3DXIA

Crystal structure of the n-terminal domain of a putative aldolase (bvu_2661) from bacteroides vulgatus
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
302
structure length
299
Chain Sequence
LKILDCTLRDGGYYTNWDFNSKIVDAYILAMNELPIDYLEVGYRNKPSKEYMGKFGYTPVSVLKHLRNISTKKIAIMLNEKNTTPEDLNHLLLPIIGLVDMIRIAIDPQNIDRAIVLAKAIKTMGFEVGFNVMYMSKWAEMNGFLSKLKAIDKIADLFCMVDSFGGITPKEVKNLLKEVRKYTHVPVGFHGHDNLQLGLINSITAIDDGIDFIDATITGMGRGAGNLKMELLLTYLNKHHGLNVDFNVLGNIITTFTPLLEKYQWGTNLPYMLSGANNIPQKEVMDWVTYSFNSIIRAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the N-terminal domain of a putative aldolase (BVU_2661) from Bacteroides vulgatus
rcsb
molecule keywords Putative aldolase
molecule tags Structural genomics, unknown function
source organism Bacteroides vulgatus atcc 8482
total genus 103
structure length 299
sequence length 302
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-07-24
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3dxiA00
4NVTA 1KTNA 1LLWA 4BWLC 4CQ8A 4K38A 2YFNA 2VOMA 3TH6A 2CLFA 4PTNA 3AJXA 2NXHA 3LDVA 3W2JA 1HUVA 4GUJA 3TNOA 2WO5A 1IIHA 5T26A 3EX4A 3KRSA 1QOQA 2OMAA 2JGYA 1L9WA 1TJPA 2Y89A 4M6VA 5G2IA 2I14A 3HG3A 1WA3A 3GDRA 1P4CA 5LNVA 2VEKA 4UFKA 3W2NA 2Q8ZA 1H1YA 3W07A 4IJBA 1Q6QA 3MHFA 4QNEA 1H62A 5LKYA 2ZDRA 3NQVA 3ABQA 4TMBA 2E5DA 4FX7A 3D0CA 1I4NA 3QMRA 3F1QA 3B03A 4S2BA 1WYIA 3LRLA 3T4CA 3S9YA 1FX6A 3QEZA 4FNRA 1FCUA 1JRCA 4QAIA 1EP2A 1RV8A 4LVGA 4P2VA 1TPDA 4ADSA 4K37A 2X1UA 3L0GA 4JR5A 2VELA 4O1BA 3O1NA 3DH7A 5D02A 1YDNA 1TQXA 1FWSA 3P60A 3HPXA 3FYOA 2P1FA 4MPQA 5DCEA 4QIUA 4IGHA 2ZZ5A 5G4WA 1RVGA 4E38A 4M7TA 2R14A 4NZFA 1KW1A 1LBLA 3W7NA 3PSWA 2YZRA 3N73A 3P5YA 4XBSA 4UR8A 2NX9A 4RK8A 3L68A 4HSOA 2Q3RA 1SSGA 5EKYA 3W7QA 2JGQA 3VCRA 3NDOA 1JCMP 4OBTA 4HN4A 1T99A 1N7KA 2WSRA 3BLFA 4MYAA 3LX9A 4NJHA 4P61A 4WY0B 5U7SA 3W1UA 4DXVA 1GVOA 2ALDA 1TO3A 1KM0A 3G1XA 3LM7A 3W2KA 3DKLA 4JYDA 3E12A 3NAVA 1PCKA 1EB3A 1YTDA 5FESA 5HWNA 1YTEA 1WX0A 1UCWA 4A22A 2QUUA 4UMAA 1TPVA 3WJXA 3QMTA 3GIYA 4LUIA 2A0NA 2I9EA 2Z1BA 4GFSA 2GJLA 2JBMA 3DFTA 4JTTA 3T44A 4UTKA 3GXNA 2ZYFA 1BTMA 1EUAA 4IX0A 1LLZA 1AW1A 2VXNA 3CB8A 2B7QA 2QEZA 3FOKA 3TC7A 3GNNA 1XBVA 3BW2A 1G4EA 3P81A 4YL2A 2NUWA 1OVDA 4O57A 3TFXA 3BK0A 1FWTA 4FNTA 1AW5A 1W3TA 3A22A 3UWYA 3DU0A 5K2ZA 3QQ0A 4ZVJA 3QZEA 4HIBA 4J9JA 3KHJA 3M0ZA 4XKYA 3GXPA 1TTIA 1DV7A 1MEHA 2ISVA 2GVJA 3LBCA 4O1AA 5AYZA 3W7OA 3NQMA 3PVFA 2OT0A 3DFQA 1PVNA 4JTSA 3IIOA 5G1TA 3HGSA 4UTUA 1IXNA 3NQAA 2DZSA 2CLMA 1H7PA 3PR2A 3G22A 3W22A 4S2CA 4HNTA 3Q37A 2YW4A 2ZTJA 1KLYA 3BW4A 4C1LA 2FPYA 2Y85A 4ADUA 3A23A 4O1CA 3DFPA 4GBUA 3TXVA 3TCEA 1DJNA 1FCVA 3QQ1A 3PAJA 4TIMA 2FLIA 3KRUA 4JD4A 3O6YX 4L4LA 2WSYA 1A5AA 2GVGA 3VFLA 4UTWA 1B9BA 4E2DA 3RLUA 3S5OA 3QFEA 3P8JA 2QAFA 3L21A 2JK2A 4WUIA 4NJKA 1VCVA 2GVLA 3F4WA 2Y6ZA 1JRBA 1K02A 3LHVA 2VENA 1KA9F 3EXRA 3UWZA 3UWWA 2FDSA 3U8GA 1EA0A 1HG3A 5DY2A 4A2RA 3YPIA 3Q94A 1QPNA 1N8FA 1GPWA 2V5LA 4Z1BA 3G1SA 3MI6A 4N02A 3THAA 5CPLA 1GEQA 4CQAA 4DO5A 5K4XA 1ZAJA 1D3HA 2YYTA 3TDFA 5D2WA 1QOPA 1AG1O 4ZQNA 3C6CA 4DBEA 2ZZ3A 3S8HA 3PB0A 3EWWA 3NYZA 3PY2A 4O17A 3B4UA 4O52A 3HF3A 4Q32A 1M7OA 4AB4A 1KBJA 2HS8A 1NFBA 3C2FA 2X1RA 1L2UA 4ORMA 4UTIA 1KM2A 3LCFA 5C54A 1LRTA 4Z1DA 2CLKA 5D03A 5C2XA 2B4GA 1G4SA 4LS1A 1HO1A 4D2JA 4LY8A 1FXPA 1VZWA 2FB2A 1O5KA 1ALDA 3CQ0A 4NNAA 1GOXA 2HMCA 4RZ4A 3ABOA 4UCGA 3LGEA 3BG5A 3S6DA 3GNDA 2Z6JA 3M41A 1QPRA 1FCBA 4DELA 4LVBA 2W79A 3GX9A 5ABTA 1X1OA 2J9YA 4NXSA 1KTBA 4AVFA 3SFKA 5F2IA 3THQA 2O7SA 2A5HA 2TPSA 3C3NA 4UC5A 1Z44A 5F2LA 3W86A 4KFOA 3EWUA 5IBXC 4MFDA 5EL1A 4H4IA 5GVJA 1Q6LA 3G18A 3IEBA 4IX2A 2QCMA 5BW6A 2HTMA 1RD5A 2QCDA 2C0AA 4UNKA 2FB3A 1SW3A 3LCLA 3UWUA 3W88A 3NQFA 1UASA 2O7QA 2ATSA 4IMGA 2QCNA 3GDTA 4Y9AA 1W5QA 3E9AA 3NPWA 3W7HA 2E6AA 2F7FA 3S42A 1ONRA 3CIWA 4FNUA 4N6EA 5AHNA 1OYCA 3M47A 2RDWA 4CCDA 1LOQA 3HB9A 3NM1A 4DQWA 4OE7A 3BVJA 4X9SA 1UBSA 2J24A 1DORA 4AHQA 1H7XA 1TRIA 3W7MA 2Z6IA 5KINA 4JYFA 5F1VA 3W1QA 2QR6A 3MJYA 2E5CA 3CM4A 5D37A 4JTUA 1N55A 3A9IA 3EEGA 1W54A 1YXDA 5CG7A 1S5TA 2QCLA 3S5YA 4GNJA 1OFBA 2CLLA 3BLEA 4ZQRA 5DCDA 3TJLA 4FF7A 3SECA 4UTHA 4LTSA 3LB0A 1ZAHA 1P0KA 5HUOA 5L6UA 1XI3A 3QF0A 1SU5A 1V7YA 1ICQA 1LZOA 1AMKA 1VYPX 4UTTC 2ZRUA 4LC6A 1WAUA 3DKJA 5D2YA 8TIMA 4OWGA 5D2VA 2DZXA 2QCFA 2QUTA 2V81A 1DQWA 4XKYB 1TCDA 4JDYA 2CLEA 1VLIA 1B4EA 2NX3A 4CNOA 2E6DA 2GQ9A 5D38A 2CZFA 2DU2A 3MP4A 4O50A 2NLIA 3I65A 2JKEA 3CWOX 3L5AA 5DY3A 4UFIA 3MI2A 3JR2A 3P62A 1F05A 2C14A 2ZRXA 4O4WA 3HPSA 1SSDA 5F4SA 2HSAA 1TTQA 3OHIA 1HTIA 1OYAA 3EKLA 4O8RA 4AWSA 3TR2A 1MEWA 5FEPA 3IIVA 1ML1A 5HWJA 1GT8A 1W3IA 3FJLA 4WOZA 1G4PA 3MYPA 2ZA2A 3U2OA 4KKXA 3PBYA 4FXSA 2OX1A 1IGSA 3T7VA 2AQWA 1OFQA 1OF8A 4GRSA 1W5OA 2XN0A 3ABSA 1JVNA 2TMDA 4JXCA 1TPFA 4JTEA 4WD0A 3I7RA 3TQ0A 1B4KA 2PRMA 4XWUA 2X30A 4LT9A 3LERA 4DO4A 1B57A 4GC4A 4GUGA 2ZZ4A 3KVKA 5TIMA 3PWAA 3V1PA 3NO5A 5HR6A 3N2MA 4MOZA 4A3UA 5LHEA 4K39A 5G2WA 5D2XA 3N2XA 2F84A 4RX0A 3ABRA 3NOEA 3OA3A 4RJEA 4JYEA 5DBUA 3HBLA 2YSWA 2NZLA 2QCGA 2I1OA 3FFSA 1QR7A 5HR7A 2TSYA 4UTJA 3GLCA 1GQNA 3P8IA 5LGXA 1GJPA 5E1QA 2QJIA 1F73A 1W37A 1K8YA 3W7EA 3NNTA 3CU2A 1VCFA 5AOUA 4I7VA 2B7OA 3USBA 1VHNA 1LOLA 1XKYA 4GUIA 2DJLA 1Q3NA 1TSIA 1TV8A 2H8XA 2LLEA 2Y7FA 4UTLA 3VI2A 1ME9A 1I2QA 4JIQA 1I2OA 1NEYA 4LOCA 3R2GA 3SJ3A 5IM51 4MZ1A 4ZQOA 3L67A 1MZHA 3L2IA 5F1UA 4G1KA 1TIMA 4O0KA 1W5NA 3TE9A 3HPZA 2E68A 1XUUA 4HNNA 1VH7A 3LRMA 4JY9A 4N4QA 4CLMA 3LXCA 1JR1A 4C1KA 3PM6A 4YCOA 4EWND 4JN6A 4WXZA 3Q2DA 4O54A 1GG0A 1JCNA 2DP3A 2YFOA 1F7BA 1QMLA 4GE8A 1LRNA 5FEZA 4I7UA 3GAKA 3W7PA 4PC8A 3EX2A 2C3ZA 5AHIA 1KV8A 2WNNA 2QCDB 3QW4B 3W74A 5J5DA 1AL8A 5CGQA 1F2JA 4M7SA 3W1NA 4Y96A 4LVDA 5HJLA 3W1LA 3LCWA 2WQPA 4MUZA 4JX6A 2PRLA 3W85A 1VPXA 1NVMA 1THFD 4Z0JA 4IQLA 1KFEA 4RXGA 2AGKA 3UD6A 5FEXA 3MYOA 4IXHA 3CLMA 4OV9A 3TMQA 1J5TA 2VEPA 4K6AA 4EF9A 4O1DA 1I45A 3K30A 5LHFA 1WBHA 1VQTA 1H7RA 3FIGA 4HT3A 3L5LA 4O4VA 3UPWA 1W31A 1LDCA 1P0NA 4ONVA 1PCWA 3KVMA 4RXFA 2CLIA 3G1DA 5CSRA 2Y63A 4LVAA 5KZMA 3DI0A 1JUEA 1W1ZA 5KSWA 3M1ZA 2FFCA 2A7NA 3NZRA 2QDHA 1JQXA 5HMSA 3QPYA 3IVUA 5TBOA 3G1YA 3O6DA 4POCA 5AB3A 4XTIA 2YX0A 2PURA 3QMSA 1VGAA 4LV4A 4HPJA 3N14A 1WQ5A 4Z1AA 5FF3A 3R12A 1CX9A 1EP3A 3NM3A 3NL6A 1MSSA 5AC7A 1SQ7A 3C2EA 3IIXA 2BTMA 3TROA 5D2TA 4A29A 1GTEA 4LVFA 3G3DA 5KITA 1HO4A 1H1ZA 5D09A 1Y0EA 4MLRA 3MP5A 2Y7EA 2QF7A 4R34A 3KOFA 4A2SA 1W8SA 1GVFA 4N9BA 4UTMA 3DXIA 1QNVA 1GVRA 1S5WA 2GQAA 4OGZA 1RQBA 3F4NA 3ZR4A 5CZ0A 1H60A 1GVQA 1K8XA 3PBWA 4FIQA 3M16A 3INPA 4OHQA 3QH2A 4ICNA 3NL5A 3ZS4A 1H7OA 5C6MA 2ABAA 1AL7A 4U28A 3M6YA 3MWAA 4YCPA 2ZZ7A 3UXAA 2ZRYA 4N6FA 3KXQA 4LC8A 3BLIA 3MW7A 1KFJA 2ZQ0A 4ZQMA 3SR7A 1TPEA 1JCXA 2Y7GA 2CFFA 2WKJA 4WOQA 1ZY9A 4ZL1A 3TSDA 5LNRA 1OK4A 1CI1A 5DXXA 1F6KA 3TA6A 2A2IA 3BV4A 3HGOA 3FA5A 4AAJA 3ATYA 1Z42A 3O8AA 2UV8G 3RFAA 3M5XA 3EWXA 4ORIA 3UXDA 1H7WA 3HG5A 1F6PA 4JX4A 4NX5A 4PH6A 4JEQA 1K7EA 1CW2A 3HG4A 5C5YA 1KFLA 1O4UA 2OJPA 1OX4A 5G2HA 2QAPA 3LCGA 2J9XA 4FHAA 4NT0A 3NEVA 1SFJA 3R5EA 3UPBA 4MYXA 5D33A 1ME7A 3FYPA 3LTSA 2NX1A 3IRDA 1YDOA 2Y70A 4QNWA 3GR7A 3MHUA 5AHFA 3N34A 3O07A 3NL3A 4JTIA 3GKFA 5EMUA 4BK9A 4M19A 4RZ6A 2E09A 4I9AA 4WX2A 3G1VA 5K4ZA 3KFTA 3O16A 2NV1A 4UTWC 1QWGA 1XBXA 4Z1CA 3P82A 3F03K 4GUHA 3G24A 3W2UA 1VLWA 4BFAA 3P84A 4N4PA 1FXQA 3R89A 2G95A 2VFIA 2ISSA 3QRHA 1VCGA 2WPBA 1ICPA 1IXQA 2VFFA 3IGUA 4IUOA 2EF9A 1ICSA 2YGYA 3UWVA 3W2MA 1MEIA 3EX1A 4EIVA 2RDUA 3LOTA 4PL2A 2RKXA 1L6SA 3GXTA 3UZJA 3E0IA 4LS2A 4UIOA 2JKPA 4FXRA 1MXSA 1LORA 5I3GA 1GG1A 1QCWA 3B0UX 3DFOA 3LV6A 1SW7A 3PUEA 1WDWA 4QISA 3UY8A 5I3FA 1FDJA 3W2LA 4DEFA 3LLDA 3PG9A 1L6YA 4JICA 4ML9A 2FQIA 2B7NA 2VFDA 4O18A 4ALDA 4IMDA 2ISWA 3TSMA 4UFLA 3DHFA 1TQJA 1G7VA 2VEMA 4I7WA 1KTCA 3O05A 2J27A 2ZTKA 1SO4A 4CQ9A 3TKFA 2VFEA 1PHWA 4WXYA 5DLCA 1TPWA 4JTGA 1EIXA 2WNZA 4Y8FA 3NL2A 4OU1A 1VS1A 3JS3A 5BOOA 3M5VA 5F2MA 1GVSA 1P1XA 3OG3A 4O19A 3N19B 3HQ1A 2YR1A 3W9ZA 1SZGA 4YLWA 4AHOA 3BO9A 2CLHA 3UYCA 1RZMA 2J88A 5HINA 1O60A 3B0VC 1G69A 3R13A 3KVLA 2R91A 3RK8A 3TUUA 3TSBA 3I6RA 1RR2A 2IQTA 1JULA 4FX6M 4O14A 3L0NA 3G1AA 3UQNA 2D73A 4H6KA 4K7VA 3WJSA 2A4AA 5I3KA 3L66A 1XDLA 3UWQA 3V75A 2ZA3A 1VYSX 5IBXA 1ZNNA 3A5FA 1JJKA 3SSJA 3L0KA 1RQHA 2C19A 2YDAA 2CW6A 2EAWA 2EGZA 1KM1A 2DJXA 2Z2UA 3FKRA 3N9SA 3TIMA 3EWYA 1S3HA 4IWWA 1G67A 1GTHA 3TX9A 4O28A 2RDTA 3RU6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1DJZ A;  3WMS A;  4RDV A;  1W6T A;  3M0X A;  4BWL C;  3OW1 A;  4CQ8 A;  3MSD A;  3FN9 A;  2D0G A;  3CK5 A;  2WO5 A;  4QG6 A;  3CGT A;  1L9W A;  1TJP A;  2Y89 A;  3Q67 A;  3GXM A;  3HG3 A;  3KWX A;  1OT2 A;  2VEK A;  3W2N A;  3MC5 A;  3STP A;  1UP3 A;  1VJS A;  2OG9 A;  4IF2 A;  3MHF A;  1W3H A;  4IJB A;  1R3V A;  5EU9 A;  3VOF A;  1I4N A;  3F1Q A;  1AD1 A;  2J25 A;  4WR3 A;  4CU7 A;  4K1G A;  1EP2 A;  4NRS A;  4LVG A;  4P2V A;  3TVA A;  1EOM A;  4K37 A;  3CAV A;  3K1G A;  1BSL A;  3BTN A;  1NJJ A;  3WD4 A;  1GVI A;  4MPQ A;  3FYO A;  2P1F A;  1GOM A;  1D7K A;  1MW1 A;  2GL5 A;  2ZZ5 A;  5FAG A;  4LEF A;  3OOQ A;  4M7T A;  2R14 A;  3EYP A;  1LBL A;  3W7N A;  2A3B A;  4IM4 A;  4B15 A;  4KF1 A;  4RK8 A;  4FLS A;  3W01 A;  3CYJ A;  1JDD A;  5I07 A;  5BWF A;  4C1N B;  4LXF A;  1JPH A;  3CUH A;  5EKY A;  1CXE A;  2RJG A;  2GUB A;  4OBT A;  4EAY A;  2ZVR A;  4EXQ A;  3BLF A;  3DCP A;  3N6Q A;  1E9I A;  5HAT A;  1OC5 A;  4NJH A;  3W1U A;  4D8A A;  1Y5V A;  1BFN A;  4A6G A;  4KH2 A;  3T08 A;  1F3E A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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