3E9A | Genus

Total Genus 91

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	91
sequence length	286
structure length	275
Chain Sequence	SNAMEHKIVHVGDIPVANDKPFTLFAGMNVLESRDLAMQICEHYVKVTDKLGIPYVFKASFDKANRSSVHSYRGPGLEEGMKIFQELKETFGVKIITDVHTEAQAQPVADVVDVIQLPAFLARQTDLVEAMAKTGAVINVKKPQFMSPGQVGNIVEKFAECGNDKVILCERGSCHGYDNLVVDMLGFGVMKQASNGSPIIFDVTHSLQRREQTVELAKAGLATGIAGLFIEAHPNPDKARCDGPSALPLDKLEPFLAQMKALDDLIKSFAHIDIR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Vibrio cholerae o1 biovar el tor
publication title	Crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961 rcsb
molecule keywords	2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
total genus	91
structure length	275
sequence length	286
ec nomenclature	ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date	2008-08-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3e9aA00

2DZVA 3OIXA 3NL3A 3TIMA 1K8ZA 2I14A 5T26A 2FIQA 4NJKA 2WSYA 3BG3A 3M43A 3LCXA 2YYTA 2X2GA 4JYFA 4JTHA 1T8XA 3PF3A 1OX6A 3PSVA 4IQLA 1DJQA 3MHUA 3GDRA 2G5WA 5A5WA 3DGRA 3R2GA 5FI8A 4M19A 5L9FA 3BPWA 2FTPA 3LCIA 3TH6A 3JS3A 1Q6RA 3L68A 1SZNA 3SFKA 4ZQOA 1YDVA 1E51A 5G2IA 1ALDA 3AJXA 4MFDA 1LROA 5G4EA 4O57A 3MP4A 2FQIA 3R8RA 1QAPA 5FEXA 4N6FA 3UD6A 2G97A 3W1QA 1H7NA 2QCNA 4BI6A 4NXKA 3NQGA 1W8SA 1T96A 4YMZA 1YXDA 3D0CA 3N14A 1KFEA 4FNTA 4W9TA 3HO8A 4ONVA 4DPPA 2ISSA 3EXRA 4IXXA 4Q33A 3C52A 1XCFA 1UUOA 1QDSA 4K8HA 3ELFA 1Z48A 2A2IA 5HMSA 4UNLA 3UWWA 2ZZ5A 3P8IA 1JUBA 2OMAA 5FF2A 2BZNA 2YPIA 4YCPA 1L6YA 4FX6M 3LX9A 3NQFA 1FXPA 3DI1A 3O6DA 4IMEA 3MW7A 3IVSA 3TK7A 2EHHA 3GAKA 5K3VA 1M7PA 4MY1A 2ZZ6A 5D2WA 1GG0A 3WJYA 2H8ZA 3DFSA 3LM7A 5IBXA 2C13A 4K39A 3STFA 5BW6A 4FEZA 1P1XA 4RX0A 3TJXA 5A8GA 2X16A 3RF9A 2JBMA 3KX6A 3EX2A 2ZRYA 4H3DA 3G3MA 1O95A 2V2DA 3W1UA 3MI3A 4Y6GA 3R89A 1UUMA 4RV8A 1A5AA 1QOQA 2RDTA 2Y6ZA 2GJLA 3M9YA 3NG3A 4IJBA 3W7JA 3MHGA 1QO2A 1G6CA 1R2SA 5LHEA 3A23A 3LCHA 1X1ZA 1VCFA 4UMCA 1H7RA 1AL8A 4EWND 3GLCA 2WNZA 2VEKA 3PWAA 3W3OA 3DHFA 1JQVA 3CEPA 3GX9A 3QW3A 2NX1A 4UR7A 4E2DA 1PVNA 5K7JA 1K7EA 3FEMA 1W0MA 3GAYA 4WY0A 4PFMA 1VYPX 1IXQA 4JTIA 2QJGA 2WNQA 2X1TA 2QEZA 2YR1A 2ZRWA 5HINA 3GDTA 4LY8A 4OGZA 2G96A 3W9ZA 1DL3A 1EX5A 4MLJA 3T44A 4RK8A 1H1YA 4LNYA 1PIIA 2OCZA 5I3JA 4UFKA 1L6WA 1XBXA 4BWLA 1OVDA 4RCXA 5D37A 1LDCA 3TXVA 4A2SA 2QUVA 3EKLA 2Y62A 4MZ8A 3G22A 3UWVA 1XBVA 5K2ZA 1NVMA 4ORIA 4M7SA 1R46A 1HFBA 4HSNA 2Y70A 2ZBTA 4CCCA 1Q3NA 3GZ3A 4FXSA 4HNVA 4MZ1A 1P0KA 4WXYA 2J88A 1IIHA 2ABAA 3NPWA 4ZZ9A 4PL2A 4XBSA 3MBFA 3W85A 5LSMA 5DELA 3QC3A 3TROA 1L2UA 1HG3A 1SO5A 3SGZA 3OHIA 3G8EA 3B0VC 3FFSA 3HJZA 3P5YA 3G1AA 1HO4A 5G1YA 3HOJA 3B0PA 4IPIA 2E1DA 5D33A 1FY6A 3LHWA 1XM3A 4JX4A 1TPWA 3UY8A 2B4GA 1OFOA 3TAOA 2J9ZA 2W0UA 3EXTA 1SR9A 3C2FA 1AW1A 4XTDA 4XUGA 3N3MA 4PCFA 5I3GA 3DENA 1YDNA 3WK1A 3S8HA 1LCOA 4JS3A 4K8EA 4FX7A 3EX1A 3P81A 1JCMP 1KTNA 2DZSA 1H63A 1MO0A 4QAIA 1IF2A 5D2XA 1VH7A 3CLMA 3NQVA 2R91A 1TPC1 1TPB1 2VELA 3LXCA 2KZHA 1H1ZA 3L0KA 1HL2A 4UUIA 5CZSA 5I3KA 4K38A 3TXZA 5AC7A 1U5JA 3P61A 3KAOA 4NUWA 3KVKA 4LU0A 3O63A 3NAVA 5DLCA 2GVGA 5HULA 5HR6A 3L5AA 4FNUA 3BGJA 5E93A 2ZFAA 2NV2A 1DORA 5LKYA 2CLKA 1KM5A 1F73A 2A7NA 3M16A 2GQ9A 2XN2A 3U6WA 2Q3RA 4XWUA 3LHZA 3KXQA 3UXDA 1KM6A 1ML1A 3EKZA 5HWNA 3O16A 2QAFA 3LV5A 4ICNA 1QPQA 5MHBA 4UTIA 1KTBA 1PCKA 2GQ8A 1ZAIA 3C6CA 2GVLA 4WD0A 1A50A 3W2KA 5AHLA 3VE7A 3HG2A 3TCEA 4O1DA 1W5MA 2HS6A 1MSSA 3CIXA 1EIXA 5D09A 4MFEA 4HPXA 3I68A 4AXKA 3TR2A 1FWTA 4WOQA 1W5NA 1X8FA 3C4UA 4PL1A 3M5XA 1QNVA 3CB8A 3QYQA 4NJHA 3GYEA 5AHNA 2JGYA 2H3DA 2OZ0A 1XUUA 4R53A 3P8JA 2V9DA 3ABSA 2C19A 3GXNA 1GTEA 3WJXA 5F1UA 2YZRA 1RQHA 2Z6JA 3O1NA 2ZCGA 3FYPA 2YDAA 2RH9A 1OK4A 4E38A 3LTYA 1CI1A 1DKWA 2IQTA 3STEA 3EEGA 2B7QA 1YLVA 4WXZA 4AHQA 1UCWA 1O4UA 4Z1BA 1VZWA 4AWSA 4O10A 3L0GA 4JY8A 1X1OA 1ZFJA 2DZTA 4N4PA 3OG3A 2E5CA 3CC1A 4IWWA 4HNUA 4O15A 3W7RA 2CZDA 2VKZG 4QISA 4UTJA 1K7FA 3HIJA 1MEHA 5C6MA 3LCWA 2JKPA 1PE1A 3CEUA 3IIZA 2Z6IA 4JD4A 1KA9F 1QPNA 2QKFA 2V30A 4UFIA 4DELA 1IXPA 1H62A 1YXCA 1LORA 5DXYA 3TSBA 2W6RA 1Q45A 4LVFA 4CCDA 1GVFA 4UTWA 5HR7A 1UB3A 3VNDA 3O05A 1G7VA 2A6LA 4R34A 1C29A 2GVJA 3QMRA 1M5WA 5K9CA 4U4MA 3QEZA 3A22A 5K4XA 2C15A 4O11A 1FDZA 3PVFA 3TDFA 1TRIA 4N9DA 4OQVA 2EKCA 2Y61A 3MMTA 2YX0A 4MPQA 2PE4A 4WJEA 3P60A 1XBZA 1QPOA 1AW5A 1XKYA 1W37A 3NO5A 5C54A 3NEVA 4JICA 4R7JA 1ZHAA 2CWNA 4N9EA 3N19B 4FHAA 5AC6A 4UMBA 5TIMA 4OU1A 5I3HA 3CWNA 2WQPA 5G2WA 3W2MA 2R14A 3BK0A 1EWDA 1YDOA 2DZXA 4O4VA 2R94A 2E77A 4L4MA 4CNNA 1OJXA 3G0XA 3C8FA 4RZ4A 4ADUA 2E6DA 5U4NA 5C55A 4O53A 2BLEA 3L2IA 4GRSA 1NF0A 1TPVA 1LOQA 5D2YA 1LLZA 3GB6A 5H2ZA 4KFNA 4I9AA 2QR6A 4JTKA 3K30A 2ISVA 4UR8A 4O12A 3SJ3A 4PTNA 2JKEA 1XXXA 2DZUA 1TTPA 3HMJG 1W5QA 1VGAA 2BWGA 4JYDA 1G7UA 3C3NA 3W7IA 1S5WA 4IMGA 3F03K 2FPTA 3IV3A 1JVNA 2QAPA 2RFGA 3LCGA 2OT1A 3PG9A 3G1HA 4LV4A 4M6PA 5LNRA 4JTFA 1TB3A 4K6AA 1KM3A 2PRHA 3NNTA 1O60A 3B04A 3W73A 4AAJA 3P62A 1PHQA 3T78A 1LTDA 2PRLA 2ZDRA 3W83A 1TJPA 4HNTA 3W7OA 1AMKA 1KFKA 4AB4A 5KZEA 1OFDA 1FCQA 4UFJA 4BWLC 1V7YA 3VKJA 4ZQCA 1Q6LA 2CLIA 2Q8ZA 4JX6A 3B06A 3QPZA 1K03A 5J5RA 2BSLA 3W1RA 1FXQA 3FKKA 1JRBA 1KM1A 2C18A 1QMLA 2A5HA 2NX9A 5G2HA 1F6KA 4CLMA 2TRSA 2CZFA 1A53A 1SQ7A 3S42A 3LHTA 1LLWA 3PUEA 4AH7A 2NZLA 4O1BA 4X9SA 1QOPA 3G1SA 4OBTA 3W6YA 3PUDA 2YFOA 3DAQA 2E5BA 1DBTA 2A1YA 4RXFA 1VHNA 5FF3A 4DPQA 1JCJA 3UWQA 4JN6A 2DZWA 2C16A 4ZQNA 1CW2A 1ZENA 3W2UA 1EP2A 3NR0A 3QMSA 4LRSA 1Z42A 2ZYFA 4IUOA 2DJXA 4HSOA 4FIQA 1L9WA 1EB3A 3GXPA 1H61A 4A29A 2BXVA 1AL7A 3W7DA 2YCEA 3IGSA 1EUNA 2QF7A 1QPRA 3C2RA 4TIMA 1SSDA 1GYNA 5D03A 3QM3A 5AHFA 2XN0A 2A7RA 3W7GA 5FEWA 1WXJA 3B8DA 3S9YA 1OF8A 1JJKA 3IIOA 3IIXA 3UPWA 5LNSA 1MEWA 1FWNA 5LGXA 5CSSA 2DJLA 2ISWA 2OJPA 3O15A 4RZ5A 3W1XA 4X3ZA 4LS2A 3H55A 1OFAA 3NXFA 1WX0A 1F6PA 5IM51 4EOUA 2WPBA 2P1FA 3PSWA 2E6FA 2WKJA 1GZGA 1QR7A 5CPMA 4UTUA 1TPFA 3IRDA 8TIMA 2QJHA 1YTEA 3PAJA 4YWIA 5BMWA 2C6QA 2DORA 1H7WA 2GPTA 1EEPA 4L4LA 1A5CA 4MJZA 3E9AA 2V8ZA 2QCFA 2TYSA 3BW3A 3CTLA 3TQ0A 1LRNA 1W54A 3U2OA 1EP3A 3O6CA 3B05A 3HPZA 4NU7A 3UQNA 1OYBA 1NAL1 3MP3A 2TSYA 4AWUA 1FWWA 5AHIA 4DQWA 4UTMA 1ZCOA 5FEZA 3PM6A 1XL9A 3QH2A 4AHPA 4M6QA 3I65A 1WOBA 2C1HA 3INPA 2C14A 5SWUA 3PY2A 3GDKA 3HBLA 1VR6A 1TMHA 1YYAA 1TV8A 3HG4A 3TAKA 3A5VA 1TREA 2E6YA 3QSTA 5D30A 3WFAA 2DZPA 1GVOA 1GG1A 4O14A 3IVUA 3TQVA 3SGUA 3T4CA 4JTGA 3LCFA 1RR2A 2WSQA 3UNDA 1FBAA 1W56A 1BKSA 4MUZA 2Y88A 1H60A 3HF3A 1N8FA 3NM1A 1X6UA 4N02A 1YPFA 1TV5A 3F4NA 4YLWA 2RDWA 3CM4A 2E09A 1WOAA 5KITA 3PBYA 3LERA 1TTJA 2ZTKA 1GTHA 5BNKA 2YW4A 1GT8A 3W7KA 3IGUA 3FLUA 3W7QA 1IXNA 5AHEA 5CKSA 3BGGA 4PH6A 3GKFA 1BTMA 3HB9A 4O19A 3A5FA 1TO3A 1R30A 3MBDA 4XQ6A 2ZA1A 4AEOA 5CG7A 3PBUA 1YADA 3NL5A 4TMBA 3E02A 3A24A 1TSIA 2QCCA 5E0KA 2GJNA 2UV8G 3RLVA 3KRSA 2CFFA 3JRKA 3LOTA 2LLEA 1F7BA 3P82A 3F4WA 3OA3A 4Q4KA 4AMAA 3SIZA 3A9IA 3HPXA 2Y7DA 5D2VA 3G1DA 2QCGA 4AWTA 1SSGA 1B9BA 3V75A 5HUPA 3O06A 3HQ1A 4BF9A 4JY9A 4BI5A 2FPYA 3TQKA 1ONRA 1RZMA 3CWOX 3LGEA 4UTWC 5GVJA 3BARA 3LHYA 4FNPA 4PEKA 5D38A 3HGJA 3O8AA 5EKYA 2PC4A 2Y85A 5I3FA 3GR8A 2B7NA 3MYOA 1OYCA 1LBFA 5KINA 3NA8A 4ALDA 1XBYA 2E6AA 2NXIA 2W79A 3BO9A 3FYOA 3UY7A 1OK6A 4FNQA 1ZAJA 4HIBA 2NUYA 4GUJA 1NEYA 4JTEA 3B0UX 4DF1A 2CLHA 5HQEA 3W1TA 3ABQA 1K8XA 3M47A 3PBWA 4K36A 1YPIA 2AQWA 2QCMA 3U8GA 3W7HA 3QW4B 1JCNA 3LRMA 3PR2A 1LYXA 3BVJA 3HPSA 3NQCA 1A5BA 4O28A 2JGQA 2B7OA 1LOLA 1KM2A 2FFCA 2FB2A 3W2JA 3W72A 1HUVA 3GDLA 1MXSA 3I6RA 3KOFA 3W7PA 4XZ9A 1TYGA 2FDSA 2X1UA 3TMLA 3NZRA 1N7KA 4OV9A 4IPJA 5LHFA 4GE8A 2A6NA 4ZQRA 3KRZA 1RQEA 3M5YA 2GQAA 2EGZA 2FB3A 4MJMA 2QUTA 3QMTA 2QCDB 1YXYA 4IXHA 2YXGA 3P84A 4GWEA 1QO5A 1EWEA 2X1RA 5EBUA 4O52A 1FDJA 2TMDA 2ZRZA 3KRUA 2ALDA 3W1LA 1LBMA 3HG5A 1SO6A 3M6YA 4O50A 1ZY9A 3W1NA 5K9XA 2C3ZA 3SR7A 4AF0B 4LW7A 5H91A 2VC6A 4O13A 1Y0EA 4LV9A 4DO6A 2HMCA 3OEXA 2G95A 4QITA 4O8RA 2J24A 1SZGA 4O16A 4QJ1A 3LB0A 2Z0IA 3QFEA 1P4CA 5CPNA 2CW6A 3W7LA 1PV8A 3CPRA 2VFEA 3W71A 3TSMA 3IGXA 3AO0A 1WA3A 2AGKA 1I2NA 5E1QA 1J2WA 1W3IA 2NLIA 5HWJA 1XI3A 2FLIA 3GNDA 4A22A 2D73A 1W31A 4MZYA 4UFMA 2BX7A 4XTIA 1XC4A 1XDMA 5KMYA 1H7OA 4JTUA 1JQXA 4HNNA 1GEQA 1F74A 2QDGA 3FOKA 3SY5A 4IGHA 5LNUA 1PHWA 3I7QA 4U28A 3PB0A 4K7VA 4UFHA 4QM1A 4UFLA 1VS1A 3DFTA 4WY0F 1F5ZA 2NX3A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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Chain Sequence

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Chord Diagram

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