3EXSA

Crystal structure of kgpdc from streptococcus mutans in complex with d-r5p
Total Genus 77

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
217
structure length
208
Chain Sequence
LPNLQVALDHSNLKGAITAAVSVGNEVDVIEAGTVCLLQVGSELVEVLRSLFPDKIIVADTKCADAGGTVAKNNAVRGADWMTCICSATIPTMKAARKAIEDINPDKGEIQVELYGDWTYDQAQQWLDAGISQAIYHQSRGEKDLNKVKKLIEMGFRVSVTGGLSVDTLKLFEGVDVFTFIAGRGITEAKNPAGAARAFKDEIKRIWG

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (7-12)TI1 (28-31)AH2 (38-44)AH1 (17-28)AH8 (196-201)EMPTYS2 (33-36)AH4 (71-80)AH3 (46-55)TI2 (56-59)S3 (60-67)S4 (85-89)TIV1 (108-111)TI3 (89-92)AH5 (94-107)AH6 (124-133)AH7 (155-167)TI4 (109-112)S5 (113-117)S6 (137-141)S7 (170-174)TIV2 (174-177)AH9 (205-219)S8 (192-195)3H1 (179-181)3H2 (183-185)TII1 (185-188)TVIII1 (202-205)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Lyase
source organism Streptococcus mutans
publication title Open-closed conformational change revealed by the crystal structures of 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase from Streptococcus mutans
pubmed doi rcsb
molecule keywords RmpD (Hexulose-6-phosphate synthase)
total genus 77
structure length 208
sequence length 217
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.1.85: 3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2008-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3exsA00
5AB3A 2VFHA 1QPRA 5LNWA 4O57A 4OU1A 2EPHA 3TDFA 4X2RA 1XUZA 1Z42A 5HMSA 1JJKA 3CWOX 3W2NA 3LTYA 1F05A 2RDWA 3M5ZA 3HG3A 4Y6GA 3LCWA 4XWUA 3DFSA 3GXPA 1OF6A 5K9XA 2ZZ5A 1H7WA 2Q8ZA 4ZQPA 3UPWA 3PSWA 3P80A 3HPZA 2ISVA 2B7PA 4UR8A 1XFBA 2VFFA 5EKYA 1YDVA 3MHGA 3PAJA 4PH6A 5AOUA 4E38A 5TIMA 4E2DA 1S5VA 5FEXA 1WQ5A 4Q4KA 3DFOA 1VHNA 3W2MA 1SFLA 2J9XA 3LXCA 2WO5A 2D73A 3FEMA 3GYEA 2J6XA 4GUGA 2I1OA 1O95A 2OCZA 2VFEA 4N9BA 2A0NA 2QUUA 3W23A 5K9CA 2ZZ7A 1LM1A 5DBUA 3W1TA 3P74A 5CPOA 4AWUA 4DEFA 1K7EA 4UMBA 3L0KA 1LZOA 4FHAA 4KFPA 2WSYA 3W7PA 1KFBA 3Q2DA 2H3DA 1GVFA 6ALDA 3W72A 1L6YA 2R91A 1EB3A 1GG0A 4A21A 3LI0A 1DJNA 2GVGA 2QDHA 1E51A 4BK9A 3S9YA 5ABTA 1Q45A 5KMYA 4IXHA 4PFMA 1OF8A 1YLVA 3G1HA 3GXTA 1L9WA 1X7FA 7TIMA 1RZMA 3GZ3A 5FF2A 5F2GA 1XDMA 2CWNA 4O16A 3MMTA 3QPYA 3N34A 1SZEA 1WOBA 1OFOA 3ZS4A 1XXXA 3S0CA 5D30A 1TV5A 3M0ZA 1FWWA 3W1RA 4NJKA 3TMQA 5I3IA 4MLRA 1ZY9A 4O28A 2HS8A 1HO1A 4QIUA 1LLWA 1LYXA 1VYRA 1KM5A 2PRHA 3BW4A 4UNKA 1XDLA 1L2UA 1YXCA 4JD4A 3CM4A 1ICSA 3CQ0A 4FX8A 1AW1A 4O10A 3L5LA 3T78A 3B0UX 3LV5A 3LCLA 3HOJA 2NLIA 3W7NA 3SSJA 3FFSA 1GG1A 3DGRA 3LBMA 3FA5A 1JCLA 4LUJA 5LKYA 2C18A 1NVMA 3IIPA 2V2DA 4FIRA 1BTMA 4M7TA 3SGZA 3O16A 2Q8LA 3BLEA 3NQ6A 1W8SA 2Y85A 3RU6A 1KV5A 3AO0A 1ZJIA 1G7UA 2C1HA 3BW2A 1I2PA 3SIZA 2JGQA 1K7XA 3PULA 4GUIA 2V0TA 3L5AA 1KBJA 4LS2A 1ONRA 3BGGA 1LRNA 3E9AA 4DF0A 3QFEA 4HNNA 1QWGA 3BVJA 2WPBA 1L6WA 3P60A 3S5NA 3SFKA 3WK0A 3W7DA 3PS7A 2GUUA 4IPIA 2G5WA 1KFKA 4BFAA 3IIXA 3HBLA 2ATSA 1G6CA 4WY0A 1FWTA 3GVGA 3S1WA 5IM51 3NVTA 4UFLA 2Y63A 2OT1A 3VFLA 4HSNA 1G7VA 1DKWA 1SPQA 2ZRUA 3F1QA 1F6KA 3HG4A 4UTIA 3BG9A 5D03A 1O94A 2OT0A 2QJIA 1K7FA 2FIQA 4JS3A 3TNOA 2O7SA 1TPB1 3LHYA 4HNUA 2Y7GA 4IJBA 3QQ0A 4WOQA 4ALDA 3UYCA 4M19A 4AXKA 5K9DA 3MI3A 1HO4A 1T0OA 3N2XA 4GUJA 1XBXA 3A23A 2VEIA 3LCXA 2YDAA 3L5MA 3W7RA 2EGZA 1QNVA 3IIVA 5G2HA 3EWBX 3U6WA 2P10A 2H90A 3W7HA 1KV8A 4WXYA 1OJXA 3R8RA 4CCEA 3KOFA 4FNSA 1MSSA 2JKAA 4NNAA 3TXZA 1JCMP 5D38A 4TX9A 3ABSA 4LRTA 5LHEA 1FWNA 1WXJA 2W6RA 3B0PA 1D9EA 3IIOA 4MLJA 3F4WA 1GTHA 3ZWSA 1FWSA 2YPIA 3UD6A 2J88A 4OGZA 3W1UA 4NT0A 1OYAA 1VYSX 3CLMA 4W9TA 2VKZG 1SQ7A 2VELA 3NPWA 2Z6JA 1THFD 1TTIA 2E6YA 3S42A 2WNNA 2BX7A 1DJQA 2FB3A 1EPXA 4ADTA 5D05A 5EYWA 1GQNA 4WXZA 5E0KA 4AMAA 2Y70A 3PM6A 5FF7A 1RPXA 1Q6OA 1OFQA 5CZ0A 2HSAA 1IXNA 1W3NA 2H3BA 4FO4A 1XCFA 1XC4A 4N4QA 1W31A 1TPEA 4JTFA 3DENA 4KKXA 2Z2UA 2C14A 4HN4A 5DCBA 4DF2A 3QM3A 2RDTA 3B03A 4DF1A 4NJIA 2EHHA 2QR6A 3C4UA 3THQA 4MJMA 4XBSA 2C15A 2YXGA 1TRDA 4LT9A 5CPLA 2GVLA 1OG0A 3B4UA 2ZCGA 4FF7A 4XZ9A 3PBYA 3W7CA 1KM3A 1TSIA 1SO4A 3CU2A 1VC4A 1Z44A 3PUDA 2YGYA 1EP2A 4ICNA 5IBXC 5L9FA 2WNZA 1TB3A 5AHNA 3AJXA 4K39A 3STEA 4CCDA 3W2KA 2QDGA 3C2FA 3BLIA 3IGXA 3OVQA 1AW5A 1S3HA 2Y61A 3MHUA 2QCLA 5KZDA 1VJIA 2W79A 3DZ1A 3RMJA 1QDSA 2F84A 2WSRA 5D2YA 5K3VA 4LVFA 3M44A 4BI6A 3NL5A 3SY5A 2V2CA 1QOPA 1K8XA 3KVJA 1D3GA 4LS1A 4JGDA 3T7VA 5LHFA 1R2SA 3ATZA 1QFEA 1FCUA 3SECA 1FXQA 1RR2A 4JN6A 3I6RA 5I3KA 1S5TA 2A2IA 5TBOA 5G5IA 3IVTA 1TTQA 4JYDA 1J4EA 4FNUA 2FPYA 3EWUA 4LS0A 2Z1BA 3ABQA 2V5BA 5F2MA 1B4EA 2WSQA 4H4IA 4MFEA 1LRQA 3C3NA 3TIMA 2ZYFA 2C16A 2WQPA 1OVDA 4MPQA 3TFXA 2QCHA 4RZ5A 2CZFA 3G18A 1YPFA 4MZ8A 4AVFA 2X1SA 4KFOA 2QKFA 3EX2A 4GJ1A 1DQXA 4LY8A 4WD0A 2E6DA 5SWUA 2ZZ3A 4GWEA 3O1NA 1AG1O 1KTBA 2ATMA 3QJAA 3W7JA 3MP4A 1H51A 1EWEA 3DI1A 1PE1A 3NPUA 1QR7A 1UJPA 1RD5A 3NQGA 4NX5A 2VC6A 1V7YA 1ZFJA 3UQNA 1O5KA 1EIXA 3F03K 4GFSA 1LRTA 1GPWA 5LNUA 5CZSA 2B0MA 1K8YA 1NF0A 4A22A 3OHIA 4UFIA 4D2JA 4QJ1A 1ZAJA 1TJPA 1S5WA 1OFPA 3R2GA 4EOUA 2CZDA 5HNRA 3EXTA 1PS9A 1TPFA 5H2ZA 1XBVA 4MY8A 4EF8A 4IUOA 1PV8A 3LCGA 3FLUA 4EIVA 1JCJA 2NXIA 5L6UA 3LHUA 2PRMA 2BLEA 3C2RA 2A6NA 2DZTA 4DBEA 3TW6A 4O11A 3W86A 4RK8A 1MXSA 1LTDA 1A5CA 4MY1A 4DO4A 3GR7A 1SUXA 4RZ4A 4A3UA 3EWZA 1ME7A 1OX4A 3A24A 2HMCA 3MYOA 2YX0A 2NX1A 2H8XA 3L0GA 1OX5A 3TROA 2DZPA 1EEPA 4YWIA 1H60A 1LCOA 1LOQA 3DAQA 2A5HA 2ZRYA 4A29A 1UB3A 3G24A 4LU0A 5EPDA 3USBA 4NXSA 4AB4A 1Y0EA 1SZFA 4LV9A 1VQTA 3G1YA 3GK0A 4UTUA 4NQ1A 4JDBA 2PCQA 3B05A 1FQ0A 4DO5A 1I45A 3TR2A 2NZLA 2QCEA 3H55A 4O1BA 3BLFA 4NVTA 2YR1A 3C52A 3WFAA 4YCOA 3O06A 4H3DA 3JS3A 3W7MA 3QH2A 2QCNA 3NM1A 1J2WA 2E6FA 2X1TA 1SO6A 4JIPA 3KRZA 3M7WA 1FUYA 3W1MA 3I7RA 4HPXA 3UWWA 4X9SA 4CNNA 4QQ3A 4IWWA 1PCKA 3GKFA 5FI8A 3GAYA 4NXKA 1VYPX 1FY6A 3C2EA 1XBYA 4AHOA 2A7RA 1ZAIA 3UXAA 4UTLA 3LLDA 2RFGA 1X8FA 4MUZA 1W1ZA 4S2BA 1EUNA 1W0MA 1TJRA 1SO3A 3G22A 1P0NA 4LNYA 3YPIA 3WK1A 1UUOA 4B5NA 5D02A 3SR7A 1W56A 2AGKA 3NL6A 3I7SA 4R53A 3W85A 2A85A 3LCHA 3QZEA 1ZENA 3O15A 1KM6A 3DH7A 4AWSA 2Z6IA 4NJGA 1PHQA 5KITA 4UCGA 3QW4B 3PG9A 4WJEA 1A5SA 1LOSA 2Y62A 5A5WA 3TH6A 5HULA 1ALDA 4LC6A 3LI1A 3RLUA 4MYXA 5DXXA 4ZVJA 3LHWA 5BMXA 2DORA 2C3ZA 4U4MA 3EWYA 3QRHA 3PB0A 3VI2A 2OMAA 1UCWA 3DHFA 5LGXA 4GXMA 2ZZ4A 4LTSA 1SW0A 3DBPA 3CWNA 4HIBA 3GDLA 3R89A 3P81A 4OT7A 4Q33A 3VE9A 4ZQCA 3M1ZA 4DQWA 2FDSA 3QMRA 4MY9A 5CKSA 3GDMA 3FS2A 3MO7A 4N9CA 3M47A 2I14A 3TA6A 3W73A 3W1PA 4EWND 1ADOA 3UY7A 1H1YA 4WQ6A 1BWKA 1BKSA 1H7XA 3W3OA 4UMAA 1UBSA 1GVRA 4OV9A 1MZHA 4I7VA 3G0UA 2Z0IA 4CNPA 2ALDA 4N02A 5F4WA 3DFNA 3PC0A 3QMSA 1M7OA 2UV8G 3L9CA 3CC1A 1TPWA 3EWXA 3B06A 4PC8A 3G8EA 3B0VC 4UTWA 5CG7A 4U28A 4HKPA 1OK4A 1SZNA 2V30A 4TMBA 2QF7A 1ZNNA 3T55A 3Q37A 3ZFHA 4FNTA 1PCWA 3KRUA 1O5XA 5DELA 1O4UA 3EXSA 1FBAA 1YXYA 3LERA 1C29A 2Y89A 5CZTA 3L2IA 1G4TA 3TSBA 5FEWA 1W54A 4QITA 4Z0SA 1R30A 4RX0A 3TK7A 3G1AA 3MI6A 4O12A 1XUUA 2Y7EA 3PVFA 4Z1CA 1H62A 3EX1A 3OVRA 4S1FA 4YXGA 1Q6RA 4TU1A 1T8XA 1KFJA 4XTDA 2YFNA 3GNDA 5CSSA 2FFCA 3LRMA 3W84A 1LBLA 2QAPA 1F7BA 1TV7A 2V9DA 3NA8A 4R33A 1GVQA 4ZQNA 4FXSA 3MP3A 1SO5A 3W7GA 3P5ZA 3UWUA 4DO6A 3E49A 4O0KA 4HNTA 4MJZA 2WV8A 4FNQA 5EL1A 3UXDA 3M6YA 2CLOA 3KVMA 3G0SA 1JCYA 1R46A 2VEKA 1QO2A 3HGOA 4J9JA 3TQ0A 3PR2A 1MEWA 5HINA 3KHJA 2QCMA 3C2OA 3B04A 4RLIA 2P1FA 1K3UA 2PURA 3IVSA 1EUAA 1W3TA 3LLFA 2NUXA 3NQVA 4JTUA 1OYCA 3NZ1A 4ZZ9A 4OWGA 3NL3A 4LOCA 2Q3OA 1M7PA 3STCA 3NGJA 5K7JA 1W5MA 2VOMA 4GC4A 3TSDA 5LNRA 1FCVA 2BWGA 3GR8A 1QAPA 2Y6ZA 3FJLA 3GNNA 2C19A 6TIMA 3LHTA 3SGUA 2WJZA 3UWZA 3IRDA 5D2XA 2WNQA 1VCFA 2GQAA 1C9DA 3MJYA 4Y96A 1GT8A 1A50A 4UTJA 1VLIA 2A4AA 1SW7A 1ZALA 3L67A 1GYLA 1H7OA 3OIXA 1J5TA 4MFDA 1ZCOA 3IV3A 3QYQA 4BWLC 2NV1A 2E6AA 3WK3A 1NFBA 5F2LA 4PTNA 5AHEA 3MWAA 3HPSA 2R94A 5AHMA 4I9AA 3RF9A 3I65A 4AAJA 1G4PA 1TYGA 5KZEA 1AL7A 3E0IA 4JDYA 1TRIA 4JY8A 4RXFA 4FB7A 1K02A 1R47A 2B7NA 3EEGA 4IX0A 4HT3A 3NM3A 3RFAA 1GZGA 4LVGA 4Y8FA 4FX7A 2GVJA 2PC4A 4PA8A 2NXGA 2ZZ6A 4LC8A 3S6DA 2X1UA 5EY5A 3TW7A 4YLWA 1NAL1 5AC8A 3L0NA 5C6MA 2RKXA 4O1DA 4IMGA 4CNOA 4Y90A 5EBUA 3N2MA 1TTJA 2J9YA 3ELFA 1LOLA 1WX0A 2ABBA 3N14A 3CIWA 2JKPA 2QCCA 1W5QA 3NL2A 2AQWA 3O07A 1RQEA 1YYAA 3MI2A 4LUIA 4YMZA 5LNSA 2A21A 3EX6A 1B9BA 2FQIA 3NQMA 4O13A 2CW6A 4IOTA 4Y9AA 1LBFA 3GDKA 2RDUA 5CGQA 2FTPA 3ZR4A 3H54A 2OX1A 4GUFA 1U5JA 4O4WA 3FKKA 2EF9A 3E12A 4O53A 4ZL1A 2XN2A 2ISWA 3C2VA 4Q32A 1JQXA 3PG8A 1KBIA 3L68A 3IIZA 5G2WA 3QQ1A 1KTCA 2YYUA 3IGUA 3P84A 2ISSA 1GWJA 2QCDB 4O0ZA 4JTTA 1MEIA 4G1KA 3O6DA 5HWJA 3A21A 1TTPA 3MYPA 1TPVA 1TPUA 2BSLA 2EAWA 4N6FA 3W2JA 3QPZA 4GBUA 3KAOA 3S5OA 3EB2A 2NV2A 1JCXA 3DFPA 3NQAA 3A22A 4QNEA 1JUKA 5DY2A 1FCBA 1OABA 4NZFA 1B4KA 3LXAA 4JNMA 1RQHA 4MYAA 4I7UA 4FXRA 3DKLA 3TMLA 4IGHA 3S8HA 1H63A 2B7QA 5CPMA 3OVPA 1SU5A 4RCXA 3I68A 2DZSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3W24 A;  3LG3 A;  1QTW A;  1QPR A;  4OU1 A;  2EPH A;  3VDB A;  3TDF A;  4X2R A;  4PCN A;  1E6R A;  3A4X A;  1Z42 A;  5HMS A;  3W2N A;  4C6C A;  4XZI A;  1L6G A;  2RDW A;  3M5Z A;  3AWN A;  2F61 A;  4Y6G A;  3AZS A;  4REQ A;  2VX6 A;  3LU2 A;  3LCW A;  3GFX A;  5JH2 A;  4XWU A;  1H11 A;  3T4W A;  1J10 A;  2PEV A;  2ZZ5 A;  2Q8Z A;  4C90 A;  3P80 A;  2ISV A;  4PUL A;  2D24 A;  4AY7 A;  3GG1 A;  3PAJ A;  3V7P A;  2GZX A;  2XH0 A;  4E2D A;  5FEX A;  1VHN A;  1DJG A;  3PJW A;  4IPL A;  4MNL A;  4GUG A;  5JVL A;  5IRP A;  2VEF A;  1HJX A;  2PGE A;  4NSB A;  5JXQ A;  2QW5 A;  4J28 A;  2A3B A;  2ZZ7 A;  3AXH A;  4OVX A;  1EYW A;  3WLN A;  3RIL A;  1K7E A;  1E6S M;  4KFP A;  1XQL A;  4MG4 A;  2O9T A;  1XLL A;  4A3H A;  2XZ9 A;  1E51 A;  4EPE C;  5CSU A;  3WEN A;  5KMY A;  1L9W A;  3TYE A;  1RZM A;  3WLS A;  3GZ3 A;  1XDM A;  3N34 A;  1NWR A;  1WOB A;  1WP6 A;  1GKR A;  2DUA A;  3S0C A;  1TV5 A;  2JE8 A;  3KL0 A;  1FWW A;  3W1R A;  3TMQ A;  3UJ2 A;  1E6Q M;  4MLR A;  1ZY9 A;  4AY1 A;  4DWD A;  4F3H A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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