3DBPA

Crystal structure of human orotidine 5'-monophosphate decarboxylase complexed with 6-nh2-ump
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
KELSFGARAELPRIHPVASKLLRLMQKKETNLCLSADVSLARELLQLADALGPSICMLKTHVDILNDFTLDVMKELITLAKCHEFLIFEDRKFADIGNTVKKQYEGGIFKIASWADLVNAHVVPGSGVVKGLQEVGLPLHRGCLLIAEMSSTGSLATGDYTRAAVRMAEEHSEFVVGFISGSRVSMKPEFLHLTPGVQLEAGGDNLGQQYNSPQEVIGKRGSDIIIVGRGIISAADRLEAAEMYRKAAWEAYLSRLG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Human Orotidine 5'-Monophosphate Decarboxylase Complexed with 6-NH2-UMP
rcsb
molecule tags Lyase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 97
structure length 257
sequence length 257
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.4.2.10: Orotate phosphoribosyltransferase.
pdb deposition date 2008-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3dbpA00
3INPA 4K7YA 1I2NA 1H5YA 3DENA 1O95A 4JTSA 3ZR4A 3N73A 4UTIA 2H3DA 5F1UA 1KFKA 4PL1A 3LRMA 4CNNA 1FCBA 3GR7A 1SO6A 1VYSX 1R46A 3IV3A 3P62A 4M19A 3UZ5A 2OZ0A 1TPFA 3HJZA 5AOUA 1EP2A 3TA6A 1JJKA 1Q6QA 3L66A 3TIMA 4R33A 3W7HA 3CQ0A 2WNNA 1L9WA 4O4VA 4ZQMA 3NL3A 3JR2A 1OX5A 4Y96A 1KFLA 5K9XA 3OG3A 4O8RA 1AL7A 4QITA 3EKLA 4NNCA 1G7UA 1J5TA 2E5CA 3NO5A 4JX4A 3W83A 1TB3A 3W1AA 3C8FA 1GOXA 3PBUA 2DZVA 1X8FA 4NU7A 1H61A 3HQ1A 3QQ0A 7TIMA 4MJMA 4WZHA 2VFFA 5HWMA 4N9DA 3MW7A 1OFOA 4HNUA 5IBXA 3QFEA 5TBOA 5CGQA 3N14A 3W71A 1KM3A 4JDBA 2CLLA 4E2DA 4UXDA 2DZXA 4X22A 3L5MA 3FA5A 1ZAIA 3P60A 3L0NA 4HHPA 4IGHA 4LVDA 3QYQA 4CNOA 4IMDA 1ZHAA 3QH2A 1V5XA 5KZDA 2KZHA 2H90A 5K4ZA 2DZUA 1XBXA 3STGA 2QCHA 4O52A 1NFBA 4O15A 1XL9A 3LTYA 1KLYA 1XDLA 2NXIA 4U4MA 4MLJA 1LRQA 3BG9A 3GDRA 5LNRA 4PA8A 3HPXA 1R2SA 5FI8A 3P8IA 4POCA 3PBWA 2RH9A 1M6JA 1ZENA 2IQTA 4NXSA 4LS1A 3O07A 4H3DA 1KLZA 1S5TA 4FNPA 1QNVA 3GAYA 5DLCA 1QO5A 5E1QA 2Q3RA 1OVDA 3OIXA 4TU1A 2WKJA 4BWLA 3S1WA 3NQDA 3MBDA 2V2HA 4BI6A 1X6UA 4IMGA 3WK1A 1WBJA 3DKJA 5DBTA 3GDLA 1LM1A 1LDCA 5F2GA 1WAUA 3LBCA 1F05A 3LCWA 3G1FA 2EKCA 4ADUA 3WJYA 5KZMA 1W3NA 4WY0F 1VHNA 3IIXA 2A21A 4TR9A 3GR8A 3M44A 1GG1A 3P5YA 4ADTA 3IVUA 1B9BA 2RKXA 4ORIA 1OABA 2BLEA 4YMZA 3P81A 1KBIA 3TAOA 1P1XA 2GJLA 1QFEA 3W7OA 3OVPA 1EP3A 3TROA 1DOSA 4EWND 3HGRA 1YTKA 1BWLA 5AB3A 4JTIA 3UNDA 1H7OA 5EKYA 1OFDA 5HNRA 5BMWA 2W0UA 4KKXA 1XUZA 4MJZA 3ZFHA 2GQ9A 3F4WA 4S2CA 1EEPA 3PR2A 3S42A 2ZRYA 3NPXA 4H6KA 1ME7A 2ABBA 3DFNA 1K3UA 5D2YA 3NA8A 3O6DA 3M5ZA 1MEHA 2H8XA 4MOZA 3KHJA 4NJJA 3C56A 4LC8A 4E0CA 3O15A 2ZZ1A 2J88A 1SFLA 3CPRA 3Q2DA 2WSRA 4O54A 4MZ1A 3FFSA 2R94A 2AGKA 2VC6A 5DXYA 5FF7A 3TSBA 2PURA 3NPUA 3E02A 1ALDA 2BWGA 1EX5A 4XTIA 1P0NA 3WK2A 4LS2A 1CI1A 3L65A 1RD5A 3DHFA 4AH7A 1K02A 1KV8A 4FNRA 3KFTA 1W31A 3EX6A 3N3MA 3E12A 1B4EA 2QCFA 3MP5A 2JBMA 4A2RA 3P80A 5I3KA 2Y7EA 3NQ7A 3PWAA 5K9DA 1G69A 4IPJA 1WX0A 5AHIA 1GZGA 4XUGA 1A5BA 2YPIA 3RLVA 1DQXA 2VEMA 1TCDA 2QAFA 3DGRA 3M47A 5LZLA 2C14A 2CLOA 3G3MA 5EBUA 3HGJA 3O8AA 1OX4A 2C15A 3SI9A 4N4PA 3TU9A 1D3HA 3GNNA 3LHYA 2BSLA 2ZYFA 3HPSA 4D2JA 4K36A 1H7NA 3VKJA 1TV7A 4GWEA 3G1SA 4Z0JA 3W7RA 4JYFA 3BLEA 4QNWA 3QMTA 3L68A 4UTHA 4JTKA 3RFAA 2VFIA 4I9AA 4M5PA 4LOCA 4WXZA 3G3DA 1QPRA 3LXAA 5FF0A 1WQ5A 4E2BA 1HFBA 3BK0A 3TMLA 1SZEA 4Z1AA 1AK5A 1VYRA 2PRHA 4RR4A 1EIXA 1VJIA 5EY5A 4ZQRA 1DVJA 1OYAA 3G0UA 2E6FA 2B7OA 2C1HA 3L9CA 2C19A 1W3IA 1W54A 5FEXA 1YXCA 3STEA 1TV5A 3TMQA 3CHVA 1OX4B 1EUNA 1RV8A 3LXCA 4O1AA 1PV8A 3GZ3A 1XBYA 2ZA3A 1PE1A 3G1AA 4AAJA 4S2BA 3NM1A 2BTMA 2X1TA 3FEMA 3UD6A 1BTMA 1JQVA 4HN4A 2VFDA 4BF9A 2ATSA 1JUEA 1S5WA 4L4MA 4PCFA 3A22A 2Z6IA 3AO0A 3W7CA 2X30A 3BW4A 1XBVA 4JTHA 3S9YA 3ZS4A 3UWUA 4AHQA 1ADOA 4LVBA 3C61A 1EB3A 1XFBA 2A7RA 1AMKA 1JRCA 1OF6A 2P0OA 2WOQA 3NQ8A 5H91A 3TCEA 2D73A 4GFSA 1IIHA 3LBMA 4LNYA 2X16A 6ALDA 5CSSA 4O11A 4K38A 1TPEA 3MI3A 5FF4A 1SR9A 3W1XA 1LROA 5LNWA 5G1TA 2NV2A 1JCLA 3TX9A 1XXXA 4WX2A 2NXHA 5J5RA 4XQ6A 2ZBTA 2JKPA 4ALDA 3L5AA 3I65A 3BW2A 3SJ3A 4YCPA 1M7OA 2RHGA 4CCDA 4XBSA 1SZNA 1WXJA 2V82A 4UTWA 4JTLA 3L0GA 3LHVA 1KTNA 2H6RA 1DJNA 4Z0SA 2V30A 1O5KA 2J24A 1YTEA 5E0KA 2V5BA 3GKAA 1EA0A 3G8RA 1W5QA 1H60A 4A2SA 3GIYA 4MZYA 4OWGA 2FTPA 3TDFA 1TPVA 3W7DA 1B3OA 3NNTA 4WD0A 1GYNA 3O6YX 4JNMA 1RPXA 1J4EA 3WK3A 1G4EA 2CLHA 1W1ZA 2C16A 2C6QA 3T4CA 3MHGA 3U8GA 1MZHA 1TPWA 2WPBA 5TQLA 1LORA 1YXDA 4NJKA 1TQJA 3N2MA 3IGXA 2A7NA 2YW3A 5C55A 1GVSA 1FWNA 1GQNA 2G97A 3NXFA 1KFBA 3B4UA 3NQMA 3EWWA 3NPVA 2FLIA 1PIIA 2HMCA 5EA9A 1IIGA 3I7SA 1UJPA 2CLMA 2A6NA 3C2EA 1KW1A 1FCUA 3W76A 3LCFA 3MWAA 2CWNA 1KM5A 3ZWSA 4ADSA 1QOQA 4MY1A 1NF7A 1VH7A 4Y9AA 4MPQA 2Q8LA 3CB8A 5CZ0A 4UTUA 1D9EA 4FX8A 4MY9A 2NX3A 1Z42A 5F1VA 2DORA 2YXGA 3L21A 1R30A 3C2RA 4C1KA 4NVTA 2ZZ4A 3A9IA 2VELA 3MYPA 3KRUA 3LHUA 3QM3A 4Y90A 1RR2A 3R12A 3IRDA 4FNQA 1UBSA 4UFJA 3NL6A 5F4WA 4RX0A 3F1QA 2BX7A 4WOQA 3MI2A 3YPIA 1TPH1 3LGEA 1LBMA 1VC4A 2Y6ZA 4JY9A 1Q6RA 3PUEA 5F2IA 4LUIA 3MHUA 4QJ1A 3UWZA 2QAPA 1JCMP 1GEQA 1G7VA 4W9TA 3G1DA 1TPB1 1NVMA 1SO5A 3E49A 3LB0A 3G8EA 1MEIA 2YGYA 3PBYA 4OU1A 3LDVA 1QWGA 3NDOA 4OHQA 3TFXA 4DBDA 4EIVA 3W6YA 1I2RA 1W56A 3W7EA 2FB2A 3BG5A 3W7LA 3IEBA 1L6SA 3TAKA 3BO9A 3OA3A 1SW0A 4O16A 2UV8G 1W5MA 1FBAA 2HS8A 3ATZA 3TQ0A 1LOSA 4DXVA 1AW2A 1W0MA 2RDWA 2NV1A 3NPWA 1A5SA 4DF0A 3C4UA 4GE8A 3M1ZA 4FF7A 4RZ5A 1RQBA 1VRDA 1A5CA 1F74A 1U5JA 2Q3OA 1UASA 3EWXA 4O19A 3OVQA 1GVOA 4IX0A 1X7FA 3B8DA 3N9RA 1F6KA 3TQVA 3BPWA 4UMAA 2WSYA 2Y61A 1OHLA 4LTSA 3W2KA 3AJXA 4H4IA 4CCEA 1O5XA 3BW3A 2WSQA 3GDKA 3QW4B 4OQVA 3W3OA 4Y6GA 5KMYA 1PCWA 3S0CA 3T55A 3G18A 1TTQA 3LRLA 2YYTA 3MO7A 3G0XA 4AXKA 3PUDA 5C5YA 4MLRA 4BK9A 4IJBA 1GVFA 2E5DA 4HIBA 3EX4A 4CQ8A 3JS3A 4PODA 4IMCA 5DCBA 3NOEA 4HPJA 4RZ6A 3OHIA 5CPNA 4KWVA 1MEWA 5AC6A 1LTDA 1AL8A 2ISSA 1QO2A 3C2FA 4LRSA 4UFHA 5CKSA 3G1VA 3LXBA 5GVJA 4O17A 4WXYA 4LU0A 3DFQA 4JN6A 3MI6A 4NNBA 4O12A 1HO1A 1TTIA 1OFEA 2TYSA 3NYZA 3GKFA 2J9YA 3CT7A 4LS0A 1HG3A 2QCCA 4UFLA 1YDVA 2YFNA 1K03A 1RZMA 1PHQA 3R5EA 4HSNA 4OV4A 2ZZ3A 4HNVA 3O1NA 2Y7DA 2YCEA 1CX9A 1ICSA 4FHAA 3DI1A 4NXKA 5G1YA 4DO4A 2A5HA 2FQIA 3IGUA 1FWSA 1OF8A 2PRLA 2YR1A 3EB2A 4MFEA 4K8EA 3PF3A 1RVGA 3L2IA 2QCDA 1DQWA 3CU2A 1QPNA 3S1VA 2ZCGA 5D02A 3ANYA 4QIUA 1KV5A 1SSGA 3GAKA 1ONRA 3F03K 3K30A 4TIMA 1NAL1 3F4NA 4HKPA 4JXCA 1TSIA 2B7NA 5L6UA 4OT7A 5KITA 1GPWA 5CSRA 4N9BA 4U28A 5HQEA 2V2DA 5U7SA 3UXDA 3PM6A 2Y88A 3THAA 5DCEA 1I45A 3IGSA 2V0TA 1I4NA 4A22A 4ZQNA 3ABSA 3L67A 3Q94A 1OFRA 3V75A 2Z2UA 1LCOA 1YPFA 1J2WA 3PUOA 3QEZA 4QM1A 3PC0A 4R34A 1XDMA 4LW7A 5AC8A 2G5WA 3VNDA 3W1RA 4P2VA 2FPVA 1OK6A 5J5DA 4ZQPA 4BI7A 1TPC1 1FCQA 2E5BA 2X1RA 4JYDA 5LSMA 3QF0A 1TV8A 4UIOA 3T7VA 1GWJA 3UYCA 2QCDB 1OFBA 3LI0A 2J6XA 1KM1A 3O06A 3W2JA 4BI5A 3GDMA 3GLCA 4FXSA 4ZVJA 5D30A 4JX5A 3E9AA 2GJNA 2NUXA 5HMSA 3HG2A 1SZGA 3W07A 4O10A 3Q37A 4MFDA 3W7MA 3MUXA 3NM3A 3TKFA 1KFEA 3E96A 3EXTA 3ATYA 1ML1A 1C29A 1R2RA 2Y63A 4LV4A 4DBEA 2Y62A 2ZRXA 1KTBA 2ZZ6A 3PVFA 2CLFA 1YLVA 3H54A 1KBJA 5HWJA 1TTPA 2OMAA 2QDGA 2X1UA 2OX1A 3HG5A 2ZZ5A 1YYAA 3HF3A 5FEPA 3BVJA 4JEQA 4M6PA 3QPYA 2ATMA 4TMBA 4AHPA 2E68A 1LRTA 4NT0A 3NAVA 3CIWA 4UFMA 3TSMA 3STFA 1BEUA 3OEXA 4FNUA 4GUGA 5BNKA 2NXGA 3M9YA 3LCHA 1KTCA 1A5AA 5DY2A 4O4WA 1JCJA 5D2XA 2XFWA 5D2WA 4CCCA 2GVJA 3USBA 5FEZA 5HUPA 3W7JA 4CNPA 3SY5A 4GBUA 3LRKA 5D33A 4GUIA 2ZRWA 1YPIA 4RLIA 2JGQA 5MHBA 4NNAA 3TXVA 3M7WA 3LI1A 4A29A 1WYIA 2VFGA 3TE9A 3GXPA 4ICNA 5DXXA 3S6DA 5D32A 3M16A 1P5BA 2OT1A 1H62A 2QJGA 3SECA 4JTEA 3GB6A 3FOKA 1DV7A 2WNQA 2I1OA 1PL9A 3GDTA 1YXYA 4QSHA 4O28A 3FYPA 4AVFA 3UPBA 3G1HA 1W8SA 4JR5A 4LVAA 1LOQA 4RCXA 1PS9A 2ZRVA 5EMUA 3LCLA 3WFAA 2ZQ0A 4FIRA 1O60A 4CLMA 4HSOA 4NJHA 2QEZA 4KFNA 2DP3A 4JTJA 5K2ZA 2WNZA 4P61A 3DBPA 4DO6A 3DFPA 2C18A 3ELFA 3PG9A 3EXRA 1FY6A 1KFCA 5FF2A 4PL2A 2G96A 3P61A 4PH6A 5D2TA 1T8XA 2X1SA 1TMHA 3UZJA 2DJXA 2P1FA 4DPPA 3LCGA 2VOMA 3CEUA 4UR7A 1TIMA 5KZEA 4AF0A 4ZQCA 2DZTA 3W88A 1L2UA 4WUIA 1JVNA 1JUBA 3DZ1A 2FPYA 3PG8A 4NZFA 4ORMA 2PRMA 1G6CA 3SGUA 4IWWA 5BW6A 1QPOA 1UB3A 2RDTA 5D04C 1K7XA 1I2QA 1Z44A 3ABOA 3WJWA 2I14A 1QCWA 2Y89A 5H2ZA 2E6YA 1Q45A 2CW6A 3HO8A 1UUOA 4O1CA 3WJZA 5LKYA 5AHLA 2ZTKA 1LZOA 4Z08A 4WY0A 1FDZA 5A8GA 3LHWA 1LLWA 4NJGA 4EF8A 1KA9F 1IXNA 2GVGA 4MUZA 2GVLA 5I3GA 1ZNNA 3FLUA 1VLIA 4IOTA 2YW4A 1F5ZA 1SQ7A 3W7QA 2NX9A 1FDYA 2A2IA 1DJQA 2PCQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3BH4 A;  2YIH A;  4F0K A;  1KFK A;  2JFE X;  1UH4 A;  3LRM A;  2PDQ A;  1XYA A;  3KRB A;  3C0L A;  1SO6 A;  3ZT5 A;  2E0P A;  3IV3 A;  4M19 A;  2OZ0 A;  1TPF A;  1EP2 A;  3TA6 A;  3JU2 A;  3L66 A;  3W7H A;  1A4L A;  2PP1 A;  1OX5 A;  2Z4G A;  1LL7 A;  1UIP A;  4PSP A;  4QIT A;  1QNR A;  3N2C A;  3WUF A;  3C8F A;  4HK5 A;  3VMO A;  2DZV A;  3KBS A;  2HBX A;  1H61 A;  2XM2 A;  3HQ1 A;  4W7V A;  3PTD A;  7TIM A;  1PYM A;  4J3T A;  1QWK A;  1VFU A;  1UP0 A;  3QFE A;  4H8N A;  5IBX A;  4ICC X;  1S2T A;  4XD4 A;  1EOM A;  1LQ0 A;  3W6L A;  3W71 A;  3V4B A;  4X22 A;  3SRF A;  3L5M A;  3UA4 A;  3FA5 A;  3GD6 A;  4FA3 A;  2QVN A;  4HHP A;  2XTK A;  1HN1 A;  4GI4 A;  3FV9 A;  4CNO A;  2WZT A;  3VMN A;  2FDM A;  2P88 A;  2DZU A;  3STG A;  2QCH A;  3WH8 A;  4GH1 A;  3MV1 1;  4U4M A;  1DYS A;  3N25 A;  4C6F A;  3GDR A;  5LNR A;  3HPX A;  1R2S A;  4XIS A;  4POC A;  3PBW A;  4AX6 A;  4LS1 A;  1ISZ A;  1Q13 A;  4Z2I A;  1S5T A;  1VFM A;  4FNP A;  3WEZ A;  3ECQ A;  7A3H A;  1EQC A;  3U4F A;  1ZSX A;  4IMG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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