3EMZA

Crystal structure of xylanase xynb from paenibacillus barcinonensis complexed with a conduramine derivative
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
331
structure length
331
Chain Sequence
STEIPSLSASYANSFKIGAAVHTRMLQTEGEFIAKHYNSVTAENQMKFEEVHPREHEYTFEAADEIVDFAVARGIGVRGHTLVWHNQTPAWMFEDASGGTASREMMLSRLKQHIDTVVGRYKDQIYAWDVVNEAIEDKTDLIMRDTKWLRLLGEDYLVQAFNMAHEADPNALLFYNDYNETDPVKREKIYNLVRSLLDQGAPVHGIGMQGHWNIHGPSMDEIRQAIERYASLDVQLHVTELDLSVFRHEDQRTDLTEPTAEMAELQQKRYEDIFGLFREYRSNITSVTFWGVADNYTWLDNFPVRGRKNWPFVFDTELQPKDSFWRIIGQD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural insights into the specificity of Xyn10B from Paenibacillus barcinonensis and its improved stability by forced protein evolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endo-1,4-beta-xylanase
molecule tags Hydrolase
source organism Bacillus sp. bp-23
total genus 133
structure length 331
sequence length 331
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2008-09-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3emzA00
1OB0A 2D23A 5IXEA 1QW8A 4BS0A 4H04A 4J3VA 3VGGA 3VMNA 1HNYA 4BQ5A 3W6MA 4NRRA 2VX5A 4D71A 4UQ9A 2W61A 4PTXA 4PSPA 4DUXA 1BYDA 3ARRA 4M81A 4F66A 4Z2KA 3PBGA 4UFLA 1OGBA 3EMCA 1PZ3A 2DIJA 5BCAA 3NSNA 3IANA 3KL3A 4W93A 4H8UA 1KXHA 3F5JA 2WMFA 1E15A 1DWGM 1H2JA 1K9FA 2E40A 2HISA 3QHOA 4HTYA 5CLWA 1MVYA 1EOKA 4GKLA 5FCZA 3EYPA 4R5EA 2DSWA 3WMBA 2CITA 3UG4A 3VDAA 2YLAA 1C8XA 1CIUA 1WDPA 3OZPA 3VIMA 1NM9A 4E8CA 3WQ4A 4HMEA 1UD3A 2ZE0A 1KGUA 3MUY1 1OM0A 1CXKA 2VVSA 2CYGA 1E1FA 3ZR6A 3MO4A 1CXHA 1KB3A 1GHSA 4IM4A 1NP0A 4P7NA 1TFVA 1JD7A 1L8NA 3T2OA 2QPSA 1UWQA 3AS1A 1MQQA 3N11A 1AVAA 1ZU8A 3AIWA 4UFMA 4UNIA 3AYSA 2O92A 3PZGA 1UZ4A 2QHAA 2XWEA 4JZ5A 4W89A 3A47A 2G3MA 1K9TA 4A4AA 2WHKA 5CPQA 4D6IA 4GO8A 1DWAM 2XG9A 4TTUA 2VMFA 1NOUA 1V6UA 3AMLA 3W6LA 3PN8A 2DSUA 3RM8A 1M53A 4WSKA 4FLSA 1IT0A 2D0FA 3VX0A 6TAAA 4RE3A 2PWDA 1UD5A 3PZUA 4M29A 4F8XA 2J47A 1B3XA 1EA9C 1TA3B 3CHDA 5A6KA 1BPLB 3T09A 1HJSA 3A6OA 1UR4A 3AOFA 2WBKA 5I6SA 3CLWA 4TUFA 3VD3A 1B3ZA 3K8MA 4HPHA 2VT0A 1R86A 3PZ9A 1R85A 1LL7A 1SFSA 1MYRA 4AD5A 3MS8A 2DT1A 3W37A 2ESCA 1NWUA 2YIHA 3BAJA 2RGMA 1RD6A 1J0KA 1E4IA 1WZLA 5F7UA 1E6XM 1YHTA 5LA1A 2BY2A 3IJ7A 1HN1A 2YA2A 3WD2A 4PMVA 4U5KA 2D0HA 2JF6A 4HU8A 4ZXOA 3ZJ8A 4XX6A 2EJ1A 4PTMA 4B3LA 3EDDA 5DT7A 3AIBA 1KBKA 4HMCA 1MW2A 2XFYA 4DWSD 4M1RA 4H8VA 3WSUA 3U5YA 4KRTA 5FIPA 1XCWA 5ABFB 3TTYA 2UY5A 1DHKA 2WMGA 3BLKA 3AIVA 5JUVA 2V5CA 1FH8A 1UQYA 1W9VA 1XC6A 3UR7A 1VBUA 1ISYA 1SMDA 3AMDA 4DWSA 1XGZA 4OUEA 3VGFA 8A3HA 3AIUA 4GZIA 3VIPA 3VIGA 2J7EA 1RP9A 1V3MA 4EK7A 1E6QM 1M7XA 1NWTA 2CERA 4V2XA 3M07A 1M01A 3WQ5A 3AZTA 3ZT5A 3VGDA 4WJXA 4Z2IA 2VRQA 3WEZA 1HJWA 1UH3A 1FFQA 5LA2A 2WKGA 3VD9A 3CMGA 1B90A 1JNEA 1C8QA 3WF4A 3BAYA 1GNXA 4J3SA 1G9HA 3AISA 2EQDA 2D3NA 2XYLA 1UKSA 1WDSA 1UD2A 4GI9A 1E55A 4XZBA 3CZGA 2NSXA 1MQPA 2DQXA 1CGUA 2GDVA 2FHFA 1JYVA 2VX7A 2DEPA 4MNKA 3VNYA 2VURA 4LXFA 2WMIA 5D8WA 1ZB5A 4S3JA 5LYRA 1AQHA 2WZIA 1GOQA 3W28A 4MAZA 1US3A 2WB5A 2YDSA 1V0LA 1TCMA 3K8LA 5D9NA 1B31A 3ZJ7A 1UZ1A 3WFLA 5CPSA 4JFWA 4DUVA 1PPIA 5A8QA 4MNLA 3CZJA 3OGVA 1ZBKA 2XVGA 1HX0A 4PCSA 1W1VA 3WNMA 4A3YA 1OD8A 1US2A 4ML4A 2NT1A 3WH6A 5BYWA 3F4VA 3DYOA 3VOCA 5GNYA 4JKLA 5I24A 2V3EA 1J9YA 2EEXA 1J01A 1VEMA 1KQZA 1KR1A 3WNKA 1EXPA 3G6LA 1W1TA 2XVNA 2YA0A 3ZIZA 5EFFA 2O9OA 4HA3A 3SIMA 1JAEA 1X1NA 3NIYA 2A3EA 1ZL1A 1F4HA 1OGSA 4WLCA 2QLYA 2UY3A 3GM8A 3GH5A 1W9PA 2V3DA 4KRUA 3APGA 1AQMA 4S3KA 4MB4A 1CXLA 2VZUA 1UHVA 1B3WA 5A69A 1HF6A 1BYCA 4J3UA 4OBRA 3WH7A 4TVCA 1JL8A 4M24A 3CUFA 4XV0A 1C91A 1GONA 1LWHA 4PSRA 5CPTA 3DECA 2JFEX 1RPKA 5C71A 5JIWA 1W3JA 2A3HA 1EHAA 1EO5A 1KGWA 1JFXA 3FXYA 5A6MA 5A8OA 3IJ8A 2CBIA 1ESWA 1JDAA 5M3WA 1ISWA 2Z1KA 3EMZA 2PBGA 4Z2LA 4CD4A 2YL9A 3L4WA 4H2CA 2OSXA 3DHUA 3WDHA 4AEEA 4U31A 1GPFA 4ACZB 3WKZA 4CD8A 1E3ZA 3AZSA 1FH9A 4ZE5A 3VINA 4HA4A 4UQEA 3CUIA 5M5DA 5HDRA 3W4RA 3I3DA 3AMGA 5ABHA 1FHDA 5D9OA 1YQ2A 4FLRA 2WK2A 4CCEA 1CYGA 1I1XA 4C7FA 4P8XA 4ZXLA 4JFVA 2E4TA 1V3IA 3GXFA 4PYSA 1GUVA 1ODZA 1NWRA 3A4XA 1NP2A 2BVTA 4CVUA 2BY3A 1QVBA 4AWEA 1QBBA 1FA2A 1VJSA 3AS0A 5EMYA 1D7FA 3UEQA 4ACYA 5BXSA 2YLLA 2GVYA 1FP9A 3TTQA 3WF2A 1V02E 3M6DA 1ZJAA 3L4TA 1BYAA 1HP4A 3NCOA 3LMYA 1FP8A 1G01A 5FD0A 4TTGA 4AW7A 2J62A 2WHJA 4ZE4A 1LLOA 3KEHA 4IPLA 4J27A 2D0GA 1QI3A 4WKHA 4NI3A 4CN4A 2DT0A 2VTFA 3MMWA 1ZBCA 2D24A 3ARTA 1VRXA 3ZSSA 2X0HA 3QOMA 3G6MA 3BXWA 3N1AA 4ZENA 1B0IA 4H41A 3F5KA 2ZXAA 3MV01 1CEOA 4NRSA 3RM4A 1CLVA 5C70A 5E70A 1EIBA 3EMQA 2J25A 1W9DM 1H0IA 3FAWA 3VIKA 1BVNP 2PWEA 2O9PA 4B3KA 1VEPA 1BAGA 3AHYA 4OJYA 2QF8A 4U2YA 4AZ6A 1LL4A 1PX3A 5FKYA 1UYQA 2X09A 2GJXB 3MMUA 3BMWA 2VCCA 3N12A 4TXEA 1GQIA 2J78A 1BHGA 3MANA 4MADA 1CGYA 2F61A 2VI0A 3CUJA 2C8NA 1O7AA 1VFFA 3KWXA 5JBFA 1BVZA 2EPLX 4UOZA 1MW1A 5E9AA 3VIFA 4UFKA 2WXDM 3AIEA 3QR3A 4QLKA 4KGJA 4J7RA 2O9RA 1VB9A 4F9DA 1KGXA 3IK2A 5DF0A 2D22A 1JZ7A 3AXHA 1CNVA 3PZMA 4HPGA 1MXGA 4AY1A 1S46A 1UD4A 5A6BA 1OINA 3RDKA 1V6YA 2DT2A 4NZCA 4AXNA 1XHGA 1UKPA 2XJ7A 1LJYA 1LQ0A 2WNWA 3VU2A 4ZFMA 4QFUA 4UQAA 2JIWA 4PMUA 4LGXA 2YOCA 2Q8XA 2DGAA 4AZBA 1W1PA 1EO7A 3L4YA 5DEZA 2IUZA 1OCQA 1CXFA 3BSHA 2UY4A 4YN5A 4D6JA 2XGBA 3GXDA 1UWTA 2OYKA 2V38A 3PTQA 1BSIA 1F4AA 3D5HA 1UR0A 3VD4A 2J77A 4W8AA 1V02A 3AIQA 4QLLA 1V0NA 3FW6A 5A2AA 5I3DA 2BHZA 3ARQA 2WANA 4NF7A 4JHOA 2GJRA 1VAHA 1Z32X 4PMRA 1UA3A 2BVDA 2EPOA 5A8MA 2VZSA 3CHFA 1E0WA 1UR1A 2FH8A 1E9LA 1E5JA 1BF2A 1TA3A 3VIOA 2ZOXA 4W86A 1G1YA 1W2VA 2WVSA 3ARWA 3FHAA 1P6WA 2XSBA 1QI4A 1J0JA 1OWQA 1IZKA 1KCLA 3GNOA 2O9TA 2AMGA 1VEOA 5A8PA 1CWYA 1HJVA 1XCXA 2DH3A 5CSUA 3VGEA 1UWRA 3PZIA 3CHCA 4H7VA 5CG0A 1N82A 1Y7VA 2J7CA 3WENA 5AC5A 4J28A 3WD3A 1CPUA 4KMQA 4PRWA 5IFPA 2J4GA 2XFFA 2BXYA 1TVPA 4MDOA 2JE8A 4FLQA 3POCA 2J8GA 4DM2A 2G8ZA 2XVKA 2CBUA 2Y24A 1BTCA 2XTKA 2IXUA 2WVUA 2WC4A 2DIEA 4V28A 4LX4A 4OZOA 4PEEA 2FGZA 3SUSA 4AZCB 1EOMA 3WF3A 1AMYA 2AAAA 5DFAA 2WCAA 3L4XA 4W5ZA 1E73M 4NSBA 3VDHA 2AOSA 1CTNA 2WYSA 3AJ7A 1MFVA 1E1EA 3MU7A 3ZT6A 1CXIA 3MSDA 4GPNA 1AQ0A 4TX8A 4AD1A 2CETA 2WBGA 5I0DA 3II1A 5A94A 1GQKA 1B9ZA 1XYZA 2OWWA 1H09A 4AZHA 4ATDA 5ABGA 5D9PA 2EPKX 3GXIA 4TVUA 3AHVA 4P8WA 1JGIA 2WM0A 2BHYA 1ITXA 4D1JA 2FDMA 3GXMA 4MJ4A 4CCDA 2J7HA 3OLEA 4EE9A 2YDQA 3WDRA 1J12A 4Z2JA 4XUYA 1BGGA 4D6CA 3AHTA 3EDKA 2CESA 5ABEA 2YDRA 2W67A 4QCFA 1E40A 1A47A 4JKMA 2XIIA 2PWGA 3RO8A 4CUCA 4JCMA 5DO8A 3WN6A 1GOIA 3N13A 1W9XA 2XHYA 1BFNA 1KQYA 2GJPA 3HN3A 1V6WA 2E9MA 3VD7A 1V3HA 1FOBA 5A3HA 1UWUA 1E0XA 4AZ5A 2ZX9A 2VVNA 4BZYA 4HOZA 3SCQA 4GZJA 2DSVA 4YHGA 1WNOA 3DYPA 1UKTA 5HPCA 4MPKA 3N04A 4BA0A 3DHPA 5E09A 1W3LA 4QAWA 4B16A 2ZXDA 3N17A 1XV8A 3CUGA 2ZUNA 5JIPA 1XH1A 4UZSA 3ZR5A 4CU6A 4BQ2A 2G3JA 4M8UA 5HNNA 1CECA 4JAWA 3BAKA 3WH9A 4D6EA 1CGWA 3AQUA 2J7BA 1XSKA 1HJUA 3GBDA 4UR9A 1BYBA 4CD6A 5IHRA 2EPNA 3PZQA 1GQLA 4CU8A 3MUZ1 5GPRA 1B2YA 1QNRA 3HMCA 2BXZA 2XUCA 3FY1A 2GK1B 3MUAA 4WKFA 1ISVA 1H0GA 3ARZA 4CKQA 2VZTA 4GQRA 3WF1A 3T2QA 1UOKA 3CO4A 3GH4A 3K46A 5I79A 4CD5A 5HXMA 1QOXA 2Y8VA 2VJXA 3A4WA 1OSEA 2MANA 3PTMA 5D4YA 4HMDA 4M56A 2FH6A 3B9AA 1NQ6A 5I77A 3OIHA 4JL1A 3OLDA 2OSYA 3N18A 1UWIA 2Z1SA 1GVIA 1CGXA 1GZJA 4UFIA 2C7FA 1J18A 2PB1A 3UCQA 3VUPA 1C92A 3IAPA 4UOQA 1LF1A 4MNJA 3TONA 2GDUA 4DWSB 1JDCA 4B9YA 1V3LA 1WKYA 3EDEA 3TOPA 3ZO9A 3VPLA 4FLOA 1QNOA 2V3FA 2WAGA 3CUHA 1LWJA 4HP5A 2WCSA 2JIEA 4PMDA 2TAAA 1E70M 2YBUA 1CZ1A 1QPKA 3WFZA 3SCTA 4LQ1A 4OOZA 1LL6A 2VR5A 3WUEA 2OSWA 4PMOA 5CJ5A 2WVTA 3TTOA 2ZX6A 3AHZA 3BLPX 2VZOA 1WZKA 2WVVB 2X0YA 4CGTA 1WPCA 1HL8A 4GO9A 4TOQA 4UFHA 3M7SA 5M03A 3WBEA 1JXKA 2E8YA 3CTTA 1HKKA 3KL5A 3ECQA 3RCNA 1PEZA 1CENA 2WHMA 5CLTA 2DH2A 1W2PA 3WNPA 2CKSA 1J0YA 2G3NA 3WMCA 3D3AA 3K4DA 4TVDA 3FN9A 4PCTA 4JFUA 1ZBWA 4HU0A 1DWHM 5DMYA 3QGVA 4BCEA 4DUWA 2Y2WA 2A3CA 2D20A 3F5LA 3VDCA 4MB1A 5HPOA 3VIHA 2GFTA 2CXGA 3O9NA 1R8LA 3AS2A 4WIWA 2YL8A 1OBAA 2XGIA 3SCPA 3VIIA 1B3VA 1J0IA 3OGSA 3VKKA 1B3YA 4W8LA 3RMEA 4MAVA 3VO0A 4AIUA 4CU7A 3ZOAA 1J10A 2BY0A 4HOWA 1C7SA 1EH9A 4P8VA 4JFSA 5C8BB 3LPGA 2WLYA 5IFTA 4U3AA 2OWCA 4IPNB 1DP0A 2FHCA 4UQBA 3OA5A 5E6ZA 4P7OA 4AZIA 1G94A 1PJ9A 1UUQA 2BS9A 2V5DA 2YL6A 1Q6EA 3ZJKA 3RIKA 1K6AA 1QW9A 3ZSTA 4CCCA 2J7DA 1QNSA 3CZLA 4UTFA 3NDYA 2E9BA 1DEDA 1ISXA 4C7DA 1M03A 3EDFA 2VRJA 2GJXA 5A6SA 3ALFA 5GQBA 2NT0A 3U7VA 4JHZA 1LG1A 4TX6A 1CBGA 4HZ8A 2D3LA 3WD0A 5KEZA 4D1IA 3L4UA 3CZEA 1QNQA 3WNNA 2VO5A 2E9LA 1W32A 3UG5A 4XZWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1OB0 A;  2D23 A;  5IXE A;  1QW8 A;  4BS0 A;  4H04 A;  4J3V A;  3VGG A;  3VMN A;  1HNY A;  4BQ5 A;  3W6M A;  4NRR A;  2VX5 A;  4D71 A;  4UQ9 A;  2W61 A;  4PTX A;  4PSP A;  4DUX A;  1BYD A;  3ARR A;  4M81 A;  4F66 A;  4Z2K A;  3PBG A;  4UFL A;  1OGB A;  3EMC A;  1PZ3 A;  2DIJ A;  5BCA A;  3NSN A;  3IAN A;  3KL3 A;  4W93 A;  4H8U A;  1KXH A;  3F5J A;  2WMF A;  1E15 A;  1DWG M;  1H2J A;  1K9F A;  2E40 A;  2HIS A;  3QHO A;  4HTY A;  5CLW A;  1MVY A;  1EOK A;  4GKL A;  5FCZ A;  3EYP A;  4R5E A;  2DSW A;  3WMB A;  2CIT A;  3UG4 A;  3VDA A;  2YLA A;  1C8X A;  1CIU A;  1WDP A;  3OZP A;  3VIM A;  1NM9 A;  4E8C A;  3WQ4 A;  4HME A;  1UD3 A;  2ZE0 A;  1KGU A;  3MUY 1;  1OM0 A;  1CXK A;  2VVS A;  2CYG A;  1E1F A;  3ZR6 A;  3MO4 A;  1CXH A;  1KB3 A;  1GHS A;  4IM4 A;  1NP0 A;  4P7N A;  1TFV A;  1JD7 A;  1L8N A;  3T2O A;  2QPS A;  1UWQ A;  3AS1 A;  1MQQ A;  3N11 A;  1AVA A;  1ZU8 A;  3AIW A;  4UFM A;  4UNI A;  3AYS A;  2O92 A;  3PZG A;  1UZ4 A;  2QHA A;  2XWE A;  4JZ5 A;  4W89 A;  3A47 A;  2G3M A;  1K9T A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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