3EMQ | Genus

Total Genus 115

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	115
sequence length	331
structure length	331
Chain Sequence	STEIPSLSASYANSFKIGAAVHTRMLQTEGEFIAKHYNSVTAENQMKFEEVHPREHEYTFEAADEIVDFAVARGIGVRGHTLVWHNQTPAWMFEDASGGTASREMMLSRLKQHIDTVVGRYKDQIYAWDVVNEAIEDKTDLIMRDTKWLRLLGEDYLVQAFNMAHEADPNALLFYNDYNETDPVKREKIYNLVRSLLDQGAPVHGIGMQGHWNIHGPSMDEIRQAIERYASLDVQLHVTELDLSVFRHEDQRTDLTEPTAEMAELQQKRYEDIFGLFREYRSNITSVTFWGVADNYTWLDNFPVRGRKNWPFVFDTELQPKDSFWRIIGQD

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__83347455718851__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__83347455718851__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3EMQ/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__83347455718851__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"83347455718851","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3EMQ/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__83347455718851__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfecaa743c3b43a63c793a8/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfecaa743c3b43a63c793a8/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfecaa743c3b43a63c793a8/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfecaa743c3b43a63c793a8/pdb.gz): 257 ms

reading 331 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

331 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 26 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:330});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacillus sp. bp-23
publication title	Structural insights into the specificity of Xyn10B from Paenibacillus barcinonensis and its improved stability by forced protein evolution. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Endo-1,4-beta-xylanase
total genus	115
structure length	331
sequence length	331
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2008-09-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3emqA00

4CU7A 1NOUA 3WNMA 3FXYA 3KL5A 2YDQA 2XVKA 3TTYA 1H49A 3G6LA 4UNIA 3W4RA 4A4AA 4P8UA 4H8HA 1CZ1A 3W27A 1V0NA 3VGFA 1Q6DA 3WMSA 5DEZA 3UETA 4LXFA 4KRTA 6A3HA 5AY7A 3AJ7A 2WVTA 4QLKA 3UERA 5A3HA 5EB8A 3MUY1 3VIHA 3VDCA 5FL0A 1CXKA 4GQRA 3RJYA 4A3YA 3K4AA 1ISVA 4PEEA 3W81A 2WZIA 3VDBA 1PZ2A 3SCTA 2WMJA 1XSIA 5D9NA 2EPNA 5A6LA 3VKKA 1WO2A 2G3MA 5CJ5A 3I3DA 2E9LA 3A4AA 3WUEA 1JZ2A 5D8WA 4N42A 1JZ6A 3AXHA 4DUXA 1TCMA 3SCVA 3F5LA 1E40A 2O9OA 5ECUA 3ARSA 1GQJA 1VIWA 2CKSA 4UZSA 3BAKA 3VNYA 1U2YA 3UR8A 4HZ8A 1TE1A 5A8NA 3WKZA 2ZWYA 3NDYA 4HOWA 1XYFA 2W62A 3WF3A 1ISWA 2FH6A 4JIEA 5C71A 5EFFA 2DPEA 3B9DA 4JFVA 1LL4A 3FN9A 4CD5A 1RPKA 4BS0A 4M8UA 1CTNA 1MFVA 4P8WA 4MB3A 4X9YA 1O7AA 1KXVA 4P7OA 2J7GA 3PZTA 2J75A 5BXTA 4HMDA 5DT7A 1NP2A 2NT0A 1XH2A 2X05A 1JAKA 4HA4A 4MAVA 3A4XA 1K9FA 3CPUA 5CQ1A 3RM8A 3VILA 2QLYA 2FGLA 2WVVB 1XSKA 2JALA 4U5IA 3DYOA 4X0VA 2BV9A 1EQCA 2WAGA 3TP4A 5IFPA 3VU2A 1JF5A 2J7BA 2ZX8A 1CGXA 3CZGA 3WQ6A 1QI5A 2ZUNA 2VZUA 1UKOA 4GXPA 4UTFA 5DMYA 1VENA 2DT2A 4PMQA 3L4ZA 2JIEA 4ZFMA 4UFKA 1QHPA 4OZOA 1ZL1A 1E5JA 1R8LA 1KBBA 3ALFA 1GHRA 3CTTA 4PTXA 4AW7A 2PBOA 1EO7A 1MXDA 1FHDA 4B16A 4M1RA 4IM4A 1JD7A 5FCZA 3GH7A 5CPTA 3K4DA 3HN3A 2EJ1A 4JZ5A 2WXDM 3IANA 2O9TA 2ESCA 1OINA 3MUAA 1QNQA 1YHTA 1F4HA 1I1WA 1QBAA 4MJ2A 4CU6A 2XVGA 2VX7A 4WF7A 2WHKA 3BAWA 4NRRA 1M53A 5JIPA 3W37A 1QNOA 1H3GA 3UESA 2WCAA 4HA1A 1TZ7A 1KGUA 1UD2A 1OGSA 1DWAM 3PTMA 3KL3A 4HPHA 2C0HA 2Z1SA 4OJYA 2ZX9A 2VNCA 3GZAA 1UUQA 1JIBA 3SURA 1K9DA 5I77A 4LYPA 5I6SA 1G1YA 4ZE5A 1E4IA 4MB1A 3VDAA 4W8LA 1J01A 2ZX6A 3WDPP 1VBRA 1CXFA 1UD5A 2PWEA 2V38A 2Z1KA 2W92A 2VQTA 3AIRA 4J28A 1RH9A 4OBRA 3OLDA 3VIPA 1I1XA 3BLKA 3AIQA 4Z2HA 3B9EA 1DTUA 1B3YA 1EOKA 2G41A 3SUWA 4UOZA 3GXDA 2PC8A 1BHGA 1C8QA 1FOBA 3AS0A 2ZUTA 1CEOA 3B9AA 2J74A 5D8ZA 5LA2A 1E6PA 4JHOA 1WE5A 2X0YA 4PYSA 2CITA 3FAXA 2J7CA 2CESA 6TAAA 1V3LA 4AZCB 3GYCA 3CH9A 2VQUA 3OB8A 1J12A 1KCKA 2JFEX 1JG9A 3WH8A 1VEOA 1AMYA 2WC3A 4PMNA 1JZ3A 1QBBA 6CGTA 1UQYA 2Q8XA 4WSJA 1QHOA 1VRXA 1EQPA 2WHLA 5FIPA 3T0BA 1E0XA 3WH9A 2CHNA 2YA2A 3AHYA 3LPPA 4FF5A 1B30A 5HOSA 5IXEA 1QI3A 4TUFA 3ARVA 4PUEA 1X6LA 1NOFA 1D2KA 5DF0A 4S3JA 1TVPA 4QP0A 1LWHA 1BGGA 3F5KA 3MS8A 3TTQA 3WNNA 4W86A 4ZENA 4FLSA 4WSKA 1W32A 2E3ZA 3II1A 4LPCA 2PB1A 1HL8A 4HTYA 1GOQA 2BVTA 2ZUWA 2W5FA 5HXMA 2WVVA 1V0MA 2VZTA 2DEPA 4B3KA 3AICA 3WY1A 1EO5A 1GOMA 5ABFB 3VIIA 2WVUA 1LJYA 2VT0A 4CN4A 1NWRA 1TUXA 2V5CA 7CGTA 4CGTA 3PZMA 3ZR6A 2JF7A 4PMUA 3W26A 3NUKA 3WUFA 1OBAA 3WQVA 3VINA 4KRUA 3VIOA 3BXWA 1UWUA 2J8GA 4PBGA 1W9XA 5A6BA 5AYIA 3WF0A 3BLPX 3MSDA 2EO7A 3M07A 1W3HA 1EOMA 1J18A 1BYDA 3AHTA 4W84A 4U3CA 4LYQA 1CPUA 3CMGA 1UHVA 4J3SA 2C7FA 1V0KA 4HU8A 2XVPA 1QVBA 1E6NA 3RDKA 1BYCA 4DUWA 5ABEA 3ZOAA 4CN1A 1V3MA 4ATWA 2W63A 3POHA 1C3FA 3UEQA 1CXHA 4W7UA 4PMXA 4CVUA 3WBEA 1QNRA 4JL2A 3VUPA 4B3LA 1PEZA 4QLLA 5M17A 2DIJA 3AFBA 4HA3A 1HVXA 3NSNA 1V02A 3AHXA 2B31A 3CUHA 4PMVA 2VJXA 2VMFA 1PPIA 3WDRA 3K46A 5GNXA 1NQ6A 3RCNA 1KB3A 3HMCA 2V3GA 3OA5A 4NI3A 2D0HA 3GH5A 4M24A 1CENA 3UCQA 3W29A 3DHPA 1MW1A 3EMCA 4ATLA 4HOZA 4Z2LA 3N9KA 1KCLA 3GXMA 2WK2A 1V08A 3ALGA 2DT1A 1BF2A 4UFLA 4NSBA 4WK9A 4AD2A 1E6ZA 4PMOA 5I0DA 3KWXA 1VEMA 3CUGA 3TTOA 2E9BA 2JEQA 2UWFA 2XHYA 4B9YA 3F5JA 2D20A 1GQKA 5LA1A 2QV4A 1VFMA 3TONA 2ZX7A 2C8NA 3ZJ8A 2WC4A 3CHEA 2WHMA 3EMZA 1EDQA 3QOKA 2FHBA 1J0YA 2X09A 1V3KA 1W1YA 3CUIA 1H09A 3IAQA 3AHVA 1X1NA 2GJXB 2VTFA 1LG1A 1V0LA 1J0IA 1XHGA 2VVSA 2PWHA 2ZUVA 1HNYA 4GPNA 4AZ6A 2YDSA 1B0IA 5CG0A 2V3EA 3VTRA 2GDVA 3T08A 1KBKA 2VR5A 1V6YA 2X8RA 2ZE0A 1F4AA 4MB4A 3ZT5A 1CNVA 1GZJA 4Q7NA 4R27A 2BHYA 3RIKA 1Y7VA 5IFTA 1L8NA 2YJQA 3M6DA 1PJ9A 1MVYA 3L4VA 4TX8A 3ZJ7A 3WFZA 4AYSA 1DEDA 2WMFA 4AIEA 4UZUA 3JUGA 1CBGA 4AD0A 3MV01 1BG9A 1SR0A 5ABFA 1MWOA 1U33A 2OWWA 4W7VA 3BAIA 1MFUA 2ZUSA 4ZXOA 1VJSA 1E6SM 4H2CA 1W9VA 5A69A 3WQWA 4BQ3A 3CZEA 3EMQA 1IZKA 5BRPA 2O9RA 2HVMA 5F7UA 3UR7A 1TFVA 4H41A 4TXEA 1UR4A 5M3WA 2WANA 3CUFA 3MMDA 4YPJA 5A6BD 2NSXA 1DWGM 1K9EA 5A95A 1HN1A 2BVDA 4CVWA 2BFGA 2GK1A 3AMLA 5KEZA 2VCBA 2XFYA 3S2CA 2YA1A 3WNLA 3T0AA 3A6OA 1HP4A 3BSHA 4XV0A 2D1ZA 2EPOA 2D0GA 2VURA 4D6HA 1BG4A 7A3HA 3DYPA 4FK9A 5I2UA 3L2LA 3N15A 3VMOA 1HJSA 1PIFA 4HZ6A 4J3UA 1E4MM 3QGVA 4ACZA 5EBAA 1E6RA 4U5KA 1UH2A 1SMAA 2YBUA 1UH4A 4WKHA 4BQ4A 3BMWA 1KXTA 1C8XA 2XG9A 1R87A 4WIWA 4XUYA 3WD1A 1E70M 1OD8A 3WH6A 1JDCA 1OWQA 2QF8A 3AMKA 2YIHA 3ARUA 3BAJA 1Q6FA 5E70A 4D6IA 1VB9A 1UOKA 3VPLA 1VFUA 1H11A 3L4WA 1V3IA 4OUEA 5A8QA 5E6ZA 4Y7EA 3PZIA 4FLQA 3M7SA 2J7EA 2VZSA 3VD3A 1JI2A 3RJXA 5A6JA 4KH2A 3OLGA 2OWCA 4UQEA 1AQMA 2QMJA 5E0FA 1CXIA 3WIJA 3WD0A 1W91A 2Y5EA 1WZMA 5EMYA 3TA9A 3N11A 3EDEA 2YOCA 5I79A 2X2YA 4W5ZA 1OT2A 4MADA 3WEZA 3AQUA 4OOZA 4KWUA 2E8YA 3TTSA 5BYWA 4TVCA 1M03A 4BA0A 1M01A 3MV11 3WMCA 3VIMA 2W61A 4P7LA 3WELA 1Z32X 4JKLA 4DWSB 4ZXLA 4PRWA 4AZGA 2GJXA 4JFTA 4PSPA 4W8AA 1TVNA 3NYDA 3MMUA 2VRJA 1CDGA 2CYGA 2RGLA 1LF1A 2YKKA 3O2LA 4PMRA 2XGIA 2XM2A 2WSKA 3GXIA 1W9PA 4L4OA 4CD7A 4F79A 1QNSA 2VZVA 2YLAA 1ZB5A 2V3FA 4E4PA 1CLVA 3CZKA 1ISXA 2D3LA 4PN2A 1JDAA 2VX4A 4AZ7A 3PTKA 2WMHA 2OYLA 1MXGA 2GSJA 2WMGA 4HP5A 2BHUA 4E8DA 1G9HA 3KL0A 1E9LA 1FHLA 2FH8A 4TTGA 4JFSA 1WCGA 5A6SA 2JF6A 4UFHA 4UQBA 3VIGA 2AAAA 4U33A 4NZCA 3WF4A 1G94A 4PTVA 3NSMA 3SCQA 1ISYA 2XWDA 3PTQA 3PZUA 3WMBA 1FH7A 3AIVA 5FKYA 3ZT6A 1PZ3A 4CCDA 4PTWA 3SCUA 3GH4A 1E0WA 2PWFA 1QW9A 3WD3A 4C7GA 3ARRA 3PZ9A 1HJQA 1J0ZA 2PWGA 2XGBA 4N0RA 4W7WA 1HKJA 2A3CA 3ARQA 1QW8A 5E09A 1HKIA 2J4GA 3SEPA 1DHKA 2CCRA 1J11A 3FW6A 1XD1A 2FHCA 4D6CA 2OLHA 1VEPA 1HX0A 4GKLA 3NDZA 1PX4A 3IAPA 3OZOA 2WZHA 1EH9A 4JFWA 3VDHA 5JUVA 1ECEA 5IHRA 3W6MA 2CIPA 1UQZA 4IPNB 5CZKA 1JAEA 3SCRA 5HPOA 4RE3A 2YL9A 4MTVA 2J25A 4JCLA 3APGA 1LLOA 3L4XA 2CBUA 4D6FA 4QFUA 5GPRA 1HKKA 3RPMA 1BPLB 1ZJBA 4IISA 4CN6A 3AS2A 1HT6A 1PX8A 5AC4A 3ZM8A 3QHNA 3WSUA 1E15A 2ZIDA 4AISA 5A6MA 1EGZA 2J8FA 2DIEA 1TA3B 3AMCA 3WEMA 4QAWA 3EBVA 3CZJA 3PHAA 3WD2A 5LA0A 5BXRA 1FH9A 4OKDA 3SUUA 3VGGA 1JZ8A 2WLYA 1CXEA 4IUGA 4OBSA 4U2ZA 1K6AA 3RO8A 1W1VA 3DHUA 1CGTA 4AD1A 2CKRA 3AS1A 8CGTA 1LG2A 2XVLA 4PTMA 2PBGA 3W0KA 2F61A 1BYBA 3IK2A 3OGRA 3WNPA 4CCCA 3L2MA 1GHSA 1WAWA 2WW5A 4H8UA 1OGBA 3WQ5A 3DYMA 4WKFA 3BMVA 5A2BA 2DSVA 1B3ZA 4MB5A 2CNCA 1MW0A 1V6VA 3BAXA 4CD6A 5GNYA 3GBEA 1E43A 4DWSA 3CHCA 3N04A 3W25A 5CSUA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1NOU A;  2QCC A;  3WNM A;  4BF5 A;  3G18 A;  5BZA A;  4DEF A;  1JRC A;  1KO0 A;  5HQE A;  1CZ1 A;  3W27 A;  1V0N A;  4E6M A;  3VGF A;  1R3S A;  4QJ5 B;  5H2Z A;  1G69 A;  3M0Z A;  1Q6D A;  3QY8 A;  4DO4 A;  6A3H A;  3LN3 A;  3NQ7 A;  5AY7 A;  3AJ7 A;  1X7I A;  4QLK A;  2NQ9 A;  5A3H A;  5EB8 A;  1R30 A;  5FL0 A;  4HSO A;  1P0D A;  3K4A A;  3GKF A;  1GKP A;  5KET A;  4IMA A;  5ECV A;  3W81 A;  2VDI A;  3VDB A;  1PZ2 A;  3SCT A;  5A6L A;  1OQF A;  3WQF A;  1QPR A;  3VKK A;  1WO2 A;  3E0F A;  5CJ5 A;  1SJC A;  1W6T A;  2GGH A;  2E9L A;  3WUE A;  1JZ2 A;  1D8W A;  3PBW A;  3AXH A;  4DUX A;  1R3W A;  1E40 A;  2O9O A;  1VIW A;  2CKS A;  3VNY A;  3GNN A;  1RSC A;  4O57 A;  1XYF A;  3GUG A;  3WF3 A;  1ISW A;  1GVF A;  3UZY A;  2DPE A;  1US0 A;  4JFV A;  3TN6 A;  4M8U A;  1MNS A;  2ZKM X;  3KHJ A;  1O7A A;  1KXV A;  2PFH A;  4RXG A;  1NFP A;  4ZO9 A;  5IBX C;  2NT0 A;  4LRT A;  1TJP A;  2X05 A;  1K9F A;  5CQ1 A;  1TTP A;  2PEV A;  3A5F A;  2JAL A;  4C6O A;  1P1M A;  4UIO A;  4F4R A;  3RND A;  4RNF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3EMQA

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