3E96A

Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from bacillus clausii
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
296
structure length
296
Chain Sequence
PLAKALETISGIPITPFRKSDGSIDWHHYKETVDRIVDNGIDVIVPCGNTSEFYALSLEEAKEEVRRTVEYVHGRALVVAGIGYATSTAIELGNAAKAAGADAVMIHMPIHPYVTAGGVYAYFRDIIEALDFPSLVYFKDPEISDRVLVDLAPLQNLVGVKYAINDLPRFAKVVRSIPEEHQIAWICGTAEKWAPFFWHAGAKGFTSGLVNLLPQKAVEMLEALRNNDNDAVWRIWEDIVPFEDLRGKYNQGNNVVVIKEAMEMLRQNAGVTRAPVNELSNEDKQLVTELLSSWKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from bacillus clausii
rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
molecule tags Lyase
source organism Bacillus clausii ksm-k16
total genus 112
structure length 296
sequence length 296
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date 2008-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3e96A00
1IXNA 2Z1BA 2QUTA 4OWGA 3FOKA 3AO0A 5DY3A 3Q58A 1K8ZA 1DQWA 3LRMA 1TPWA 1LM1A 3LV6A 5AC7A 2HTMA 2YXGA 2ZBTA 1W3TA 1WBHA 2A6NA 4LNYA 2VFEA 2NV2A 5AHLA 5A8GA 5DXXA 4NX0A 1VHCA 3W2NA 5F1VA 3UWWA 5D38A 1OX5A 2V30A 3UZ5A 4ADTA 5BRBA 2YFNA 3K30A 1FXQA 2A1YA 4PTNA 5DBUA 2H8ZA 3TU9A 1YXCA 2ZZ3A 1I2PA 1GVSA 1L9WA 2ZZ4A 5HJLA 4DELA 3LHZA 3M47A 5U7SA 3GDMA 1W31A 4RXGA 3RK8A 3EX6A 2R14A 3UQNA 3O1NA 1HUVA 2ZRWA 3TQVA 4WJEA 5I3IA 2TRSA 2CWNA 4N4PA 4FXSA 4K36A 3L68A 1EUAA 3EX4A 1G67A 1UBSA 3T40A 3EEGA 1TPDA 3O16A 3G8RA 4AF0A 3HPSA 3BG9A 2FDSA 2QEZA 2QCDB 2OT0A 2E5BA 3S1VA 3UXAA 1R2TA 4AB4A 2QUUA 3BGGA 1PE1A 1ZY9A 1QOQA 2FB3A 3OIXA 3LCXA 2GQ8A 2A4AA 4IX2A 1YYAA 1IF2A 3GAYA 1RQEA 4A21A 5FF0A 4IXHA 4OU1A 2YYUA 4UFLA 1H7WA 3R8RA 3LHUA 4XBKA 5KTLA 4FX6M 2AAMA 4N4QA 4JNMA 2P0OA 3QC3A 5DCBA 1EWEA 4N9EA 3ABRA 3H55A 5F1UA 3THQA 1D9EA 2DZSA 1R46A 3R2GA 4LS1A 4JYDA 3B0PA 3A24A 3BV4A 3P5ZA 4UFIA 3KOFA 5FF4A 1SR9A 1X1OA 4O28A 1H7OA 1EA0A 1DJQA 1H7RA 1B57A 1TTJA 3W76A 2BXVA 3L0GA 1F6PA 4RCXA 3G1DA 5D2YA 3O15A 2X16A 3M5VA 4NNCA 4YLWA 5F2GA 3PUDA 2R91A 3KXQA 1TIMA 2ZYFA 3DHFA 5KZMA 3JR2A 3QPYA 2W79A 5BW6A 4UTTC 4HPJA 2DZVA 1SZFA 1TRDA 4NXSA 3TV8A 1H63A 1NAL1 4O50A 3TSDA 5I3JA 1YDVA 3WFAA 3DH7A 3C0JA 2Y7GA 5DLCA 2BX7A 1H60A 3B06A 1Q6RA 2RHGA 3WJWA 3UZJA 2NWRA 3NNTA 3QYQA 1G4EA 1QPRA 3GXPA 4X2RA 4O1DA 2E77A 4LVGA 3EKZA 2CW6A 4RK8A 3LX9A 3P8IA 3W22A 4FX7A 1FWSA 2A21A 2Y7FA 5LSMA 3EX1A 1HG3A 3CLMA 1A5SA 5DCDA 2QUVA 2YX0A 4GUJA 3ZWTA 1MXSA 3TH6A 2OZ0A 4GFSA 2VEMA 2YSWA 3LCWA 1H7XA 5HR7A 4X3ZA 3DFQA 3TXVA 1KW1A 1TPC1 4FIRA 2ATMA 3W84A 5LNSA 4AHOA 3EWZA 1P4CA 3F4WA 1LOQA 4PC8A 1FCQA 3TQKA 4MFEA 5LNWA 4LRSA 3HQ1A 4MZYA 1I2RA 3PB2A 3GB6A 4N2YA 1VGAA 3Q37A 4J9JA 1H61A 4NU7A 5CSSA 4O15A 3HGRA 4QQ3A 4GBUA 3O05A 1KLYA 1VYPX 3VFLA 3CIWA 1OFBA 3GXTA 4PH6A 3I7RA 1SSGA 4FIQA 3R5EA 5EBUA 1VCGA 4GRSA 3IGUA 3MP5A 2QCGA 3C6CA 1OVDA 1W5OA 4FHAA 2GUUA 3NR0A 3UWQA 3B03A 1K3UA 4O10A 1TSIA 3PB0A 4JTJA 1WV2A 5EYWA 5AYZA 3G24A 3B4UA 3PY2A 1PHQA 2GQ9A 3O07A 4LUIA 3LBCA 4JTIA 1Q3NA 3RU6A 2DJLA 5IBXC 3S5NA 4KKXA 2JKEA 3NQAA 2YCEA 1TQJA 4AHPA 1XFBA 3OEXA 3RMJA 3G1XA 4UTWA 4UR8A 2ZA2A 5EY5A 2ZRYA 4AWSA 4H3DA 5DN1A 3C2EA 3HG3A 3KVJA 4KFOA 2FB2A 3EWXA 4CQAA 1YTEA 3EKLA 2CLMA 1PCWA 3LXBA 3QMRA 3A9IA 3UWYA 4HPXA 5D2VA 2WJZA 1A50A 4YCOA 4UTUA 3LHVA 1KFBA 3W7GA 3TSMA 4OV4A 3M16A 1XBVA 2NZLA 1IIHA 1JCYA 3MJYA 3W2MA 1L2UA 4LY8A 4O54A 1NF0A 1GPWA 2OCZA 2H90A 1OX4A 3JS3A 3LHWA 2P1FA 1VLIA 2QCCA 3SSJA 1T96A 5HWNA 3HGSA 2HMCA 3BPWA 3KRSA 3TC7A 2YR1A 7TIMA 3W7KA 3P81A 1QAPA 3Q94A 2Y63A 3E02A 4NNAA 1ME8A 1RD5A 2DJXA 2RFGA 4OV9A 3TMLA 3BK0A 4OE7A 2OX1A 4LS0A 1A5BA 2V0TA 1Z48A 1ZAJA 1D3GA 4FO4A 4IPIA 3ZS4A 4DO5A 4LV4A 4QNEA 1IXQA 3W7HA 1MSSA 5FF3A 3IVTA 2GJLA 1GYNA 4R33A 3L66A 2F84A 2X1TA 2C6QA 4FNUA 3SI9A 1VRDA 3QMTA 2G97A 3E0IA 4M6QA 3NQVA 1H1ZA 3IGSA 1K02A 1LCOA 4P61A 4N9BA 1YLVA 1B9BA 1LBFA 2ZA1A 4JTFA 3EWYA 3TQ0A 2ZRZA 4IXXA 5AC8A 2FTPA 3C61A 3GIYA 3LTPA 4O4WA 3W1RA 1TPEA 1SU5A 2ZCGA 3HIJA 2CZ5A 4LWWA 5D2WA 1Q45A 3U2OA 1N55A 5LGZA 1OFQA 2YDAA 3IIVA 3TE9A 4L4MA 2A7PA 2B4GA 2QR6A 3N73A 1CX9A 3N3MA 3WK3A 1H50A 1JRBA 1HFBA 2RDUA 1P0NA 4RZ5A 1M7OA 2QDGA 3P7YA 1R47A 2PRLA 3TA6A 2J6XA 5ABTA 1HO1A 3MUXA 3PVFA 4N9CA 1LBLA 3NPWA 3NQEA 3MI2A 1EP1A 3NEVA 1KFEA 2A7NA 4QM1A 4HKPA 1ZCOA 1OFEA 5EL1A 1DL3A 2XN1A 1Y0EA 2JBMA 4MZ8A 3P80A 3OBKA 4OT7A 4PL2A 2CLLA 3STCA 4S2CA 2G96A 4CCDA 2J9XA 3MHFA 3DZ1A 1OHLA 4O13A 4ZZ9A 1OYBA 3PBVA 4WQ6A 5LNUA 4RR4A 3CIXA 2VOMA 4DBDA 3W70A 4O1CA 2HSAA 1KM2A 4JDBA 1JQXA 3E96A 3W7JA 2GQAA 1DJNA 3BARA 3W87A 1FWRA 3CHVA 3HG4A 2JGYA 4AXKA 1PHWA 1W5QA 2Q8LA 5K9CA 3HO8A 2NX9A 3ZWSA 4TO8A 5LGXA 3NOEA 2J24A 2QCNA 2B0MA 2QCMA 3S9YA 3FYOA 2XN2A 4GUFA 4LU0A 2FFCA 4XZ9A 5K4ZA 1F74A 5BOOA 1AMKA 3CTLA 2Y85A 3QRHA 4H4IA 1KTNA 3EXTA 3TW7A 1LYXA 1KM6A 1KFCA 1NF7A 1ZAIA 1B3OA 2NUXA 4JX4A 1XDLA 4P2VA 1LTDA 3NQCA 2ZZ5A 1W3NA 5CPMA 3PBWA 5FESA 3ABSA 4LRTA 2QAPA 4M19A 5SWUA 4Q32A 2V9DA 3EWWA 4BFAA 5AYXA 1KM3A 3A5VA 3SR7A 4MKNA 4UIOA 5FEPA 1OG0A 3VE7A 3SGZA 3DFNA 3B0VC 4PL1A 3QFEA 4UFJA 4WOZA 3TR2A 4WXZA 5D33A 3NQ7A 3P60A 3MHGA 4OQVA 3GLCA 3EWUA 1DBTA 2NX1A 3PBYA 3V75A 6TIMA 3W1UA 3C3NA 4UCGA 3SY5A 2Y61A 5DCEA 3TJLA 3MBFA 1F76A 1XUUA 3GKFA 4XKYB 4MYAA 2O7QA 2ZZ6A 2NWSA 4JTUA 1K8XA 4JTEA 1FDZA 2GVJA 4ORMA 3UWUA 3W2KA 4CQ9A 3C52A 4MJMA 3L65A 2Q8ZA 3P8JA 3KRZA 3S5ZA 3S5YA 5F4SA 3W7QA 3FEMA 3GKAA 1OFPA 2GPTA 5J5DA 1LOLA 4N9DA 3GDRA 1WQ5A 3SECA 3YPIA 5MHBA 3TDFA 4B5NA 3W7CA 3M5XA 3SIZA 1M7PA 2JGQA 2WNZA 3O8AA 5G2WA 1NEYA 3SJ3A 4PA8A 1I4NA 4O53A 1ME9A 2QF7A 1QPOA 3OA3A 1Q6OA 1FCUA 1VC4A 4I9AA 4JYFA 2E6FA 2RDWA 2VFFA 4Q4KA 4WOQA 2X1RA 3NO5A 3DENA 5IM51 3LI1A 1SO4A 4JTKA 1A5CA 1KTBA 3LGEA 2ZTKA 3CM4A 3MYOA 4BK9A 2B7QA 3GAKA 3FA5A 4NNBA 3C2FA 1X7FA 3S6DA 3BW3A 4OBTA 4MVAA 3KFTA 1G4PA 2FPTA 3MP4A 4UTWC 1TPVA 1K7FA 3CPRA 1DVJA 2VFIA 3BW4A 3DFSA 1SZEA 4CCCA 1X8FA 4GNJA 3SFKA 2G5WA 4IMFA 1ZNNA 1QO5A 3W1LA 3ZFHA 3WK2A 1VYRA 2WKJA 2W6RA 2EKCA 4MJZA 1GYLA 4AEOA 1FWNA 4HIBA 4JN6A 3S1WA 1U5JA 1M6JA 2C19A 3QW3A 1X6UA 3TK7A 1JR1A 1GVOA 1S5WA 2UV8G 4ICNA 1W3IA 4MY9A 4UTMA 1MEHA 2OMAA 4EF8A 2ABAA 1CI1A 1H7PA 3HBLA 3NQ6A 2RDTA 3CQ0A 4JTHA 4IQLA 1H51A 1K03A 3NPUA 3W1TA 4NUWA 3UY8A 1W8SA 3KVLA 1HTIA 1LRQA 3DFOA 3DFTA 3JRKA 4YWIA 3IVUA 2E5CA 2VEKA 1TCDA 1LROA 1ALDA 4ZQMA 3L5MA 2WNQA 1XM3A 1A53A 3HG5A 3LXCA 1QR7A 5BMXA 2H8XA 3UWZA 3W2LA 3W7RA 5TIMA 2Z2UA 3BO9A 4QISA 3B0UX 4UFKA 3KRUA 5DY2A 1XKYA 3Q2DA 1YXYA 5CPNA 5FEZA 3LCFA 3G3MA 1F7BA 3TXZA 3PF3A 3BLIA 3MO7A 1XCFA 1JUEA 1KA9F 5D2XA 2JK2A 4NT0A 2QCDA 5D37A 3HF3A 2ZRUA 1QPQA 4O12A 3WK1A 4BWLA 5C2XA 3NGJA 4FEZA 4UNKA 1SSDA 2CLHA 3GR7A 3HGJA 4M5PA 1T0OA 3ATYA 5F2LA 5LHFA 3F4NA 2OT1A 2Y7EA 3DBPA 3IVSA 2C18A 3FIGA 1LRNA 3W6YA 4O16A 3CT7A 2O7SA 1XXXA 3W72A 3RF9A 3HOJA 1TO3A 4NX5A 5C5YA 3MI6A 4QJ1A 3NQ8A 4CNNA 4HNVA 4LVDA 5HR6A 1QWGA 3G22A 1Q6QA 4I7VA 5FI8A 3ATZA 3A22A 5F2IA 3W7OA 2QKFA 3L2IA 3F1QA 3NAVA 4QITA 3W1XA 3I6RA 3W7IA 4UFHA 1TB3A 4MLRA 3PUOA 4JD4A 4DO4A 1GQNA 1FBAA 1D3HA 2ISVA 4M7SA 4NJHA 3NYZA 1V7YA 1IIGA 3C8FA 1QMLA 1L6WA 3U8GA 4WZHA 4A22A 4O19A 3GDKA 2Z0IA 5CKSA 3P82A 5D32A 2DZUA 4QAIA 3IIXA 2C3ZA 3VI2A 2VFDA 4O17A 5D02A 3G8EA 3FS2A 5D03A 3PSVA 1TTQA 1DV7A 1MEIA 3W07A 2VEIA 3L0NA 1P1XA 1W54A 2V2DA 5DXYA 1RVGA 2GVGA 3GVGA 2EF9A 4O1AA 4JEQA 3T4CA 3BGJA 4N02A 1FQ0A 1ONRA 3WJSA 2FLIA 4O0KA 3NZRA 4DF2A 4UMAA 2VELA 2J27A 3BLEA 3BLFA 3G1HA 4IOTA 4GUGA 3WJXA 4FXRA 2XN0A 4DXVA 5KZDA 4JGDA 4RZ4A 4E2BA 3LERA 3AJXA 6ALDA 2V2CA 4XWUA 4WD0A 2CLIA 2B7OA 4ORIA 2HS6A 5T26A 2QCLA 3O63A 3O6CA 3G0SA 3GXNA 1GT8A 3IEBA 4LC8A 1LDCA 3LTYA 2ZA3A 1KLZA 1GTEA 1YPFA 3NL3A 4LVFA 1H62A 4ZQCA 3IIZA 1ICQA 2GJNA 1RZMA 4YL2A 3VKJA 3UPBA 3GNDA 2C16A 3L5AA 5HUOA 1DKWA 1HO4A 3LB0A 3EXRA 1ZFJA 3BG3A 3MP3A 4BI6A 1TV5A 3ZR4A 3PG8A 3HJZA 4EWND 4AH7A 4FNTA 3FKRA 1AW1A 2FPVA 3W88A 3W74A 4KWVA 3W2JA 1XL9A 2G95A 2PURA 3NPVA 1F2JA 3M6YA 1PL9A 1VS1A 2Z6JA 4JXCA 4GUHA 1BWKA 2H3BA 1RPXA 1J2WA 2DZPA 1G4SA 3M1ZA 3VE9A 3GDTA 1XC4A 3CB8A 4FNPA 4Y6GA 1YXDA 4JIQA 2CLKA 2DZXA 5G5IA 5CPOA 2J88A 3LTSA 4UTTA 5LZLA 1G7VA 3OVPA 2EGZA 3SGUA 3DI1A 1A5AA 1EEPA 2V8ZA 4LS2A 2ISWA 1VLWA 2WSYA 1PVNA 2VFGA 3W1QA 4NQ1A 1TPUA 3QQ1A 4N6EA 3U6WA 1K7XA 1SW7A 4MFDA 3GK0A 4MUZA 1I45A 4JY9A 4AWTA 2R8WA 1VZWA 3I7QA 4RXFA 4AMAA 2YZRA 3O06A 1UUOA 1I2OA 4G1KA 4IMGA 1JCMP 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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