3E0IA

Cu2+ substituted aquifex aeolicus kdo8ps in complex with pep
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
263
structure length
263
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGLGDKSGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Aquifex aeolicus
publication title Electronic structure of the metal center in the Cd(2+), Zn(2+), and Cu(2+) substituted forms of KDO8P synthase: implications for catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
total genus 98
structure length 263
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2008-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3e0iA00
4KFOA 2VXNA 2TPSA 2TYSA 1FCUA 5AC7A 4JTGA 1K8XA 1XBZA 2QJHA 4UFHA 1WA3A 4IMEA 1O60A 3MI6A 2R94A 3GXPA 4OV9A 4E2DA 1K7FA 3CPRA 4WY0B 3EWUA 1ZFJA 4IPIA 4FXSA 3NEVA 1I2OA 4Y96A 4IXXA 2C16A 2TSYA 3HGOA 4HNUA 3KRZA 3UWVA 2UV8G 1OX6A 5AHNA 5KZDA 1W5PA 3N73A 3EWZA 2XN1A 1U5JA 3LXAA 1GT8A 1OFBA 2V5LA 4XQ6A 5KTLA 4RV8A 4HNVA 3O07A 1UB3A 4CNOA 4O1AA 4LUIA 1XFBA 3DHFA 1OF8A 5LSMA 2W0UA 3OVPA 3BLEA 3DFSA 1VR6A 2VFGA 4ZQCA 3ZFHA 5DELA 5LGXA 2YR1A 2ZZ2A 2I9EA 2B7NA 5MHBA 3HOJA 4UFLA 4CCDA 4UTWC 1AL7A 2ZZ3A 3W70A 5DN1A 1DORA 4HT3A 4AHOA 4UMAA 3S1UA 2E1DA 2VEKA 4AF0A 1KM1A 5U7SA 4MZYA 1LCOA 2QR6A 3HB9A 5KZEA 1V5XA 4H3DA 4N9EA 5F1VA 3LRLA 4WZHA 4FIQA 4CCCA 2WJZA 3CC1A 5FF7A 4FNQA 3MYPA 3S1XA 4GE8A 1I8JA 1QPOA 2OT1A 1M7OA 3TU9A 3A23A 1ZY9A 4A21A 4PH6A 3L5LA 1EB3A 1SZEA 1KM2A 3G1SA 2VFHA 3FKKA 5G2HA 4LU0A 1LBLA 1L2UA 2Q3OA 1DVJA 2E6DA 3W7IA 1AMKA 2CLLA 4NNAA 5AFDA 4WXYA 5KMYA 1WV2A 2Y62A 4UTTA 5AC6A 4Q4KA 3TQVA 2EPHA 4IWWA 3BGGA 1LLWA 1TPC1 1H5YA 2PCQA 3IIZA 3UXAA 3DXIA 2Y6ZA 1BWKA 5K7JA 4OBTA 3S8HA 1W37A 3C8FA 4FIRA 3M43A 2Q3RA 5FESA 1AW5A 3NQVA 1LYXA 4K37A 4ZQMA 5HJLA 1ME7A 4AF0B 4EF8A 3FJ6A 4RK8A 1TJPA 2E5DA 4DF0A 3QMTA 1TO3A 3AO0A 5BOOA 3EX3A 1KBIA 1I2NA 3RF9A 2WPBA 3QRHA 2YSWA 1ZAHA 2VELA 2B0MA 3LV5A 3M6YA 3TMQA 3P8JA 4O17A 3O8AA 2QUVA 3C2EA 4E2BA 4CNNA 3IGUA 5HULA 4HIBA 1WAUA 2DP3A 1YPIA 3TFCA 3CIWA 2E6FA 1JUKA 3NNTA 3BW4A 3UWQA 4P61A 2X1RA 3DFQA 3B0VC 3EKLA 3Q2DA 3BG3A 1LOQA 3W7HA 2WV8A 3GIYA 3WFAA 2W79A 2CZFA 3LTSA 4TMCA 2RFGA 2W6RA 2Y7DA 4O28A 2WSYA 1BTMA 2NX1A 4DO6A 3MW7A 4BFAA 1T0OA 4ORIA 2GQ8A 3T55A 1KM3A 1O94A 3KAOA 1GJPA 5BMXA 4BWLA 2B7QA 5D2VA 5CZTA 2A21A 3E02A 5EA9A 3WK1A 2BWGA 4PTNA 3LB0A 1Q6OA 1YXDA 1DQXA 2JBMA 3QZEA 3P7YA 5G4WA 2E6YA 5D33A 2FJKA 4LRTA 3N14A 2C1HA 2YXGA 1XBXA 4Z1DA 3TQKA 1S5VA 3P8IA 1SQ7A 4JTEA 4HNNA 1Z44A 3I65A 2DZVA 3LHZA 1KTBA 3HG3A 4MFDA 4UC5A 2OT0A 5LGZA 2ZCGA 3BK0A 4Z08A 4GXMA 1O5XA 3OA3A 1H63A 1I2QA 2V2DA 1UUOA 1TPVA 3W1QA 4XBKA 4Z1AA 4JY9A 1SZFA 1FBAA 3LXCA 4DPQA 1SSDA 3KXQA 1I2RA 1PS9A 4MY1A 2P10A 3OHIA 3TJLA 3C6CA 4GNJA 2DZXA 2FB3A 1OYBA 3N19B 1EWEA 4FO4A 4GUJA 3E9AA 4UTLA 3LX9A 3DFPA 3ATZA 4FNTA 3W7EA 3BLIA 3ANYA 3TXVA 1L6WA 4JTLA 4MOZA 3F1QA 2RH9A 3QSTA 5C6MA 3B04A 3PBUA 1H50A 2PRHA 3O1NA 5HUPA 3TMLA 1K02A 3L5MA 3TCEA 2Z6IA 1QOPA 1KFCA 2QEZA 3KRUA 4JTJA 4UFMA 4YXGA 1YADA 3GYEA 3C2OA 3TDFA 1K7XA 4K38A 1K3UA 2G97A 2CLMA 1LORA 3GNDA 3JS3A 4MVAA 3STGA 3S5OA 4KFNA 4IQLA 3W72A 4O54A 1W8SA 1YPFA 3KVLA 3BG9A 2X1TA 3W1TA 3NZ1A 3THQA 5FEZA 3IIVA 4CCEA 3M9YA 1J5TA 3N34A 2HSAA 5LNWA 2E6AA 3RNDA 3N2XA 2HTMA 3FEMA 3MHGA 2HS8A 3GR8A 3O6YX 4XBSA 2V30A 4GWEA 1PL9A 2FPVA 4LTSA 2CLOA 2FPTA 2VENA 4TMBA 1OX4A 4LC6A 4UR7A 4DELA 4PC8A 5CZJA 4ZL1A 3C61A 3R2GA 4P2VA 5CKSA 4AB4A 3H55A 3UZ5A 1PVNA 3W7QA 1FWNA 1YTKA 3SZ8A 3W7NA 1W3IA 4JD4A 4KKXA 3PUOA 1BEUA 1F73A 2NV2A 3W22A 5F2LA 3MWAA 2RHGA 2CZEA 2QCLA 3DBPA 1G69A 3GB6A 3GDKA 4YWIA 2PRMA 2ZZ5A 4MJZA 3IEBA 2A5HA 4G1KA 3P5ZA 3L9CA 3L65A 2QJIA 4GJ1A 2A1YA 2KZHA 1H7XA 3PF3A 1DL3A 3KVJA 1DJNA 4MLRA 5IBXC 2ZYFA 2NWRA 5TBOA 2ZTKA 1GVRA 1B9BA 1UJPA 2VKZG 3DI0A 3SR7A 2CLIA 2CLHA 4RJEA 3UYCA 3ZWSA 2B7OA 4UFJA 3KOFA 4HPJA 5DBTA 3TJXA 2O7SA 5CPMA 4IMGA 4OU1A 1D3HA 4R33A 1W5QA 5LNVA 1R2RA 2NV1A 1JQXA 2ISSA 3W9ZA 2EGZA 3LHWA 4AEOA 1RD5A 3NQCA 4HKPA 1L6SA 1W5NA 5D2YA 4NJIA 4GUHA 1JUEA 2NWSA 2P1FA 5HWJA 2DJXA 2ZRVA 3B8DA 1OX4B 3PG8A 5GVJA 4PODA 4X3ZA 3GXTA 1LM1A 4M6QA 5C5YA 5LKYA 1RV8A 2RDTA 5K4XA 4OGZA 1YLVA 2DZSA 2C14A 1K7EA 3GDMA 4JICA 2WQPA 2NUYA 3CTLA 2CZ5A 3NQGA 1KM5A 3NVTA 2DZUA 2WOQA 4NXKA 4YL2A 3CWOX 4FNUA 1OG0A 1DKWA 3AJXA 3TXZA 1QAPA 4IJBA 3EKZA 5I3JA 1X8FA 3N9RA 4O0KA 4QQ3A 1NEYA 3LOTA 3TAOA 5J5RA 3T78A 1RR2A 1PE1A 1QWGA 4K7VA 1SW3A 4AHPA 3TAKA 1WDWA 4UTUA 1XUZA 3C2RA 5HR6A 3EWWA 3CEPA 3P61A 4MZ8A 5AHFA 3PB2A 3LBMA 2E09A 1W31A 1GYLA 3NDOA 3SSJA 1X7FA 2QCEA 3LXBA 1VZWA 5D05A 5L9FA 2X30A 4RZ4A 4N02A 4DBDA 3NQDA 1BKSA 3TW7A 1SPQA 3A24A 2GVJA 2P0OA 3DKLA 1R30A 3W23A 3S9YA 1JCXA 4UTWA 1SU5A 2JGYA 4KFPA 1F74A 3LCGA 2GJNA 1ONRA 3WJXA 1WOBA 3CEUA 5G2IA 1H7OA 5G2WA 2XN2A 1LTDA 3TSMA 3MP5A 1W56A 1KTCA 1VRDA 2GOUA 4BI5A 2ZZ6A 3STEA 1XL9A 4RXGA 3TK7A 2OCZA 1LRQA 4BI7A 3QSRA 3LGEA 3LLFA 1GZGA 1FWSA 3O15A 4I7WA 2VC6A 3SW6A 5J5DA 4JGDA 4DQWA 4ML9A 3UPWA 3NO5A 4O13A 3R5EA 1LRNA 5K9XA 5EYWA 3W76A 1N8FA 4DXVA 1W3NA 1MSSA 4PL2A 4PL1A 3G18A 4MY8A 4RKAA 2ATMA 3B03A 5FF4A 2Z2UA 3L5AA 3INPA 5EKYA 4A2SA 4FX7A 4CQAA 1H1ZA 1KW1A 5CGQA 4ZZ9A 1MEHA 2V9DA 4GFSA 4FXRA 5HR7A 1A5BA 1WBJA 3DAQA 3RK8A 3IV3A 1ICQA 2X2GA 4UNKA 2BTMA 2VFEA 2J24A 2GUUA 2WKJA 5I3KA 3A5VA 2CW6A 4AXKA 4NZFA 1DQWA 1X1ZA 1VPXA 3DI1A 5AHMA 2WNZA 2GJLA 3UWZA 1C29A 2C0AA 4K39A 1YTDA 3ABSA 3MBDA 1NF7A 3CT7A 5D09A 4M7TA 3S5ZA 3LLDA 3WJZA 3K30A 2RDUA 3E96A 4FX6M 1DJQA 3PBYA 3ELFA 3BGJA 1H60A 1B4KA 1U83A 3QQ0A 3IVTA 5DBUA 3LCLA 1O95A 3GK0A 3PM6A 5G1TA 3TH6A 3WK2A 3LHVA 2C13A 4R34A 1FDYA 2ZZ7A 4GBUA 3QW4B 1PCWA 4TR9A 4FB7A 1FXQA 1NF0A 1ZNNA 5D2TA 1FCQA 2FDSA 4FX8A 3W1RA 1NAL1 2Z6JA 4RLIA 1GVFA 4JDYA 1L9WA 1XBYA 3RU6A 4XKYA 1GEQA 4ONVA 1A5SA 1VYSX 1TB3A 2R91A 3QFEA 4O1DA 4Y9AA 3NPXA 3HPXA 4R7JA 3L0GA 4AMAA 3TNOA 3TUUA 2V81A 1SO6A 1P0KA 1Q6LA 1X1OA 3QH2A 3HO8A 3HF3A 2C6QA 5D32A 4NX0A 4CNPA 1OHLA 1GPWA 4JYFA 2ISVA 3R89A 1HTIA 1JJKA 4O52A 3G1YA 1KFJA 3MP4A 1GTEA 3C4UA 4UFIA 1ZAJA 1P5BA 4NNBA 4HSNA 4LVBA 3USBA 4NJHA 3NPVA 3HBLA 4UFKA 2Y7FA 1P0NA 3C0JA 2ZRWA 3LCFA 2CU0A 4UIOA 3GZ3A 3M16A 2RDWA 1QCWA 2XFWA 4DEFA 2A6NA 4LWWA 1WQ5A 3M5YA 1ZJIA 1F05A 1UUMA 5I3GA 1GTHA 4Z0JA 3Q37A 2Y70A 3E12A 1HO1A 4S1FA 3HGSA 3QQ1A 4FEZA 1ZENA 5BNKA 1J2WA 1EUAA 4O50A 3M5ZA 5K3VA 3T44A 5I3FA 4AWSA 1JRCA 3B06A 2Y7GA 5ABTA 1FCBA 3GVGA 4PFMA 1B57A 1G6CA 2J9XA 3CQ0A 5HUOA 4B5NA 2ATSA 4OV4A 4M7SA 3G8RA 1KLYA 4XKYB 5U4NA 4IX0A 1G4SA 1VHNA 3CWNA 3VE9A 5CZSA 4FNRA 3OG3A 2QCCA 2BXVA 3A9IA 3ABRA 2ZRXA 5A8GA 1IIGA 2VFIA 1JCJA 3PB0A 1TSIA 3B4UA 2A7NA 3N9SA 1H7RA 3I7SA 2Y61A 3QMSA 4WUIA 4S2BA 1XDLA 1EP2A 2BX7A 1D3GA 4K8EA 4NU7A 2DORA 4O10A 1TQJA 1XBVA 2G96A 3EXRA 5AHIA 4FHAA 3A22A 2QF7A 1VJIA 3E49A 3M0ZA 1TPUA 3GNNA 3JRKA 4LW7A 3M5XA 2DU2A 4TX9A 1ZAIA 1WOAA 4UTMA 1K03A 1VH7A 2Q8LA 1QFEA 3P82A 4RZ5A 3NQEA 4XZ9A 1OFOA 3B0UX 1TTJA 4MUZA 5AN7A 3QPZA 3NL2A 1LBMA 2V5BA 1F76A 4UTJA 2QAPA 3EX1A 1EEPA 2QCGA 1AK5A 1YYAA 4O4WA 3EWXA 5D38A 3G0UA 3GLCA 4N4QA 3W75A 4I7VA 3V1PA 3P74A 2H3BA 3C3NA 4LV4A 5D2XA 1TTPA 4JYDA 1RZMA 1CW2A 2J9YA 3W1MA 2OMAA 2NLIA 2C15A 2F84A 4R53A 1LLZA 2A7RA 2IQTA 2OZ0A 3NQAA 1XM3A 4O11A 4N9CA 4UMCA 1PV8A 1I45A 5BRBA 2QCFA 3KVMA 1Z42A 4LRSA 2X16A 2A4AA 3SGUA 2V2HA 4YLWA 6TIMA 2A7PA 1L6YA 1KFLA 1SFLA 3PVFA 4K7YA 5L6UA 2ZTJA 1G7VA 3DH7A 3W88A 4FNSA 3WJYA 3W7KA 5AOUA 4DPPA 1UBSA 3W86A 3G0XA 3ZS4A 1KV5A 3W7MA 3FOKA 4UTTC 1OYCA 1QR7A 4AHQA 2QCMA 4IPJA 4EIVA 4M6PA 2WO5A 5KINA 3W7LA 1OFRA 4W9TA 1UASA 4IOTA 2H6RA 3CHVA 1ME8A 3LBCA 5KZMA 1ME9A 3F03K 3HJZA 1TPEA 3PSVA 5FF3A 2NX9A 2QCDA 3KFTA 2C3ZA 3LHUA 4UMBA 1OK6A 5HINA 1EUNA 3BARA 1OYAA 4QAIA 5E0KA 1OFAA 2CZDA 4O53A 5F2IA 4OWGA 2WSRA 4UCGA 1W54A 5EBUA 2NXHA 1TIMA 2CWNA 3N3MA 4HHPA 4LVFA 5AYYA 3W73A 1ZHAA 5FEXA 4MJMA 4J9JA 4X22A 3B05A 4LS2A 1GWJA 3NQFA 3W3OA 3UWUA 3HG5A 3SIZA 2FB2A 3SECA 1VLIA 3C2FA 1RQHA 3RLVA 2ZA2A 3NPUA 3W1UA 1TPFA 4BK9A 3L21A 4KWVA 3STCA 4NNCA 1GVSA 2BZNA 1C8VA 4PEKA 2V2CA 5EPDA 4Y90A 3I68A 4Z1BA 2QKFA 2DZPA 3L0KA 3W7PA 4Z0SA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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