3EKL | Genus

Total Genus 134

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	134
sequence length	345
structure length	333
Chain Sequence	PIATPEVYAEMLGQAKQNSYAFPAINCTSSETVNAAIKGFADAGSDGIIQFSTGGAEFGSGLGVKDMVTGAVALAEFTHVIAAKYPVNVALHTDHCPKDKLDSYVRPLLAISAQRVSKGGNPLFQSHMWDGSAVPIDENLAIAQELLKAAAAAKIILEIEIGVVGGLYTSPEDFEKTIEALGAGEHGKYLLAATFGNVHGVYKPGNVKLRPDILAQGQQVAAAKLGLPADAKPFDFVFHGGSGSLKSEIEEALRYGVVKMNVDTDTQYAFTRPIAGHMFTNYDGVLKVDGEVGVKKVYDPRSYLKKAEASMSQRVVQACNDLHCAGKSLTHHH

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__509816561993383__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__509816561993383__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3EKL/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__509816561993383__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"509816561993383","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3EKL/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__509816561993383__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Mycobacterium tuberculosis
publication title	Structural basis for catalysis of a tetrameric class IIa fructose 1,6-bisphosphate aldolase from Mycobacterium tuberculosis pubmed doi rcsb
molecule keywords	Fructose-bisphosphate aldolase
total genus	134
structure length	333
sequence length	345
ec nomenclature	ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2008-09-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01116	F_bP_aldolase	Fructose-bisphosphate aldolase class-II

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3eklA00

1WV2A 3MHGA 5EA9A 4LVFA 3MHUA 2OT1A 3SFKA 3EKLA 1ZAJA 3HPSA 5KZEA 2EHHA 3G18A 4XUGA 3EX1A 1KA9F 2C6QA 4Z0SA 2GJLA 3T4CA 1KFBA 3IVUA 5HUPA 3L0KA 1AW5A 3LOTA 4MOZA 3A5VA 3W7OA 3LRLA 2GUUA 2PCQA 3D0CA 4Z1AA 1FWWA 3EB2A 1H7PA 5E1QA 5AYXA 1G69A 3W83A 2FQIA 2RKXA 3GX9A 3L21A 3M43A 4FB7A 1W56A 5DLCA 4HKPA 2VKZG 3THQA 2H8XA 5DCBA 4Z0JA 3HO8A 3E0IA 2VFGA 2QUVA 1VH7A 1SZEA 3KHJA 1WYIA 3DH7A 1TCDA 3C3NA 2V2CA 3VI2A 1QOPA 2ZZ1A 1PS9A 4NXSA 5BW6A 4ML9A 4FIRA 2C19A 2FFCA 3W9ZA 1I2PA 3LHTA 2EPHA 3RK8A 1H50A 2GQ9A 3L5MA 2CLEA 5F2GA 2YXGA 2FB2A 3TKFA 4WD0A 1BKSA 4IMGA 1ME7A 3BO9A 4NVTA 3P5ZA 1GVRA 1KBJA 5G5IA 3O16A 1BTMA 2P0OA 3QZEA 5CSSA 2R94A 4ZZ9A 1G4SA 2CLIA 4NU7A 2A21A 3C2RA 1WXJA 2NUWA 1FCBA 3KVMA 3PC0A 4J9JA 3UY8A 2E68A 4C1KA 3N3MA 5K9DA 4IOTA 1PHWA 3GDLA 3CEPA 5AB3A 3LV6A 1X1ZA 1W5QA 1QMLA 1W3NA 1WBHA 1ZALA 5G2HA 2Y88A 3NR0A 1LBFA 1FWRA 4KKXA 3DI1A 5DN1A 1J2WA 3NPUA 3KFTA 5KINA 5F4WA 3SECA 4WY0A 1T96A 5A8GA 1RQBA 3SZ8A 4QAIA 4CCEA 3NAVA 1TV7A 2BZNA 3B4UA 5K9CA 2X1SA 3HGSA 3I65A 3N14A 4S2CA 6TIMA 2C13A 5GVJA 3G22A 3E49A 3RLVA 3G8EA 1G6CA 1TREA 2Z1BA 3SI9A 3ZFHA 4CQ8A 2QDHA 2YW4A 4RX0A 1DJNA 3W7NA 3WJZA 3EXTA 1NAL1 2CLLA 4MFEA 3KRSA 4JTJA 3W72A 4CNNA 5EMUA 1NF0A 1L2UA 4UTMA 5CZSA 4UMAA 3E12A 3T55A 4XBKA 3TE9A 4RXFA 3TA6A 3S0CA 3CEUA 4LC8A 4O53A 3LHVA 1MSSA 4S2BA 4HNNA 1F6PA 5D09A 2FPYA 3N19B 3W7CA 1M5WA 1QPRA 2WO5A 1JUKA 3HG4A 2ZZ6A 2W0UA 2TPSA 3G3DA 4UC5A 3B06A 1F5ZA 1XUZA 1PV8A 3TMQA 2B7NA 1R30A 1D3GA 4BI7A 3LGEA 2Z6IA 1YPFA 1ZCOA 5AHIA 2V81A 2QCGA 1LTDA 5DBUA 2QKFA 1K7EA 2ZZ2A 3BLEA 3MP5A 4R7JA 3G8RA 3MMTA 4CQ9A 4TU1A 4EF8A 3MP3A 3FJ6A 1FY6A 4GJ1A 1YTKA 2ZA2A 1VQTA 2VFHA 2NWSA 4O0ZA 1AL7A 5G2IA 1FDJA 1EUAA 4UFMA 1XBXA 2WNNA 1I4NA 1F6KA 4GWEA 5ABTA 1T99A 5BMXA 3PBVA 3TU9A 3C8FA 2J24A 3QEZA 3NL5A 3INPA 3Q58A 1XCFA 1K8ZA 2KZHA 4LY8A 3MWAA 3WK1A 4KWVA 3NDOA 3DGRA 1I8JA 2AQWA 3LB0A 3DXIA 3LXBA 3C56A 3IRDA 3NQEA 4M6VA 3QW3A 4NT0A 2E09A 2J6XA 2X1UA 2Y7FA 3NQCA 4N2YA 1FCVA 4JTHA 4O15A 4Y9AA 1IXPA 4JYFA 1NFBA 5LNWA 5D38A 4K37A 3HQ1A 4HN4A 3LCFA 3THAA 3FYOA 1MO0A 1LORA 3L5LA 4Q4KA 3FIGA 3CC1A 2ZQ0A 4HT3A 5L6UA 3LXAA 4ZQPA 4IXHA 1K8YA 4IGHA 3NYZA 5FEZA 1W37A 4K39A 3DAQA 4N4PA 4RCXA 4EVZA 1GYNA 2I9EA 3W7MA 3ZWSA 5KZMA 1TV5A 1SQ7A 2DP3A 2V5LA 1JUEA 4QIUA 3QMTA 3EXRA 4LRSA 1OABA 1LRQA 2R14A 1X1OA 3DFQA 1G4PA 1GVOA 2NX9A 1K02A 3QMSA 2QUTA 4O17A 3UXAA 2E5DA 4IX2A 2WNZA 4WUIA 3NPWA 3GR7A 3LBMA 4ICNA 4IUOA 1R2SA 3P84A 3IIZA 3VCRA 2VELA 5AHNA 3HBLA 2DU2A 2CZ5A 5D2VA 3IIOA 1LBLA 1AL8A 4E0CA 1YADA 5MHBA 4B5NA 3ANYA 3S5YA 4K7VA 3HGRA 4UUIA 1R46A 4N9EA 1JQVA 3C61A 4JDYA 3NPVA 5D2TA 2QCEA 4KWWA 4RLIA 3G1YA 4HNVA 4LVAA 1KM6A 4IMFA 1XXXA 3DI0A 3YPIA 3O6DA 1EIXA 5FF2A 4POCA 3TSMA 3O06A 2CLMA 4PCFA 3L66A 1GYLA 2QAFA 3EX6A 3TAOA 1P0KA 5LNSA 2QJHA 2Y85A 3HOJA 4N9BA 2WPBA 3WJWA 3F03K 3EWYA 4RK8A 3W74A 1HFBA 5EPDA 1RVGA 5CG7A 3LRKA 3SGZA 4JX4A 1GVSA 1SO5A 3I6RA 3RU6A 1WOAA 2OX1A 1WBJA 1KM0A 1OYBA 1ZAIA 1YLVA 1Y0EA 3M16A 2WSYA 1OX4B 3HG2A 3TH6A 1TJRA 5I3GA 1EWDA 3A21A 3ATZA 2ABAA 1SW0A 1UJPA 4DXVA 3A24A 1DV7A 4Q33A 1TQJA 2Y7EA 3OVQA 5J5DA 3HMJG 4WX2A 3STFA 4AF0A 4BFAA 3T78A 1OFDA 2Y89A 3LX9A 4O12A 3MP4A 3T40A 3UWQA 1X7FA 2E1DA 4OT7A 3PUEA 3GDRA 1GT8A 2YGYA 4BR1A 3QH2A 1THFD 3S5ZA 3W1QA 1OG0A 4NNAA 3LERA 1IGSA 4I7WA 1R47A 3ABSA 4UMCA 5DELA 1H60A 3W1XA 1VS1A 3DFNA 2B7QA 2ZRWA 1SO3A 1JUBA 1F74A 5FEWA 3UWYA 5AC7A 4UTUA 3S8HA 1BWLA 3QRHA 1RZMA 2HTMA 1T8XA 3IEBA 1EP1A 1K8XA 2ZDRA 1ME9A 4NJIA 3NQVA 2GPTA 4JY8A 4JYDA 2CLKA 3QSRA 3PY2A 5D2YA 5U4NA 2ZRVA 1LOSA 4RKAA 3W7JA 4TO8A 4GXMA 1VHNA 3M5XA 4BWLA 2CW6A 3HPZA 3NZRA 4O14A 1NEYA 3PBYA 2AAMA 2NX1A 3LHYA 1XI3A 3GZ3A 3Q94A 1VYSX 2CLFA 3W7HA 5K4XA 5BOOA 4OBTA 3EX3A 3NQ2A 4FNPA 3U2OA 1NF7A 3CTLA 4FNTA 1TTJA 3OHIA 2J88A 1VLWA 1FCQA 2WSQA 3NQ6A 3S5OA 1BEUA 1O4UA 1XC4A 3GAKA 5F4SA 4O54A 3HG5A 3KVKA 5AN7A 4RZ5A 3WK0A 4JX6A 1J4EA 4NUWA 2ZFAA 4CLMA 4KFNA 5A5WA 3S9YA 3TQ0A 1JCMP 3LM7A 2VEIA 1OFOA 1KM2A 5FESA 3MI3A 4MIMA 2QCNA 2HMCA 4WOZA 4HSNA 1MEHA 1LLWA 4LRTA 4M7TA 1I2QA 5DY2A 2BSLA 2CLOA 3PAJA 2ZRZA 1JVNA 1RPXA 4O1AA 4ADSA 3ELFA 1SR9A 5BMWA 4C1LA 2QF7A 3LCIA 2JKEA 3NVTA 1FXPA 1PL9A 1KFKA 3UZ5A 3QJAA 4N4QA 1MEWA 1WDWA 3W1AA 2E6AA 4HPXA 4HIBA 3HB9A 4JTSA 4R53A 3MI2A 2ISSA 3W76A 4GUJA 1QPNA 4X3ZA 4DF1A 4IX0A 3SJ3A 1FWTA 4GBUA 4PA8A 1SFJA 4X9SA 3LI0A 1AMKA 5LZLA 2RDTA 3BW4A 2QCCA 3B04A 4FHAA 2R8WA 2VFDA 1H1ZA 3IGUA 3OVRA 3QM3A 5KMYA 5LSMA 1CI1A 4LVBA 3C52A 1VYRA 2ZZ5A 1SZGA 1TO3A 1A5AA 3O6YX 3AJXA 3TCEA 1A53A 4O0KA 4FX8A 4GUHA 5AHFA 4LWWA 2VEPA 4QNWA 2C15A 3QSTA 1TRIA 4CCCA 4MZ8A 3IGSA 3E9AA 4MY8A 1YDOA 1JR1A 3TSDA 3PBWA 3TK7A 3O6CA 3N9SA 4A29A 3M41A 3NQMA 1UB3A 1IXNA 5G1YA 2H6RA 1SZNA 1UUMA 1EP3A 1C8VA 3TNOA 3OA3A 1VC4A 3EX4A 2QJGA 5D37A 3FJLA 3SGUA 4U4MA 1SUXA 1VPXA 2PURA 1OFRA 4QISA 3UQNA 1B57A 3R12A 5LNRA 2ISVA 3V75A 5IBXC 3G1HA 1N55A 5G4WA 1GQNA 3WJXA 2ZCGA 4RR4A 4UCGA 1TPWA 4PH6A 3TQKA 1HUVA 2NXHA 4MY9A 5FEPA 1DHPA 1OJXA 4YMZA 1KV8A 2YYUA 1EB3A 4FEZA 1W0MA 3IVTA 4AWTA 3W2NA 5AHLA 2NLIA 2EAWA 2NXIA 1A5SA 4IPIA 1TB3A 1YXYA 5CPOA 3DZ1A 1QFEA 2I14A 4UTWA 2DZUA 5D2WA 3TC7A 2DZPA 4UTTA 1PIIA 5I3KA 4DEFA 2V82A 2DZVA 2BLEA 1PCKA 3FA5A 4NNCA 3OBKA 4GUFA 4I7VA 1IXOA 3BW3A 4QITA 2Y70A 3P82A 3CB8A 4RJEA 1LM1A 4IPJA 5KSWA 2OT0A 3S6DA 1MZHA 1IIHA 1TPEA 5DY3A 3KAOA 2CWNA 1GZGA 1IIGA 1TMHA 4H4IA 2G96A 3M9YA 4JTLA 1KV5A 4CCDA 2CZDA 3W7IA 2CZEA 5FF0A 3UWWA 3W1LA 3I7RA 3V1PA 4OE7A 3HGJA 3M7WA 2OZ0A 1OX5A 3UZJA 3R13A 3A9IA 1K3UA 5BNKA 1WAUA 3HG3A 3S1WA 4YCPA 3F1QA 1PVNA 2A7RA 3PUOA 3IIVA 4ZQOA 2DZWA 4UFJA 1F7BA 4JD4A 5CZJA 3TR2A 4NX0A 1JCLA 4EOUA 4X2RA 3GVGA 4YXGA 3I7QA 2V30A 4OQVA 1FWSA 2FPTA 1IF2A 3KRUA 2ZTKA 3RMJA 2YR1A 2FDSA 4EWND 1QWGA 1X6UA 3B0PA 4I9AA 3ATYA 1YXCA 4MZYA 4A2SA 3GKFA 3CU2A 4FXSA 3L0GA 2NZLA 2VENA 4G1KA 1OFQA 3LBCA 4R34A 3K30A 2ZYFA 4UR8A 4MYAA 5E0KA 3DFOA 3PULA 1S5WA 3N9RA 2E6YA 2LLEA 1OF8A 1QR7A 3W73A 2QCDB 4QQ3A 1JJKA 4YL2A 3PVFA 3CPRA 2B4GA 4JDBA 2QCMA 4ZL1A 4PC8A 4HSOA 2ATMA 4WXZA 3PB2A 4WZHA 1AW2A 1YTDA 3LCXA 2H3DA 3W7GA 4BK9A 3TQVA 3NM3A 3GB6A 3A5FA 3LV5A 1ICSA 1TSIA 3MBDA 5AHEA 3LLFA 1FDYA 5LKYA 4ZMGA 2YFOA 1KW1A 3BK0A 3MHFA 2C0AA 4TMBA 5HR6A 4JTKA 4XQ6A 1LLZA 3E02A 3VKJA 4XTDA 2X2GA 4YWIA 3GDTA 3O63A 3W3OA 5BRBA 3PF3A 3TROA 2NUXA 4LUJA 1H61A 4DBEA 1U5JA 1OX4A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3EKLA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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