3DGRA

Crystal structure of human nampt complexed with adp analogue
Total Genus 168
50100150200250300350400450020406080100120140160
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
476
structure length
464
Chain Sequence
FNILLATDSYKVTHYKQYPPNTSKVYSYFECREYEETVFYGLQYILNKYLKGKVVTKEKIQEAKDVYKEHFQDDVFNEKGWNYILEKYDGHLPIEIKAVPEGFVIPRGNVLFTVENTDPECYWLTNWIETILVQSWYPITVATNSREQKKILAKYLLETSGNLDGLEYKLHDFGYRGVSSQETAGIGASAHLVNFKGTDTVAGLALIKKYYGTKDPVPGYSVPAAEHSTITAWGKDHEKDAFEHIVTQFSSVPVSVVSDSYDIYNACEKIWGEDLRHLIVSRSTQAPLIIRPDSGNPLDTVLKVLEILGKKFPVTENSKGYKLLPPYLRVIQGDGVDINTLQEIVEGMKQKMWSIENIAFGSGGGLLQKLTRDLLNCSFKCSYVVTNGLGINVFKDPVADPNKRSKKGRLSLHRTPAGNFVTLEEGKGDLEEYGQDLLHTVFKNGKVTKSYSFDEIRKNAQLNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
publication title A phosphoenzyme mimic, overlapping catalytic sites and reaction coordinate motion for human NAMPT.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nicotinamide phosphoribosyltransferase
total genus 168
structure length 464
sequence length 476
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.4.2.12: Nicotinamide phosphoribosyltransferase.
pdb deposition date 2008-06-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04095 NAPRTase Nicotinate phosphoribosyltransferase (NAPRTase) family
A PF18127 DUF5598 Domain of unknown function (DUF5598)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3dgrA02
1TB3A 3NQ8A 1MZHA 1B3OA 5F4XA 3O63A 4OHQA 3TC7A 3I65A 2OT1A 2QCCA 2CU0A 3W2NA 4O8RA 4BFAA 4FNSA 1S5VA 3ZWSA 3H53A 2ZZ6A 3O05A 2DZUA 3LTPA 3BW2A 2Y7FA 3I68A 4IMEA 3IV3A 3WJSA 1D3HA 4I7VA 1EIXA 3TNOA 3PUDA 3OHIA 2FQIA 2RFGA 2J9ZA 3W1RA 1OFOA 2EHHA 5LKYA 2XN0A 3TQ0A 5DY2A 4DELA 1VYSX 3C3NA 2XN1A 4E2DA 3W1TA 1DVJA 1K03A 1JUBA 2ATSA 4UFKA 2WSQA 5E93A 2Y63A 3O1NA 3TUUA 3O6YX 4BWLA 3MWAA 1XM3A 2Z2UA 3CIXA 2NWRA 5G4EA 2GUUA 4LC8A 3SFKA 4UTJA 4O17A 2H6RA 1QPRA 4M6VA 3QRHA 4OV4A 3FLUA 4O57A 5LHEA 1AMKA 2C1HA 2W6RA 4GRSA 1C8VA 3O06A 2A0NA 2IQTA 3DI1A 2C6QA 3QJAA 2F7FA 3ZR4A 5CZJA 2ZBTA 3MYOA 4LS2A 1EEPA 4Z1DA 1RZMA 4Z1CA 1OX4B 3KFTA 4JYDA 1H1ZA 3M9YA 1H50A 1D9EA 2AQWA 1JR1A 5KINA 3R13A 4CNOA 1FDYA 1TSIA 4I7UA 3W88A 2YFNA 4NX5A 3GYEA 3UY8A 3L0KA 3W7QA 2VKZG 4HIBA 2FB2A 1GYNA 4E2BA 4WXYA 4YCOA 4AHQA 1JCNA 3L68A 2DU2A 2ZA1A 3QSRA 5K9DA 3O15A 5EA9A 3ABRA 3QSTA 5K9CA 4JTGA 1AL8A 3W7MA 1EUNA 1KFKA 3QZEA 4PODA 4MY1A 4GJ1A 5F2LA 3OVRA 4POCA 4O0ZA 1KFLA 1TQXA 1OF6A 3G3DA 3G8EA 4JDYA 3OIXA 5AYZA 1VLIA 5LHFA 2WSYA 4XKYB 5D30A 2E09A 3M47A 1OX4A 2I9EA 1H5YA 5DY3A 1H7WA 5U4NA 5DCBA 1VGAA 4OGZA 5T26A 5FF3A 5D2WA 4UR7A 3WFAA 3GNNA 2EKCA 4I7WA 3NQ2A 4DBDA 5F1UA 5CPMA 3G0SA 3HGSA 1AK5A 1ALDA 4ML9A 3NGJA 2VELA 2PE4A 1F7BA 1OFEA 3DKJA 4RXFA 3W1UA 4RZ5A 3WK2A 1MXSA 3L21A 5I3IA 1L6WA 1XKYA 4HNTA 2Q3OA 4IWWA 4YL2A 4GFSA 4WQ6A 2OT0A 4MLJA 4CQAA 2JKPA 4UTMA 3A21A 3EB2A 3QW3A 1W0MA 2R94A 3KVLA 3RF9A 2WNNA 2JKEA 4X9SA 1YTEA 3TSDA 5HR6A 2GPTA 4KFPA 4XKYA 1VLWA 2OMAA 1OYAA 3ATZA 3UPWA 1ZAHA 1WA3A 3LHWA 1NVMA 3MP5A 4UTTC 4ALDA 1XBVA 3DZ1A 3FS2A 5LSMA 1TTJA 4O11A 1TO3A 3KX6A 1EP3A 3IIZA 1QMLA 3SZ8A 3NM3A 3DFQA 2V5BA 3ABOA 5LNRA 1GTHA 1RPXA 2ISWA 4HNUA 1BWKA 3JS3A 4O4WA 4JGDA 3G24A 5DXXA 2FPTA 3O6DA 3CC1A 4LC6A 2FIQA 5BOOA 1OJXA 3NL3A 3NPUA 1YLVA 2YX0A 5KZDA 1QO5A 3LRLA 2ZZ2A 3NQ7A 1HO4A 3QMRA 4EIVA 3UZJA 2TRSA 4RLIA 3KRSA 4ZL1A 2YW4A 2AGKA 3PAJA 3IEBA 1AL7A 2C18A 4JS3A 4Z0JA 2W79A 3NQEA 3U2OA 3UXDA 4YXGA 4JTHA 5F2GA 4O18A 5LNSA 3W2KA 4ZQOA 1LRQA 3BW4A 1HG3A 3M5VA 2VENA 4NX0A 4BI6A 1XBYA 4ZQMA 1ZFJA 5AHMA 1K7XA 1OX5A 2FLIA 3NQDA 3T55A 2QR6A 3IVTA 1W56A 2RDWA 1H7PA 4FNTA 2CLFA 2QUTA 3DENA 1IIHA 4O28A 1L9WA 3RLUA 1W5OA 4O10A 1LLZA 2Y89A 4JD4A 1F05A 3LCWA 3W9ZA 1N8FA 3B05A 3P82A 1TPEA 4AAJA 2H8XA 3R5EA 1TREA 2J9XA 1GOXA 1QOQA 2V81A 1LDCA 4IMCA 1OFDA 2LLEA 1J4EA 3MI2A 5D2XA 2AAMA 3CTLA 4KFOA 3W71A 1I2PA 2GQ8A 3SR7A 3W76A 1CX9A 5FEZA 1X1ZA 1ONRA 1A5CA 1FCUA 1GVOA 3UWUA 2NV1A 5F1VA 3S5YA 5I3GA 3ELFA 2XFWA 1Q6LA 3LCFA 4AF0B 3DXIA 2ZRZA 3LBMA 2GJNA 2J6XA 3TU9A 1XFBA 3NQ6A 4CCDA 4CNNA 5D02A 4A3UA 2ABBA 5F2IA 5G2WA 2A7PA 1U5JA 1V7YA 3O07A 5IM51 1K8YA 2KZHA 4NT0A 4AB4A 3G1AA 3GVGA 3G1YA 1LCOA 1OFBA 1SW7A 4UR8A 5AHFA 4QSHA 2DJXA 3U8GA 2R14A 1CI1A 3F03K 3QH2A 3OEXA 3HPZA 4YWIA 2Y6ZA 1SFLA 2Q3RA 4BI7A 5KZEA 1B57A 3R2GA 3BPWA 4M7SA 2YFOA 4UNLA 4A2RA 1F6KA 2I1OA 1SSGA 1WQ5A 4KKXA 3M6YA 3P67A 3NZRA 1ZENA 2TPSA 4R33A 2QDHA 2VFDA 4LVAA 4AF0A 3W7RA 1SZNA 3A23A 1T0OA 1SW0A 1B9BA 1FWWA 3UWWA 2VC6A 6TIMA 4JN6A 3P81A 3TJLA 3DBPA 5CGQA 1ZCOA 2FPYA 2QCLA 1DV7A 4MZYA 2CLOA 4N4QA 2DZWA 1OFQA 1THFD 3G1XA 5CZTA 2R8WA 2YXGA 5HWMA 5EL1A 1W31A 3NL2A 2CWNA 5AYXA 1LOSA 4DPPA 2V82A 3PBWA 2DZPA 4TMCA 4FHAA 1H1YA 1LORA 3LX9A 5CPNA 3C56A 3RLVA 4MUZA 4WY0A 3DU0A 2HMCA 3HG2A 4LOCA 2J9YA 4IX0A 4QIUA 1JJKA 2RKXA 1JCYA 1ZAJA 4N9BA 4Y6GA 3PSVA 4N6EA 5AHIA 4BR1A 3MUXA 3LTSA 4X22A 2ZCGA 3L65A 3UZ5A 4NUWA 2HSAA 2QAPA 3W7NA 4Q4KA 5FEPA 4Z0SA 4FNUA 3GKFA 1Q6QA 3G1FA 3P62A 2ZZ7A 4JTFA 4K8HA 1FUYA 3TSBA 3W87A 1R47A 1VRDA 3S1XA 3KHJA 1QWGA 2OCZA 4MYAA 3NM1A 1GVRA 1KBIA 3L5MA 1WDWA 3P5YA 1QO2A 4MZ8A 2TMDA 4K7VA 4KWVA 3GDTA 2QCEA 3KRZA 2FFCA 4XWUA 4UXDA 1FCVA 2G96A 1HTIA 4IPIA 3UNDA 3G1DA 2GQAA 2A5HA 1H7NA 4NZFA 3CWNA 5FI8A 3UYCA 4FEZA 1FCBA 3WK3A 3ZWTA 1SU5A 4JX6A 3K30A 2A6NA 3M5YA 1NEYA 2FB3A 5E1QA 4EOUA 1OK4A 2FJKA 4CCCA 2PCQA 5LNUA 5I3FA 3QQ0A 3CEUA 3VNDA 4O14A 4PL2A 2V8ZA 1RVGA 1G6CA 5FESA 4RZ6A 3NAVA 3PBUA 4Z1BA 5FF0A 1UCWA 1JUKA 1QFEA 1Z48A 3PS7A 1EWDA 1TPUA 4DO4A 3TW6A 3PUEA 4UTHA 1GVSA 5HQEA 3TK7A 2GQ9A 4GWEA 1G4EA 4K7YA 1Q45A 3FFSA 1GG0A 4HPXA 3L5LA 4JTLA 4JEQA 3VKJA 1X7FA 3GB6A 1MO0A 2I14A 3ANYA 1XCFA 1UJPA 3TXVA 4RZ4A 4WZHA 4UTUA 3EXTA 4XBKA 1TIMA 1HUVA 5AC8A 3LLDA 2CLHA 2QCGA 1VS1A 4H6KA 4QM1A 2Z6JA 1XBXA 1K3UA 2X1SA 1QAPA 3LRMA 3G22A 1TTIA 1G7VA 4A2SA 5H2ZA 1QPNA 2WNQA 4ZVJA 1LOLA 4MYXA 3CIWA 2H3BA 2UV8G 3BK0A 1H7RA 1LM1A 3S1VA 3HMJG 2A6LA 1ZNNA 1VH7A 1C29A 1A5SA 1N7KA 3EXRA 3NPXA 3DFTA 1FBAA 4DBEA 1ML1A 3G0XA 4AWTA 3RMJA 2ZRVA 1YTKA 2Z1BA 3SI9A 3MMTA 3MP3A 3HG3A 3HB9A 1TPWA 2E6AA 1G7UA 3MBDA 2A1YA 4AXKA 3NNTA 4NNBA 4RK8A 4IMFA 3GKAA 4UTWC 2OX1A 5DBUA 2TSYA 4HSNA 2DZVA 2JGQA 3HO8A 3LCGA 4Y8FA 3RU6A 2PRLA 3BV4A 3FIGA 3IGXA 3OBKA 5J5RA 1WOAA 3M43A 2V2DA 3W70A 3STEA 2WO5A 1JCMP 2CZEA 4ZQRA 3HGJA 2YZRA 4PH6A 1LROA 4ZQCA 4AEOA 1IF2A 4GC4A 1JULA 1K7EA 2ATMA 4LV9A 4MVAA 5G2HA 1SZFA 1TV7A 4N6FA 2ZA3A 4GUFA 1OX6A 1QNVA 3EWBX 1M7PA 4WJEA 1NAL1 3L9CA 4HNNA 1L6SA 5CZ0A 2NUWA 3NQVA 4N9DA 4BK9A 2YYUA 3FKRA 2ZYFA 2BZNA 4TIMA 3NG3A 1AW1A 3W1AA 3W84A 3NQCA 3S1WA 5CG7A 3FJLA 4ORIA 1GG1A 4GUIA 4D2JA 8TIMA 3T7VA 4RX0A 4GUHA 3GZ3A 1FDJA 4R34A 2GVLA 2EF9A 3WJXA 3C0JA 5I3JA 1R2TA 4JTEA 2RDTA 3W7IA 1OFPA 3DKLA 1U83A 3EX2A 3BLIA 3PBYA 3W75A 3G0UA 1W5QA 1F6PA 1P4CA 1OFAA 1VCFA 1VQTA 1VC4A 1QPOA 3N19B 4OWGA 1TRIA 1JQXA 1FXQA 3W07A 1T8XA 2QJIA 2R91A 4WOZA 4JDBA 1FCQA 1ZY9A 4FB7A 3ZS4A 4LVGA 3M5XA 3TCEA 5CSRA 2DORA 5I3HA 4A22A 2NX9A 2PURA 1TPC1 4CNPA 3LGEA 3GXNA 3TQVA 2WOQA 3TKFA 1H51A 4YMZA 2A85A 3FEMA 4LWWA 1QR7A 3GXPA 4FXSA 3GDMA 2OZ0A 3TIMA 1B4EA 3LXBA 1KLZA 4JX4A 4UFLA 5AN7A 3M41A 2PC4A 4NJHA 4PA8A 5LGZA 4IXHA 1ZALA 1FY6A 1EP1A 5HWNA 3ATYA 3PM6A 2QF7A 3Q2DA 3EWYA 2WQPA 4BF9A 3HJZA 4B5NA 4UFHA 3N9SA 3SY5A 5I3KA 2B7PA 4LVFA 3DHDA 1LTDA 2GVJA 5FEXA 4CLMA 3B0UX 2ZDRA 1W3IA 5F2MA 1DOSA 3QFEA 1Z42A 1I2OA 3DHFA 3LCXA 4JICA 1AW5A 2X1UA 4NZJA 3PUOA 3H55A 4C1KA 2DZTA 1KM0A 3CWOX 1BWLA 5EYWA 2V5LA 1SO5A 1ZJIA 2E5BA 5D03A 1LRTA 1KFCA 4N2YA 3H54A 3UXAA 4JTKA 4MY9A 1VYRA 3A22A 2H90A 4LVBA 1XDMA 4PTNA 2QUUA 3VFLA 1A5AA 3CEPA 5LZLA 4O12A 3I7SA 1WX0A 2YR1A 4FIRA 3PF3A 4IMGA 3E12A 1KM1A 5CKSA 3GAYA 3INPA 4L4MA 2ZRUA 3WK0A 3I7QA 5CPOA 5G2IA 2RH9A 3OA3A 5H91A 7TIMA 1VJIA 1TJPA 2TYSA 4OT7A 1PIIA 1LBLA 1PE1A 1TPDA 4TMBA 2BXVA 2QDGA 1I4NA 2EGZA 2NX1A 4AHPA 1ME7A 1KA9F 5DCDA 4N9CA 3CU2A 3WJYA 1FWSA 1TTQA 2ZTKA 1F2JA 2ZRYA 3F4NA 4MOZA 3BLFA 1KW1A 1S3HA 3GDRA 1P1XA 5D2YA 3P60A 1Q3NA 2VXNA 4LS1A 2JBMA 3T78A 3CM4A 3A9IA 2V2HA 3MYPA 4FIQA 3LHVA 4RR4A 2CZ5A 3O16A 3F4WA 3Q94A 2A4AA 4N9EA 4JIQA 3MP4A 4WXZA 3LHTA 1IXPA 3BLEA 2QAFA 3EX6A 4IX2A 3NR0A 3NA8A 3W7EA 1M7OA 2Y7GA 1YTDA 2G95A 3HGRA 1R2RA 1EA0A 4UTTA 2E77A 3L67A 1VHCA 4LRTA 3P8IA 4M6PA 3GR8A 2D73A 5KITA 1K02A 5HWJA 5TQLA 3W73A 2E6YA 1R30A 1GQNA 2YDAA 3QQ1A 4FX7A 2ZA2A 4N4PA 2DJLA 1EPXA 2E1DA 1W5MA 2A21A 1NF7A 1DBTA 4Z08A 4FF7A 4HKPA 1ICPA 5KZMA 4O0KA 2P0OA 5HULA 2YGYA 1H7OA 1QPQA 1XL9A 4NJKA 3THQA 2FDSA 1X6UA 2CZDA 3P5ZA 3TQKA 3GNDA 4GE8A 1SO3A 3E49A 2VFIA 5G4WA 1KV5A 2O7SA 2V2CA 5K4XA 3PG9A 3S9YA 1TPB1 4J9JA 3BARA 3W1XA 1PCWA 3ABSA 2PRHA 1Q6RA 3M0ZA 2NXIA 3TC6A 3TROA 4JTSA 4S1FA 4XTIA 3PR2A 3RNDA 5C6MA 3D0CA 4QJ1A 1G69A 1TCDA 1OK6A 2HS6A 4U4MA 5D09A 2H8ZA 3EKLA 2QEZA 3MBFA 2BTMA 3S1UA 1XXXA 4JYEA 3TH6A 3G1SA 4JTJA 5L9FA 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 3NQM A;  2C0A A;  1GTE A;  5K3V A;  1GVQ A;  4QQ3 A;  3KOF A;  1FWR A;  5U7S A;  2Y7E A;  5KMY A;  3V1P A;  1GYL A;  3TSM A;  4O53 A;  1VZW A;  3C6C A;  4N02 A;  1UBS A;  1W8S A;  1P0N A;  2E6F A;  4MPQ A;  1P5B A;  2WNZ A;  4ONV A;  2C16 A;  3FYP A;  1BKS A;  4HSO A;  3W3O A;  1NSJ A;  2C3Z A;  2QCN A;  3W1M A;  4NJI A;  3N34 A;  3IIO A;  4CQ9 A;  3EEG A;  3ZFH A;  3FOK A;  5AFD A;  1G4S A;  3W2U A;  4H3D A;  1FDZ A;  3MO7 A;  5AC7 A;  3IIX A;  3E9A A;  3LV5 A;  3MJY A;  2J88 A;  4DEF A;  2NXH A;  3UWV A;  1G67 A;  3E0I A;  1A5B A;  3CT7 A;  4LUJ A;  5E0K A;  3M16 A;  3CB8 A;  1ME9 A;  3DH7 A;  3OG3 A;  3PG8 A;  4DF2 A;  2BWG A;  2EAW A;  6ALD A;  1A53 A;  1IXN A;  1JCX A;  4GUJ A;  3R8R A;  4GBU A;  2A7N A;  3NOE A;  3N9R A;  3L5A A;  3GIY A;  1JCJ A;  1ICQ A;  4MY8 A;  2XN2 A;  4NU7 A;  5K9X A;  5ABT A;  1DQW A;  1GJP A;  3EX4 A;  3PSW A;  3PVF A;  3S6D A;  4O13 A;  4NXS A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3AMK A;  1TB3 A;  3NQ8 A;  2IPW A;  1MZH A;  1B3O A;  1E4I A;  4OHQ A;  3I65 A;  4N42 A;  4Y9P A;  2CU0 A;  2EG8 A;  4O8R A;  1C9W A;  3H53 A;  3O05 A;  2DZU A;  4IME A;  4NIR A;  1O6I A;  1MFU A;  4QLK A;  2J9Z A;  4C7F A;  1TVP A;  3W1R A;  1OFO A;  4BQ3 A;  5LKY A;  3TQ0 A;  4TVD A;  4DEL A;  2EG7 A;  1X7I A;  3H4X A;  4UFK A;  1UKS A;  2WSQ A;  4U31 A;  5AYB A;  2XH7 A;  4MSS A;  1XM3 A;  3WUB A;  3TN4 A;  3GW0 A;  3EPM A;  1QPR A;  5C2C A;  1EJU C;  4M6V A;  1UQZ A;  2W6R A;  1C8V A;  2IQT A;  3ZR4 A;  5CZJ A;  1RXO B;  3MYO A;  1J6P A;  1TZ7 A;  4Z1D A;  1AJZ A;  3L4T A;  1WDP A;  2Z29 A;  3S46 A;  4CEX C;  1H49 A;  3W0K A;  3SGG A;  4PBE A;  3VIJ A;  4Q8T A;  2E1W A;  5I79 A;  4KPL A;  5CGT A;  4NX5 A;  3L0K A;  3WBW A;  1PB0 A;  4HIB A;  4PCP A;  4WXY A;  4M56 A;  4S3D A;  4YCO A;  5FD0 A;  2DU2 A;  2ZVR A;  3QSR A;  5EA9 A;  4EAC A;  3NQB A;  2OXN A;  1AL8 A;  1EUN A;  5F2L A;  1A5M C;  4JL1 A;  1J2B A;  1V0K A;  1KFL A;  4XAP A;  1RBL A;  1O1H A;  2VR4 A;  3G3D A;  3G8E A;  1UIO A; 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