3E12A

Cu2+ substituted aquifex aeolicus kdo8ps in complex with kdo8p
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
263
structure length
257
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQAKVIYDATHSVQLPGGGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Electronic structure of the metal center in the Cd(2+), Zn(2+), and Cu(2+) substituted forms of KDO8P synthase: implications for catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
molecule tags Transferase
source organism Aquifex aeolicus
total genus 90
structure length 257
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2008-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3e12A00
1ZAIA 4N2YA 1VCVA 4GUHA 1P0NA 3OVPA 1KFCA 5C2XA 2CLFA 4ZVJA 3GZ3A 4NNBA 4O1BA 3S1WA 3NR0A 3GKFA 1ME7A 3HGJA 3NVTA 1YDOA 3I6RA 4DXVA 3QPZA 1KFEA 2VFEA 3LLDA 1TV7A 5G4WA 3EXTA 1UJPA 1ICPA 4OBTA 3B05A 4DQWA 3LHTA 3ZWSA 2ZZ1A 3DFPA 2CZDA 3FEMA 2A0NA 1V7YA 2Z6JA 3NL5A 2FTPA 2ZTJA 4M7SA 1SO5A 3PF3A 1KLZA 1S5TA 3MJYA 2X1RA 3MHGA 4R33A 1UUMA 3KAOA 1VHCA 2O7SA 2R8WA 2JKAA 3BG5A 3G1YA 3HMJG 2YXGA 2Z6IA 3LLFA 1W54A 3W7IA 1XL9A 2XN1A 1EWDA 1MEWA 2GQ8A 2C15A 2LLEA 1PL9A 3HG2A 1XDMA 4EIVA 2VKZG 4ALDA 2F7FA 3NAVA 4IXHA 2DZVA 1R46A 3STEA 1R47A 3EWUA 3G1VA 3N14A 3HG5A 3O6YX 3M43A 2NUXA 3ANYA 3OIXA 1HFBA 2DZWA 5C5YA 3MP4A 1ML1A 4LS0A 3INPA 2E6YA 3PUDA 5I3FA 4ADUA 4OV9A 2HTMA 4MJZA 4DEFA 5CSRA 2VEMA 5EPDA 1EUAA 4K6AA 1A53A 1FWNA 1TCDA 2OZ0A 4KWVA 4S1FA 5FEWA 3UQNA 3HO8A 5AB3A 2Y63A 1L2UA 1E51A 1S5VA 4ADTA 1OYBA 3PUEA 4JX6A 2BLEA 2CZ5A 2WQPA 3FIGA 4K8EA 2J88A 4P61A 3QQ0A 2E1DA 1VGAA 4MJMA 1LRTA 3G22A 3ZR4A 1Y0EA 4NX5A 3NYZA 3BK0A 3GDLA 5SWUA 1FWSA 3B06A 2WV8A 3PUOA 3UWVA 3LCGA 4MOZA 3QC3A 1LROA 4K39A 1J2WA 1KLYA 5HR7A 3ZWTA 3DAQA 3IRDA 3MUXA 3MP5A 1OHLA 4LV4A 1WYIA 1YADA 4NX0A 3DKLA 4YLWA 1OYAA 4K36A 4EF8A 3P84A 3LHYA 1OFRA 4HSOA 1I2RA 1T99A 4IX2A 5FI8A 1L6SA 1K03A 3I7QA 1L9WA 1WOAA 3W74A 3LV5A 1H60A 4UFLA 3QJAA 4MYAA 1TPFA 4GC4A 1T96A 3L67A 1VYSX 2TYSA 4UFIA 4NQ1A 3WK2A 2OJPA 1XM3A 2B7QA 2ZZ6A 4RJEA 4WOQA 2JKEA 5A8GA 3GAYA 2GQAA 4RCXA 5AC6A 4ONVA 3JR2A 1K8XA 3CIWA 5CPLA 3BW4A 5AHNA 4UTUA 2E09A 3HG3A 2F84A 4IPJA 1OX4A 1I2QA 1BKSA 3WJXA 1PCWA 3B0VC 2WNQA 4WOZA 4LW7A 2CLOA 5F1VA 4OE7A 4DBEA 4GUJA 3IVSA 1MZHA 3TH6A 1NF0A 3GVGA 1KFJA 3NPUA 4O4WA 2D73A 3P67A 4AWTA 3IGUA 4PL1A 3TC7A 1PIIA 4HPXA 2CLMA 2J9YA 4K7VA 2J24A 3Q94A 4XKYB 3W1QA 3FOKA 1GJPA 1IXQA 3CIXA 2E77A 4MFDA 1GYLA 4N9EA 2QCNA 1NVMA 5AYZA 3MI3A 2ZQ0A 1QR7A 3W7NA 5FF0A 3LBCA 4BI6A 2V8ZA 4Q32A 2CW6A 3S5YA 1TPDA 1G6CA 1LBMA 4GBUA 3SGUA 1F6KA 1G4SA 3WJZA 3EEGA 2AAMA 4LS2A 2H8XA 1XDLA 3SR7A 3W7DA 2RDWA 1AL7A 1H5YA 3IIVA 3NZRA 5FF2A 2GVGA 3EX2A 5D2VA 2VXNA 2Q3OA 3T44A 2V2CA 1X1OA 3CTLA 2HS8A 4A3UA 1IIGA 1LOSA 2BX7A 5L9FA 1ZFJA 3LM7A 3P60A 4LVFA 2BXVA 2A7RA 3EX3A 2NX3A 4JD4A 2DZPA 3UD6A 3OA3A 3LI1A 1AW5A 2AQWA 4O17A 4G1KA 4QJ1A 1FCVA 4WX2A 1K8ZA 4O18A 3VI2A 2VEPA 4DO6A 1OABA 5D32A 2ABAA 3G1FA 3E02A 5AC8A 2WSYA 4JTLA 5LSMA 4JNMA 4O19A 3U6WA 3GAKA 1YYAA 5GVJA 1LCOA 5T26A 1EUNA 2CLHA 3MHUA 3CT7A 3QFEA 1TPH1 3P80A 4JR5A 1EEPA 1QCWA 1SO3A 1T8XA 4MUZA 5FESA 1P4CA 1XUZA 1Z48A 3N19B 1OFPA 5C54A 1CX9A 3MBFA 2QCHA 4DBDA 4PL2A 2KZHA 3B04A 2E5CA 4JTGA 5G1YA 5K9XA 1SW3A 4LS1A 1YXCA 4NZJA 3SIZA 4Y6GA 5LHEA 3W9ZA 1SW7A 2WO5A 2ATMA 1W5PA 3W73A 3SECA 2QCDB 3W6YA 1CW2A 1AW1A 3DFTA 2QAPA 1TQXA 3PBVA 1U5JA 2ZRZA 4UTTA 5HWMA 3TQKA 3M5ZA 4GWEA 3LBMA 2XFWA 5AHEA 5HJLA 4JTSA 2E6FA 2ISVA 4WD0A 4UFJA 3E96A 3W85A 2VFHA 3LV6A 2V5BA 2Q8ZA 4Y9AA 4AHQA 3E0IA 3MYPA 4AB4A 1F5ZA 4RV8A 5BOOA 3PULA 5F4XA 5LGZA 3MI6A 1KA9F 4GUFA 3N9RA 5DBUA 2OCZA 4NXSA 3DKJA 4DELA 1LBLA 3PC0A 3FYPA 5EL1A 1R2TA 3KXQA 1KW1A 4UR8A 4N6FA 6TIMA 1GVQA 3FKRA 1G67A 2YZRA 4NUWA 4QISA 1SZNA 1TPC1 4QM1A 5F4SA 3W1RA 2A7NA 3T7VA 3W87A 1GTEA 2NLIA 4O28A 1GYNA 3LTPA 3F03K 3OHIA 1Z42A 3O6CA 4GUGA 3NPXA 1IXOA 3W7QA 3DI1A 1FY6A 1WQ5A 4LVGA 3M6YA 3NM1A 3G3DA 1FCBA 4RKAA 3HF3A 4RZ6A 3V1PA 5IM51 4ZMGA 5FF4A 4QSHA 2FDSA 1TRDA 4UFMA 3CWOX 3T55A 3W86A 3LTSA 4OT7A 1NEYA 1RPXA 3HGOA 5LGXA 4XWUA 1GWJA 1VLIA 4PFMA 3U8GA 1MEIA 1D3HA 3O06A 3C2OA 2ZZ3A 3BLEA 4FNRA 3EWXA 4PC8A 5KZEA 3T78A 4FNSA 4FX7A 4XZ9A 4MYXA 2V81A 2ZA2A 3BV4A 1LRQA 1XKYA 3PY2A 5L6UA 1J4EA 3THAA 3PBUA 4GUIA 3G1HA 3C2VA 4JTKA 5EYWA 4CLMA 5I3KA 3A5FA 1PS9A 3DH7A 3A9IA 1TTJA 4LV9A 4AH7A 4PEKA 4JTFA 1NAL1 4JYDA 4OV4A 4UTLA 3LXAA 5KMYA 2Y61A 1VZWA 2ZZ4A 5D2WA 1GG0A 3TAOA 1FCUA 3UZJA 2EKCA 4QQ3A 1W56A 1KTNA 2H8ZA 1W5NA 1YXDA 1QPRA 3EX1A 2FPVA 1RQHA 5I3JA 1QO5A 4X9SA 1JUEA 1P1XA 3W70A 3WJWA 5LHFA 4HT3A 5TQLA 1JCJA 5G4EA 3CHVA 3QMTA 4IPIA 3TCEA 2PRLA 1VPXA 2V5LA 3L9CA 3TJLA 4K37A 4IXXA 3FA5A 4UXDA 3TA6A 4XKYA 2QCFA 3MYOA 1KTBA 2G95A 3LHWA 2HSAA 4O52A 4HNNA 5D02A 2C0AA 3C3NA 4PODA 4NT0A 1BWLA 1F73A 3Q2DA 3UWWA 4XTIA 1B9BA 5DCBA 1MSSA 3LCWA 3PG8A 2ZRUA 2CFFA 4PCFA 4TR9A 4CNNA 4ZQRA 1TTQA 1LZOA 2J9ZA 5D09A 3BGJA 1K3UA 4RZ4A 5AHFA 2QUVA 4UNKA 3ABOA 3ABRA 2WKJA 2Y62A 4UFKA 3MWAA 3DHDA 1OJXA 3HBLA 5DELA 2DZXA 1AK5A 5E93A 4UNLA 1QO2A 1JCLA 1OFAA 4YWIA 4BK9A 1V5XA 2QJIA 4BF9A 2FLIA 4FO4A 4O50A 2GJLA 3NDOA 2RHGA 4M6VA 2ZZ7A 3DGRA 3BO9A 1I4NA 4AHPA 3W7MA 4JY8A 4NJJA 2W79A 4LTSA 3L66A 4LU0A 1GG1A 2ABBA 1JUKA 1XFBA 3Q58A 4AMAA 3OVRA 5CZSA 3RMJA 3DXIA 3T4CA 2QKFA 2ZTKA 4UIOA 3N2MA 3LHVA 3S0CA 3ELFA 1ZY9A 4FNUA 5BMWA 2C6QA 4JTTA 1G7VA 5D30A 5D2XA 1ZJIA 4TO8A 1WAUA 1DORA 3W2JA 1UBSA 1PCKA 1HG3A 1QNVA 2R91A 1N8FA 3VE9A 2NUWA 1W31A 3L0GA 3S1UA 1FDJA 1A5BA 3H55A 5D04C 4NJKA 1LLWA 1F74A 5E0KA 3NGJA 2ZA3A 5EA9A 1VC4A 3QZEA 4NNCA 3GDKA 2Q8LA 2QCDA 4ORMA 4JICA 1SPQA 2A1YA 2EAWA 3ATYA 3IGXA 4ORIA 5F2MA 4NZFA 2BTMA 3A22A 1TIMA 4CCCA 1XUUA 5CSSA 2BZNA 3DBPA 3IIPA 4FB7A 1EX5A 3N34A 1FWTA 1U83A 1DHPA 1B57A 2X1UA 3K30A 4N9CA 4WXYA 3P62A 3CPRA 1PE1A 3C4UA 4S2BA 4CCEA 5D2TA 5CGQA 2CLEA 1QOPA 4OHQA 3LOTA 4JDBA 2V2HA 3EWZA 2FPYA 3O15A 3G8EA 2NUYA 4O11A 3IIOA 2NX1A 2WSQA 3W84A 3A23A 3EX4A 4XTDA 1GZGA 3T40A 3IEBA 3M5VA 4BR1A 4MIMA 2WNZA 4CNOA 5H2ZA 3O8AA 5LNVA 4IMFA 3VE7A 3DI0A 1WV2A 4O16A 1XBZA 1X6UA 3CM4A 3W2UA 4UTJA 2VEIA 4JYFA 4AF0A 1ZCOA 2WSRA 3C2EA 3N3MA 5HINA 2PC4A 4KFPA 1KM1A 4M6PA 2ISWA 3C2RA 1VHNA 1K8YA 1VS1A 4MZ1A 3HPZA 3LI0A 1W3TA 3CEPA 5CPMA 3W7PA 3EKZA 2X1SA 3W2KA 3AO0A 2GPTA 4BI5A 4ZL1A 1QWGA 4NJIA 5EMUA 5LKYA 3TUUA 1YTDA 4HN4A 1DQXA 4X2RA 3GDMA 3NQCA 1Q6QA 3KX6A 3M44A 3S9YA 3PVFA 1KM6A 1C8VA 1S3HA 3IGSA 4FNQA 2PRHA 4LVDA 4N4QA 2H6RA 3TJXA 3UWUA 3WJYA 5F4WA 2GOUA 4DO4A 2ZZ5A 5G2IA 5DN1A 2W0UA 3UZ5A 4NU7A 2ZBTA 1VLWA 3BLFA 4EF9A 3W1UA 2W6RA 1W3NA 3M16A 3R13A 4A21A 3GKAA 1GPWA 1ZENA 2YFOA 4IMEA 3L65A 3G3MA 2QF7A 4UTIA 2FB3A 2QUUA 4A29A 2ZA1A 2OMAA 3NNTA 1H7WA 2QAFA 1LOQA 1G69A 5BNKA 1NFBA 1WBJA 4L4LA 3G0SA 1W5OA 2V82A 2E68A 1EPXA 4MLRA 2NWSA 3P7YA 1O94A 4UTKA 2JKPA 3PWAA 4Z0SA 1H1YA 3IIXA 3NPWA 1OFBA 4UC5A 2JGQA 3LDVA 4L4MA 4ZQCA 4JTHA 1DVJA 4DF1A 4BWLC 1FXPA 3UY8A 3HGSA 3UXDA 1LYXA 4UCGA 2ISSA 3IVTA 1IXPA 5EBUA 3PSVA 5IBXC 3AJXA 4NJGA 3RNDA 5G1TA 3S6DA 2GUUA 2YFNA 2E6DA 1Q6OA 1KFBA 3GB6A 4LNYA 4XBKA 4LC8A 3KVKA 2Q3RA 2C1HA 3GR7A 1RQEA 1H7RA 3TROA 1FDYA 5F2GA 3P61A 5C6MA 3L0NA 3R5EA 3G1DA 3KRUA 5DLCA 4O15A 3NQ8A 5I3GA 3UWYA 3QF0A 4ZZ9A 3C2FA 1I8JA 3L5MA 2O7QA 1XBYA 5KSWA 1T0OA 3W76A 2OT1A 4YXGA 3P5YA 4WZHA 3C0JA 2YYUA 2ALDA 1R2RA 3USBA 2ATSA 5FEPA 4LY8A 4B5NA 3W2MA 1UUOA 3DU0A 1W1ZA 1F6PA 3MW7A 2VOMA 1EWEA 3PSWA 1UCWA 3EKLA 3WK0A 7TIMA 1YTEA 3W1LA 2PRMA 3QSRA 5AFDA 2VFGA 2TSYA 3CWNA 3WK3A 3LHZA 4YMZA 1XBVA 3GNDA 4JGDA 4MFEA 4MZYA 3E49A 3DFQA 1UB3A 1EP3A 2NZLA 1VH7A 4ZQNA 4DPPA 1TPEA 2H90A 1OF6A 5CPOA 2Y7DA 2QCLA 4UTMA 3OBKA 2YGYA 2DORA 3NQVA 1K7EA 1F76A 4CCDA 1B4KA 3TKFA 4Z0JA 1YXYA 4JDYA 2A21A 4O54A 1FWRA 2Y70A 3GNNA 3SZ8A 3W23A 4N6EA 3OVQA 3P8JA 1W8SA 4I7VA 2YDAA 3TFCA 3MP3A 4RXGA 1X7FA 4R7JA 1M7PA 1ZNNA 2WJZA 4LUJA 3BGGA 3E12A 4WQ6A 2QJHA 3PR2A 2JGYA 1UASA 4JTUA 4M19A 4FHAA 3W71A 2BSLA 3H54A 3VFLA 1W37A 3DHFA 3ZS4A 3F4WA 1W5QA 4N9DA 5K7JA 2FIQA 4GFSA 3SGZA 2G97A 4P2VA 5CPNA 4ZQPA 3LTYA 5AYYA 4XBSA 2YX0A 3G0UA 3W75A 2FJKA 3QMRA 3UWQA 1O5XA 2E5BA 2NV1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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