3CWO | Genus

Total Genus 63

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	63
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	236
structure length	236
Chain Sequence	GKRVLIVDDATNGREAVEKYKELKPDIVTMDITMPEMNGIDAIKEIMKIDPNAKIIVCSAMGQQAMVIEAIKAGAKDFIVNTAAVENPSLITQIAQTFGSQAVVVAIDAKRVDGEFMVFTYSGKKNTGILLRDWVVEVEKRGAGEILLTSIDRDGTKSGYDTEMIRFVRPLTTLPIIASGGAGKMEHFLEAFLAGADAALAASVFHFREIDVRELKEYLKKHGVNVRLEGLLEHHH

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	De novo protein
source organism	Thermotoga maritima
publication title	A beta alpha-barrel built by the combination of fragments from different folds. pubmed doi rcsb
molecule keywords	beta/alpha-barrel protein based on 1THF and 1TMY
total genus	63
structure length	236
sequence length	236
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.3.2.10: Imidazole glycerol-phosphate synthase.
pdb deposition date	2008-04-22

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3cwoX00

3NQEA 4ADTA 3MYPA 1ME9A 4G1KA 3CLMA 1S5TA 1XFBA 1IGSA 3QSRA 1T8XA 3C4UA 4UTIA 1XXXA 4FX7A 3W7QA 4FO4A 3EB2A 1B9BA 4JX5A 5D30A 1G7VA 2C18A 1OX6A 1FDYA 4MOZA 1HO4A 3PUDA 5HR6A 3H53A 4ALDA 1HL2A 3MP3A 5HUOA 2A5HA 3A22A 1QOQA 1W5PA 2QKFA 3MBDA 3BARA 2CU0A 2CZEA 2X2GA 3NQFA 1F6PA 3UPWA 3NG3A 3IV3A 2QJGA 5G4WA 3BG5A 3TC7A 4TR9A 3HPSA 3NZRA 2QF7A 4O8RA 3M7WA 3MI2A 4IXXA 3W1TA 1O95A 4UNKA 3C6CA 1BWLA 2H3DA 1DJQA 1LOQA 1LORA 1G4EA 1WBHA 4PC8A 1KTBA 2GQAA 3N9SA 1H7RA 5F4SA 1FDJA 5KMYA 1L6WA 1G4PA 1FXQA 3ZWSA 2PC4A 3P82A 1ZFJA 4RV8A 2YW3A 2BWGA 1O5XA 4GUGA 5AN7A 5F1VA 3G1XA 2WSRA 4RLIA 4NXKA 4R33A 4UIOA 1RVGA 4JTGA 5CZSA 3DFQA 1WOBA 4H6KA 4K7YA 2HSAA 1I4NA 3S1XA 3LCWA 3LRLA 3MI3A 7TIMA 1TPVA 1EWDA 3KVMA 1JQXA 1VYSX 5LHEA 4LC6A 3QPYA 2DZXA 3N2XA 1R46A 3MI6A 1YADA 5FF7A 1SZFA 1TMHA 1RR2A 3W3OA 4RXFA 4Z1DA 5CPNA 1PHWA 2Y63A 3LTPA 2OCZA 2QDGA 2RDTA 4ORMA 1N8FA 1S5WA 2RKXA 3GDRA 3GDLA 1TPDA 2ZCGA 3T55A 1JJKA 2VOMA 3G1HA 4Z1AA 1M5WA 4UTUA 1LYXA 2A6NA 3W9ZA 1TSIA 2YFOA 3PR2A 4FX6M 3SZ8A 5AHIA 3W87A 3WFAA 4TX9A 4JEQA 4JTTA 4WXYA 3BLFA 3DU0A 2V9DA 3NYZA 1H7PA 4DO6A 1FXPA 2ZA2A 3PM6A 3NQ7A 1FCBA 4JTEA 2WSQA 2EAWA 4RZ4A 2C13A 3PS7A 3T4CA 3TE9A 2Z0IA 4DO4A 3RK8A 3TNOA 3B0PA 1B3OA 4TO8A 1R30A 4LVBA 3PULA 1QDSA 2CLKA 1LCOA 1W54A 4CCEA 1G4TA 3VCRA 4CLMA 3FYPA 2I1OA 1DKWA 2WPBA 3EX3A 5EA9A 3CIWA 1KM0A 2CWNA 4JX6A 1KTCA 3TJLA 1Q6LA 4GUFA 1UASA 1AW2A 4HIBA 1QOPA 4I7UA 3WJSA 2CLEA 1VQTA 4UTJA 3I7SA 2JGQA 1LP6A 1VS1A 3M1ZA 3IGSA 3FJLA 3W7RA 4LNYA 3W2UA 1W31A 3PUOA 5DCDA 3GKFA 2CW6A 2WNZA 3ANYA 2ZTJA 1QCWA 5J5RA 2TYSA 4C1LA 1LM1A 4NJKA 3UXDA 4RK8A 3EWBX 5FF3A 3C2RA 3G1VA 1ZY9A 3WJXA 3UD6A 3MJYA 4UTKA 5K9DA 5E0KA 2ZZ2A 3PVFA 3M5XA 2CFFA 3P84A 1NF0A 2BSLA 4AXKA 2Q8LA 5D32A 1VGAA 3OA3A 3SR7A 1LZOA 4O4VA 5U4NA 1LRTA 4NZFA 3LERA 1W0MA 2P1FA 3KX6A 1QMLA 3O16A 1OX4B 4JTSA 5KZEA 1ME7A 4MIMA 4UTHA 3RFAA 4HPXA 5C54A 4FHAA 3KAOA 4O13A 4NNAA 4GE8A 2Z6IA 4UFKA 4ZQNA 4ZQCA 4Q4KA 5HWNA 3L65A 3CEPA 4JICA 4D2JA 1SW7A 4O16A 5G5IA 3NL6A 2GVLA 2XN2A 3HPZA 3LBMA 3C2OA 1VYPX 2G5WA 1OG0A 2DZUA 5ABTA 3B0VC 4NJGA 3NPVA 4QAIA 1XL9A 3HG2A 3B0UX 4KKXA 2PRMA 1WV2A 2DJLA 1G7UA 2NUYA 3HB9A 3QZEA 5AOUA 2WNNA 1K7FA 2DZPA 1AW5A 3EXSA 2WSYA 1H51A 4TIMA 2PRHA 4PFMA 1KLZA 4W9TA 3EWZA 3L0GA 1FQ0A 4LU0A 1ALDA 3PBWA 2ZRVA 3NQMA 1MEWA 3I6RA 3MWAA 4DELA 3L5LA 2EGZA 1YTKA 3CIXA 4N6FA 1QO5A 3SFKA 2C0AA 3MUXA 3EWUA 4IX2A 3G24A 4NU7A 4A3UA 3ABQA 1D3HA 1ML1A 4QJ1A 5C2XA 1JRCA 1OFOA 4ZVJA 3N34A 4DBDA 2ALDA 4H4IA 3CEUA 2VFEA 2DZTA 4AWUA 2FDSA 2R94A 2YFNA 1GTEA 4O53A 3F1QA 1YTDA 3S42A 4XBKA 4U28A 1ZAJA 1OX5A 2OT1A 4MKNA 1XI3A 1OYAA 1F76A 2E6FA 3NQ6A 3TH6A 4IMCA 1J5TA 1JQVA 4K36A 1F74A 1V5XA 1YPFA 4DF1A 1R2TA 1TCDA 1KBIA 5DCBA 2TPSA 1SFJA 3W1UA 1P5BA 2ISVA 3TXZA 1ICQA 3G0SA 2V82A 3QPZA 4K38A 1OF8A 1UCWA 3TIMA 1L9WA 1JCMP 2WKJA 2B7NA 4IOTA 3LHVA 2OJPA 5DBUA 1W5QA 3I65A 3L67A 1R2RA 2B7OA 1Z41A 4GFSA 3C2FA 4JTUA 3W7HA 3W7EA 4KFNA 2H3BA 1H1ZA 1WAUA 1TPC1 5DLCA 1H7WA 4XQ6A 4WY0B 3ATYA 2FTPA 4R34A 4CNNA 2A4AA 5G2IA 3W7NA 3MW7A 5H91A 1D9EA 1FWTA 3E96A 4FNSA 2E5BA 4A22A 2C6QA 2LLEA 3G0UA 1T99A 3TJXA 3W22A 4KWWA 1JCNA 1OK4A 3TC6A 4NJHA 2HS6A 5DCEA 1FUYA 4ZQPA 4LTSA 3CTLA 3B8DA 3H54A 3PWAA 4EIVA 4A21A 4ZZ9A 3L2IA 5HNRA 1CW2A 2BZNA 1OFEA 4E0CA 5D37A 4O1CA 2G95A 3B05A 4H3DA 2VEIA 4JX4A 2FB2A 3ATZA 5CZ0A 1VCFA 2CLHA 5BRBA 3SW6A 4FXRA 4DQWA 5CPLA 1AL7A 3HIJA 2HTMA 3P7YA 1LLWA 1PS9A 3PUEA 4TU1A 4WOQA 3NEVA 3IIOA 4EWND 4N02A 1DHPA 1TTIA 2NV1A 3OIXA 3PB2A 3TXVA 3W70A 5BMXA 1T96A 2E5DA 3G1FA 3EKZA 3IGXA 4O28A 1KM1A 3GAYA 1LRQA 1B4KA 1WA3A 1SSDA 3E02A 1KM3A 3GIYA 1EPXA 1A5SA 1P1XA 1THFD 3KVJA 1S5VA 3LM7A 5EL1A 4O12A 3G3MA 1SW3A 3GR8A 1LBFA 4UFIA 3M43A 5LSMA 1EEPA 3UZ5A 1DBTA 2DP3A 3L5MA 3NAVA 1OABA 2J88A 3NVTA 3NDOA 2Y85A 3HJZA 4BI7A 4IJBA 4HNNA 3E9AA 5AB3A 3SY5A 1FWWA 2QAPA 3TX9A 4AB4A 1QPNA 1RV8A 3PBYA 1HFBA 2ZTKA 3ELFA 2YYTA 4XWUA 1A5AA 1JCJA 3A5FA 3MO7A 3UY8A 6ALDA 4IMDA 5I3FA 4HT3A 1VCGA 3LRMA 1EP3A 4ICNA 1EUNA 3IIVA 3MYOA 1SSGA 3G1SA 2H6RA 1A50A 5AC7A 3FYOA 4OBTA 4MUZA 3TMLA 3VFLA 4UCGA 4HKPA 3T7VA 2F7FA 1ADOA 3PSVA 2YZRA 4N6EA 4A2RA 4O57A 3G1AA 2YXGA 1QO2A 2YR1A 3TFXA 1DL3A 3W23A 3BW4A 1ZCOA 1FBAA 1C8VA 2WQPA 3C61A 4LUIA 1NFBA 3AO0A 1H62A 2Y7GA 2JBMA 3KOFA 2YYUA 4FNQA 1TQJA 1FCUA 3W75A 3W1AA 5DXXA 2RFGA 5KZDA 4TMCA 5G1YA 5FF4A 3G18A 3A23A 3W7DA 3NQVA 1TRIA 3PG9A 4NXSA 1VRDA 3BG3A 1JCXA 1VC4A 1K7EA 2QEZA 2ZZ7A 1J4EA 3FKRA 4Y6GA 3UZJA 4PL1A 3O06A 1K8YA 3LTYA 5F2LA 3T78A 3W73A 1DORA 4JR5A 3W7OA 5LNVA 3FFSA 1AK5A 3GZ3A 3LCLA 2V2DA 1I2PA 3LOTA 3W85A 3W7PA 1YXDA 1K02A 1IF2A 2H8XA 3DAQA 3HO8A 1SFLA 3OEXA 2VXNA 4GWEA 3LX9A 2QCNA 2B7PA 4JDYA 4BK9A 1GYLA 1KFLA 3QMRA 3E0IA 1Q3NA 1X1ZA 3UYCA 3NA8A 2ZZ1A 5FEWA 3TMQA 1R2SA 4UR7A 3OVQA 2C19A 3LGEA 2B0MA 2VFIA 3JRKA 3M41A 1RD5A 3DKJA 5HMSA 4IGHA 3UWZA 1F6KA 2HMCA 5DY2A 4ZL1A 3O8AA 3W1LA 1L6YA 3B4UA 2WOQA 5D2TA 3P61A 3QF0A 3SSJA 3L9CA 1UB3A 2XN1A 3NPWA 4Q33A 4JXCA 5DBTA 4JGDA 4IUOA 4JTHA 3LV6A 3QRHA 1W8SA 3P5ZA 1LTDA 5HJLA 1XBVA 4Q32A 3IVUA 5AHEA 1XM3A 5HQEA 2CLIA 1JR1A 3GAKA 2NX9A 3TW6A 3LXBA 3ZFHA 1TIMA 2RHGA 2ZRYA 4NJJA 3SIZA 5BMWA 1ME8A 5BNKA 3RNDA 1RQHA 3LI0A 2ATMA 3DKLA 3CC1A 3TU9A 3L0KA 3P8JA 1MXSA 5K3VA 1GZGA 3A24A 2V2CA 2DZWA 3NXFA 2NLIA 3G1DA 1OHLA 4I9AA 3VE9A 4N4QA 4O17A 4UMBA 5KZMA 4AHPA 1GVOA 5DELA 2OT0A 3G8RA 3FOKA 1RZMA 3WJYA 2ZRUA 4M19A 3S5NA 4K6AA 4O10A 5HUPA 1JUBA 3C3NA 1N55A 3CT7A 4QISA 4X3ZA 3YPIA 4A29A 3QW4B 4MZ1A 5CGQA 1E51A 4FX8A 2V30A 4FF7A 1TQXA 2YCEA 3HBLA 1W5OA 3LCFA 1YLVA 1DV7A 3B06A 2FLIA 3DFSA 3H55A 3KXQA 3B04A 1W5NA 2DU2A 2B7QA 5AYZA 3EWYA 5KSWA 2TMDA 1XKYA 5F4XA 1OFQA 3S5OA 3IRDA 5I3IA 2DZSA 1PHQA 4GRSA 5FI8A 3NQDA 4HSNA 3KRUA 3BG9A 1O60A 4AHQA 1ICSA 1YXCA 3DBPA 4MZYA 3FA5A 1OFRA 5K9XA 4E2DA 1OF6A 4RZ6A 3HGOA 4IMEA 4ONVA 4MLJA 4IMFA 2GJNA 1LBLA 5D2VA 2VFHA 4O19A 3U8GA 1KFKA 2Y70A 2NXIA 3N9RA 3JS3A 4CQAA 5J5DA 4YL2A 3P74A 1H5YA 1XBZA 4MJMA 3BPWA 4MFEA 3LHUA 3P62A 4MY1A 4HPJA 1ICPA 3GKAA 3RU6A 1MEHA 2NUXA 1OYBA 4AHOA 4MJZA 4AH7A 1BWKA 1U83A 1NSJA 1TPEA 2ISWA 4GUIA 1PCWA 2FQIA 3O07A 5K4XA 3HGSA 1TTQA 4IPJA 4O50A 1KFBA 1OYCA 4WY0F 2BLEA 4OQVA 1LOLA 1RQBA 3EEGA 1M7OA 4IX0A 5AHMA 5G2WA 5CSSA 4AVFA 5AHLA 1ZNNA 4CNPA 1QNVA 4IXHA 4LWWA 1GVFA 1L2UA 3G0XA 2J9XA 1O5KA 4YWIA 3TQKA 4M7TA 2VKZG 3R5EA 1L6SA 4UUIA 3P5YA 1I2NA 3W7GA 2A21A 1SZEA 1W3NA 2YPIA 4GXMA 3BO9A 1F73A 4HNUA 4UXDA 3W2JA 2CZFA 1QFEA 3E49A 3MP5A 2JKPA 1FX6A 3LXCA 3MHFA 1VCVA 4XUGA 4WX2A 1I2QA 2HS8A 2A6LA 5C55A 5HR7A 3STCA 3KRSA 3NOEA 3ABRA 4C1KA 3WK0A 3W7JA 3SJ3A 5DY3A 1VLIA 5KINA 2R8WA 3PAJA 4CQ9A 5I3KA 4MVAA 4UTWC 3CM4A 2CLOA 2X16A 5K9CA 1B57A 1G69A 2X1TA 5D2XA 5G1TA 3EX4A 1DQXA 3NQAA 3S5YA 5D04C 5D2WA 3O1NA 4JYEA 4N2YA 3TAKA 4PH6A 1GPWA 5F2IA 3UY7A 1G6CA 1GYNA 1TTJA 1FWNA 1PVNA 2H90A 3V75A 1A53A 1EP2A 1VPXA 4ORIA 3DHDA 1KM2A 2A2IA 1DQWA 3GNNA 1P0KA 3KFTA 3N2MA 3R8RA 4HNTA 3W2KA 3CPRA 1QWGA 2VELA 4PODA 4ADSA 2J6XA 3C8FA 1Q6QA 3A5VA 4JD4A 1SO4A 3W2NA 3G8EA 3PC0A 3M0ZA 3LDVA 3KRZA 1Q6OA 3W2MA 3DFTA 4OHQA 1EWEA 3NNTA 2D73A 3U6WA 1Q45A 4U4MA 4Y90A 2EF9A 3U2OA 1PL9A 3QW3A 1UUOA 3N3MA 3PBUA 3IGUA 1H7NA 1W37A 2QCCA 5AYXA 2GQ8A 1KFJA 5D02A 4KWVA 3W1MA 1GWJA 3DZ1A 1J2WA 1TPWA 5KTLA 3NPXA 1CX9A 2QR6A 1OVDA 4ZQOA 2J27A 3NQ8A 5EYWA 3NL2A 2JKAA 1TJRA 5D09A 4YCOA 1GG1A 3LBCA 2EPHA 1DOSA 4BI6A 4CNOA 3QJAA 3KVKA 1YXYA 3VKJA 2ZZ6A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3CWOX

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