3E0IA

Cu2+ substituted aquifex aeolicus kdo8ps in complex with pep
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
263
structure length
263
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGLGDKSGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Electronic structure of the metal center in the Cd(2+), Zn(2+), and Cu(2+) substituted forms of KDO8P synthase: implications for catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
molecule tags Transferase
source organism Aquifex aeolicus
total genus 98
structure length 263
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2008-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3e0iA00
3NQ6A 2QCEA 2ZA3A 3THAA 3TMLA 3LBMA 2CZFA 4LUJA 1FXQA 2CU0A 4I9AA 4TU1A 1H7XA 2I1OA 1TIMA 4Q32A 4QSHA 5HQEA 4Q4KA 3OVRA 3WK2A 3STEA 1FQ0A 1D9EA 2FB3A 4TO8A 3QPYA 2Y61A 1R2TA 3G1AA 3F03K 4M6VA 4O13A 4QM1A 2GVLA 2E6AA 3O6CA 1DL3A 1XDLA 1W3IA 2QF7A 1AL7A 2Y7DA 1VR6A 1ZALA 4JTLA 5CZ0A 4PTNA 3UZ5A 4JD4A 1TV8A 3BLIA 3STGA 4GRSA 2QAPA 4HNTA 2B0MA 3DZ1A 4PA8A 4DO5A 5C54A 1G67A 3V75A 1P5BA 4K8EA 7TIMA 1VPXA 3PB0A 1IIHA 3KXQA 1H61A 1EP3A 2QUUA 1SW7A 4K36A 2CLHA 2YCEA 3R12A 3QMSA 4H4IA 4MUZA 1KTBA 4UTMA 4K7YA 4DO6A 2V2CA 4WQ6A 5G2HA 1GT8A 3DXIA 5AN7A 3CEPA 1M5WA 1W0MA 4UFMA 4PL2A 4JYFA 3BW4A 2HSAA 3DENA 1LCOA 3W1NA 1JCJA 3NM3A 1ZAHA 3GXTA 2QUTA 1BTMA 3IV3A 4JS3A 4EF9A 3GLCA 3W7MA 2A7NA 4ADSA 2X1SA 4YCOA 3TUUA 1OFOA 1GZGA 1OFPA 1X7FA 1TPC1 2TSYA 3LCIA 4CQ9A 5L9FA 2G96A 3TSMA 1XBXA 3KVLA 3IIOA 3TV8A 3W1XA 3HF3A 3UXDA 4JTTA 3QW4B 3HG2A 1G6CA 4E38A 3P80A 1F73A 2DZWA 3I7RA 1YXYA 4NNCA 4WZHA 4NT0A 3N3MA 2ZDRA 3LRMA 3L0NA 1O4UA 4NXSA 4FF7A 3QM3A 4N2YA 4DF2A 5HNRA 2QCGA 3M5VA 3TR2A 2XN1A 1VC4A 3PSWA 5F4SA 3JR2A 3W6YA 3UQNA 3EXTA 1D3HA 4UFIA 3LV5A 5CZJA 5TIMA 6ALDA 3O05A 1TPUA 2YZRA 4Y96A 2C13A 4AEOA 3GVGA 3L21A 1YDNA 5BMXA 4AMAA 2ZZ7A 2H3BA 4I7WA 5AHFA 2O7QA 1QO5A 3TA6A 1SZNA 2Z0IA 3W1RA 4NNAA 3W2LA 4FXRA 2I9EA 4FX8A 1GG0A 3QF0A 4XBSA 3W73A 2Z6JA 4HNVA 4OHQA 3OVQA 1WYIA 2F84A 3P7YA 2H8XA 1KFJA 3LCFA 1AW2A 3NM1A 6TIMA 3HGRA 3CM4A 1PVNA 5D05A 2CZEA 2QDGA 3TDFA 4O12A 3NL5A 3HG3A 1H7RA 4Z0JA 3TCEA 3P74A 2VFFA 4UTWC 1FCUA 1JCYA 1H1ZA 3C2FA 5F2LA 3HPSA 1K8ZA 2EAWA 3B0UX 1IXOA 1W56A 2CLIA 4M7SA 4TMCA 1EX5A 1MEIA 1KFCA 2NX1A 3KX6A 1GJPA 1I2QA 2JK2A 3EX3A 3MWAA 4RZ6A 5CZTA 3L66A 2JBMA 1FWWA 1B4KA 4L4MA 2PRLA 2PRMA 1MEHA 2RH9A 5DY2A 2Q8ZA 3SY5A 4IQLA 5D03A 3PBUA 4LUIA 1M7OA 2OT1A 2ZRWA 4IXXA 4MOZA 1I2NA 1RQEA 2V2DA 3EX2A 4N9BA 3CEUA 3W1MA 2WKJA 5CPLA 4MYAA 3NPVA 4Y8FA 3OVPA 2VENA 3C0JA 5KZMA 3DI0A 3UWVA 3VE9A 2ISSA 3LCHA 2NX3A 3C2EA 3GYEA 3LOTA 3EWYA 1ME8A 1TB3A 4H3DA 1T99A 2J6XA 4LT9A 3TSDA 2DZPA 2WV8A 4K38A 1XDMA 2DJXA 3WJSA 2A6LA 4QJ1A 3T44A 4UFJA 4NVTA 4ZL1A 1H7WA 2BX7A 3RU6A 1O95A 4LNYA 1O94A 5EPDA 2FIQA 1XL9A 5AHMA 4ZVJA 3N14A 3W7OA 1Z44A 4IUOA 1TPDA 4MYXA 2G97A 5D32A 2BWGA 1VGAA 3FJLA 3NZRA 4FXSA 4O15A 1EUNA 1M7PA 1ICSA 1QR7A 1QPRA 2FTPA 3KRUA 3MYPA 3KRSA 5LNWA 3TROA 1UUMA 2ALDA 3QSTA 1AMKA 1OFAA 1S5VA 3UPBA 3NQVA 2V30A 3LTYA 3LRKA 3BW2A 4ZQNA 3TQVA 2C1HA 5AHNA 4UTHA 2EGZA 5BMWA 3FFSA 3WJZA 3R8RA 1MSSA 3BGJA 3LLFA 2V82A 3S5NA 2V81A 1VLIA 4ZQOA 2TYSA 1KBIA 3A5FA 5CZSA 4PODA 1VRDA 1LBLA 5G1YA 4HHPA 3PBYA 4O1AA 1NVMA 1RVGA 4EVZA 1QPQA 1B9BA 1FWRA 5F4WA 3NL6A 3BW3A 1AW5A 3G1VA 4HKPA 4AHPA 4JGDA 3LXAA 1ZNNA 3G1HA 3IVTA 4IX0A 1YTEA 1OABA 2A7RA 2LLEA 1HO4A 1QAPA 3W86A 3W1UA 1XUUA 4XKYB 2C15A 1WV2A 4O1CA 3TIMA 1VHCA 4XZ9A 4TX9A 4LS1A 4QITA 4JXCA 4IMGA 2E6YA 4WUIA 3THQA 3W1PA 3O07A 1KV5A 5KSWA 1WBHA 3WFAA 3W07A 4Q33A 2VELA 5AYYA 3DAQA 5EY5A 1EWEA 4YLWA 3QMRA 5FEPA 5AC8A 1TCDA 1Z48A 4O14A 2F7FA 3LERA 3NGJA 1JQXA 2X1TA 3F4NA 3W9ZA 3TFXA 2YR1A 2JKEA 1S5WA 2WSRA 4LS0A 1OFRA 4NX0A 2PRHA 1OF6A 1W5OA 4HSNA 3S0CA 3P8JA 1Y0EA 2FPTA 4JDBA 4RCXA 4LVDA 4JY8A 4IX2A 1G4EA 4Z08A 3QRHA 3FS2A 4GFSA 3W1QA 1YPIA 1KM4A 3ZS4A 2NUXA 1F7BA 2AAMA 2ABBA 1TPEA 3HMJG 3Q37A 3SGUA 1XC4A 2QCDB 2NUYA 1LYXA 1OX5A 4KWWA 4YWIA 2E5DA 1EIXA 1GWJA 4QNWA 4CCCA 3W7EA 1PV8A 3W74A 2NV2A 3G1XA 4DELA 1BWLA 4GBUA 3LHWA 3B04A 3L0KA 1TQXA 1A50A 3S9YA 1EPXA 3NQCA 2H3DA 5C5YA 1FWTA 2CLOA 1NF0A 3LHVA 4A22A 1TYGA 5TBOA 3NL2A 2R14A 4LC8A 3W71A 3C2RA 3ZWSA 5LSMA 1JR1A 3E96A 3S6DA 1ZHAA 1W5MA 3ELFA 3MW7A 4CNNA 4MY9A 2TRSA 1OJXA 4HIBA 4DF0A 4ZZ9A 1KTCA 3T78A 3W2MA 3IGUA 3QW3A 3ABQA 3UD6A 3E49A 4OT7A 4FNSA 1LLZA 4QISA 5D37A 2B7QA 1H63A 3HGSA 2X1RA 4ZQRA 1YADA 2ZRVA 3LXCA 2ABAA 1QNVA 2VEPA 4Z1CA 3OBKA 1TSIA 4OU1A 1SO4A 1TMHA 5I3HA 1OX4B 3G3DA 4O8RA 3PVFA 3PG9A 2XFWA 3A22A 2H90A 1N7KA 2VEMA 2XN0A 4YMZA 2H8ZA 1AW1A 4PCFA 5I3IA 3VFLA 1GG1A 4UTTA 4IMEA 4N9EA 2G95A 3A21A 4AF0A 3WJXA 5T26A 2ZFAA 2W0UA 3AJXA 1F6PA 2R94A 1SW3A 4LRSA 3DHDA 3G8RA 1KM2A 4LY8A 3BVJA 3QH2A 2WNZA 5AOUA 3G1SA 2ISWA 3IEBA 4N9DA 2P1FA 5HWMA 1JCMP 4JTKA 4MZ1A 4X3ZA 3QQ0A 1X6UA 2QR6A 5HR7A 5KTLA 2FB2A 3IVSA 4Z1DA 1G4TA 5FF0A 3CTLA 2X16A 2B7NA 4RV8A 2ZA1A 3S5OA 1JQVA 4MZ8A 1WBJA 1Q6RA 1HG3A 4GUIA 1BKSA 5AHIA 2A21A 3TW6A 4UTWA 5D04C 1JCNA 1TREA 3HPXA 3LTPA 4GE8A 2ZZ5A 2BXVA 3TE9A 3QYQA 4UR8A 3TXVA 3CQ0A 3GDKA 1R2RA 4FNRA 2Y88A 2ZRXA 2J27A 1KFEA 3E12A 1KTNA 3UWUA 2A6NA 2QCNA 4TR9A 4HNNA 3VCRA 5K9DA 5FEXA 2C6QA 3NPXA 2JGQA 1YYAA 1GEQA 1UB3A 4UNKA 4BR1A 5LNVA 3M6YA 4R34A 1OFQA 1W8SA 3BG9A 1I45A 3DKJA 4JX6A 2NX9A 3FKKA 3Q58A 3IIPA 4JYEA 4AB4A 1WQ5A 1SPQA 1S3HA 3W72A 3DFOA 3W7HA 1H7NA 1RZMA 3NQ7A 1OFEA 4PFMA 3L65A 2Y85A 1GOXA 4WX2A 3MP4A 3T55A 3BLEA 1OVDA 1WAUA 3CIWA 4N6EA 3A9IA 1W5QA 2OMAA 3FJ6A 1ICPA 3O6YX 1DQWA 2HS6A 4WJEA 4O4WA 5LGXA 4O53A 4EOUA 2ZBTA 4I7UA 2OT0A 4A21A 3UNDA 1Q6LA 2RDTA 5C2XA 4NXKA 2WPBA 3A5VA 1ALDA 3DH7A 3NQFA 3NQGA 4BWLC 1J5TA 3L5LA 3V1PA 1TTJA 1U5JA 2Y89A 4DF1A 1OYBA 2X2GA 4GUJA 1EUAA 3GR8A 5HINA 3P81A 2QJIA 1RV8A 3NZ1A 4TMBA 1VYSX 1TV5A 4XWUA 5DCEA 1EP1A 1JUEA 5DN1A 1XBVA 4GUGA 2YW3A 3A24A 3I7SA 3R89A 4HPJA 3CLMA 4IMDA 1I8JA 4M5PA 2NXGA 3NNTA 1VLWA 2ZZ1A 3G24A 3O6DA 4BF9A 5CGQA 3I7QA 4DQWA 2ZTKA 1OK4A 3CIXA 3DFSA 4DO4A 1T0OA 2WSYA 4JTFA 1BEUA 4K7VA 5K7JA 2QKFA 5I3FA 3W7NA 4NJHA 3T7VA 3BG5A 5KMYA 2QAFA 4MFDA 5HUPA 4XTIA 2Y70A 3I6RA 3U6WA 3TX9A 2E77A 3EXSA 4K6AA 5DCDA 1LORA 2VC6A 4MLJA 4ONVA 5LZLA 2CLEA 1ZENA 3L9CA 1FCBA 1MZHA 4CNOA 4NQ1A 3TJXA 4RXGA 3D0CA 3W2NA 2Y62A 1JRBA 4LVBA 3M47A 3W7RA 4Z1AA 3TNOA 1A5CA 4RJEA 3MBDA 4FIQA 4W9TA 1PL9A 4JX5A 4O54A 3W87A 3SIZA 4RKAA 3B4UA 3M16A 3TQKA 3DBPA 5KZEA 2WOQA 5DCBA 3SW6A 1L6WA 2C14A 4NNBA 1GVQA 4LVAA 4RLIA 3MHGA 2YYTA 2V5LA 5BOOA 2J24A 2ZZ3A 1N8FA 2D73A 3O06A 1SUXA 4XBKA 3L5MA 3S5ZA 1QMLA 4OV4A 5HWJA 3M5XA 3DGRA 1QCWA 1V7YA 3R13A 1G7VA 3KRZA 3STCA 2OZ0A 3JRKA 3QEZA 3GXPA 1H7OA 3WJYA 4IPJA 5LNSA 5HR6A 3FKRA 4M6QA 1R47A 4K8HA 5D09A 1U83A 4NJKA 1W5PA 4FX6M 1M6JA 4JYDA 4MJZA 2KZHA 3PG8A 1VCVA 3ZR4A 1GYNA 5CSRA 1MO0A 4DPQA 2V0TA 4BFAA 1UJPA 5EL1A 1JCXA 3B05A 5DY3A 1VCFA 3I68A 4IMCA 3B8DA 1PE1A 3NEVA 1TPFA 1K7FA 4FB7A 4GXMA 3HIJA 3PULA 3HG4A 3MI6A 2I14A 5H91A 4JIQA 3UWQA 1YXDA 4ORMA 3PUDA 5HWNA 3PUEA 1X8FA 3LCGA 3GB6A 4G1KA 4FNPA 2E6DA 4BI5A 5AC6A 3L5AA 2O7SA 3DFPA 4OGZA 1A5SA 1C29A 5EKYA 3HO8A 1H1YA 4LTSA 1Z42A 5K4ZA 1KM1A 3G3MA 3GXNA 4PH6A 1EA0A 4E2DA 3L2IA 2ZQ0A 3W75A 4Z0SA 5FEZA 4ALDA 3C52A 1TJRA 4QAIA 4ML9A 1GTHA 3PM6A 3DFNA 3O8AA 1F5ZA 2J88A 2ZYFA 3EEGA 3DFQA 5FF3A 2B7PA 3UZJA 4E2BA 3FOKA 5BW6A 2GQAA 3C6CA 1G7UA 1LTDA 3RLUA 3NO5A 1AG1O 3MJYA 3W7KA 1JRCA 1W1ZA 3M0ZA 2YW4A 1OFBA 2Q3OA 2A0NA 3S1XA 3P67A 3YPIA 1TRIA 2A2IA 4IOTA 2NWSA 2XN2A 3O16A 4FNUA 1WOAA 5I3GA 4PEKA 2DZTA 1SFJA 4QIUA 1SQ7A 4JICA 4JX4A 1GVRA 3MO7A 3VKJA 3O1NA 3BARA 4OV9A 1VHNA 4JTEA 5FF2A 1TPH1 3S5YA 3P61A 2ZZ6A 3G0UA 1FX6A 1XCFA 5D2WA 3UWWA 2E1DA 1YPFA 2X30A 3WK1A 3F1QA 4IMFA 3P82A 3MHUA 4GC4A 4XTDA 1OHLA 3W2KA 3GKFA 2V2HA 2A5HA 3C56A 1KA9F 2WQPA 3INPA 4U4MA 3CU2A 2G5WA 3P62A 5J5RA 1ADOA 1ONRA 3L67A 1OYAA 4A2RA 1XFBA 3NVTA 4MY8A 4HNUA 2VFDA 3QPZA 3DKLA 1XBYA 2B4GA 4OQVA 1MXSA 2HMCA 4AWTA 5FESA 2CZ5A 1TTPA 3EWUA 4O19A 3LRLA 1EEPA 4WY0B 3W7QA 4MKNA 1IGSA 1P4CA 3NA8A 1FCVA 4HSOA 4O11A 2GQ9A 5K2ZA 1LM1A 3W7LA 1J2WA 1SO3A 4R53A 3P5YA 4ADTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3ARY A;  2QCE A;  2ZA3 A;  3LGD A;  4A3Y A;  3TWB A;  1F9C A;  4WDU A;  1FXQ A;  3NUR A;  1H7X A;  2I1O A;  4ILS A;  3RRX A;  2PPG A;  1J8V A;  1GHR A;  1Q4N X;  3TYA A;  3WK2 A;  2QUM A;  3PTK A;  4H9M A;  1R38 A;  3G1A A;  4M6V A;  1BG9 A;  1MFU A;  2JIE A;  2PTY A;  3O6C A;  1B30 A;  4FZI A;  1JF6 A;  2Y7D A;  1A3X A;  5FJJ A;  2X05 A;  2RGL A;  1VAH A;  2ASH A;  2BOF X;  1R3Q A;  1CTN A;  3PB0 A;  4C60 A;  1QPK A;  1ADS A;  1LLO A;  3QV8 A;  1XYZ A;  4H4I A;  3VIH A;  3ZJ7 A;  4ZXO A;  3WBX A;  5CBJ A;  3MUZ 1;  3GG8 A;  1WZA A;  3HM7 A;  1KGW A;  5G2H A;  4S23 A;  4L1X A;  3N18 A;  4HJF A;  4PL2 A;  3VDA A;  2HSA A;  2A79 A;  3DEN A;  1MUM A;  3BOX A;  1GOR A;  4LB4 A;  3W1N A;  2QUT A;  1BTM A;  4EF9 A;  3W7M A;  4ADS A;  3CO8 A;  2X1S A;  4C7D A;  4YCO A;  2XTK A;  5M5D A;  1TV2 A;  1XLB A;  1X7F A;  1E6P A;  2Y8K A;  4ACY A;  2Z1K A;  3KVL A;  3IIO A;  1CYG A;  3HF3 A;  3UXD A;  2J4G A;  5LIY X;  2DZW A;  4L6H A;  4WZH A;  4NT0 A;  1JI2 A;  3L0N A;  1O4U A;  1NOF A;  4LQ1 A;  3QM3 A; 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