3E0IA

Cu2+ substituted aquifex aeolicus kdo8ps in complex with pep
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
263
structure length
263
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGLGDKSGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Electronic structure of the metal center in the Cd(2+), Zn(2+), and Cu(2+) substituted forms of KDO8P synthase: implications for catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
molecule tags Transferase
source organism Aquifex aeolicus
total genus 98
structure length 263
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2008-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3e0iA00
5A5WA 5C55A 1AW1A 1R47A 1H7OA 1W5PA 4Y9AA 4UCGA 2Z6IA 4UTTC 4AWUA 4Z1AA 5D2VA 2NX3A 1R2RA 2YYTA 1JR1A 3CIXA 1UASA 1TTIA 1UJPA 1NF0A 1YXDA 5F4SA 1OK4A 4UFHA 4AHQA 4M6VA 1I4NA 1FCBA 2Y7EA 5L9FA 2QCCA 4JTGA 5MHBA 3USBA 3CWNA 4BI5A 4FXSA 4FX7A 3LHZA 3EWXA 1OYAA 2E68A 3CB8A 2QCMA 3L5LA 1LBFA 3NQEA 1BWLA 5CSRA 3W3OA 1LOSA 2NUXA 3MI2A 3C2OA 3LBMA 1ONRA 1B3OA 2FB2A 4UFKA 4FIQA 3W2LA 4PC8A 2OT1A 3DFNA 2VKZG 3LBCA 3N73A 4PH6A 4OU1A 2WOQA 4POCA 3SFKA 3WJWA 2C6QA 3PC0A 2DZPA 3QW4B 4MFEA 3DFSA 1EPXA 3EWYA 4Y6GA 3C2RA 2V2CA 3DFPA 1LOLA 4PCFA 1BKSA 3Q37A 2VELA 3W84A 1QMLA 1WBJA 3GR8A 1IF2A 3W1NA 1CI1A 3UWVA 3TW6A 3PAJA 4MIMA 4P61A 1YPIA 1T8XA 2DZTA 3I65A 1TPEA 4H3DA 4NUWA 1QDSA 3G1HA 2WO5A 4LW7A 4JTJA 1FUYA 5DBUA 4LC8A 2J88A 5KMYA 1DJNA 1S5TA 3MJYA 3V75A 3M6YA 3IVUA 1F76A 3UQNA 4DF2A 4UR8A 2Q8LA 4KWVA 4LUIA 1SW3A 1TMHA 4MY9A 3W7MA 1OVDA 4O1AA 3ABOA 2EAWA 4JEQA 1X6UA 2WSRA 3A21A 4IMEA 1KFEA 4R34A 3W7PA 1CW2A 4OQVA 2NUWA 4MJMA 3R5EA 1OFAA 2F7FA 4K36A 3W1PA 4LNYA 3NGJA 3C56A 2DORA 3CWOX 4YLWA 3KRZA 1ZFJA 4HIBA 2FPTA 4M5PA 2AQWA 1TO3A 1XDLA 5I3FA 3PB2A 5KZDA 4R53A 3TUUA 2JKAA 3B04A 4DBEA 2OT0A 4K38A 4UIOA 1KA9F 4XZ9A 3W7DA 1D9EA 5BMWA 3E96A 3BLFA 3VE9A 2P1FA 2ZBTA 4LVFA 1P0KA 3FOKA 1RD5A 5CZTA 4Z1DA 3HOJA 3KVKA 5TQLA 3K30A 4P2VA 3PBVA 3B0UX 4FNQA 2J27A 3E9AA 3G1FA 1XKYA 4IQLA 1DJQA 4HNVA 3KAOA 1IXQA 4ADUA 3NL5A 5DCBA 3W1RA 4ZQRA 1LYXA 3SIZA 5LNRA 3R2GA 1JVNA 1MEWA 1B9BA 3CQ0A 4XTIA 3G3MA 3QRHA 3W70A 1YXCA 3L9CA 5D37A 3UZJA 4UTUA 1YYAA 1FWNA 2JGYA 3BW4A 4XQ6A 4JTSA 5G2IA 1KFCA 4EF9A 4NNAA 1GVOA 4LVGA 3TR2A 1UUMA 4FO4A 4UTMA 5D33A 3T4CA 4AHPA 2ZYFA 2EPHA 2RKXA 3DH7A 5KZMA 5FEWA 3P74A 3P5ZA 3PS7A 3GDMA 4ALDA 3L21A 4U4MA 2VXNA 1GYNA 3E49A 3DGRA 4TR9A 2VFGA 4OE7A 3LM7A 4JX6A 1ZAHA 3SECA 4EWND 2VENA 1RPXA 2WV8A 6ALDA 3TXVA 1ME9A 2HS8A 2FLIA 1F5ZA 1GPWA 4UTJA 3TX9A 3RLUA 5G5IA 1KLYA 1EUNA 4QNEA 4O17A 2EKCA 4N6EA 1FXQA 3M5XA 1ZENA 4O13A 2Y70A 3NAVA 3QQ1A 1EWDA 1WQ5A 3BW3A 5D09A 1AMKA 3OHIA 2Y88A 3CC1A 2C1HA 5D04C 5C54A 1I8JA 4IMCA 3B4UA 2FPYA 2A0NA 3NQAA 4JTEA 1GJPA 3HF3A 2CZEA 2VEMA 3KVLA 3KRUA 3L2IA 1SR9A 1AK5A 3VI2A 3GDKA 2TPSA 4XUGA 4CCEA 3P8IA 3SGUA 3S5ZA 2ZA3A 1PHQA 4K37A 5G2WA 3LCFA 1TYGA 3OVRA 4QQ3A 3DI1A 4MLJA 2YCEA 3HPSA 2VC6A 3UY7A 1WXJA 4O28A 2EHHA 2ZFAA 3FIGA 4TMCA 3HG4A 3A5FA 3ABRA 3S9YA 3TCEA 1A5BA 4JTIA 4ADSA 2BTMA 3HG2A 1KTNA 1FWRA 2X1UA 4LVDA 2A1YA 2GPTA 5AYXA 2GUUA 3ZS4A 1G4TA 2DZXA 1EUAA 1FDYA 2GVJA 1TPDA 2GVGA 4JX4A 4X9SA 1G67A 3BVJA 5AN7A 1GEQA 1I2RA 5LGXA 3EWZA 3UNDA 4DO5A 1F74A 3LB0A 3W88A 1YTEA 5HWMA 3OBKA 4X22A 3NPUA 3LRKA 2J9ZA 1GVQA 5I3KA 1VYPX 3TU9A 3GXPA 2ZRVA 3SI9A 1GT8A 1NEYA 4IPIA 4K8HA 3F03K 4AHOA 3OVPA 4UXDA 5LNVA 3M16A 4OBTA 3TDFA 4CCDA 3A23A 4CQ8A 4S2CA 5CPOA 4GJ1A 4M7TA 3GX9A 1NAL1 2C13A 3GXNA 3DZ1A 5E93A 2GJLA 2QF7A 3O16A 2J9XA 3W71A 2VEPA 5HMSA 3B05A 2BXVA 5HQEA 4O57A 4FNUA 4G1KA 3DHFA 1KM2A 4MKNA 3IIPA 4LRSA 3W87A 1XL9A 2PRMA 3GKAA 1VLIA 2C19A 1W3TA 1D3HA 4FF7A 3P8JA 4N9CA 1SW0A 3W23A 4Y90A 4O1DA 4OWGA 2A85A 2CWNA 4K7VA 1KFKA 3DFQA 4KFNA 3TMQA 3QMRA 3U8GA 2AGKA 2ATMA 3LCWA 1FCQA 1JULA 3STEA 3W75A 1T0OA 5D02A 1OJXA 3UWUA 2V9DA 4IMDA 2H6RA 4CLMA 1K8YA 1SFJA 3HQ1A 4KKXA 3TW7A 5ABTA 4M6QA 4ADTA 4O54A 1HG3A 2E1DA 2FTPA 3PBUA 4GNJA 3GR7A 3EXSA 4JTLA 4MPQA 3TNOA 1OYCA 1PCWA 4UNKA 4FEZA 2DJXA 4J9JA 1F05A 3LI0A 1SZFA 1KTBA 1TRDA 1UCWA 3TC7A 4AWTA 3P84A 3CT7A 3TROA 3FKKA 4JDYA 2CW6A 1Z41A 1KM1A 1G7VA 2OCZA 2Q3RA 3BO9A 1XBYA 3FEMA 5LNWA 2HMCA 3EWBX 4HPJA 3VE7A 4GUHA 1W37A 1Q6LA 3G1VA 4XWUA 2NV1A 3W7QA 1R2TA 2QUUA 5EBUA 2VFFA 4NZFA 2XN0A 3QMSA 2VEKA 4LT9A 3LV5A 1X1ZA 3LCIA 1S3HA 2QR6A 4CQ9A 1QPOA 5D03A 5DBTA 3QSRA 2NXIA 1AL8A 1DL3A 4E2DA 1O94A 4WXYA 3OVQA 3PSWA 3TMLA 3G1XA 3PUDA 2C14A 4AF0B 1ME7A 1KM0A 2ZRWA 4MLRA 3WK0A 4YCPA 3FLUA 1Z42A 3W2UA 4ZQMA 5EKYA 1S5VA 3JR2A 2A7PA 3LXCA 1VZWA 3TC6A 1P5BA 1O95A 3NQFA 2E5DA 4N02A 1KV8A 1RV8A 4PFMA 4WD0A 5LGZA 1HL2A 2Y89A 2C0AA 1G69A 1JCMP 3DXIA 4MJZA 3NL2A 1H60A 1VGAA 3O6CA 3HGRA 4W9TA 4LC6A 1TPFA 1ML1A 3HB9A 2OJPA 4N4QA 3S1VA 3T78A 2CZFA 4WY0F 1A53A 1TV5A 4CCCA 2QCHA 1M7OA 2P0OA 2Y85A 1H51A 5T26A 3IEBA 3CLMA 4NX5A 3GYEA 2YGYA 1LLZA 1H5YA 5K9CA 4PL1A 1C8VA 1RQEA 1PL9A 1K8ZA 4IMFA 4JDBA 1LRTA 3BGJA 4DELA 3S6DA 1KV5A 4GC4A 1F73A 4JIPA 4GFSA 4IWWA 5KTLA 2ISVA 2WKJA 3LCGA 2JK2A 3A9IA 1SUXA 3W1TA 2NX1A 1XBVA 3LDVA 3TAKA 3T7VA 2A7NA 4UMAA 4HNUA 2ZZ3A 3UWWA 3GAKA 3W85A 2ALDA 3W7KA 3WJYA 5IBXC 3SSJA 1FWWA 3S42A 1D3GA 3GNNA 4A22A 4LV4A 3PSVA 2VEIA 5EMUA 3QZEA 2X1TA 2FJKA 3LCXA 1R30A 4AEOA 1VYSX 5K4ZA 5J5RA 1RQBA 3MYPA 3M5YA 5CKSA 3LRLA 2ZRZA 2ABBA 2E5CA 4YL2A 5AB3A 4QJ1A 3M0ZA 3MBDA 3RF9A 4WOQA 5IBXA 4UTIA 1ZY9A 2E6AA 5F1UA 4LS2A 5AHLA 4O15A 4IX2A 3UY8A 4JN6A 3G22A 4MYXA 1TPB1 3VCRA 2DU2A 2E6YA 3NXFA 3LHYA 2I14A 2H3BA 4GUFA 2W79A 5G4EA 2WSYA 5FEXA 4QAIA 3F4NA 3L67A 4UMBA 3G24A 2QCEA 2AAMA 5BRBA 3B0PA 3W74A 2ZRYA 2JGQA 3MHFA 1QPQA 2QUTA 1BEUA 2Q3OA 2YW4A 1L6SA 3S1XA 4TMBA 2ZZ5A 3LXAA 3TQKA 4K39A 3NPVA 4JYFA 1M7PA 4C1LA 1R46A 5HUPA 5AOUA 3BARA 4HSOA 1FWSA 2ZQ0A 1K7EA 5LHFA 4AMAA 2NV2A 3C6CA 5HWNA 3HPZA 4WY0B 2B7NA 4DF1A 1SPQA 4BR1A 1I2OA 1I2QA 2QCNA 2HSAA 3GNDA 1SFLA 3FYPA 1MZHA 5AYZA 1VPXA 1O5XA 3ABSA 4YCOA 3Q94A 1PVNA 1VLWA 4ZVJA 4DEFA 2QJHA 2B7QA 1QPRA 3QM3A 1K8XA 3DU0A 2RH9A 3T40A 1JUBA 2ZA2A 4WZHA 5FI8A 4GUGA 1VR6A 5G1YA 3IGUA 3MP3A 1EP1A 1XDMA 3ZFHA 2E77A 4BF9A 1XI3A 4WX2A 1MXSA 3R8RA 1JCNA 3QSTA 1HTIA 3TQVA 4WQ6A 1P0NA 3L0KA 3NQ7A 1TV7A 3LTSA 3LHVA 4GWEA 4LS0A 5FF7A 3N2MA 4D2JA 3FFSA 4NJJA 4N6FA 1VC4A 5FESA 3B8DA 1LOQA 4M19A 1A50A 1I2NA 3NOEA 1QPNA 5GVJA 1A5SA 3O6YX 3C8FA 4NJGA 1GVFA 4RLIA 3TAOA 4UTWC 2Z6JA 1X1OA 4Q33A 3T55A 4RZ5A 3BW2A 3S5OA 3W2KA 1WX0A 3FJLA 1EEPA 4WJEA 1KM4A 3KOFA 3OG3A 1SSDA 1KW1A 2JKEA 4NU7A 3IRDA 1T99A 2ISWA 2ZRUA 4I9AA 3YPIA 3RU6A 5EY5A 4IPJA 1JCJA 2E6DA 5CSSA 4LVAA 1M5WA 3EX2A 3W7HA 4JGDA 1H61A 1OFPA 3W73A 2GOUA 2G96A 4BWLA 5HJLA 3WJSA 4UTWA 5J5DA 1ZCOA 4O18A 3W7NA 4QISA 1H7RA 1DOSA 1C29A 3TXZA 2WNQA 2WQPA 4M7SA 2W6RA 4K7YA 4LVBA 4RCXA 3TA6A 5AC8A 3W7LA 2V5BA 3S5YA 3O63A 4L4LA 4ZL1A 3KVMA 3HG3A 1QOQA 3NQ8A 4AF0A 3WK2A 1JJKA 1OF6A 1OFEA 1DV7A 1TB3A 5DELA 3HIJA 3O1NA 3C2EA 5AC7A 1GWJA 2YFNA 1KBJA 3U6WA 5SWUA 5AHNA 1HO4A 4AB4A 4O8RA 3N34A 3H53A 3NPWA 4Z0SA 4ORMA 5K9XA 1OG0A 3B03A 5F1VA 4GUJA 1C9DA 3L5AA 1H50A 5K3VA 4XKYB 1JRBA 4HKPA 5F2LA 1TV8A 4FHAA 4CNPA 1VH7A 4N4PA 4NNBA 1OX4B 3L65A 4NXSA 1FDJA 2A2IA 2B0MA 2V82A 5F2IA 1ZALA 5DCEA 3P81A 1VJIA 4XBSA 3G18A 3HJZA 2YDAA 2Y62A 5FEPA 3TE9A 3W22A 4IMGA 2A21A 3NPXA 2A7RA 3C61A 4IJBA 1IXPA 3W1QA 1FY6A 1YXYA 1TTPA 4UTKA 1SZNA 1GTHA 3P80A 3I7QA 5C2XA 3CEPA 3NM1A 2DZSA 2QAFA 2OZ0A 2WNZA 1VRDA 3UD6A 2RDTA 1G4SA 1ZJIA 3GVGA 2NX9A 1AW2A 4JS3A 2QDHA 1KTCA 1OFBA 2FFCA 2J24A 3H55A 1KM5A 3LRMA 4NX0A 3G0UA 1R2SA 2B4GA 3W1AA 3ELFA 4DPQA 3W76A 1JUKA 3M41A 2Y7DA 2ISSA 4A2SA 1VCFA 1WOAA 4O0KA 2H8XA 5D05A 2YPIA 1W31A 2QJIA 3ABQA 1IXOA 3W7JA 3WK1A 2W0UA 4KFPA 1TCDA 2PC4A 1IIGA 4JY8A 2YFOA 1RR2A 3A22A 4M6PA 3IV3A 1TTQA 3UPBA 4QITA 4RJEA 1EA0A 5EA9A 4ML9A 1YTKA 3NVTA 1OX6A 3TJLA 4O4WA 3CTLA 2I1OA 5HR7A 4Z1BA 5AYYA 1YLVA 2PE4A 2UV8G 1L2UA 1XUZA 2V30A 3M5ZA 3T44A 2V2HA 2BSLA 3EX4A 3HGOA 5AHMA 1GYLA 2WPBA 3N9RA 4K8EA 2XN1A 4ICNA 4RKAA 4DQWA 3Q58A 1A5AA 5IM51 3KX6A 1DKWA 4JR5A 1DVJA 4E0CA 4O53A 1VCGA 4A21A 1OF8A 3N2XA 3O8AA 4RZ6A 4QIUA 3EXTA 3ATZA 2TMDA 4LY8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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