3EMZA

Crystal structure of xylanase xynb from paenibacillus barcinonensis complexed with a conduramine derivative
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
331
structure length
331
Chain Sequence
STEIPSLSASYANSFKIGAAVHTRMLQTEGEFIAKHYNSVTAENQMKFEEVHPREHEYTFEAADEIVDFAVARGIGVRGHTLVWHNQTPAWMFEDASGGTASREMMLSRLKQHIDTVVGRYKDQIYAWDVVNEAIEDKTDLIMRDTKWLRLLGEDYLVQAFNMAHEADPNALLFYNDYNETDPVKREKIYNLVRSLLDQGAPVHGIGMQGHWNIHGPSMDEIRQAIERYASLDVQLHVTELDLSVFRHEDQRTDLTEPTAEMAELQQKRYEDIFGLFREYRSNITSVTFWGVADNYTWLDNFPVRGRKNWPFVFDTELQPKDSFWRIIGQD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Bacillus sp. bp-23
publication title Structural insights into the specificity of Xyn10B from Paenibacillus barcinonensis and its improved stability by forced protein evolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endo-1,4-beta-xylanase
total genus 133
structure length 331
sequence length 331
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2008-09-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3emzA00
1ZJBA 2RGLA 3AQUA 4ZEPA 3WEMA 4AW7A 1US2A 3AISA 1UHVA 2FGZA 2HVMA 5I2UA 1G9HA 2VTFA 2Y4SA 1R85A 1GQLA 1JD9A 2WKGA 2ZUNA 3VMOA 1CTNA 3WMBA 1WB0A 1QNQA 2JF6A 3AZSA 1C90A 1W9VA 3S6TA 3BAKA 2DDXA 3NSXA 1KBBA 1BYCA 4FF5A 4JL1A 3VGGA 4AZHA 1E15A 2WC7A 1H4PA 1MFVA 2W92A 5M5DA 1SR0A 4OOUA 1JFXA 3KWXA 4UFHA 5IDIA 3RIKA 3WDQA 4UFLA 4JFWA 2J7BA 4AZGA 4F8XA 1K9DA 5F7UA 1M53A 2Y24A 4AEEA 3UERA 4NRSA 4UQBA 3PN8A 2D1ZA 3UCQA 2VZVA 3QOMA 1WNOA 4DUVA 1BG4A 2ZX9A 4W5ZA 4JKMA 3AS0A 4NZCA 1E1FA 2WVVB 8CGTA 4AIEA 3EDJA 2X8RA 2VVNA 4TXEA 4MADA 4PMVA 4L4PA 3WQVA 5D8ZA 1ISVA 1K9EA 1UD2A 1XSIA 3AHTA 2WYSA 4MB5A 2JIWA 4AXNA 4C7GA 1JNEA 1CLVA 2CITA 4FK9A 5M3WA 1TVNA 5M17A 3M46A 2ZWYA 1LL6A 1GHRA 3I3BA 1DWJM 1R7AA 1UR0A 4N0RA 5FD0A 3SCVA 2AOSA 2VR5A 4LYQA 1XCWA 1AVAA 3AIVA 3W25A 4JKLA 1RD6A 1KCLA 3VMPA 4KMQA 4P8XA 1MW0A 3WENA 5I3DA 2C0HA 5LA1A 1VFUA 4D6FA 3BLPX 2WMIB 1KXQA 4WJXA 3VD3A 4NF7A 1FHDA 1UR2A 3VPLA 1B31A 3NCOA 3WF0A 3L4VA 1SYTA 2GDVA 4CKQA 1WDPA 1DHKA 1CXIA 2XVGA 3K8KA 2DH3A 4JIEA 3WF2A 1UH4A 5BXRA 1C7SA 1BFNA 1NWRA 3WDRA 3WNMA 2WMHA 2XVLA 2WCSA 4E4PA 1LL4A 4XB3A 3EBVA 3N04A 2XVNA 4MJ2A 4HOXA 3GBEA 1LQ0A 3EYPA 3ZJ8A 2Z1SA 5I79A 3LPPA 1WZMA 5BRQA 2BVDA 3CZ8A 3THCA 4NRRA 3U57A 3VIKA 3NDYA 4QFUA 2VCCA 1EO7A 2CHOA 3SUTA 3UR8A 2VRJA 3ARWA 1GZJA 1HL9A 3AMGA 2BVYA 1GVIA 1KR0A 1W32A 5EFFA 3VNZA 4W7UA 5D9NA 1Q4NX 3ARZA 3BAIA 2QPUA 3AIBA 5A94A 3TTQA 4Z2GA 1QNOA 4JL2A 1Q6GA 1JF5A 4E8CA 3T08A 1H11A 5ABGA 4BCEA 3MUZ1 2D22A 2ZUWA 4U3CA 3WMSA 2UWFA 3OGSA 4OUEA 4DUXA 1QNSA 2WHKA 4X9YA 4PMQA 1ODUA 4CCDA 5C71A 3M7SA 1X1NA 3WDPP 4CVWA 5JBEA 3ZSSA 1UKPA 3A3HA 1FOBA 3AS2A 3BCFA 1K9FA 1Q6CA 2PWFA 4UR9A 2XJ7A 3WSUA 1ZL1A 2D0GA 4D72A 1WDRA 3OLGA 3ARRA 4AZBA 1B3XA 4F66A 2Y8KA 5JBDA 4U2YA 3CUHA 2VZSA 5E6ZA 5ECUA 3TTSA 3ZJKA 1QHOA 3OLDA 2QV4A 4UOJA 2PWHA 4PMOA 4U5KA 4B9ZA 2ZX6A 1KGWA 4PTMA 4WSKA 2OYKA 2VO5A 1CGUA 2ZUUA 3PZUA 3FHQA 4Y7EA 1KBKA 3VGFA 2JF7A 3CZEA 3MV11 1O7AA 4UTFA 4HOWA 2WSPA 1DWAM 3QGVA 1FP8A 3KL0A 1TR1A 1XSJA 3GTNA 1OT1A 1V08A 1QI5A 1E6XM 1JL8A 2BS9A 2VX6A 1CWYA 2XGBA 5I78A 2VCBA 2Q8XA 3PBGA 4TX6A 3W6LA 4D6HA 3WQ6A 4ZENA 2C7FA 1XYFA 3G6MA 4MAVA 2XWEA 1BTCA 3L2LA 4H8VA 5JBFA 4UFMA 1ZS2A 2VQUA 3AZTA 5BCAA 3GM8A 4CGTA 2VI0A 3ZT5A 3FXYA 1JXKA 2QF8A 1FFRA 4N42A 2PC8A 3EDDA 4OIFA 2A3EA 1J0IA 3AHXA 2D20A 3PZMA 5BYWA 2DIEA 4HU8A 1CLXA 1MXDA 1UR9A 4BQ5A 4ZFMA 2WHLA 2VJXA 1JYNA 1EO5A 2V3DA 3IANA 2WM0A 3ARSA 3DYPA 3GXMA 5FOOA 2G3JA 2IUZA 1XGZA 3M6DA 4TVDA 2CNCA 2DGAA 1UUQA 2DPEA 2J4GA 2WK2A 3QHMA 3OZPA 1K9TA 2VL4A 4WKHA 3AZRA 1MFUA 3VIFA 4AC1X 5A6BD 3KL5A 2XFFA 4MNKA 1N82A 4IUGA 2Y8VA 1WE5A 1E5JA 5AY7A 1NM9A 5E6YA 3VD5A 1BYDA 2ZXBA 2WKLA 1ISWA 1JNDA 2E40A 4UOQA 2J7FA 4TOQA 4NI3A 3RM8A 4XZWA 1KXTA 4UQCA 3K8LA 3AXHA 5DF0A 2D23A 1DP0A 5A6KA 1HKJA 3NIYA 3OGRA 1RPKA 2PF0A 2YIHA 2WLZA 2WMKA 5A6LA 3U5YA 2BVTA 2BY3A 4GZIA 1IV8A 4A4AA 3BC9A 3BH4A 4XUYA 1UD3A 1B90A 3RILA 2WB5A 3IK2A 4PYSA 1GOIA 1ZU8A 1E4MM 2PI6A 3IJ8A 5A6MA 4PTXA 3EMCA 4XV0A 1UWIA 2WCAA 4AISA 3CO4A 3NJ3A 2XIIA 1HJXA 4PSPA 1OB0A 3O6AA 2J8FA 1OD8A 3WDIA 3N11A 4IISA 4CU7A 2ESCA 4PCSA 2J7DA 3CZGA 3OA5A 3WH7A 3GYCA 2EQDA 1CGXA 1OWQA 3OGVA 4HTYA 2XM2A 5AYIA 3MMDA 5JIPA 3AS1A 1ESWA 4W8BA 3TTYA 4HOZA 1UG6A 1UKTA 3SUVA 3WFLA 4JFUA 4DUWA 2WLYA 3HN3A 4LYRA 1GVYA 1V6VA 3TP4A 1UR4A 1M04A 4UOZA 1XHGA 1G0CA 3SUWA 3WMCA 2CBVA 4HPHA 3A4XA 3B8SA 2W66A 3U7VA 1US3A 4H2CA 1UQYA 3AYSA 5E09A 3WL1A 1CBGA 2D0FA 3AFBA 1F4AA 2V3EA 3WNKA 4D1IA 1MXGA 4E2OA 4AY1A 2J79A 1B3YA 4TX8A 3CHFA 1PX4A 4WF7A 2XHYA 3PHAA 4Z2JA 1WPCA 1HIZA 1Y7VA 3MSDA 1VEMA 2OLHA 2J7HA 1PZ2A 2ZXDA 2J8GA 2DQXA 4W8LA 4HMDA 4HMCA 3VX0A 1SMDA 4U33A 4WSJA 3VUPA 4UFKA 4KGJA 1HKIA 1C91A 1C8YA 4BQ3A 5C70A 1WKYA 1HF6A 4JFTA 1OINA 1V3IA 5M03A 1J18A 1QBAA 5CJ5A 1OD0A 2DSWA 3CUGA 4FLQA 3ZSTA 4CD6A 3WD3A 4D6JA 1JZ4A 4BQ4A 1CGVA 2YL6A 4CU6A 3ALGA 3B9DA 5A6SA 1BSIA 3WUEA 3W24A 1EHAA 3MSGA 1HVQA 3AIEA 4EK7A 1M03A 5BWFA 3APGA 4OZOA 5LYRA 1H41A 1UWRA 1C3FA 1Q6DA 2VZOA 4OBRA 4RE2A 2O9OA 2E9BA 5A6JA 3WNNA 1H0GA 3NSMA 5BRPA 1PIFA 3WD0A 4LX4A 4U3AA 1I75A 4CCEA 1GQIA 4GZEA 2JE8A 1B1YA 1E73M 2B31A 2E3ZA 1H09A 3SCWA 1OGGA 3FHAA 3BMWA 3SCSA 1I1WA 2OWWA 4WK9A 4X0NA 4YHGA 4DM2A 2XVPA 3KL3A 3WQ5A 1JAEA 1IZJA 3BAYA 1VBRA 4ACZB 4M80A 3AYRA 1V02E 1UD5A 5HPCA 1LWJA 1QW8A 1PX8A 2DEPA 1JYVA 5BXPA 3VIOA 9CGTA 4PEEA 1V6WA 6TAAA 3RMEA 1E6NA 5CPQA 4M82A 3IJ9A 3FW6A 2XSAA 1W9UA 1BQCA 4GO8A 4HZ7A 3D3AA 4MNJA 1CZ1A 1E40A 3VIGA 1J0JA 4A3YA 4MDOA 1QNPA 1VFOA 3WBAA 4UQEA 1C7TA 1GQJA 1VAHA 1CGTA 4H8HA 1VJZA 3U7BA 1W3HA 2X05A 5D9MA 1JZ5A 4AZ7A 4RE3A 3VTRA 1C93A 2VUYA 3W4RA 4JZ5A 3DHPA 3T2OA 3TTOA 1JZ6A 1PJ9A 3QHNA 2DT3A 4KRTA 3VM7A 1CXHA 4AWEA 4ZE4A 2WPGA 3SIMA 4PRWA 2AMGA 2F8QA 3ZT6A 3NUKA 2VMFA 1VB9A 3BSGA 4DWSA 2FGLA 2F61A 3CMGA 3CBWA 2ZOXA 1HVXA 2XVKA 3AICA 3BAJA 3PZOA 2PWGA 4CD7A 2YA1A 3W28A 3GBDA 3CLWA 4BS0A 1B3ZA 4QLJA 3WUGA 1PX3A 1E6SM 3BMVA 1CENA 1J0KA 3WH6A 2ZX8A 1E5NA 1E6ZA 1R7OA 2VURA 3K8MA 3AXIA 3AMCA 5A8OA 1E3ZA 1QI4A 1ZBVA 4WKAA 3MUY1 4UZUA 5A8NA 1SMAA 1HT6A 3VX1A 1V03A 4CD4A 4UFJA 2OSYA 3MV01 2VC9A 1KR1A 4LGXA 3B9AA 1ZBCA 2WNWA 3POHA 1OM0A 3F5JA 5GNYA 2G3MA 1BGGA 2FHFA 2DSZA 4AZ5A 4PUDA 1B3VA 1VJSA 3CUFA 1JXJA 4CN6A 3A6OA 1OT2A 4OBSA 1G1YA 2W61A 1O6IA 1PIGA 4CU8A 4P7RA 1KGUA 2OWXA 3S2CA 3L4TA 2XSBA 1GHSA 3VGHA 2CERA 1TA3B 3ZQ9A 3KZSA 1VIWA 2BY2A 3MS8A 5E70A 1AQ0A 1UWUA 1ITCA 3WEZA 2V38A 4LXFA 4HA1A 3WUBA 2YJQA 3RO8A 2G4FA 4U31A 2E8YA 1D7FA 1CNVA 4H04A 5A2AA 1KCKA 1NOUA 3WF4A 2J74A 4C7DA 3OLIA 4P7OA 1MW2A 2CKSA 3ZJ6A 1H5VA 3SCNA 1HP5A 1WDQA 1GOOA 3MUIA 2ZUVA 2JEPA 2OWCA 2BNJA 2WC3A 1UOKA 4GI6A 5BROA 1UZ4A 3RJYA 3N1AA 1NWUA 4PTWA 4PSRA 1E70M 3OB8A 1LL7A 2ZUSA 2YKKA 3MANA 5IHRA 2JIEA 2WHMA 1RH9A 3AHZA 1HKKA 3WF1A 3FN9A 4X0VA 4WKFA 3WKZA 3UETA 5CLWA 3PTMA 4ZXLA 3VDCA 1KWKA 1MYRA 3N18A 3EDEA 2J7CA 3VIHA 2G3NA 3WUFA 4PN2A 1P6WA 4YN5A 2V3GA 4J7RA 1HL8A 1DWFM 4F79A 4J3WA 1GW1A 2YBTA 2XWDA 3BXWA 4D6EA 2CPUA 2Y5EA 4JFSA 4WLCA 2YBUA 2UY3A 1C8XA 4PMXA 2W4XA 3CH9A 3MMUA 4ATWA 2BV9A 4V27A 3K4AA 4D6GA 1U30A 3DECA 1BG9A 3OBAA 4OOZA 4OJYA 5DFAA 2V3FA 2D3LA 1VEOA 4KRUA 1GORA 4TVUA 4MJ4A 2VNCA 2D0HA 1E4IA 5CZKA 1JDCA 2DT2A 2JALA 5I6SA 1UWQA 4JKKA 5GQBA 4RE4A 4R5EA 4GXPA 4JAWA 1GCYA 2J75A 2VX7A 2PWDA 2VOTA 4NSBA 3GXFA 4RL3A 3GNPA 2EBNA 1W9BM 1B30A 1HX0A 3O2LA 1CGYA 1AQMA 4ATDA 2O9RA 3KE0A 3W38A 1U2YA 1K6AA 4F9DA 3LPGA 3CGTA 1GJWA 2W62A 4R27A 4DWSB 3L2MA 2GFTA 1D3CA 1NP0A 3VGDA 5AYBA 2FDMA 1FH8A 1CIUA 3CMJA 3SCTA 2TAAA 3F4VA 1R87A 3VM5A 2E4TA 2G8ZA 5JUVA 3WELA 4J3TA 4GPNA 3WH5A 1W1TA 4M8UA 1H1NA 3WY1A 3PZTA 3L4XA 3WD1A 5CG0A 3EDKA 4JHOA 2XTKA 3VGEA 2YDRA 2DSVA 2ZE0A 1V3JA 3N9KA 5LA0A 3JUGA 3DHUA 3WF3A 3WQ4A 2WAGA 1MW3A 5IFPA 2ZIDA 4ACYA 5EFDA 1WDSA 2BHZA 1LWHA 3CHCA 4JHZA 1WZLA 2DT1A 1FH9A 1X6NA 3A4AA 3WNOA 1CXKA 1XC6A 2VRKA 4CCCA 3W0KA 1NWTA 2RGMA 1W3JA 4EAMA 1E6RA 5EBAA 2YL8A 1UZ1A 3RM4A 3GZAA 1E3XA 3G6LA 1KXHA 5A1AA 2IXUA 3LPFA 3ECQA 5A2BA 4QCEA 1H3GA 1TVPA 4XZBA 1OIFA 3GNRA 3RDKA 3J7HA 1G01A 1JF6A 2EPNA 5D8WA 2WWDA 4Z2HA 2A3AA 4AIUA 1MQQA 2Z1KA 3RCNA 1OCQA 5GNXA 1PEZA 1ITXA 1PAMA 3BSHA 3WFZA 1QVBA 2D24A 3NYDA 4PMDA 1GNXA 2ZICA 2WZHA 3DYOA 2A3HA 1V0NA 1HJQA 4H7VA 2CETA 4PBGA 2J25A 3W27A 5ABEA 2WCGA 3AI0A 4D1JA 2E8ZA 4AMCA 1EQCA 1EIBA 4P7LA 1W2VA 3GH7A 4W93A 4Z2KA 5LA2A 1E1EA 1IZKA 2OSXA 1HJVA 5DEZA 5E0CA 2VZTA 4Z2LA 1ZBWA 1HJSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ZJB A;  2RGL A;  3AQU A;  4ZEP A;  3WEM A;  4AW7 A;  1US2 A;  3AIS A;  1UHV A;  2FGZ A;  2HVM A;  5I2U A;  1G9H A;  2VTF A;  2Y4S A;  1R85 A;  1GQL A;  1JD9 A;  2WKG A;  2ZUN A;  3VMO A;  1CTN A;  3WMB A;  1WB0 A;  1QNQ A;  2JF6 A;  3AZS A;  1C90 A;  1W9V A;  3S6T A;  3BAK A;  2DDX A;  3NSX A;  1KBB A;  1BYC A;  4FF5 A;  4JL1 A;  3VGG A;  4AZH A;  1E15 A;  2WC7 A;  1H4P A;  1MFV A;  2W92 A;  5M5D A;  1SR0 A;  4OOU A;  1JFX A;  3KWX A;  4UFH A;  5IDI A;  3RIK A;  3WDQ A;  4UFL A;  4JFW A;  2J7B A;  4AZG A;  4F8X A;  1K9D A;  5F7U A;  1M53 A;  2Y24 A;  4AEE A;  3UER A;  4NRS A;  4UQB A;  3PN8 A;  2D1Z A;  3UCQ A;  2VZV A;  3QOM A;  1WNO A;  4DUV A;  1BG4 A;  2ZX9 A;  4W5Z A;  4JKM A;  3AS0 A;  4NZC A;  1E1F A;  2WVV B;  8CGT A;  4AIE A;  3EDJ A;  2X8R A;  2VVN A;  4TXE A;  4MAD A;  4PMV A;  4L4P A;  3WQV A;  5D8Z A;  1ISV A;  1K9E A;  1UD2 A;  1XSI A;  3AHT A;  2WYS A;  4MB5 A;  2JIW A;  4AXN A;  4C7G A;  1JNE A;  1CLV A;  2CIT A;  4FK9 A;  5M3W A;  1TVN A;  5M17 A;  3M46 A;  2ZWY A;  1LL6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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