3DFQ | Genus

Total Genus 144

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	144
sequence length	363
structure length	350
Chain Sequence	PHSHPALTPEQKKELSDIAHRIVAPGKGILAASESTGSIAKRLQSIGTENTEENRRFYRQLLLTADDRVNPCIGGVILFHETLYQKADDGRPFPQVIKSKGGVVGIKVDKGVVPLAGTNGETTTQGLDGLSERCAQYKKDGADFAKWRCVLKIGEHTPSALAIMENANVLARYASICQQNGIVPIVEPEILPDGDHDLKRCQYVTEKVLAAVYKALSDHHIYLEGTLLKPNMVTPGHACTQKYSHEEIAMATVTALRRTVPPAVTGVTFLSGGQSEEEASINLNAINKCPLLKPWALTFSYGRALQASALKAWGGKKENLKAAQEEYVKRALANSLACQGKYTPSSNHAY

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Charge stabilization and entropy reduction of central lysine residues in fructose-bisphosphate aldolase pubmed doi rcsb
molecule keywords	Fructose-bisphosphate aldolase A
molecule tags	Lyase
source organism	Oryctolagus cuniculus
total genus	144
structure length	350
sequence length	363
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2008-06-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00274	Glycolytic	Fructose-bisphosphate aldolase class-I

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3dfqA00

4ZZ9A 1QCWA 4CNPA 3LLFA 1I2OA 1SU5A 1FCQA 1ZHAA 2NXGA 4NZFA 1LRNA 1PS9A 5AHNA 1YPIA 4RKAA 3HGJA 3DGRA 3W07A 4QIUA 3TW6A 5F4XA 1JCYA 3KOFA 3WFAA 3FEMA 2FFCA 2FIQA 3B4UA 2B4GA 3PAJA 3W1TA 1TQXA 1T99A 1QWGA 1J5TA 1H7WA 4GWEA 1NEYA 5LKYA 5H2ZA 2VEKA 2QCMA 3C52A 3M1ZA 3LTPA 2WPBA 4UTTA 4NJGA 4DO6A 5I3JA 3M7WA 4MZYA 1LRQA 2XFWA 2KZHA 1SW3A 2EGZA 1F73A 3L5MA 1H7NA 3BARA 3UWZA 3PUOA 1BKSA 4HHPA 3DH7A 3NDOA 3I7QA 4TO8A 5F4WA 4CCEA 3FFSA 4HT3A 5AB3A 3R13A 1H62A 4LV9A 2V30A 1QPNA 4MJZA 4MYAA 2GJLA 2OJPA 4O0ZA 3DU0A 4JYDA 4Z08A 4BI6A 5SWUA 3LCGA 3DFTA 3GB6A 4IOTA 1P1XA 2I9EA 3NXFA 5U7SA 3W73A 1HUVA 3WK1A 1LORA 1FWTA 4UUIA 3KVMA 3M5YA 1XI3A 3VE9A 1LBFA 1YXYA 1P4CA 2BX7A 1L6YA 3DFPA 3WK2A 4WZHA 3QEZA 3IIZA 3BG9A 1VLIA 3R12A 1FXQA 2CW6A 2Y85A 5C55A 5I3FA 2R91A 1UUOA 4O54A 4W9TA 2ZRZA 2YDAA 5EMUA 3LHVA 1HO4A 2CU0A 3PUEA 1W5MA 2DJLA 1SO5A 4UFLA 4KWWA 4K7YA 2YPIA 4K37A 4LRSA 4ZQPA 3WJYA 2AAMA 2QDGA 4YL2A 3SGUA 1H7RA 4M7TA 4FNUA 4DBEA 3PVFA 1XCFA 3ABSA 2WV8A 1FCVA 3NQFA 4LUIA 3GR8A 2Y6ZA 3PULA 3LLDA 1VGAA 4HIBA 1TPDA 1G67A 3AO0A 3O63A 3W1QA 4OHQA 3IIOA 2O7SA 1JRCA 4ZQRA 2PURA 4B5NA 1SQ7A 4LC8A 4HNNA 4IQLA 4G1KA 1AL7A 3CIXA 4JGDA 3M41A 1MEHA 3W7JA 3W84A 2JKPA 5CPNA 5I3KA 3QMTA 4POCA 4MJMA 4ZQMA 1VPXA 4O53A 2ABBA 3LDVA 5CSSA 5AHEA 4YWIA 5D2VA 3UY8A 1QR7A 2CLOA 1G4EA 2CZFA 4JTIA 3LHYA 1L9WA 2VENA 3SZ8A 3KVLA 4E0CA 5FF7A 5E93A 3BLFA 1D9EA 4TX9A 4X3ZA 5IM51 3P60A 2HSAA 2QJGA 4GUJA 4ICNA 3LHUA 1MO0A 5KZDA 2G97A 1OJXA 4P2VA 3KHJA 5D03A 4OQVA 2C16A 4FX7A 2YW4A 7TIMA 4WXZA 1UUMA 1A53A 4RV8A 1VRDA 4S2BA 2GQ9A 3W7QA 2ISSA 2WNNA 3UWUA 3QPZA 1C8VA 3N9SA 1W54A 4PODA 1TO3A 3DENA 1NFBA 3LI0A 1DL3A 2A0NA 1WBJA 5EKYA 3TH6A 1GWJA 2CWNA 1EP2A 1P0NA 1TIMA 1XBZA 1TTJA 3TXZA 3BGGA 4MUZA 1W3TA 1KM5A 1TPC1 4N02A 3INPA 1OX4A 2QCDB 1W0MA 3P8JA 3N9RA 4O10A 2P0OA 3S1UA 4DF1A 4WOQA 1HTIA 3SW6A 4GE8A 1TTPA 1GYNA 1H63A 4JR5A 2A6LA 2UV8G 3LBMA 3FLUA 2J9XA 1KW1A 3LX9A 3C2FA 4DEFA 2J24A 1SZFA 4RZ5A 3PR2A 4LVAA 1KV8A 4O17A 3BG5A 1OX4B 2GJNA 1DJQA 5CZTA 2GUUA 1H5YA 4ALDA 2DP3A 3P8IA 1SO3A 5I3GA 1GVQA 3MBDA 4I7WA 2ZA1A 4NJJA 5KITA 1WV2A 1UASA 2H3BA 4FNQA 3BV4A 3NYZA 1IXQA 1EEPA 4X22A 2NX3A 1SZNA 3NO5A 1FCUA 4JTTA 1SFLA 5K4ZA 2NX9A 4M5PA 1OVDA 4LOCA 4CQ8A 1XUUA 4LS1A 2BWGA 4M6VA 3W72A 3NPWA 3L66A 4JIQA 2X2GA 3W7GA 4PEKA 4ML9A 1YXDA 3HG4A 4AHPA 2E1DA 3ANYA 1GOXA 1R2TA 2R94A 4PC8A 2ZZ7A 3G1YA 3IVSA 2CZ5A 3Q2DA 1F7BA 2X1TA 4LWWA 1HG3A 3GK0A 3EX4A 4TMBA 2A1YA 3OIXA 5F1VA 4O12A 1BWKA 3MJYA 3MYOA 2GVGA 5AHIA 2CFFA 1XM3A 3HPSA 2I1OA 2VEIA 3JS3A 3NPVA 1KM2A 5EA9A 4BWLC 3R8RA 3Q94A 3C6CA 2ZTKA 3W2MA 1GEQA 3W1UA 4ZQCA 4TU1A 1TJPA 3FJ6A 4O13A 2HTMA 2ATMA 5ABTA 5LZLA 4JS3A 4ZL1A 2TRSA 4FXRA 5DXXA 1N8FA 3G22A 1WYIA 5AN7A 5KTLA 3M5ZA 4LNYA 1VYSX 3NM3A 2DZSA 4JDYA 4RXFA 4IGHA 3TFCA 3GZ3A 3NM1A 1SZGA 3EWWA 5FI8A 3QSTA 4NXSA 3MP3A 1JVNA 3QMRA 4O1BA 2V2DA 1KFEA 3E9AA 5D33A 5CGQA 4GC4A 3TW7A 4EOUA 3HJZA 4UFIA 3O16A 1I2QA 2NUYA 1CX9A 1KTBA 3KVJA 3DFOA 3CEUA 4LRTA 3UQNA 3W7LA 3C8FA 3S6DA 5AFDA 4GUIA 3I6RA 4S2CA 1JCJA 3EX6A 1SW7A 3GX9A 1EP1A 2YSWA 3EEGA 4H6KA 4JN6A 5DCDA 2YX0A 3PF3A 2H90A 1ZY9A 3NOEA 1EX5A 3FOKA 1H60A 2TSYA 2FQIA 1VCFA 2VKZG 4RXGA 2ABAA 4BFAA 3EX3A 3M0ZA 4FIRA 3T44A 1LBMA 2A85A 4ZVJA 2WSYA 3I7RA 3IIPA 1ZENA 4K8HA 2E5DA 5HR6A 5HWJA 3BO9A 1RQEA 4LVGA 3TMLA 1XBXA 1YDVA 3P84A 5G2HA 1LOLA 2DORA 3W1LA 3CWOX 5FEZA 3KFTA 8TIMA 1N55A 1KLZA 1K7EA 1OK6A 1YDOA 4IUOA 4BR1A 2QCHA 4JTJA 3G1SA 2JGYA 1ZFJA 4K39A 1EB3A 3Q37A 4HKPA 3EXTA 3RLUA 1KFCA 4O15A 4C1LA 2X1SA 2QJHA 4A2SA 3MI6A 5CKSA 3LCFA 2BXVA 5KMYA 3DAQA 4O1CA 1OYCA 1DOSA 3EKLA 2OMAA 3G24A 4JTEA 3GAKA 4O14A 4AMAA 4MIMA 1BTMA 1QPRA 4WX2A 5CZJA 4O1AA 1FWRA 3MI2A 3W23A 3EKZA 4OV4A 2E6YA 5HUPA 2HS6A 3RF9A 5D2YA 3NL5A 1PE1A 1NSJA 2QCGA 3O6DA 4GRSA 4LY8A 4TMCA 5U4NA 1F05A 3VI2A 2VEPA 3HGRA 1VHNA 4CQAA 4NX0A 3CLMA 4MPQA 1I2RA 1WXJA 3NVTA 1XL9A 1YXCA 5K7JA 4DBDA 1TPVA 3DXIA 5F4SA 2Q8LA 3I65A 4HPXA 5LNRA 3QSRA 3S9YA 1GJPA 4ADSA 1SR9A 2QEZA 4O4VA 5AC6A 4MLJA 1S3HA 1OF8A 3W87A 2F7FA 4ORMA 4RCXA 3ELFA 3L67A 3FKRA 3UPWA 4O4WA 4BWLA 3NQGA 3S5ZA 1KM3A 2W6RA 3VE7A 2WO5A 1TQJA 4EVZA 5HJLA 4NQ1A 4I7VA 1WA3A 4MYXA 4E38A 3QFEA 4MY1A 2CZEA 4FHAA 1PL9A 3EWUA 2WNZA 3UY7A 3T78A 5F2IA 4M6QA 1I45A 1ZAJA 4UNLA 5D02A 3DI0A 4FNSA 3LCLA 1VHCA 1JUEA 3R2GA 1HFBA 4UC5A 2P1FA 3W75A 3YPIA 1IXNA 3W7HA 1WAUA 4QQ3A 1KLYA 4LVBA 3LHTA 5D32A 4ZMGA 3L0KA 1AW5A 4AXKA 5CZ0A 1M5WA 4UTUA 3MMTA 3W2LA 3TA6A 1GVOA 4JD4A 4FIQA 4J9JA 3WJWA 4LW7A 4CQ9A 3M5VA 1W56A 4NNBA 2DU2A 1Z44A 4N6FA 1XDLA 1A5SA 4WY0F 3SSJA 3KRZA 1O94A 3LB0A 2Q3OA 2V8ZA 3B0PA 3Q58A 1Z48A 4NJIA 4K36A 1LCOA 2V5BA 1VLWA 3W70A 1YTKA 1VCGA 1O95A 3BLIA 3OG3A 3S1VA 1UB3A 1VYRA 1GVSA 5D04C 1XDMA 1CI1A 4UTKA 3UWVA 4K38A 4NU7A 1ME9A 2QJIA 3OVQA 1E51A 3CC1A 3NQ7A 4KFNA 1PHWA 3LOTA 4GBUA 4GUFA 3HF3A 1OYBA 4NNCA 1T0OA 2J6XA 1H7XA 3QRHA 1S5TA 2C14A 5EYWA 3P5YA 5TBOA 3BW3A 3G8RA 3IVTA 4DF2A 3ZS4A 1MXSA 4UTIA 3G0UA 3A23A 1LZOA 1M7PA 1QFEA 2IQTA 2Y63A 3B03A 1LLWA 3HB9A 2G95A 4JTUA 3C0JA 2OX1A 4D2JA 2PC4A 2QDHA 1B57A 4LVFA 3CIWA 4Y9AA 3NQDA 3TU9A 1OG0A 1GZGA 5BOOA 4AWTA 2QCCA 2ZZ4A 4GUHA 2PRHA 4IXHA 1NF7A 2DZWA 3PB0A 3TC7A 4UIOA 5F2GA 3DFSA 3E0IA 1XC4A 4JYFA 5BMWA 3A9IA 1ICPA 3DHDA 2J27A 3IGUA 3VKJA 3DI1A 3TKFA 4IJBA 3UWQA 3ZWSA 5EPDA 1H7OA 2NXHA 3G1HA 3HG5A 3NPUA 3W83A 4Y90A 4IMFA 1W5QA 1TB3A 3BLEA 4FX8A 1F74A 3JR2A 3NG3A 2ZZ2A 3TCEA 4JTGA 1PV8A 5F2MA 1WQ5A 3L5LA 3DKLA 3B06A 2B7QA 2QCLA 3NQMA 1TPH1 2J9YA 3P61A 3RFAA 2EPHA 1TJRA 1L6WA 1TTQA 4LS2A 2C13A 1GQNA 1B4KA 1THFD 1IIGA 3GXTA 5HUOA 2AQWA 2ZA2A 3UZ5A 3N34A 3FJLA 4O57A 3M6YA 4WOZA 2B7NA 4NNAA 4HNUA 3O05A 3TR2A 3N19B 1QOQA 1IF2A 3H53A 3C56A 1DQXA 5C6MA 2A21A 3RU6A 4M7SA 4NJHA 1EIXA 4OGZA 3W7CA 3MUXA 4LVDA 1S5WA 4UTWA 2Z6JA 5HNRA 5HULA 4UMCA 3F4WA 1W3NA 5I3HA 1GG0A 1O60A 2V81A 3CQ0A 3LERA 5FF2A 2VELA 4IMGA 4UFKA 3PY2A 3QC3A 1X1OA 1F6KA 1OX6A 1FWWA 4Z1BA 3W3OA 5CZSA 1DKWA 5K9CA 2E6FA 3LCWA 1UCWA 1N7KA 3L68A 1QPOA 1IXOA 1MEIA 1FQ0A 3CB8A 1A50A 3WJXA 2Y7FA 1ZAHA 3GDKA 1LLZA 3DKJA 3C2VA 3QPYA 3ZR4A 4GJ1A 2NUXA 2TMDA 3O06A 4O8RA 2W0UA 1B4EA 2QCDA 1Q45A 3LXBA 2X16A 3W71A 1FDZA 1FWSA 3I7SA 1Z41A 4O50A 4YXGA 2V82A 3MI3A 4JNMA 4AB4A 4JICA 2H3DA 2VFDA 3TSDA 5DLCA 5LNUA 5J5DA 4MZ8A 4Z1CA 4O28A 3GXNA 5KSWA 1GVRA 3P80A 1X7FA 3STGA 3UYCA 1OFPA 1FDJA 2DZPA 4Z0SA 2ALDA 3L9CA 4GUGA 3L21A 3QQ0A 2YCEA 4FEZA 4FB7A 3NQCA 1KFLA 3P81A 2CLFA 2VFHA 3G0SA 1JCXA 1K8XA 4JTLA 1KM4A 1OF6A 2NZLA 4RLIA 3WK3A 1JJKA 3W7DA 2VEMA 3NL6A 2FJKA 3CTLA 4WUIA 4CNOA 4Y8FA 3E12A 1VC4A 3LRLA 1LP6A 3TROA 3G18A 3NNTA 4O16A 4RJEA 2RKXA 2YFOA 4YLWA 5G1TA 3RLVA 5IBXA 1TPEA 4IPIA 3W2UA 3LCXA 4QISA 1TMHA 4QSHA 4P61A 4TR9A 3L65A 4LT9A 4EF8A 4K8EA 2WNQA 3W2KA 2GPTA 3R5EA 4N9EA 3LHWA 3W85A 2GQAA 2Q3RA 3N73A 1H1YA 3M16A 3BG3A 3KVKA 1FCBA 4E2BA 1XXXA 1Q6QA 1S5VA 4NJKA 3IV3A 3QH2A 1KA9F 3EX1A 4NUWA 2V0TA 4UTHA 5K4XA 3GLCA 5A8GA 2H6RA 5DBTA 1AG1O 3A5VA 4Y6GA 2XN0A 2GVLA 1LBLA 2O7QA 3TK7A 3UWWA 1BEUA 5I3IA 4MFDA 4IMCA 3G3DA 4O0KA 4JTHA 3T55A 3BVJA 4AVFA 1TTIA 1QOPA 4UXDA 5EBUA 4M19A 3HG2A 1QPQA 2A7PA 3GAYA 4L4MA 1B3OA 4K6AA 2JKAA 4O1DA 3FA5A 1NVMA 3NQ2A 1YTDA 5LNVA 3UNDA 3IVUA 5CSRA 3FS2A 4JTSA 4S1FA 4XUGA 2Y7DA 3U8GA 1ZAIA 1GPWA 1C9DA 1TSIA 1YTEA 4Q33A 4LU0A 2DJXA 1KFBA 3OVRA 4AWUA 3VNDA 3G1DA 2D73A 4XKYA 3C3NA 5TIMA 1OFQA 1VZWA 3A22A 3G1XA 3CU2A 3QW4B 5DBUA 3TFXA 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3HBLA 2PE4A 2Y88A 5CPOA 2H8XA 2WSRA 2QUTA 2XN1A 3A24A 5HWMA 2ZZ3A 1A5AA 4YCOA 1XKYA 2C15A 1FDYA 2CLLA 5L9FA 3BK0A 1MSSA 4BI5A 3TIMA 4Q32A 1O5KA 4KFOA 3GKFA 5D2XA 1T96A 4N4PA 3LXCA 3NAVA 4UTWC 4UR7A 3TE9A 2BLEA 3G1AA 3RNDA 3TQ0A 3N2XA 3G1VA 3PSWA 1JQVA 3P62A 4MLRA 1TPWA 3P82A 5FESA 3ABOA 2E09A 1OK4A 1K8YA 3QYQA 2NLIA 4U4MA 1EWDA 3UXDA 3LTSA 1I2NA 1JUBA 2V5LA 5EY5A 2QR6A 1RV8A 2BTMA 4N9CA 4HNVA 2R8WA 1VQTA 5FEWA 4UFJA 1OFDA 1ME7A 1PCKA 1VJIA 2I14A 3UXAA 1K7FA 1F76A 5C5YA 1ZNNA 2OT1A 2Y7GA 1KFJA 3NQ6A 3O6YX 3QW3A 2CLMA 5D05A 3GDLA 3PBUA 5D37A 4DF0A 6TIMA 1ICQA 4ZQNA 4UR8A 2V9DA 3NPXA 3UPBA 3TNOA 3TV8A 3B8DA 3LV5A 3NQEA 1R47A 1P0KA 4JTKA 1LOQA 1GTEA 3L5AA 3MP5A 4PA8A 5CPLA 1RZMA 2EKCA 1L6SA 5BMXA 4UMAA 3B04A 4NT0A 2NWSA 2YGYA 1RVGA 1JCNA 4WXYA 3W88A 3TAKA 4WJEA 4YCPA 4UNKA 4AEOA 3U6WA 4OBTA 5D2WA 2RDTA 3LCHA 2HS8A 1G4PA 3W1PA 3DZ1A 5K3VA 1EUNA 4QJ1A 2FPYA 3GXPA 4PFMA 4DPQA 1DHPA 1TV7A 3HOJA 2ZZ5A 3GIYA 3MO7A 3S42A 2GVJA 3W1NA 1W3IA 1R2SA 3OEXA 3ZWTA 3W7IA 3O15A 5IBXC 1KM0A 1AL8A 5LHEA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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