3DU0A

E. coli dihydrodipicolinate synthase with first substrate, pyruvate, bound in active site
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
292
structure length
291
Chain Sequence
MFTGSIVAIVTPMDEKGNVCRASLKKLIDYHVASGTSAIVSVGTTGESATLNHDEHADVVMMTLDLADGRIPVIAGTGANATAEAISLTQRFNDSGIVGCLTVTPYYNRPSQEGLYQHFKAIAEHTDLPQILYNVPSRTGCDLLPETVGRLAKVKNIIGIEATGNLTRVNQIKELVSDDFVLLSGDDASALDFMQLGGHGVISVTANVAARDMAQMCKLAAEGHFAEARVINQRLMPLHNKLFVEPNPIPVKWACKELGLVATDTLRLPMTPITDSGRETVRAALKHAGLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The high-resolution structure of dihydrodipicolinate synthase from Escherichia coli bound to its first substrate, pyruvate
doi rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
total genus 109
structure length 291
sequence length 292
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2008-07-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3du0A00
3SJ3A 2JGYA 1SQ7A 3UY7A 2J88A 4NNBA 1X7FA 4FB7A 4U28A 1MSSA 1O4UA 1KW1A 2QAFA 4X9SA 2NLIA 3B06A 1VS1A 3C2VA 1W56A 2Z6IA 3FOKA 4QIUA 3KHJA 1NAL1 3GXTA 3HQ1A 1U5JA 3K30A 1WV2A 1ME7A 2ZZ7A 1JQXA 4TR9A 1W5NA 3P8JA 1X1ZA 2YYTA 4AB4A 1VCGA 5EMUA 1G69A 1O95A 3C0JA 1VRDA 2QJGA 5TIMA 2J9ZA 3S5ZA 2C13A 3VFLA 2ZZ1A 1LLZA 4KKXA 3T40A 5KTLA 1O5KA 2GVLA 3C2FA 4JTTA 2J6XA 3BLEA 3N2MA 5FEXA 1LROA 1QPOA 1GVQA 1IXQA 2A21A 4C1KA 2ALDA 4MVAA 1WAUA 4AXKA 3C61A 4UIOA 7TIMA 1ALDA 1HTIA 3W1PA 1G4SA 2WJZA 1SZNA 5D2XA 4PEKA 1TQJA 2PRHA 3LLFA 1R30A 5KMYA 4WY0F 1VPXA 4JD4A 1FXPA 3ZFHA 1TTJA 3DXIA 4NU7A 3T44A 5EY5A 5CG7A 2EGZA 4PL2A 2FQIA 2RDTA 4UTWC 2AQWA 1NVMA 2QDGA 4O53A 4ZVJA 4Y8FA 1XDMA 4JTKA 2RDUA 1XBVA 1K8YA 4M19A 5HUPA 1JUKA 3L21A 4EVZA 1GZGA 1LOQA 2QF7A 1GG0A 1I2PA 3M5VA 2JGQA 1JR1A 3SR7A 3NL6A 1YYAA 3S8HA 3C3NA 4JTGA 4O13A 2ZZ6A 3SGUA 2GOUA 2J9YA 4AEOA 5FF7A 1JQVA 4YCPA 3FA5A 3BGGA 2Q8ZA 2NV2A 4ADUA 3GVGA 3KX6A 3MWAA 2CW6A 4NJHA 4RV8A 1QWGA 4O8RA 3OEXA 2VELA 5KZMA 1XFBA 4K37A 4FX8A 1FCQA 3BW3A 4DPQA 1T96A 3QPYA 3P74A 2DP3A 5BRBA 1Q6OA 4K8EA 4GUIA 4UMCA 3LCHA 3NGJA 2AAMA 3GAYA 3LCLA 2Y89A 3BLIA 4IUOA 1YDVA 3HPSA 2DJLA 1O60A 4NXKA 4O14A 1DL3A 3IV3A 5U4NA 1K8XA 1G67A 1EP2A 3LHTA 4ALDA 4P61A 3LB0A 4RXGA 2C19A 3LCIA 4CLMA 3E9AA 3DHFA 4MYAA 2YFOA 4UCGA 5DBTA 1F73A 1K7EA 4IOTA 3O63A 2CLIA 4K38A 3NQ6A 5AHMA 3P82A 1ONRA 1HL2A 4FO4A 4NX0A 4A2SA 2GJLA 1TTQA 1K7XA 2ZA1A 4CQ9A 3PF3A 3DKLA 4RZ6A 1TTPA 4H4IA 3CU2A 1R46A 3PSWA 3N3MA 1XL9A 1KV5A 3G18A 3NL5A 5HWMA 2RFGA 3WK0A 1QPNA 2CLHA 4UTKA 4TMCA 2WNNA 4QJ1A 4JX4A 2XN1A 2R94A 2HTMA 3TMLA 3MP3A 1FWSA 1C8VA 4JXCA 3S1XA 3GAKA 4JYFA 4CCCA 4BWLA 4K6AA 2EHHA 5DELA 3T7VA 3G8EA 3T4CA 2I1OA 3AO0A 4QSHA 3BGJA 4M6PA 4MPQA 3SSJA 2ZCGA 4UFMA 3IGSA 3UWZA 4N9EA 4UXDA 1CX9A 2ZFAA 3G3MA 5C5YA 5LNWA 4UTHA 4WX2A 3S1UA 5AHNA 1GVOA 2AGKA 2NX3A 3KOFA 3IEBA 1A53A 1B9BA 5BMXA 1YPIA 1FWTA 3WJWA 4DF2A 3T55A 4S1FA 1SZEA 2P0OA 2V0TA 1I2OA 2B4GA 3HG5A 5IM51 3C2RA 3W83A 1TV8A 1LRTA 3S5NA 1F74A 4GNJA 4CQ8A 4ZQOA 3NQFA 3O6YX 4XZ9A 4IPJA 4R33A 3PUDA 3P62A 3E12A 4Z1AA 3DAQA 3LCGA 3HPZA 4MZ8A 2PE4A 5CPOA 1UASA 3E0IA 3QM3A 3W2JA 2WSQA 2JK2A 2GUUA 3G1HA 1KM6A 3LX9A 1EP1A 2QCHA 4MY9A 2W79A 4LTSA 4KFPA 5DCEA 2TPSA 1H7XA 2ZRWA 3NPXA 4UMBA 2E5DA 2HSAA 4QM1A 4Y90A 4RKAA 3WK2A 4BR1A 1XUUA 3L0NA 5EA9A 2YDAA 3M6YA 1LP6A 2IQTA 1KFJA 2DZVA 3HG2A 2E68A 3W84A 1GJPA 1M7PA 4LV4A 5CKSA 2CLKA 3TNOA 1Q45A 4O11A 5K4XA 4R53A 4FNQA 1ML1A 3TR2A 3STFA 2DZPA 4FNTA 3W7OA 3W71A 3G1FA 4AF0B 1VGAA 4X3ZA 3R12A 3T78A 4DF0A 3B0PA 1EEPA 3C8FA 4LU0A 1F6PA 5AC7A 2V81A 4GRSA 3E96A 3B4UA 1H60A 4FXRA 1PCKA 5G1TA 1H5YA 3LHWA 1B4KA 4LVFA 4A22A 4ADSA 3GIYA 2EAWA 2NZLA 2X30A 1TPDA 3PB2A 4LY8A 4JDYA 1SZGA 1G4PA 1FDJA 1ZENA 2QCCA 3AJXA 2B7QA 3UWUA 2C1HA 3OBKA 1FCBA 3PY2A 4ZQCA 3ZWTA 1G6CA 5FF4A 3ANYA 5DBUA 1EB3A 4IPIA 1GPWA 1KM4A 2Y6ZA 4IMGA 4ICNA 3EWYA 3A22A 4FX6M 5D37A 1A5SA 1H7RA 2CLFA 2J9XA 4PCFA 1ZJIA 1OVDA 2CZEA 2VOMA 4FNUA 1XXXA 2O7QA 3LV6A 4PA8A 3W1RA 1H50A 4C1LA 1PE1A 2TMDA 5DY2A 5C6MA 3QMRA 5D05A 4I7UA 1RQHA 4I7VA 5LSMA 2DZXA 1GTHA 3LHVA 2R91A 1H1YA 3B0UX 3LERA 3LXBA 3UXDA 1GYLA 3TJLA 3G1DA 4O0KA 4WOQA 4Y6GA 1UCWA 2B0MA 5G4WA 3ZWSA 2NX1A 4MKNA 5HWNA 3HGSA 1RPXA 5E1QA 4N9CA 1AW2A 1RZMA 4UFJA 1Z42A 2VXNA 3G0SA 1VCVA 2ISSA 3OVQA 3W7NA 3OVPA 3W7EA 3LTSA 3NM1A 5FEWA 1EP3A 1XUZA 2OT0A 3BPWA 1DQWA 3TH6A 3GDMA 3S42A 5G4EA 1VZWA 1B4EA 4HIBA 1IXOA 5AOUA 3EX4A 2NWSA 4U4MA 3UWQA 4UR8A 3QRHA 4RR4A 3HGRA 1TJRA 1LLWA 3QZEA 3GKFA 3PB0A 3SI9A 1ZHAA 2VEMA 3O16A 1ZALA 4XBSA 2O7SA 4FF7A 4JN6A 2Y88A 1VH7A 4NJJA 1P4CA 3KRUA 1K7FA 4MJZA 3NQ8A 4ZQMA 2KZHA 1AK5A 1W54A 4ORMA 2ISVA 2G96A 4N02A 2X1SA 3QMTA 2QR6A 4OGZA 3LBCA 1FDZA 4MLJA 2ZRXA 3RF9A 2V5LA 3LTPA 2FTPA 4BWLC 4AMAA 3TSMA 3ATYA 1TPVA 2OX1A 2A4AA 1VHNA 3TV8A 2QCGA 4WXZA 2BTMA 1W37A 4GUGA 4RXFA 3LXAA 3DHDA 4IQLA 2ZTJA 1TV5A 2C16A 3B04A 4A2RA 5DLCA 3L5LA 1GVFA 2DORA 4AH7A 2ABAA 1GEQA 1A5CA 3LHZA 4UTJA 3M5XA 1K02A 4Z1BA 1H7NA 3M47A 4XTDA 1TYGA 5G2HA 1BEUA 4NZJA 1YDOA 3MYOA 1JCYA 4TMBA 1LM1A 4JTJA 4MJMA 1PIIA 4LVGA 3R5EA 2Y62A 3UQNA 3GR7A 3OG3A 4IJBA 1SW3A 3WJSA 3GR8A 5LNRA 1SSDA 3GDRA 3FJLA 4R34A 3PC0A 3NQDA 5C2XA 4OV9A 2A6LA 3DBPA 1KFEA 3IIOA 5E0KA 1WA3A 2Z0IA 1IXNA 1JRCA 2YFNA 3W7KA 1TRIA 3DU0A 3BG9A 3N14A 5I3IA 4LS1A 4QQ3A 1EUAA 4FEZA 2C14A 2D73A 1W8SA 3NL2A 4LS2A 2WNZA 2I9EA 3FKRA 3PULA 4O4VA 1H7WA 2E09A 3PUOA 4HPJA 1LTDA 2DZWA 4OT7A 4GXMA 3NO5A 3FLUA 4HKPA 2BXVA 5I3KA 4LW7A 3DI0A 3I7RA 4AVFA 3TA6A 4FNPA 3I6RA 3W1XA 1YADA 3M41A 4LOCA 4GC4A 4HHPA 3MHGA 3PBUA 3MYPA 4JDBA 3E49A 3GXPA 2VFEA 3W22A 1TQXA 1ZY9A 3DFPA 1U83A 4BI5A 1DORA 3C56A 1O94A 5C55A 3QPZA 3N73A 3HGOA 3HBLA 3L65A 1G4TA 1ADOA 1GVSA 3HO8A 3H53A 4GWEA 5ABTA 2FPTA 3GKAA 4PTNA 3LV5A 2JKAA 4L4LA 2R14A 2NV1A 2PC4A 4HT3A 3KFTA 1FCVA 4A21A 4JEQA 5LNVA 2FLIA 3STEA 4O0ZA 3QFEA 1KLYA 1G7VA 4EF8A 5K2ZA 3EWZA 1ZAJA 1THFD 1YXYA 3RMJA 4O1CA 4XUGA 1I2QA 5HUOA 2F84A 5BNKA 4QITA 4LUJA 3CWOX 1EWEA 4TO8A 1IGSA 2DZTA 5CPLA 2H3DA 3QF0A 2WV8A 3MI6A 2NUXA 2NUYA 3G3DA 5F1UA 2TRSA 4IMDA 3FKKA 5GVJA 1WBJA 2WNQA 3W3OA 4HSOA 1DVJA 3MW7A 1F7BA 5HJLA 1ME9A 1RQEA 3MMTA 3DFNA 4NVTA 4QNEA 1TPH1 1IIHA 4WD0A 1TPB1 5D32A 3W76A 5K4ZA 3C52A 3LDVA 3G1SA 3A21A 3RFAA 3TXVA 3ELFA 1W5MA 2GVGA 3TIMA 3NEVA 3NPUA 4RCXA 1NF7A 3A24A 4LS0A 2VFDA 3SIZA 3QJAA 2HS8A 3LLDA 2X1RA 5F2GA 5EYWA 3C6CA 3NAVA 4K7VA 1MO0A 2X16A 1WBHA 2Z1BA 1XBYA 2VENA 3IIVA 3MHFA 3NL3A 3VE9A 1R47A 4EIVA 4FNSA 4WY0B 4WY0A 5DXYA 1OF6A 3O06A 3NPVA 3G1AA 4FXSA 3W07A 2A7NA 4KFNA 3DKJA 4MUZA 1ICPA 4O18A 1WOBA 3MUXA 3TQKA 3EX6A 3WJZA 3MI2A 1TB3A 3KRZA 3W7PA 4FX7A 1YTDA 3W1MA 3PAJA 1YPFA 4JTUA 5SWUA 1HFBA 2Y7GA 1TRDA 2ZZ3A 4N9BA 5AC8A 3CIWA 3G8RA 2UV8G 1Z41A 1VCFA 4RJEA 2NX9A 2G95A 3EXSA 4E0CA 3U6WA 3W23A 3N9RA 3OVRA 4BK9A 3W2NA 3LHYA 5CZ0A 1ZFJA 1SR9A 2YW4A 3GX9A 2QAPA 2BWGA 4Z0SA 4GUHA 1X1OA 1TPC1 4UTTA 4MIMA 2CU0A 1QDSA 2WSYA 4OWGA 5KINA 2H3BA 1TO3A 1W3IA 4MYXA 3NQ7A 2V30A 4WZHA 1SW7A 1ZAHA 4JTEA 3EKLA 4POCA 5AN7A 2C0AA 3EWBX 5L9FA 3TKFA 2ABBA 2Y7FA 3F1QA 5FF2A 3TC6A 2E6DA 4JTHA 3THAA 1K8ZA 5CZSA 4S2BA 2Y85A 4Y96A 3STCA 2VEPA 3P5ZA 2B7PA 3NZ1A 4JY8A 1QO5A 2Z2UA 2OCZA 1QPRA 4KWVA 4O17A 1I4NA 2WPBA 4YL2A 2H90A 3SECA 4BF9A 3EB2A 2ZTKA 4FHAA 3LCXA 3EX2A 3I7SA 4OQVA 2WSRA 1SU5A 3P84A 3LI1A 3LTYA 3S9YA 5A8GA 2GQ9A 2Y7EA 3BG3A 3L0KA 1YLVA 1JRBA 1F2JA 3PG8A 2QCNA 1DBTA 1P5BA 3Q94A 3P7YA 1SFLA 4NX5A 3PM6A 5FEPA 2VFFA 5CZJA 2FJKA 2Q3RA 4M7TA 1SUXA 3M7WA 4BI6A 3GK0A 1YTEA 2E5CA 1W0MA 3H54A 3W1UA 5AHFA 3W75A 3HPXA 3QH2A 2A6NA 4PC8A 3KVMA 5FF3A 1LOLA 2RDWA 1JCNA 3NQCA 3PR2A 4JTIA 4DPPA 4LWWA 3L9CA 2DU2A 2B7NA 4HN4A 1XBZA 4DBEA 3EXTA 3BK0A 5U7SA 4Q32A 2Y70A 4RZ4A 2P10A 5MHBA 3VCRA 2ZRZA 1QPQA 3WK3A 2DZSA 3VKJA 1PHQA 3ABOA 1MZHA 2P1FA 3NZRA 3NQVA 1FWNA 5KITA 4RLIA 2CLMA 5DN1A 3PG9A 4E2DA 1Z44A 3RLUA 1G7UA 3VI2A 1TREA 2V5BA 1IXPA 2ZA3A 4AF0A 1KM0A 1EUNA 3W7LA 3UZ5A 1GQNA 1N55A 1Y0EA 3P67A 3TFXA 5HMSA 1MEIA 2RHGA 4HNUA 5LZLA 3JRKA 5D2YA 4UTUA 2GVJA 3W6YA 2J27A 3THQA 1I2RA 4M6VA 1SW0A 3W7HA 2ZA2A 5FF0A 1V5XA 2R8WA 3R13A 5BW6A 1VR6A 1L2UA 1T8XA 4UNLA 4MFEA 3A23A 5E93A 3ZR4A 3MJYA 1KBJA 1H7OA 1WDWA 4N6EA 3MI3A 1LDCA 3R2GA 1AW1A 3W7JA 1RQBA 3I68A 1F5ZA 2QCEA 2BZNA 4UFHA 4D2JA 4DEFA 1K3UA 1KFLA 4ADTA 1H63A 4M6QA 5F4WA 3UXAA 3W2LA 4ZMGA 2VEIA 3ATZA 3CHVA 2VEKA 1OK6A 2A1YA 4O19A 1VHCA 2HS6A 3LOTA 1A50A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1NOW A;  4G7E A;  2JGY A;  1US3 A;  3AS0 A;  4PCN A;  3TQP A;  5CGM A;  1LG2 A;  4FB7 A;  4YTT A;  5AZ0 A;  4U28 A;  4BF7 A;  1VS1 A;  1UP0 A;  3PZN A;  4UBP C;  1UZH A;  3WY1 A;  1UIP A;  1I75 A;  2VHL A;  1EZ2 A;  4QIU A;  3KHJ A;  4JHZ A;  3K5X A;  3GXT A;  2CIT A;  3HQ1 A;  5C7V A;  7A3H A;  1FWE C;  1WV2 A;  1ME7 A;  4XD4 A;  1RY8 A;  3P8J A;  3WFL A;  3VIM A;  1VCG A;  1UP2 A;  4OVX A;  1O95 A;  1HKW A;  4QR6 A;  1VRD A;  2QJG A;  5TIM A;  3LPG A;  4FOJ A;  1QBB A;  2ZZ1 A;  1ZTV A;  4KKX A;  5DFA A;  3T40 A;  3SCQ A;  1O5K A;  3N4E A;  5KTL A;  2QJM A;  2DT3 A;  2JFE X;  2V5K A;  2J6X A;  4OKD A;  2FVL A;  1QPO A;  2OYK A;  1AUS L;  1IXQ A;  5IFP A;  3JZU A;  1BVW A;  2ALD A;  2QQ6 A;  4CNT A;  3SDO A;  2PLJ A;  4LAL A;  1G4S A;  2WJZ A;  4PEK A;  4I8Y A;  4PR4 A;  1R9X A;  3PTD A;  4DM2 A;  3NFU A;  1IWP A;  3M0K A;  1RBO B;  4C6N A;  4JD4 A;  3ZFH A;  3QYS A;  4L9X A;  1VFS A;  3ENL A;  4J5N A;  2OXN A;  1H5V A;  1Q6G A;  1NFP A;  4GVF A;  4XG1 A;  1GQI A;  1EC7 A;  3OIH A;  2RDT A; 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