3EXR | Genus

Total Genus 86

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	86
sequence length	219
structure length	219
Chain Sequence	KQLPNLQVALDHSNLKGAITAAVSVGNEVDVIEAGTVCLLQVGSELVEVLRSLFPDKIIVADTKCADAGGTVAKNNAVRGADWMTCICSATIPTMKAARKAIEDINPDKGEIQVELYGDWTYDQAQQWLDAGISQAIYHQSRDALLAGETWGEKDLNKVKKLIEMGFRVSVTGGLSVDTLKLFEGVDVFTFIAGRGITEAKNPAGAARAFKDEIKRIWG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Open-closed conformational change revealed by the crystal structures of 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase from Streptococcus mutans pubmed doi rcsb
molecule tags	Lyase
source organism	Streptococcus mutans
molecule keywords	RmpD (Hexulose-6-phosphate synthase)
total genus	86
structure length	219
sequence length	219
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.1.85: 3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2008-10-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3exrA00

2GQ9A 3N2XA 1QR7A 2I1OA 2QUTA 5AFDA 2C16A 4A21A 5EL1A 4MYXA 4JX4A 2H6RA 4Y90A 1GVOA 3IGXA 1TO3A 3TAKA 1QPQA 1J4EA 3M9YA 2CLFA 1QNVA 3NQCA 3G22A 4XKYB 4C1LA 3HGRA 2V2CA 4DPPA 3G0SA 3HQ1A 4XUGA 2UV8G 5D33A 3W2LA 1UUMA 1YTEA 4E2BA 2D73A 3GB6A 4UTTC 3G8RA 1GWJA 1LOQA 1SFLA 4FIRA 3HJZA 4M7SA 5C6MA 3PG9A 3V1PA 3KVJA 1ML1A 2G96A 1T0OA 4MY8A 1KFJA 4JTEA 4DBDA 3LLDA 3T40A 1TPEA 2DJLA 3PUEA 3DHFA 2A5HA 4HSNA 3UPBA 3LLFA 4LY8A 4PTNA 3THAA 4JEQA 5AHIA 3FEMA 1LM1A 3C2FA 3PUDA 2B7OA 5CPOA 1Z41A 3DFPA 1TPFA 3JR2A 3FYPA 4Q4KA 1NVMA 3R2GA 4ALDA 3LXAA 1K8YA 2VFDA 1KTBA 4PL1A 4UIOA 4W9TA 5L9FA 5F4XA 2QCNA 1H63A 2DZWA 4UFLA 4UTIA 1RR2A 2ATMA 1FDZA 1HO4A 4UR8A 4K6AA 3G3DA 1G6CA 4O1DA 2YPIA 1B3OA 4MLRA 1LP6A 2ZZ2A 4LS1A 1OX4B 4LC8A 3T55A 3LCLA 1KFEA 2TMDA 4Z08A 1ICPA 2ZA1A 3MBDA 3HF3A 1OFEA 5K9XA 3S0CA 2C15A 3IV3A 2NV1A 3GDKA 4IQLA 3P8JA 3W7GA 2YW4A 1TRIA 1TQXA 1N55A 2J6XA 3M5XA 4X22A 3DI0A 1W5MA 5AC8A 5AHMA 5CZSA 4OU1A 2P10A 3O8AA 1LBLA 3NPVA 3DAQA 4NNCA 1LRTA 3S1VA 4NJJA 3M43A 1H7PA 4ZQNA 4WXZA 4MKNA 5FEZA 3N19B 2V0TA 3DZ1A 4JYEA 5EY5A 3W6YA 3P84A 1W5NA 4DF2A 2HS8A 5DXYA 3OA3A 4ICNA 2Z0IA 3HOJA 4O50A 3ZS4A 5HQEA 3WFAA 1WYIA 1GVRA 2VFFA 4AEOA 3F4WA 4UMAA 1A5CA 3GK0A 2Z6IA 1F74A 2ZFAA 4GNJA 3IIOA 3IVTA 4AHOA 2V5BA 5I3IA 3W2MA 2RH9A 3M0ZA 5D04C 3EWBX 2YFNA 4Z0JA 1F5ZA 3DFQA 1H62A 4QITA 4N4PA 2Y89A 5K2ZA 3VE7A 3WK3A 1GTHA 1QO2A 1KA9F 5HNRA 3NQ8A 4MLJA 3R89A 3W7QA 1IF2A 1AMKA 4UFIA 3DH7A 5LNWA 1UBSA 2ZZ5A 3O05A 1FWRA 1P0NA 3I68A 1PL9A 1OABA 2Y88A 2GJLA 3P81A 4LT9A 2O7SA 2JKAA 1ONRA 1X1OA 3HG2A 3FOKA 5LKYA 4OV9A 1VCFA 3ATZA 5FF4A 1SZGA 1JCXA 3STCA 1DBTA 1EUNA 3O63A 3P67A 1JR1A 1TTPA 1X8FA 3QMTA 4JDYA 5HMSA 4QQ3A 2OT1A 1KW1A 1K7XA 2Q8ZA 1SQ7A 5CSRA 4JTFA 4EF8A 3B4UA 1QOQA 1F7BA 1UASA 1VQTA 2WJZA 1WQ5A 5EMUA 1FX6A 4M5PA 4LV4A 3CEPA 3WJZA 1ALDA 1W3IA 4DPQA 1G67A 3DKLA 3TX9A 3G1VA 2WQPA 5D2TA 3S1UA 3A9IA 3TQ0A 4Z1AA 3HG3A 3N3MA 4QJ1A 1JJKA 4IMCA 2ZZ7A 4IMDA 4MZYA 3EXTA 5FEWA 4M6PA 3WK1A 3UPWA 3ZWTA 1AG1O 2B4GA 4JNMA 2ZTJA 1VGAA 4NU7A 1QO5A 1K3UA 3BG5A 3G1FA 3IGSA 2V5LA 3R8RA 3W85A 3BG3A 1ME7A 3S5OA 2AGKA 4L4LA 4NVTA 3CPRA 3N2MA 5TBOA 3MYPA 4JTGA 3G18A 3VE9A 1XUZA 3Q37A 4K7YA 1H1YA 4CNPA 1HFBA 3C0JA 4XQ6A 4ML9A 5LHFA 4FF7A 1SW3A 2WSRA 4LVBA 5HUOA 1K7FA 2VENA 4I7VA 4RR4A 1JUEA 4IUOA 4O1CA 3N34A 3S5YA 1LBMA 2ISVA 1OYBA 3IIVA 3VCRA 4IMEA 1HTIA 1C9DA 3L9CA 3QPYA 4LUIA 4UUIA 1SR9A 3TJLA 3GKFA 1P4CA 5KMYA 2VOMA 3LHTA 4DELA 3IRDA 2FB2A 2ATSA 3M7WA 1W31A 4LNYA 2RFGA 4ADSA 2RKXA 3STFA 4UNKA 3SW6A 3TCEA 3NQGA 4H3DA 3TW7A 3GYEA 3QSTA 4BI7A 1Q3NA 4N6FA 3PSWA 2CU0A 1KM6A 5DN1A 1OK6A 3NQMA 3O06A 5CG7A 2C1HA 1Q6LA 3TA6A 3G1AA 3C6CA 2B7PA 4XWUA 3G8EA 2VEPA 1F6PA 1RPXA 2NWSA 3QPZA 3TE9A 3EX3A 2Z6JA 4WY0A 3UY8A 3W22A 2YFOA 1C8VA 3NPWA 3GAKA 3DFNA 4RLIA 4LVAA 4AWUA 1K03A 3W83A 4QIUA 3P8IA 5F1VA 4R53A 5H91A 5FESA 3UYCA 3G1HA 4NNAA 3FIGA 1KFCA 4Q32A 4AVFA 2ALDA 3W1RA 3NL3A 4LRSA 4MJZA 1THFD 4FX7A 4UTJA 3GXTA 3S1WA 1KV5A 1M7PA 4LS0A 5EBUA 4AB4A 5C5YA 5FF7A 3EWUA 4UFMA 4RZ6A 3OEXA 2VEKA 3SI9A 1RQBA 3WJSA 3C8FA 5FEPA 4IWWA 1EA0A 4EWND 3MI6A 3NYZA 3MBFA 1FXQA 5DCEA 4LU0A 2GPTA 3W7NA 5K4ZA 5F2GA 2QJGA 4JTHA 7TIMA 1SSDA 4CQAA 4O28A 3ZR4A 4KFPA 2VFEA 2VC6A 1D9EA 2ZRZA 2QCDA 1WBHA 4A2RA 4Z0SA 2CLHA 2A6NA 1KM0A 3PY2A 1H7WA 2HMCA 5HJLA 4P61A 4IMFA 5AN7A 4HPXA 1P1XA 1FCBA 4GUGA 4RJEA 4WX2A 3YPIA 4IX0A 2Y7GA 2P1FA 1H7RA 1MEWA 2OCZA 1I45A 4MZ8A 5K4XA 2PC4A 2YW3A 3CWOX 1YDOA 3BGJA 3HMJG 5AC7A 3USBA 3S5ZA 3HGJA 1YLVA 3CC1A 1XDLA 1YYAA 4E2DA 1H7OA 4HT3A 2ZRYA 2WNQA 1JQVA 1P5BA 3U6WA 3ATYA 1WBJA 2E6FA 4GBUA 4LOCA 4RCXA 3B0VC 4MJMA 3NQAA 2P0OA 4I7UA 1JRCA 1IXQA 2ZZ1A 2Y7DA 3QFEA 4MY1A 5I3FA 1HL2A 4OBTA 3E9AA 3NQEA 1F6KA 3SECA 4N4QA 3P82A 1FWSA 5AHFA 1H1ZA 4H4IA 3TXZA 1FCQA 3IIXA 2BZNA 1EEPA 4M7TA 4WOQA 1XXXA 6TIMA 1KM1A 3LI0A 4HNVA 3IEBA 1MO0A 3UZJA 3KRSA 2AAMA 4O1AA 1QPOA 1DOSA 3K30A 2Y7EA 3QQ1A 1KV8A 3EWYA 3PBYA 4P2VA 2A1YA 2CLIA 3KVKA 3KXQA 4UTWA 3M5YA 3TMQA 1VCVA 3EWWA 5K9CA 2ZRWA 4IXXA 1QCWA 3HG5A 3O16A 3BLIA 3HG4A 4LTSA 1DV7A 1GOXA 1KFKA 3O6CA 1XBZA 5F2IA 2X1RA 4OHQA 1VYRA 3LRMA 3DFTA 5FEXA 3G24A 3MP3A 2QCFA 3NVTA 2E5CA 1S5TA 4JN6A 5TIMA 4DO6A 3KFTA 5HWJA 4IPJA 5KZMA 1OYAA 5F4SA 4Y8FA 3VFLA 3I65A 1PIIA 3D0CA 3NQ7A 3ZWSA 1R30A 2GVGA 1VC4A 3HPXA 4K37A 3O15A 1LDCA 1WV2A 5FF3A 1I2PA 3GX9A 3O07A 3UWQA 2X2GA 2FQIA 3W84A 5KZEA 2X16A 5C2XA 3I7RA 3KX6A 4BI5A 2X30A 3NO5A 1S5WA 5CZTA 1TTIA 1C29A 1H7NA 1XL9A 2J24A 3B8DA 4WZHA 1Z42A 2OX1A 1I4NA 1Q45A 3FFSA 1M6JA 2C3ZA 2GVJA 3HO8A 1YDVA 1YXDA 5DCBA 4LC6A 3C3NA 1O4UA 2PRLA 4JTLA 1LYXA 4NZFA 2A7RA 3NXFA 1TTQA 2TSYA 2C14A 5U4NA 4FNPA 3RLUA 2CFFA 1CW2A 2ZA3A 1UJPA 1XCFA 2QEZA 3TC7A 4UFHA 2AQWA 2BWGA 3BW3A 2WV8A 1TQJA 3NL5A 1ICQA 4CCCA 4BI6A 3KAOA 4ZQRA 2XN2A 3UWYA 3P60A 3PSVA 3MHUA 4KFNA 5HINA 3P74A 2JKPA 4XBSA 1W54A 3P62A 3STGA 2NXIA 3CQ0A 3QC3A 2GQ8A 4JX6A 3A5VA 4D2JA 1OJXA 3LHWA 3P5ZA 1ZCOA 1ZJIA 2NX1A 3GKAA 2NX3A 3MJYA 1RD5A 3MUXA 4HNTA 3BK0A 2CZDA 1SO6A 3M16A 5LSMA 3E49A 1F2JA 3FJ6A 1OYCA 5DY3A 2OZ0A 2TPSA 1HG3A 1KBIA 3PG8A 3RF9A 1MEHA 2ZRVA 3GXNA 5F2LA 5AOUA 4MUZA 3HIJA 3L5MA 2E5BA 1IIHA 1AK5A 3W88A 1OX5A 3LCHA 5HUPA 1A5AA 2V2HA 3BV4A 3ELFA 4AF0A 5CPMA 4PA8A 1G7VA 2HSAA 2PCQA 4GE8A 5GVJA 1GVFA 1T99A 3W1AA 5KITA 4JTSA 1T8XA 1H61A 4BR1A 2R8WA 1SPQA 5G4EA 4DXVA 3G1XA 3LTPA 2GJNA 3UD6A 5K9DA 2ZRUA 5HULA 3M1ZA 3MYOA 3NL2A 4RV8A 4Y96A 2QCGA 4NJHA 4HNUA 2DU2A 1AL7A 1NF7A 4ZQOA 1IXNA 4JD4A 5E1QA 5AHNA 3DKJA 3LERA 1Z44A 2YCEA 3EX1A 3S8HA 3EX2A 3THQA 5J5DA 3MMTA 1W5QA 2W6RA 2XN1A 4AXKA 5I3KA 3L0NA 4MZ1A 1ZAJA 3FKKA 3LTSA 3M47A 2ZBTA 1B4EA 2B7NA 1JULA 3GXPA 5K7JA 4O0KA 3QM3A 1WAUA 4TMBA 3BARA 2ZDRA 2R14A 1W0MA 3C61A 5D03A 2ZCGA 5F2MA 4M6VA 1LRQA 3MP4A 1TRDA 1DKWA 2CLOA 5G1YA 2C0AA 1PE1A 3QZEA 5I3HA 5U7SA 3NQDA 2JK2A 3O6YX 4JR5A 1ZHAA 3L2IA 4MVAA 4IXHA 4NZJA 4ZL1A 2DZSA 3RLVA 3FA5A 3QJAA 1ZNNA 5AYYA 1IIGA 3LCXA 5CKSA 3M44A 4UFKA 3W2JA 5EA9A 3W7EA 1W5PA 2FPTA 2OMAA 1OFAA 3W73A 1A50A 1SUXA 2NXHA 2E77A 4YLWA 2B7QA 3NPUA 5KINA 3P61A 4HN4A 5DBUA 4PFMA 1LBFA 1UUOA 2PRMA 3S42A 2QUVA 4IMGA 1SW7A 1X7FA 3TUUA 2JKEA 1PCWA 4I7WA 4OWGA 1ME9A 3LDVA 1OK4A 4JGDA 1EP1A 3TH6A 4CNNA 3DENA 2QF7A 3C2VA 3HB9A 1F05A 1J5TA 1G69A 3QMRA 1LCOA 1VLIA 3PC0A 2DZVA 4K36A 3EB2A 2ABBA 4O13A 5TQLA 1WXJA 3LCIA 1BKSA 5D2WA 3SZ8A 4ORIA 5D09A 3EX6A 3PS7A 4NX0A 1U5JA 4GC4A 4FB7A 3JS3A 1ZFJA 1O5KA 2EHHA 2YGYA 2V8ZA 1XBXA 1XBVA 3GDLA 3SIZA 4ZZ9A 4UTWC 3TFXA 4O16A 3TKFA 4IGHA 4N9DA 1GYNA 1TMHA 1QFEA 3KVMA 3SFKA 4JX5A 1R46A 4FX6M 1DORA 1DL3A 1YADA 1W5OA 3BLEA 3TQVA 2WO5A 1KBJA 3G0UA 2GVLA 3GDTA 4QNEA 4K39A 2XFWA 1FXPA 3EWZA 4PH6A 1TPH1 3UWVA 3QF0A 1MSSA 1SO3A 3E96A 1O5XA 2WOQA 5C54A 1DJNA 3HPZA 3OVQA 2KZHA 1VLWA 4O54A 3W2UA 1NAL1 2ZZ6A 2CLMA 3NQVA 3QYQA 3LBCA 3LRKA 5FF0A 5MHBA 3AO0A 3LBMA 2LLEA 2WNNA 4LUJA 3BLFA 5BW6A 2ISSA 4QNWA 2YDAA 1WA3A 5IBXC 3L0KA 4L4MA 3W1UA 3PR2A 3FJLA 1K7EA 1FDYA 1OF8A 4RZ5A 3A24A 4NNBA 3GDRA 4GUJA 4RXFA 2JGQA 4DBEA 3OIXA 2VFHA 1ZY9A 3JRKA 2ISWA 2A21A 3IIZA 4Z1DA 3W7RA 1YXCA 3LCFA 4NXKA 4ZQMA 4LV9A 2QDHA 4DO4A 3W3OA 3W2NA 5I3JA 5G2WA 3W07A 1OFDA 1OHLA 4A22A 1I2NA 4UTMA 4LVGA 3SGZA 3FS2A 2DORA 1ADOA 3PB0A 1Y0EA 2VFGA 1MZHA 1JQXA 2JGYA 4S2BA 1PV8A 1XUUA 4XBKA 3OHIA 1YTKA 4M19A 4LS2A 2J88A 3GVGA 2QDGA 3Q2DA 4WD0A 2WPBA 5J5RA 3INPA 1TREA 4G1KA 4R7JA 2RDWA 3MWAA 1NEYA 5E93A 2ZA2A 3DGRA 5D38A 3UQNA 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5CPLA 3M41A 4JXCA 2YYUA 3B0PA 4X3ZA 3W70A 4GRSA 2V81A 2E5DA 3ABSA 1MEIA 4DF1A 3NR0A 2FPVA 4A2SA 2YZRA 4ADTA 1TB3A 2X1SA 2V30A 5CZJA 3M5VA 4PL2A 2ZZ3A 3QSRA 3RMJA 3TIMA 3UZ5A 1PCKA 3LRLA 3NNTA 1K8ZA 4BWLC 1OFPA 1XKYA 2QCCA 4EF9A 3S6DA 4O18A 1IGSA 2E6YA 2QCEA 1YPIA 3T44A 3RNDA 3LV5A 4OGZA 1VPXA 2NXGA 2Y62A 3A23A 1FCUA 3VI2A 5LHEA 4N9CA 4FNQA 3BW4A 1NF0A 2V2DA 3NA8A 3TAOA 3EKZA 3N9RA 4HIBA 4OE7A 3W23A 3E0IA 1GG1A 1OX4A 2Z2UA 4GXMA 5FF2A 4NJIA 4AWSA 1TCDA 1G4TA 4JS3A 2E68A 1QPRA 4UMCA 3LGEA 1B57A 2XN0A 5L6UA 1FY6A 3R12A 3IGUA 4IX2A 3TV8A 4MPQA 4UCGA 1TV7A 1W8SA 4ZQPA 3A5FA 4UC5A 5G5IA 1AW2A 1NFBA 2TYSA 3G1SA 4N6EA 1FBAA 5AHLA 3OVPA 2EGZA 5EKYA 1EB3A 4FXSA 1EPXA 4TR9A 1K02A 5DBTA 4HKPA 1BTMA 5DXXA 1SSGA 5K3VA 2J27A 3ABOA 3EEGA 2G5WA 4UMBA 3W1XA 3PB2A 1SFJA 3HGOA 3DU0A 1S5VA 3DI1A 2YX0A 3LXCA 2E1DA 3LHUA 3QMSA 4JY8A 1W1ZA 2C19A 4OT7A 1WOBA 1K8XA 4RX0A 5AHEA 2QJIA 3CU2A 3B03A 4FIQA 3IVSA 3P5YA 1GJPA 4GWEA 5BMWA 1GPWA 1R2TA 4O12A 2BX7A 4GUFA 3LV6A 1XBYA 3RK8A 5LNVA 1FWNA 2A7PA 2QCHA 1LLWA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3EXRA

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