3DI1A

Crystal structure of the staphylococcus aureus dihydrodipicolinate synthase-pyruvate complex
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
290
structure length
290
Chain Sequence
THLFEGVGVALTTPFTNNKVNIEALKTHVNFLLENNAQAIIVNGTTAESPTLTTDEKERILKTVIDLVDKRVPVIAGTGTNDTEKSIQASIQAKALGADAIMLITPYYNKTNQRGLVKHFEAIADAVKLPVVLYNVPSRTNMTIEPETVEILSQHPYIVALKDATNDFEYLEEVKKRIDTNSFALYSGNDDNVVEYYQRGGQGVISVIANVIPKEFQALYDAQQSGLDIQDQFKPIGTLLSALSVDINPIPIKALTSYLGFGNYELRLPLVSLEDTDTKVLRETYDTFKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and functional characterization of Staphylococcus aureus dihydrodipicolinate synthase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
molecule tags Lyase
source organism Staphylococcus aureus subsp. aureus
total genus 114
structure length 290
sequence length 290
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2008-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3di1A00
5FF2A 1Z48A 1H50A 3LRMA 3SI9A 5D2TA 4JR5A 4PCFA 3A21A 2WNNA 3CC1A 3MJYA 4IMEA 1HG3A 2YFNA 4PL2A 3WJYA 4O12A 4NU7A 1WBJA 1XI3A 4O0ZA 4QNWA 5F2MA 1T8XA 5DBTA 1LBLA 4ZMGA 4JGDA 4M5PA 3EWWA 2J9ZA 4JICA 1W1ZA 3LB0A 3GYEA 3MHUA 3C52A 1FX6A 1QO2A 4NJKA 5EKYA 1TV5A 3GAYA 3NL2A 2EHHA 3KHJA 3S5ZA 5K9XA 3M47A 1KM4A 2C19A 3TSBA 3W1QA 2A5HA 2OCZA 3M16A 2FJKA 4AHPA 1V5XA 3LCWA 2ABBA 1QPRA 1TIMA 1H1ZA 3PB2A 3L0NA 4X9SA 4Y9AA 5D30A 2QDGA 3MP3A 3CM4A 3FKKA 3HPXA 4JTJA 3DENA 3L2IA 2C6QA 2A6NA 3A5VA 1VR6A 3W23A 2RKXA 2OT0A 4AWSA 5G1YA 5CG7A 1EB3A 1AW1A 1MXSA 1W5OA 3EEGA 3TJXA 1SZEA 4DXVA 2JKEA 1R2SA 4GUIA 1I2OA 2J6XA 4JTIA 4UMCA 4UMAA 3CIXA 3D0CA 1UUMA 5AYXA 2QCDB 1YLVA 3U8GA 4N9BA 5EY5A 1XKYA 3M0ZA 2VFIA 1ZNNA 4IMCA 3G1SA 4KKXA 3TSMA 1YTKA 3G8RA 2ZQ0A 3MUXA 1TV8A 3W1MA 2FQIA 5L6UA 3TROA 2DZUA 1W3NA 2E6AA 5F2LA 4BR1A 4AF0B 4AB4A 3W1XA 5J5DA 1PHQA 3GNNA 3EKLA 1B9BA 4PODA 4JX4A 1OG0A 3BLFA 2PRLA 1WBHA 1RQEA 4JX5A 3UWYA 4G1KA 3W75A 4JDBA 2I9EA 1W37A 1H7RA 1NF0A 4A3UA 1HO1A 4A2SA 1FY6A 4O10A 4EF9A 4WXZA 2CFFA 3C61A 5K9DA 1X1ZA 3N9SA 1FCVA 2ISVA 3NPVA 3NQ6A 5K7JA 2Y88A 1O60A 1W54A 3BLEA 4M6PA 3G24A 3HPSA 2QUTA 3GDTA 5AHEA 3EX2A 3I7QA 4K6AA 3FYPA 4KFNA 4LVGA 1JR1A 4LNYA 3A5FA 4ZQNA 4JTHA 1ZAJA 2FPVA 2ZYFA 1GWJA 1TTIA 3Q37A 1EWEA 1B4KA 4R33A 3TAOA 2ZZ5A 3QEZA 3KRUA 1ME9A 3TKFA 4N6FA 1OJXA 3QW3A 1CW2A 1OF6A 2ZZ4A 2TSYA 3GKFA 4LT9A 1ALDA 5AYYA 1KLYA 1G7UA 4O28A 1O94A 4Y6GA 5AB3A 3BVJA 3JRKA 1GYLA 5F2IA 2YR1A 1HUVA 3DAQA 3NOEA 4DF1A 4DPQA 4I7UA 3CEPA 1H7OA 2VENA 3GVGA 2A6LA 1IXOA 2DJLA 3PBWA 2R14A 2E09A 3VFLA 2YCEA 1AW2A 1SZNA 1K03A 4HPXA 5D2YA 3YPIA 1EP3A 1SSDA 2X1RA 3PUOA 3C2RA 4NQ1A 4QISA 5LNRA 1JVNA 1I2QA 4AVFA 5G5IA 5D03A 3K30A 4Y90A 2A2IA 3W6YA 4JYEA 4TX9A 1SU5A 3V1PA 3NA8A 3THAA 4JYFA 1VLWA 3CTLA 3IGUA 3BG5A 3E96A 3NAVA 5AC7A 4KWVA 2EF9A 1MEWA 1H7WA 3R2GA 2ZZ6A 2WQPA 3LCFA 4DQWA 2DZTA 5L9FA 1TPFA 1OFOA 3N14A 1LYXA 3M6YA 3NQ2A 1JRCA 5DY2A 1EUAA 4Y8FA 1O4UA 3KRSA 1FDZA 3MHFA 1H63A 3HGOA 5LGXA 6TIMA 1OYCA 3KOFA 3PAJA 4O17A 3TFCA 3G1YA 1DHPA 4UIOA 5HUOA 3I7SA 3N34A 1TRIA 2E5BA 4M19A 3ELFA 4N9DA 2YFOA 5F1VA 2F84A 4J9JA 3WJXA 4LS2A 2QUUA 1J5TA 4I7VA 1TPB1 4MUZA 4RK8A 3TE9A 5LNWA 3WJSA 2FB3A 2QCCA 5AHLA 2V2CA 3F4NA 1Q6OA 3W7HA 5AOUA 3W1AA 5KZDA 4BI7A 4NZFA 2C13A 1RPXA 3S8HA 2QCDA 1G67A 1SW7A 2X30A 1PL9A 4Z1CA 2B4GA 4MY1A 4Z0JA 4HN4A 1TO3A 4O54A 4FXRA 1X7FA 1G4EA 3EX6A 1PV8A 3WJWA 1KV8A 1AK5A 3Q94A 1OK6A 5EL1A 1D3HA 3EXRA 3W7DA 4O52A 3P61A 2WO5A 1UJPA 3PB0A 1FCBA 4U28A 2VEMA 4RKAA 3DZ1A 3IVUA 5HMSA 4FHAA 2YZRA 4AF0A 4X22A 1QDSA 4E0CA 3QYQA 3M44A 4JTTA 3OA3A 1YXDA 1G6CA 1WOBA 2BX7A 3NQEA 2ZA1A 3TK7A 2FDSA 3GXTA 1F6KA 4L4LA 4FX8A 4UTLA 4K39A 5C55A 3B03A 1Z44A 1TCDA 1X6UA 3RF9A 2RFGA 3B05A 4IMFA 4N02A 1VYSX 1P4CA 1SFJA 1FWNA 3QQ0A 1TQJA 1KFJA 1LM1A 2BZNA 4IUOA 3LERA 5ABTA 1M7OA 3P5ZA 4E2DA 2P0OA 4KFOA 2B7OA 1ONRA 3I68A 1IGSA 3RFAA 3L21A 1I2RA 3CEUA 3QSTA 3ZR4A 1GYNA 1KV5A 1MZHA 3EXSA 5DLCA 5BOOA 1I45A 2FTPA 1ZFJA 3HJZA 4O4VA 2X1UA 1RV8A 3EX4A 1OX5A 5FF3A 3N3MA 1NVMA 4OQVA 4ZQPA 5KZEA 4CQ8A 1QAPA 4MLJA 3QFEA 4AXKA 1SZFA 5GVJA 2DZXA 1MSSA 1WV2A 3NL3A 1PHWA 5CPLA 1ZHAA 1KFCA 3LV6A 2ZRWA 3MO7A 4N4PA 4O1AA 4YMZA 3QPYA 2WSRA 3C3NA 4FNSA 4L4MA 1TYGA 1YDNA 1A5BA 2GPTA 2NX3A 1YXCA 1LCOA 4RX0A 4XKYB 4GE8A 2QR6A 3MMTA 4LTSA 3V75A 2A7PA 3GAKA 3WFAA 1F2JA 1KA9F 2G95A 1YXYA 4HKPA 5K2ZA 4JYDA 4HHPA 4UTKA 3HG2A 3O15A 4ZL1A 3OIXA 4GFSA 4GUGA 1FCQA 3STGA 1ICQA 3S1XA 1QWGA 4FF7A 4XBSA 4EOUA 3CU2A 4MFEA 1DOSA 3IGSA 3S9YA 1YADA 2JKAA 4QQ3A 4R53A 4MVAA 3QQ1A 4O57A 4M7TA 3G1FA 2FIQA 2AGKA 1MEHA 1GTEA 4MY9A 4GRSA 2HSAA 3GK0A 3LDVA 1TQXA 3HG5A 3O6CA 2IQTA 4IPIA 3NQ7A 4PC8A 4HNUA 3STEA 4PEKA 4WZHA 1S5TA 5FEPA 5DCEA 4ADSA 1BWKA 3UXAA 1L6YA 5BRBA 3B06A 2ATSA 3B04A 4FNPA 4XBKA 3QJAA 3S6DA 3KFTA 1ML1A 2CLLA 3FS2A 2FLIA 3DFTA 3DXIA 3BW2A 4GNJA 1OFEA 1LLZA 4RZ5A 2QCLA 2ZTKA 3QW4B 4WY0B 5AYZA 2C1HA 3HOJA 3H54A 1F73A 3TC7A 3ABOA 1KM0A 3NQGA 3STFA 1TB3A 5KINA 3MW7A 4P2VA 2J9YA 5D33A 3NL6A 3LHTA 4O1DA 3C2VA 3LTYA 2GJLA 2ISSA 2A0NA 1J4EA 3W2LA 3HMJG 3B0VC 4OV9A 3FLUA 5SWUA 1SSGA 4OGZA 1TPH1 5HINA 3PBUA 1R30A 2Y7FA 2NV1A 4GUFA 2V2HA 4N4QA 4RLIA 2G5WA 1L6WA 2GQ8A 2QJIA 1HTIA 3WK1A 2GUUA 3L0GA 3LXCA 3W1TA 4N9EA 3R89A 3KAOA 2EKCA 4Z1BA 3W86A 1EA0A 1F7BA 5TBOA 1RQHA 4LU0A 4RZ6A 3IIZA 4JEQA 3CPRA 3M5YA 4MY8A 3CWOX 3TDFA 4HNVA 5D38A 3ZFHA 3PSVA 3FA5A 1W3IA 3C0JA 2NX9A 5LGZA 4LC6A 3SIZA 1JCXA 2QDHA 2H90A 1K7FA 3OVQA 2QCGA 4PA8A 2WOQA 2Y63A 3W7KA 1JCNA 2C0AA 1YPFA 2NLIA 5CZSA 3LLFA 1VCGA 3E12A 1GT8A 4WOZA 2NUXA 4LVBA 1MO0A 3UPWA 4E2BA 2ZCGA 3W88A 1G4SA 5C6MA 1GVQA 1H7XA 2PRHA 4IXHA 1UASA 3B0PA 3LLDA 5CZJA 1E51A 3DI1A 4NX5A 1VC4A 5BNKA 4LRTA 3LBMA 4MYXA 1LOLA 1JRBA 3G3DA 4HNNA 1FXPA 2Y89A 1X8FA 4CLMA 1SO5A 5CSSA 1XL9A 1NAL1 3BGGA 4FNTA 3LRLA 4TO8A 5HQEA 1THFD 3IVTA 3HGJA 5AFDA 3P81A 1C8VA 1JQXA 1K3UA 3GDLA 1TPWA 1B4EA 4JTFA 1GOXA 1RR2A 3ZS4A 4POCA 3INPA 4CCCA 4AEOA 3DGRA 4YLWA 5DCBA 1GG1A 1VPXA 4UFHA 1XUUA 4ZQCA 1AMKA 5DBUA 1G4TA 3W1LA 5E93A 3G0XA 3A23A 3SSJA 3H55A 2V5LA 3P74A 1OFPA 3W2NA 3DKJA 4LC8A 4Z08A 3UY7A 4XWUA 4FX6M 3DU0A 4MKNA 3CHVA 3MYOA 3TA6A 1IIHA 1WX0A 4LV9A 3TMLA 3PSWA 1P5BA 2TRSA 3NPUA 4S2BA 4JTKA 1W31A 3ANYA 3IIXA 3UYCA 3G8EA 4ZQOA 5D05A 3S0CA 1WDWA 4QSHA 2VFHA 1F05A 4YL2A 1GVSA 5FEWA 1GPWA 3QRHA 3N9RA 2B7NA 1HFBA 3QMSA 2WSYA 4AWUA 4UTTA 1QR7A 1QPNA 3HO8A 4MZ8A 4GUHA 1JCJA 4BI5A 1W5MA 3USBA 3QM3A 1VJIA 4MJMA 5LKYA 1XBZA 2QCNA 3L65A 4OWGA 3U2OA 2DU2A 3R8RA 4WY0A 1G7VA 3M7WA 4Q33A 2ZBTA 1UCWA 4S2CA 3VKJA 1OX4B 3MI2A 3S42A 3ZWTA 2ATMA 2V2DA 1ZCOA 3P84A 2QCEA 1QOPA 2QUVA 4BI6A 3Q2DA 2CLHA 4K38A 3NL5A 1T99A 4O0KA 2JGYA 3T7VA 3O63A 4NVTA 2E6YA 3LI1A 2AAMA 3OVRA 5AHFA 1AG1O 2V8ZA 3H53A 3O07A 2NZLA 1VYPX 5F1UA 2D73A 2QCMA 1N8FA 2OX1A 4MFDA 2VFFA 1SO4A 2BWGA 3DFPA 3OHIA 4HIBA 4X2RA 3LXAA 4FO4A 2KZHA 3QF0A 3MHGA 1TREA 4DF0A 3G1HA 2LLEA 3KVMA 3TMQA 3BARA 3UWQA 1HL2A 2HS8A 2A4AA 3FOKA 5KZMA 1KTCA 1VLIA 1NF7A 4UTTC 3W71A 2H3DA 3M41A 3SY5A 5HWJA 2ZRVA 3A24A 1KM1A 5FF0A 1XUZA 5F4XA 3NQFA 3P60A 5G2IA 2GVGA 1W0MA 2JBMA 5HJLA 3PC0A 3NR0A 4P61A 3E02A 1TPDA 5I3KA 4DO4A 3PVFA 3W7GA 1FWTA 2I1OA 4NUWA 4JNMA 3TIMA 2CZDA 2NWRA 1YDOA 3E9AA 1F74A 1A53A 4WY0F 1JCLA 4Z1DA 1AL8A 3IEBA 2GOUA 4ZVJA 5HWMA 4UFJA 5LSMA 1OF8A 2HMCA 3PUDA 5EYWA 3NZ1A 4CNPA 1XFBA 4K8HA 3SECA 5LNSA 5HULA 3O6YX 2J88A 3NM3A 3OVPA 4JD4A 1VHCA 1O5XA 4XZ9A 3P8JA 3UWWA 4GBUA 4LW7A 1FUYA 2H8ZA 2X1TA 3W76A 1AL7A 5C2XA 2WNQA 3PF3A 1FWRA 3SZ8A 2YYUA 3FJ6A 2X16A 4QIUA 1JCMP 1XXXA 3R5EA 1JCYA 5I3IA 3KVJA 1IF2A 2WPBA 4XTIA 3P62A 2CZFA 1PIIA 1QFEA 4NNBA 1H1YA 5IM51 1Q45A 1YTEA 3UY8A 4TMCA 4EF8A 1F76A 1LRTA 3DBPA 1KFKA 4AHOA 4DBEA 1G69A 2HS6A 4UTJA 3C4UA 3GLCA 3W7JA 3LRKA 2JK2A 3MP4A 1KTBA 2ZA3A 4QNEA 2A21A 5EMUA 1FWSA 5C5YA 4Y96A 4LOCA 2C3ZA 2DP3A 5F4WA 1AW5A 3CWNA 3LV5A 1TPUA 1BEUA 3A9IA 3KVLA 4I9AA 4C1KA 2ZZ1A 3W7LA 3W7NA 2QEZA 3L66A 2Q3RA 3M5ZA 3QMTA 2Q8ZA 2NX1A 3DFOA 3BO9A 2DJXA 3EX1A 3LHZA 4R7JA 3W87A 1N7KA 1WQ5A 2RDTA 4YXGA 4LV4A 3RNDA 3W73A 3TAKA 3EXTA 2ZRYA 4IPJA 4WX2A 3W1RA 1RZMA 2ZRZA 2DORA 2F7FA 4OHQA 1JUKA 1C29A 5TQLA 4GWEA 4TMBA 4NXSA 3L68A 4KWWA 3W2MA 4NNCA 5FF7A 2HTMA 1Q3NA 3GB6A 4D2JA 1K02A 3STCA 1YPIA 3LCXA 5AC6A 2OMAA 3CLMA 3N73A 1SR9A 1F5ZA 3M9YA 3ABRA 4RXGA 3TQ0A 3IIOA 5BW6A 1QOQA 4FEZA 2OT1A 2FPTA 1NEYA 2H8XA 1P1XA 3KXQA 2QKFA 3HGSA 3VNDA 2V81A 1OX4A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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