3DFS | Genus

Total Genus 140

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	140
sequence length	363
structure length	350
Chain Sequence	PHSHPALTPEQKKELSDIAHRIVAPGKGILAASESTGSIAKRLQSIGTENTEENRRFYRQLLLTADDRVNPCIGGVILFHETLYQKADDGRPFPQVIKSKGGVVGIKVDKGVVPLAGTNGETTTQGLDGLSERCAQYKKDGADFAKWRCVLKIGEHTPSALAIMENANVLARYASICQQNGIVPIVEPEILPDGDHDLKRCQYVTEKVLAAVYKALSDHHIYLEGTLLKPNMVTPGHACTQKYSHEEIAMATVTALRRTVPPAVTGVTFLSGGQSEEEASINLNAINKCPLLKPWALTFSYGRALQASALKAWGGKKENLKAAQEEYVKRALANSLACQGKYTPSSNHAY

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Charge stabilization and entropy reduction of central lysine residues in fructose-bisphosphate aldolase pubmed doi rcsb
molecule keywords	Fructose-bisphosphate aldolase A
molecule tags	Lyase
source organism	Oryctolagus cuniculus
total genus	140
structure length	350
sequence length	363
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2008-06-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00274	Glycolytic	Fructose-bisphosphate aldolase class-I

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3dfsA00

2CZFA 1VQTA 4FEZA 5E93A 5DN1A 2QAPA 3GDTA 4I7WA 3GAKA 1Q45A 3W76A 4DF1A 4CNNA 4OGZA 1WX0A 4A22A 3KVJA 4AF0A 4GFSA 2NWSA 1IXQA 2A0NA 5IBXC 1H63A 2P10A 5U7SA 1THFD 5E0KA 3W22A 4O4VA 3G1XA 2HS6A 2E5CA 3USBA 2C16A 3BW4A 4MY9A 3NYZA 3KAOA 3ABQA 4QNEA 4GUFA 1RQHA 3H54A 4Z0SA 3UWZA 1YXCA 4TX9A 5TIMA 1W3NA 4XWUA 4QQ3A 4X2RA 4NX0A 5HWMA 3N34A 3VE7A 3M7WA 4S1FA 2DORA 3O8AA 5KZMA 3TW7A 4YCOA 2G5WA 1DL3A 3G1DA 1LRTA 1W5MA 3LB0A 2FTPA 3CC1A 4GE8A 4C1LA 4UC5A 5L9FA 3S5NA 1AL7A 2ZCGA 4O54A 2YW3A 2QUTA 1M6JA 2QCCA 3PG8A 5DXYA 3N19B 1P0KA 1IGSA 2WSYA 1TRIA 4HSNA 2A1YA 3QQ0A 4WD0A 2GVJA 5AHIA 2A7RA 3TMQA 3MI3A 2Y7FA 3QM3A 1OYAA 4I9AA 2P1FA 2DZWA 3DI1A 3GIYA 4ZL1A 3T78A 3W71A 3SIZA 2FDSA 3O06A 1BWLA 3FJ6A 3W72A 1TPB1 3S1UA 4TU1A 2ZA3A 2XN2A 1W3IA 4ICNA 3O6DA 5D2VA 2DU2A 2Y7EA 1N55A 3MYPA 1YLVA 4ADTA 1H1ZA 3W1XA 3OVPA 3F4WA 4HNTA 4AAJA 4MLRA 3DHFA 1GYLA 4N6FA 3FLUA 3KOFA 5LHEA 5C55A 5CZSA 4XTDA 3HPXA 1M7OA 3L67A 1NF0A 1XI3A 2QCMA 2A7NA 2ZRWA 3K30A 1TTQA 4Q33A 1LBMA 1LOQA 3B05A 4IX0A 3W7OA 5K7JA 4N4PA 3GK0A 1ZAIA 3INPA 3NPUA 3UPBA 3W2MA 2ZZ4A 1SZEA 3S0CA 3G0XA 2ZRVA 1T0OA 1ZENA 3W1TA 2QEZA 1DKWA 1VCGA 5D2TA 4Y96A 1LZOA 3ZFHA 3SI9A 5U4NA 1ML1A 2X30A 4GUGA 4NNAA 1ZNNA 2CLOA 1T99A 4M5PA 1KM0A 1TV5A 1Y0EA 3PSWA 4FNPA 3THAA 3DKJA 4HPXA 4JGDA 5FEXA 1FX6A 2C14A 4LVGA 3PM6A 5LNWA 3A24A 5G4EA 4FX7A 2OT0A 3LTYA 4EF8A 1VH7A 3HG3A 1FUYA 2WNZA 4MOZA 3VFLA 3OA3A 1MEHA 3TH6A 4CQ9A 1TPVA 2VFFA 2V9DA 3GKAA 2X1RA 2Z6IA 4UMAA 3NAVA 4IMDA 1QFEA 4NJHA 1W5OA 3S8HA 5K4ZA 3KHJA 3TJLA 3EXSA 2NX3A 3BW3A 2I1OA 2FB3A 3MUXA 4JNMA 5I3FA 1I45A 4LV4A 1QNVA 3MBDA 3L9CA 4ORMA 1QOQA 3LCXA 3GVGA 1KV8A 2PCQA 1GJPA 5FEWA 4UFLA 1JULA 1TIMA 3E12A 3LERA 4IMGA 3S5YA 3S1XA 1PIIA 1LDCA 1YPIA 3M16A 3DH7A 4I7UA 4LS2A 4FNRA 3LXCA 1LYXA 2WQPA 2Q3RA 3OIXA 3W7LA 4Z1BA 1XBXA 4WY0B 1G4EA 1L9WA 3CWOX 2AQWA 4HIBA 4MLJA 1K8ZA 5TQLA 1C29A 2QJHA 3HGJA 3MO7A 2HS8A 5FEZA 3W87A 3FKKA 4UFIA 4JTJA 4ML9A 2RDWA 1K7EA 3W1UA 1QWGA 3EKLA 1OABA 4L4LA 1JJKA 1WOAA 1IF2A 3B0UX 3S42A 3ABRA 2A21A 2QCNA 2NUYA 4JX6A 4E2DA 4B5NA 2CLHA 4WQ6A 2VEPA 2C3ZA 3LBCA 3LLDA 3NA8A 4KKXA 4MUZA 4K36A 5D30A 2ABAA 2FJKA 3B06A 2ZRXA 3MHFA 4EWND 1EP3A 3EWYA 3SECA 3W1AA 3MHUA 3E49A 1O5KA 1ICQA 2G97A 3G1AA 4RJEA 3MMTA 1VYRA 3AJXA 3BO9A 5DY2A 5D33A 1WXJA 3LX9A 1HL2A 4H4IA 4DF2A 4XZ9A 2VOMA 3ATYA 4LS0A 2ZA1A 2ZZ6A 3KRUA 1B9BA 4O28A 1TQJA 4BFAA 1JCXA 3BLEA 2NUWA 4WY0A 2CW6A 1TPFA 1W5PA 4DO4A 2RKXA 3P5ZA 2CLEA 3C2VA 4DEFA 3C8FA 5LSMA 4TO8A 1MEWA 5LNSA 3DFNA 3WJSA 4CNPA 1LTDA 2BWGA 2J9XA 5AHMA 4NUWA 1TJRA 1KBJA 4PEKA 2CZDA 3TKFA 3DFSA 1X1OA 2QCFA 3P7YA 4R33A 3I6RA 3QJAA 3FS2A 1KTBA 3GX9A 3WJXA 5C6MA 4R7JA 3GB6A 5FF3A 3JR2A 4DELA 3R13A 2XFWA 3TAKA 1QCWA 1CX9A 5HMSA 1UB3A 2X1UA 3NNTA 2RDTA 4O4WA 4O53A 3TXVA 4HN4A 3S1VA 2Y70A 2H8XA 1KFKA 1VLIA 3M41A 3MWAA 1PVNA 3W7EA 5D04C 5CGQA 4EVZA 4C1KA 4UTUA 3QMTA 1F6PA 4O8RA 1EEPA 1F7BA 3MP5A 3W7RA 1JRBA 3VNDA 2CLMA 3FIGA 1GVRA 3GNNA 3BV4A 1WQ5A 4MJMA 4HHPA 1JCYA 5BW6A 3M0ZA 2J9ZA 4YL2A 1TV8A 1YDNA 1L6WA 1KFBA 1K7XA 1HUVA 4JICA 1OX4B 5AB3A 3DI0A 3A21A 1UUMA 4OQVA 4RXFA 3MI2A 4NZFA 1TRDA 1UBSA 4JY9A 4EIVA 2D73A 4WXZA 5AYXA 4CLMA 1TQXA 4JTIA 1HO4A 3JS3A 3PS7A 2H6RA 1KTNA 4BI5A 3C2RA 4HKPA 3NQCA 3VKJA 4DBDA 3QPZA 3OVRA 1S5WA 4X9SA 3G0UA 3PUOA 3T44A 3UY8A 1GG1A 2NXGA 2NXHA 3NQEA 1W31A 3W73A 4K39A 3LTSA 2QUUA 4S2CA 4JTEA 1VS1A 1OFAA 3IGUA 3M44A 5D2YA 4QJ1A 5K9DA 4JXCA 1QPRA 4UR7A 1VHCA 4ZQPA 4WOQA 4RV8A 3GDLA 2VKZG 3EXRA 3W2NA 4Z1AA 1SSGA 2CFFA 1GEQA 1I2OA 1PCKA 1UUOA 3C56A 1P4CA 3TXZA 5AOUA 3C3NA 2EPHA 3W85A 3GKFA 4POCA 1YXDA 3DFTA 3W2LA 1GWJA 3Q58A 2YPIA 3HJZA 4LC6A 1YPFA 1XDLA 3SGZA 1OX4A 1EA0A 3W7KA 2DZVA 3KVLA 4NT0A 4Y90A 1T8XA 5FF7A 8TIMA 5F2LA 3TDFA 3NL5A 2H8ZA 4K7YA 5IM51 4NX5A 3FKRA 2Y62A 4LRTA 1I2QA 4JEQA 4YXGA 5FF0A 3MBFA 3W7MA 4NXSA 5K9CA 4AH7A 3MW7A 4Q32A 2GJLA 2WKJA 2B7OA 3HGSA 3EWZA 2R94A 3JRKA 2OX1A 2RFGA 3P67A 2YGYA 2LLEA 4IXXA 3PF3A 2TRSA 4IGHA 3R12A 2Y7GA 3GLCA 1W3TA 3NQGA 1SO5A 4UFJA 4EF9A 1DJQA 2YDAA 1J2WA 3S1WA 5KINA 1V5XA 2ZDRA 2PE4A 1CI1A 3FYOA 3LXBA 3G1VA 1YDOA 1Z48A 1PHWA 1A5CA 4JY8A 3L5LA 3DFOA 4MZ1A 2B0MA 4M7TA 5AC6A 4Y9AA 3Q2DA 1LRNA 1QR7A 2GVGA 3QEZA 1RPXA 4JYFA 3W1NA 3LCIA 4JTUA 3HQ1A 5HR7A 1SO3A 3W7PA 2ZRYA 4FXSA 1L6YA 3UXDA 5LGZA 4K8EA 4PODA 3IEBA 3NL2A 1R2SA 4O18A 5F2IA 1DOSA 3RU6A 2Y85A 1DORA 4A29A 3LCHA 4FXRA 4PC8A 1EX5A 1QPQA 1EB3A 1X6UA 1MXSA 5LKYA 4PL2A 1VCVA 1RR2A 2AGKA 3LRKA 3EXTA 1VPXA 3NQFA 2QDGA 1L6SA 5CSSA 2X1TA 3A5VA 1JQVA 5AYZA 4WUIA 5EL1A 2A6LA 1JR1A 2YFOA 1X8FA 3N2MA 1W54A 5EYWA 1TYGA 5C54A 1TREA 1AW5A 1U83A 4U4MA 1I8JA 1FXPA 1G7VA 3C61A 5L6UA 4O52A 2ZTKA 1AG1O 3DFQA 3N3MA 4IMCA 3WK1A 4S2BA 2V0TA 4CQAA 2WPBA 5AHEA 2NX9A 3H55A 2C15A 4DF0A 3SFKA 2FPYA 1JCJA 3WJWA 5FF4A 4KFNA 1ZFJA 3MP4A 3TQKA 3BGGA 4OBTA 3TJXA 1DQWA 1MZHA 1RV8A 1S5VA 1YTEA 1XKYA 3CPRA 3EX4A 3CEPA 3HB9A 2ZBTA 1IXOA 4N9BA 2QCLA 3TIMA 2GVLA 3UZ5A 3A9IA 1A50A 5CKSA 2E5DA 3LCFA 3LDVA 3OVQA 1QO2A 5F4WA 1KM2A 1LRQA 2EHHA 3BGJA 2J27A 1K03A 3C0JA 5KZDA 1ZCOA 3G3MA 3QQ1A 3W1RA 2ZZ7A 2EF9A 4ZQRA 3L2IA 3DENA 4UMBA 3P62A 2ATSA 3NM3A 4IPJA 4AWSA 3IVUA 1K8XA 1Z42A 3M5YA 4RZ4A 1KW1A 2FQIA 4JR5A 5HUOA 2GOUA 1ZALA 3ABOA 3W9ZA 1W8SA 3DZ1A 3MHGA 1TPUA 5CPNA 3QW3A 5F4SA 1IIGA 2NV1A 3W6YA 3M6YA 4JDBA 1P0NA 1Q6QA 1G4TA 3PWAA 2TMDA 1OYCA 4IMFA 4ZQOA 5I3KA 4JS3A 3TE9A 2Y61A 4BF9A 4IJBA 1AMKA 2XN0A 3PBVA 1GTHA 3MP3A 3PAJA 4PL1A 1EIXA 3RF9A 3TFXA 4WZHA 3L0KA 2GPTA 5AC7A 5G1YA 3GXNA 3NPVA 5HNRA 1I2PA 2X2GA 4A2SA 4N02A 3TFCA 5MHBA 1TB3A 2DZXA 1QMLA 4GXMA 1JQXA 3STGA 3EX6A 5SWUA 5G1TA 2QJIA 1FCVA 3B03A 3E96A 4O11A 3L5AA 2R8WA 5ABTA 3ATZA 2OJPA 3EX3A 1QO5A 3UWUA 3G0SA 5CSRA 5TBOA 3BVJA 3N9SA 2F7FA 5AFDA 4JTHA 1NSJA 3TW6A 4BR1A 4MFDA 2VFEA 1R2TA 3GDMA 4UNLA 2E6FA 1DV7A 2QCGA 2QAFA 3W1LA 3P84A 3NQMA 4JYEA 1FWWA 2HMCA 2WV8A 4M6QA 1A5AA 1RD5A 3DBPA 1DJNA 2DJXA 2EGZA 3WK0A 3NQVA 3HF3A 3O1NA 5F4XA 1VGAA 2BX7A 3W7JA 4UTMA 3NZRA 3GDRA 1ONRA 1XC4A 4M19A 6TIMA 2QUVA 2E77A 1P1XA 4Y8FA 3O63A 5K2ZA 1RVGA 5AHFA 1FCBA 3U6WA 2CZEA 4PFMA 3V1PA 1J5TA 1WBHA 1ICSA 3RK8A 1I4NA 1VRDA 1FWSA 1XDMA 1H7PA 3RLVA 4CCDA 2FFCA 2VXNA 4W9TA 4KWVA 4GUIA 3IGXA 4IQLA 3R2GA 2WSRA 2DZTA 3L0NA 3UWYA 1LM1A 4Q4KA 4Z1CA 4N9DA 3IVSA 5KMYA 3IGSA 2GQAA 3O6CA 4DPPA 3QFEA 3W2KA 3UQNA 1SW7A 5D2XA 2Z0IA 4H6KA 4NJIA 5HINA 5BRBA 4IXHA 1BTMA 3ABSA 1PE1A 3MJYA 1AL8A 2WNQA 1B4EA 3M47A 2RH9A 3TCEA 1FY6A 4IX2A 3KFTA 4UTWA 3GR7A 3HG4A 5FESA 2YYUA 5D38A 4L4MA 3W3OA 4ZQCA 4O13A 1LBLA 3PUEA 2FIQA 5DCEA 4JTKA 3DXIA 1WV2A 2W0UA 4MKNA 5I3HA 2XN1A 2CLIA 1KTCA 3NXFA 1LP6A 2YYTA 3QRHA 1SUXA 1H1YA 3DU0A 3NG3A 1GVQA 5KITA 3NL6A 1SFJA 2Y6ZA 4QNWA 3NPXA 2E6AA 1G7UA 3NM1A 3CTLA 1KFEA 1F2JA 3D0CA 3TAOA 3CIXA 3W23A 4DO5A 2A7PA 3LHWA 3G1YA 4XTIA 3WK3A 1PS9A 3W1MA 3CIWA 1PCWA 4GWEA 1VYSX 3CEUA 1R30A 4LWWA 1OFRA 1OK4A 2V81A 3N73A 4UTWC 1SFLA 4ZVJA 2VFGA 3NOEA 2NV2A 3QW4B 1RZMA 3TQVA 1IIHA 3G24A 3F4NA 4O1CA 4LT9A 2E09A 2OMAA 3GXPA 3UPWA 4OU1A 2E68A 5CPMA 3SZ8A 4AEOA 1FDZA 3PY2A 3PSVA 4LVDA 1GT8A 1UASA 1GZGA 4M6VA 4WY0F 3WJZA 2CLFA 3RMJA 5D37A 1PV8A 3UYCA 2A5HA 4Z0JA 2YX0A 4HNVA 5K9XA 3QYQA 4GNJA 3N14A 3W7HA 4K38A 1Q6RA 3LTPA 4NJJA 3QC3A 5J5RA 2ALDA 3OG3A 4CCEA 2YCEA 3B04A 1FWRA 2WSQA 3U8GA 3P81A 3IIPA 3LV6A 3ELFA 4X3ZA 4MPQA 3KRSA 5I3GA 4CCCA 3BW2A 3KVMA 4N9CA 4MYXA 2TYSA 2PURA 1XBYA 3NQ6A 3PG9A 5AC8A 2BSLA 2J9YA 3IIZA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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