3EB2 | Genus

Total Genus 104

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	104
sequence length	288
structure length	288
Chain Sequence	DFHGVFPYLVSPVDAEGRVRADVMGRLCDDLIQAGVHGLTPLGSTGEFAYLGTAQREAVVRATIEAAQRRVPVVAGVASTSVADAVAQAKLYEKLGADGILAILEAYFPLKDAQIESYFRAIADAVEIPVVIYTNPQFQRSDLTLDVIARLAEHPRIRYIKDASTNTGRLLSIINRCGDALQVFSASAHIPAAVMLIGGVGWMAGPACIAPRQSVALYELCKAQRWDEALMLQRKLWRVNEAFAKFNLAACIKAGLALQGYDVGDPIPPQAALTAEERKAVEKVLAEI

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__6087303037420315__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__6087303037420315__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3EB2/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__6087303037420315__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"6087303037420315","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3EB2/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__6087303037420315__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfebe7043c3b43a63c791fa/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfebe7043c3b43a63c791fa/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfebe7043c3b43a63c791fa/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfebe7043c3b43a63c791fa/pdb.gz): 64 ms

reading 288 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

288 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:287});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Rhodopseudomonas palustris
publication title	Crystal structure of Dihydrodipicolinate Synthase from Rhodopseudomonas palustris at 2.0A resolution rcsb
molecule keywords	Putative dihydrodipicolinate synthetase
total genus	104
structure length	288
sequence length	288
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date	2008-08-26

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3eb2A00

3BV4A 1OX5A 2A85A 5CPLA 2CLMA 3PWAA 3TH6A 1XCFA 5LNWA 3C3NA 4LOCA 3SY5A 3FFSA 5HWJA 2W0UA 5FF3A 3C2EA 4XTDA 4CCCA 1W1ZA 1RQEA 4ML9A 5CPOA 4U28A 3PAJA 2X1TA 4O19A 1TIMA 3E49A 3L9CA 3G1XA 5I3KA 1KFLA 3MO7A 5D37A 2EPHA 3KRUA 3LX9A 3FKKA 1DBTA 1OYAA 1OFEA 1M7PA 4JTGA 4EVZA 1QOQA 3NQFA 1AW1A 4IPJA 4BR1A 4PL1A 5AFDA 3G0XA 4IPIA 3KHJA 4LTSA 1BWLA 4P61A 5D2WA 3DFQA 3P80A 3PB2A 2PURA 2JKPA 3L2IA 1IXOA 4DQWA 2NUXA 3CTLA 3LI1A 4K8EA 2WQPA 1SO5A 4GUJA 3IIOA 3Q2DA 3S5OA 1MEHA 3SGZA 4ADTA 1VZWA 1JJKA 2ZZ1A 3B4UA 2RFGA 1C9DA 2W79A 1TRDA 1F2JA 1I2PA 2RHGA 5C2XA 1LBFA 1WDWA 3JR2A 2NUWA 5G4EA 1F6PA 3DFOA 5ABTA 4WY0A 4HPXA 3W7PA 1ZHAA 4M6QA 4O12A 4JTIA 4JR5A 3DH7A 4PH6A 4Y9AA 3C0JA 5I3HA 2WNNA 5LHEA 4IMFA 4U4MA 5HR6A 1L9WA 3THQA 2ABAA 3PB0A 4N6EA 4O28A 4ZQCA 3NQAA 5D32A 4QNEA 3W22A 4MY1A 3LTYA 1QPNA 2E5CA 2X2GA 3E12A 4HT3A 2CLKA 4HKPA 3M7WA 1TJPA 3DAQA 1B4EA 3EX4A 3LB0A 3LCGA 4O10A 2VEIA 1AL7A 3EKLA 3HO8A 2Y7GA 4K7VA 2OT1A 2TMDA 3KRZA 3NPVA 3W7GA 1IXNA 1H1YA 1I45A 4JS3A 4Y90A 5D04C 4CNNA 1P0NA 2EAWA 4BK9A 3G0SA 3AO0A 3ZR4A 3ZFHA 2WSQA 4ALDA 5HWMA 4O54A 1J2WA 5EMUA 3DFNA 3BLEA 2WSYA 4UTKA 4MKNA 3PY2A 2DZTA 4OHQA 2IQTA 4JNMA 1OFOA 1GWJA 3P5ZA 1LZOA 3U8GA 6TIMA 4AMAA 3LTPA 3HOJA 3PVFA 1HL2A 4UTUA 1VGAA 3LRLA 3A22A 3UNDA 1U83A 5F4SA 3ZS4A 2ISSA 1VC4A 1W54A 1OYBA 3S9YA 2BX7A 2GOUA 3CIXA 3S6DA 1TV5A 1DORA 4WZHA 4NZFA 2VFEA 5DY2A 4NU7A 1GG1A 2QCDB 2A1YA 5K9CA 3P67A 4JIPA 4N6FA 3SECA 3OBKA 4UFKA 3W71A 3UZ5A 3WFAA 3FJLA 1WV2A 2R94A 4CQAA 2WO5A 1W3NA 3T44A 3RNDA 1HO4A 5F2IA 3M5YA 5LNSA 4P2VA 3B06A 3W87A 4RXFA 3O6CA 1WOBA 3UY8A 3FYPA 1SW7A 5AHIA 5EPDA 3NEVA 2Y6ZA 1SO3A 3WK0A 2E6YA 2HMCA 4L4LA 5LZLA 5K9XA 3TFXA 4FX7A 1WA3A 4NX5A 1ZENA 5KZMA 3MI3A 1XFBA 3O16A 3UQNA 3MYOA 1FQ0A 2E77A 3RU6A 1OK4A 3EWUA 1OFPA 1VLWA 2PRHA 2DZPA 2ZTKA 1QCWA 1JCNA 3F4NA 4MLRA 4DF1A 3W23A 2VEPA 2ZZ3A 3IRDA 4IXXA 1THFD 2V5BA 2C6QA 3A9IA 5E0KA 4JX6A 1F73A 4AVFA 1H7XA 5FEPA 4JY9A 3P60A 3T55A 1UBSA 4A2SA 2ZRYA 5KZDA 4M19A 1OF6A 1HG3A 3HGOA 1W5PA 3MBFA 5HUOA 2FLIA 1Z48A 3CQ0A 1JCLA 1KW1A 2YGYA 4WJEA 2NXIA 3DU0A 5EBUA 3V75A 1FUYA 3N19B 5HINA 1NF7A 3TX9A 4O57A 2WPBA 2YDAA 1W8SA 1UCWA 1RV8A 4JTJA 5G1TA 2HTMA 3EKZA 4I7UA 4WD0A 1ONRA 1KV8A 3L0GA 1FDZA 4M6PA 2TYSA 3PULA 2Y7EA 3CEPA 1Z42A 3L0KA 2AAMA 4BI5A 4MVAA 4Z08A 3RLVA 1RVGA 3W3OA 4UTLA 2NX1A 3GXNA 3HB9A 3CWNA 1RPXA 1T8XA 3M41A 4A3UA 5SWUA 4LRSA 1UASA 4AAJA 4JTLA 2ZDRA 1YTKA 1G67A 1I2QA 4ZQPA 1TPVA 4DBEA 1OX4A 1JR1A 1SZFA 4AHOA 3P82A 1DHPA 1SO4A 3AJXA 4UTJA 4B5NA 5D03A 2ZTJA 4MZYA 1I2RA 4UR7A 1KBJA 1DJQA 2TPSA 3W1NA 1R2RA 4JTUA 1NFBA 3W7JA 3IIVA 3EX2A 5LNUA 5AB3A 3L5AA 2X1UA 3MWAA 1H1ZA 2JGYA 4ZQNA 3W2UA 5D2YA 1JRBA 1OYCA 5K9DA 1W3TA 3G1DA 4MZ1A 4WOZA 1LOSA 3F1QA 3LDVA 6ALDA 2OJPA 4YL2A 3FJ6A 5FF7A 3Q58A 2E6DA 4HNUA 4QISA 1FWNA 2VFIA 1TB3A 5CSRA 3LCXA 1TTPA 2YYUA 3I68A 3M6YA 4HSOA 5AN7A 3OHIA 1L2UA 4UMAA 4MFDA 1TQXA 3UYCA 2OT0A 5EY5A 3GDLA 1WX0A 3HG4A 2VEMA 1K3UA 3W7DA 1JCMP 4FEZA 3C61A 2C16A 1LLWA 3I7RA 1CX9A 3NQ2A 3BGGA 3W1XA 5G2WA 5EA9A 3FKRA 4MUZA 3R13A 4MY8A 1QMLA 5D09A 3S1WA 1MEWA 3M43A 3TCEA 3PBUA 1OFRA 1SZEA 3I7SA 1W5OA 1SZNA 1TPC1 1SUXA 1FXPA 1TPUA 2QDHA 5C5YA 3HG3A 3IVSA 4LT9A 1OABA 4JTKA 1ML1A 1F76A 4X3ZA 5L6UA 4IUOA 1H60A 4ZMGA 4X22A 3OA3A 2VEKA 1Z44A 2XFWA 2Z0IA 4QIUA 4DO5A 3ABQA 4JTEA 5DY3A 1SR9A 1DKWA 3BARA 3QMRA 1A5BA 4W9TA 3TNOA 1SSGA 1EX5A 1EPXA 5AHEA 2I9EA 5U7SA 5MHBA 3BGJA 1K8ZA 3LXCA 4S2CA 1H5YA 1YXCA 3W88A 4EOUA 1B57A 2NX9A 4NX0A 3G1FA 1Q6OA 3OEXA 3LHYA 4X2RA 1UB3A 3RMJA 3GX9A 3IEBA 2E6AA 5F4XA 5K4XA 4UNKA 1KM5A 3O06A 3C52A 3S5YA 1W56A 1VCVA 1FWWA 4UNLA 4CLMA 4YLWA 1FY6A 3A5FA 1LBLA 4NJIA 1QR7A 4UTWC 4HNNA 3LGEA 1NSJA 1RQHA 4BI6A 3NQCA 3HPXA 5LGXA 3QSRA 4JICA 4JTFA 2PCQA 1EEPA 4M5PA 1NEYA 5FF4A 2H6RA 4XTIA 4CCDA 4O8RA 3IIPA 4XKYB 2Q8ZA 4I7WA 4LV4A 5LGZA 5IBXC 1YXDA 2QJIA 1TPH1 4NJGA 3ATZA 3TC6A 8TIMA 1BEUA 5EKYA 4K39A 4Z1BA 1ZFJA 1J4EA 3A24A 1X8FA 3GNDA 5KINA 2PRMA 1KTBA 3DFPA 1N7KA 3EXSA 5AC8A 3E02A 3C2FA 4PA8A 1TJRA 3W74A 2P1FA 1OF8A 1I2OA 4YCPA 3HGSA 3P7YA 3LCHA 3GKAA 3KX6A 1AW2A 1IIHA 3G22A 3O8AA 3LV6A 1JQVA 4JYDA 3IGXA 3O07A 1ZJIA 1N8FA 3B0PA 3GR7A 1AL8A 1VJIA 4JDYA 1FCUA 5DN1A 3QFEA 5LKYA 4RR4A 1EP3A 5J5RA 1WYIA 4JX4A 3QEZA 4A21A 1B9BA 4DF2A 5BRBA 1X1ZA 4M7TA 3Q94A 5A5WA 1J5TA 5HR7A 4RCXA 4FX8A 1W5NA 4JDBA 2GJLA 2Y61A 2CLIA 3BG5A 3B8DA 2VELA 4LS1A 1KV5A 4Z0JA 4TMBA 2HS8A 1Q3NA 1YPIA 1I8JA 3SIZA 5K4ZA 3GAKA 3PSWA 3N9SA 5AHFA 2QAPA 3N9RA 3ZWSA 2Y62A 3TQKA 2V2CA 3EWWA 1IXQA 3EX1A 4UIOA 3NG3A 1MEIA 5CZSA 5F2LA 3SI9A 3L5MA 4O1DA 1RD5A 1YDNA 4OV4A 3W75A 3TW7A 4K6AA 1TPDA 1LRNA 4LUJA 4O15A 4UTMA 3SGUA 4UFLA 3PUDA 3MI6A 4HHPA 1IF2A 1GT8A 5AHNA 3GXTA 3C4UA 4RZ5A 1KLZA 3CPRA 2JK2A 1FDJA 1PV8A 2ZBTA 3M5VA 4FB7A 1R46A 5BNKA 4ZQMA 1Q6QA 3G24A 2E5BA 2BWGA 3G1YA 1LORA 2V30A 1QO5A 2H3BA 2X1SA 4Q33A 1MO0A 1IIGA 4UTIA 3GIYA 4UFIA 3EWBX 2YYTA 2B4GA 4DO4A 4RLIA 3EX3A 5D05A 2E1DA 1VRDA 4WX2A 1TYGA 3ATYA 3MHUA 1K03A 5CZTA 1B4KA 5CSSA 2H3DA 5J5DA 1FWRA 1HO1A 2P0OA 4NNBA 3IGUA 3MP4A 3M16A 1G7UA 3L0NA 1MSSA 4E0CA 4GUHA 3G0UA 1H61A 1P0KA 3DXIA 4PTNA 1XDLA 1W31A 4LUIA 3UWYA 4HN4A 2A21A 2Y7FA 2JBMA 3STFA 4QM1A 3IVTA 1JCYA 1YDVA 4TMCA 1ZY9A 3I6RA 4LVAA 4OGZA 1SQ7A 3TE9A 4Y96A 1HFBA 4IWWA 5EL1A 4GWEA 4XWUA 3TIMA 4RX0A 2OX1A 4WY0F 1C29A 4O14A 3R8RA 1F74A 1BWKA 2YCEA 4FIQA 5HJLA 1A53A 3QMTA 1ZAJA 4AB4A 4NQ1A 1X7FA 4N2YA 4IMDA 1K7FA 2ZYFA 3PBWA 5AYYA 1FCVA 1F6KA 3W7IA 3BG9A 3P62A 1VHCA 1GVRA 1ZAIA 3GDTA 3W7RA 4JYEA 3FOKA 2FDSA 1ICPA 1XUUA 2Q3OA 2DZVA 1E51A 2ZZ2A 4GUGA 3D0CA 4Q4KA 1L6SA 2FPYA 4H6KA 1OX4B 1X6UA 4FHAA 1WQ5A 4IX2A 2QCCA 3LXBA 3K30A 3N34A 3LHVA 3LOTA 3NQ7A 1H7WA 5HUPA 2X30A 5C55A 1XKYA 1WAUA 1B3OA 2QF7A 4QITA 1O95A 1OHLA 1AG1O 5G5IA 2CLEA 4S1FA 2X16A 3QQ0A 4YCOA 2I1OA 3NL2A 4ICNA 4UC5A 4IMGA 4M6VA 3GR8A 1FCBA 1PVNA 3JRKA 3O6DA 1WXJA 1JUKA 3NOEA 1EIXA 1K7EA 3ELFA 1T0OA 3GDMA 3NQVA 1ME7A 1PL9A 1I4NA 3PG8A 4ADSA 3T40A 1VPXA 3WK3A 3GLCA 1DOSA 3DHDA 2XN0A 4GE8A 2V9DA 4OV9A 1FX6A 4NJKA 1KLYA 1SPQA 3KVKA 1GYLA 1TRIA 4GJ1A 4NXKA 1H63A 1G4EA 2FB2A 2QKFA 4ZQRA 1HTIA 5H2ZA 2E6FA 1L6YA 2E09A 3O05A 4FXRA 3QQ1A 2YXGA 4IMCA 4LC8A 4AF0B 5AYXA 3HPSA 4R33A 5AC7A 4MPQA 3LHUA 1TPWA 1KM3A 3B04A 1MXSA 4QJ1A 3UY7A 5H91A 4O1AA 3UWVA 2BZNA 3FEMA 4H3DA 2G95A 1T99A 5DXYA 1LM1A 3W1TA 1TTIA 2FJKA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2X1R A;  3VOC A;  3U3H A;  3TAO A;  4PMX A;  2TRS A;  4Q8W A;  5IXE A;  2EPN A;  4KIE A;  5D2T A;  1FWS A;  4ACZ B;  1P48 A;  3GDR A;  3GKF A;  1BVW A;  4UTT C;  3NQE A;  2XFF A;  5KMY A;  4MF4 A;  4HU4 A;  1L6F A;  3TRO A;  2B7P A;  4NZC A;  3H2M A;  3WBA A;  2QVN A;  3KBW A;  1YYA A;  3BVJ A;  3VIH A;  1SZG A;  2ZA3 A;  4Z1A A;  3PBV A;  3UPW A;  4Y7E A;  4GH1 A;  1MZR A;  5CXP A;  4E3T A;  1D8W A;  2P88 A;  5T9C E;  6XIM A;  2YPI A;  3QR0 A;  1URO A;  1PE1 A;  3P5Y A;  1UA7 A;  3QC0 A;  2CZ5 A;  1YBQ B;  2NV1 A;  4DNM A;  1BYA A;  2XH0 A;  1OCN A;  1IR1 A;  4HQV A;  3UA4 A;  4BY3 A;  2XN1 A;  5ABE A;  3ZST A;  4HMD A;  3NPX A;  1RHC A;  4CNP A;  4HZ6 A;  2ADA A;  3TFC A;  1KXH A;  3CQH A;  4QBX A;  3VO0 A;  4MMW A;  3NO5 A;  3UCD A;  3C3U A;  2PC4 A;  3CZL A;  3E5P A;  3WH8 A;  1PJ9 A;  4AWS A;  1V5X A;  2DZW A;  2Y8U A;  3N13 A;  1A5U A;  1XIS A;  3FS2 A;  3QY8 A;  3HG2 A;  4GUF A;  1BYD A;  1Q6F A;  2CZE A;  3BAI A;  3DEN A;  3I3D A;  2NXG A;  2RUS A;  1FWT A;  4X60 A;  1R3Y A;  4XZH A;  4MFE A;  2P3Z A;  1K02 A;  3GG8 A;  4IFK A;  3ZO9 A;  1DQW A;  1LWJ A;  1LWI A;  1QPO A;  4O17 A;  4L9Y A;  3SUU A;  1TO3 A;  3O63 A;  4L1G A;  1YTE A;  1EF2 A;  1RP9 A;  2HS6 A;  2X8R A;  4WDT A;  1FVP A;  3F4W A;  2RH9 A;  4TV5 A;  3AZT A;  3BQ6 A;  3LS9 A;  3UCC A;  3ZLH A;  2XG9 A;  1I1W A;  1KTC A;  2VZO A;  5LA1 A;  1V6W A;  4RZ6 A;  4S3A A;  4QDM A;  3W85 A;  2FZD A;  2FTP A;  2PWG A;  4DEF A;  2EHH A;  4BEQ A;  3H4X A;  3R0U A;  1G4T A;  3VKJ A;  2V5L A;  3LXA A;  1UR1 A;  3AXH A;  3M46 A;  5F1V A;  5DML A;  4H00 A;  4DWD A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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3EB2A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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