3EXSA

Crystal structure of kgpdc from streptococcus mutans in complex with d-r5p
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
217
structure length
208
Chain Sequence
LPNLQVALDHSNLKGAITAAVSVGNEVDVIEAGTVCLLQVGSELVEVLRSLFPDKIIVADTKCADAGGTVAKNNAVRGADWMTCICSATIPTMKAARKAIEDINPDKGEIQVELYGDWTYDQAQQWLDAGISQAIYHQSRGEKDLNKVKKLIEMGFRVSVTGGLSVDTLKLFEGVDVFTFIAGRGITEAKNPAGAARAFKDEIKRIWG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Open-closed conformational change revealed by the crystal structures of 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase from Streptococcus mutans
pubmed doi rcsb
molecule keywords RmpD (Hexulose-6-phosphate synthase)
molecule tags Lyase
source organism Streptococcus mutans
total genus 77
structure length 208
sequence length 217
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.1.85: 3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2008-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3exsA00
5DXYA 2QUTA 2VEKA 3C2RA 4MY8A 4FF7A 1Q6RA 2H6RA 5EL1A 5FF7A 3S1XA 2A7RA 3W70A 2Y7DA 4LU0A 2PCQA 4UTUA 1TPEA 3E49A 4Q33A 3HO8A 1K8ZA 3I7QA 3M5YA 3U6WA 4E2DA 3GZ3A 2QDGA 2C15A 1JCLA 4K39A 4JTGA 2WV8A 2ABAA 5DY2A 1TPDA 2VFFA 4O28A 3IGXA 3SGUA 2NXGA 4MIMA 2CLOA 1KTNA 2WNZA 2F7FA 3P8JA 1EWDA 3W1NA 4N9DA 3EX1A 3C61A 5L6UA 4TO8A 3STEA 3E02A 3B06A 2VOMA 1W54A 1TIMA 3NM1A 4MLJA 4O57A 5F4WA 4ZQCA 1H60A 3LCXA 2QCNA 5EA9A 4LRTA 5F1UA 5AHFA 4WY0F 4K36A 1L2UA 2E68A 3W2MA 1JCYA 4G1KA 3W1LA 2PURA 2V2DA 1G4SA 1OVDA 5DN1A 1DKWA 4AMAA 3ANYA 3C6CA 1MSSA 1I2OA 3CTLA 1A5SA 4NXSA 5C55A 1F6PA 1SSGA 3KVLA 4E38A 3LI1A 4UTTC 3W7LA 3IIPA 4UMCA 4GRSA 2CW6A 2VENA 4O16A 2I9EA 1A53A 3W2UA 2VFDA 3RF9A 3L0NA 2QCMA 2ATSA 3NVTA 3LERA 4O1AA 2Q8ZA 4LS1A 2FLIA 4ZQPA 2BWGA 4HPJA 3T4CA 4HSNA 4NX0A 3EXRA 3TKFA 2VEMA 4GC4A 3L5MA 4NNAA 1LRNA 3SY5A 3TQKA 2GQ9A 3G0UA 1C8VA 1P0NA 3LCWA 4YCOA 1XUZA 3IVTA 1ZNNA 1SW3A 4EF8A 1A5AA 2J88A 3VKJA 2YW3A 5DELA 4UNKA 1OYBA 4ADSA 2YDAA 3RK8A 4AEOA 1P5BA 1EP1A 3TCEA 3OA3A 5HJLA 2QCGA 5AN7A 1FCBA 3S6DA 2ISSA 3GVGA 4AHOA 1Y0EA 5AC6A 4DPPA 3OIXA 4ZQMA 5BMXA 2WSQA 4UTWA 3PSWA 3KOFA 3W9ZA 3KRSA 4PODA 2FJKA 3CT7A 3I65A 4LWWA 3QF0A 2X1UA 3TMLA 4YMZA 1C9DA 1YDOA 1TO3A 2BZNA 2CZEA 1TSIA 4O17A 3WK3A 2YGYA 3AO0A 3Q94A 4YXGA 4GUIA 3BG3A 3W74A 1I2RA 3O05A 1D3GA 3TK7A 3TJXA 1K8YA 2HMCA 1TPWA 3OVPA 3OVQA 2GVJA 2D73A 3DGRA 3QRHA 1W8SA 1F05A 3GDMA 1VCFA 2ISWA 4Z0SA 1OFDA 1D3HA 5G1YA 1KLYA 2V2HA 1H51A 3SI9A 2FPVA 3TAKA 1S5VA 3KXQA 1SR9A 5CPLA 3VE9A 4O19A 4WXYA 3LRKA 1PIIA 3NQVA 3IIZA 3DFOA 5AYZA 5KSWA 3MBDA 4OGZA 1H7PA 3NL5A 1RV8A 1AMKA 4JS3A 1GVQA 2Y88A 2EPHA 3GXTA 1KBIA 5I3FA 2ZRXA 2O7SA 4NVTA 1SUXA 4NJKA 3HGJA 1DORA 1H61A 3LX9A 3NXFA 1LP6A 4C1LA 3LLFA 1VZWA 4ZVJA 4Y6GA 3S5YA 3GDKA 4LRSA 4KKXA 3S42A 4AAJA 3FJ6A 1XBZA 4P61A 3WJYA 3FYOA 4IGHA 4NJHA 1AW2A 1QDSA 3DU0A 1YYAA 2H8XA 2F84A 3PWAA 2QAFA 3TC7A 3SW6A 3PBWA 1B9BA 4CCDA 3SIZA 1WV2A 2Y7FA 3BG5A 3W7PA 3P62A 3NL6A 3NQAA 1GVFA 3G1XA 2HS8A 4CNOA 1LROA 2DJXA 2DJLA 4Y90A 3TAOA 2QF7A 2NX1A 3W87A 2BSLA 3M16A 1I2NA 5ABTA 4MYAA 2RKXA 2FPYA 3CEPA 2ZZ7A 3W1UA 3FYPA 1LLWA 5K2ZA 3C4UA 3O07A 1BKSA 3S1VA 4K7YA 3YPIA 1TJRA 3LLDA 1LCOA 3NPUA 5AFDA 4RLIA 3LB0A 1Z44A 1LM1A 4NJJA 4OE7A 1OF6A 1VQTA 2ZYFA 1SFLA 4WUIA 4U28A 4IQLA 4YLWA 3KVJA 4OV9A 5FESA 2WNQA 4RKAA 1IF2A 1G67A 2LLEA 3P82A 4AB4A 5K4XA 2CLHA 2CU0A 2QJGA 4YL2A 4JY8A 2NXHA 3B03A 3OG3A 4BI5A 1DL3A 3UWZA 4BK9A 5CSSA 3NQEA 1FCQA 2WKJA 4DO5A 1SO3A 5A8GA 3W86A 1J2WA 1U83A 1F76A 3NNTA 3P84A 2Q3OA 1VJIA 1WDWA 1ALDA 3F4NA 1DJQA 4JGDA 2J27A 4GUHA 3ABQA 3PUEA 4OQVA 2FDSA 1UASA 4WJEA 3ZS4A 3LHUA 2R14A 4HNUA 1PCWA 3DAQA 4LS2A 5F2LA 5CPOA 2Z6IA 5LNVA 3O8AA 1CI1A 3UXDA 5LZLA 3DFTA 4DEFA 3KHJA 1WOAA 3HGOA 1EA0A 2R8WA 1VYSX 4IMCA 5CSRA 3NQ7A 5BMWA 3WFAA 5AYYA 5BRBA 3R5EA 1L9WA 3G1DA 1OYAA 4H3DA 3UD6A 5TQLA 3W2LA 3M5ZA 2A1YA 1XC4A 2G95A 3W1AA 4UTWC 3MO7A 3JS3A 2OZ0A 3W7JA 4PC8A 3HBLA 4LVGA 1H7RA 1PS9A 1QPQA 1GEQA 1LBLA 5D33A 3W22A 1NSJA 3W7QA 1DJNA 3I7RA 1XUUA 3P67A 1GYLA 3UPWA 3M9YA 4YCPA 4O4VA 5HWJA 4MZ1A 3QH2A 2EAWA 1K7EA 2V5LA 4NU7A 3PVFA 2VELA 1R2RA 1LOSA 2V2CA 1BTMA 5DXXA 3UWUA 1SW0A 1KFCA 1TV5A 3NQFA 3NQ8A 3BVJA 5F2GA 4XWUA 1A5BA 4UFJA 2EKCA 4O54A 3W3OA 4NQ1A 5D32A 3UWQA 2E6DA 3VCRA 2GOUA 2E6AA 1FWTA 2V82A 4EVZA 3VFLA 3MW7A 3HG3A 3GLCA 3L68A 5LGXA 1G7VA 2XN2A 4K6AA 1I2PA 1ML1A 3CQ0A 4JNMA 3NPVA 1O94A 5HR6A 2RDWA 1R30A 1SZGA 2YXGA 4ZQOA 4M19A 3PF3A 5HWNA 4FNUA 1QMLA 2B7PA 3G18A 3MP5A 1RQHA 1W3NA 3W1QA 1XBYA 4AVFA 1G4EA 1EWEA 4Z1BA 4XTDA 5FF4A 5LHEA 1D9EA 4UNLA 1FUYA 4UTMA 1LOLA 5G2HA 3BPWA 1Q6OA 4FX8A 4MY1A 3GAKA 3LXBA 2C6QA 3THQA 4AWTA 3NL2A 1RD5A 4QM1A 5D2TA 4A29A 1HL2A 4NNBA 1NEYA 3W83A 3N9SA 4WXZA 1AK5A 4QIUA 2WOQA 4IJBA 3A5VA 4LT9A 3R2GA 3IIXA 3QPYA 3OEXA 4NJIA 1RZMA 3KRZA 4LVDA 5H91A 3LV6A 2ZRZA 3QC3A 2OMAA 3C3NA 1ONRA 3DFSA 3O6YX 3BLFA 4DBDA 3LXCA 4WX2A 4HIBA 2Q8LA 4L4LA 1Z42A 3MI6A 5K4ZA 1YTEA 3W73A 2B7QA 3G1SA 1NFBA 3CWNA 4N9BA 4PL2A 2QCDA 3ATZA 2B4GA 4IX0A 4A2RA 1GYNA 1QNVA 4MUZA 4Z1DA 3T7VA 4O1DA 1PV8A 1G69A 1S5TA 1GTEA 4FX7A 4A21A 1QO5A 4W9TA 1XI3A 3L67A 2G5WA 3B4UA 1SPQA 5K9XA 4TX9A 3LCHA 2CLIA 2P0OA 5FF2A 4UFMA 4Y8FA 1YLVA 4EIVA 2E5DA 1NAL1 1KV5A 1WYIA 4LW7A 2FFCA 3L2IA 2YW4A 4DXVA 1IXNA 2AAMA 1H7NA 2X1SA 1DVJA 2W6RA 4BI6A 3S9YA 5BNKA 3L5LA 1T99A 3EX3A 2YCEA 1VHNA 2C16A 4O18A 2A7PA 4FX6M 3HB9A 4ONVA 4IUOA 3ZFHA 2FQIA 3E12A 2Y62A 1ZHAA 4ML9A 4LUJA 1GG0A 3QMSA 3CWOX 3EB2A 1SW7A 1R46A 1HG3A 3CIXA 3DFNA 1P4CA 1W56A 3NYZA 4O1BA 1ADOA 3G1HA 4MPQA 4QNWA 3M6YA 4JR5A 1UBSA 3BV4A 3ABOA 4JYFA 4UFIA 2NV2A 3M0ZA 2QUUA 1TPFA 4POCA 5E93A 3IIVA 4RXFA 1ME7A 3HGSA 4MKNA 5F4SA 1GWJA 3QYQA 3W2JA 3PULA 1AW1A 1LZOA 3M47A 3G3DA 3PG9A 1FDJA 3G0SA 1BWKA 5HR7A 4UFLA 3MHFA 3T55A 2OT0A 4R53A 1W31A 1UCWA 1ZFJA 3G3MA 1ZAHA 3WK1A 1JRCA 3RU6A 4Z0JA 3OHIA 5CPNA 1TPB1 4DF2A 2QCDB 4GNJA 4JX6A 3NL3A 1OFPA 2CLKA 1XFBA 1I8JA 3MP3A 2PE4A 3ZR4A 3B0UX 1H63A 3C2FA 2QR6A 2NZLA 1DQXA 3MP4A 1Z41A 1CW2A 3D0CA 2ZZ3A 4LC8A 4ORMA 4HHPA 4GXMA 4I7WA 2ZTKA 3HMJG 3QQ0A 1JQVA 4NJGA 1FCVA 3FFSA 1KM1A 3MI2A 4IMFA 1O4UA 3W7GA 3TU9A 2GVLA 1EIXA 2IQTA 1OFOA 4UUIA 2TRSA 2Y63A 2JKEA 1M6JA 2V0TA 4S1FA 3HOJA 3LM7A 3NQMA 4AHQA 4JX5A 4CNPA 3L66A 3O16A 1YDNA 1QAPA 4O15A 4M7TA 4HNNA 5D30A 3ELFA 3PY2A 4FNPA 3QPZA 5D04C 5HNRA 3BW4A 4ZMGA 2CZFA 4MJZA 2ALDA 2QAPA 1KFLA 4S2BA 4NX5A 1QWGA 3TDFA 3GX9A 3DFPA 3T40A 3GXNA 3IV3A 4H6KA 1TPVA 4WZHA 1SZEA 1EEPA 4RJEA 5AC7A 1QOQA 1K7XA 3LHTA 2H3BA 1T8XA 1KM0A 1ZAIA 3EX2A 4QITA 2J24A 4IXHA 4XKYA 2Y7EA 1RQBA 3HPSA 5AHIA 3PBYA 4H4IA 5FI8A 2ZBTA 1JJKA 4O12A 3O6CA 1IXOA 1R2SA 3PUDA 4NZJA 3B0PA 3DHDA 3HG2A 5U7SA 3CEUA 4AF0A 2BLEA 1W5PA 4ZZ9A 4RX0A 3W7OA 4ORIA 3W1TA 1LRQA 2GQAA 1XBXA 1IXPA 3LTPA 5CKSA 2O7QA 2QDHA 4PA8A 3USBA 1H5YA 4GUFA 1ME9A 1QPRA 3NQ2A 5L9FA 2QCLA 1VS1A 2NV1A 4ADTA 3OVRA 2P1FA 1X8FA 1R47A 3T44A 4J9JA 1GPWA 4FIQA 2ATMA 1JCJA 1Z48A 3S5ZA 3CPRA 4ADUA 3W85A 1O5KA 1R2TA 3BW2A 4GUJA 3H53A 1QO2A 4TMCA 1YXDA 1HUVA 4X3ZA 1IIHA 1QPOA 4XZ9A 3EWYA 3MYPA 4K37A 4FXSA 4WD0A 2PC4A 2ZZ2A 3ZWTA 2ABBA 3TSBA 4M6PA 3DZ1A 4UFHA 4BFAA 2OX1A 3BLIA 1XM3A 3TR2A 3FOKA 1LLZA 1TRIA 1TTQA 3SJ3A 3Q2DA 1W37A 3C2EA 4JIQA 1MXSA 1VH7A 3W7MA 3NQ6A 5LHFA 3F1QA 4CCCA 4UIOA 4KWWA 1DQWA 1KW1A 1YDVA 3VE7A 3AJXA 4MJMA 1GOXA 4JTHA 4LVBA 4CQ9A 4K8HA 2X2GA 3DBPA 3HG5A 4JYEA 1LORA 4I7UA 4JTLA 5AC8A 3UY7A 4XKYB 5FEXA 3LHYA 1KV8A 4WOZA 3N3MA 1KFBA 3UXAA 2A4AA 4RCXA 1JRBA 4X9SA 2PRMA 1GQNA 3W7DA 4IMDA 2DZWA 3B0VC 3LHZA 3TA6A 4DELA 3QW3A 2ZFAA 3LRLA 3S5OA 4IPIA 2CLLA 3W71A 3FS2A 3TSMA 3GYEA 4OV4A 3W1PA 1P0KA 2E77A 5G5IA 5A5WA 2TMDA 7TIMA 1JUEA 1S5WA 2FIQA 4QSHA 3FKKA 1VYRA 1SSDA 4FIRA 3TX9A 2CZ5A 4CLMA 2FTPA 1B4EA 3C2VA 1KTCA 1F7BA 3NQDA 4HN4A 3CU2A 3INPA 4IMEA 2GPTA 1OFRA 2QJIA 1RPXA 2ZRVA 2NWSA 1WA3A 3DI1A 4A22A 1UUMA 2JKPA 3NAVA 1Q6QA 1VRDA 4LV4A 4O0ZA 4QJ1A 1E51A 3PB2A 3S8HA 1F5ZA 3G1YA 1W3IA 3NM3A 4X22A 4LVAA 1VYPX 3G1AA 3I68A 4JDYA 2VFEA 5D02A 1NF0A 2A0NA 5E0KA 1XBVA 2B7NA 3DKJA 1H1YA 3TJLA 3TH6A 1FXQA 1CX9A 4O53A 1JR1A 2CFFA 3HQ1A 4X2RA 2C1HA 2A6NA 1KFJA 3TXVA 4EWND 1N7KA 2BXVA 1ZJIA 2J9ZA 2WQPA 3SGZA 3IVSA 1ICPA 5I3JA 5GVJA 4RV8A 4JICA 2E1DA 3QEZA 1VLIA 3SECA 2WPBA 3CHVA 5D2XA 3SR7A 1PHWA 5G4EA 2BX7A 5KMYA 1VPXA 4JY9A 3A9IA 3GR8A 6TIMA 2V81A 4HSOA 4B5NA 1ZALA 3TSDA 4K8EA 2Y61A 5FF0A 3L65A 3FKRA 3KAOA 3W72A 3W7EA 3EWUA 5DY3A 2C13A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1R38 A;  5DXY A;  2VD8 A;  4FLS A;  2CBJ A;  2V5K A;  4Z2I A;  3QXB A;  5FF7 A;  3S1X A;  1CLX A;  2Y7D A;  4KT2 A;  4WIW A;  1TPE A;  4PBG A;  3E49 A;  4HOZ A;  2ASH A;  1K8Z A;  3M5Y A;  3B9E A;  2C15 A;  5BXR A;  3R0D A;  4MGG A;  2WV8 A;  7REQ A;  1B9Z A;  2POD A;  4XSM A;  2I56 A;  4ZFM A;  2PWD A;  3WCZ A;  2CLO A;  1WUE A;  3W1N A;  3B06 A;  2DUA A;  1W1Y A;  2VOM A;  3WDP P;  3NM1 A;  4MLJ A;  1IYX A;  4L4P A;  4O57 A;  4ZQC A;  3LCX A;  1OBA A;  4TVU A;  2O9T A;  2BP1 A;  1L2U A;  1DJG A;  2ADA A;  4MB3 A;  4G1K A;  2PUR A;  2V2D A;  5BOE A;  1W6T A;  1A5L C;  3ANY A;  3NSM A;  3CTL A;  3LPP A;  4NXS A;  1A5S A;  1SSG A;  4E38 A;  2DSV A;  3PJW A;  3LI1 A;  1O5R A;  3W7L A;  4BCE A;  3PP7 A;  3CQH A;  4GRS A;  2VEN A;  4MWA D;  4O16 A;  3RDK A;  2I9E A;  3RPT A;  1IWP A;  4PFH A;  3L0N A;  2QCM A;  4MWA B;  3NVT A;  4O1A A;  2Q8Z A;  3E1F 1;  4GNV A;  4ZQP A;  4HCD A;  1XD0 A;  4HPJ A;  4CEU C;  1QHP A;  4NX0 A;  3EXR A;  2QZR A;  1LRN A;  3TQK A;  3G0U A;  1P0N A;  1VBG A;  4YCO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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