3DFN | Genus

Total Genus 142

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	142
sequence length	363
structure length	350
Chain Sequence	PHSHPALTPEQKKELSDIAHRIVAPGKGILAANESTGSIAKRLQSIGTENTEENRRFYRQLLLTADDRVNPCIGGVILFHETLYQKADDGRPFPQVIKSKGGVVGIKVDKGVVPLAGTNGETTTQGLDGLSERCAQYKKDGADFAKWRCVLKIGEHTPSALAIMENANVLARYASICQQNGIVPIVEPEILPDGDHDLKRCQYVTEKVLAAVYKALSDHHIYLEGTLLKPNMVTPGHACTQKYSHEEIAMATVTALRRTVPPAVTGVTFLSGGQSEEEASINLNAINKCPLLKPWALTFSYGRALQASALKAWGGKKENLKAAQEEYVKRALANSLACQGKYTPSSNHAY

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Charge stabilization and entropy reduction of central lysine residues in fructose-bisphosphate aldolase pubmed doi rcsb
molecule keywords	Fructose-bisphosphate aldolase A
molecule tags	Lyase
source organism	Oryctolagus cuniculus
total genus	142
structure length	350
sequence length	363
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2008-06-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00274	Glycolytic	Fructose-bisphosphate aldolase class-I

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3dfnA00

5D2XA 3CC1A 5K4ZA 2J9ZA 2ZZ6A 4HKPA 2RDWA 1UCWA 3FJLA 3LRLA 3M7WA 3W7IA 4AHOA 4CNPA 2NLIA 1LROA 1OFAA 1GVOA 3DZ1A 1OFDA 3THQA 4CQ8A 4RCXA 4AH7A 3SZ8A 5EKYA 1W8SA 1GYNA 4JTFA 5FEZA 4IMEA 4X3ZA 4XUGA 4RKAA 4UFMA 4BK9A 3EKZA 1U5JA 1PHWA 3RLUA 3PF3A 3TFCA 1TQJA 2QCCA 1YTEA 1TPH1 3NQ8A 3TU9A 2E5DA 3Q37A 5LNRA 3RK8A 1VLIA 1ONRA 2GVGA 3TKFA 4CQAA 3P67A 3BLFA 3FOKA 1QMLA 1TIMA 1BWLA 2ZA1A 4JX6A 5KITA 1YPIA 5CG7A 4RZ4A 2RHGA 2QJGA 2ZA3A 3DFQA 3W7PA 2WNZA 2OMAA 4OHQA 1RD5A 1W37A 4XWUA 3UWYA 2W79A 5U4NA 1B9BA 1G4SA 4WOZA 3NM1A 2YYUA 3M5VA 3HG5A 5DXXA 4S2BA 2OX1A 4BI7A 1SO5A 1VR6A 3GDMA 1FUYA 4TMBA 1XDMA 3TC7A 2YGYA 3SIZA 3N3MA 1QOQA 2CLLA 2YZRA 3IRDA 2PC4A 3B0VC 4XQ6A 1RQBA 2NUYA 1O4UA 3K30A 4JTGA 4GUHA 2EHHA 4KFOA 3G1YA 4OWGA 3C2VA 4MVAA 2GUUA 4NJKA 4OQVA 2QJHA 4L4MA 4EOUA 4Z1AA 3EWWA 3NQ6A 1H7WA 7TIMA 5J5RA 4GUIA 4UC5A 2DU2A 3WK3A 5AYXA 3WFAA 3HGRA 4IGHA 3F1QA 2AAMA 1TTPA 2ZDRA 2JKAA 1EA0A 5F4SA 1JR1A 4BF9A 4LW7A 5AB3A 1HO4A 2E6DA 5BW6A 5LGXA 5K3VA 1SQ7A 4M19A 2C13A 1XBXA 4ZQCA 1SR9A 2JBMA 3S5OA 3FKKA 2NXGA 1WV2A 3FJ6A 2BWGA 1FY6A 4Y9AA 3W1UA 4KFPA 3GK0A 2HS6A 1H7RA 1TTJA 5LHEA 3MWAA 4CNOA 1H50A 3O6CA 3PSWA 3W1LA 3PY2A 2IQTA 3LHUA 2QCFA 2NUWA 3EWUA 3N34A 3FA5A 2OZ0A 1LBMA 5H2ZA 3A22A 5TBOA 2QEZA 3W7DA 2DZXA 2O7SA 1EPXA 4NZFA 2A85A 1SZEA 5E1QA 4WOQA 2CZEA 2C6QA 2NZLA 4NJHA 4ADUA 2H90A 4B5NA 3GLCA 1XKYA 3S5NA 5KTLA 3EX4A 3P62A 4MKNA 3PVFA 2RDUA 2P10A 4ZVJA 3ABSA 5AC8A 1OJXA 2E09A 2WOQA 3EWZA 3WJYA 4NX5A 4ORIA 4MFEA 1F6PA 1TPFA 2C15A 2VOMA 1AL7A 4A2RA 4NXSA 4O57A 1EP1A 5D32A 4UFHA 1OX6A 3L66A 4Y6GA 1KFJA 4IOTA 3RNDA 4HNVA 2HS8A 3GDLA 5C5YA 5CPMA 4LUJA 3TUUA 4GXMA 3Q58A 4J9JA 3ABQA 4IJBA 2ZCGA 3RF9A 5EMUA 5HR6A 1TV5A 4Y8FA 4IPIA 3QW4B 1SO6A 2B4GA 3O06A 5FEXA 1SSGA 1UASA 3PAJA 5HR7A 1I2OA 1QPOA 4S1FA 2WV8A 4YMZA 1NVMA 3GXTA 2ABBA 4KKXA 3T78A 1X7FA 2WPBA 4DO6A 2TYSA 3IIXA 3VKJA 1LOQA 3T7VA 2ZZ1A 3W1TA 5AC6A 1B3OA 2ISVA 1MZHA 2EF9A 1VHCA 4S2CA 1OFQA 3PC0A 4RXGA 4D2JA 3G24A 2H8ZA 2V8ZA 3W1AA 4UUIA 4TMCA 2VEIA 1LBLA 3OIXA 3IGSA 4O19A 2NXHA 5DCEA 5K4XA 3W1RA 2I14A 1QPRA 3RFAA 2NV2A 3TXZA 4EF9A 2WKJA 4PCFA 3F4NA 3NEVA 3SJ3A 3B8DA 2TSYA 2TRSA 3KX6A 4OBTA 2A4AA 2YPIA 2QUVA 4EVZA 2QCMA 1R46A 3MHGA 5HQEA 4MOZA 1TPVA 1C8VA 4YCOA 3DFTA 4LVAA 3W7RA 4GUFA 2R91A 3S1VA 4NNCA 5IM51 3C6CA 3QH2A 5A5WA 3ZWSA 4WXZA 3ATYA 3M0ZA 1VLWA 4WD0A 4DELA 3A24A 2XFWA 5F1VA 1G4PA 3DBPA 1VJIA 1ZALA 1TTIA 4TR9A 3I7SA 4GRSA 3T44A 3W23A 2ZBTA 3TROA 3KAOA 3OHIA 4UXDA 1XDLA 2JGQA 3LTSA 4BFAA 2ZFAA 1FWWA 1SZFA 3L9CA 1I4NA 3NQVA 3ANYA 3VE7A 1FQ0A 3A23A 1SPQA 1W5OA 3G1VA 5CSRA 3HQ1A 1PHQA 3GB6A 3C3NA 3W6YA 4GNJA 4W9TA 2Z6JA 3P81A 2JK2A 3CB8A 1AK5A 1MEWA 1FDYA 2QF7A 1K7XA 3P84A 4E38A 4EIVA 2Y70A 4JGDA 4FNPA 4O12A 1ZFJA 1N8FA 3TSBA 3QZEA 1DQXA 3GR7A 2J27A 3UWUA 4JNMA 3EWXA 3G1XA 2ZQ0A 5CZTA 4O4WA 1OABA 1PL9A 2NUXA 2NWSA 3EWBX 4HIBA 4CNNA 1JUEA 5J5DA 1EUAA 3S1XA 2V2CA 1FWSA 4LUIA 1KTBA 2E6YA 4Z1DA 1R2SA 1WBJA 1G4EA 1M6JA 3GKFA 1QCWA 4KWWA 4GUJA 1I2PA 4LS1A 1R2RA 1CX9A 1P5BA 2XN2A 3QFEA 1KM0A 4DF1A 3B0UX 4N9EA 3TDFA 3QSRA 3TMLA 5AHLA 3O1NA 1YLVA 3YPIA 4DBDA 1Q3NA 3W7HA 5G2IA 1MEHA 1PE1A 3W7MA 2ZRVA 3O16A 1FWTA 1AG1O 4QNWA 3STEA 4UTMA 2C16A 4IWWA 1PIIA 2BX7A 3W2MA 3KHJA 4DPPA 2R94A 4UIOA 2FB2A 1DOSA 1YDVA 2V81A 1TPWA 5DY2A 2ABAA 2ZZ2A 1OYAA 1UBSA 2VFGA 4MY1A 3SW6A 2J88A 2QDHA 1H7PA 3DGRA 2ZYFA 1TJPA 3H53A 3LX9A 1JCLA 4A22A 2V30A 3MW7A 3C61A 4HNTA 2V82A 4FNQA 3R2GA 3DHDA 4IXXA 3WJXA 1WOAA 3MBDA 2QUUA 3C4UA 3B06A 4NNBA 1T96A 3PG9A 3NL6A 1PVNA 3G22A 3M47A 3BV4A 4XBKA 3EXTA 1QNVA 1S5WA 3SGUA 4UCGA 4LC8A 2JGYA 1K3UA 1GTEA 5HJLA 3NZ1A 1OFPA 3MJYA 5GVJA 4OGZA 1JCJA 1GT8A 2HTMA 1FXPA 3UXAA 5FF3A 3SI9A 5BOOA 3MHUA 3MO7A 5I3JA 8TIMA 2YX0A 2FFCA 1YDNA 1J2WA 3HJZA 1SO3A 4MPQA 3PBYA 4MJZA 4RZ5A 1FX6A 2QR6A 3E02A 3L0KA 4TIMA 2DZSA 2Z1BA 3HG2A 3G8RA 4I9AA 1WA3A 5BMWA 1TV7A 1UJPA 1HG3A 1RV8A 2FLIA 3TW6A 4DBEA 4E0CA 4C1KA 2Z0IA 5G4WA 3MMTA 3W1QA 1VS1A 3DKJA 3HPSA 1JUBA 3TJLA 4PA8A 5AYYA 5HUOA 5LHFA 5LZLA 3M5YA 3CT7A 3GXNA 3P7YA 5C54A 5CZ0A 4LY8A 1S3HA 2RDTA 1FXQA 1W56A 3Q2DA 4UMBA 3W2UA 1VGAA 4NJJA 5K7JA 1JCXA 3GAKA 3C8FA 1YPFA 4YXGA 4RR4A 3PUOA 1TB3A 1BWKA 3LV6A 1P1XA 1LZOA 4IX2A 2PURA 4O52A 4ZQNA 4A3UA 1M7OA 5G1YA 1LM1A 4KFNA 3HG4A 4NXKA 1D3HA 2EPHA 3EEGA 1I2RA 2VXNA 4PC8A 2H8XA 5FF0A 3P61A 3ZR4A 1EIXA 3HO8A 3LCLA 5EL1A 1H51A 4N02A 1VC4A 3H54A 2NX3A 1K02A 1M7PA 1HL2A 1OFBA 5FI8A 2X1UA 4JIQA 4TX9A 2VEKA 4EWND 1GQNA 4WUIA 1MEIA 2GPTA 1OX4A 1G69A 1ZENA 3GYEA 2Q3RA 1VCFA 4LTSA 3I6RA 4K7VA 3UWWA 3L68A 3LCFA 1W3IA 1KFLA 1D3GA 1HUVA 4ZZ9A 3LM7A 1JUKA 4O15A 1GPWA 2CLEA 2J9YA 1WOBA 3M6YA 3L2IA 4HHPA 1DJNA 3CTLA 4ZQOA 2A7NA 4CCDA 3LV5A 3P74A 4MZ1A 3KVMA 4UTJA 2WSYA 3CPRA 3H55A 2PCQA 3NQMA 5HINA 1SW0A 3HOJA 1ZAIA 2UV8G 3NQGA 4GC4A 3ZWTA 3HB9A 3L65A 3NPXA 3SR7A 1JRBA 4PODA 3VFLA 1OFEA 4R53A 4XZ9A 4FX8A 1H1YA 3QPZA 4AWTA 3G1AA 4QITA 4IMGA 1D9EA 3LCXA 4Y90A 1WAUA 3LGEA 3PB0A 2ZZ7A 3T4CA 3IIVA 3W7OA 5DBTA 4NX0A 1R2TA 2C14A 1GOXA 1VQTA 1AL8A 2Y7EA 1S5TA 1XUUA 4LS2A 3W2KA 3W84A 2ATMA 3W75A 2NXIA 4UTTA 1G4TA 1EUNA 1O60A 4UTWA 4FNUA 2X30A 1K7EA 1TQXA 3FYOA 3W2LA 3MYPA 1GZGA 5BRBA 4AWUA 3LERA 1MO0A 1AW2A 2GOUA 3WJWA 3HGOA 2X1RA 4M5PA 4PTNA 3CU2A 2V0TA 3ZS4A 1KBIA 1FBAA 3LHVA 1DHPA 2Q3OA 3VNDA 2C19A 1IF2A 1TMHA 3G3DA 4O53A 3IVSA 3OG3A 3EX1A 2KZHA 4FB7A 3S1WA 5KSWA 2Y61A 3ATZA 4PH6A 3HBLA 3S5ZA 2H3BA 3BG5A 4I7UA 3MI3A 3STGA 1ALDA 2NX1A 4YCPA 3RMJA 4R7JA 3P5ZA 3O63A 4JTUA 1SU5A 3PUEA 4O11A 4QNEA 1TYGA 4PL2A 2XN0A 3THAA 1LRQA 4O16A 4FNSA 4ADSA 1LTDA 4NU7A 4N9BA 3UNDA 3O07A 2QCDA 3S5YA 4MLRA 2H3DA 2DORA 1ZY9A 4GJ1A 4FHAA 1Z44A 2A5HA 4CCCA 3UZJA 3Q94A 2V2DA 2VFDA 3VCRA 3LBCA 1UUMA 5K9DA 1EX5A 3U2OA 5EYWA 3E0IA 4A21A 1FCQA 2ISWA 1K8XA 2X1SA 1KW1A 1YXDA 1HO1A 4O8RA 1TPB1 3E12A 4BI5A 1O94A 3W22A 3LB0A 4OV4A 1IXNA 3OA3A 3STCA 1G7VA 2WSRA 4ZL1A 1WX0A 5FF4A 3W86A 3W7NA 4LVBA 4Z08A 3LLFA 3GIYA 4P2VA 5G5IA 4AEOA 3EX6A 3GDKA 1I8JA 1VRDA 5C6MA 4DO5A 3W87A 4ORMA 2CLIA 3E49A 4O1BA 4XKYA 2D73A 5E93A 4R34A 3FS2A 2OCZA 1DL3A 2YR1A 1W1ZA 4LOCA 2X2GA 3N14A 3LHTA 2OT1A 3W2JA 1W5NA 4HN4A 2G97A 2A7PA 3TE9A 2YW3A 1K7FA 1ADOA 1ZCOA 3NR0A 4CCEA 1OK6A 2Y62A 3NXFA 2F84A 4BI6A 2R8WA 2E1DA 3P80A 3DI1A 1JCNA 2ZRYA 4AMAA 4K37A 4UTKA 3LXCA 1ICSA 1MSSA 1WDWA 1OFOA 3NL5A 1SZGA 3CIXA 1YXYA 3NPWA 4WZHA 4UR7A 5D2WA 3P8JA 1XBZA 1W5MA 3T40A 2LLEA 2VKZG 3S9YA 4PEKA 2A0NA 3NQDA 1KM4A 3BVJA 2CWNA 1T8XA 3O6YX 1DV7A 3OVRA 1FWRA 3EB2A 2A7RA 2G96A 1KFBA 1XC4A 3TX9A 3USBA 5I3HA 1LCOA 4ALDA 4NJIA 2Y7FA 3U8GA 4AF0A 4RXFA 3NQFA 4OV9A 4WQ6A 3G0XA 1Z41A 4JTKA 1YYAA 3PS7A 5KZDA 3NAVA 2YYTA 3UY8A 4QAIA 3IVTA 4RLIA 4FF7A 1RR2A 1V7YA 4HSNA 4O0KA 1QOPA 1QO2A 1B4EA 2FJKA 5CSSA 1GTHA 1VH7A 3NPUA 1LLZA 2H6RA 2C3ZA 1GG0A 3P60A 1K8ZA 5I3FA 3INPA 3R12A 2V9DA 3A5VA 3TK7A 1A53A 4QJ1A 4MLJA 1OVDA 3W7LA 1ICQA 1IXQA 1XBYA 2CFFA 4O10A 3M9YA 5AFDA 4YL2A 2Y63A 1KLZA 4MIMA 1XFBA 2Q8ZA 3CIWA 3DFPA 3LRMA 2DZPA 4I7WA 4WXYA 1QWGA 1SSDA 3DKLA 2FDSA 2BXVA 1BEUA 1FCUA 1EEPA 1F73A 1S5VA 2QCEA 3IGUA 1OX5A 3UWZA 1ML1A 3TC6A 4LV9A 4GUGA 4JYDA 3W83A 1CW2A 3CHVA 4UTTC 3TV8A 4UTWC 5D37A 1YTDA 4N4QA 1SO4A 4OU1A 1N7KA 1JJKA 1KFCA 1Q6OA 4E2DA 2C1HA 4Z1BA 4JS3A 2OJPA 2Y85A 4MUZA 3M44A 4XBSA 3TFXA 1KA9F 3EXRA 3GR8A 4LVFA 4OE7A 3LI1A 4MY8A 4AHQA 3ABOA 4IUOA 2QCGA 4DPQA 1H62A 1A5CA 3NQ2A 4IXHA 1TRDA 4DQWA 5F2GA 2YFNA 1IXPA 5H91A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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