3CWO | Genus

Total Genus 63

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	63
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	236
structure length	236
Chain Sequence	GKRVLIVDDATNGREAVEKYKELKPDIVTMDITMPEMNGIDAIKEIMKIDPNAKIIVCSAMGQQAMVIEAIKAGAKDFIVNTAAVENPSLITQIAQTFGSQAVVVAIDAKRVDGEFMVFTYSGKKNTGILLRDWVVEVEKRGAGEILLTSIDRDGTKSGYDTEMIRFVRPLTTLPIIASGGAGKMEHFLEAFLAGADAALAASVFHFREIDVRELKEYLKKHGVNVRLEGLLEHHH

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__093707000220197__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__093707000220197__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3CWO/X/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__093707000220197__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"093707000220197","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3CWO/X/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__093707000220197__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	De novo protein
source organism	Thermotoga maritima
publication title	A beta alpha-barrel built by the combination of fragments from different folds. pubmed doi rcsb
molecule keywords	beta/alpha-barrel protein based on 1THF and 1TMY
total genus	63
structure length	236
sequence length	236
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.3.2.10: Imidazole glycerol-phosphate synthase.
pdb deposition date	2008-04-22

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3cwoX00

4CQ8A 3M1ZA 1JR1A 2GPTA 2BX7A 2QCGA 1JRCA 4OV4A 4NJKA 5HQEA 1NF0A 3CEUA 3FA5A 5E1QA 3IGSA 3WJSA 1PE1A 4DBDA 3PUOA 4ORMA 2WSRA 3DXIA 3I7RA 4BI6A 1AG1O 3B4UA 4BF9A 4M19A 5I3JA 2GVLA 3TIMA 1QDSA 1JRBA 2DU2A 3DH7A 1LBMA 1VRDA 1EUNA 3CQ0A 4FX6M 3G1SA 1DQWA 1DJQA 2PC4A 4P2VA 5I3IA 2BWGA 3TA6A 1PCWA 3Q2DA 1Q3NA 2AAMA 2ZRYA 4JR5A 2G96A 3ZWTA 3ANYA 4MFEA 4WY0B 2WKJA 2DZWA 1TIMA 2W79A 3G8RA 3LHTA 5LNSA 1WX0A 3W1TA 4Q32A 1WDWA 1H7WA 4UTHA 3HG4A 1ICPA 4DF0A 5D2XA 2WSQA 5G4EA 1LOQA 5HJLA 5CPMA 2YZRA 1X7FA 1UUMA 3W2LA 4IX0A 4DBEA 4LRSA 1GVQA 1KFKA 2XN1A 3C4UA 4AF0B 4EF8A 5SWUA 3A9IA 4L4LA 1F05A 3TK7A 1WOAA 3QSTA 1G67A 1KM2A 1I4NA 2C16A 3BGJA 1KM4A 4UUIA 5A8GA 2QAPA 3W1PA 3WJYA 1GWJA 3G22A 5G4WA 1PV8A 3HG2A 3A5VA 4JD4A 1LLWA 3R8RA 3IVUA 3QH2A 4N6FA 1YPFA 1H1YA 5C5YA 3LXBA 1YLVA 2NXIA 4UC5A 2V5LA 4JTJA 4O1CA 4ADUA 3W1NA 1MXSA 4JTFA 2E6FA 3B0PA 3R12A 3B06A 2H90A 5G1TA 1MEWA 1HTIA 4Y8FA 4MKNA 4IMCA 3MP4A 3P61A 2WOQA 1PCKA 1YXYA 3GDKA 2B7OA 4XWUA 5LSMA 4CQ9A 1R30A 1XDMA 3LHUA 3G1XA 1FCQA 1I8JA 1HO4A 4GUGA 4MZ8A 3UPBA 4UR8A 1ALDA 1QR7A 3BO9A 3STCA 5HUOA 5KINA 3DHFA 3TXVA 3IEBA 4WOQA 3GDLA 1A5SA 5HUPA 3W2MA 3PS7A 1FWTA 2HSAA 2TPSA 3DU0A 5IM51 3W7RA 3W2UA 4AWSA 4GUJA 4ALDA 1S5TA 1KFCA 1I2QA 3BW3A 3HG5A 5FF7A 1T8XA 3PG9A 3TQKA 4OGZA 3EWYA 3KXQA 3PBUA 1ZAJA 3SJ3A 2FB3A 4OE7A 4UIOA 1G7UA 2JGYA 1TYGA 1ZNNA 3L2IA 3I68A 1JCXA 3GK0A 2RDTA 1XBZA 3MJYA 4IXHA 2Y6ZA 3GIYA 4GNJA 1RQHA 1SO4A 2H3BA 1WBJA 2GQ9A 3TSBA 5D38A 1GPWA 1H60A 3KVMA 3CT7A 4LS2A 5LNRA 7TIMA 3LCFA 5AOUA 3P84A 1N55A 4JDYA 3W1LA 1K8ZA 1VC4A 1OFOA 2A85A 4UTKA 4QQ3A 2J9YA 1LYXA 3RLUA 1K03A 5LNUA 5AHMA 1XDLA 3B03A 4WUIA 4AH7A 1Q6QA 2Z6JA 3W85A 4A3UA 3VE9A 3BK0A 3O07A 4UFIA 2VEPA 1VGAA 1O4UA 4O8RA 3QFEA 4NVTA 3EX2A 1W8SA 3G0XA 3G1AA 3M0ZA 2NZLA 4N4PA 1RPXA 3GB6A 2RKXA 1SR9A 5AHEA 3QPZA 5D04C 1TTJA 2VFDA 5F2GA 1L6YA 1KM6A 3N34A 4FX7A 5BRBA 3TR2A 5AYYA 3W7KA 2V2DA 4O57A 3KVJA 4JX5A 5EY5A 2V82A 3G0UA 2OT0A 1Z44A 3M5VA 3OVPA 2ZZ1A 4NNCA 4ONVA 4A2SA 1S5VA 3BLFA 5G5IA 3TX9A 4LOCA 1TPDA 3LM7A 4Y96A 1GT8A 1ZY9A 1IXPA 1GVFA 2NXHA 3EXRA 2ZRVA 1UBSA 3W7GA 1W3IA 3BW2A 1KM1A 4Z0SA 1YADA 2YYUA 2QUVA 1RD5A 1OFDA 4JTIA 4LT9A 4IPIA 2EAWA 3K30A 2VFHA 3O06A 3NZRA 4MJZA 3V1PA 2QDHA 3Q94A 4JYDA 3NVTA 4O1AA 3A5FA 5DXXA 1YPIA 1CX9A 3TROA 3W70A 1H7NA 3QSRA 5KZEA 3C56A 3W07A 5HNRA 4DEFA 3BVJA 1B4EA 2YX0A 3U8GA 3EEGA 1BEUA 3BARA 1H7PA 3Q58A 1C8VA 3IVTA 3EWWA 5EYWA 5E0KA 4O50A 3SSJA 3E49A 2ZZ5A 2OMAA 4O52A 3M16A 1J2WA 3LCLA 3UQNA 4LV4A 3W1AA 1OYBA 3EX3A 1SFLA 4JS3A 3TMLA 1ZAIA 2DZSA 3W7QA 3SY5A 1P0KA 1TPC1 3NL5A 5DCEA 2DJLA 4JX4A 3TMQA 3TQVA 4EWND 3NQVA 2OJPA 3C61A 2CZEA 3NQFA 5FF3A 4M6VA 3LCXA 4Y9AA 2Z6IA 5K4XA 2CLLA 2YXGA 4O18A 3NXFA 1ADOA 1LDCA 4IX2A 4DO4A 3UPWA 3DKJA 2PURA 4FF7A 2ALDA 2CZFA 4FNSA 4FHAA 2WNZA 3W73A 3NA8A 1TQXA 2DZTA 1ML1A 3JRKA 4MYAA 1X8FA 2Z0IA 4UR7A 2ISVA 1KLZA 3I7QA 1MZHA 1QOPA 3P8IA 1R2RA 3BLEA 3TNOA 3E9AA 4WY0A 5F2IA 3U6WA 4AAJA 4TO8A 2YFNA 1KM5A 3G0SA 3LBMA 4O54A 4NZJA 1KM0A 5CPNA 4UMCA 4JTTA 4UMAA 3NM1A 2CLIA 3CEPA 4UTUA 1WBHA 1A50A 3D0CA 1PVNA 2QCFA 4HSOA 5K9CA 3A23A 2ZZ6A 4K6AA 1ZHAA 3EXSA 4XBKA 2YFOA 5CPLA 5H91A 3OIXA 4GJ1A 4LW7A 1OX5A 1W5NA 3B8DA 3VNDA 1B4KA 2VEMA 2W6RA 2V2HA 4FB7A 1DQXA 1W56A 3P5YA 1O94A 2NWRA 4HKPA 3GKAA 3RLVA 2V81A 1IXOA 4J9JA 4YLWA 2A21A 2DJXA 3NQCA 3GX9A 2Y85A 3W83A 4JTLA 1DVJA 3THAA 5AN7A 3DENA 3PBYA 3EKZA 3LTPA 2FPTA 1TMHA 3GYEA 3NQ6A 3EXTA 2CFFA 5F1VA 2C19A 4PTNA 1CI1A 4FX8A 1QO5A 3U2OA 3ATZA 4KWWA 3P62A 1R46A 3TDFA 4XBSA 3PWAA 1JCMP 1GQNA 5DELA 5AHLA 3A24A 3TV8A 1S3HA 4GUIA 2R14A 2NX9A 4R33A 3G1HA 2V0TA 1HO1A 2YW3A 3HF3A 3W87A 1FBAA 3N3MA 5F2MA 3W2JA 1FXPA 3S5ZA 2WNQA 2VFIA 1GVSA 2ISWA 3TUUA 3IV3A 2J24A 5F1UA 1OFAA 3LTSA 1B9BA 4JN6A 1SZFA 3CWNA 4Z1DA 4RCXA 2BLEA 4LS0A 4JTEA 3ELFA 3LB0A 1P1XA 2VEIA 1XUZA 1SZGA 5AYZA 4ZQRA 3P82A 4AHPA 1KTBA 4NX0A 5KZDA 3W22A 3W7JA 3KVKA 1FQ0A 2QR6A 4XKYB 5ABTA 3EX6A 3NO5A 1S5WA 1U5JA 3S5YA 1VPXA 3VI2A 1WV2A 5DBUA 3T44A 1Z42A 5D30A 4UTWC 5DN1A 1WQ5A 3C6CA 1ZALA 1KFEA 1HL2A 2GJNA 3G3DA 5F2LA 2CZ5A 3W1RA 1K8YA 2DP3A 4LC6A 8TIMA 4PC8A 4NJIA 1TJPA 5DCDA 4MLRA 2ZZ2A 4FIRA 1SUXA 5LGXA 5K2ZA 1SQ7A 3E96A 4X22A 3QQ1A 4MZ1A 4C1LA 1OF8A 3HOJA 3LGEA 3UWQA 3W3OA 4QJ1A 1NEYA 4JYFA 1H7RA 1XI3A 2A6NA 1TTPA 3PULA 4CNNA 2RH9A 3CTLA 4N6EA 2C6QA 3L68A 2Y63A 2R91A 4HT3A 2RDWA 4N9BA 1FDJA 1YYAA 2H3DA 5FEXA 5CGQA 1JCJA 1LOLA 4YL2A 4OWGA 4Z1BA 3LX9A 4IXXA 2CU0A 1TPVA 2F84A 3CIXA 3TH6A 4LVBA 2NUXA 4N9CA 3NQAA 2QJGA 5AYXA 2YCEA 4NNBA 3HJZA 3P74A 3SR7A 2C0AA 3WJZA 1T99A 1EPXA 4O14A 3ABQA 3SFKA 5U4NA 1HUVA 2J9ZA 1TO3A 4KFOA 3QJAA 2E1DA 3L66A 1ME7A 4BI5A 1TJRA 1PS9A 2H6RA 2VFGA 3H54A 3ATYA 3ABOA 1L2UA 4RJEA 3GR7A 2VC6A 3WK1A 3GAYA 3ABRA 1W54A 4PA8A 1PHWA 3CPRA 1TRIA 2I14A 4C1KA 1G4TA 3HGJA 2Y88A 3BPWA 3G3MA 4QNWA 4KWVA 3O8AA 1ZENA 2X2GA 2A5HA 1WAUA 5LHFA 4E38A 1H61A 3GKFA 4H6KA 3M41A 3LRLA 2B0MA 3MP3A 3ZFHA 2ZA3A 3SGUA 1OFRA 4PFMA 1F76A 2ISSA 2TSYA 4JIPA 5IBXC 1KM3A 1Q6OA 2CLMA 5DBTA 1J5TA 1F7BA 3PAJA 1AW5A 3LBCA 4ZQMA 1L6WA 3PBVA 4JIQA 3MYOA 5CSSA 2QCEA 4UTWA 2A6LA 2A7PA 4JGDA 5EKYA 3PUEA 4MY9A 4NX5A 2A4AA 3M5XA 2RHGA 3P60A 3HIJA 3QW4B 3LV6A 3F4NA 4K39A 2ZFAA 5KTLA 3LOTA 4WQ6A 3INPA 4OV9A 1ICQA 2WO5A 1SO3A 4I7WA 2LLEA 1FUYA 5C6MA 2HS8A 5CSRA 4S2BA 4RKAA 1XM3A 1JULA 3MP5A 3MMTA 5FEWA 1TSIA 3LI0A 2J9XA 3G24A 3LCWA 1PL9A 3DBPA 3LHVA 1BWKA 4DXVA 1XBVA 3BG5A 2EHHA 4UTJA 1P5BA 3QZEA 3DFNA 3LRKA 1KTNA 1A53A 4O4WA 4AHOA 5DXYA 1RQEA 4IMDA 4HNUA 3NQ7A 4FXRA 3DAQA 4M7TA 4UTMA 5I3KA 4GFSA 1K3UA 3O6YX 1SFJA 5K4ZA 2Y62A 1O95A 2DZVA 3QF0A 3OVQA 4K8EA 2I1OA 5BOOA 1WYIA 4NJGA 5G1YA 3N2XA 2A7NA 1LORA 3LCHA 5CZ0A 3JS3A 4LVGA 4AWUA 4DF1A 4UFKA 5AB3A 1DOSA 1Q45A 2VEKA 2B7QA 2WNNA 1SZNA 3UD6A 1B57A 1OYCA 1ONRA 2FB2A 3C52A 4M6QA 3P80A 3DZ1A 4XTIA 3P5ZA 2DZUA 2CLHA 1MEHA 2NV1A 3PUDA 3Q37A 3QPYA 3WK3A 1KV8A 2X1SA 1F6KA 1KA9F 4AVFA 5LZLA 1QO2A 4YCOA 2GQ8A 1OHLA 5LHEA 2R94A 1X1ZA 5F4SA 4Z1CA 4ML9A 2VFEA 4ZVJA 1UB3A 2IQTA 2JBMA 2PE4A 3TC7A 2OX1A 2D73A 3W7CA 3S42A 3LI1A 3NL3A 3EWZA 2P0OA 3UWYA 5IBXA 2BTMA 2YW4A 2ZTJA 3QEZA 2W0UA 1LRQA 3L5MA 2V30A 1T0OA 3TKFA 3W7HA 4WXYA 1GVOA 1OG0A 5FEZA 3TSDA 3SW6A 3RK8A 1IIGA 2DZXA 4Y6GA 4JTKA 4QNEA 5AC6A 4WXZA 4OHQA 2O7QA 1TREA 3CHVA 2ABBA 1A5AA 5MHBA 3HGSA 4HSNA 2EKCA 5FF0A 3MI2A 3W86A 1UASA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3SCV A;  1I45 A;  4FNU A;  4GOA A;  4JHO A;  1BRL B;  3TFX A;  4MB5 A;  4HD5 A;  3IIZ A;  2C0H A;  3S0C A;  4RE3 A;  3THU A;  3HPX A;  3I65 A;  7REQ A;  1FXQ A;  4AVN A;  4G1K A;  4JTQ A;  2TYS A;  2FZB A;  1KXH A;  1QOQ A;  4U4M A;  1XSI A;  3T40 A;  3OHI A;  3GND A;  3LS9 A;  3EOU A;  5K9X A;  1ZFJ A;  2CHR A;  3NXL A;  2GQA A;  4PTV A;  4TOQ A;  2POT A;  3GXM A;  2XFW A;  4W9T A;  4JKK A;  1H7X A;  3AMC A;  3SRK A;  2FFI A;  2QW5 A;  2E09 A;  4Z2G A;  1JFH A;  1FP8 A;  3KCJ A;  3H7R A;  1V02 A;  1FH8 A;  1LL4 A;  1HG3 A;  1UP2 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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3CWOX

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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