3E12A

Cu2+ substituted aquifex aeolicus kdo8ps in complex with kdo8p
Total Genus 90

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
263
structure length
257
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQAKVIYDATHSVQLPGGGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH8 (243-257)EMPTYTVIII3 (224-227)TIV1 (13-16)S10 (218-224)AH2 (60-74)AH1 (16-32)S11 (238-239)S3 (77-81)TI2 (46-49)TI3 (51-54)AH3 (88-93)TVIII2 (95-98)S4 (97-100)3H2 (102-104)TI4 (104-107)AH5 (135-144)S5 (120-124)TIV2 (146-149)S9 (178-182)TIV5 (182-185)TI5 (126-129)S7 (156-157)3H3 (131-134)S6 (149-153)TIV4 (174-178)AH6 (168-174)S8 (163-164)TIV3 (159-162)TI7 (184-187)3H5 (227-229)TI8 (185-188)TII1 (189-192)AH7 (204-214)TIV6 (231-234)TI9 (233-236)TI10 (234-237)3H6 (240-242)TI1 (33-36)S1 (4-9)S2 (36-41)3H1 (85-87)AH4 (108-116)TVIII1 (43-46)3H4 (201-203)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Aquifex aeolicus
publication title Electronic structure of the metal center in the Cd(2+), Zn(2+), and Cu(2+) substituted forms of KDO8P synthase: implications for catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
total genus 90
structure length 257
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2008-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3e12A00
4ZVJA 3QPYA 4LRTA 4PH6A 2PCQA 5D30A 3NR0A 4HT3A 5K4ZA 2J9XA 3I6RA 3FKKA 1TIMA 3GAKA 2DJLA 1S5TA 3ATZA 3UWYA 1PL9A 4AHOA 2Y70A 4IQLA 3W2MA 1QOQA 3W1XA 2PURA 3MP5A 1KM1A 5K3VA 3S0CA 3QQ0A 1WA3A 1K7FA 2HSAA 4UFLA 4O16A 1AW5A 3HOJA 3LXBA 1VRDA 3GDTA 1T8XA 2GJNA 3U8GA 3E9AA 3EKLA 2QR6A 3P81A 3DI0A 2XFWA 4JTKA 5T26A 3N9SA 2YPIA 3CIXA 1L9WA 1EP2A 4QJ1A 5BMWA 4GXMA 1JRCA 2YCEA 1OFRA 3DFPA 5K7JA 3ELFA 4DO5A 3W1RA 2V2HA 3KX6A 1ICQA 3MBFA 1XDLA 2ATSA 3W1QA 3EXRA 3NQ8A 3STEA 1O95A 1W5PA 1LDCA 1TCDA 2JBMA 1FDZA 4LT9A 3PBUA 3QMTA 3O6DA 1AK5A 3MHGA 3UY7A 3PWAA 4GRSA 4H4IA 2DJXA 3GXPA 2RH9A 1FXPA 2ZTJA 3B0PA 1H61A 1K03A 3FIGA 2Y7EA 5FEPA 4CNOA 4O1CA 1ONRA 1I2QA 1YLVA 2CZFA 1XL9A 1Z44A 1LOQA 4NJKA 3THQA 1W0MA 2JKEA 3OBKA 5CGQA 3D0CA 3M44A 1DVJA 2WKJA 1NF7A 2ABAA 3N14A 4LTSA 1QWGA 4HSNA 5LNRA 1LBMA 1YYAA 3Q58A 3EX4A 1TPWA 2C1HA 4QM1A 3KVKA 5AHEA 4JD4A 3EKZA 1TTIA 4XBKA 2NX9A 4N2YA 4XKYB 1PVNA 4XTIA 3KAOA 4ZQOA 2ZZ7A 5KINA 3IIPA 2Y7GA 3GR8A 4EIVA 1NF0A 2Z6IA 4FXRA 3N2MA 1G4TA 1JCLA 4LRSA 1KM5A 3C6CA 1HG3A 2ZYFA 2ZBTA 3T44A 3OG3A 1WX0A 3U2OA 2YXGA 2W6RA 2E5CA 1K7EA 4GNJA 3NL6A 3DKJA 1Q6QA 4LS0A 1Z41A 3S42A 4WY0B 3RU6A 1TRDA 4H6KA 2JKPA 3IVTA 3EXSA 4K6AA 3W7LA 1L6WA 5AC8A 3TDFA 1YADA 3W2JA 2ZRUA 5CPMA 3LI1A 4MIMA 4ONVA 1D3HA 1H7NA 2V82A 4O11A 3HF3A 3MI6A 2ZFAA 4Z1BA 3CTLA 3A24A 3LGEA 3HQ1A 1SO3A 1I2OA 2PE4A 1TV7A 3NQEA 2FTPA 3L5AA 2RKXA 3PUDA 4UTTA 4U28A 1T99A 4ZQNA 2VKZG 4MKNA 1PHWA 1TQXA 4BF9A 1H7PA 4GC4A 3KVLA 3N2XA 4RLIA 2CLMA 4AEOA 4JEQA 3MI2A 4O0KA 1DJQA 5F1VA 1G7VA 2C14A 1BWLA 1FCUA 1SW0A 4LV9A 1IXOA 2DZPA 5HINA 3LHZA 2X16A 1F2JA 2ZA1A 3LXCA 4AWUA 4AWSA 4NJGA 1I2PA 5KZEA 4LVGA 2JKAA 1EB3A 1XDMA 1XM3A 3W7DA 3PVFA 4NQ1A 5E0KA 1XCFA 2A6NA 2ZA2A 3EWWA 1B4EA 4KFNA 3A5FA 1DKWA 3NL5A 4Z08A 2FJKA 5FF7A 2VENA 2YW4A 3ABSA 3NM3A 2P10A 4O50A 1HFBA 4JGDA 3TX9A 3B03A 1FWSA 3M47A 2CFFA 3W70A 2CLLA 3NPWA 3S1VA 3C0JA 3W23A 3NPVA 3TCEA 1XBXA 1DV7A 3SGZA 3DBPA 5HUPA 3IGUA 4U4MA 5LSMA 3WK0A 1IXPA 4M7TA 2W79A 1EIXA 1TPVA 3PBWA 3GAYA 3L9CA 3KRZA 4O1BA 2NX1A 3WFAA 2YFNA 2H6RA 4N9CA 2Y89A 3G3DA 5AYZA 2OCZA 4Q4KA 1G4EA 5LGXA 1G4SA 3E12A 3PF3A 2I1OA 1H63A 4BK9A 3GNNA 2WSYA 4KWVA 2YGYA 2EF9A 5F2LA 3F4NA 5HUOA 1FWRA 4FNUA 3DKLA 3O1NA 4IMGA 2BLEA 1LLWA 3FLUA 1P4CA 1VCFA 3W72A 1XKYA 3MW7A 3LHVA 2WPBA 3EX1A 1QOPA 1QMLA 2FPYA 2FFCA 4MY1A 1OFQA 3BW2A 1C8VA 4RZ6A 1NVMA 3NQDA 2TSYA 3EWZA 1KW1A 4IMDA 2R14A 5DCEA 1DHPA 4JTEA 1EWDA 1GVSA 2PRLA 4L4LA 4UC5A 3A23A 1KM0A 3VKJA 3B8DA 3W71A 2OZ0A 3HGSA 3IVUA 3HIJA 3C8FA 2VXNA 1ZNNA 1WDWA 1GJPA 2DORA 3HG4A 1RQHA 3B04A 3LCHA 2QKFA 2QCCA 1P0KA 3KRSA 1YTKA 5FI8A 3W22A 3G0XA 4IPJA 3W7KA 5BMXA 5D2XA 1H7OA 3N73A 5DBTA 3VE9A 1OFOA 2A2IA 4PL2A 3W74A 4NJIA 3P60A 3L0NA 2ISWA 4E0CA 1GVQA 4MYAA 1OVDA 3MP3A 1L6YA 3W7CA 3UZJA 3O63A 2QCGA 5E93A 4AMAA 1R2TA 2TYSA 3BV4A 3F03K 4KWWA 3EXTA 3OIXA 3P80A 1NEYA 1QNVA 3TUUA 5EYWA 1F5ZA 3IVSA 1WV2A 5HWMA 4FXSA 4JTFA 3W87A 4Y8FA 3AO0A 3A5VA 3CEUA 4PFMA 1PE1A 5CPNA 1MEHA 3GDKA 3TE9A 3KRUA 4R53A 5D2TA 1ALDA 3TH6A 4FF7A 2E6FA 4W9TA 3M43A 3SFKA 5D2WA 5CSSA 1M7PA 3DXIA 3H54A 5C5YA 5D2VA 3ABOA 4KKXA 3KVJA 4NU7A 3LM7A 3M7WA 3MYOA 2GJLA 1VZWA 1AG1O 4MY9A 1JUKA 3E96A 1RZMA 3O16A 1SZNA 1H1YA 3TNOA 2VC6A 2QUTA 3PC0A 3PBVA 1WBHA 3LLFA 5F2GA 4A3UA 2A6LA 5LHEA 2A4AA 1JQVA 7TIMA 3IV3A 3E02A 3W83A 4QITA 3UPBA 1M5WA 1RV8A 1GG1A 1R47A 4O0ZA 1TMHA 4WUIA 1H50A 2AGKA 4Z0SA 4I7VA 1QPQA 3N19B 4O17A 3CLMA 1UASA 3QSTA 2E68A 3ZWSA 3ZR4A 1GEQA 1TO3A 4PODA 1KFCA 2QCDA 3QH2A 2X30A 4MUZA 1TJRA 1VPXA 1A5BA 3DFSA 1TPEA 2LLEA 1S5VA 3C52A 4IMEA 1XUUA 1LRNA 1MO0A 2RDUA 5KMYA 4NNCA 4GWEA 3BGJA 5K9XA 5DCDA 1YPIA 3MO7A 4O4WA 3NQGA 3NVTA 3EX6A 2ZRXA 4O28A 5CSRA 1ME7A 4JXCA 4FB7A 2GVLA 1H62A 5AYXA 2WNNA 4HSOA 4O18A 1W5MA 3BGGA 2VFEA 3DFOA 3GLCA 3TR2A 3UPWA 3TJLA 1N8FA 3P7YA 3HG3A 5D04C 1ME8A 2E1DA 5EL1A 1HO1A 4JTSA 2QJIA 1UB3A 2ATMA 4MZYA 2QEZA 1W3TA 2V30A 3HBLA 5AC6A 1BKSA 3HGOA 2B4GA 3TW7A 4O1AA 4CCEA 5LGZA 2J88A 1OYAA 1I8JA 2CLFA 1HL2A 5FEXA 3RNDA 5F2MA 2DZUA 1XBZA 3ABQA 1XFBA 1I2NA 4FEZA 4LWWA 4IX0A 1F74A 5F1UA 5K9CA 1TPH1 1OYCA 3B4UA 4OT7A 1P0NA 2FB2A 3HGJA 1J2WA 1BTMA 1LCOA 2ALDA 4NJJA 4O13A 5DXYA 1TJPA 4NT0A 4X2RA 1FCQA 2VEKA 3NL3A 4O4VA 3LXAA 3WJZA 1SZEA 3NG3A 1R2RA 3S6DA 4EOUA 3PUOA 2V5BA 2Z6JA 4TR9A 3WJSA 3C2VA 3HPZA 1NAL1 3O05A 4O57A 4R33A 2GOUA 4NUWA 2VFHA 3PB2A 3NEVA 3QW4B 1L6SA 4JX6A 1SW3A 1H7XA 2Z0IA 3L68A 4H3DA 4JYEA 2ZZ6A 3SGUA 4E2BA 3G1AA 1OG0A 3IIZA 1ICSA 2FPVA 3C2EA 3BG3A 2VEPA 3U6WA 4YWIA 4AWTA 1X6UA 1O5KA 4FX8A 1DL3A 2NWRA 4AAJA 5CPOA 4IXXA 5D2YA 3A22A 4RKAA 3SIZA 2H90A 2D73A 1Q45A 4RXFA 5D32A 3W84A 4QQ3A 3RLVA 3PUEA 1O94A 2E6DA 3C4UA 1RD5A 1OJXA 3CM4A 3O06A 5G2IA 4ICNA 3MJYA 2AQWA 2BX7A 1CW2A 2GVJA 1YDOA 4RXGA 5DXXA 1ZAHA 3IRDA 3CU2A 2O7SA 4UTWA 4JN6A 5FESA 3G1FA 3GR7A 1VQTA 3GVGA 3LHTA 1ZAIA 1XUZA 2FQIA 4K7YA 4FX6M 3LLDA 3NYZA 1M6JA 2QCLA 2QAFA 3TV8A 5AHNA 1F05A 1TTQA 1J4EA 4DF2A 2X1RA 2CZEA 2WNZA 3EWXA 3W2UA 1QO2A 4EVZA 4QSHA 4OBTA 1VCVA 2WOQA 3LCIA 5E1QA 1H7RA 3O15A 3NQVA 3QYQA 1SZFA 3PS7A 1SQ7A 4JTTA 4ORIA 3A9IA 2B0MA 2BTMA 5I3JA 1Y0EA 4WOQA 4PC8A 1V5XA 1YXCA 2Y63A 2J24A 3W7OA 3HPSA 3OVPA 4FHAA 1KBIA 5EKYA 4RV8A 2YDAA 4FNTA 1UBSA 2RDWA 3W7EA 1CX9A 2B7NA 1ZENA 1OFPA 3E49A 3R89A 2RFGA 3OVRA 3S9YA 3OVQA 2GQ9A 3L65A 4CQ9A 5AB3A 3TSDA 4AF0A 5C54A 4YCPA 2VFGA 3F1QA 4LY8A 5U4NA 3GDLA 3IGSA 2E09A 2CLEA 4K8EA 4DBEA 1BWKA 3W2LA 2CLHA 1W37A 3BW3A 4UCGA 1FBAA 3LOTA 5EBUA 4ZL1A 1ZJIA 3QRHA 1SR9A 3B0UX 2ZRZA 2J9ZA 2XN2A 3ABRA 1S5WA 3FS2A 1KFJA 1XBVA 4N02A 1W5OA 1ZALA 2YX0A 5HNRA 2A1YA 3M9YA 1EWEA 3G1XA 4UTTC 5MHBA 1GTHA 2ZZ1A 3DFQA 4CLMA 3VI2A 3KFTA 4BFAA 3P8IA 5AHIA 2FIQA 5CZJA 5F4SA 5KSWA 1JCNA 2H8XA 3PR2A 1KFKA 2NZLA 2YR1A 3LBCA 3P74A 1TYGA 4LOCA 1NFBA 4A29A 3LRMA 3MYPA 2NWSA 5C2XA 1KM4A 4JIPA 2ZRYA 4Y9AA 1RQBA 3SZ8A 2AAMA 3PSWA 4K39A 1KV5A 3G8RA 3ANYA 4MY8A 4N6EA 2H3BA 1DQWA 4S2BA 2C19A 4RR4A 3THAA 4JTJA 8TIMA 5KZMA 3UWZA 2J27A 3Q94A 1T96A 4JX5A 3TQKA 5HR7A 1TRIA 2YFOA 1SO6A 1V7YA 2NUYA 3P5ZA 1TSIA 3G24A 3M1ZA 4MPQA 2GVGA 1N7KA 1VR6A 4RX0A 4O1DA 3LTSA 3IGXA 1FCVA 3NNTA 2FPTA 4GUFA 1H7WA 4N9EA 4K38A 4FX7A 1OFBA 3CB8A 3YPIA 3LRKA 2CLKA 2GUUA 1B3OA 2ZTKA 4RCXA 1WBJA 3R5EA 1TPDA 3BG9A 3QZEA 2DP3A 5BRBA 3PBYA 3C56A 3DAQA 3L0GA 3G0SA 1G69A 4L4MA 3DFNA 4HNNA 1OABA 2CW6A 4Y6GA 5LKYA 4DELA 5I3IA 1YDVA 4S1FA 4UTIA 1RR2A 3TQVA 2ZDRA 4MLRA 4PCFA 4XUGA 1Q6OA 3STCA 4HIBA 2Y62A 3I65A 3PM6A 4HN4A 4LC8A 5LZLA 3W7PA 1GZGA 4N9BA 2EHHA 1QO5A 1FDYA 3VFLA 5DELA 3LCLA 2DZXA 2F7FA 2ISSA 1FX6A 4C1LA 1TTPA 4R34A 4HNTA 4O12A 4BWLA 3MUXA 4BI5A 1EUAA 1KM3A 3KVMA 4O53A 4QAIA 1ZHAA 1FDJA 3EEGA 4FIQA 5CZ0A 2V0TA 3KHJA 4PTNA 1KM2A 5TBOA 1W8SA 3A21A 4YCOA 4DXVA 1G6CA 1JCJA 3ATYA 3S1XA 3TQ0A 1VHCA 1RPXA 4WQ6A 4JYFA 3Q37A 3DZ1A 2E5DA 5EMUA 1RQEA 3TROA 3WJWA 4OGZA 1EP1A 4XBSA 5CPLA 3MWAA 3MP4A 4M6QA 3F4WA 3NQ2A 2DZTA 1OX6A 4UTLA 3P82A 3W1AA 5TIMA 1KFEA 2YYTA 3WK3A 1Z48A 3CIWA 2KZHA 3NA8A 3W7GA 4M19A 2E5BA 3M16A 4ML9A 1GPWA 3DH7A 4WD0A 3NOEA 3UXAA 2DZWA 5LHFA 1J5TA 2QAPA 4TO8A 4DEFA 4MFEA 3LX9A 1KV8A 4ZQRA 1QAPA 5CZTA 4JIQA 1YTEA 3W76A 3GB6A 3S5OA 4DF1A 4A21A 2FLIA 3C2OA 3M6YA 3QEZA 1HUVA 1TQJA 2Q3OA 2Q3RA 4CNPA 1EA0A 3MI3A 4MJMA 3LCGA 2IQTA 4IOTA 5HULA 2TRSA 3NAVA 3O6YX 3SI9A 4LNYA 1K7XA 2QJGA 4X22A 2R94A 3SR7A 5I3GA 3LHYA 4AHQA 4HNVA 1I45A 1XC4A 3T78A 1X8FA 1KBJA 3W85A 2G96A 3IIVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4WJX A;  4ZVJ A;  1E6S M;  1FOB A;  5D30 A;  1QT1 A;  4TXE A;  2WMI A;  2J9X A;  3I6R A;  5GJP A;  2BHY A;  1TIM A;  3ATZ A;  3SCU A;  1PL9 A;  3FGC B;  3WEL A;  3W1X A;  2PUR A;  3EA3 A;  3MP5 A;  3LU2 A;  5K3V A;  1QK2 A;  4ZEN A;  3ZR5 A;  1WA3 A;  1K7F A;  4QP0 A;  4A8L A;  5CSU A;  3U8G A;  3DI0 A;  3ALF A;  3GXM A;  3ABX A;  3G77 A;  3N9S A;  4M1B A;  3B9E A;  3CIX A;  3GR4 A;  3DFP A;  4DO5 A;  2R82 A;  4GYP A;  3KX6 A;  4F0S A;  1ICQ A;  1UD5 A;  3J7H A;  2QW5 A;  2XIQ A;  4UOQ A;  4ZFM A;  1GKR A;  1UH4 A;  2PDW A;  1FDZ A;  4LT9 A;  5B80 A;  1JFX A;  3H2N A;  2BVD A;  2W91 A;  3MHG A;  3UY7 A;  1J01 A;  4KCV A;  1CPU A;  2HPI A;  4J40 A;  2ZWY A;  3CQH A;  3FIG A;  4C7F A;  1I2Q A;  1YLV A;  2BG5 A;  4TVD A;  3WH6 A;  4P7O A;  2OO6 A;  1KCX A;  5HPO A;  3AIR A;  3VNJ A;  3OBK A;  1WO2 A;  1MRA A;  5LNR A;  1LBM A;  3VIO A;  4JD4 A;  4H04 A;  1TTI A;  3AHT A;  4XBK A;  4N2Y A;  2GGE A;  1KCK A;  2BP1 A;  3ZO9 A;  3KAO A;  2NVD A;  5KIN A;  3CH0 A;  3PUG A;  4DY1 A;  4EIV A;  3KBN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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