENA 1GJWA 1Q6FA 3AICA 1Q6EA 2W66A 3ZOAA 4RE2A 1HJXA 3EMQA 3WH9A 2XFFA 3U7VA 2YA2A 5DEZA 1JD7A 2YLLA 3WQ6A 3ARPA 1CGXA 3UG3A 1VFUA 3SUWA 1M03A 3L4YA 4J7RA 3NUKA 3PBGA 4XX6A 4BCEA 5AC5A 1UA7A 4PMXA 1L0PA 5DFAA 3FY1A 2WZHA 4W7WA 5AY7A 3WD2A 3VMNA 4QDMA 2BFGA 1G01A 1KGUA 4U3CA 5BXSA 1UD2A 4QLKA 1F4AA 3UR8A 1FA2A 2Y8KA 2VX6A 1R8LA 1E4IA 1EGZA 1NH6A 2ZOXA 3D5HA 1MW1A 2F8QA 3WD0A 1QVBA 2J4GA 3ARXA 4W8LA 2ZXAA 3CZJA 4HZ6A 4LYRA 4D6EA 2GDUA 5CGMA 1FH7A 5ABFA 4ACZB 1QNSA 2B31A 2J79A 2VZSA 4LXFA 3TOPA 5F7UA 1V6WA 2G3NA 2IXUA 1ODUA 4NRSA 2DH3A 2FHCA 1ISZA 3WDPP 4TXEA 3UERA 3DYPA 3K4DA 4MAZA 2VZVA 3PHAA 2VRQA 4UQCA 5LA1A 4GQQA 1ECEA 1W2PA 1BPLB 1XSJA 3FXYA 1ZBCA 4L4OA 5JIWA 3WD3A 3VINA 4JFUA 2CBUA 2VNCA 3AHYA 2XUCA 2CHNA 3AIUA 4CD4A 5A95A 5E09A 5FIPA 3MSGA 4GQRA 4W7VA 4F9DA 3RMEA 3VNZA 1ISYA 3M7SA 4LYQA 3I3EA 1H2JA 2GJXA 3WDIA 2GJPA 1XD1A 4QCFA 1WKYA 2VX4A 1E1EA 3K8LA 3RM8A 3MUZ1 4OOUA 1J0ZA 4H7VA 4P7NA 2W62A 3T09A 2Q8XA 2VRKA 2XM2A 1K9EA 2JIWA 1E6XM 2G3JA 3QHMA 1JZ4A 5CG0A 3ARWA 3VIIA 3N11A 4R27A 2BVYA 3QHNA 3PTKA 5A8MA 1DWGM 1VEOA 1OD8A 2DSVA 1UD8A 3CTTA 3N18A 1GOWA 1U30A 3S6TA 4W85A 2NT0A 5JUVA 2E40A 2PWDA 3AHTA 3WDHA 3WDQA 5M3WA 1ZBKA 4M81A 1W3JA 4H8HA 1DP0A 3NSNA 4KMQA 3PZQA 1CLXA 4AD3A 4HP5A 4YHEA 4H8VA 4PMYA 4C7GA 4W8BA 5ABGA 3W25A 5A6BA 5A6LA 1UZ1A 1C90A 5AC4A 1KWGA 5A6SA 1TR1A 3RJXA 4X9YA 5CLWA 3WUGA 2A3CA 3GXFA 4B15A 1C3FA 2C7FA 4FK9A 1K9DA 2YKKA 1UA3A 3U7BA 3VGBA 1LG1A 2BVTA 2W63A 4AEEA 5A3HA 5I6SA 1E4MM 3AYSA 2WYSA 3F5JA 2BS9A 3RJYA 1G1YA 3VDCA 4ATDA 2O9RA 1SR0A 4XZWA 3WUEA 2XM1A 1HVXA 2OWXA 4JHOA 3WQVA 3W37A 3FAXA 2YBUA 2VQUA 2QLYA 1HJQA 4GO9A 4MAVA 1NP0A 3SEPA 2ZUVA 1E6NA 4U2ZA 2G3MA 1BG9A 1WZAA 5D9NA 5IHSA 1E3XA 1FHDA 4WJXA 5A8OA 2ZX8A 4UQEA 3BSGA 2ZICA 2DSZA 2WWCA 4OJYA 3OIHA 1XH2A 4RE4A 2D3NA 3VIKA 5C8BB 3WF3A 1AQMA 2VCBA 1BAGA 2YL6A 3OZPA 4Y7EA 1VENA 3NYDA 1FFQA 2WZIA 3N12A 1CDGA 4EE9A 3M07A 2VZUA 1TVPA 2DSUA 1D3CA 1E6RA 2VR5A 1PPIA 1W1PA 2AMGA 1EO5A 1CGWA 4AMCA 4BF7A 1JFHA 3AIQA 1W3KA 2J8GA 3W53A 3B9AA 2YOCA 2OLHA 4Z2KA 3WN6A 1JFXA 3G6LA 3OLDA 1KXQA 2VZOA 5FKYA 4XZBA 1EIBA 1C91A 4JFSA 3L4WA 1BGAA 1A3HA 4XV0A 3ALFA 2E8YA 1JYWA 2VR4A 1UWUA 1HKKA 3K46A 3W81A 3SCTA 2VZTA 4J3TA 3CHFA 3WNOA 5DMYA 3WQ4A 2BHUA 5I5RA 3CMJA 4PMVA 1WE5A 4DWSC 1EQCA 4EAMA 1BLIA 4XB3A 3TP4A 1J01A 3VM7A 3CUJA 1JNDA 1BTCA 2J47A 1K9FA 1QW9A 2BVDA 1GCYA 4AYSA 1B3VA 3FN9A 3DYMA 3THCA 1W1YA 1XC6A 5CJ5A 3SCOA 1OB0A 2A3AA 5D8ZA 2DQXA 2WNWA 4F8XA 4PCSA 2F61A 1MFUA 2XVPA 3VGHA 2YL8A 3L2LA 2BY1A 1E15A 1HJSA 2WCAA 2JE8A 3WFZA 1UOKA 1KXTA 3AIVA 4W93A 1XGZA 4LGXA 1GW1A 2VURA 4A3HA 3L2MA 1VIWA 3FNDA 1JD9A 4NRRA 4PTVA 2XHYA 1VRXA 2W92A 1JF6A 1ZB5A 2W91A 3KE0A 1VF8A 2XVGA 4NZCA 3VIPA 1HVQA 2ZX5A 1G5AA 2ZX7A 1GHRA 1AQHA 1WZKA 3T08A 4ACZA 1CZ1A 1B3WA 4Z2HA 4WSKA 4NF7A 1P6WA 4UOJA 3AZSA 1W9VA 1B90A 3A6OA 4AIUA 2JF6A 2V3EA 4A3YA 1NWTA 2VUYA 5A2BA 1JDCA 1H5VA 1BYBA 4U33A 1GOOA 1UR0A 1W2VA 2WSPA 1ISXA 1C92A 1LQ0A 1UD3A 4ML4A 4JL2A 1G0CA 5D9MA 4AEFA 4DWSB 2XPKA 3VD7A 3BMVA 3SCNA 3MU7A 3AFBA 1JI2A 4AD1A 2FHFA 1UWSA 2ZUMA 5FD0A 3OLGA 2DIEA 1DEDA 1B1YA 1FFRA 5A6AA 1CXHA 1ISWA 5AYBA 1EXPA 1Z32X 1R86A 4CKQA 2VX7A 4PEEA 3ARYA 4D71A 1XH0A 3WMBA 1V08A 3ALGA 2YDSA 3TA9A 3WELA 2ZXDA 1XCWA 4C7FA 4AW7A 3NIYA 3EDDA 4AC1X 1RH9A 3ZT6A 1MQRA 5A1AA 1EOKA 1CYGA 4D72A 3PZUA 1E70M 2J7BA 3AXIA 1ISVA 3UG4A 2ZX9A 5IDIA 3WBEA 1E40A 2IXVA 3SCQA 1TMQA 4J3XA 3BC9A 1CGYA 1RP9A 2J7FA 5CPTA 4B3KA 3HU7A 4B9ZA 2ZUTA 3WF1A 2DT1A 2X8RA 5HXMA 3L4XA 3PZOA 3MSDA 1B9ZA 1WCGA 2F2HA 3VDBA 5BRQA 3PN8A 4ZE4A 4CN1A 5BXPA 1TA3A 5ABEA 4HMDA 4UOQA 1EH9A 4U5IA 4W88A 3BLKA 1C7TA 2BY0A 1QI3A 5DT5A 2WHKA 3CO4A 2JIEA 1UG6A 5A69A 1PZ2A 1GVIA 1GQJA 1VEPA 2V3GA 2WHMA 2RGMA 5HOSA 3B9DA 1JZ6A 3CUGA 3AS0A 4FLSA 7TAAA 2GK1B 1NOWA 2G3IA 3AMDA 2CKRA 3N1AA 2E0PA 4TX6A 3GXDA 1JXKA 4GI9A 4PYSA 1H41A 1MVYA 1UWTA 1DHKA 3MKKA 1GUVA 3CZKA 1VB9A 1XSKA 2CERA 3VX0A 2ZXQA 1LL7A 1GVYA 1OT2A 1LWJA 2GJRA 3VDAA 3QGVA 4JCMA 1W3LA 3NJ3A 4RL3A 1E73M 3A47A 3CIVA 4KRUA 4W86A 1DTUA 3AJ7A 2PBOA 4ATWA 1J10A 1ZL1A 1QNPA 3EBVA 1CWYA 1FP8A 3BAYA 3VGGA 2EEXA 3VIJA 8A3HA 4BQ4A 2VVSA 4PBGA 1MQQA 1LL6A 1V6UA 2OSWA 3D3AA 2PWGA 2J7GA 3BSHA 1XSIA 4IM4A 5DO8A 1GPFA 1E5NA 3NSMA 7CGTA 1QW8A 1I1XA 3F5LA 2YIHA 4AD5A 4CD5A 2QF8A 3SCVA 3NDZA 2ZWZA 1V3IA 1GOIA 1HX0A 3POCA 1CXKA 3WL1A 4OUEA 3VGEA 2XSBA 1GORA 4FLQA 3AQUA 3ZJ8A 3GH5A 4CUCA 3WMCA 3HMCA 2ZUUA 4W89A 5EBAA 1B3YA 3WQ5A 4GPNA 1QHOA 2EPKX 5E0FA 3ZR5A 1K9TA 3VILA 1V6YA 3W29A 3VPLA 3SURA 4N0RA 2Y5EA 1WO2A 3L4TA 3CZLA 3APGA 4W87A 4IUGA 3KL0A 4WF7A 2VX5A 1QNRA 1MQPA 1QI4A 3GM8A 3W24A 2D0FA 3F5KA 3PZMA 4WIWA 2DT3A 4WLCA 4HMCA 2O92A 3CGTA 1QI0A 3PZTA 2CBVA 4HA1A 1W9BM 1CTNA 2D23A 3OGRA 1E4LA 4IISA 1BG4A 1GQKA 2XWDA 4KH2A 5D4YA 3WNMA 1EOMA 5LYRA 3T0AA 3MUIA 3WEOA 4MB3A 1W91A 4RE3A 4QLJA 3VGDA 2W5FA 3W4RA 3AZRA 2A3EA 2WHJA 2V5DA 1JF5A 1BFNA 2FH6A 3WF0A 5HBFA 1OGBA 2J25A 1V3MA 3CHEA 2QMJA 2WSKA 1E3ZA 5C70A 1V3HA 2CKSA 3NDYA 1R85A 4BQ2A 1X6LA 3AOFA 3A3HA 3RPMA 3UETA 2XVKA 3GNOA 1XD0A 1E6QM 1B31A 5FL0A 4AZ5A 3ZT5A 1DWHM 4M80A 3VO0A 4JHZA 3SCPA 1O7AA 1EDTA 4FLRA 5BRPA 4MJ2A 2VVNA 2WVVB 4PTXA 2VTFA 2J7CA 2V3FA 3AS1A 3L4UA 3BAXA 1NARA 2X2YA 5BROA 4JKKA 5JBEA 4KRTA 1WZMA 3VD3A 2C8NA 3RDKA 2G4FA 1CECA 1V3KA 2DT2A 2E8ZA 4TVCA 2EO7A 2V38A 1UQYA 2W61A 4P8VA 4A4AA 2XVNA 2W67A 1BHGA 1QBAA 3OLEA 3SCRA 4DM2A 3EDKA 3DHPA 1E56A 4MNKA 3RIKA 4V28A 4HOXA 3U5UA 1JZ7A 1QI2A 5DF0A 3ZIZA 4OZOA 3ZSTA 4W5ZA 4DWSA 4P8WA 1OT1A 1KR1A 3CMGA 1D2KA 3BAJA 3EDJA 4FMVA 3OGVA 2CXGA 2E4TA 3VIOA 3POHA 4GXPA 5E6YA 1J18A 1UKSA 3ARTA 4KGLA 1V3JA 4J3WA 4PMZA 4PUEA 3AISA 2Z1SA 1HKMA 3VD4A 3W0KA 4QFUA 6A3HA 2E9LA 1BQCA 2CIPA 3BCDA 3WBAA 2UY3A 5JIPA 1W32A 2CNCA 1E5JA 2WB5A 3HN3A 5AYIA 1V02A 3QR3A 4MDPA 4NI3A 4S3KA 3NCOA 3AXXA 2OYMA 4UZUA 1OIMA 1XYFA 4OOZA 3CHCA 4X0NA 4J28A 3MS8A 1XCXA 3AI0A 4DUWA 3AIBA 3PZ9A 3QOKA 3AMCA 4MTVA 4M82A 3SCUA 4C7DA 5KZ6A 4N42A 1UUQA 1VBUA 2XIIA 3ZMRA 4E4PA 2E9BA 4E8CA 3ARUA 3PZIA 4P7LA 2WK2A 2ZIDA 3BAKA 3GNPA 1JZ5A 1J12A 4JFTA 4B3LA 1J0YA 3CUHA 1LWHA 2PI6A 3DC0A 1PJ9A 1DWIM 2DSKA 3KZSA 3EMZA 1M01A 8CGTA 1CIUA 1J0JA 4CU6A 1LLOA 4P7QA 1TUXA 4UFIA 2EQDA 3VGFA 3AMLA 3K4AA 3M6DA 2WLYA 3BLPX 2WANA 4EK7A 1HL8A 2JF7A 4CCCA 2E3ZA 1E71M 1VFOA 4CD6A 2XIBA 1LJYA 2WHLA 5I79A 1HN1A 2GK1A 3OG2A 4OBSA 1SFSA 1MW3A 3VIHA 4B16A 4TTGA 2X05A 1US3A 3AMGA 4HZ7A 3BMWA 5ABFB 2WVSA 1JAEA 1BGGA 2VC9A 2VJXA 3U57A 3F4VA 3UEQA 4GI8A 3ZT7A 3I3DA 4AY1A 3M46A 1GOQA 1C7SA 1GZJA 2OSXA 1G9HA 1KBBA 2QPSA 3EDFA 1ZJAA 2CPUA 2XFRA 1CNVA 4F79A 6TAAA 5CPSA 3MANA 5CSYA 1KBKA 4H41A 1YQ2A 4ZXLA 5I3DA 2PWEA 4HPGA 2X0YA 4ZXOA 4OBRA 4HOWA 5HDRA 1QNOA 1JYVA 1TVNA 4V27A 3CPUA 1TZ7A 3WH7A 3FAWA 1UD4A 3KL3A 2YA1A 4JCLA 3QOMA 2W4XA 2QV4A 2VL4A 4UFJA 5A8PA 3WSUA 3AYRA 3ARRA 5M5DA 2WAGA 1KCLA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3PZV A;  3MV0 1;  3SUU A;  1UKP A;  2PC8 A;  4HA3 A;  3WDR A;  5E70 A;  4PSP A;  3K1D A;  4JKM A;  4CCE A;  1X6N A;  2GJX B;  2GUY A;  2RGL A;  1UKT A;  4D6F A;  1MYR A;  1RP8 A;  4D6H A;  3GYC A;  4BA0 A;  4UFK A;  2FDM A;  3LPP A;  2O9O A;  1KGX A;  2XYL A;  4JKL A;  3UR7 A;  4AD4 A;  3WKZ A;  3VIF A;  1WDQ A;  2VQT A;  1GQI A;  1W9P A;  3MUY 1;  1UR1 A;  1PBG A;  2CCR A;  3SUS A;  3O6A A;  1E6Z A;  4UFH A;  4WK9 A;  4CU7 A;  4GIA A;  4UOZ A;  4AD2 A;  2WLZ A;  1QBB A;  1E9L A;  2UY2 A;  4P8X A;  1GOK A;  1SMD A;  3AIW A;  3WDJ A;  2D0H A;  2WPG A;  5HPO A;  4M1R A;  2X1I A;  4CU8 A;  4P8U A;  3E1F 1;  3DYO A;  3WL0 A;  1E0V A;  4MNJ A;  1ESW A;  3O9N A;  2BHY A;  3WF2 A;  4W8A A;  1JL8 A;  3VMO A;  4AD0 A;  3AS3 A;  1CBG A;  1BF2 A;  5I2U A;  1MXG A;  3K8M A;  2A3B A;  1JGI A;  2VMF A;  3J7H A;  3IJ8 A;  1PIF A;  3CZ8 A;  2Y8V A;  1V0K A;  5E9A A;  5A94 A;  1HT6 A;  5A6B D;  4PUD A;  1CXI A;  1M53 A;  3ARQ A;  3T0D A;  4MB4 A;  2ESC A;  3A4W A;  2CHO A;  2JEQ A;  2XFY A;  3OLI A;  4GZJ A;  4D6G A;  2GFT A;  2E9M A;  1VJZ A;  3VD9 A;  1L8N A;  4CN4 A;  3PTQ A;  1A47 A;  5JBD A;  4TX8 A;  1PZ3 A;  3VVG A;  2WMH A;  1KB3 A;  4D6D A;  3UCQ A;  1U2Y A;  1SYT A;  2TAA A;  3W6L A;  2CYG A;  4AZ6 A;  3SCW A;  3GXI A;  5D8W A;  1X1N A;  3AHZ A;  1V0M A;  3OB8 A;  4PN2 A;  4UNI A;  4P7R A;  4QAW A;  1NQ6 A;  4M24 A;  1EHN A;  4M8U A;  1KQY A;  6CGT A;  4Z2J A;  4JZ5 A;  4DUX A;  2XGI A;  1HXJ A;  3W28 A;  1M7X A;  4ZEN A;  3ZJ7 A;  2QHA A;  3EDE A;  2D1Z A;  4F9J A;  2ZXB A;  1LL4 A;  4URI A;  3WEM A;  1BVZ A;  5CXP A;  1QHZ A;  1RD6 A;  5IFP A;  4WKH A;  2IUZ A;  5LA2 A;  1CGU A;  3CBW A;  1PEZ A;  1E55 A;  4U3A A;  4U31 A;  1OIN A;  2NW0 A;  1JDD A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4KEZ A;  4QDM A;  2BFG A;  4U3C A;  5BXS A;  3DFO A;  1P0K A;  1F4A A;  1FA2 A;  4JIC A;  2VX6 A;  1R8L A;  2ZDR A;  3W1Q A;  5K4X A;  3USB A;  2EKC A;  2ZOX A;  3U0H A;  4ZMG A;  2J4G A;  4KWO A;  2ZXA A;  4L6O A;  4A3Q A;  3SN1 A;  5H8M A;  2B31 A;  1VLW A;  1A5B A;  1DIK A;  1WDW A;  2HNE A;  3GTI A;  4YL2 A;  2FHC A;  4IX2 A;  3UER A;  3IUH A;  4XBJ A;  3DYP A;  3K4D A;  1MEW A;  5FF4 A;  1DE5 A;  2VFF A;  2WQD A;  4O1E A;  1K02 A;  1W2P A;  1XSJ A;  3FXY A;  4UWM A;  3H23 A;  2CBU A;  2DZA A;  2XUC A;  4HCD A;  8XIA A;  5FIP A;  4O16 A;  2PLJ A;  4R3U A;  3UQN A;  3A9B A;  4FX6 M;  2CZD A;  1ISY A;  3BG3 A;  4IGM A;  3W7P A;  3NM1 A;  1XYC A;  3TFC A;  2E68 A;  2GJP A;  4HIB A;  4QCF A;  3PWI A;  1ZLP A;  4HYV A;  2VX4 A;  1E1E A;  3LGD A;  3PC0 A;  1DOR A;  4WXY A;  3RM8 A;  3ABR A;  1X8C A;  2W62 A;  2FKP A;  1FXP A;  3QPY A;  1JZ4 A;  2F38 A;  5CG0 A;  3ARW A;  3VII A;  3JVA A;  1JUE A;  2BVY A;  3G1A A;  5A8M A;  1S5T A;  1DWG M;  4A8R A;  1GOW A;  3F2C A;  4NT0 A;  4EWN D;  3C0L A; 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3CUGA

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Chord Diagram

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