3DZ1 | Genus

Total Genus 109

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	109
sequence length	301
structure length	301
Chain Sequence	SLKLTPEAAGTFAIAPTPFHDDGKIDDVSIDRLTDFYAEVGCEGVTVLGILGEAPKLDAAEAEAVATRFIKRAKSMQVIVGVSAPGFAAMRRLARLSMDAGAAGVMIAPPPSLRTDEQITTYFRQATEAIGDDVPWVLQDYPLTLSVVMTPKVIRQIVMDSASCVMLKHEDWPGLEKITTLRGFQKDGSLRPLSILCGNGGLFLDFEMERGADGAMTGYCFPDMLVDVVKLSKAGQRDLAHNLFDAHLPLIRYEHQQGVGLSVRKYVLKKRGLLSSSAQRKPGASLTDTAREEVDYLLSRL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__806965232931417__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__806965232931417__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3DZ1/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__806965232931417__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"806965232931417","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3DZ1/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__806965232931417__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Rhodopseudomonas palustris
publication title	Crystal structure of Dihydrodipicolinate Synthase from Rhodopseudomonas palustris at 1.87A resolution rcsb
molecule keywords	Dihydrodipicolinate synthase
total genus	109
structure length	301
sequence length	301
ec nomenclature	ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date	2008-07-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3dz1A00

1LLWA 5AC8A 1N7KA 2J9XA 5K9XA 1U83A 3O1NA 3HBLA 4JDYA 3UWQA 5LNRA 2FB2A 3W7EA 4MFEA 1UCWA 4UMBA 4BR1A 3I7SA 2ISSA 3PUOA 3S6DA 4N9EA 5FEZA 1G4PA 3RMJA 2Q3OA 2QJIA 2VEIA 4HNTA 5K9DA 4GFSA 1OF8A 4KKXA 1TPDA 5DBTA 3P62A 4O57A 1RVGA 3W87A 1UB3A 4ZMGA 1MEWA 1ZAIA 1AW2A 1V5XA 4Z1BA 4ZQRA 4PEKA 3KRZA 1EUNA 1H1ZA 3TC7A 3DBPA 5BNKA 3FYPA 4K6AA 4RV8A 4HIBA 4OU1A 4U28A 4UTTC 3L66A 5DY3A 2QAPA 4Y8FA 1XKYA 4PL2A 1SZNA 4JN6A 2VELA 5LZLA 3FOKA 5IBXA 2PRLA 3O6CA 2FPVA 1M7PA 2TRSA 5E0KA 2YZRA 1SFLA 2DZTA 3W7DA 1R2RA 3GX9A 3WK1A 3QSRA 4YL2A 4WOZA 4IOTA 4WUIA 1U5JA 3HF3A 2YYUA 3CC1A 3G1AA 3UY7A 2XFWA 3INPA 1W31A 1FBAA 1ZJIA 2QUUA 5F2GA 3B0VC 4JTGA 1H51A 4BWLC 3EXTA 1QR7A 3T40A 1KTBA 1VLIA 4JX6A 4Z1DA 1SO3A 1TRDA 4G1KA 3OIXA 3C56A 3KX6A 1QAPA 1DQWA 3GAKA 2C0AA 3NZ1A 2A6NA 1MO0A 2J6XA 3B06A 2YPIA 1MSSA 2FPYA 4K7YA 3G8EA 4LW7A 3TMQA 5BMWA 4JY9A 3S9YA 3N2MA 2B7PA 3LRMA 1SZEA 3TNOA 3WJYA 3IGSA 4AHPA 3TK7A 4PCFA 1THFD 1VYPX 3WJWA 4UTHA 4XWUA 5E93A 4GBUA 3G1SA 3W7HA 5C55A 1RQHA 3W2KA 1FCBA 3RF9A 3GKAA 2ZRUA 4BF9A 2NLIA 4JS3A 4CLMA 2J24A 5G1YA 4HN4A 3SFKA 3NYZA 1S5TA 1OFBA 2FB3A 1IXQA 4O1BA 5AHFA 1LBLA 3MO7A 1KFLA 2GJLA 1IXOA 3CWOX 4IUOA 2OCZA 1SW0A 2Z0IA 5FF2A 3W73A 1TPWA 3TU9A 3NNTA 4NJIA 1DORA 1G7VA 3GDTA 3EX6A 4JTSA 2WSYA 1PCKA 4FXSA 4ORIA 4QITA 2VEPA 3DFQA 1EWDA 2QCGA 2HS6A 1TJRA 3SSJA 5LNUA 4CNPA 4CNNA 3UZ5A 1PVNA 1NAL1 5CPOA 1A5AA 2E5DA 1W3IA 4IJBA 2FFCA 5LHFA 1OFRA 3EWXA 4CNOA 4O53A 4MZ1A 2I1OA 1T99A 3PAJA 3PB2A 1FWTA 1W1ZA 3R2GA 3P5YA 3LV5A 1SFJA 5I3FA 3UQNA 3LOTA 4JTTA 3WJSA 2Z2UA 1S5VA 2E6DA 1TPEA 5IBXC 2ZRYA 3FKKA 5K7JA 4DELA 5CG7A 4LNYA 3NAVA 1K8XA 1SZFA 3MHFA 3IEBA 1GG0A 4JYEA 3F03K 3T44A 5DCDA 2GVGA 1JULA 2CZFA 3B4UA 2QKFA 3EX3A 1KFJA 4WXYA 2VFGA 5F1VA 3I7RA 3IIPA 4MPQA 2ZZ7A 2QUVA 1KFEA 4DF0A 4EOUA 3CEUA 5D2VA 5FEPA 5C2XA 3CLMA 4XKYB 1O94A 1X1ZA 1DVJA 1K3UA 4ORMA 4HHPA 3G8RA 5HMSA 1OYBA 1FCVA 1Y0EA 3EX2A 5G2WA 3L0NA 5KTLA 1A5SA 1XBZA 1GTHA 2E68A 4ZL1A 4ZQMA 4FNQA 3OVPA 4R34A 7TIMA 1FDZA 1DL3A 2NUWA 5HR7A 5HWNA 3TA6A 3H54A 1G4EA 3TV8A 4UXDA 4FX7A 3M16A 5AHNA 4RLIA 2YW3A 1WYIA 4BI5A 1Z42A 4K36A 3SJ3A 1NFBA 3LBMA 2WNNA 3PBYA 3PBWA 3B0UX 4DO4A 1XBXA 5FF7A 1ML1A 4Y9AA 4JTKA 4MZYA 3WK0A 3GB6A 3G1DA 1XCFA 4LOCA 2NWRA 3R5EA 5DBUA 3W88A 3TKFA 4YWIA 4O11A 4S1FA 3UXAA 1VCVA 4GWEA 2X1RA 1P1XA 3VFLA 5H91A 3LRLA 4MVAA 1TQXA 4N9DA 2B7OA 3FS2A 2FQIA 3TR2A 3W83A 1SW3A 1PS9A 3G24A 5KSWA 3ATZA 3W1AA 1OFPA 1K7XA 1YYAA 2JBMA 1LRQA 1PHQA 1QPOA 3KHJA 3GDLA 2ZFAA 4C1KA 2O7SA 1ME9A 2EGZA 3KAOA 5LKYA 1TPVA 4XBKA 2FJKA 3E02A 2CLIA 3MP4A 4IQLA 4KFNA 1SR9A 3LCLA 1TQJA 2WSRA 3V75A 1FDYA 1F05A 4IMEA 5F2LA 2ZQ0A 1VR6A 1IXNA 1JCMP 1YPFA 2FDSA 1W5PA 2BSLA 5I3GA 1XI3A 3HPSA 3N73A 3L0GA 1AG1O 4AMAA 2V9DA 3PBVA 4OBTA 3F1QA 3N9RA 3O8AA 2CLLA 2CZ5A 1QNVA 2BXVA 4JICA 3G18A 1KW1A 2EAWA 1BEUA 3NQGA 4O1CA 1HO4A 3GR7A 3GNNA 3TXZA 1GQNA 3U2OA 5CZ0A 3DKLA 2WSQA 3VI2A 1M5WA 5KZMA 4GXMA 2GQ9A 2XN2A 1O95A 5D03A 1A5CA 2A1YA 4MY8A 2EPHA 1H7XA 2V2HA 3CTLA 3LB0A 3T7VA 2RH9A 1O5XA 4PODA 1FXPA 3O6DA 5AOUA 5DY2A 3W7MA 2Y7GA 3M44A 3PB0A 4O17A 5F4SA 1F76A 3NM1A 3S5ZA 2Y7DA 5D30A 5DN1A 3L5AA 3FKRA 3UZJA 3W85A 1W0MA 2BZNA 4Y6GA 1B4KA 2V2DA 3NO5A 1H50A 4EWND 3KOFA 5CPMA 3GDMA 4QJ1A 3NL3A 1WAUA 3HG4A 5A8GA 4JTHA 4IX2A 1TTQA 3NPUA 1JQVA 4MFDA 4R53A 3QZEA 1XDMA 3ABSA 3IRDA 1W56A 1D3GA 4GUJA 4PFMA 2QR6A 2C18A 4NZFA 5K4XA 1LRNA 5AN7A 1JCJA 3SW6A 3LTYA 3YPIA 4E2DA 4H6KA 1LBMA 3F4WA 3W2UA 1L6WA 3LRKA 1M7OA 1DJNA 1KV8A 4UTMA 3BK0A 1KTNA 4E38A 2CFFA 1WX0A 3MP3A 1HO1A 3FJ6A 1DJQA 3IVSA 4QNWA 1JRCA 3DH7A 1TB3A 2J27A 2NUXA 3WJZA 4O14A 1X8FA 2ZA2A 3MHUA 3S5OA 3TQKA 3TX9A 2Y85A 3W7KA 2VFIA 5I3IA 5KITA 5BRBA 2JGQA 6TIMA 1Q6QA 1FWSA 1WOAA 3JRKA 4JYFA 4WQ6A 3P82A 1TPFA 1ZALA 2ZDRA 3V1PA 1R30A 2AAMA 2CLOA 3CT7A 1Q6OA 3IIOA 3LX9A 4LV4A 3BVJA 2XN0A 4AF0A 1XM3A 4FIQA 4LT9A 4Z0SA 1GPWA 1KM5A 3DFOA 4P2VA 3RLVA 1VS1A 4XBSA 3VE7A 3TSMA 3CWNA 4FX6M 4MLRA 4HNVA 2DORA 1YDVA 1YPIA 5CSRA 1KM4A 4PH6A 4DBDA 5I3HA 3OVRA 3P74A 3Q94A 4IMGA 1L6YA 1XUUA 3W7OA 2V5BA 2CLFA 1X7FA 4FHAA 4ZQNA 3H55A 1VZWA 2A7NA 5C54A 1UBSA 4BI7A 4NXSA 2A21A 2CZDA 2W79A 3M43A 4A29A 4JGDA 2ZCGA 4POCA 4CCEA 4H4IA 3THQA 2WQPA 1QO2A 1DV7A 4P61A 4K39A 1CW2A 1JCLA 1YTKA 4Z1CA 1BKSA 3SY5A 1KFBA 5F1UA 1H7OA 2EHHA 4YLWA 1OG0A 4LS2A 2YDAA 1GG1A 4IX0A 5HUOA 1EP1A 4XTIA 3W75A 1G4TA 1FCQA 5SWUA 1TYGA 4LU0A 3W7LA 2ABBA 1I8JA 2WNZA 4O1DA 3E96A 3PSWA 3P67A 4PA8A 6ALDA 1GVFA 3QW4B 3GZ3A 2A7PA 3L2IA 4NT0A 3C6CA 3UXDA 2NXGA 4JIQA 4QNEA 1JUEA 2NZLA 2A85A 2J9ZA 3SECA 3QYQA 2DZPA 3W7QA 3HGOA 4O8RA 3QJAA 1TMHA 2V81A 3M5VA 1I4NA 3OHIA 1EX5A 4QISA 1J5TA 3EKLA 4UUIA 4QSHA 5G5IA 3PBUA 1EA0A 4ZQOA 2NWSA 3HO8A 3W7NA 1ZCOA 4IMCA 3SIZA 4AHQA 2A6LA 5AC7A 4JR5A 1W3TA 5KZEA 2JK2A 3C4UA 3THAA 1LOQA 1LP6A 3GNDA 1B57A 1TPC1 5F2MA 3W7GA 3QMTA 3LCHA 2PURA 3OG3A 4XQ6A 5LGZA 1IXPA 1WXJA 1KM3A 4DPQA 4O15A 2A5HA 4UTJA 2ZBTA 3KRSA 2FIQA 5K2ZA 2HSAA 2ZA1A 3LERA 1MEHA 1AL8A 2WOQA 2QCDA 1JRBA 3CHVA 3LXAA 4O10A 4DPPA 2KZHA 2RFGA 2Q8LA 2G97A 1IIGA 4N4QA 1D9EA 2HS8A 2X1SA 3LBCA 2A2IA 1SUXA 5AHEA 3FJLA 1ZENA 3N34A 5HJLA 4FF7A 3LM7A 2C1HA 1BWLA 3R89A 3DFPA 1KM6A 4HPJA 3BW4A 1GVSA 1VQTA 5AYXA 3UWWA 5D09A 3SI9A 3DFNA 4CQ9A 1GZGA 2X30A 1LM1A 3MW7A 4BFAA 1UUMA 4DBEA 3HGRA 4LVAA 3BG9A 4RR4A 4WXZA 3HGSA 1KTCA 3SZ8A 4LUIA 1KV5A 1OYCA 1OF6A 1UUOA 4EF8A 1H62A 1R2TA 3NGJA 4IPIA 1G67A 4AWUA 4O0KA 2TSYA 3GK0A 3HB9A 1H60A 3ELFA 4UCGA 3T4CA 3LCIA 4N9CA 3N3MA 4NNBA 3BLEA 2C13A 3TAOA 3L9CA 4UTWC 4RJEA 4AHOA 4YMZA 1YXCA 2WKJA 3Q37A 1YDOA 4WJEA 3W74A 2CLKA 5K3VA 3G1XA 4R7JA 1ZAHA 3NQCA 3W76A 3W2LA 2OT0A 1Z41A 3EWWA 5FESA 1ME8A 4X9SA 1F6PA 3KXQA 3W1UA 3RLUA 4DO6A 1JVNA 4LRTA 5F4WA 5EPDA 1AL7A 3PF3A 4H3DA 4FXRA 1W5QA 3BLIA 4UTIA 1J4EA 2YYTA 1T96A 3QF0A 4ZZ9A 4BI6A 3PVFA 3BW2A 1UJPA 2RDTA 4O1AA 1LTDA 2JKEA 1ICSA 4S2BA 3TJLA 4I7UA 3MYOA 4Q33A 2ZTJA 3UWVA 1EP2A 3PC0A 3QQ1A 4KFOA 3QMSA 1LDCA 2YR1A 3C2VA 3R8RA 5HWMA 5G4EA 3TROA 4UFMA 4HSNA 1L6SA 2ZRZA 2DZXA 1QCWA 3OA3A 1FQ0A 4HNNA 2GPTA 3RFAA 1M6JA 1KM2A 3A24A 3ZFHA 4X22A 2GUUA 4JDBA 3FFSA 3P5ZA 1K7EA 2ZZ5A 1Z48A 4E2BA 3UWYA 3W23A 4GUIA 2DZUA 3I6RA 3G3MA 4JNMA 2CLMA 5CKSA 3STGA 3NM3A 5G2IA 1I2RA 3EB2A 4FNRA 3FA5A 2Y89A 3W1TA 2Z6JA 5AHIA 3O16A 5HINA 4TMCA 1GVRA 3A23A 4GC4A 1RPXA 3NQ8A 4HSOA 2Q3RA 3ABQA 3ZS4A 1QOQA 1L9WA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3DZ1A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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