3E0IA

Cu2+ substituted aquifex aeolicus kdo8ps in complex with pep
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
263
structure length
263
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGLGDKSGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Aquifex aeolicus
publication title Electronic structure of the metal center in the Cd(2+), Zn(2+), and Cu(2+) substituted forms of KDO8P synthase: implications for catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
total genus 98
structure length 263
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2008-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3e0iA00
4NX0A 4X9SA 3BW3A 1Z41A 3W7EA 3G0SA 3W74A 3A21A 2B0MA 2QJIA 2YFNA 1XDLA 3QSRA 4RKAA 3UD6A 3TKFA 2NV1A 3HG2A 4EF9A 2W6RA 3M5VA 4O13A 1QPQA 3FYPA 2EF9A 1ZENA 3W2LA 2Y61A 3M9YA 3Q58A 5DBUA 4UFJA 4BK9A 1K8ZA 1TPH1 4JGDA 4PA8A 1RR2A 3R13A 3KRUA 3WJSA 1KFJA 3UZ5A 5FEXA 3PS7A 3MI3A 3GLCA 1W5MA 1YLVA 5H2ZA 2ZRXA 1KM4A 2VXNA 2CZEA 3O6YX 4PTNA 4UTHA 2VFEA 5HULA 2EGZA 1QCWA 2NV2A 4RX0A 4MJZA 4HT3A 3WFAA 1P0KA 3FJ6A 3HGSA 4N9DA 1JCMP 1JCYA 3QEZA 1LTDA 1XDMA 2V9DA 4ADTA 1Z44A 1RPXA 5DCEA 4JTLA 4WY0B 3USBA 5G2WA 2DZTA 1CX9A 1T8XA 1HO1A 1O5KA 1OFQA 1ZHAA 3W1PA 4JYEA 3PVFA 2FQIA 1YDNA 5J5DA 3CT7A 4HN4A 1GTHA 2PURA 3W7NA 1N8FA 4N9EA 3L9CA 5FF4A 5EKYA 2DZPA 1TPC1 1AK5A 2Z6JA 2Z6IA 2CZDA 3QF0A 4UR7A 2R14A 4AF0A 4OT7A 1LLWA 5EL1A 4TIMA 4O16A 3CIWA 1IIHA 3R5EA 1ME9A 2NUWA 1M7PA 1LOSA 1KTCA 3QMSA 4UTLA 4JTIA 2ZBTA 5MHBA 1VGAA 3SGZA 3OVRA 5DY2A 3RK8A 3L66A 5F4WA 3QMRA 1LRTA 1W5OA 4GUFA 3PC0A 1YDVA 4UFMA 1JCXA 1KV8A 5D09A 3LRMA 3IV3A 2C15A 1LBMA 4RV8A 3LBMA 3QRHA 1VZWA 4Z1AA 2DZUA 2C18A 3C56A 4I7WA 3PG9A 4DO5A 3H53A 1H62A 3DENA 1D3HA 1AW2A 4ZVJA 2JGQA 3NQ6A 4M6VA 1X1ZA 3N14A 5G4WA 4BWLC 1S5TA 2BZNA 1S5WA 3LRLA 4N9BA 1DHPA 1GEQA 1FWNA 5HINA 1RQHA 1XFBA 5KINA 3EWZA 3SIZA 3B05A 1WV2A 4TX9A 3LDVA 1DL3A 5C55A 2GJNA 2FFCA 2H3DA 1OYCA 3S5NA 4O50A 4AXKA 3U2OA 3KHJA 1GPWA 4FNTA 2DZXA 1G7VA 3HG3A 2DJLA 2PRMA 4JR5A 2H90A 1TRIA 3DAQA 4UMBA 2OT0A 3W7MA 4O14A 3L0KA 2NUXA 2ZDRA 4EOUA 4RZ4A 3W85A 3S5ZA 1Z42A 5CZ0A 4FF7A 2VC6A 5G2IA 4MFEA 1SU5A 3H54A 3G3MA 1EP2A 1KM1A 2WNZA 3TJLA 3AJXA 3KVMA 2A4AA 4QM1A 5AC6A 4D2JA 3DKJA 3BG9A 5HQEA 3HGRA 2CZFA 4BWLA 1F7BA 5BW6A 3ABQA 1THFD 2V8ZA 1F6PA 3U6WA 4R33A 2ATMA 3O05A 3S8HA 5KITA 3UWYA 3F4NA 4BF9A 1XL9A 1SW3A 4UTKA 5G4EA 1MEHA 3IEBA 2A6NA 4OBTA 1A5BA 3MUXA 3BGJA 3O07A 4NU7A 3LI1A 2VELA 4Y90A 2Y85A 2NUYA 1EUNA 1GVSA 4WXZA 4JX4A 3ANYA 2W79A 3S5YA 4EWND 3CEUA 2FPVA 1UBSA 3O8AA 1MO0A 4FIQA 3M44A 2E6DA 4DELA 4LV9A 3SZ8A 3M43A 3MO7A 4AHOA 1LRNA 2UV8G 2E5CA 3A9IA 5C6MA 4G1KA 4M7SA 3LTPA 4HNVA 1SUXA 2AGKA 1D9EA 2E6AA 1JQXA 1ZJIA 1TREA 4JTTA 5F4SA 4N9CA 4UFKA 1FX6A 4AHQA 1EPXA 3MP4A 5LHFA 2YCEA 3NQVA 5HNRA 3LHUA 2FPTA 3GDKA 1O95A 4HHPA 2V2CA 1OFOA 5HUOA 5CPMA 3S0CA 2RDUA 2HS8A 1I2RA 1ONRA 4R53A 1H1ZA 1FCBA 3L5MA 4N2YA 3TIMA 5AHMA 4BI6A 1WOAA 1FWWA 3MYPA 2ZYFA 1V5XA 1A5CA 3I68A 4OWGA 3RMJA 1G4SA 1KM2A 1OG0A 5K3VA 1LM1A 3TXVA 1YPIA 3NQMA 1KLZA 4NZJA 2QUVA 4FX8A 1A50A 3IIOA 3W7LA 3TMLA 1R2TA 3GDLA 3GZ3A 3LERA 3C2EA 4WY0A 5U7SA 4MLRA 1ICQA 4K39A 1XC4A 4X3ZA 3G1YA 4RZ5A 4YMZA 4MPQA 1HUVA 2YPIA 3P61A 4DQWA 2AQWA 2OCZA 4J9JA 1RVGA 1DJQA 1KA9F 1SR9A 3L2IA 1VCFA 1R46A 3I6RA 5E93A 4FXSA 1MEWA 3W7GA 4O28A 1I2OA 4HIBA 1P5BA 4JTEA 4L4LA 5K2ZA 3HF3A 3C2OA 1LBFA 4UCGA 5KSWA 2OZ0A 5HUPA 5D37A 5EMUA 3PM6A 3DGRA 3P82A 2Q3RA 2YW3A 1IGSA 4E2BA 3HPZA 3SJ3A 2G96A 4K7YA 4HNNA 2WSRA 3THAA 4N6EA 4NJHA 4UTUA 2QCFA 1ML1A 5D05A 3P7YA 3I7QA 3E9AA 1SSDA 3M5XA 1LBLA 5AYXA 3V1PA 2WV8A 3N3MA 3UY8A 5FF0A 2I14A 2C1HA 4ZQRA 1QR7A 4N02A 1TPEA 2QUTA 2F84A 3DH7A 2ZRYA 3NM3A 5DXXA 2ISVA 5A8GA 2DP3A 4FO4A 4N4PA 3IRDA 3QYQA 2QDGA 3TW6A 4CQAA 3EKZA 3NEVA 1KLYA 4K36A 1YTDA 4Z0JA 2QR6A 3B4UA 3TH6A 3TCEA 3LRKA 3O06A 5LZLA 1RV8A 4Q33A 4JIPA 4DBEA 3TDFA 5HMSA 5FEWA 1NAL1 4FNPA 3W73A 3BARA 3L21A 3MMTA 4IWWA 5T26A 3E12A 1TJRA 3OEXA 2GOUA 2R91A 5BRBA 1XXXA 1BWLA 1MSSA 1TJPA 4LNYA 4XKYB 3STEA 5LHEA 3S42A 5LNRA 4UTTC 4WJEA 3KVLA 4KFNA 3UWVA 2NXIA 4O1CA 2YZRA 3N2XA 4POCA 4X22A 3KRZA 5FI8A 4CNPA 4RCXA 3W22A 1K7XA 1W5QA 3L5LA 3FS2A 2A1YA 3IGSA 1WQ5A 4GXMA 3PUDA 4KKXA 4Y8FA 2XN0A 3NXFA 3OIXA 2HSAA 1GJPA 1ALDA 4LU0A 1BKSA 2A2IA 4EVZA 3P81A 4MZYA 1X7FA 2I1OA 3WJWA 1TPUA 2J6XA 4OQVA 1N55A 1EWDA 3HQ1A 3S1WA 2VKZG 4IMGA 2TSYA 1GVOA 3LCFA 3QSTA 3DU0A 1TMHA 1GOXA 1PHQA 5FEZA 3QW3A 5AN7A 3NPWA 4PCFA 2QCDA 1MEIA 1BTMA 4JTKA 5DXYA 3HGJA 3L0GA 2Y7FA 2YYUA 3DHDA 3FA5A 2P10A 2VEKA 3IGUA 3G18A 3O6DA 3JRKA 1VPXA 3L67A 1OFRA 4ZQNA 4O17A 5EPDA 3TX9A 1K7FA 4KWWA 4UTTA 4CNNA 3KVJA 1J4EA 4LT9A 3M5YA 2W0UA 4UXDA 1GT8A 4MUZA 2A6LA 1VH7A 1AL7A 2X2GA 1H7XA 1PHWA 1QO2A 1X8FA 3ZFHA 4TMBA 5FF7A 8TIMA 3W1NA 2F7FA 4LVGA 4WUIA 4JTJA 2J88A 3PBYA 5DLCA 2YXGA 4A29A 1U83A 4DF1A 1VYSX 4K8HA 2RKXA 1JCLA 5AFDA 1G4TA 3TU9A 5LNSA 1F2JA 1JRBA 1O94A 2BSLA 1UJPA 3B0VC 3VE9A 3LTSA 3S1XA 3W2JA 3G1FA 4JICA 4LC8A 1K02A 1TPVA 1XBVA 3C2VA 1PCKA 3PB0A 1TPDA 3TQKA 3EXRA 2CLLA 4QIUA 3W7IA 2G97A 4MY1A 3QPYA 1C29A 3NL6A 3UWWA 1TCDA 4AH7A 4NX5A 3NGJA 3NZRA 5HWJA 1W5PA 2DORA 3W7DA 1VJIA 1OX4B 4A21A 3NAVA 4JTGA 2CLOA 3C8FA 4UIOA 3TC6A 2GQ8A 1JUBA 1MXSA 3CEPA 5LSMA 4NJJA 3BW4A 2HTMA 1XUZA 3ZS4A 1O5XA 1P0NA 1Q45A 3SW6A 3LV6A 3C3NA 2C6QA 3MHFA 1JR1A 3B06A 3WK3A 3JR2A 3HPXA 1PVNA 4MY9A 4N6FA 1T0OA 1RQBA 3G8EA 4O53A 4XBKA 1DJNA 3EB2A 1K3UA 3E0IA 3SY5A 2FPYA 4U4MA 1LOLA 1H60A 5IM51 3RFAA 3GXTA 2QCNA 1VR6A 1WAUA 3HOJA 1NFBA 1JJKA 4O19A 4N4QA 3QW4B 5AHFA 4QITA 3BV4A 3EX1A 1VCGA 2GVGA 1AL8A 1DOSA 2ZRWA 1YXCA 1OFBA 4JDBA 3TSMA 4K8EA 5EBUA 4QJ1A 3W87A 2A21A 1VYRA 3STGA 3UZJA 5F2GA 4LVAA 4ORMA 1PL9A 3ZR4A 5FESA 1QOPA 4M19A 4Q32A 3W71A 5LNWA 1EP3A 1ZCOA 5K4XA 5KZMA 4JIQA 5CG7A 3TE9A 3DI0A 1BWKA 2FDSA 3BLIA 1P1XA 1K8XA 2C14A 1KM3A 3TAOA 1XBXA 2QAPA 3GAYA 5KZDA 1TTPA 2QUUA 2ZZ4A 3NL5A 3W84A 4B5NA 3GYEA 4O0KA 3BG5A 1FY6A 3M7WA 2PRLA 1WX0A 1TSIA 2G5WA 2XN1A 2J24A 1SQ7A 1H7WA 4ZQPA 3W1RA 4EIVA 4NJIA 4PODA 4M6QA 4S2BA 1G7UA 2XN2A 4S1FA 3NDOA 1FBAA 1Z48A 3STCA 5HR7A 4WX2A 3T7VA 2VFFA 1LP6A 1EA0A 3W7CA 3BK0A 1GZGA 3IIXA 5E1QA 4HKPA 3P8IA 1ME7A 3L68A 3O63A 2QJGA 3EX4A 4GNJA 3NR0A 5LKYA 1F5ZA 4NXSA 4XQ6A 2J9ZA 1X6UA 4I7UA 3WK1A 4GBUA 4BR1A 1I8JA 3EX6A 3GIYA 1WDWA 2JKAA 2WQPA 3PB2A 3Q94A 4H3DA 2VENA 1IXOA 3H55A 3UY7A 4IJBA 4A2RA 2QCMA 3PG8A 4JTFA 2O7SA 4AAJA 3NQEA 2Q8ZA 4XZ9A 1B9BA 3T4CA 1G6CA 3NG3A 4Z0SA 3P84A 3W2MA 3CWNA 3T44A 1T96A 2H3BA 3W2UA 3F03K 3GNDA 3UWZA 4MKNA 1TTQA 1K8YA 3OVPA 4PL1A 4O10A 4HPXA 1W3IA 3GNNA 4HNUA 1VHNA 3TROA 1A5SA 1IIGA 1OK6A 1SW0A 4DPQA 3W83A 1G69A 5ABTA 3MJYA 1ZFJA 2VFGA 1JQVA 1OX5A 3UXDA 4ML9A 5F1VA 4TMCA 3CM4A 5BNKA 5CPNA 4XTDA 1VLWA 3QFEA 4UC5A 3B8DA 3TSBA 2E5DA 3GR8A 3G1SA 2P0OA 1GYNA 1W56A 5AB3A 1PS9A 1KFEA 2NX3A 1TQJA 3BPWA 1LZOA 3BLFA 3W6YA 5CZSA 2A7RA 2FB3A 3B04A 3P80A 4UMAA 2B7OA 5G5IA 4JNMA 3GAKA 3K30A 3G22A 7TIMA 1F73A 1HL2A 3C2RA 3HG4A 2WSYA 3NA8A 2FJKA 4BI5A 5K9CA 3SECA 1JCJA 1S5VA 5FF2A 1M5WA 5DCDA 5D2YA 1TV5A 4MJMA 1KW1A 5C54A 2ZZ6A 2NZLA 4O0ZA 1PIIA 5D02A 1KTNA 2VFIA 4E38A 2J9YA 4FXRA 4NNAA 3LHZA 3NQ7A 3EXSA 4LW7A 2Q8LA 5K9XA 1IXQA 1SFJA 3P74A 1KM0A 1H63A 2B7NA 5FF3A 1FDZA 3MI2A 5CSSA 1Q6RA 1OX4A 1G4EA 3EWUA 1OVDA 2CLMA 2PE4A 2QAFA 1VHCA 3G24A 4LS0A 4ADUA 3LHVA 2JGYA 1G67A 4ZMGA 3C0JA 2BXVA 3FOKA 4LV4A 4IMDA 3G1VA 1D3GA 3NNTA 4AEOA 2C0AA 2CW6A 3G1HA 5EY5A 3R8RA 3E49A 3WJYA 4CNOA 2ISSA 3U8GA 1R2RA 2YYTA 3W7HA 1QPRA 4RJEA 5EYWA 2QCHA 1AMKA 4L4MA 1FWSA 5IBXC 5I3IA 2IQTA 3EKLA 3QH2A 1SO4A 2CZ5A 4ALDA 1Q6OA 3GDMA 1H1YA 1GG1A 4O18A 4HNTA 5G2HA 4FNSA 3HMJG 3FKRA 5F2LA 2ZRVA 1R47A 1LRQA 3VCRA 1N7KA 2ZRUA 5F1UA 1U5JA 4P61A 3UQNA 1H7OA 2WO5A 4FB7A 3D0CA 3THQA 3MP5A 3IIVA 4DO4A 1SO5A 1RD5A 4IMFA 1OFEA 1FCUA 2Y88A 4A3UA 2CLKA 2Z0IA 4UFIA 1X1OA 3SFKA 2TPSA 2NWSA 1QWGA 5GVJA 5HWMA 1L9WA 3I7SA 2X1UA 3NO5A 3INPA 4YCOA 3LXBA 3W75A 2YFOA 4W9TA 3P67A 4MY8A 3NYZA 5D2XA 3PUEA 4Y9AA 5AC8A 1I2NA 2H8XA 3NPXA 5IBXA 3P60A 4PL2A 4WOQA 2ZFAA 3WJXA 1LROA 2V81A 4JXCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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