3DBPA

Crystal structure of human orotidine 5'-monophosphate decarboxylase complexed with 6-nh2-ump
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
KELSFGARAELPRIHPVASKLLRLMQKKETNLCLSADVSLARELLQLADALGPSICMLKTHVDILNDFTLDVMKELITLAKCHEFLIFEDRKFADIGNTVKKQYEGGIFKIASWADLVNAHVVPGSGVVKGLQEVGLPLHRGCLLIAEMSSTGSLATGDYTRAAVRMAEEHSEFVVGFISGSRVSMKPEFLHLTPGVQLEAGGDNLGQQYNSPQEVIGKRGSDIIIVGRGIISAADRLEAAEMYRKAAWEAYLSRLG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Human Orotidine 5'-Monophosphate Decarboxylase Complexed with 6-NH2-UMP
rcsb
molecule tags Lyase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 97
structure length 257
sequence length 257
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.4.2.10: Orotate phosphoribosyltransferase.
pdb deposition date 2008-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3dbpA00
1JULA 1JUEA 6ALDA 3B03A 3LOTA 4MZ1A 1YLVA 3UWYA 2AGKA 3IIVA 4DF0A 3L2IA 5D38A 4KFPA 4CQAA 1C8VA 4EVZA 4IJBA 2DZWA 1U83A 5CSRA 4NT0A 4TMBA 4R7JA 1IXPA 1OX5A 3CM4A 2ZZ1A 4NJGA 1H1YA 1KM4A 1EWDA 4NZFA 1Z44A 3MYOA 4KWWA 3A9IA 2WSQA 1LOLA 3EX1A 4K8HA 2VC6A 2Q3OA 4UTLA 2QR6A 4AAJA 3ATYA 4YXGA 4LY8A 2YCEA 3TQ0A 1TPUA 2ZZ2A 2ZA1A 5G1TA 3EWBX 3CLMA 1TQJA 2ZRWA 2A0NA 2YDAA 3FS2A 3BK0A 3GR8A 1SW3A 2ATMA 2ZZ7A 3CEUA 4JTKA 3SY5A 3O6YX 4B5NA 2VEMA 1VR6A 3MHUA 1K3UA 4RZ6A 2A2IA 4BI6A 3MI6A 4AMAA 4XBSA 3W7OA 4U28A 3GLCA 1QPQA 4GRSA 4K38A 4QNEA 3PF3A 2FPVA 1GG0A 5D33A 4OV9A 3STEA 1KBIA 1GJPA 1RD5A 1ZAHA 1FDYA 2WSRA 4IWWA 1SUXA 3QW3A 1L6WA 4LRTA 3DU0A 1IIGA 4YCOA 3M9YA 1YXYA 1EP2A 1Q45A 2CFFA 4PL2A 2I1OA 3G0UA 3TSDA 2YYTA 3DI0A 3P67A 4DQWA 4LVBA 2OCZA 3M0ZA 2VXNA 1N55A 2TRSA 1OK6A 4JD4A 1DJQA 3QSRA 3LV6A 3NL3A 2PRLA 2AAMA 3LX9A 3TMQA 3W75A 1KFLA 1KLYA 3G24A 4X9SA 3TU9A 1TJRA 1A50A 3U6WA 3YPIA 5CPNA 1F5ZA 4JX6A 4ADTA 4FNPA 4QAIA 3USBA 3P84A 2BLEA 1TPWA 2ZA2A 5U7SA 4KKXA 2OJPA 1OG0A 3NYZA 1IIHA 4JX4A 3PR2A 3SIZA 3DKLA 4NZJA 2V9DA 2DZVA 3H54A 3SGZA 3CPRA 4A21A 1XUZA 5D2XA 2RDUA 1KFJA 4BF9A 4NUWA 1K02A 1LYXA 4FHAA 1XBYA 3NQFA 3UY8A 3W07A 1R2TA 3IIXA 1SSDA 1TPVA 3GZ3A 3P82A 1FDZA 1S5VA 5CZJA 4DO4A 4GNJA 1PCKA 2CLEA 3VNDA 5G2HA 3GR7A 3PG8A 1TQXA 3S1UA 1BWKA 2HS8A 1D3GA 3RU6A 4XTIA 2Y70A 1XCFA 3IVSA 3CC1A 4JY8A 3UPBA 5D2WA 3K30A 3G1SA 1H63A 3W1XA 4HNTA 3W73A 4AWSA 1OYCA 1EUNA 2CU0A 2WV8A 4LUIA 2FIQA 3GXPA 4AWTA 1R47A 4GUIA 5D02A 4MYAA 3O16A 4RK8A 2WO5A 1DV7A 5LGXA 1G7UA 1F73A 4JTFA 5KZDA 4UMBA 1W31A 3W7MA 2YFNA 1ME9A 1BTMA 3W7HA 5C2XA 3TFXA 5DELA 5G4WA 2C19A 4O18A 1I45A 4RCXA 3T7VA 3H53A 4QISA 4N9EA 1BWLA 1L9WA 4N4QA 3TA6A 4BI5A 5HR7A 3GDRA 2VKZG 5BW6A 1ML1A 1KLZA 1A53A 4ORIA 1LZOA 2F84A 4A2SA 1LM1A 2J9ZA 3PBYA 3M47A 3DH7A 3DFPA 2ZTKA 2V30A 4HN4A 2DZUA 4CQ8A 2VELA 3G1VA 3DBPA 3S1WA 4M19A 3E96A 1XDMA 3EXSA 3W83A 1O5KA 3MP3A 3QPYA 3NXFA 1B4KA 4UFIA 3I7SA 2BSLA 1OFRA 2Z0IA 4BWLC 5FF7A 5D37A 4FEZA 1ICPA 5F4XA 3UWQA 1N8FA 3LRMA 3DENA 2QCEA 3TX9A 3TK7A 3LLDA 4LC6A 4FNUA 5AYZA 3KX6A 1U5JA 4PCFA 1A5SA 2B7QA 2G96A 3E0IA 1H1ZA 1G7VA 2R14A 3LCGA 2NUWA 4UTHA 4UXDA 3OVQA 1G4EA 4MVAA 3W7EA 3RMJA 1LTDA 4FX7A 3LHVA 3HPSA 2PRHA 4JDYA 5AHFA 4LNYA 3MHFA 4EF8A 2JBMA 2RKXA 3CB8A 2ISSA 4XWUA 4QITA 2F7FA 2Z2UA 3GX9A 1KV8A 1RR2A 4ONVA 3UWUA 3WJXA 1XDLA 4IMCA 4ZL1A 1YPFA 1B9BA 4FB7A 3M6YA 1XFBA 3B4UA 4ZQRA 3L5LA 5K9DA 3ABOA 3Q58A 4MJMA 3C2RA 3NA8A 2J24A 4JNMA 4PC8A 3L5AA 3QMRA 3N19B 2VEPA 4ZQMA 3PB0A 1XC4A 1ZAIA 3LHYA 1EEPA 4CCEA 1GQNA 4GUGA 5EBUA 2NWSA 1MZHA 4OGZA 3N73A 3BW4A 4JTJA 1M5WA 3BW2A 3MYPA 2YZRA 2QJHA 4M6VA 1X1OA 4DELA 5CPOA 2J9XA 3EEGA 1AW2A 2VFFA 5K3VA 1LBLA 2NWRA 3EX4A 2FB3A 5HULA 3W7QA 1S5TA 5BRBA 4TIMA 3NL2A 5C54A 5K4ZA 3G1AA 4NQ1A 4L4MA 4X22A 3R89A 1YXDA 1W3TA 3O05A 3ZWTA 1YADA 4AB4A 2V2CA 1H7NA 3NQ2A 5K9XA 3ZS4A 3O06A 3L9CA 1H7WA 1B57A 3D0CA 3HIJA 1P4CA 3B0PA 3FKRA 1Q3NA 2FPTA 3DFSA 2E1DA 5F2LA 1NF7A 3E02A 3W7RA 2ZRUA 3OG3A 2QDGA 3TH6A 1OFDA 1O5XA 2A21A 4O19A 5D09A 3EX3A 1WOBA 2FFCA 1VCFA 2PURA 4WZHA 4O50A 3BVJA 3GKAA 3JS3A 4W9TA 5D2YA 5I3JA 1HUVA 3IVUA 1K8ZA 5EY5A 5K9CA 3DFOA 3F1QA 1R46A 4Y90A 1CW2A 1J5TA 3SSJA 2RFGA 3O6DA 1VGAA 3C52A 4N9CA 4I9AA 1FWRA 4WUIA 1ZY9A 3TNOA 5HNRA 3O8AA 4Z0JA 1DORA 2A7PA 5BMXA 3C4UA 3JRKA 1YYAA 2TMDA 2GJNA 3TDFA 2YW4A 5C6MA 2O7QA 3KFTA 4LUJA 4OV4A 2GUUA 3R13A 3NDOA 1TPEA 5K7JA 3IIZA 2QCGA 1R2RA 1ALDA 3QPZA 3GDMA 2ISVA 1D9EA 3OBKA 1RQEA 1TSIA 2ZZ5A 2PRMA 3GNDA 3HG5A 3THAA 3W7GA 3A22A 3P80A 3W1AA 5AYYA 4I7VA 2R94A 5CPLA 3PB2A 4O13A 2WNNA 1RPXA 1XL9A 2X16A 2A7RA 2Y61A 4BR1A 3TFCA 1ZFJA 3T55A 3C2OA 3C61A 3N14A 3NEVA 4DXVA 1WAUA 2HTMA 3IGUA 1JCNA 2CZEA 4N4PA 2VFEA 3ZFHA 4LS1A 1KTBA 2ZRZA 2C3ZA 2YX0A 3WK1A 3W9ZA 2EPHA 2ZZ3A 3TSBA 3MUXA 1I2NA 1VS1A 4JN6A 1D3HA 3LI0A 1TPFA 3A5VA 3FJLA 3IRDA 1AMKA 3DFQA 3WK2A 4AWUA 3UYCA 3DGRA 5LHFA 1KM1A 3GYEA 1KA9F 3F03K 5DCBA 1LLWA 1AW1A 2ZTJA 1XBZA 2XN2A 4HHPA 2CLIA 3KOFA 4H6KA 3W6YA 1TJPA 4K39A 3LV5A 2YPIA 5HWMA 3GKFA 1DQXA 1JCYA 4MFDA 2A7NA 2YXGA 3NQMA 5AHNA 1SSGA 2JGYA 5CKSA 5FESA 3QF0A 3MHGA 3G0XA 1WX0A 3W74A 1YDVA 1I2RA 1T99A 3EB2A 4Z1AA 1JVNA 3HB9A 3CIWA 5CZSA 3I68A 4AEOA 3BLFA 3KHJA 2E6FA 5LNUA 1KTCA 2J27A 3EWXA 3HG2A 1H7XA 1I2QA 4TMCA 4UTUA 3I7QA 2GQAA 1O60A 3QMSA 5L6UA 4DEFA 4QIUA 4OE7A 3W1QA 4WOQA 1LRTA 4CNNA 2P0OA 1SZFA 1ICSA 1YTEA 3SR7A 1IGSA 4O1CA 4LU0A 4DO5A 2GVGA 2NXHA 5AYXA 4DF1A 3PAJA 1KFEA 2ISWA 4ZQOA 1SW0A 3NNTA 3W70A 4BWLA 2QCFA 1H61A 1V7YA 4UR8A 4NJKA 1OFQA 3QRHA 2RDWA 2EAWA 5F2MA 2J88A 2ABAA 3TC6A 4RKAA 3W1PA 5J5RA 4CNOA 4GE8A 1GG1A 1W5MA 3KVKA 3UXDA 3KRZA 4OU1A 2QDHA 4ICNA 5FF0A 1GVRA 3C0JA 4D2JA 1QFEA 3DXIA 3A23A 4NXKA 4JYDA 3EKZA 5FEPA 3A21A 3BW3A 4CLMA 4PODA 1OF6A 1UCWA 3RFAA 1TV8A 1H62A 2E09A 2XN0A 1RQBA 1F2JA 3L66A 3LHUA 3P74A 3QSTA 2E68A 5F1VA 1F6KA 3NQ6A 3IVTA 3W22A 4YCPA 4ALDA 2NUXA 2Y89A 2WQPA 3UQNA 4QSHA 1LORA 5U4NA 3R5EA 3IGSA 3W1MA 3OEXA 4RZ4A 5TQLA 1F76A 3NPWA 4EIVA 3VKJA 1BEUA 3W7IA 1KFCA 1A5AA 1MEWA 2HS6A 3BO9A 1SU5A 3PWAA 1Z41A 4BI7A 4KWVA 4IMFA 3SI9A 6TIMA 1UUMA 1GVSA 4I7WA 3DFNA 3O07A 3KRSA 1TTIA 3FA5A 4XBKA 4O10A 1O4UA 2W79A 2G95A 3F4NA 4WX2A 1DQWA 3S6DA 3SFKA 3C56A 3PS7A 1OVDA 3UWWA 2A6NA 5EL1A 3QFEA 3QC3A 5I3FA 3UD6A 2C15A 2WNZA 2GPTA 1VC4A 4KFOA 4NXSA 3I6RA 2ZCGA 1K8XA 1LRQA 3TJLA 3UWZA 1R2SA 1G69A 3NOEA 1GYLA 3W2JA 3OA3A 3ABQA 3NZRA 2QAFA 4UC5A 2A5HA 1GZGA 4YWIA 5G5IA 1OX6A 4U4MA 4TR9A 1QDSA 4IXHA 4LVAA 1W5OA 3T78A 3KVMA 1EIXA 2A6LA 2ZA3A 3NGJA 3HOJA 2C14A 1ADOA 2Q3RA 3I65A 1Y0EA 5AN7A 2ZRYA 1MEHA 1K7EA 3BARA 4XQ6A 4O53A 1QPOA 1XKYA 1YDNA 1TYGA 3RK8A 2FB2A 2DZXA 4JYFA 2R8WA 4HNUA 4JTSA 3DHFA 3W7CA 1B4EA 4DO6A 4RJEA 2X30A 3NZ1A 4IMGA 5LNVA 4ZQNA 2VOMA 1VHCA 3VE7A 3FJ6A 3W3OA 1GOXA 4Q4KA 3W7LA 1TPDA 1PHWA 3W7PA 3MBDA 1FQ0A 4ZQPA 3KVLA 3CT7A 1LBFA 8TIMA 1FCVA 4M7TA 3MJYA 3L65A 4FO4A 2LLEA 3LCIA 3BLIA 4LRSA 4UFJA 3C6CA 1KM0A 4GUHA 2OT0A 3G1FA 1JJKA 1W54A 2PE4A 2ABBA 3HMJG 3O63A 4EF9A 2C6QA 4C1KA 1CI1A 1TPB1 3GK0A 1UBSA 4O0KA 1LOQA 2V2DA 4LS0A 2CZFA 3WJSA 1K03A 3TIMA 1G4PA 1VQTA 3LLFA 3TSMA 1THFD 5HUOA 1IXQA 4JR5A 1W3IA 5KTLA 2GVLA 3HGRA 3LCFA 3OVPA 1ZENA 3UZJA 3NQ8A 2B0MA 3VCRA 5DCDA 2NV2A 4UTWA 3E49A 1SZEA 2OZ0A 3NM3A 5LGZA 4QQ3A 2E6AA 3PY2A 3MO7A 1YDOA 4JXCA 3GDKA 5A8GA 1FXPA 1JCMP 1ICQA 1XUUA 3IGXA 1G67A 4MY9A 5F4WA 5CPMA 1TCDA 3KXQA 3RNDA 4DBEA 1J4EA 5FEZA 4O0ZA 1RQHA 1VCGA 4OHQA 1KW1A 3G1YA 5FF4A 1M7OA 3W7DA 1K7FA 4J9JA 3M1ZA 2NZLA 1LBMA 5EYWA 3FLUA 1OX4A 4HSOA 1KFKA 4YLWA 4JYEA 2V5LA 3DFTA 1TMHA 1NEYA 1WXJA 2DJXA 1AL7A 3A24A 5CG7A 3C2EA 2EGZA 2Y7EA 1ME8A 3AJXA 3W1TA 4TX9A 2EHHA 1K7XA 2V81A 4PL1A 5FEXA 3TJXA 3VI2A 1OK4A 1M6JA 3NL6A 2TYSA 4LW7A 4MZYA 3TROA 5I3GA 1OHLA 3NPVA 1JRCA 5CSSA 4K6AA 3C2VA 4FNSA 3QM3A 2X1SA 4O17A 2YYUA 4Z1BA 1H7OA 4MLJA 4UTTC 1K8YA 3O15A 1ZHAA 1PS9A 1QOPA 4JTGA 4A22A 4LVGA 1SQ7A 2VEIA 2Y6ZA 3L0GA 4AHPA 4IX2A 3PBVA 3Q94A 3A5FA 3KRUA 1OFBA 2C18A 1XM3A 4HIBA 4WJEA 5A5WA 3TAOA 1PHQA 3EXTA 1B3OA 5F2GA 2FQIA 2OX1A 1SO3A 2CLKA 2PCQA 3QH2A 4AXKA 1LRNA 4EWND 2H90A 4K8EA 3NL5A 4G1KA 3LGEA 2DORA 4AHOA 3M44A 2X2GA 2YGYA 3I7RA 4UTMA 2KZHA 1LROA 3G1DA 2DU2A 3PUOA 4TU1A 4LWWA 3T40A 4PTNA 1TPH1 1GTHA 4NJIA 3EX2A 4HNVA 3FKKA 4UTIA 1PL9A 5CGQA 5I3IA 5DCEA 2QJIA 1TRIA 3MW7A 3NVTA 1TV5A 5MHBA 2FJKA 3TE9A 1TTPA 1NAL1 2ZRVA 2H3BA 2BWGA 3O6CA 4HT3A 1JCLA 2NXGA 4JX5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4DB7 A;  4DUV A;  1BRL A;  1JUE A;  3O9N A;  4EX4 A;  4BQ3 A;  1YLV A;  4IPP A;  3L2I A;  5D38 A;  4KFP A;  1UC4 A;  1MUW A;  5HNT A;  4M29 A;  4LBU A;  2J6V A;  4LCS A;  2JEP A;  4U3C A;  3H7U A;  4NT0 A;  4WDU A;  1IXP A;  1VFS A;  2ZZ1 A;  4NJG A;  1B3W A;  1EWD A;  1W3H A;  4JFU A;  2FYM A;  5T91 A;  2WSQ A;  1YNP A;  5DMY A;  4HSH A;  3PUG A;  4FLQ A;  1R85 A;  3QHM A;  4FOK A;  5DT7 A;  1EDQ A;  4LY8 A;  4MTV A;  3GDB A;  2C0H A;  2ZZ2 A;  4MKV A;  4LUY A;  3CLM A;  4MPK A;  3SCV A;  1Z32 X;  2YDA A;  2F2K A;  3FS2 A;  2PDY A;  3MPG A;  4DIA A;  3NO1 A;  4REQ B;  3L2M A;  5C9X A;  1GCY A;  6ENL A;  1VR6 A;  4RZ6 A;  3R1Z A;  4C1N A;  3S5S A;  1HJX A;  1V08 A;  2HPI A;  3KTS A;  4XBS A;  1EYE A;  1XIJ A;  3GLC A;  1PZ2 A;  4ATD A;  3OBA A;  3N13 A;  2FPV A;  1GG0 A;  3PF3 A;  4L9Z A;  4OV9 A;  3KBN A;  3HPA A;  2GDQ A;  3APY A;  1L6W A;  1QI2 A;  4U2Y A;  3WUB A;  3REQ A;  3F5J A;  1P0D A;  2CFF A;  4PL2 A;  1IZC A;  4B5V A;  3UBP C;  4FR6 A;  3TSD A;  3H2N A;  3V36 A;  2HEJ A;  1XRS A; 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