3EMC | Genus

Total Genus 130

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	130
sequence length	331
structure length	331
Chain Sequence	STEIPSLSASYANSFKIGAAVHTRMLQTEGEFIAKHYNSVTAENQMKFEEVHPREHEYTFEAADEIVDFAVARGIGVRGHTLVWHNQTPAWMFEDASGGTASREMMLSRLKQHIDTVVGRYKDQIYAWDVVNEAIEDKTDLIMRDTKWLRLLGEDYLVQAFNMAHEADPNALLFYNDYNETDPVKREKIYNLVRSLLDQGAPVHGIGMQGHWNIHGPSMDEIRQAIERYASLDVQLHVTELDLSVFRHEDQRTDLTEPTAEMAELQQKRYEDIFGLFREYRSNITSVTFWGVADNYTWLDNFPVRGRKNWPFVFDTELQPKDSFWRIIGQD

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__8382253665515673__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__8382253665515673__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3EMC/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__8382253665515673__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"8382253665515673","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3EMC/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__8382253665515673__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacillus sp. bp-23
publication title	Structural insights into the specificity of Xyn10B from Paenibacillus barcinonensis and its improved stability by forced protein evolution. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Endo-1,4-beta-xylanase
total genus	130
structure length	331
sequence length	331
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2008-09-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3emcA00

3GZAA 1KR1A 2E9LA 2W67A 4ZEPA 2O9RA 1TR1A 2OWWA 1VFUA 3ZO9A 2YLAA 4GO8A 3WELA 1H4PA 5I0DA 3FN9A 1U33A 1UD5A 4HZ6A 5CG0A 3VIPA 1UD4A 2GFTA 3L4XA 3RM9A 1KGWA 1UWSA 1MVYA 2VMFA 3WF1A 4L4PA 4GZEA 3UCQA 2UY5A 2QPSA 4DWSB 5E9AA 2V3DA 4PN2A 1TVNA 3BC9A 4MPKA 3WUGA 3WMBA 3M7SA 3T2QA 2XGBA 2X0YA 2CERA 2VVSA 2AAAA 3OGVA 2PBOA 4D6FA 1BGAA 5ABEA 2XM1A 1TFVA 2VCBA 4FLSA 3VIJA 3WNLA 3ZR5A 2ZE0A 4W5UA 3RPMA 4HOZA 2XHYA 1FA2A 3WNOA 1O7AA 1R8LA 1JFXA 3VDHA 5GQBA 1EDQA 1FP8A 1PX3A 3CHEA 3BH4A 1V6VA 2WBGA 2VX7A 3VDBA 1FFRA 3L2LA 4W85A 1EHNA 1VJZA 2PWFA 1ZB5A 3DHPA 3ZQ9A 4H8VA 3BMVA 5TD4A 4AD0A 3AHZA 1MW3A 3PZVA 1C92A 1GOKA 5BROA 4U2ZA 4OIFA 3WF3A 4AZCB 1KR0A 5A8PA 1JGIA 2W91A 3VX1A 2XWEA 1E6SM 1HF6A 4AY1A 1NWRA 3QHNA 1QNSA 5C70A 3IJ7A 1BHGA 5ABFA 1DTUA 1HKIA 3KEHA 1LL7A 1E5JA 3B8SA 5EMYA 2CYGA 1BFNA 1J11A 2DSVA 2W63A 2WNWA 4MNLA 3UG4A 1YQ2A 5AYIA 1LWHA 1FP9A 3ARXA 1SMDA 1G0CA 4XV0A 4HU0A 4WKHA 1J0IA 1J0YA 2GSJA 2XYLA 1KWKA 4ZFMA 1NH6A 4NSBA 1OT2A 4CU7A 1JDDA 2X2YA 7TAAA 4CCEA 1VBUA 4D1JA 1E4MM 2ZICA 4HA1A 1PJ9A 3CIVA 3MUY1 2WVSA 4KRUA 2E9BA 5LA1A 2AMGA 4AIOA 5CSUA 1E73M 2G3NA 1VEMA 4JKLA 4OOUA 4FMVA 5CGTA 1HP5A 1E1FA 3TONA 3VX0A 5KEZA 1I1WA 1UH4A 3I3DA 3ZT5A 2FHBA 1UQZA 1V0LA 4TVUA 4W8BA 2VNCA 8A3HA 4DWSD 1MQRA 4U3AA 3CMGA 4QLLA 5CPQA 1WAWA 4WSKA 1E4LA 3OLIA 2XFFA 3SUVA 3N17A 4PYSA 4H8HA 1H09A 2ZUSA 2WAGA 1JZ6A 5EB8A 3AI0A 1ISVA 1UA7A 4AZBA 4GI9A 2XWDA 2ZUNA 4FLQA 4J7RA 3LMYA 5CJ5A 3MSDA 1CLVA 3OLGA 2GJXA 2RGLA 3VIHA 4JFSA 2PWHA 2XGIA 2WWCA 1KBBA 2JEPA 4JFTA 4D1IA 3S2CA 4PMDA 1ZBVA 4C7DA 2XUCA 1UD2A 1NARA 2EBNA 1B3WA 4M56A 4RE2A 2J7HA 1E40A 5FL0A 2J47A 4AD5A 4AD1A 4CD7A 3RCNA 5A94A 1E71M 4DUXA 4ZENA 5IXEA 1Y7VA 4UR9A 2FH8A 1QNQA 1KWGA 1JF5A 5D9NA 4XUYA 1E0WA 1CIUA 3PZMA 3K4DA 1D2KA 1E6ZA 3AMCA 3WUFA 2WMIA 2FDMA 3ZIZA 2WVVA 1HVQA 1E6PA 1UKQA 1ZBCA 2CHOA 2EXOA 3T09A 3BGAA 4HU8A 3AMLA 4P8VA 2CEQA 4BA0A 3WIJA 4EAMA 2UY4A 1CXFA 4PMYA 2A3BA 5IFTA 1C7SA 4PMRA 2XVNA 5D9MA 1MQQA 3EMCA 4U5KA 3A4WA 5IHRA 2WLZA 3WNPA 3N13A 3CZ8A 3GH4A 1K9DA 3WQ5A 1V02E 3VUPA 2ZUUA 1QI0A 3CGTA 3PZIA 2TAAA 3B9DA 1EOKA 1DWFM 4EKJA 4WJXA 2ZUMA 1QHPA 3AROA 3PZ9A 1CGWA 4TVCA 3LPFA 2IXVA 2WCAA 1R7AA 1LL6A 1BAGA 2PC8A 3NJ3A 3ECQA 1Z32X 3NDYA 1V3JA 2OSYA 3UG5A 1GORA 3IAQA 3WH7A 1XSJA 1B1YA 2D0GA 1WZLA 1WP6A 3PBGA 3FY1A 1KXQA 4P7RA 1B30A 1FH7A 2WZEA 4HMEA 1Q6GA 1UQYA 4U31A 3WD3A 2PB1A 3ALGA 3WFZA 2XVKA 5E0FA 2VCCA 3VIFA 3T2OA 2QV4A 3EYPA 3NSNA 5M17A 1EOMA 1K6AA 2E9MA 4JIEA 1J01A 4ATDA 2EPNA 1JXKA 3VIMA 4CN1A 1JXJA 1H11A 1QI3A 3SCVA 5I5RA 2WKLA 3JUGA 4PSRA 3TA9A 4ACYA 1V3LA 3PN8A 1GOWA 3EBVA 1M04A 1EO7A 1J10A 4JAWA 1BSIA 4WLCA 3FXYA 1V6YA 3FW6A 1E70M 4BQ4A 1QHOA 1B3XA 3RIKA 2ZXQA 1UH3A 2VTFA 3ZJKA 2W61A 5IDIA 2XFRA 1WZKA 2W4XA 5A6JA 2E0PA 3ZSSA 4K68A 1JAKA 3SEPA 3GTNA 2CHNA 1OT1A 4W8LA 1WZMA 2D22A 2ZX5A 5CXPA 1IT0A 1G9HA 4D6HA 1E6NA 1DWIM 1W9VA 3L4ZA 1VFMA 3BCFA 4MB1A 3THDA 6A3HA 1ITXA 1X6LA 2EPOA 4E4PA 1L8NA 3ZMRA 5A2CA 1JI1A 2VL4A 3EDEA 1PZ2A 2CIPA 4MB3A 1UG6A 2YIHA 4F9JA 1EDGA 4ACZA 5D9PA 1CTNA 3WY1A 5C71A 5AC5A 4PMVA 3WBAA 1QNOA 4AIUA 5I6SA 2WVTA 3VGGA 3SUWA 1JNDA 4F9DA 4EANA 3POHA 3A4AA 3SUUA 1QOXA 3CLWA 3WF4A 1X6NA 4QLJA 4KMQA 1VBRA 1DWHM 4OBRA 1K9EA 4XZBA 4BQ2A 2CKRA 1AVAA 3PTQA 4DM2A 3PTKA 1OIMA 1NOWA 5GNXA 4HA4A 2X05A 1PZ3A 4B3LA 5E6ZA 4KRTA 5BXRA 2EQDA 2VCAA 4LYPA 1UYQA 2BVDA 5M03A 6CGTA 3N11A 1EDTA 2EPKX 4Y7EA 4W93A 4PEEA 2A3EA 1CWYA 1ESWA 1V3KA 3BXWA 1NWSA 5I77A 4PBGA 1PX8A 2ZX7A 2ZUTA 2WMIB 1C90A 4UFMA 1CEOA 3NDZA 3ARRA 2E4TA 1E6QM 3L2MA 3GXMA 1DEDA 1BG4A 3EDJA 1UWTA 4F66A 2EO7A 2G41A 2BY1A 4FF5A 3KE0A 3WUBA 4UQAA 2V3FA 4W5ZA 3T0BA 5HPCA 4M82A 2YA2A 3AYRA 4ATWA 4D72A 1M7XA 7A3HA 3AS3A 1CYGA 3MU7A 4A4AA 3NIYA 3BAJA 2OLHA 2G3MA 3HU7A 2YBTA 1ITCA 3RO8A 1JYNA 4M81A 2WMGA 2Y4SA 3IANA 1XD1A 4QCEA 3D5HA 4U2YA 5HNNA 5A6BD 1WB0A 2BHYA 3ARWA 2DH2A 2IXUA 3IAPA 1JAEA 3W6LA 5I23A 1FOBA 3IJ8A 2QMKA 4AZIA 3A6OA 5GPRA 5A8NA 3WL1A 1JZ2A 1E6XM 1XHGA 4CD6A 3HJEA 1HKJA 1MW1A 1V0NA 2XM2A 4CGTA 5JBEA 4H04A 2PBGA 2D2OA 4E2OA 1CGVA 4M24A 1ODUA 4MB4A 4EK7A 2WB5A 1QBAA 4ML4A 3VVGA 3ZT6A 5JIPA 2DQXA 3U57A 2CBUA 5A6MA 2OYMA 3MMUA 1FFQA 2WMFA 3WFLA 1UKTA 4JZ5A 4MADA 1OWQA 4LX4A 5DEZA 3CMJA 1V03A 3BLKA 1NWTA 3MMDA 3AJ7A 1DWAM 5CLTA 1CXIA 2FHFA 1WO2A 1W1VA 3AS0A 1E0XA 3KL0A 4MTVA 5FCZA 2CBJA 2WXDM 4LYRA 3ARYA 3OZPA 1VEPA 4UFLA 1TE1A 4AD4A 4DUWA 5I2UA 2XIIA 4XB3A 4HOWA 3K8MA 4WK9A 2V3GA 4FLOA 2W62A 3VINA 1J0JA 3FNDA 4GQQA 3PZNA 1UR8A 3G6MA 2W92A 1W1TA 2DEPA 5JBDA 1ISZA 4M1RA 4YPJA 1CGTA 3GXFA 1VF8A 1W32A 3AZSA 4PCSA 4UNIA 1MXGA 2J7CA 3VIGA 4DWSC 1QI2A 2F61A 1E0VA 1KQZA 4UFHA 1J12A 1GUVA 3SUSA 1MW0A 2WK2A 4QCFA 3DC0A 4IM4A 1BF2A 2WMHA 3W6MA 4Z2LA 1HJUA 2VR4A 4NZCA 3WH6A 1LLOA 1HJWA 4W89A 1K9TA 4GIAA 1JNEA 4JKKA 3WH8A 2O92A 1CXLA 2XG9A 5GNYA 1BG9A 4UFKA 4JFWA 3LPOA 1OM0A 1GQLA 1RP9A 3QOKA 1V3HA 4PTWA 2E8YA 2J7GA 5IHSA 4PMUA 1JD7A 2ZXAA 1KB3A 5BXTA 3CUIA 3CUGA 3AIEA 1WZAA 2WSPA 1M03A 4P7LA 4AZ6A 2YA1A 4J27A 1H5VA 1KXHA 4S3JA 3THCA 3WD1A 1EQPA 1GPFA 3W27A 1JZ3A 2GDUA 2DT0A 4W84A 4P7QA 1CENA 1UR2A 3WF2A 1XSKA 2VX4A 5CQ1A 5JIWA 1H41A 4BF7A 4PMNA 4W8AA 3T0DA 4DM1A 1HKKA 2XVLA 3CUFA 1VRXA 2DT2A 1L0PA 1M01A 1UKSA 1V0KA 2J7DA 3SCUA 3WD0A 5KZ6A 3L4VA 5ABHA 2YL8A 5E70A 1E3ZA 5EFDA 2WW5A 3BMWA 1UWUA 2ESCA 1KXTA 4HMCA 2PF0A 3CPUA 1B3YA 3BSGA 4WKFA 3W4RA 1WKYA 5ABGA 1W2VA 3GM8A 4J3UA 1UWIA 3VMNA 1HJSA 1TG7A 2VZVA 1ZJBA 4PSPA 2X1IA 2WKGA 4TUFA 4PTVA 3ARPA 2V38A 3AIQA 3OLEA 1EHAA 1UWRA 4W88A 4JHOA 3NSMA 3MANA 1GW1A 3DYMA 2D20A 3VM7A 2BS9A 3VDAA 4AWEA 3WEZA 1D3CA 3BAIA 3RILA 4W87A 1LQ0A 4U33A 4Z2GA 1ZS2A 1C8XA 3VGBA 3AICA 5DO8A 5FD0A 3HN3A 3MKKA 1B9ZA 2Y24A 5LA2A 2EJ1A 4QDMA 1DWGM 1FHLA 2BVTA 3MUAA 2CITA 1UUQA 1DP0A 1UHVA 2JIWA 3UETA 3UR8A 1XGZA 4HZ8A 3ARVA 3WDQA 1QPKA 2JFEX 1BGGA 2HVMA 3N9KA 2ZUWA 3AZRA 1VFOA 2ZX8A 4BQ3A 4UOQA 3SCQA 1UD6A 3WDRA 4UQBA 3K46A 3SCNA 1W9UA 4LGXA 2DPEA 2WCSA 2QF8A 2WPGA 1TA3A 3TTYA 1H0IA 4OZOA 5I78A 3VPLA 1WPCA 2ZIDA 3F4VA 3A4XA 5EBAA 4B9YA 1GOMA 1W9PA 4H7VA 2E8ZA 3NSXA 4D6JA 5BWFA 1Q6FA 2BVYA 5DT7A 1EIBA 2XPKA 2YL5A 5FIPA 4AMCA 1JYWA 1P6WA 2WC3A 4HTYA 4MNMA 2J77A 3MUZ1 3EMQA 3M07A 2PWDA 5FOOA 1W91A 2QHAA 5HOSA 1QNPA 1UH2A 3VGEA 3WD2A 4P7OA 2GK1A 2JF6A 5A6AA 3WQ8A 5A1AA 4AZ7A 1GJUA 1RH9A 2DSKA 2GUYA 5C8BB 2WZIA 4AZHA 3DYPA 4P7NA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3EMCA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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