3EXT | Genus

Total Genus 80

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	80
sequence length	218
structure length	211
Chain Sequence	QLPNLQVALDHSNLKGAITAAVSVGNEVDVIEAGTVCLLQVGSELVEVLRSLFPDKIIVADTKCADAGGTVAKNNAVRGADWMTCICSATIPTMKAARKAIEDINPDKGEIQVELYGDWTYDQAQQWLDAGISQAIYHQSRTWGEKDLNKVKKLIEMGFRVSVTGGLSVDTLKLFEGVDVFTFIAGRGITEAKNPAGAARAFKDEIKRIWG

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__808859233351487__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__808859233351487__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3EXT/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__808859233351487__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"808859233351487","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3EXT/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__808859233351487__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfed601288507e140789bee/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfed601288507e140789bee/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfed601288507e140789bee/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfed601288507e140789bee/pdb.gz): 301 ms

reading 211 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

211 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:210});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Streptococcus mutans
publication title	Open-closed conformational change revealed by the crystal structures of 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase from Streptococcus mutans pubmed doi rcsb
molecule keywords	RmpD (Hexulose-6-phosphate synthase)
total genus	80
structure length	211
sequence length	218
ec nomenclature	ec 4.1.1.85: 3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2008-10-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3extA00

5EMUA 3DU0A 3OVPA 4UTKA 3ABOA 4Z0SA 3QFEA 5DCBA 3VKJA 3GNDA 2FFCA 2GOUA 3IVSA 3E96A 1WAUA 2QAPA 1TO3A 3QMTA 4C1KA 5FEWA 4AHQA 4JTHA 2JKAA 4AHPA 2GVGA 1R2RA 2V5LA 4Z0JA 3WJWA 2DZPA 2JGYA 1XBZA 3W1NA 3GNNA 3TV8A 4TO8A 1W5QA 4WY0A 3W23A 1JCJA 5DN1A 4MY1A 1DVJA 2I1OA 5HJLA 4O0ZA 1LOLA 3W7HA 2J6XA 3B4UA 4X22A 4CQ9A 3QQ1A 3BGGA 1A50A 2V9DA 4O18A 3NQAA 4UMAA 4S2BA 4O19A 1FQ0A 2R91A 3G1VA 4UTLA 1SSGA 1VS1A 2JKPA 4XWUA 3QJAA 2VFDA 2GQ8A 3GIYA 5LHFA 2A85A 1PS9A 2P0OA 3C2RA 5U7SA 4JTEA 4LT9A 3U8GA 5AHIA 1TMHA 2QCFA 4ZQMA 1F05A 2GVJA 4MLRA 2YPIA 1PHWA 1KM1A 1NEYA 3LI0A 1FWSA 2B7OA 1U83A 2ISVA 3ABSA 1MEIA 3NQVA 1H61A 5D2VA 5DCEA 1QO5A 4DPQA 4GJ1A 3WJZA 3TSDA 3W1RA 4WXZA 2ATMA 5DY3A 5I3KA 2Y7EA 4BWLA 3ANYA 4ZMGA 1OG0A 3GDRA 1IXPA 3VFLA 2PRHA 3TXZA 3A23A 2VKZG 1P0NA 4QIUA 1QOQA 1AG1O 4LTSA 2BSLA 3N9SA 3OVQA 3FEMA 1EUNA 4LY8A 1OX4A 4XBKA 4DELA 2NUYA 2Q3OA 3RU6A 4UFKA 5KZEA 2PURA 5G2IA 3PY2A 3HGSA 4HSNA 1CX9A 2EAWA 5AB3A 1TV7A 4JX4A 2WPBA 3NZRA 3B0PA 5G2HA 4FIQA 4ORMA 4RXGA 4Y96A 5HNRA 1QPOA 4RJEA 5ABTA 3Q94A 1XUZA 4LVGA 5KITA 1T8XA 4C1LA 4N9CA 3B0UX 5AFDA 4Z08A 2NV1A 4KFOA 3N73A 4FNPA 3TCEA 3WJXA 3C61A 3N14A 4WZHA 1YTEA 2C15A 2NWSA 4DF2A 2H8XA 1IXOA 1QAPA 2ALDA 2V30A 3V1PA 1PCWA 5KMYA 1QR7A 5DBTA 1N7KA 1OYBA 3DAQA 2ISWA 5HMSA 1DKWA 3ZR4A 1KTNA 3LHVA 3PVFA 1DORA 3M16A 3STCA 3LHWA 1TPFA 2D73A 5FEXA 4MJMA 3HB9A 5G1TA 2CZFA 3A21A 1I45A 4I7WA 3W7GA 4QM1A 5K7JA 1JCLA 3E02A 3OVRA 4RZ5A 1FDJA 4A29A 3CIWA 1ICPA 2GQ9A 3SSJA 1XDLA 2HSAA 5KSWA 5DXYA 3NPUA 4QNWA 3YPIA 2XFWA 3SY5A 1C29A 2NXGA 3N2MA 1G67A 4QQ3A 3W6YA 1EX5A 3B05A 3WK0A 4NJHA 3LM7A 1OF6A 2VFFA 4RK8A 3TJXA 4UR8A 3PULA 1R47A 1BEUA 3TW6A 3W2KA 5FESA 1ZALA 1S5WA 1I4NA 3DGRA 4MOZA 4NNAA 3NQDA 3IVUA 2YYUA 4OBTA 4IPIA 5BMWA 4ZL1A 1VJIA 4FB7A 1KFLA 3NXFA 2YW3A 2C19A 3LHUA 4O16A 1PVNA 4HPJA 1WDWA 4NX0A 1VCFA 1TB3A 2BX7A 2X1RA 1OFQA 5EYWA 2DJXA 1N55A 4FHAA 2GPTA 1VRDA 3A5FA 5EBUA 2TSYA 4ZZ9A 4UTWA 2Y62A 2EGZA 5FF7A 3KRUA 1D9EA 1AMKA 3PF3A 4NX5A 1C8VA 1GVRA 3HPSA 4O1CA 4UNLA 3O07A 1TIMA 4LUJA 2OZ0A 3W7CA 3CC1A 1OVDA 3WK1A 4ZQNA 5AYXA 5C2XA 1YDVA 1G69A 2V2CA 1ONRA 3GXPA 1ZFJA 4NZFA 2J27A 2FPYA 3NZ1A 2QDHA 1VYPX 3H55A 3P80A 4FX7A 3UWYA 3L0NA 3HG5A 1W31A 3PUOA 3UZ5A 2QCMA 3G0UA 3BVJA 1QOPA 4OGZA 2A6LA 1TPH1 5GVJA 2FDSA 1FX6A 4ADUA 1GG0A 4GUHA 4ICNA 1EPXA 4OHQA 1JCMP 3B8DA 2WNZA 1L9WA 4E2DA 3EWUA 1DBTA 3L0GA 1K7EA 1T96A 1GTEA 4BI7A 2G95A 3LCFA 1WBHA 2VEKA 3C3NA 3W72A 1HO4A 3K30A 2P1FA 3QQ0A 3KVMA 3M5YA 4MY9A 1FCBA 3O6DA 3UXAA 3NL6A 3LBCA 1LTDA 1FXQA 2J9YA 3HG3A 3W86A 1F6KA 1YADA 1O95A 1LDCA 3TU9A 1NAL1 1ME8A 1HTIA 3ZS4A 1DJNA 5HUPA 2HTMA 5EA9A 2GQAA 2WOQA 2RDWA 3BW2A 5DELA 3P62A 2BWGA 3HGOA 3M9YA 4PCFA 2OT1A 3CM4A 4IOTA 1G4TA 4Q4KA 1O5KA 1W5MA 3NYZA 2ZFAA 3DFSA 1LOSA 4ONVA 3HF3A 4LS2A 8TIMA 3BW3A 1OJXA 1P1XA 5FF4A 4HHPA 4PC8A 1JVNA 1TPVA 4GUGA 4XKYB 3R12A 2OJPA 1L6YA 4RCXA 5MHBA 4FNQA 4MZ1A 3PBWA 3KVLA 2TRSA 2QCEA 2A5HA 4M5PA 3NQ6A 1SO3A 3CTLA 1H50A 1W1ZA 1OFOA 2V8ZA 2VFEA 2Y85A 1B4KA 1TPUA 2QF7A 3LHYA 3M5XA 1L6WA 3JR2A 4N6EA 4NNCA 5K4XA 2B7NA 3E49A 2FJKA 1KFCA 2C1HA 4FXRA 2B4GA 2Z2UA 4A2RA 3MW7A 1OX5A 4LC6A 1VLIA 4JTLA 4O4VA 5LSMA 2DZVA 2QCDB 1KTBA 4N02A 3VNDA 2WNQA 1R2SA 3FYPA 4BR1A 3M44A 2QCCA 2Y89A 5HUOA 1I2PA 5LNVA 1KV8A 4MVAA 5EL1A 2TMDA 1AW1A 3QPYA 5F4XA 3QH2A 2JKEA 3DHDA 4NXSA 1ZY9A 2ZTKA 4JDBA 3RFAA 4LVDA 3UY7A 1DHPA 4E2BA 2DP3A 4O0KA 3FIGA 1W5PA 3NVTA 1YDNA 1B9BA 3M41A 1W8SA 3IGSA 4MZ8A 5H2ZA 2O7QA 5CKSA 3H54A 4Z1BA 3KAOA 3LLDA 2CLOA 1VCVA 1LLZA 4JYDA 4UUIA 2GVLA 4MZYA 4UXDA 4AEOA 2RFGA 5LGZA 4B5NA 4OWGA 1GVOA 1SFJA 1XI3A 2C18A 3IRDA 4UTTC 3MP5A 3W2NA 4FX6M 1KV5A 3LDVA 4CNOA 3P84A 1OFPA 3TJLA 1QWGA 3F1QA 5A5WA 3P8IA 4H4IA 3LCXA 4O11A 1TPEA 1X8FA 3BPWA 4M7SA 3MBDA 3S9YA 1X1OA 1F74A 1FDZA 1SZFA 3O63A 5KZMA 3G0XA 3TFXA 3R5EA 4WOZA 3MUXA 1RQBA 1EA0A 4IGHA 4PL2A 2BLEA 1L2UA 2GJLA 2EF9A 3HO8A 1JQXA 1F73A 1W5OA 3L21A 2YX0A 2RDUA 1JR1A 3HJZA 1I2RA 1OK6A 4JD4A 3GAKA 3BV4A 1QPQA 3I7RA 1PHQA 2WSRA 1BTMA 1ZENA 4K37A 3W7IA 4CCDA 2RH9A 1ML1A 3EWWA 4XTIA 5C54A 3VE9A 3L67A 5HULA 3GLCA 3W74A 2CLKA 1I8JA 1TTIA 3TAOA 4CNPA 1LRQA 1K8XA 1AW5A 2VEMA 2QCLA 2ZCGA 3KHJA 3CWOX 1V5XA 1ME7A 4JY8A 3NL2A 5F2GA 3P82A 1K8YA 4XZ9A 2CU0A 1JCXA 4XTDA 3CIXA 3CQ0A 3MP3A 4MUZA 3DKLA 1NSJA 2OT0A 5J5RA 1W54A 4L4LA 3FS2A 2E6DA 4O4WA 4UC5A 3O6YX 3C4UA 2QUVA 2ZA2A 2Y70A 3W88A 2EKCA 4GRSA 3QYQA 3W7KA 2ZDRA 1MSSA 1B4EA 3CT7A 4DBDA 1D3GA 5AC8A 5I3JA 4N4QA 3Q37A 4WUIA 1F5ZA 2C14A 3EX2A 5DY2A 4N9BA 4H6KA 3R2GA 3S1XA 1H63A 4UTHA 2HS6A 1LRNA 3VE7A 3DKJA 3G3DA 4A21A 2LLEA 2ATSA 2G5WA 4NUWA 3P5ZA 4R53A 3TAKA 3MI6A 2G97A 4O1DA 3UQNA 3TFCA 3THAA 1EUAA 1EWDA 2ZRYA 3MHGA 5IBXC 1JULA 3W83A 4XBSA 3G0SA 2Y6ZA 4BI6A 4UTMA 3LCGA 3W70A 2E6YA 3QPZA 2XN0A 2OMAA 5F2IA 1K7XA 5HWJA 3IIPA 1H7WA 2F84A 1H51A 2YCEA 3W7OA 1LBLA 4JYFA 2ZZ2A 4IMEA 5D09A 3T40A 5HR6A 4ALDA 3AO0A 2DZSA 5TIMA 3NPVA 3STFA 2DZUA 1TPB1 3TUUA 2X16A 4JTIA 4PL1A 5C55A 2VFHA 4XUGA 2QEZA 3OBKA 3A9IA 2ZA3A 2H6RA 3IVTA 2B7PA 1LYXA 3MMTA 3QC3A 1VR6A 1KLYA 3RF9A 4H3DA 1A5SA 3TSBA 4AXKA 3O8AA 5DLCA 2NUWA 4JX5A 1P0KA 5I3FA 3KRZA 1AL8A 1VYRA 3IIOA 4DQWA 3LCWA 4YLWA 1NVMA 4JTGA 4KWVA 2Z1BA 1Q6QA 1B57A 1E51A 3HOJA 4UFLA 3P60A 2H90A 4KFNA 4NXKA 2O7SA 4A22A 2Y7DA 2NV2A 2VXNA 2WNNA 4NU7A 5D05A 2W0UA 5DCDA 2QAFA 2CWNA 1OX6A 5D2TA 1X1ZA 1EWEA 4FNUA 3TQVA 2NUXA 3ZWSA 4Y9AA 2X30A 4GNJA 3JS3A 3LCLA 1JUEA 1GTHA 4HPXA 1IIHA 1I2OA 2QCGA 5EKYA 3CHVA 1UB3A 2A2IA 4D2JA 1DQXA 2AAMA 3GR7A 2NX9A 5CZJA 1GOXA 1HO1A 2PRMA 3DBPA 1S5VA 4X2RA 1I2QA 3EWZA 5D37A 2NLIA 5F1VA 3M43A 2VOMA 3S5NA 4JN6A 3AJXA 2VC6A 1YYAA 4GFSA 2A1YA 1OFAA 5D33A 1Z41A 3OEXA 3B0VC 1A5AA 3M47A 1RZMA 2A4AA 2V2HA 3W87A 1TV5A 1IXQA 1W3TA 2CW6A 5BMXA 1TTJA 2NZLA 2E5DA 5FF3A 4O54A 5AHLA 2A7PA 2Y88A 3QRHA 2A21A 3N9RA 2Y61A 5D30A 4K7VA 4ADTA 4J9JA 3FFSA 1EIXA 4LC8A 1G4EA 2Q8ZA 4O50A 1LORA 5D2WA 1EP1A 3NPWA 2Y7FA 4CQAA 4LVFA 1DL3A 1JUKA 2QKFA 4DF0A 3LHTA 2NX1A 3O16A 1THFD 4Y8FA 1H1YA 3TMQA 3TK7A 2QCNA 3D0CA 3UWUA 2V0TA 3KX6A 4JXCA 1MO0A 4JY9A 3CEPA 6TIMA 3TMLA 3A24A 3PC0A 3DFQA 4FO4A 3R13A 1LBMA 1XXXA 1QO2A 3GXNA 3W2MA 4UMCA 1RD5A 3QW4B 1PCKA 4Q32A 4AWTA 1WV2A 4JR5A 7TIMA 2WKJA 3G1HA 5H91A 3O06A 1JRBA 4PA8A 3T7VA 4TMBA 1K7FA 1XC4A 3GB6A 4Y6GA 5C6MA 3HPXA 3C2EA 4ORIA 5AHNA 1AK5A 3ATYA 3N34A 2RDTA 4LUIA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3EXTA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations