3DFT | Genus

Total Genus 141

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	141
sequence length	363
structure length	350
Chain Sequence	PHSHPALTPEQKKELSDIAHRIVAPGKGILAASESTGSIAKRLQSIGTENTEENRRFYRQLLLTADDRVNPCIGGVILFHETLYQKADDGRPFPQVIKSKGGVVGIKVDKGVVPLAGTNGETTTQGLDGLSERCAQYKKDGADFAKWRCVLKIGEHTPSALAIMENANVLARYASICQQNGIVPIVEPEILPDGDHDLKRCQYVTEKVLAAVYKALSDHHIYLEGTLLKPNMVTPGHACTQKYSHEEIAMATVTALRRTVPPAVTGVTFLSGGQSEEEASINLNAINKCPLLKPWALTFSYGRALQASALKAWGGKKENLKAAQEEYVKRALANSLACQGKYTPSSNHAY

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Charge stabilization and entropy reduction of central lysine residues in fructose-bisphosphate aldolase pubmed doi rcsb
molecule keywords	Fructose-bisphosphate aldolase A
molecule tags	Lyase
source organism	Oryctolagus cuniculus
total genus	141
structure length	350
sequence length	363
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2008-06-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00274	Glycolytic	Fructose-bisphosphate aldolase class-I

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3dftA00

2FLIA 2RHGA 3EWUA 4QSHA 5HJLA 3HF3A 4NX0A 3W7EA 3W2JA 3N9RA 3L66A 1YPFA 2B0MA 1XBXA 3CWOX 2QF7A 1LYXA 2DJXA 5D37A 5C55A 3N2XA 3G1XA 1RQBA 1D3HA 4FNRA 2WJZA 3CHVA 3LXCA 1JJKA 4FEZA 4XWUA 3STGA 1WA3A 3CEUA 4Q4KA 3TKFA 2CLOA 2YCEA 4UNKA 3ATZA 1LOSA 1NF7A 1NF0A 1TTIA 1FX6A 4QQ3A 4O11A 3ABOA 4GUGA 5KZMA 2V9DA 4ZQRA 1OYBA 1P0NA 1ADOA 5CPOA 4A21A 5K4ZA 3AO0A 1TPFA 4MJZA 4DO4A 2Y6ZA 1FBAA 4PL2A 1HUVA 2EGZA 4YMZA 2RDWA 2CU0A 1ZAHA 3TNOA 4MVAA 3KAOA 3BLIA 2CFFA 1F6PA 3QH2A 4DBDA 1TQJA 2FJKA 2J24A 5CZJA 3G1SA 3NDOA 2DZVA 1XDMA 2V5BA 3SY5A 5AC8A 3INPA 1P5BA 3LHWA 3W87A 2R14A 2QCCA 3UY8A 3MYOA 3FA5A 1OFPA 3DI0A 4LNYA 2CZDA 2UV8G 3A5FA 3BW3A 3SGZA 1W5PA 3NEVA 3PUOA 1S3HA 3UWQA 1I2PA 1RQHA 2Y88A 2HMCA 1H7RA 4N02A 5IM51 3U2OA 2DZWA 2WV8A 1SW7A 5DY2A 2EKCA 1QO2A 2F84A 3IGXA 2H3DA 2YW3A 3PBVA 1H7OA 1CX9A 1DJNA 4UTUA 3W72A 3TQVA 1CW2A 1VR6A 1EIXA 4K8EA 8TIMA 1ZFJA 1SZFA 3PBWA 3S5YA 4LUIA 1FY6A 3ZWSA 4TU1A 5I3HA 4DQWA 3P5ZA 2GVGA 1WDWA 4G1KA 4MIMA 1XM3A 2GQAA 3QPZA 4UMBA 1IXQA 1F74A 1LLWA 3P7YA 5DXXA 1J4EA 3CB8A 3TMQA 3O6DA 3HJZA 5H91A 3S5NA 1I2RA 1O60A 4HNNA 1THFD 3WJXA 2C15A 3NL3A 1C29A 5EL1A 1W37A 4S2CA 3IIXA 3BPWA 1GVFA 3ABQA 3OHIA 1GTEA 2W6RA 3W7DA 3G24A 2V2DA 3MBDA 1XDLA 5K9XA 3WK0A 2HS8A 3W2UA 3W74A 1MEIA 5FESA 2E6DA 2OMAA 1H7XA 4MKNA 4ALDA 4XQ6A 3W7RA 4I7WA 3GDLA 1H63A 2VEIA 4KFPA 3LB0A 1EEPA 1F2JA 3WK3A 4JDBA 3W7HA 1OG0A 1VCVA 1ZALA 4HIBA 1GG1A 1JCYA 2A85A 3W07A 3KRUA 3UZJA 1XFBA 1AL8A 3WK1A 4JY8A 4AEOA 4K37A 2GQ9A 2QUUA 4JDYA 2Y61A 2NV2A 1C9DA 4OWGA 2CZ5A 4O1CA 4HNTA 1QO5A 1ZENA 4OU1A 3DBPA 3U6WA 2E6YA 4FX8A 3P80A 1TIMA 1GG0A 2OT0A 3QQ1A 2PRLA 3DFOA 4LVFA 5AHEA 3L5LA 1D3GA 3FLUA 1H62A 5CZ0A 4UTWA 1K8XA 4PC8A 3C0JA 2GOUA 2A6LA 2P0OA 4BK9A 2NV1A 4CNPA 3P62A 3SJ3A 1OFEA 4MY8A 1TSIA 4LV4A 2G5WA 3GKFA 1Z42A 4IWWA 3USBA 3D0CA 4OT7A 2BX7A 5KZEA 3W7NA 1GJPA 3L68A 3TJLA 2Y7FA 4UFIA 3LCLA 3MHGA 1W8SA 5K4XA 3KVKA 3EEGA 3WJWA 3P60A 3CLMA 1VQTA 5LZLA 1LDCA 3TX9A 2B4GA 3RMJA 1HO1A 3ABSA 3HPZA 5FI8A 5CZSA 3P8JA 2ZZ6A 1GYNA 3DKJA 3NYZA 3GXTA 3P81A 5LGXA 4NT0A 1FXQA 3STFA 2GJNA 3PM6A 1OFAA 1V5XA 2EAWA 1E51A 3N19B 4FO4A 5CPMA 4LC8A 1ZHAA 3FKKA 3E96A 3R12A 3FYOA 5CZTA 3YPIA 4POCA 2CZEA 5LNSA 2CLKA 5LNRA 2QCFA 1DOSA 3UYCA 4MFEA 4DPQA 1DV7A 4AVFA 2E09A 2OX1A 2TPSA 3U8GA 3R8RA 2J9ZA 2X1UA 4GFSA 4BI5A 2XN1A 3UZ5A 4QITA 1DKWA 1FXPA 4NNAA 3DAQA 3EX3A 3PR2A 1F5ZA 2GVLA 4O52A 4IX2A 1AK5A 3NOEA 2ALDA 1TQXA 4ZZ9A 1MO0A 2V5LA 4XBKA 1JVNA 3WJSA 4LVDA 3NPXA 4O4WA 3BLEA 3L0NA 4A2SA 1JUEA 3C4UA 5K9CA 3ZWTA 3W7JA 3F1QA 5HULA 5BMWA 3W1NA 2A4AA 2NUXA 4I7UA 2NXHA 2TRSA 1F05A 5FEXA 1ZAJA 3P84A 5TQLA 1DVJA 4K7VA 2V2HA 3KVMA 3UXDA 1ML1A 2C6QA 4JX4A 3O16A 2H8XA 1O5KA 4HHPA 1DBTA 2FFCA 3B03A 1GQNA 1VCGA 4Y90A 5AHFA 4R33A 3O06A 3TQKA 1PL9A 4WJEA 4EWND 1R2RA 4AXKA 3S8HA 4O16A 3PF3A 4UXDA 5AHMA 4YWIA 3LRMA 3HO8A 4O13A 1DL3A 4K7YA 3VE9A 3W73A 3MHFA 3A21A 4GWEA 1LP6A 2R91A 3MI3A 3LCHA 4JTJA 2OJPA 1MXSA 4WD0A 5AYZA 1EP1A 1SZGA 4HPJA 1GT8A 3LCGA 3TA6A 2H8ZA 3EX1A 3R5EA 2I1OA 1QNVA 2GJLA 4Z0JA 3TSDA 2C14A 2YYUA 4K38A 4UNLA 4EF8A 3LV5A 3UQNA 1TCDA 1RV8A 3TCEA 4XKYA 3EXTA 2WOQA 4RR4A 3P82A 2W79A 1QDSA 2G97A 3EXSA 5DCDA 4Z1AA 2YPIA 2A7PA 1SW3A 1W3NA 4AWUA 1EWEA 3W1PA 5KZDA 3PWAA 4PH6A 2DZXA 1VYPX 3HG3A 4GUIA 5FEWA 4DF2A 4RZ6A 2A5HA 3G1HA 1WBJA 4WUIA 1J5TA 2V8ZA 4BWLA 4QM1A 2ZTJA 1IGSA 1I4NA 2JGQA 1M7OA 1X7FA 1WQ5A 1FQ0A 1TPEA 1X1ZA 1LORA 1WOBA 4K39A 2Z2UA 5I3IA 3WJZA 3C8FA 5EKYA 1OYCA 3IIVA 4MZYA 4O4VA 3W75A 1YXYA 2NXGA 1YPIA 5E1QA 2ZRXA 1FDYA 4AHOA 4NJHA 2XN2A 3W1UA 1KFJA 4IXXA 2QCDB 1SQ7A 1ZY9A 4N4PA 4WX2A 1OFOA 1P4CA 2BXVA 3M47A 1OK6A 4O0KA 3FIGA 1JCLA 1QMLA 3A22A 4HKPA 5EY5A 3LBCA 2PRMA 4HPXA 5KITA 2QEZA 3M6YA 1TO3A 4FF7A 5BOOA 2OT1A 1NVMA 4RK8A 3HQ1A 5AYXA 1RQEA 4N6FA 4JTFA 1H5YA 1BEUA 1R2SA 3EX2A 3NA8A 3E0IA 5CGQA 3UY7A 3HMJG 1T0OA 1KFEA 2Y89A 1CI1A 2ATSA 4ORMA 3TE9A 4PFMA 4X3ZA 5G4EA 2Z1BA 1TTQA 4KWVA 1EB3A 1ZCOA 4YCPA 3W6YA 1F7BA 3HGJA 1EP2A 3W71A 4D2JA 5H2ZA 3QZEA 1G4SA 3IIZA 2B7QA 4U4MA 1G4EA 3SZ8A 1MEWA 1OVDA 1G6CA 3MHUA 3W1MA 2QDHA 2Y7EA 2WPBA 1XKYA 1T8XA 2QJIA 4XUGA 1IIGA 5C5YA 1KLZA 3C2OA 1C8VA 1VZWA 4FNUA 1JQXA 2VFEA 3MW7A 3A9IA 4R7JA 3MBFA 5FF3A 1N55A 4HT3A 1TTJA 3FJ6A 1I2QA 1Z44A 3DGRA 5AC7A 1WOAA 3GZ3A 1FWRA 1DORA 3W7GA 1TJRA 3RFAA 2E6FA 4UMAA 4FNQA 3WK2A 3EKLA 2FB2A 1W31A 1LROA 4JTKA 4UFLA 3M41A 3TROA 3QF0A 3MO7A 3HG5A 3GLCA 4HSNA 3NQFA 3M5VA 5SWUA 2QKFA 4C1KA 2FPYA 3QEZA 1G69A 2YYTA 2ZZ3A 1F73A 4JTSA 3TSBA 4JTTA 4LV9A 2E77A 2TYSA 4WOZA 4WY0B 4FX6M 1XXXA 4S2BA 1PCKA 3H53A 5D09A 4JNMA 2FQIA 3BGJA 3QMTA 1HO4A 1VYRA 1OABA 3PG8A 3RLUA 1W56A 4JTEA 1MEHA 2YFOA 3I7SA 1W5NA 1TMHA 4ZQOA 2WKJA 1KTBA 3UPBA 4DXVA 1XBVA 4MZ1A 2PE4A 2Q3OA 3ELFA 1GWJA 3S0CA 4UFKA 1LRQA 1VLIA 3P67A 3PC0A 2RFGA 1RR2A 3LGEA 3A24A 5F1UA 3RU6A 3LHTA 3E49A 1OF6A 3MJYA 2NUWA 4O19A 3EKZA 4BWLC 3I68A 1OX5A 3VKJA 2CLMA 4JN6A 2GVJA 5AHIA 4N4QA 3O63A 4E0CA 3C3NA 2H3BA 2I14A 3QYQA 2NZLA 2RDTA 1SPQA 4N9BA 1HG3A 1Q6QA 2BLEA 2Q8ZA 1GVOA 2NXIA 3CIWA 3TR2A 5ABTA 2BTMA 3TH6A 1OFDA 4NZFA 4LU0A 3RNDA 3C2VA 3ZFHA 2ZA2A 1KFKA 5LSMA 5FF4A 4DELA 1EUAA 3M7WA 4PEKA 4CNNA 1XI3A 2W0UA 5EPDA 2X1TA 3IVTA 3DKLA 3ZS4A 5CPLA 4K6AA 4UTTC 4RJEA 4E38A 3T4CA 3R2GA 3NG3A 3DH7A 3NQDA 3O05A 3O15A 3B04A 2ATMA 3QRHA 1OX6A 3B4UA 3O1NA 1FWNA 4LVAA 3EX6A 4QIUA 1GZGA 3IGUA 4O12A 4I9AA 3B0PA 1LCOA 3P5YA 1LTDA 3DZ1A 4MYAA 4AF0A 1QOQA 3NO5A 2AGKA 4BFAA 5F4WA 2VXNA 2NX3A 5CG7A 1S5WA 3I7QA 4WZHA 4O17A 4IPIA 4EVZA 4IOTA 2A2IA 1A5AA 2WQPA 4JD4A 1VLWA 1QR7A 4NJGA 2DZSA 2DP3A 2AQWA 2JK2A 5G1TA 3L65A 5DN1A 2VFHA 5F2LA 3EWBX 5K7JA 2ZRZA 1SZNA 3G1DA 3LLDA 1UCWA 1XBYA 3I65A 3BG5A 5KSWA 4UTJA 1VH7A 4XZ9A 1KM2A 1Q6LA 3C2EA 2VEKA 3W7LA 1KTCA 5DELA 3M1ZA 4NQ1A 4LC6A 3HG4A 5C6MA 2HS6A 4K8HA 5D30A 3LHVA 1W1ZA 2X1RA 3QMSA 1K8YA 3A5VA 3OVPA 3CTLA 3THAA 4CQAA 3KOFA 1OFQA 5HNRA 3G8EA 3A23A 1I45A 1R2TA 5LNVA 1ALDA 4FNTA 1YYAA 2E5BA 1QPQA 3DFSA 3T78A 2QR6A 4FXSA 3GR8A 3DU0A 1G7VA 3G3MA 4L4MA 3N14A 2JBMA 5D33A 4O10A 3GX9A 4QNWA 5T26A 4ICNA 1H7NA 2ZRWA 3Q58A 4FIRA 5LGZA 3LRLA 1KA9F 2H6RA 3CT7A 4BR1A 1DQXA 2X16A 3L9CA 3NM3A 2QCGA 5E0KA 1U83A 4AWSA 3UNDA 1LOLA 3PBYA 3G1YA 3NZRA 2B7NA 3C61A 2ZDRA 1L6SA 1M6JA 3FKRA 3DFTA 1JUBA 5K9DA 1KFCA 2QUVA 3FOKA 4UMCA 3BW4A 3MWAA 1T99A 3NZ1A 3TAOA 4X9SA 1D9EA 3CWNA 5CSSA 3ATYA 3N3MA 1QOPA 3OA3A 5J5DA 1OFRA 4R34A 3NQEA 2NLIA 5FF7A 4NNBA 2A6NA 3PULA 3HPXA 3W7IA 4XTDA 3BGGA 5G5IA 1I2NA 2YR1A 3QM3A 2FPVA 1LRTA 3O6CA 2ZRYA 3PBUA 5I3JA 5BW6A 2VFIA 4DO5A 5F2IA 4AF0B 4MLRA 3WJYA 2NX9A 3OBKA 2CLEA 5HINA 4IUOA 4B5NA 4FNPA 4IPJA 4HNUA 3F03K 1X1OA 4JTLA 3PSWA 1H51A 3LCWA 4UR8A 1FWTA 1GVSA 4ORIA 2WSYA 1Q3NA 1SSGA 1ONRA 1LLZA 2ZZ1A 3BG9A 4UIOA 4UTKA 3H54A 4OV9A 4FXRA 1XUZA 3PUDA 1A50A 4N9CA 3W22A 1JRCA 2OZ0A 3M0ZA 1B3OA 4NUWA 4LRTA 4N2YA 3QMRA 4DBEA 5D2YA 1PIIA 1S5VA 2CWNA 1TV7A 3G0UA 2ZBTA 3ABRA 3S1UA 2XFWA 4GRSA 1KFBA 5AB3A 5AN7A 5I3KA 5HWNA 2QAFA 2QCDA 4Y6GA 4LT9A 1O5XA 3I7RA 5LKYA 1TTPA 1BKSA 4H3DA 3LRKA 4N9DA 2ZYFA 3PS7A 3FEMA 1XL9A 4TX9A 3B0VC 1IXNA 2E5CA 1KM1A 2PURA 3LV6A 3N2MA 4JTUA 5HR6A 3LTSA 3UPWA 2R94A 3C2FA 3W88A 3UWVA 1H61A 5HWJA 5FEPA 3NQMA 3QQ0A 2QUTA 3QC3A 1SSDA 4O57A 4H4IA 5AYYA 3CQ0A 3N73A 4JR5A 1U5JA 1UASA 1YDVA 1Q45A 2QCEA 1FCUA 1SO4A 4IGHA 1FUYA 4IMGA 5AFDA 3NL2A 2GUUA 5C54A 1KW1A 4BI7A 4AHQA 4YCOA 4JIQA 1QPNA 4WY0F 4LOCA 4QNEA 1UUOA 2QJGA 1PHWA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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