3EXSA

Crystal structure of kgpdc from streptococcus mutans in complex with d-r5p
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
217
structure length
208
Chain Sequence
LPNLQVALDHSNLKGAITAAVSVGNEVDVIEAGTVCLLQVGSELVEVLRSLFPDKIIVADTKCADAGGTVAKNNAVRGADWMTCICSATIPTMKAARKAIEDINPDKGEIQVELYGDWTYDQAQQWLDAGISQAIYHQSRGEKDLNKVKKLIEMGFRVSVTGGLSVDTLKLFEGVDVFTFIAGRGITEAKNPAGAARAFKDEIKRIWG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Open-closed conformational change revealed by the crystal structures of 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase from Streptococcus mutans
pubmed doi rcsb
molecule keywords RmpD (Hexulose-6-phosphate synthase)
molecule tags Lyase
source organism Streptococcus mutans
total genus 77
structure length 208
sequence length 217
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.1.85: 3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2008-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3exsA00
4O57A 1YXDA 4ZQCA 3G8EA 1FQ0A 2GOUA 4UTLA 2V81A 4NZJA 3QMRA 1UB3A 3GVGA 1ML1A 3WK1A 4JTTA 3NL3A 3OVRA 3NR0A 3BK0A 2CZEA 5AC8A 5G2IA 1XBVA 4MFEA 4DELA 1TTJA 4YMZA 4MIMA 5CG7A 5LNRA 5F1VA 4OHQA 5DCBA 4N9CA 3SSJA 2ZRUA 2NWRA 2V5BA 3PUDA 3EX4A 4O12A 1TMHA 2Y7EA 2ISWA 3E96A 4IMFA 5C5YA 5DXXA 1GYLA 4UXDA 3N73A 3G1FA 1KFJA 2EGZA 1F05A 2W79A 2RHGA 7TIMA 5F2MA 3SIZA 3LX9A 2D73A 5C6MA 2A6NA 4NNBA 3CEPA 4IXHA 2ZRYA 3L0KA 1FDYA 4LW7A 5CPNA 5HR6A 5IM51 5DLCA 1OFBA 5LNWA 3GKFA 3H53A 3L0NA 3C52A 3GDRA 3LCGA 3RU6A 3W7JA 2QUTA 1W31A 2QCHA 3ATZA 4P61A 1I2OA 2DJXA 3QMSA 4XKYB 3N9SA 2ZZ7A 2BTMA 1F76A 4HPJA 4I7UA 5DCDA 3P80A 4QJ1A 3UQNA 3KVMA 3SFKA 1UUOA 3W87A 5D2YA 1XKYA 3OIXA 4NJIA 4O15A 1MEIA 1TB3A 2FPYA 4NX5A 3G1VA 5F2LA 3NM3A 3CC1A 3NQ7A 2NUXA 2NX1A 5K2ZA 4JIQA 3W7QA 3IEBA 1RV8A 3VFLA 2X16A 4MLRA 2EKCA 2E6YA 3QQ1A 4M6QA 3R13A 1HO4A 2ABAA 4BFAA 1G67A 3EWWA 4HT3A 1OFQA 2DZXA 3UPBA 1FUYA 2C15A 2YW4A 3HPSA 4GUGA 2Q3RA 3HBLA 2FJKA 3LXAA 1ME7A 3O05A 3W1NA 2WNQA 1KM5A 5D02A 1XBYA 3WJYA 3P74A 3HGSA 3MHFA 3S5OA 1C29A 2ZZ3A 1YTKA 2Z6IA 1D3GA 1YLVA 3MYOA 1VC4A 5HNRA 1TV5A 4FNRA 1WOBA 3KVJA 3ZFHA 3O16A 1LRTA 4Y9AA 2DP3A 1SQ7A 2ALDA 4UMAA 2C18A 5CSRA 2QCDB 4UTKA 4CNOA 3BLEA 1EA0A 2Z2UA 1I2PA 1OK4A 4MZYA 4K36A 3FFSA 3NPWA 4UTIA 2A7RA 3KRZA 3P62A 3OEXA 1A5SA 3B06A 1XBZA 3W76A 2E5CA 3BW4A 1R2SA 4GRSA 4J9JA 5KITA 5AYYA 4WUIA 1DHPA 3OVPA 4UFKA 4KFPA 4XTDA 2JGQA 4YLWA 4E2DA 3M6YA 3RLUA 3DI1A 2GQAA 4M6VA 2OX1A 3A23A 4O28A 3STEA 1TPVA 1W3NA 4RZ5A 3PF3A 4Y96A 1IXPA 4LNYA 4Z0JA 3TC6A 1YXCA 1OFAA 5FF2A 4Z1BA 4IMEA 1T8XA 3W7NA 1HFBA 3ZWSA 1WBHA 3NQFA 1GZGA 1L6YA 1ICQA 2KZHA 3AO0A 1NFBA 4JX6A 1M7OA 1F6KA 1FCVA 3PUEA 1ICSA 4WQ6A 3W2MA 4O1AA 1R30A 1H7OA 1LRNA 1QO5A 4RXGA 3GX9A 4LVAA 3HGRA 4R33A 4CNNA 1BWLA 1SFLA 1FCBA 1YDNA 5DBTA 3DH7A 1B9BA 4FNPA 1VPXA 1QOQA 1HUVA 3TXVA 4ZL1A 3C2OA 1TQXA 1WX0A 2V2DA 1G4PA 3W7CA 5DCEA 5AC7A 1JUBA 1G7VA 2HS6A 5KSWA 2B7NA 1SW7A 4B5NA 2LLEA 3P61A 2WJZA 1NF0A 2X1RA 5DY3A 1HL2A 4WX2A 4A22A 1C8VA 1JRCA 3LHZA 1LLWA 3A5VA 3ZWTA 1XI3A 4WD0A 5DY2A 3LDVA 1DV7A 3W1PA 4MKNA 3C8FA 1NVMA 4PODA 1Q6LA 1JULA 5I3GA 3S1VA 3GDLA 1YTDA 4UR8A 5U4NA 4IJBA 1MO0A 4O1CA 3C2FA 3N2XA 1KBJA 3BW3A 3O06A 3HOJA 3INPA 5HWJA 4DO4A 4TMBA 3DENA 3N9RA 4N9DA 4XWUA 2QUUA 4NX0A 3HG3A 5EKYA 2C13A 2DZVA 1Y0EA 1RD5A 4TR9A 3PM6A 4FXSA 3LHWA 2OMAA 3W2JA 1I4NA 1B3OA 1CW2A 3MP4A 3DHFA 5LSMA 5D38A 2QCMA 1K02A 1PV8A 4HIBA 3QM3A 3DFOA 5CZ0A 1FY6A 4UFLA 1M6JA 4Z1DA 1VYRA 3LHUA 3L5MA 5KZDA 5E93A 4W9TA 2ZRVA 3CIXA 2GQ9A 1TTQA 3NA8A 3PY2A 5DXYA 3UD6A 3KAOA 1JCJA 2QF7A 2QAFA 4ZQMA 5D09A 3QRHA 5FEXA 4KFOA 3PR2A 1W3IA 4JY9A 4FO4A 4HNNA 3U6WA 3W74A 4EVZA 2Y85A 2ATSA 4YL2A 5C55A 3L65A 1P1XA 4FIRA 1X1ZA 4O17A 3MMTA 2CLIA 3H54A 4AF0A 3TW7A 1KW1A 4O4WA 4JTLA 4FXRA 3O6DA 4WZHA 1G7UA 3F1QA 3FA5A 1NEYA 3UNDA 1DQWA 4BI6A 2Z1BA 1PL9A 2Y7GA 3KVKA 4DF2A 1OFOA 1W54A 1EP3A 1TIMA 4AAJA 4AB4A 4H6KA 3BGJA 5A8GA 3YPIA 4FX6M 3LV6A 3EX1A 1XDLA 3TH6A 1H50A 1M7PA 1W37A 5BMWA 4LVDA 3P82A 4O1DA 5H91A 3TMLA 3BGGA 3PBUA 5CZJA 2VFEA 3QFEA 2ISVA 4IX2A 3QC3A 3VE7A 2ZTJA 1OX4A 2NXGA 1SSDA 4ALDA 4JTUA 1TPEA 1OK6A 4I7VA 4OWGA 2X30A 3TX9A 4LC8A 3K30A 3RK8A 3C2RA 4GFSA 1X1OA 1KM6A 4MJMA 4UIOA 3P60A 2YZRA 3LGEA 2G5WA 1RQHA 1IGSA 1QPQA 3A5FA 1V5XA 3TK7A 1BEUA 3UWQA 4JD4A 3T78A 5MHBA 3VKJA 3GDKA 3S1UA 4AWUA 5I3HA 1QPOA 4O10A 4LS1A 4IMCA 3I7SA 1LZOA 3W1UA 3DI0A 1NF7A 2C19A 3DFTA 3FYPA 5CPLA 5K9DA 1CI1A 4TX9A 3L67A 3UPWA 4RLIA 3VI2A 2Z0IA 3CTLA 2CLKA 1LOLA 4NZFA 3Q94A 1W5OA 4LU0A 3QYQA 4UTHA 4YCPA 1ME9A 4ZMGA 2XFWA 1DVJA 1I2NA 4FHAA 2CZFA 4M7SA 1UJPA 1UBSA 4EF9A 3S1WA 1JRBA 3LHTA 3PVFA 4C1KA 2CFFA 1XM3A 3T44A 5J5DA 2DZUA 1P0NA 2PCQA 3UY8A 3MHGA 3GYEA 2DZSA 4UTWC 4DO6A 4N6EA 3TU9A 2RDTA 3BARA 1H60A 1ALDA 2ZRXA 3LXCA 4XZ9A 2YCEA 3CT7A 3UZJA 5AOUA 2ZCGA 3IGSA 3S6DA 2J9XA 1L9WA 5E1QA 4UFMA 1A5BA 3TW6A 2V5LA 5AB3A 3P84A 1P4CA 3F4NA 2Y70A 4ONVA 3TC7A 3GXPA 3G0XA 5EA9A 4JTFA 2HMCA 4NXSA 4JN6A 4UTTA 3MJYA 1KM1A 3C61A 1YXYA 5G2WA 1OYAA 3PAJA 2IQTA 5FI8A 1N7KA 3W88A 1SSGA 2Y6ZA 1DBTA 1F74A 1M5WA 3E9AA 1N8FA 3LCFA 1RR2A 1W3TA 5LGZA 3BLFA 4DO5A 3GXNA 3NDOA 4PTNA 1WDWA 2ZFAA 3LB0A 5AFDA 3WK3A 3LBMA 3LHYA 3M5VA 3CIWA 3FS2A 1XC4A 1KFLA 3M16A 4NJJA 3CLMA 4ML9A 2JGYA 3QW3A 4DF1A 3CWOX 5AYXA 1TV7A 4JYFA 1RQEA 3GXTA 2Q8LA 5HULA 1SZFA 1EP1A 1LBFA 5SWUA 2QKFA 1DKWA 1GOXA 5CZSA 5EYWA 3PULA 5H2ZA 4BWLC 3Q58A 1G4TA 3B04A 2QJGA 4K6AA 3W2NA 2NX9A 3EX3A 4HKPA 4O16A 3TV8A 3NNTA 3MYPA 3G1YA 3G1XA 4Y8FA 3CEUA 2VXNA 5FF3A 4K7YA 3MO7A 3RF9A 1LRQA 1AL8A 4E2BA 3R89A 1GG0A 4MYXA 4WOQA 4LVFA 3THAA 1TV8A 2ZBTA 4ZQPA 1A53A 4KWWA 4IMGA 3S8HA 2ATMA 3O63A 5FEZA 3OVQA 3TMQA 3P7YA 1H61A 1VCGA 4A29A 4BI7A 5D2VA 2AGKA 1L2UA 2GVJA 4UTWA 3NQAA 1AK5A 4MY9A 4O8RA 4NNCA 5EBUA 2B7PA 1VYPX 3UWZA 5L6UA 2VFIA 1W0MA 4PFMA 3R8RA 2CU0A 3EXTA 1FBAA 4WY0A 3UWWA 1OF8A 1GVFA 3DFSA 4GWEA 3MBDA 3AJXA 2X1TA 4ADSA 2P10A 3KOFA 1D3HA 2NLIA 2YR1A 1BTMA 5IBXC 4UCGA 2FLIA 2C1HA 2CLLA 2FPTA 3U2OA 4YXGA 2Y7DA 4DXVA 3GAKA 3OBKA 4LUJA 1K8YA 4BI5A 4O13A 3QQ0A 1TTIA 1OHLA 5D32A 3NAVA 1R47A 1TO3A 2WSYA 2VFFA 5DN1A 5C54A 2E5DA 1ZHAA 3IRDA 4GJ1A 3TIMA 1F2JA 1RPXA 2PC4A 4AH7A 4ICNA 3OG3A 1VRDA 3DZ1A 2VEMA 2H6RA 3PC0A 5LGXA 4HSOA 5F4WA 2Y62A 5K9CA 3LOTA 1FWRA 3TROA 4A2SA 3SZ8A 3RNDA 1EWEA 4G1KA 4RZ4A 5F2GA 3GDTA 3OA3A 3ZS4A 5I3FA 2WV8A 1TPH1 4KFNA 5HJLA 1T0OA 1P5BA 4FNTA 2G96A 1VQTA 3W6YA 3NM1A 2YFOA 3LI0A 3QPYA 1WV2A 4QQ3A 3T4CA 4H3DA 1K8XA 2YXGA 4O1BA 3QH2A 4JGDA 1ZENA 3I7RA 2C6QA 4IPIA 1F6PA 1FDJA 3ABSA 5K9XA 3WJZA 1G4SA 4QITA 4RZ6A 1VJIA 4AXKA 1H1YA 2ZRZA 1VCFA 1KV8A 4EWND 2A7NA 3TQ0A 3WJSA 1TPDA 4FNUA 3KVLA 4JTEA 1UCWA 5T26A 1GVRA 1FWWA 1FCUA 4E38A 4MY8A 4ADTA 1LDCA 2J9YA 2VELA 1DORA 3W70A 1TRDA 3IGUA 3TA6A 4JTGA 4WXYA 2QAPA 1R46A 1XCFA 5I3IA 2GPTA 2YFNA 1KM4A 1E51A 3C3NA 3GZ3A 4S1FA 2ZZ4A 4DPQA 1EB3A 4DQWA 2E6DA 1SZGA 3ABRA 3FKKA 2OJPA 3DXIA 3WJXA 3RFAA 3HG4A 4CCCA 4A21A 3NPVA 3HG2A 1L6WA 5GVJA 4IPJA 4N4PA 4UNKA 3QPZA 4Q32A 1VHNA 2VFHA 1FXPA 1DOSA 6TIMA 1FX6A 4MJZA 5K4ZA 5KZEA 1OFDA 3M1ZA 2ZDRA 5IBXA 3PWAA 1TRIA 1LLZA 2RKXA 2PRLA 2PRHA 2TPSA 3N2MA 4POCA 2DZTA 2H8ZA 4C1LA 1YPFA 4MUZA 3G8RA 5F4SA 1V7YA 5HUOA 4I9AA 4JIPA 3B03A 1U5JA 3GNNA 4UMCA 1QR7A 1GEQA 3HF3A 4RK8A 2Q3OA 3T55A 1CX9A 3BO9A 4JDBA 3JR2A 1TREA 1TPC1 3W84A 3Q2DA 3CPRA 3DKJA 6ALDA 1PCKA 3W7DA 2C3ZA 3G1DA 3VE9A 5AC6A 1DL3A 1LTDA 4MY1A 1NSJA 3HGJA 2VFDA 2PURA 3P5YA 1JQVA 1OFPA 3CHVA 2BLEA 4AWSA 1KLZA 1LP6A 3EWZA 3LXBA 1AW1A 5AN7A 2VOMA 3GKAA 4K37A 3FJLA 4UFJA 4XUGA 1THFD 4MZ8A 1QCWA 1YPIA 1TPWA 4LTSA 3N19B 1P0KA 5CSSA 3ZR4A 2YPIA 3EWUA 1PS9A 1TPFA 4AHOA 2NX3A 3KRSA 1YDVA 4FNQA 1W8SA 3WJWA 1F7BA 1LORA 4X22A 3STFA 3W2LA 4UNLA 5K7JA 3W3OA 1ZAJA 4WJEA 4QIUA 3TSBA 4D2JA 3STGA 3PSVA 4IWWA 4FEZA 3W1AA 4MPQA 4LC6A 3RLVA 2ZTKA 5C2XA 4NJHA 4Z08A 2QR6A 5HWNA 3NO5A 3S0CA 3NL2A 1VHCA 4XQ6A 5KMYA 2A1YA 3NQ6A 3QZEA 2PRMA 3O07A 3G3MA 3Q37A 1H5YA 2CWNA 1B57A 2ZQ0A 2E77A 5J5RA 3VNDA 2XN0A 3M5YA 4QISA 1KA9F 2DORA 3SGUA 3EB2A 2RDWA 1LBLA 5FESA 1QPRA 2NXIA 1B4KA 1SW3A 1YYAA 1SO5A 3LI1A 2CLHA 4LY8A 1IIGA 1VGAA 1I45A 4O52A 2VEKA 2A5HA 3L68A 5BMXA 2A7PA 2J27A 2E6AA 1MSSA 4IMDA 3GIYA 4HNVA 3KX6A 3JS3A 2HSAA 4OGZA 3NQGA 3O8AA 3MI3A 3KRUA 1D9EA 2Z6JA 2ZA2A 5DBUA 3IIZA 5CGQA 1TTPA 2JKPA 3W23A 3GR7A 1BKSA 1GJPA 1K7EA 4LRSA 3SI9A 2H8XA 2FQIA 4WY0F 3O6CA 3UZ5A 2A6LA 4MLJA 1QMLA 3ABQA 1OFEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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