3CUJ | Genus

Total Genus 131

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	131
sequence length	314
structure length	314
Chain Sequence	ATTLKEAADGAGRDFGFALDPNRLSEAQYKAIADSEFNLVVAENAMKWDATEPSQNSFSFGAGDRVASYAADTGKELYGHTLVWHSQLPDWAKNLNGSAFESAMVNHVTKVADHFEGKVASWDVVNEAFADGGGRRQDSAFQQKLGNGYIETAFRAARAADPTAKLCINDYNVEGINAKSNSLYDLVKDFKARGVPLDCVGFQSHLIVGQVPGDFRQNLQRFADLGVDVRITELDIRMRTPSDATKLATQAADYKKVVQACMQVTRCQGVTVWGITDKYSWVPDVFPGEGAALVWDASYAKKPAYAAVMEAFGA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__098238559876245__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__098238559876245__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3CUJ/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__098238559876245__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"098238559876245","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3CUJ/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__098238559876245__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfe8f01b6b7516fd2a6a192/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfe8f01b6b7516fd2a6a192/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfe8f01b6b7516fd2a6a192/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfe8f01b6b7516fd2a6a192/pdb.gz): 639 ms

reading 314 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

314 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:313});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Cellulomonas fimi
publication title	Probing the binding sites of Family 10 and 11 Xylanases with extended Oligosaccharides rcsb
molecule keywords	Exo-beta-1,4-glucanase
total genus	131
structure length	314
sequence length	314
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2008-04-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3cujA00

2XVLA 1G01A 2VC9A 2ZX9A 4W8AA 4CU7A 1TFVA 3DHPA 2W91A 1AQMA 4QFUA 5D9MA 4EK7A 5BCAA 1XD1A 2CBIA 3W81A 1VRXA 3LPGA 4W87A 5M03A 3BLPX 4KMQA 5D8WA 1CXHA 1FH7A 3WH5A 1BPLB 1UWIA 3ZT5A 3WUEA 2YKKA 4AZCB 2WAGA 3TP4A 4TVUA 4GKLA 2YDRA 2W62A 1SFSA 3WSUA 2VNCA 2WHJA 5M17A 1BLIA 1V3MA 3SCQA 4AXNA 1C90A 1M53A 4AZCA 2V5CA 3AIEA 4XV0A 2ESCA 2VCBA 3F5JA 4PCSA 1OT1A 5ECUA 1A47A 6A3HA 1EO5A 5JBEA 2VCAA 1JI2A 3BC9A 1XH1A 2WKGA 3L4WA 1BTCA 2HVMA 2GUYA 5KEZA 1CNVA 1W9XA 5FIPA 1UR2A 3K46A 3VD9A 1HKJA 2PF0A 1MW0A 3NYDA 1C3FA 3WF0A 4ZE4A 1DWFM 1SMAA 4UOQA 2EO7A 2YOCA 1LL6A 2J7CA 3ARYA 3L4VA 2X1IA 5FKYA 2EQDA 1JAKA 3SURA 5E70A 1WKYA 1GORA 1KGWA 2X0YA 3ZR6A 4PMDA 1W32A 4OUEA 3ZQ9A 2UY3A 2WANA 3VPLA 4PMRA 4FLQA 5EB8A 4F9JA 2DSVA 1EH9A 3VINA 3WD3A 1QBBA 5CG0A 3PZNA 1WCGA 1FFRA 3GNOA 1FOBA 1WB0A 4CD5A 1UZ1A 3W6MA 3PBGA 3DYOA 4IPLA 1BQCA 4MAVA 4UQ9A 3ZSSA 1JFHA 4D1IA 1K9TA 1GPFA 1Y7VA 4JKLA 2CHOA 3SCUA 4S3JA 1EGZA 3W26A 3WH8A 1OT2A 2J8FA 1E6PA 2VURA 1JAEA 4D6JA 1E3ZA 2VVNA 5CGMA 2XTKA 4V28A 3MUY1 3VIHA 3CUGA 5TD4A 1W9PA 4W8LA 1EXPA 1G0CA 1JGIA 1NQ6A 2OWXA 1W9VA 4Z2IA 4CD8A 3WUFA 1V0LA 3U57A 1WAWA 2VUYA 4UFHA 1JF5A 3VKKA 1WZKA 2Y2WA 3PZTA 3AYRA 2JEPA 3SCVA 2W4XA 2DT2A 4P7RA 2Z1SA 4JHZA 4DUVA 1E1FA 1SMDA 3WNKA 4WF7A 1RPKA 1LL4A 1Q6CA 1WDPA 2OSWA 2X0HA 1UR0A 1FH9A 4N42A 3MMDA 4PRWA 4GI6A 2G3NA 1H1NA 3AMGA 3NDZA 3ZIZA 4CU6A 1TVNA 3BAIA 4PSPA 5I23A 4CCEA 5A6AA 3OGSA 2MANA 1EDGA 2XVNA 3GXDA 4U33A 3GNPA 2FHCA 2WNWA 5DT5A 1E15A 5CJ5A 3AS3A 3K8LA 4R5EA 1YHTA 3L4YA 3HMCA 1HJVA 3GH7A 4JIEA 2E3ZA 3RCNA 3CMGA 4F79A 1V08A 1ZJAA 4CCCA 3ZO9A 4WLCA 1MXGA 2PWEA 1LWHA 2WMKA 1LJYA 1GHRA 5IFTA 2J7FA 2WMHA 4AEEA 3SCNA 2DT3A 1HKIA 3OLEA 3VD3A 1R7AA 1AMYA 1GOKA 4MNMA 3VMPA 1E70M 4QDMA 1VBRA 1EIBA 4ZXOA 4AIUA 5CSUA 3VU2A 4B16A 2ZX7A 1FHLA 2IXVA 3KL0A 2J7HA 4B9YA 2OYLA 1HL9A 2CITA 1HL8A 4EKJA 1V6UA 3AXXA 4MAZA 1UWRA 2WVUA 4L4OA 1BVNP 2EPMX 1UD3A 4AIOA 3PZUA 3ZM8A 5A95A 3HJEA 4CGTA 2DSUA 5E6YA 3UERA 4J3UA 1C8QA 1DHKA 1RD6A 2PB1A 3SIMA 2JE8A 4JKMA 2GFTA 1QPKA 1PX3A 1DWHM 1VFFA 3WDRA 3TONA 1WZMA 5GNZA 2D3LA 3BAYA 1HJXA 3AIVA 4FF5A 3QGVA 5C71A 1GVIA 1EOMA 1ZU8A 4QAWA 4JFVA 4PMOA 3AS0A 1JDCA 2AMGA 4OBSA 4AD3A 4HA4A 2XFYA 1GW1A 3BCFA 3A3HA 1Q6EA 3I3EA 1HJQA 1GVYA 2UY2A 5A6BD 1E0XA 1PAMA 1GQLA 2BV9A 3BMVA 3WELA 2O9PA 2XFRA 3B9EA 4UQAA 3MSDA 1GZJA 2ZUUA 4QLJA 4DWSC 4M82A 2PBOA 1LG1A 4GZIA 4AW7A 1B3XA 2PI6A 4MNLA 1EA9C 1OD8A 2ZXBA 1JYVA 1QI3A 1DWIM 5A6SA 2YJQA 4D71A 3VIOA 4MDPA 4MB3A 1TMQA 1IT0A 3WD0A 3RILA 5EBAA 4UZSA 2JIWA 4ATLA 4HMDA 3SCSA 1GONA 4AZ7A 4UCFA 5I5RA 1B0IA 4AD5A 3WNLA 2O9OA 4TX8A 1HF6A 4UQEA 4PTXA 1E4MM 2D0FA 3U5YA 2DT0A 1JFXA 5D9PA 3BLKA 1JZ8A 3WMSA 4MB1A 1J0YA 2W63A 1E1EA 1UYQA 1EDQA 1C8YA 1MYRA 5BRPA 2ZXQA 3RO8A 2VL4A 2XVKA 4PN2A 1GOMA 1OINA 3BH4A 4AZ5A 2XWEA 1QHOA 1S46A 2ZE0A 1B3ZA 4U2YA 2OWCA 3CIVA 4HOZA 2C8NA 4JCLA 3E1F1 3W82A 1JZ3A 3M46A 3LMYA 3GXFA 1CENA 1JI1A 3BCDA 5JIWA 3CZEA 3UESA 1LG2A 1QW9A 1ZJBA 3OLGA 3N18A 4W93A 3AZSA 4F66A 4PTWA 2GDUA 3WFZA 3O6AA 1PIGA 2V38A 3VD4A 1UZ4A 2J7BA 7CGTA 3VX0A 2O9RA 1GOIA 4FK9A 1WNOA 2FHBA 4B15A 1UH3A 5A2AA 5A6JA 1W9BM 1V0NA 4HMEA 4UOJA 4ACZA 2VO5A 4W86A 2J25A 2QHAA 1QHZA 3W6LA 1B2YA 1JYWA 4XZBA 3W0KA 4GO8A 4IPNB 4KGJA 4U2ZA 4P7LA 4M56A 2NT1A 3VGHA 5HNNA 3L4ZA 1VAHA 1KFWA 2PWDA 3KEHA 4PTMA 1UG6A 1B9ZA 3NCOA 1W3KA 3B8SA 2X05A 3VDAA 4OZOA 4Z2GA 2C0HA 1TA3B 4WKHA 4D6FA 1E40A 1HIZA 4HZ7A 1JNEA 1HX0A 4U5IA 1EO7A 1RP9A 4N0RA 5C70A 1F4AA 3VGBA 2W61A 1JZ2A 1TA3A 1VF8A 2Y24A 1R87A 1NOWA 2UWFA 1ZBKA 2J78A 3W25A 2EPOA 5JIPA 1PBGA 1RH9A 1JZ4A 2WMGA 3BXWA 2JEQA 3ZJ6A 3GXMA 3CTTA 2WWDA 1VENA 1W91A 4H41A 3BSGA 1NWRA 1QOXA 2YL5A 3OGVA 1ESWA 2WYSA 2AAAA 5I77A 2VX5A 2BXYA 1V02E 5C8BB 1QNRA 3WEZA 3NSNA 2X2YA 2D24A 1AVAA 3VDCA 2WBGA 1V3KA 4GZEA 3WEMA 2PBGA 2C7FA 1H4PA 3WDHA 1HNYA 4ACYA 2Y8KA 1UKPA 4PYSA 4HZ6A 2YIHA 3TA9A 2WLZA 1OM0A 5CSYA 2PC8A 1J0IA 1BHGA 1GJUA 1NM9A 2FGLA 1PIFA 3UETA 3WIJA 3MUAA 5ABFB 5ABGA 2JFEX 1GHSA 2OLHA 4GI9A 3SCPA 2E9MA 3CUJA 5DMYA 1KB3A 2DSZA 4XX6A 2XFFA 3VGFA 3W24A 1UKOA 1V6YA 1H11A 5HDRA 2BVDA 3W4RA 3GM8A 2QPUA 1F4HA 3VOCA 4C7GA 5ABFA 4DM1A 3POHA 1E73M 2WC4A 2VJXA 3LPFA 2DDXA 1UR9A 3AIUA 1KCLA 1J9YA 4OBRA 2DPEA 1JD7A 2YDSA 4GQQA 2UY5A 4D6DA 1RP8A 3F5KA 3GXIA 2YLAA 1D2KA 4PTVA 2BHYA 1UD6A 3POCA 5E0FA 2ZUSA 1E6RA 1W1YA 4P8XA 1EHNA 3SCOA 3SUWA 1H0GA 5D9NA 5E09A 4J3TA 5DT7A 1E0WA 2Y5EA 2BHUA 4W7VA 3W27A 5CLTA 3FHQA 3W28A 4EAMA 2AOSA 2UY4A 3IJ9A 1C91A 1V3IA 4M29A 3VGEA 3WL1A 5BYWA 3SUUA 1C92A 2RGLA 2GK1A 4MNJA 1GUVA 4AD1A 4QLKA 3WEOA 3GYCA 4U3CA 3CZJA 2G3IA 4PSRA 4Z2LA 1XH2A 3VDBA 2WMFA 3CHEA 3SEPA 3MUIA 3WY1A 5A8NA 1VEMA 1Q6FA 1IZKA 1JZ5A 1B31A 5EFDA 3VD7A 8CGTA 4NI3A 4DM2A 3T09A 4UNIA 1HJUA 1JNDA 1CLVA 2WLYA 1PJ9A 3EBVA 4LYPA 4J3WA 5CGTA 2D1ZA 4PMYA 3AIQA 3NSMA 4RE4A 3BAJA 3AZRA 2GJRA 5D8ZA 1VFMA 2YL9A 3IAPA 4AMCA 4F9DA 4W7WA 5A6LA 2F61A 5D9OA 2J7DA 4JL2A 1J0JA 1MWOA 4BQ3A 4C7DA 2XHYA 1XHGA 1FP9A 1XSKA 2BHZA 1UHVA 3IAQA 4D1JA 1E55A 4AY1A 3VIGA 1E71M 1EHAA 1BFNA 1H0IA 3FY1A 3N12A 1UD2A 2VZUA 2VZOA 1ODUA 2WMJA 1R7OA 2WWCA 4DUWA 3GH5A 1UUQA 3VIIA 4AZBA 4BZYA 1E72M 4OKDA 1U33A 1XD0A 2CERA 1ZB5A 1JZ7A 3AHVA 3GNRA 2CXGA 3QHMA 3OZPA 1VFOA 2NT0A 3AHYA 3S6TA 4PMXA 4UQBA 2V3EA 2Y8VA 3IANA 2WW5A 3AFBA 4W85A 1TCMA 1XCWA 1KQYA 3AHZA 4JL1A 1IZJA 4WK9A 4B3LA 2Z1KA 3VVGA 1UH2A 3ZJ8A 1BAGA 3WNPA 4TTGA 1HJSA 1LF1A 5E0CA 4PMVA 4EE9A 1WP6A 5LA0A 4MJ4A 1FP8A 2VVSA 1E4NA 3MMUA 4AZIA 1OBAA 4OJYA 2DIEA 3L4XA 3WDIA 3WH7A 1ISVA 4HA1A 2A3AA 3JUGA 5CPSA 4ZENA 1PPIA 1KQZA 1BF2A 4LPCA 2ZX5A 4YHEA 3CPUA 1OIMA 3PZVA 3M07A 3UG5A 4D6EA 4CUCA 1NP2A 3BAXA 1VB9A 3A4WA 4XZWA 5DEZA 4RL3A 2YLLA 5DF0A 1K9DA 3VIMA 1GOQA 1SR0A 1BG9A 4E2OA 4HPGA 1D7FA 2CHNA 3CUFA 3EDKA 3L2LA 3WF4A 5I24A 1VFUA 3WH6A 1H09A 3WF3A 4ATDA 2DEPA 3QOMA 5LYRA 1W3LA 1BG4A 2WCSA 4IM4A 2ZUWA 2EEXA 3AIWA 1W3JA 4H8HA 2G8ZA 2WC7A 4NRRA 1IV8A 3K8KA 3WUBA 5A1AA 2V3DA 2ZX6A 3KL5A 3HU7A 4ZEPA 3CZKA 1ISZA 3SUSA 4TOQA 3ZJ7A 2OWWA 1G94A 4JZ5A 1MW3A 5DFAA 4ZE5A 1OWQA 2XGBA 3MV11 4MADA 1JDAA 5GNXA 1XRVA 2VR4A 4OOUA 4UFMA 5HBFA 4JKKA 4A4AA 2DT1A 2PWHA 7A3HA 2J74A 1XH0A 1NOUA 2O92A 2YL6A 2XPKA 2OSXA 3WBAA 4GPNA 3K4AA 1UKSA 3T2OA 4M81A 1ZBVA 4NRSA 2V3FA 3O2LA 1DP0A 9CGTA 4F8XA 1KWKA 1UR4A 4CD6A 1QI4A 2CCRA 4GXPA 4BS0A 4P8UA 1MQPA 2WKLA 2PWFA 2BXZA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2WVV A;  2ZUV A;  4W5U A;  3TTQ A;  1PX4 A;  4Q22 A;  1BYA A;  1XYZ A;  1NWT A;  2PWG A;  3FXY A;  4W8B A;  1L8N A;  2QMJ A;  5F7U A;  4P8V A;  3FN9 A;  2J62 A;  2GJP A;  3WL0 A;  2W92 A;  1OD0 A;  3ECQ A;  2VR5 A;  1ITX A;  3WH9 A;  2EPL X;  1HP4 A;  2XVP A;  1HKM A;  5AYI A;  3VIF A;  4CVW A;  3AYS A;  1E4I A;  1UD8 A;  1E43 A;  4JFU A;  3N04 A;  3W29 A;  3CHF A;  4Q7N A;  2JF6 A;  1ODZ A;  2EPK X;  1WO2 A;  3PZG A;  3EMZ A;  5FOO A;  3MS8 A;  3ARZ A;  3DEC A;  1GNX A;  2A3E A;  4BF7 A;  5A3H A;  4FLO A;  3GBE A;  3BMW A;  1OCQ A;  1OB0 A;  1UR1 A;  3CZL A;  4W5Z A;  4LGX A;  3CUI A;  2E9L A;  4AZH A;  3OG2 A;  3N11 A;  2YL8 A;  3RJY A;  4D6G A;  4L4P A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3CUJA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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