3EXR | Genus

Total Genus 86

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	86
sequence length	219
structure length	219
Chain Sequence	KQLPNLQVALDHSNLKGAITAAVSVGNEVDVIEAGTVCLLQVGSELVEVLRSLFPDKIIVADTKCADAGGTVAKNNAVRGADWMTCICSATIPTMKAARKAIEDINPDKGEIQVELYGDWTYDQAQQWLDAGISQAIYHQSRDALLAGETWGEKDLNKVKKLIEMGFRVSVTGGLSVDTLKLFEGVDVFTFIAGRGITEAKNPAGAARAFKDEIKRIWG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Open-closed conformational change revealed by the crystal structures of 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase from Streptococcus mutans pubmed doi rcsb
molecule tags	Lyase
source organism	Streptococcus mutans
molecule keywords	RmpD (Hexulose-6-phosphate synthase)
total genus	86
structure length	219
sequence length	219
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.1.85: 3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2008-10-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3exrA00

4AH7A 3QEZA 4PODA 3MO7A 1JCLA 3QYQA 4Q33A 7TIMA 2OMAA 1K02A 4TMBA 5DCBA 2WNNA 4LRSA 3OVPA 2Q3OA 2CW6A 2YW4A 3O6DA 3QQ1A 1J2WA 1L6SA 1ZENA 4K39A 4O0ZA 4FIRA 4JR5A 4DO5A 3PBYA 5I3IA 3W2MA 4NU7A 5U4NA 1TV5A 1YLVA 1QOQA 1TB3A 3G18A 4RKAA 3IEBA 5D38A 1SQ7A 5FEPA 3W7KA 3STGA 3G1VA 1YTDA 5F2IA 1TCDA 3KFTA 3TXVA 2GVGA 1I2PA 3W88A 1KFEA 4O19A 1ONRA 1KV5A 2NV2A 5DLCA 3KVLA 4CQAA 1A53A 3SJ3A 3A5FA 1KBJA 2HTMA 2GVJA 2RDUA 2Y7FA 1PCWA 4LTSA 4QAIA 5BOOA 4IQLA 3WJWA 5CPNA 3TAKA 3KVMA 1I2NA 3L0NA 3S1XA 5BW6A 5AHIA 2E68A 5C6MA 2P0OA 2Y7EA 1EWEA 4FHAA 1M6JA 3N73A 3W7IA 4JEQA 3S9YA 4RJEA 4H3DA 4XBSA 4AWUA 4DBEA 2VOMA 5CPOA 3GR8A 4WXYA 3N9RA 4LVBA 3EB2A 3FJ6A 2QR6A 1YXYA 4I7VA 4KWVA 4FXSA 2O7SA 2Q8LA 5HR7A 1UASA 3RF9A 2V8ZA 2JGYA 3FKRA 1ADOA 5HUPA 3WJZA 5D37A 1TPUA 5D05A 1R2SA 3GDLA 3LTSA 3UPWA 4JX5A 4HKPA 5F1UA 1EUAA 4UCGA 1H7OA 1H7PA 5DCDA 1XI3A 5DN1A 3M5ZA 4XTDA 5D04C 4UUIA 1G7VA 1LZOA 3UPBA 2G96A 5DXYA 5CSRA 4QNEA 5F2MA 3W1TA 3R5EA 3BW2A 1H51A 2C16A 2Y63A 5C55A 1YXDA 2DZXA 2FDSA 2ATMA 3VNDA 1KFCA 1NAL1 1TSIA 4LUIA 3NEVA 1SW3A 2A4AA 3W85A 4IMDA 3DBPA 2WNQA 3N14A 1XBVA 3NYZA 2C19A 3P84A 3LHVA 2ZTKA 1E51A 1CW2A 5BMXA 2GQ8A 2V2HA 3QPZA 3E0IA 2A85A 1O4UA 1G4TA 1HG3A 4KFOA 2QCMA 2QDHA 1P0NA 3L21A 4TMCA 2Y7DA 2RKXA 1TO3A 2YYTA 4YXGA 1IXOA 2WJZA 4N9CA 4Z1BA 3Q2DA 5AHLA 3PUEA 5KINA 1DJNA 4X9SA 3C56A 3ABOA 1KM1A 4LVDA 4JS3A 1LOQA 1G7UA 4UFLA 1OG0A 3LHWA 2A5HA 5LNVA 1JQXA 3CC1A 4Z1CA 4N02A 3W7NA 5AFDA 5D09A 4UTMA 2JBMA 4JTGA 1MEHA 4HT3A 5IM51 4XUGA 4AAJA 2PRMA 3BLFA 4XKYA 3TJLA 2NZLA 1F6KA 3WJSA 3C2VA 4XQ6A 3CU2A 4YMZA 3NQEA 5AOUA 4MYAA 4JTHA 1JJKA 1M7OA 1TPEA 1GTEA 3EWUA 1ME8A 3SECA 4LNYA 3WJXA 3FLUA 1SSDA 3O16A 1W31A 4CCDA 2GQ9A 2ZZ5A 3BGJA 1R2RA 1YDNA 2B0MA 3QPYA 1WDWA 3BGGA 4IMCA 3TE9A 3R8RA 3L65A 3W75A 4K37A 3KRSA 4E38A 4RZ5A 5DY3A 1IGSA 4UMBA 4YCOA 4FXRA 4GFSA 3U2OA 1LBLA 1DQXA 4AMAA 4GJ1A 3HGJA 1ZAHA 4U28A 1WXJA 4U4MA 3HG4A 2XN1A 3LBCA 4BF9A 5L9FA 1QFEA 1K8ZA 2DP3A 1IF2A 4JD4A 3W86A 3FA5A 2YFNA 5AC7A 3CPRA 4M6PA 3B4UA 3NVTA 4JX6A 4JX4A 1SU5A 3I7QA 2C18A 1JVNA 3G0XA 3KRZA 5IBXA 1UUMA 2EPHA 3OEXA 2VEKA 1RQHA 3MMTA 3NDOA 5D03A 3HB9A 4JYDA 1Z41A 3PG8A 2VFIA 1ICQA 1SO5A 2BSLA 1TV7A 4JGDA 4PC8A 3BV4A 1AL8A 2J9YA 2J88A 5I3HA 1OX4A 2C0AA 3TFXA 1XDLA 3GDTA 4Z1AA 2G97A 1BTMA 2YCEA 3W7QA 3UY8A 3LXCA 1PIIA 4PL1A 4AVFA 3C3NA 3GR7A 2ZA3A 1K7XA 4L4MA 2V5LA 1HO4A 3M9YA 3EKLA 2QCDB 5LGZA 1FWNA 4LS2A 5DXXA 3NM1A 1W5PA 1WBJA 4S2BA 4ZL1A 4POCA 1FDYA 2ZRWA 2I14A 2KZHA 4IXHA 1EP2A 3RMJA 1K03A 2GPTA 2X16A 2Y89A 4JY8A 3HIJA 4LT9A 1UBSA 4NQ1A 4O12A 3LV5A 4FF7A 2QUUA 2DU2A 5I3JA 2VXNA 3FIGA 1FWSA 3G8EA 1TPFA 4GXMA 2O7QA 5F2GA 1LRQA 2UV8G 3YPIA 1NF0A 3UYCA 3W7DA 2Z6JA 5I3GA 1JRCA 3G3MA 4W9TA 4EOUA 1VQTA 2J27A 4R33A 2ZRXA 1C29A 3F03K 3O15A 4IMFA 5CPMA 5LZLA 2C14A 1WX0A 5E93A 4MLRA 4ORIA 4Q4KA 1OFEA 1RQEA 3NNTA 2W6RA 4WXZA 4O53A 2GUUA 5EMUA 1XXXA 1XDMA 5ABTA 5G5IA 4FX7A 3BO9A 1N7KA 2GOUA 3NGJA 1TPDA 2QEZA 2A1YA 1JUBA 4K8EA 3M7WA 1GEQA 5E0KA 3NA8A 3G1HA 2F84A 1W3NA 1TQXA 4MZYA 2V5BA 3NZRA 3P81A 3FYOA 1SW0A 3P61A 5FF4A 4O14A 4UTWC 1Q6QA 3DI0A 2A6NA 1VJIA 1XKYA 1LBFA 4DXVA 3LV6A 2B7PA 3GDMA 4O52A 1ZNNA 4MJZA 1A5BA 4NJJA 4PH6A 5DBTA 5LNSA 1GTHA 4NJIA 4UNKA 3VE9A 3TSBA 4LVFA 1IIHA 2C15A 3DKLA 5DBUA 3PUDA 4GWEA 3ZWTA 1EB3A 4RV8A 3RK8A 4UTHA 1W37A 1RQBA 2BXVA 4RXGA 3IIZA 4OHQA 3W7MA 3UWWA 3S1VA 3ZFHA 2C1HA 1VHCA 4M6QA 1F76A 4IJBA 1IXPA 3DFOA 4OV4A 4XBKA 4ZQRA 3G0UA 3F4NA 3R12A 5F4XA 3IRDA 3RU6A 2EHHA 1DVJA 4LW7A 4C1KA 1SO4A 4MIMA 2XN2A 2ZA2A 4DQWA 1KA9F 5FEXA 1RD5A 5HULA 4UFHA 2ZYFA 3TFCA 3P7YA 3USBA 2QF7A 3IGSA 1TRIA 5LSMA 3ATYA 1I45A 1WV2A 1ZJIA 4NT0A 2QCCA 4Q32A 3WK3A 1L6WA 2ALDA 1NEYA 3TAOA 3PY2A 1PHQA 5D33A 1KTNA 1EA0A 1THFD 3TNOA 2Y61A 3MBDA 2E6AA 5EPDA 4CQ9A 4O4VA 2DORA 2FPTA 2ZZ4A 3QMSA 3KVKA 2QDGA 1VYRA 2WSRA 1VC4A 2QCLA 5HMSA 4OGZA 5AYXA 3INPA 3ABRA 1JR1A 3GDKA 3W7OA 4Z1DA 1LDCA 3MI3A 1OFDA 4K7YA 1YDVA 4FNTA 1GYNA 5D2TA 3LDVA 4Y9AA 3QF0A 2CZ5A 5D2YA 3P8IA 4OV9A 1LORA 1ZY9A 5CPLA 1SUXA 2Z2UA 2RFGA 3EEGA 4J9JA 4ADUA 3LI0A 4LWWA 4DEFA 1GWJA 3I7RA 3T40A 2TSYA 4JTEA 1GVOA 3HPSA 3QH2A 1LCOA 1N55A 3Q58A 4MZ1A 2AAMA 3HOJA 4NXKA 1TTQA 3GXNA 2BTMA 3VFLA 3QMRA 3H53A 1EWDA 4PCFA 1UB3A 1F2JA 2E5DA 3F4WA 5FF7A 4YCPA 1OFOA 4ZQPA 4A2SA 2R8WA 3M43A 2PRLA 4TX9A 3NL5A 1L9WA 2C13A 2P10A 3GKFA 3TKFA 4FO4A 2JK2A 3BK0A 4QITA 1DOSA 2DZSA 3ZS4A 1QPRA 1JCMP 3KHJA 1Q6RA 4WY0F 4O4WA 5AHEA 2A7PA 3E12A 2NLIA 3ZR4A 1U83A 3QZEA 5HWNA 2FJKA 1X1ZA 3R89A 1T0OA 3LBMA 1F7BA 2VEPA 4MUZA 3TU9A 1VZWA 4K8HA 1F05A 1QR7A 4A21A 4LS0A 5HWMA 4A3UA 4EF8A 5AB3A 5KZEA 1KM3A 2QCFA 3PBVA 3DENA 2DZWA 3S5ZA 1OABA 4M6VA 3UWUA 2IQTA 3KVJA 2ZZ7A 1I2QA 3P67A 3W1RA 3P60A 1AG1O 4DPQA 2H8XA 1R30A 2X1UA 2H3DA 3C61A 3HPXA 1NFBA 1HUVA 1KFKA 3W1AA 4A22A 4IXXA 3GX9A 3A24A 4Y90A 4JTFA 1AW2A 3MI2A 3C2EA 3B03A 3M5YA 1C9DA 3L0KA 1WBHA 3W1MA 3MHUA 4NZJA 2HMCA 4WOQA 2Q8ZA 3EX3A 3MUXA 3GVGA 1FX6A 4UTTA 4UTLA 4UFMA 1YYAA 4S1FA 1ZHAA 4RXFA 4NJKA 3G1AA 1H7XA 3DU0A 2NXGA 2W79A 3BG5A 3IVUA 4UTKA 4NX0A 3C8FA 1W56A 4Y6GA 5CZ0A 3N34A 3NL2A 2X1SA 1F5ZA 3K30A 1KBIA 3EWXA 1SPQA 4UR7A 1H50A 4LV9A 2EKCA 1B4EA 4X3ZA 2EAWA 3GKAA 4NZFA 5TBOA 3C2RA 4PTNA 3I68A 3DFSA 4JDYA 1Z44A 3E96A 1FDZA 3B04A 2P1FA 1TIMA 3EXSA 2Y85A 1M5WA 3JS3A 3NG3A 5F4SA 1DBTA 4OBTA 4PL2A 3AJXA 4IGHA 4CNPA 4FNPA 3N3MA 1W3IA 2TPSA 4GUIA 3QRHA 3W7RA 3O63A 2R91A 4TR9A 3LXBA 1TQJA 3LXAA 1K8YA 3CQ0A 4I7WA 2CLEA 4HPXA 4FX6M 4O8RA 5G4WA 1SR9A 4PA8A 4I9AA 5DELA 3PSVA 3PM6A 1PL9A 4EIVA 1FBAA 4LU0A 2V30A 4OE7A 4HNTA 5KMYA 1KM4A 2JGQA 2TRSA 5FEZA 1ALDA 3CIXA 3TR2A 2YYUA 3N19B 3JR2A 1VRDA 1VCGA 4GUJA 3UD6A 3S1UA 5HR6A 3RLVA 4YWIA 3SIZA 4S2CA 4IMGA 4WZHA 3C0JA 2Y7GA 4NNCA 3GDRA 1LROA 1QDSA 2ISVA 2OJPA 4WX2A 3LCWA 4AHQA 2ZZ3A 1OF8A 3KXQA 4ZVJA 3O07A 4MY1A 3BG9A 2FIQA 2FB2A 2RDWA 5LNWA 4MOZA 4PEKA 3IIXA 3BLIA 5IBXC 3EWBX 3NL3A 4N9DA 5G1YA 3O6CA 3S5YA 3NR0A 2ZRUA 5D2WA 1Q6LA 3LOTA 1JCJA 1K7EA 2E6FA 4FNRA 4IMEA 5A8GA 3SZ8A 5EA9A 1FWWA 3HPZA 2DZVA 3S1WA 3BLEA 3SGUA 1FXPA 4LY8A 5AHMA 1Q3NA 1OX6A 3NQCA 2B7NA 2YDAA 4LVAA 5D2VA 2FLIA 1SO6A 1W0MA 3MWAA 3R13A 1RR2A 1R46A 3TCEA 4O28A 2E6DA 1VR6A 4BWLC 2QAFA 5J5RA 2E5CA 1GG1A 4IPJA 3S8HA 4OQVA 3I6RA 3LCIA 3LHZA 4ICNA 1BEUA 6ALDA 2Y70A 4IWWA 4UTIA 2BX7A 3HG2A 2EGZA 1PV8A 2QUVA 3W73A 3SI9A 1OFQA 1OK6A 2CZDA 3LHUA 2CWNA 1W5MA 5D32A 1W5QA 3IIVA 1BWLA 4P61A 5H2ZA 3L67A 3PAJA 1G6CA 2A7NA 1S5WA 2I9EA 1YPFA 5SWUA 1DQWA 5CGQA 2VELA 5FI8A 4WOZA 4DO4A 1KM0A 1GQNA 3NAVA 4L4LA 3SGZA 3E02A 2DZPA 3V75A 3N2XA 1G4SA 4O11A 4DF1A 1VCVA 3O1NA 3G24A 4LUJA 2Y6ZA 2E1DA 3DH7A 1QPNA 4CNNA 3IGUA 2ISSA 1H7WA 2NX3A 4TO8A 3QFEA 3B05A 5CZSA 5HWJA 3VKJA 1EP3A 1LLZA 1WA3A 3DFQA 2OT0A 3MYOA 2B4GA 2TMDA 6TIMA 3NQ8A 4M7TA 3TDFA 4WY0A 5FF2A 1A5AA 3NQ6A 1VHNA 1I2RA 3W72A 4HIBA 4O1CA 3Q94A 4QISA 3NQMA 1SW7A 1JUKA 3HG3A 4O1BA 1JULA 1W1ZA 3L5AA 3BPWA 3LTPA 3MJYA 3O8AA 2LLEA 4GNJA 3MBFA 1W3TA 2NXHA 4RK8A 2W0UA 4UMCA 5CZJA 2ABAA 4KKXA 4G1KA 1XBYA 1JCXA 1YTKA 2WNZA 1G69A 1EPXA 3M1ZA 4UTJA 4MJMA 3L68A 1RV8A 3LM7A 3UWYA 2PURA 1VYSX 3FYPA 4LC8A 3TMLA 4FX8A 3WJYA 5KSWA 4AF0A 1TREA 5J5DA 1W8SA 3W6YA 2CLFA 2YX0A 4M19A 2V82A 5G1TA 3G0SA 3FFSA 5KZDA 3PBUA 2WSQA 1GOXA 3NXFA 3EKZA 3GLCA 1ZAJA 2DZTA 4JYFA 1A5CA 4Z0SA 4IPIA 3NM3A 3MP3A 3NPXA 2RHGA 3HJZA 3TSMA 1GYLA 4XKYB 3NPWA 2A2IA 2A7RA 2V2CA 1H5YA 5HINA 2VEIA 4NNBA 4LS1A 1RPXA 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1CX9A 2V0TA 1T99A 1XM3A 2RDTA 3TQ0A 1VS1A 1PE1A 5D02A 2ZTJA 3EX2A 3DGRA 2R94A 3UZJA 1SZNA 4A2RA 5GVJA 5FESA 5LGXA 1X8FA 3UY7A 4EWND 1D3GA 2VC6A 3EWYA 3WK0A 4IUOA 1SZGA 1ZFJA 3L5LA 1TTJA 3THAA 1KV8A 1G4PA 2DZUA 1TPH1 3OVRA 3HGSA 5EKYA 4EVZA 3GIYA 3PC0A 2E09A 4N4QA 2YGYA 5HNRA 3UQNA 2WV8A 1AW1A 2HS8A 2NV1A 3ABSA 3QW3A 1F6PA 3C52A 1WOBA 3DKJA 3QM3A 4WUIA 5I3FA 3OIXA 4OU1A 4LOCA 3M41A 3BARA 4NX5A 4UTTC 2FFCA 3A22A 1SFLA 3T4CA 1I4NA 4ZQOA 3CIWA 4ADTA 1QWGA 3W1XA 1YPIA 3OG3A 3HG5A 3NQAA 1ICSA 3DHFA 4X2RA 3T55A 4BI5A 3P8JA 3L5MA 2F7FA 3LCLA 3DAQA 4MLJA 4Y96A 1Y0EA 5LNRA 3W74A 4UFKA 1WOAA 4K7VA 2C6QA 2ZCGA 4JTJA 3TROA 3M47A 1OFAA 1EUNA 2CZEA 4O16A 2QCHA 3O05A 1R47A 5AN7A 3ATZA 3LERA 1YTEA 3S5NA 3H55A 1IXNA 1Q6OA 4N9BA 3MP5A 3HQ1A 3SW6A 4H4IA 3W1PA 4C1LA 2WQPA 1B57A 3W7CA 4UFJA 5LKYA 2CU0A 3NL6A 4O10A 3M16A 4GUHA 4K38A 3FJLA 2H3BA 1W5OA 2NX9A 3GAYA 2ISWA 1LRNA 3MI6A 2B7OA 4ADSA 4NUWA 3DFTA 4I7UA 4JIQA 4FB7A 4RZ4A 3C2FA 3VCRA 1G4EA 1V5XA 3PSWA 3W2UA 5EYWA 1JCNA 4M5PA 4YL2A 1YDOA 1P4CA 3W2KA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3EXRA

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Chord Diagram

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