3DBPA

Crystal structure of human orotidine 5'-monophosphate decarboxylase complexed with 6-nh2-ump
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
KELSFGARAELPRIHPVASKLLRLMQKKETNLCLSADVSLARELLQLADALGPSICMLKTHVDILNDFTLDVMKELITLAKCHEFLIFEDRKFADIGNTVKKQYEGGIFKIASWADLVNAHVVPGSGVVKGLQEVGLPLHRGCLLIAEMSSTGSLATGDYTRAAVRMAEEHSEFVVGFISGSRVSMKPEFLHLTPGVQLEAGGDNLGQQYNSPQEVIGKRGSDIIIVGRGIISAADRLEAAEMYRKAAWEAYLSRLG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Human Orotidine 5'-Monophosphate Decarboxylase Complexed with 6-NH2-UMP
rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Homo sapiens
total genus 97
structure length 257
sequence length 257
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.4.2.10: Orotate phosphoribosyltransferase.
pdb deposition date 2008-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3dbpA00
3P8IA 1EEPA 2XN2A 4Y90A 3TSMA 3WK2A 4C1LA 4JY8A 2NV1A 4QITA 2XN0A 3VCRA 2ABBA 3KHJA 3STFA 5KTLA 4UFIA 2VOMA 3NQ6A 4UIOA 3G24A 2AAMA 1TRIA 4LVDA 5G2HA 5HR7A 2CLEA 1MXSA 3TFXA 4AHPA 5HR6A 3O05A 4UMBA 1OFEA 1XCFA 3LTSA 4DBEA 1WV2A 4K7YA 5AC7A 3W7EA 1H51A 2I1OA 1QPOA 2JGYA 5C2XA 3BGJA 5MHBA 2DZWA 1ICPA 3I7RA 2D73A 3C2OA 1FWNA 3NQ8A 3B0UX 2QCFA 3JRKA 1MO0A 5AFDA 1ZAHA 3NA8A 3NVTA 3U8GA 3O6CA 4POCA 2GVLA 1KFEA 2WJZA 2Y70A 3LCXA 1K7XA 3O1NA 5DXYA 3UD6A 5CZ0A 2A6LA 3NG3A 4MY9A 4NX0A 1B4KA 1ZENA 2H3DA 2O7QA 4S1FA 3B8DA 3O6YX 3W83A 4XKYB 1JCJA 1W56A 4L4MA 1ICQA 3QEZA 1K8YA 1KM3A 3M0ZA 4ALDA 3NQFA 3G0UA 4IXHA 3CHVA 3MI2A 3W7DA 1UB3A 4N2YA 3W7OA 1LZOA 4OV4A 4EWND 3A24A 1KTNA 5FEPA 3SIZA 2P10A 3PWAA 1LLZA 3EEGA 3W7LA 1IXNA 5G4EA 2ZQ0A 3WK0A 4HNNA 3UY7A 3CIWA 1YXDA 5EPDA 3SJ3A 4RV8A 1R2TA 3DHFA 1TPEA 3DZ1A 1XBVA 3EX1A 1JCMP 3RF9A 2Q3OA 2NXHA 1Z41A 1T0OA 3LBMA 3UXDA 3LCWA 3BLEA 3PG9A 1Q6QA 4JXCA 1SW3A 3G1HA 1PCKA 4PFMA 2CLMA 4DO5A 3PB0A 5KZDA 1K8XA 1P0KA 5K9CA 4U4MA 4NX5A 4WY0A 6ALDA 3KRSA 3L0GA 3GZ3A 2V5BA 3TNOA 3KOFA 1EP3A 1JRBA 2YFOA 2C16A 2H8ZA 2CU0A 1TV8A 3C4UA 1TYGA 2ABAA 1WDWA 1DV7A 3ZR4A 3FFSA 4GFSA 3NAVA 3PSWA 3HG3A 3UWQA 3N9SA 2QAPA 4OGZA 5DY3A 3VNDA 3NZRA 3DXIA 3NDOA 3STEA 4FXSA 3LHTA 1SO5A 3G1AA 3M6YA 3LI0A 5LHEA 3E0IA 3TJXA 5AC8A 1Z48A 3G1SA 1MSSA 4Y8FA 4IXXA 2RDUA 3LGEA 4O13A 5SWUA 4EF9A 1TPUA 4ZMGA 2DZXA 1SZGA 3WJZA 4FHAA 3R2GA 5ABTA 2CZDA 3KXQA 5LZLA 3KAOA 3N73A 2YYTA 3TV8A 3DKLA 5KMYA 4RLIA 5F1VA 5DN1A 1VPXA 3MBFA 1GVFA 5D03A 5I3JA 4O54A 3P84A 1H7RA 4JIPA 2VFIA 1A5SA 2DORA 3IIXA 4M7TA 5BOOA 4O1CA 3PC0A 2X1SA 5AYXA 4O18A 3G1DA 5AYZA 2R8WA 3B05A 3NL2A 5C54A 1VCVA 4AWUA 3PBYA 1OF8A 1UBSA 3WK1A 4UTWA 3LCIA 1H7PA 1Q3NA 4ZZ9A 3R12A 3SI9A 3HB9A 5LNUA 1YPFA 4O0ZA 2E6AA 3HF3A 4RCXA 2YZRA 1ME8A 1V7YA 2VKZG 3FEMA 4A29A 1WQ5A 2WQPA 5I3GA 3LRKA 5KITA 1SZEA 2ZRZA 1SR9A 2CLIA 3G1XA 4HKPA 2Y6ZA 1G4PA 5F2IA 5LNRA 1THFD 2ZZ5A 4O1DA 1A5BA 1ADOA 5K7JA 1KLZA 3QW4B 3THAA 4NNCA 1SO4A 3EKZA 3NYZA 4NUWA 5D04C 3QM3A 4O28A 2ZA3A 2Z1BA 1VR6A 1VRDA 4ZVJA 3THQA 3N9RA 5CZJA 3F03K 1O95A 2ZA1A 4WOZA 4OWGA 3NM3A 4FNQA 3DGRA 3T4CA 3R8RA 4MJZA 3OA3A 2VXNA 2E6YA 4AF0A 5EY5A 3LHYA 5DLCA 3AJXA 3MI6A 1VLWA 1WXJA 4MVAA 3EB2A 3NR0A 4JYDA 4LWWA 2ZRXA 1I4NA 2EF9A 3GDLA 1R47A 1YPIA 4PL2A 1EP2A 2ZRVA 2BXVA 3S5OA 2GQAA 4TR9A 5LNSA 1WOBA 1RD5A 3KRUA 4LW7A 3LRMA 1XFBA 3LCHA 3ZS4A 3CTLA 3EWZA 4JTLA 4NVTA 1TRDA 1T96A 3E96A 1H62A 1TIMA 2GVGA 1VLIA 1JQXA 4R53A 1OFOA 4N02A 4WUIA 1H7WA 3TU9A 1TTQA 3L5MA 3DKJA 1IXPA 1IIHA 3P74A 5G4WA 5HUOA 1QCWA 2B7NA 3UWVA 4UC5A 1VZWA 3O8AA 1C9DA 3M5VA 3P67A 4MZYA 2NXIA 4NU7A 2C13A 3FYOA 2QCDA 4CNPA 1KM5A 2Y7DA 2FPYA 5F4WA 3PULA 1RPXA 2B7PA 3DU0A 4LUIA 1HUVA 3UPWA 2F7FA 3M44A 1FDJA 4O53A 1FXQA 5TBOA 3T7VA 4YCOA 3W87A 4GC4A 1EWEA 2VEPA 1TQXA 3M16A 3GNNA 4E2DA 3PY2A 1KFKA 4XKYA 4IOTA 1LM1A 4MJMA 1FCQA 1PCWA 2A4AA 2O7SA 4XBKA 4TO8A 2BZNA 4WY0B 1I2QA 1C8VA 1J4EA 4JR5A 1IIGA 4PCFA 3TE9A 1KTBA 1LOLA 1XUZA 3VE9A 5L9FA 5FF7A 4FO4A 3EXTA 2WNQA 3QFEA 3GB6A 3SW6A 2AGKA 1O60A 2E68A 2QJHA 4QSHA 3TUUA 3S9YA 4YCPA 3IGXA 2P0OA 2V0TA 5D09A 2Y89A 4RZ5A 2HMCA 4FEZA 4QISA 2YW4A 4RKAA 3O06A 4UMAA 2QKFA 2WPBA 1LCOA 2X2GA 3LB0A 3H53A 4N6FA 3N34A 3M1ZA 4I7UA 4GBUA 5D37A 1JCLA 1XM3A 5LGXA 1D3HA 4OT7A 5F4XA 1YTEA 1BEUA 5E1QA 3W86A 5HJLA 4ZQMA 3LLDA 1PS9A 3D0CA 4MZ8A 1TPVA 1QAPA 3UXAA 1YDNA 4DQWA 2E77A 2V30A 3P62A 2ZZ7A 1ZHAA 2GJLA 4UR7A 1JULA 3TW6A 2CLKA 1UUMA 1WOAA 4LV9A 5HWMA 4AMAA 3QQ0A 3WJWA 3QMTA 4ICNA 5BRBA 3C2EA 3TCEA 3G8RA 4NNBA 4AH7A 2Y63A 1VH7A 5DXXA 3I65A 5LGZA 1C29A 4MFEA 2V81A 5EYWA 3NNTA 4PA8A 4O19A 1HO1A 1GTEA 3EWXA 1LOSA 3L67A 3G0SA 1YDVA 1VC4A 3ELFA 1KFLA 1W54A 3STGA 5D38A 3Q37A 3B0VC 3W7PA 2NV2A 3OVPA 2ZRWA 4UR8A 1MEWA 1JCYA 1U83A 2PRHA 4U28A 1TPB1 3A5FA 3W1MA 3RLUA 4BI6A 3BPWA 3W7QA 3PG8A 3FKKA 1KM2A 3L2IA 1OF6A 1EPXA 2QJGA 2C0AA 3MYPA 2CLLA 3JS3A 5CZTA 1CI1A 4TIMA 2OZ0A 4E2BA 3NL3A 4X2RA 1K7FA 1OX6A 4I7WA 3HPXA 5EMUA 2C3ZA 3QW3A 1KM1A 2FQIA 2EGZA 2BWGA 3FIGA 2G96A 3GR8A 3DFTA 3LCLA 3F4NA 3PBWA 3FS2A 1XC4A 4DF2A 3QJAA 3OG3A 5G5IA 2NUWA 4JX6A 4A21A 1JQVA 5BNKA 1K8ZA 1H50A 3CEPA 5HULA 3EXRA 2VFHA 2I9EA 3QH2A 4JYEA 4UFJA 3GDRA 1FQ0A 1PV8A 3S5NA 3U6WA 1FCVA 1A5AA 3N14A 1OX5A 3ABOA 1QFEA 3A22A 3DBPA 3QQ1A 3P80A 3ATYA 1FUYA 4IX2A 4JTEA 4Z1DA 2Y61A 6TIMA 4NQ1A 1W5QA 1OG0A 2FB2A 4NT0A 4S2CA 4ZQRA 3NZ1A 3MMTA 3TJLA 3EXSA 3SSJA 3L66A 3BG5A 3L21A 3W71A 2W79A 4IMDA 3M5YA 5DCDA 3LCGA 5KZMA 3EWYA 3P5ZA 3BLFA 4PTNA 3W3OA 3RU6A 5TIMA 3BO9A 2VFDA 2GVJA 4X9SA 4A2RA 4FIQA 4XWUA 4BFAA 1SFLA 4LVGA 4DELA 1RR2A 5DCBA 3G3MA 1ZAJA 1TSIA 4O52A 4LT9A 4N9CA 5I3KA 1KFCA 2E6FA 2WO5A 1QO5A 1EWDA 2QCDB 4UFLA 3VI2A 2CZ5A 1GVOA 1PL9A 3C8FA 3GYEA 4X22A 1KM4A 2Q8ZA 5CPLA 2G95A 4JTKA 1XDMA 3KRZA 1PHWA 3PBVA 4K8EA 5TQLA 1ZJIA 3NEVA 1O4UA 4IMFA 5KINA 1G7VA 4O17A 5DY2A 3G3DA 3MWAA 3BVJA 3UYCA 3CC1A 3GAYA 4MYAA 3ABQA 4LY8A 1O5XA 4IWWA 4JEQA 2A21A 3W7JA 5LNVA 1K3UA 4RK8A 3NQVA 4Q4KA 1ZY9A 2TYSA 3W7MA 1G69A 2R14A 3OEXA 5EA9A 4FIRA 3TFCA 3I68A 2VELA 3CQ0A 3W7CA 2DZPA 2FDSA 3PUOA 2VEIA 3ZWSA 2YYUA 4LS0A 2YX0A 3W1LA 3AO0A 1NF7A 2H90A 5FEXA 4EOUA 3RK8A 3W84A 4QNWA 4MFDA 3K30A 4MUZA 5D02A 4M19A 4LC6A 1TV7A 4UTIA 3GAKA 2A7NA 2ALDA 1XXXA 1KTCA 2QDHA 1DOSA 1O94A 2V8ZA 4R33A 4RJEA 1WBHA 1WAUA 3C52A 1KM6A 1SSDA 2PE4A 2QUTA 1F05A 1X1ZA 5AN7A 3MI3A 5CSSA 1LTDA 3UWYA 5HWJA 3S1UA 3A5VA 5LHFA 3FKRA 4PEKA 3W7KA 2X16A 3OVQA 2YR1A 1DL3A 3T55A 2OCZA 1MEHA 1VJIA 3W73A 2WOQA 4GE8A 2PRMA 3E49A 2G5WA 1Q45A 3G8EA 4NZJA 2GQ9A 2H6RA 4FNSA 3S8HA 4LS2A 2QEZA 3SECA 3DHDA 4K6AA 4BR1A 1TCDA 4YL2A 1FDYA 3NQ2A 3PUEA 1GWJA 3W76A 3GXPA 4O14A 3FYPA 3G1FA 4ZQPA 1K7EA 3ANYA 2P1FA 1QOQA 1HL2A 2BX7A 4I7VA 1P0NA 2RDTA 4O0KA 2CZFA 4AWTA 1VQTA 1W3TA 3G22A 3C6CA 3LXBA 4LRTA 2J88A 3LHWA 5CZSA 3UY8A 3ZWTA 3FJLA 3UWZA 3WJYA 1UJPA 1IXQA 2GQ8A 3DFOA 1EUAA 1GTHA 4M6PA 3UWUA 2PURA 1OYBA 4JN6A 5CGQA 4RXFA 1EP1A 4JTTA 1L9WA 1X1OA 1ZCOA 4MKNA 5D2YA 2ZYFA 4NXSA 1KFBA 2CLHA 1QOPA 5E93A 4FXRA 3UWWA 3UZJA 4M5PA 3IIOA 3BG3A 4NJKA 3NO5A 2J24A 2GOUA 5CPMA 4S2BA 1LBMA 3G1VA 3F1QA 4MYXA 2DZUA 2RDWA 4WXZA 4GUJA 3DFSA 3FJ6A 3B4UA 3W7IA 4ADUA 1HG3A 2EAWA 1G7UA 1X6UA 3OBKA 1TB3A 4O1AA 2ZZ2A 5HUPA 1LP6A 1QR7A 2NWSA 2X1UA 1YXYA 1L6YA 3P61A 3QMSA 5FESA 2QCLA 3BW4A 3S42A 3TXZA 1W5NA 2I14A 4N6EA 5AC6A 4IQLA 1GOXA 4JICA 3IEBA 3P8JA 3W88A 1H63A 2J9XA 1LRTA 1OYCA 3C56A 4LVFA 2OT0A 3W7HA 4HPXA 3W7RA 3KFTA 1R2SA 1W5PA 3M43A 1MEIA 1TJPA 5CSRA 4LOCA 3IIPA 5E0KA 2Z6IA 3A23A 4FF7A 3GKFA 5C5YA 1ALDA 2QJIA 4JNMA 1Q6LA 2EKCA 3S5ZA 1DQXA 3L0NA 4BF9A 2CFFA 4DF1A 4X3ZA 3KVMA 2FLIA 3WFAA 1DHPA 4AXKA 4QM1A 3R89A 4R7JA 2E5DA 1BWKA 4GUIA 5FI8A 2VEMA 3NPUA 2B7OA 4NXKA 5GVJA 4NJGA 1SO3A 2HTMA 1LBLA 4ZQOA 4O1BA 2NXGA 3V1PA 1G67A 2KZHA 4TMCA 3S1WA 2JKPA 3CPRA 1YYAA 2HS6A 4GUGA 1VYSX 3HG4A 3V75A 2FIQA 3NPVA 5FEZA 4UTKA 3M9YA 3KVLA 1GYNA 1X8FA 3MUXA 2XFWA 1A53A 4FX6M 4O8RA 1XL9A 3L0KA 1E51A 1F76A 3W1QA 1GG1A 1XBZA 3QRHA 2VC6A 1TTIA 4UTMA 4YLWA 5AHIA 3L5LA 5DCEA 1L6SA 4JTFA 1VYRA 4O50A 5LKYA 3TH6A 2QCCA 1WBJA 1FXPA 4XUGA 2WSQA 3IVTA 4M7SA 1F6KA 3L9CA 4Y6GA 2A0NA 3NQAA 2JBMA 4LUJA 3ABSA 3W2LA 4P2VA 5D32A 1DKWA 1I2PA 4CLMA 1AMKA 2CWNA 3TSBA 4Z1AA 3QPZA 4E0CA 4WJEA 4EF8A 1UUOA 3S1VA 4K37A 3UQNA 5HWNA 3GK0A 1VCFA 2Y7EA 3HPZA 3TMLA 4WXYA 3O6DA 1FDZA 4A3UA 4NNAA 3NQMA 2Z2UA 3T44A 1R30A 1YTDA 3LHVA 1FWWA 2OJPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4IIB A;  3QY7 A;  1EEP A;  3VC5 A;  4C1L A;  4R7O A;  1IEV A;  5CLT A;  2YL5 A;  2VR5 A;  3MV1 1;  5KTL A;  3VDA A;  3AXI A;  4UIO A;  3VNZ A;  4Y9P A;  2PBO A;  3MUI A;  3BAY A;  1E0U A;  2CLE A;  5HR6 A;  1G0C A;  3O05 A;  4YYC A;  1OFE A;  3LTS A;  4OEC A;  3L4X A;  3UCQ A;  1TWD A;  3PJW A;  1WV2 A;  1Y7V A;  5E6Y A;  1QPO A;  2OYM A;  4GKT A;  3BGJ A;  5MHB A;  3ARZ A;  2DZW A;  4NAF B;  4GQB A;  2D73 A;  4PMR A;  2YL9 A;  4Q8N A;  5AFD A;  3AZR A;  3THC A;  4D8A A;  3HZ3 A;  3NVT A;  1G01 A;  1UD8 A;  4OUE A;  2RAG A;  1ITC A;  4Y7E A;  2VUY A;  3LEP A;  3O1N A;  5CZ0 A;  3NG3 A;  1V0M A;  2QII A;  1XYL A;  4NX0 A;  1ZEN A;  2H3D A;  4KRU A;  4S1F A;  3B8D A;  3W83 A;  4DUX A;  3OOQ A;  1EZW A;  1ICQ A;  4ALD A;  4M1R A;  3CHV A;  4NL1 A;  1UB3 A;  3S2C A;  1FKX A;  4U2Y A;  4JTR A;  1JDA A;  3CO8 A;  3IJD A;  3H24 A;  1TWI A;  1GVE A;  3A24 A;  1P7T A;  3W38 A;  3WN6 A;  4P8W A;  3SIZ A;  2P10 A;  2YBV A;  5T9C E;  3PWA A;  3IJ9 A;  1IXN A;  5G4E A;  2J8F A;  3TZF A;  4HNN A;  3UY7 A; 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