3EXSA

Crystal structure of kgpdc from streptococcus mutans in complex with d-r5p
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
217
structure length
208
Chain Sequence
LPNLQVALDHSNLKGAITAAVSVGNEVDVIEAGTVCLLQVGSELVEVLRSLFPDKIIVADTKCADAGGTVAKNNAVRGADWMTCICSATIPTMKAARKAIEDINPDKGEIQVELYGDWTYDQAQQWLDAGISQAIYHQSRGEKDLNKVKKLIEMGFRVSVTGGLSVDTLKLFEGVDVFTFIAGRGITEAKNPAGAARAFKDEIKRIWG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Open-closed conformational change revealed by the crystal structures of 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase from Streptococcus mutans
pubmed doi rcsb
molecule keywords RmpD (Hexulose-6-phosphate synthase)
molecule tags Lyase
source organism Streptococcus mutans
total genus 77
structure length 208
sequence length 217
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.1.85: 3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2008-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3exsA00
1KFJA 3PR2A 4O15A 2ZZ6A 2TPSA 3ATYA 1XDLA 3JS3A 3PB0A 4UNLA 3QEZA 2YYUA 5IM51 2X1SA 4LVAA 3S1XA 4KKXA 3GXPA 3ATZA 3N34A 1ME8A 1JRBA 3O05A 3C6CA 4S1FA 2ZZ7A 3PUOA 4HNUA 3HG2A 4O57A 1X6UA 4EF8A 5KINA 2B0MA 1TTJA 1TPWA 3RLUA 4UTTA 1GVOA 3OVRA 5LNUA 1WYIA 2BWGA 3QRHA 2WPBA 4AWTA 2ABBA 5AYYA 1UUOA 3WK2A 4ZVJA 1VC4A 1Q45A 2FDSA 3PS7A 3SFKA 5D04C 4CCDA 4JS3A 1VYPX 2NZLA 3LCFA 2H8ZA 1JCLA 1LBLA 4N9CA 2A6LA 1N7KA 4I7WA 1DVJA 5I3KA 1TRDA 3E0IA 4WQ6A 3MP3A 4IQLA 1OYBA 4RJEA 4AAJA 1HG3A 3G1SA 3W2LA 3S5OA 1YDOA 3W73A 1AW1A 1W8SA 3PC0A 2H3BA 2YYTA 4RZ6A 5AHNA 1K7XA 5C54A 3A5FA 1OK6A 3C2RA 5AHFA 3MMTA 3TX9A 5AYZA 1UJPA 2GJNA 3SZ8A 3EX3A 1ONRA 2ISWA 3NDOA 1H7WA 4AWUA 1PCKA 2JGQA 2NLIA 2QCDA 3M5YA 3LRKA 3NPVA 3STFA 2VEPA 1OX4A 3E96A 2NUYA 4NJGA 1FWSA 5FEZA 2QCEA 1SO4A 1C29A 4CNNA 3BW2A 1T8XA 3N2XA 5KZMA 3A21A 1L6SA 2ZRWA 3QQ0A 2ZZ3A 3DHDA 3EX6A 3WK1A 1LOQA 4EVZA 4BR1A 1EUAA 2OT1A 3NR0A 2YDAA 1PS9A 2PRHA 3TUUA 3HBLA 2RH9A 2WNQA 2X2GA 4G1KA 4RCXA 2ISVA 1QDSA 1ZHAA 4KFPA 3MYPA 4AMAA 1OHLA 4QAIA 3LDVA 2OMAA 1XKYA 2OJPA 1XM3A 2GPTA 4QIUA 4RLIA 3V1PA 4QQ3A 2YW3A 1LTDA 2ZFAA 1W5NA 4AHPA 3CT7A 1PE1A 3TA6A 4Y6GA 3DZ1A 5K3VA 2TYSA 4O54A 4PODA 3I7SA 3NOEA 3KVJA 1DL3A 4LW7A 2Y6ZA 5DY3A 3MHFA 1WA3A 4RXGA 1XBYA 4K39A 2YSWA 2FJKA 4HHPA 4A3UA 1MXSA 1VJIA 4L4LA 3WJSA 3DXIA 2QR6A 4EF9A 3QH2A 2ZRUA 4AVFA 2ISSA 4NJIA 1FWRA 1OFBA 1TPH1 4IX2A 2CLLA 5I3FA 4CNPA 5TBOA 3W7LA 3LV6A 3AJXA 5J5DA 4ZQPA 2AAMA 1LLWA 1WBHA 2RHGA 1T0OA 3KX6A 1FWWA 1TPDA 4AF0B 3A5VA 2QAPA 2Q8ZA 3D0CA 4LC6A 1ICPA 3G3MA 1RD5A 3FIGA 3B8DA 4DELA 4N4QA 4WXZA 3IRDA 3UWYA 4Y8FA 3S42A 5AHMA 4ORIA 4XUGA 2QCHA 1QPNA 3BLFA 3EWUA 4BI7A 1FY6A 2CLOA 4OE7A 4LRTA 3W2NA 2VEIA 1KM6A 3EKZA 2WNNA 4RK8A 4ZQOA 3MHUA 4QNEA 4IMEA 5LSMA 5EA9A 4O11A 3N2MA 2E5DA 1JUBA 5LKYA 2C13A 5LGXA 5D2TA 1THFD 1KFCA 4O17A 5HULA 1LRQA 3CIXA 3R13A 3E12A 1RQBA 1JQVA 2C18A 3UWVA 4YL2A 2NWRA 4GE8A 1WBJA 2Y7FA 1B4EA 1EEPA 1YDNA 3L9CA 2XN0A 4JX4A 3QQ1A 4FNTA 1I2PA 2YCEA 3Q94A 4GXMA 3ZWSA 1LROA 2PCQA 3LCXA 1D3HA 2FPTA 4HNVA 4UTKA 3TSDA 1SR9A 2B7NA 2J9ZA 2FTPA 1FWNA 4DBEA 3M41A 1TQXA 2XN1A 2Q3OA 2WV8A 3LRLA 1K7EA 3MP4A 5LNWA 1KTNA 1S5VA 1SU5A 1VRDA 2OZ0A 2QCCA 5HWNA 3L2IA 5FEPA 1YTDA 3NO5A 5AHLA 1H7PA 1SSGA 4S2CA 2NV2A 4TMBA 4U28A 3M0ZA 1SQ7A 1GVQA 3HO8A 4MY8A 1SFLA 3NXFA 3W74A 3LCLA 3IGXA 1NSJA 4UTTC 5E1QA 2Q3RA 4JYDA 1VHNA 3S1WA 4NZFA 2JKPA 3GNDA 2QKFA 3MP5A 3DGRA 3OBKA 2VEMA 3S0CA 1TTQA 4QITA 1Z41A 3MI2A 1YLVA 1TTPA 3IIXA 3NPWA 4KWVA 1H60A 3FS2A 2F7FA 3SR7A 4O53A 4EWND 3TXVA 3N3MA 2RDWA 4JR5A 2C6QA 3CWNA 1B9BA 2AGKA 1HO4A 1OF6A 3RFAA 1HO1A 3VNDA 1OX6A 1S3HA 3QC3A 4ZQNA 4RV8A 4A29A 3ABQA 3NGJA 3DKLA 3UXDA 1LYXA 4FNPA 3VFLA 3GDMA 1XBVA 1DQXA 2X1UA 3IVSA 5DELA 1I45A 1TCDA 4JTTA 3TAOA 3M16A 3MWAA 4MZ8A 4NNAA 3VKJA 1YXCA 3Q2DA 1W1ZA 4IUOA 3B0PA 4LS0A 5LNRA 1FWTA 5I3GA 4R33A 4E0CA 3TC6A 4P2VA 4OHQA 4LRSA 4RZ5A 4WJEA 2QF7A 4W9TA 4LV4A 1QPQA 1CI1A 4TO8A 5CKSA 5EPDA 3PY2A 3NQGA 4O1CA 5HINA 3TFXA 3IVTA 2DU2A 1VLIA 4FB7A 3LERA 1DV7A 2DZUA 3H54A 2PE4A 4FX7A 3DFNA 3GXTA 1F05A 2Y7DA 1H63A 4WUIA 4LS2A 5HR6A 1LDCA 4FNRA 3PG9A 1W5MA 3TQVA 4OV4A 4BI5A 4NNBA 2HSAA 1DJQA 1QO2A 5FEWA 2NXHA 4MIMA 4MY1A 5D33A 2PURA 4WD0A 4MYAA 3HOJA 2VFIA 3CU2A 4AHQA 3W7KA 3BG9A 3QMRA 2C3ZA 4TX9A 1I4NA 3QSRA 5LHEA 4XBKA 1KM3A 3LB0A 3P67A 2HMCA 2ZBTA 1FDJA 2A7PA 4LUIA 4FNQA 4Z1BA 1SW7A 3G24A 3ANYA 4TR9A 4ORMA 3JR2A 1FCQA 4JTKA 5HQEA 1S5WA 3QW4B 2BXVA 3CC1A 1VLWA 3FKKA 4GNJA 1YDVA 3L5MA 2CWNA 3P60A 4UTMA 4YMZA 2R8WA 4X3ZA 3EWWA 3TMQA 5AFDA 3GKFA 3W70A 3R89A 3W1XA 3B03A 1EWDA 3W2UA 3M9YA 3HPSA 4EOUA 1H1ZA 3LHVA 3N9SA 2EHHA 1MZHA 5CPNA 3P8JA 1O4UA 4UMBA 3NM1A 1F2JA 4NZJA 1TPC1 5DXXA 3UNDA 1B57A 2Z6JA 2A6NA 3WJWA 2DJLA 2Z6IA 5A8GA 5CGQA 4E2BA 4HNTA 4XTIA 1DHPA 2E68A 4K8HA 4DF1A 3RLVA 1G67A 4JY9A 2VKZG 3W7PA 4L4MA 2QUUA 2TMDA 4NVTA 3HG5A 3W7HA 1GG0A 2ZRYA 1TREA 2CLMA 1Q6QA 1LM1A 5LZLA 2DZVA 1JUEA 3NQ8A 2WSYA 3BW3A 3L21A 4FIQA 5T26A 3IEBA 1SZFA 1JRCA 1NFBA 3CIWA 2W6RA 4O1DA 3GXNA 3S1VA 2JGYA 4Y96A 3W1MA 1GYNA 3L5LA 3M6YA 4LVFA 1UASA 3IIVA 2A0NA 2ZZ4A 1ZNNA 4GJ1A 2G95A 3NQEA 4JX5A 1ZJIA 3W1TA 1H7OA 1C9DA 1P0NA 3W2JA 3UXAA 3O07A 2FIQA 5AOUA 1JJKA 5AN7A 1NF7A 2E5BA 3DHFA 4MVAA 4LT9A 3KVLA 1GWJA 3EXRA 3MW7A 4O28A 1LOSA 3S5NA 3NQDA 3F4WA 5E93A 4FX8A 2G5WA 4MFEA 5EYWA 5LGZA 3OIXA 1K7FA 1KV5A 4LTSA 2NWSA 1W31A 1M5WA 2F84A 3BARA 4RXFA 1SW0A 4RZ4A 4XZ9A 5F4XA 3C56A 1UUMA 3LBMA 4JTJA 1IXQA 1PVNA 2ALDA 3O8AA 4Y90A 5D30A 1F73A 4O0KA 4LUJA 4JN6A 2J27A 3O6DA 4HKPA 4IMCA 2C14A 3G8RA 3KRUA 3USBA 3G0UA 3RU6A 3BG5A 1FBAA 4N9EA 1KFEA 2YR1A 4AH7A 2BLEA 4WZHA 2J24A 4DBDA 2RDUA 3L66A 4X9SA 1TV5A 5CZSA 3HGSA 1LP6A 1TPB1 5D2XA 3W1UA 3DH7A 5LNSA 2A2IA 2WJZA 3GDKA 2JBMA 2PC4A 1YXDA 1LBMA 3ZFHA 5FF2A 3TMLA 2CU0A 4O4VA 1SO6A 2DJXA 2Z1BA 3NQVA 4AEOA 1DJNA 1QNVA 3INPA 3L5AA 5D09A 4WOZA 4Q33A 3OEXA 1W56A 1QOPA 3N9RA 4E38A 3LV5A 3LXAA 4O18A 4NJKA 3SSJA 1ME7A 3STCA 1R46A 1DKWA 5D38A 2VFGA 5CG7A 2YW4A 1G7VA 5AHIA 3GB6A 4O16A 1L2UA 1SPQA 2HTMA 5C2XA 5I3JA 3W7NA 4FNUA 4JYFA 5K2ZA 3TSBA 2NUWA 4WXYA 1VHCA 4OT7A 3PSWA 3GVGA 3QSTA 1LORA 2ZZ2A 4M7TA 4IWWA 3DU0A 3G18A 3GYEA 4J9JA 4DEFA 3NG3A 3NQMA 4RKAA 1VGAA 1OFDA 2WOQA 2XFWA 1DOSA 3T40A 3EX4A 3GKAA 5HUOA 3TW6A 3LI1A 1L6WA 5HWJA 5EY5A 1IIGA 4CLMA 4YCOA 4OU1A 1F74A 1HUVA 1QPOA 1WOBA 4UR7A 3HGJA 1GTEA 4HSNA 1TB3A 1GEQA 1KTBA 2C19A 5DCEA 1QOQA 2V2CA 2VELA 4IJBA 2A4AA 3M5XA 4UCGA 1M6JA 3A22A 3BVJA 1F7BA 4IXXA 2C15A 2B7QA 4X2RA 4MUZA 2IQTA 2C1HA 2AQWA 5G5IA 4TMCA 4R34A 1A5SA 3NVTA 1N8FA 1H51A 3W1LA 1H50A 1GTHA 4NJJA 3ZS4A 3G1AA 1ZFJA 2X16A 3TQ0A 4O8RA 4MOZA 3HB9A 3UZJA 4N2YA 5G2HA 3HQ1A 3PB2A 4DO5A 4UFKA 4JTFA 3BG3A 3W7MA 2V81A 3UD6A 1VYRA 4I9AA 4Z0SA 3T4CA 3LTSA 5L9FA 1QPRA 4IXHA 4AXKA 4LVDA 5C55A 3W1RA 3LCIA 1A53A 1B4KA 2O7QA 1TV8A 3GNNA 3PBUA 1EA0A 4Z1CA 3CB8A 1G4PA 1KM0A 3KFTA 1PCWA 3W7IA 2J6XA 4I7UA 3F4NA 4NQ1A 3O6CA 3W6YA 5MHBA 5J5RA 2PRLA 1BWLA 3STGA 4JYEA 3A9IA 4D2JA 1RPXA 2ZTJA 2YZRA 3TE9A 3O15A 3BO9A 1M7OA 1P5BA 1TJRA 2Y85A 3OVPA 3PBYA 2GQ8A 1I2OA 2V82A 2ZZ5A 2FLIA 1O94A 2R91A 4OV9A 1W0MA 3TNOA 3W84A 3WK3A 4FIRA 2CLHA 3CTLA 3DBPA 3P7YA 1W3NA 2A1YA 1H62A 2H90A 4H3DA 3DI0A 2GVJA 2HS6A 3QM3A 1DORA 2LLEA 1LLZA 4ZQCA 2B7PA 4BI6A 1OFEA 1JQXA 2GOUA 5SWUA 3W83A 3LGEA 4H6KA 2A21A 2RFGA 1GT8A 5BRBA 1R2SA 4UFMA 1AW2A 3BLIA 1WOAA 5CPOA 5K4XA 1XBXA 4CQ9A 4TIMA 3FFSA 4N02A 5L6UA 1I2RA 3LX9A 3HMJG 1RVGA 5DBUA 1IIHA 3IIOA 4N9BA 1PV8A 5G1YA 3PVFA 1X8FA 3F1QA 1XBZA 4Z0JA 1F5ZA 1JVNA 1W54A 4MFDA 4LC8A 1LZOA 4QM1A 2CZFA 3W87A 1FCVA 1OFRA 3YPIA 5KITA 1OFQA 5F2IA 3G1XA 3HGOA 3VE9A 2JK2A 3GR8A 2Y63A 4XBSA 1WV2A 4O12A 1P1XA 4QJ1A 2YFOA 3MBFA 3DFPA 3W7CA 3PBWA 3FKRA 4ML9A 1RQHA 2JKAA 2VOMA 2NXGA 4M7SA 1FX6A 3S9YA 1KTCA 2E77A 1WXJA 4JICA 1CW2A 3TW7A 2ZQ0A 4LS1A 5CPMA 2Q8LA 3THAA 2VC6A 1EIXA 1TJPA 4UMCA 3G0SA 4CQAA 1VR6A 1KBJA 1SZGA 3TQKA 3VE7A 2FQIA 1PL9A 3LTYA 3STEA 3QPZA 2YGYA 4ICNA 1RR2A 4XKYA 4GUJA 1UBSA 3V75A 3U8GA 1H7NA 1A5AA 1OK4A 3QZEA 3M5VA 4QSHA 3W75A 1K8YA 4NX0A 2CLEA 3SI9A 3SGUA 4PEKA 1F6KA 4NXSA 3E9AA 4DXVA 4DQWA 4PA8A 1FXPA 3B0UX 1VPXA 3WJYA 3KXQA 1XFBA 4QNWA 1YTEA 5BOOA 4HNNA 3P84A 1Q3NA 3ELFA 3NQCA 1TPFA 3TR2A 2V2DA 3HG3A 4JDYA 4PFMA 4MLRA 4IGHA 2R94A 5AC8A 3TU9A 4MZ1A 3G22A 1H7XA 1HL2A 3PSVA 4OQVA 5FESA 4UTWA 5EKYA 4IOTA 3NYZA 3G1DA 4K36A 1W5QA 4IMFA 4NJHA 1ICQA 1X1OA 2ZRXA 2E5CA 4XQ6A 1KLYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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