3DAQA

Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from methicillin-resistant staphylococcus aureus
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
292
structure length
292
Chain Sequence
THLFEGVGVALTTPFTNNKVNLEALKAHVNFLLENNAQAIIVNGTTAESPTLTTDEKELILKTVIDLVDKRVPVIAGTGTNDTEKSIQASIQAKALGADAIMLITPYYNKTNQRGLVKHFEAIADAVKLPVVLYNVPSRTNMTIEPETVEILSQHPYIVALKDATNDFEYLEEVKKRIDTNSFALYSGNDDNVVEYYQRGGQGVISVIANVIPKEFQALYDAQQSGLDIQDQFKPIGTLLSALSVDINPIPIKALTSYLGFGNYELRLPLVSLEDTDTKVLREAYDTFKAGE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Lyase
source organism Staphylococcus aureus
publication title Structure and evolution of a novel dimeric enzyme from a clinically-important bacterial pathogen.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
total genus 114
structure length 292
sequence length 292
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2008-05-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3daqA00
3W83A 1UJPA 5FF4A 4BK9A 1B9BA 3IGSA 3E9AA 3NDOA 2JGQA 3DFOA 4MFDA 1K7XA 4M19A 5EA9A 1KM5A 2VFDA 5HUOA 3G1HA 3HQ1A 1AG1O 4NJHA 4NXSA 2CFFA 3L0NA 1VLIA 4Z1AA 2A6NA 3EX4A 3T44A 1GYLA 2UV8G 1TTIA 3UWYA 2ZDRA 1R2TA 2GJNA 3IV3A 2QCGA 3RNDA 3KRUA 1TQJA 1XBVA 1TRIA 3QH2A 3R5EA 3I7RA 4PL2A 2TYSA 2YW4A 3LXCA 3W1RA 1K7EA 4NX5A 4TR9A 3R2GA 1G4SA 1CI1A 2WQPA 1VJIA 4FX7A 3S6DA 4O15A 4KKXA 2OX1A 1Z42A 3PF3A 2FQIA 5DXYA 4K37A 3MI3A 2V2DA 1W1ZA 1GTEA 4CLMA 2FDSA 3P67A 2V81A 3O1NA 1ICSA 1IXOA 3LTPA 1OG0A 1OK4A 3IEBA 5AC7A 1BWLA 3QQ0A 3W2KA 3PSWA 4LV9A 5IBXA 3NQ2A 4CNPA 4IX0A 4JYDA 2ALDA 3BLIA 3NQFA 2Y62A 3QEZA 4DPQA 3LCXA 4JY9A 1F74A 4O0KA 4K36A 1K3UA 1G7VA 4O53A 2Q3OA 3NQAA 4JX4A 3C52A 3W7IA 1JQVA 3UNDA 3QW3A 3QYQA 4NJGA 1OK6A 3LRLA 4K38A 4O10A 1JVNA 4RXFA 1ICPA 4JDBA 4AH7A 2ZRYA 1TREA 4ADUA 4ZVJA 5LHEA 2QUVA 5U7SA 4RZ4A 5BOOA 4QSHA 1KM4A 1THFD 4K6AA 5LNWA 2JK2A 4NZFA 2A21A 2EHHA 2V82A 3NYZA 2DZWA 4K8EA 1SO5A 2W79A 1F05A 2A5HA 4ZQPA 3CWOX 2FLIA 4Z1CA 4UTIA 1GWJA 4XZ9A 3BK0A 2ISVA 4WOQA 4JTEA 2J6XA 1TV7A 3E02A 3PAJA 4ZMGA 1P1XA 3I68A 3TAOA 4LVFA 3PB0A 4FNRA 4M7TA 3SGUA 4JTTA 2DZUA 5G1YA 1IF2A 2A0NA 1LP6A 1YDVA 3UXAA 1ME8A 3S0CA 1B57A 1M6JA 1JUBA 4E2BA 5SWUA 3T7VA 3W7DA 2ZRUA 4GE8A 1AW1A 1TPFA 4IMEA 3PBWA 5ABTA 1FCVA 2RH9A 4NNAA 2QCNA 2V8ZA 3W7NA 2V5LA 2VOMA 1RV8A 1UCWA 2QAPA 5FF2A 5F2IA 1LOQA 1ZHAA 5HNRA 4OE7A 3W7RA 3G8EA 1LBFA 2GVLA 5CPOA 4HPJA 3RU6A 2GVGA 3OVQA 4YL2A 3SGZA 1QFEA 1PE1A 3VKJA 1DVJA 1KFLA 4K39A 4IUOA 4MJMA 1OYAA 3KHJA 1SW3A 1TYGA 4S2CA 1OF6A 1OX5A 3A22A 3P8JA 3GNDA 3M5ZA 4FXSA 5HR7A 2X1RA 3W1LA 3P8IA 4I7VA 4O50A 4XKYA 4BR1A 1XXXA 3LERA 4FEZA 4L4LA 2GQAA 4XTIA 4C1LA 3UWWA 3LV5A 1VHNA 1L9WA 2HSAA 5AHIA 4NNCA 1DQWA 3W86A 5K9DA 3KVMA 4GUHA 3GX9A 4JTHA 4LC6A 4GXMA 2OZ0A 4FNUA 3W22A 4BI7A 1SQ7A 3TU9A 1JCMP 3HG5A 3NR0A 1TJRA 2VFHA 4FX8A 3NG3A 5FF7A 1YXCA 3TDFA 1J4EA 3QW4B 2ZZ6A 1FUYA 2ISWA 3DZ1A 3N3MA 4KFOA 3LCFA 3LRMA 1KFJA 5CGQA 1GYNA 3LHZA 3PVFA 1A50A 2C0AA 3E12A 2CWNA 4UCGA 1IXQA 1AW2A 3FYOA 4L4MA 1P0KA 2DJLA 1TV8A 4DQWA 2E6FA 2WV8A 1TPB1 3BG5A 4IMFA 3G0SA 3DAQA 4N6FA 4NU7A 3NL5A 2C19A 2NXIA 3EKLA 5G4EA 3NXFA 3THQA 4RR4A 1N55A 1JR1A 4M6VA 4OQVA 1FXQA 5D03A 3VE9A 3P60A 3KVLA 3SECA 1VCVA 4JYEA 1JRCA 4UNLA 1YDOA 5D2XA 3S5YA 3WJSA 4BF9A 3GKAA 2Z6JA 4PTNA 2BTMA 1OFEA 3TQVA 3T40A 1I2OA 3C2VA 4DBEA 4DBDA 3UPWA 3BARA 4WY0F 4HNVA 4MIMA 2CLOA 4JNMA 1GOXA 1X8FA 4O11A 3I7SA 1TTPA 3W1UA 3W7KA 1VYRA 1ML1A 1VR6A 5LGXA 4QITA 5C55A 5HWNA 2H3DA 2V9DA 5KTLA 4CQAA 1YLVA 4QJ1A 1FX6A 5G4WA 1JCXA 3YPIA 3GDTA 4DXVA 2Z2UA 1A53A 1VYSX 3QZEA 1H7NA 3NZ1A 3VCRA 4S2BA 3L2IA 1P0NA 1E51A 2A1YA 1YPIA 1YDNA 3U8GA 1PVNA 1SFJA 5HQEA 5DBTA 4OWGA 4A2RA 3M9YA 3EX6A 1NSJA 3WJZA 1VC4A 1M7PA 1NF0A 3AO0A 1S3HA 1BWKA 3W70A 5HULA 2A85A 3TJXA 2WNNA 5LGZA 1KM0A 2CLEA 2O7QA 4NJKA 3W1AA 5U4NA 1YXYA 3MHFA 2C16A 5C2XA 3TA6A 4FIQA 2XN1A 2DORA 2Z6IA 3SI9A 4Z0JA 3IRDA 1LRTA 1RD5A 1O5KA 1VCGA 1ZFJA 2YZRA 4R33A 2GOUA 3T4CA 1OFQA 5CPLA 3W72A 1YTEA 3CU2A 5F1UA 4GUFA 3R89A 3FKRA 5F2MA 3MP4A 4O57A 1I2PA 2E5DA 3UWZA 1RQBA 3LCHA 1J5TA 3N34A 4EOUA 1G7UA 3LCWA 3N2MA 4FNTA 5KITA 1A5BA 1F73A 5HMSA 3UY7A 1KTBA 1WOBA 3M43A 1SZGA 3MHUA 5KZMA 4Q32A 3W7CA 2NX9A 3MO7A 2A2IA 2H6RA 3EWZA 3I6RA 4UMBA 2E68A 4CNOA 3INPA 2GPTA 2QJHA 4BI6A 4Y8FA 5D2YA 4BWLA 2B4GA 3NAVA 1Q6LA 1V7YA 1OABA 1GT8A 1C9DA 2ZRXA 3GDLA 2H3BA 1W8SA 2PC4A 4MUZA 1NFBA 3CM4A 3BLEA 1K8XA 1QNVA 2PRLA 3W7GA 1F6KA 4AWUA 4ZQMA 4UTWC 3W7LA 1WA3A 2CU0A 3MMTA 4P61A 4QM1A 4M6QA 3C2RA 2FB2A 1XBZA 3GAYA 2YGYA 3PY2A 5BMWA 4I7WA 3HMJG 2J27A 2WJZA 1KFKA 3TH6A 1R46A 2YSWA 3GXPA 1EP1A 5D38A 4NVTA 4RXGA 3NL2A 2C13A 3W7OA 5I3GA 4GFSA 3QQ1A 1K8YA 3B06A 4KWVA 1LBMA 5K9XA 1IIGA 3D0CA 4IXHA 4LRSA 1U5JA 4ADSA 3MI2A 2ZZ2A 2PRHA 4MFEA 1YPFA 4H6KA 3GKFA 1ME7A 4TMBA 5F4XA 3G1DA 1RR2A 2EGZA 4LW7A 4IPJA 1TV5A 3FLUA 4JX6A 5LSMA 4KWWA 4LVAA 3PC0A 3HPXA 1PCKA 1EP2A 2QCMA 3H55A 2NV2A 5AYXA 1F2JA 4AEOA 3HPZA 1H1YA 1MEHA 3IVUA 4FNPA 3MYOA 1W5QA 4DELA 3NM3A 4PEKA 3GR8A 1ADOA 3Q2DA 4JTSA 3C8FA 2DZXA 4TMCA 5G2WA 4AAJA 3CTLA 4K7VA 3TFCA 3TC6A 1TTQA 5K4ZA 4CCCA 1N8FA 4ONVA 1JQXA 3G22A 4PA8A 1LLWA 4O18A 4AMAA 3A5VA 3HF3A 2Q8LA 4RCXA 3S5ZA 1R30A 3JR2A 3EWUA 3FJ6A 1YXDA 4LWWA 3WK0A 3DFNA 2ZA1A 4A22A 3NL3A 5D32A 3TQKA 4RLIA 4PODA 3PG8A 1JJKA 3CWNA 3G1VA 1H63A 5CG7A 1I4NA 1G4TA 1OJXA 2C3ZA 2ZQ0A 2VKZG 2TMDA 1JUKA 2QCHA 3LX9A 3W88A 3W74A 4LOCA 1GG0A 1ONRA 3QSTA 4PFMA 4UXDA 3OIXA 1PHQA 2B7QA 1XUZA 3FJLA 3ZR4A 3G1AA 3C2OA 3E0IA 5I3HA 4UTHA 3QMSA 5D2WA 2OT0A 5T26A 3UYCA 3C61A 1S5TA 1TPC1 4Z0SA 1EP3A 2J9XA 3QF0A 3CPRA 1LRQA 3HJZA 3KXQA 3CQ0A 1W0MA 2NZLA 3ANYA 4WQ6A 4ZQOA 1LORA 3TUUA 3BG3A 4IGHA 2Z1BA 1FWWA 4O4VA 2DU2A 3L9CA 1Q6OA 1G4EA 4CCDA 4WX2A 1EIXA 1O94A 3V75A 2J24A 3DFQA 3STFA 5AB3A 4JIQA 1YYAA 4G1KA 3HG4A 3UD6A 4O13A 2YW3A 2DJXA 4Y90A 3I65A 1K8ZA 3B05A 3W1TA 3KFTA 5DY3A 4GJ1A 2H8XA 4YXGA 1VYPX 5IBXC 3LLDA 4JEQA 3UWQA 5D33A 4O1AA 2YX0A 4AVFA 2FTPA 1FCBA 6ALDA 4MLRA 3ABOA 2PCQA 1SU5A 3UWUA 4JTUA 3MJYA 3F1QA 3G24A 3VI2A 2ATSA 1ZCOA 5E1QA 1GVQA 4NX0A 5DLCA 1L6YA 4MZ8A 2Y88A 1X7FA 4OHQA 4DF0A 5C6MA 4LY8A 4K7YA 2NXHA 7TIMA 1AL7A 1WBJA 3PB2A 4JIPA 5D09A 3P5ZA 2VEMA 4KFPA 1CX9A 1EPXA 4JN6A 3S1VA 3BW4A 3A9IA 1ICQA 4XWUA 1MEIA 1RQEA 1KM1A 3KRSA 1UBSA 1Q6QA 3STEA 1XBYA 3QC3A 3TNOA 3EXSA 5I3FA 1W5NA 1EA0A 1WBHA 4QAIA 3GXNA 3RLVA 1D3HA 4XUGA 1KBJA 1N7KA 2AGKA 3G1FA 1QWGA 4HSOA 1W3TA 3F4NA 5AHMA 4NXKA 3H54A 3ZWSA 3EX1A 1KA9F 3G8RA 4IPIA 1HO1A 2JKAA 3NQ6A 3B4UA 1S5WA 5LZLA 5H91A 3VFLA 3KRZA 2CZDA 5I3KA 4JTLA 3IGUA 3TQ0A 4AWSA 4RK8A 5K9CA 2R91A 4I7UA 3W7QA 4R34A 3E49A 2VEIA 4RKAA 5MHBA 4CQ8A 4HNTA 4IXXA 5L6UA 2CZEA 2QF7A 3NM1A 4ADTA 3G1SA 1W3IA 3G3DA 2ZA3A 4HHPA 4MOZA 3GXTA 3P80A 3B0UX 3QPZA 2QJGA 1T8XA 3CIXA 4UFHA 5CSSA 3S8HA 3GLCA 3MI6A 3CLMA 5LHFA 1H7WA 3W23A 3P82A 1KM2A 1SZFA 1O5XA 3U2OA 4O17A 5D02A 1XM3A 3NL6A 4JS3A 2I1OA 4LVDA 3OG3A 4ZQNA 3BW2A 3QFEA 3W71A 2IQTA 1I2NA 1WQ5A 4UTMA 4MJZA 3DHFA 5CZSA 3A5FA 2H8ZA 2XN2A 2C15A 2YFNA 2WO5A 1XI3A 4U4MA 1FBAA 3IVTA 5BMXA 1PCWA 4O28A 1OX6A 2ZRWA 1GVSA 4GC4A 2XN0A 4EIVA 1A5CA 2QCDB 1FDZA 3Q37A 4KFNA 1QO5A 3TX9A 2GUUA 1LYXA 1XC4A 5DCDA 4A21A 3STGA 3PUEA 1TPVA 4DF1A 1TB3A 3L66A 1KTNA 3GB6A 1OVDA 3PM6A 1OF8A 1ZNNA 1SSDA 1JCLA 2DP3A 3EX2A 3VNDA 2WKJA 3R13A 4NJJA 2ZBTA 4HN4A 5E93A 4MZYA 4ALDA 4UTLA 1LCOA 2CW6A 5G2IA 2X1SA 2F84A 3BO9A 1PHWA 1SO3A 4QIUA 5FF0A 3KAOA 1D3GA 3NQDA 2ZZ7A 3FIGA 3B0PA 3BW3A 2DZTA 4EWND 2E6AA 5H2ZA 5D2VA 2G95A 1MZHA 4OV9A 3JS3A 2E77A 3L5AA 3O15A 3NPXA 1PS9A 3NVTA 1KV5A 3W1QA 5KMYA 2C14A 2B7PA 2QCLA 4UMCA 2G97A 3A23A 1R2RA 3TROA 1XDLA 3TV8A 3AJXA 1NAL1 4NNBA 1ZENA 3PWAA 4UFJA 3WJYA 4Y9AA 4WXYA 2QAFA 3BGJA 4FNSA 1GZGA 3HGJA 4IJBA 4Q33A 3M41A 2BZNA 4ML9A 1I45A 3TMLA 3W76A 4LNYA 4WOZA 2E1DA 5BW6A 4JGDA 3W7EA 1V5XA 3IIVA 3FFSA 3P74A 3IIXA 3MW7A 3HB9A 1W5PA 2EPHA 5C5YA 4UR8A 2DZVA 1WDWA 4O12A 3GVGA 4EVZA 4IOTA 3DI0A 2BSLA 5HUPA 1KLZA 1QDSA 3GDMA 5LKYA 1K03A 3M0ZA 4A29A 5TQLA 4LS2A 4PL1A 2RKXA 3L21A 4O8RA 5K2ZA 1PL9A 1X6UA 1QPOA 3FEMA 1TRDA 2Y7EA 1OFOA 3DFTA 1GVRA 2O7SA 4POCA 3LCGA 1TPUA 5E0KA 2FJKA 1U83A 1LROA 1H7RA 3JRKA 4MLJA 5CPNA 2OJPA 3OEXA 1DL3A 4NZJA 3GDKA 2CLFA 1ALDA 4EF9A 2DZPA 3G0XA 4A2SA 5K4XA 3LRKA 4M6PA 4FB7A 1EWEA 1X1OA 1W31A 3EXTA 2V30A 4RV8A 3LXAA 3KOFA 3LBMA 5HWMA 1SR9A 2Y7FA 1P4CA 3W7PA 3L65A 2YDAA 4GUJA 1DORA 1G4PA 4CCEA 3LGEA 4NT0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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