3CWO | Genus

Total Genus 63

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	63
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	236
structure length	236
Chain Sequence	GKRVLIVDDATNGREAVEKYKELKPDIVTMDITMPEMNGIDAIKEIMKIDPNAKIIVCSAMGQQAMVIEAIKAGAKDFIVNTAAVENPSLITQIAQTFGSQAVVVAIDAKRVDGEFMVFTYSGKKNTGILLRDWVVEVEKRGAGEILLTSIDRDGTKSGYDTEMIRFVRPLTTLPIIASGGAGKMEHFLEAFLAGADAALAASVFHFREIDVRELKEYLKKHGVNVRLEGLLEHHH

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	De novo protein
source organism	Thermotoga maritima
publication title	A beta alpha-barrel built by the combination of fragments from different folds. pubmed doi rcsb
molecule keywords	beta/alpha-barrel protein based on 1THF and 1TMY
total genus	63
structure length	236
sequence length	236
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.3.2.10: Imidazole glycerol-phosphate synthase.
pdb deposition date	2008-04-22

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3cwoX00

5H2ZA 2PCQA 5KZEA 4FXRA 1SZFA 1B9BA 4QIUA 2CLEA 2B7OA 2NLIA 2V9DA 5E0KA 4Z1BA 4JYFA 4ZQPA 1G4TA 4NVTA 1VC4A 3S5YA 3VFLA 5J5DA 2VFDA 2C3ZA 2V82A 3DFNA 4GWEA 3E02A 4XUGA 2CZDA 1H7XA 3TW6A 2QCNA 3W1TA 1WBHA 5DXYA 1XM3A 2CLMA 3OEXA 3BARA 5AHNA 4JYDA 1QPRA 3DFPA 2DP3A 5D2VA 5K4XA 2W79A 3W1QA 3NL5A 4WY0B 1XDMA 4O50A 2FTPA 1A5AA 3GDLA 3NPUA 3N9RA 3W1XA 3RNDA 4HSOA 2F7FA 2FDSA 5AB3A 3M9YA 4CQ9A 2CLFA 3L5MA 1I2NA 1B3OA 5LNRA 4NT0A 3IGSA 1FDYA 3LCFA 1FXQA 3W2NA 4NZFA 5KSWA 2C0AA 3SJ3A 2NUWA 4Z1CA 1UB3A 2QKFA 4UNKA 2XN2A 3B03A 3BG9A 4IPIA 3HGSA 2E5BA 5AYZA 5C5YA 1SZEA 3N2MA 2QJIA 4ZQNA 1X1OA 2Z0IA 3THAA 3A5FA 1TCDA 4HKPA 2J9ZA 1B4EA 3STCA 3NDOA 4LV4A 4BI6A 3GLCA 3W7RA 3TQVA 4YCOA 1L9WA 3QM3A 1BEUA 4Q33A 4Y6GA 3GAKA 1P5BA 2C14A 4PEKA 2YZRA 2V81A 5CPLA 1OG0A 5EBUA 1I2PA 5F2IA 4A2SA 4DO5A 1EA0A 2VENA 4K7VA 4AWTA 4S2BA 4UR7A 3TROA 3G0XA 3LI1A 3MBDA 5K9XA 3EXRA 1G67A 1GEQA 1JCXA 3TKFA 5C2XA 3LHTA 3FJLA 4N6EA 1PS9A 1EP2A 4RCXA 1Y0EA 4QITA 5L9FA 1Q6LA 2X16A 1UCWA 3MP4A 2GQAA 1X1ZA 2C18A 2ZFAA 3LHUA 2G5WA 4QNEA 5D02A 2OT1A 1EIXA 1GTHA 1IXQA 1N8FA 3MUXA 5A8GA 4Z1DA 3PS7A 3OIXA 3QSTA 4POCA 4N9CA 4L4MA 3LOTA 4WD0A 4O16A 2PRMA 3W7PA 4DF2A 2F84A 4N2YA 4AAJA 4P61A 2NWSA 2VEMA 5HUOA 4FX6M 4NXKA 3DHDA 4JTLA 4R34A 4JX4A 3M5VA 1GVFA 3ZS4A 3F4NA 3E9AA 3C61A 1AMKA 1GG0A 1M6JA 4UTIA 2GVGA 2C1HA 2G96A 2WKJA 4FXSA 3NGJA 3N73A 4UTMA 2WOQA 3B0VC 3GXNA 4JX6A 3W07A 1KA9F 3LTYA 3HO8A 1F6KA 3ANYA 1GT8A 4CQAA 1ZAHA 1O60A 5A5WA 4TMBA 3S5OA 5AHEA 2JKAA 3WJWA 1C9DA 3DI1A 5CZJA 1G7VA 2A1YA 5FEWA 3PBVA 4HSNA 4IXXA 3UWYA 1KM6A 3QRHA 4YCPA 4O14A 3VNDA 3I7RA 5K9CA 1Z48A 3P81A 4GFSA 3NM3A 4AMAA 3JR2A 1FBAA 2P1FA 2YGYA 4CNPA 3W83A 4IPJA 3EKLA 3DFTA 2WV8A 4BWLC 2A4AA 1P0NA 4AB4A 3STGA 1MEHA 3P7YA 1T8XA 2WJZA 3W7OA 3IIPA 1FCBA 4X22A 3W7MA 4IMGA 5HNRA 4OE7A 3IIXA 2ISWA 1TV5A 3PG9A 1EEPA 4E0CA 1TRDA 4JX5A 4QAIA 1WAUA 5K7JA 1KBJA 4UFMA 3S5NA 1K3UA 4QJ1A 2ISVA 1TYGA 3C3NA 4GC4A 1OJXA 2PC4A 3L5LA 3NQMA 4K6AA 3TNOA 3E96A 3N3MA 1DBTA 5F2GA 3QEZA 1TPVA 4IX2A 1E51A 4E2DA 2ZA1A 3IV3A 4HPXA 3G8RA 2YPIA 3LX9A 2J27A 4IMFA 2ABAA 3M41A 1H7RA 1BTMA 1P1XA 3TSBA 3BV4A 1TPWA 3UY7A 2FIQA 5LHFA 1H7NA 4JTEA 1ICPA 1CI1A 4WY0A 2XN0A 2E6FA 1L6YA 1XBZA 3NQAA 5D33A 2NXGA 3W73A 2Y7DA 3ABRA 3W76A 4CNNA 4W9TA 5DN1A 2ZA2A 1JCJA 3PBUA 3P5ZA 2XN1A 5LNUA 3KAOA 5GVJA 1AL8A 4RKAA 2X1SA 2DJXA 2P10A 4LNYA 4OT7A 3C2VA 3W7CA 4OV4A 3G1FA 1FWRA 3T7VA 3B06A 1LZOA 3G22A 1OX4B 4LTSA 2QJHA 5TBOA 3C8FA 1B57A 2RKXA 3NQVA 5D32A 3NZ1A 3LTSA 1WX0A 1YDVA 3BGGA 1PHQA 3TX9A 3TFXA 1RVGA 1R2RA 3N14A 3G3DA 3TU9A 3TW7A 1TV7A 3DU0A 3L67A 4S1FA 3IEBA 3T78A 3PUEA 4A22A 5K2ZA 4UTWA 4PC8A 1T99A 4NJKA 5DCEA 4ADTA 3O6CA 3C2OA 5HWMA 4UMAA 5H91A 5CG7A 2GJLA 3TV8A 5HWNA 3NL6A 3HBLA 1JRCA 1ZY9A 4LOCA 4KFOA 1L2UA 1OK4A 5FEPA 3TMQA 5FF0A 3M5YA 1D3GA 4RZ4A 1PVNA 1LLWA 2H6RA 3FYOA 5F4WA 2ZRUA 2E77A 3P60A 3M5ZA 2J9YA 1LRQA 3KVJA 4N4PA 4O19A 4N9BA 5IBXC 1SO6A 3W7EA 4ZL1A 2PRHA 2BLEA 2BWGA 1JCMP 1GYLA 5FESA 1LYXA 4Q4KA 5EPDA 4O1CA 4FX7A 3ATYA 4KWWA 5DBUA 2JK2A 4JGDA 3P67A 4UFKA 3DHFA 3T55A 3R2GA 4O17A 1C29A 3O63A 4FNUA 5G1TA 4K36A 3A5VA 3SIZA 3C56A 4FEZA 1KM4A 2J24A 5LZLA 1LOLA 1F76A 1H51A 3E12A 1AK5A 1SZNA 3LCIA 4X9SA 2TRSA 3QW4B 5K4ZA 2A7NA 3W75A 3UQNA 4NX0A 2QDHA 3LV6A 2QAPA 3NNTA 4HT3A 5BRBA 2CLLA 2J6XA 3TXVA 2G95A 3NR0A 3L21A 3WK0A 1KM5A 2CLOA 1NFBA 3FKRA 1WXJA 4ADUA 5C54A 4N9DA 2GUUA 3QZEA 4I7VA 4FNSA 1GZGA 1PHWA 2YXGA 1FCUA 2GQ9A 2NX1A 3W86A 3UNDA 2YSWA 4XTIA 3MHUA 3FEMA 3LDVA 3MHFA 4JTTA 2V2CA 4O1AA 3U8GA 5E93A 3L0NA 1FWSA 2NZLA 3QQ1A 3CPRA 3GDMA 1IXOA 5C6MA 4LRTA 5F2MA 3W2UA 5CSSA 4WOZA 5FF7A 3QFEA 5F4SA 2QCCA 2EAWA 1PE1A 2IQTA 2YDAA 3EXTA 3W7QA 3FA5A 1VQTA 3W1MA 3LM7A 5BOOA 5BMWA 3GX9A 4HNUA 1S5WA 2HSAA 2Z6IA 4BFAA 1VLWA 3FIGA 4Y8FA 2B0MA 3S9YA 1ME9A 4JDBA 3U2OA 4GE8A 3O07A 1VPXA 4Y96A 2PRLA 3DBPA 2FPVA 4JTIA 1N55A 4FIRA 2ISSA 3H55A 2ZZ4A 4XTDA 4MJZA 3QH2A 2CZFA 3MP3A 3W1UA 1UBSA 4TU1A 1DL3A 2E6AA 1YXYA 4A29A 1ICSA 4MYXA 3G1AA 1A53A 3W87A 4UTHA 3QMTA 1AG1O 2TPSA 2I14A 4DELA 3LTPA 4FHAA 2PE4A 3SECA 4E38A 4Y9AA 3U6WA 5D30A 1J5TA 2AAMA 3W7NA 5HR6A 3IGUA 3G3MA 3LRLA 4ZQRA 1OYAA 4MUZA 4LW7A 1JQVA 3EWZA 5D2YA 1L6WA 1RQHA 4JY8A 2OX1A 2GJNA 2V5BA 4ZQCA 1YTEA 1QFEA 5CZ0A 1T96A 1TQXA 2WNQA 2R94A 2Q3RA 1R2TA 3NXFA 4I7WA 2E5CA 1LRTA 2VEPA 1X6UA 4NXSA 1TPC1 2A5HA 5LSMA 1FUYA 4IMDA 2RDUA 4UXDA 3UPBA 4NU7A 3LBCA 3MHGA 4GUFA 3M43A 3PBYA 1GVRA 2NX9A 4JNMA 4IX0A 2ZYFA 5CGQA 4RXGA 3M6YA 3TA6A 3UWZA 1I45A 1XC4A 1XFBA 1QPOA 5BNKA 5LKYA 4JIPA 4O52A 4R53A 2NXIA 1LTDA 5CPOA 1KM1A 4MJMA 1P4CA 3GB6A 3UXDA 4FNTA 1H1ZA 2C15A 2FQIA 4LVDA 1KFKA 2A85A 3MYOA 2B7PA 1KFJA 2G97A 3HG4A 3QPYA 3CB8A 3LHZA 1I2QA 3O6YX 3W84A 2DJLA 1W5QA 4UFHA 4MZ8A 3R13A 4PA8A 3LGEA 4RZ6A 3DGRA 2A6LA 2H8ZA 3IIVA 1QDSA 2V30A 5G4WA 2JKEA 4BI5A 3O8AA 4RXFA 1W0MA 2EGZA 4LVFA 3B4UA 1A5SA 5F1UA 4N02A 2TSYA 2X1RA 3BW3A 5EA9A 3QMSA 1K8YA 4NJHA 3LCGA 4FB7A 1NF7A 3TJXA 1ONRA 3BG5A 3MO7A 1FDJA 1RPXA 2ZA3A 4M19A 1TTIA 2VFHA 2AQWA 2QDGA 4JTSA 1BWLA 2OT0A 3IVUA 1ML1A 3V75A 2ZZ6A 2DZTA 3P84A 2C6QA 1OFDA 1I2RA 4CCDA 2EKCA 3G0SA 3F03K 1DQWA 1OYCA 3STFA 5I3KA 1SPQA 3HOJA 5KITA 2QCDB 3G1XA 3S6DA 3WK2A 3C6CA 4QSHA 3S5ZA 3MJYA 4WXYA 3L0GA 3QPZA 1FWNA 1ZCOA 4WZHA 3HG3A 1VGAA 2YYUA 4UTJA 3GDTA 1UUOA 1ZENA 2BZNA 3GNDA 3G1DA 1ALDA 2Y70A 3IRDA 4ML9A 1W3NA 4YMZA 2WSQA 1VHNA 4LC8A 1ZALA 1LROA 2YYTA 3BK0A 3G24A 3S1XA 3EWWA 1OX5A 5DY3A 4FNPA 1TSIA 4FF7A 1X8FA 1AW1A 1PCKA 3L5AA 4MY8A 4AVFA 3G1SA 1O5XA 3CU2A 1KLZA 3O1NA 1K7EA 3NVTA 2P0OA 1S3HA 3GNNA 3LI0A 3RLVA 2A21A 2ABBA 3F1QA 2QCMA 1R47A 4AHOA 1ZHAA 2Y85A 3NL2A 1YDNA 1WV2A 1QNVA 3UZJA 2Q8ZA 3B8DA 4O15A 4WOQA 1KTCA 4BR1A 4C1LA 1X7FA 4DEFA 3I6RA 1MSSA 1WDWA 2ZRXA 5D2XA 3TAKA 3Q37A 2CLHA 1GVOA 3NQGA 1HO4A 3R89A 5DELA 3LRKA 4UNLA 2CLKA 3G18A 1YPIA 3NQ7A 4HHPA 2ZRWA 5DXXA 1JUEA 4LUJA 1H1YA 3G8EA 4MVAA 5DLCA 3PSVA 2NWRA 5DCDA 3QYQA 2I9EA 4RZ5A 3UYCA 3WK1A 3GYEA 5AHMA 3HPSA 1DHPA 3FJ6A 2ZRZA 3GAYA 2O7SA 1EP3A 2DZVA 4JEQA 5F1VA 4M6VA 3QW3A 1PCWA 1Z44A 1HO1A 2ZZ3A 1DQXA 2C19A 3NO5A 2QCHA 4L4LA 5FI8A 1W56A 5G2WA 4B5NA 1TTPA 1W54A 4LUIA 4UTTC 3HIJA 1K8XA 1EP1A 2ZZ5A 1UUMA 1CX9A 2E6YA 1FCVA 1VYRA 3OVPA 3W7IA 4LY8A 4LVBA 5AC6A 2VXNA 3BLEA 6ALDA 1TPFA 3OA3A 2Y7GA 2Y7FA 3NYZA 3W6YA 2NV1A 2ZRVA 1TREA 3NM1A 1Q3NA 4YLWA 3S8HA 4MZ1A 3P8JA 3LXAA 1M7PA 3EKZA 4IWWA 2HS6A 1SSGA 1W5PA 3QC3A 1ZNNA 2Y6ZA 1OVDA 3JRKA 5TQLA 3A22A 3PR2A 1LM1A 2HMCA 4NQ1A 3GK0A 4JR5A 2A0NA 4FNQA 4RK8A 1H7PA 5F4XA 1TJRA 5U7SA 1QPQA 3UWQA 4O4VA 1TIMA 4UTWC 1LBFA 4R33A 3ABSA 4IUOA 1JJKA 4O12A 2J9XA 5LGZA 2NUXA 4KFPA 4BWLA 3CQ0A 3STEA 1KM0A 3W71A 1XKYA 1KV5A 1F7BA 1W8SA 5DBTA 3GVGA 3MWAA 4PFMA 3THQA 1NSJA 3TMLA 4O8RA 4WUIA 2BTMA 3FS2A 4U4MA 4GUHA 4PTNA 1TPEA 4IMEA 4HNNA 2H90A 3R12A 4N6FA 4WY0F 3TXZA 1CW2A 3S1WA 1Q6QA 5FF3A 5LNSA 1FWTA 3DFOA 3TQKA 2NX3A 4GRSA 1QOPA 1L6SA 3FFSA 5SWUA 1OHLA 3DFQA 4MZYA 3TFCA 2ZTKA 2QCDA 3ZFHA 3Q58A 5LHEA 4QQ3A 2V2DA 3VE9A 4JTKA 3UY8A 2GPTA 5BW6A 3EX3A 2E68A 1OFPA 4Y90A 4ORIA 3LHVA 1LP6A 3W1RA 1Q6RA 1IIHA 4IGHA 3WK3A 3M7WA 1WYIA 1LOSA 5L6UA 4KKXA 2QUVA 3A21A 1W5MA 5MHBA 4ICNA 1V5XA 1WBJA 1I4NA 3KVMA 4MPQA 5AYYA 1OF6A 3TR2A 1FQ0A 2A6NA 3OVRA 1I8JA 3TE9A 5I3GA 1H63A 1VCVA 2YR1A 3W72A 2QCGA 3RFAA 1OFEA 4BF9A 2FB2A 4IXHA 1H5YA 3P61A 2E09A 3L0KA 4NJJA 4U28A 4PCFA 1LRNA 4JTJA 1BKSA 3EWBX 1B4KA 5HINA 2ZBTA 4I9AA 3W7GA 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3KX6A 3CLMA 2J88A 4A3UA 1HUVA 1DKWA 4LC6A 1OX6A 3M44A 3PY2A 3PB2A 3RF9A 5G2IA 1YADA 3LHYA 3DKJA 4IJBA 3PUOA 3KHJA 3LCHA 1KFLA 4UCGA 3QQ0A 3HMJG 4TX9A 4OWGA 4MLRA 3O16A 4FIQA 4Z1AA 4O0ZA 1XDLA 5I3HA 1RQBA 1OF8A 2ZZ7A 2ZZ2A 3AJXA 4D2JA 3W23A 3H53A 3HGRA 5BMXA 4O13A 4GNJA 3MBFA 1G7UA 1SFLA 2EPHA 2B7QA 1SR9A 4FX8A 2C13A 4LT9A 3UZ5A 1W5NA 4NZJA 1YYAA 3SSJA 4J9JA 2X1UA 2Q3OA 4O0KA 3MW7A 3RMJA 3NQCA 4JD4A 1H61A 3KOFA 4NX5A 3SGZA 4DPPA 3BVJA 3L2IA 3LXBA 3KVLA 2YW4A 2VEIA 4UFJA 3DFSA 4GBUA 4PH6A 1T0OA 5IM51 2GVJA 1XBXA 4NJIA 4K8EA 1FCQA 2WSYA 1JQXA 5EMUA 4LS2A 4TMCA 1VCGA 1GVQA 3H54A 3EX2A 1RV8A 3UD6A 1I2OA 1QO5A 3CIXA 2JGYA 3WJZA 3T40A 5FF2A 2VFFA 4LV9A 4O1BA 4OHQA 3MI3A 3DXIA 1OFBA 2QUTA 4IOTA 4EIVA 1LORA 2FFCA 2QEZA 3WJSA 3PAJA 4Z0SA 3SFKA 3OBKA 4O10A 3I68A 2C16A 4GUJA 3W1AA 1JR1A 5I3FA 1ZJIA 2HS8A 3B0UX 3UXAA 3PUDA 2VKZG 4ALDA 1UJPA 3BPWA 1K7FA 1H7OA 4QNWA 4K39A 2B7NA 1WA3A 1EWEA 1VRDA 5C55A 3W1NA 4CLMA 2X2GA 3MMTA 2QJGA 1HL2A 1DJNA 1MEWA 1ICQA 1SZGA 1EWDA 3B04A 4ZMGA 2VC6A 3EX6A 3LB0A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3CWOX

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