3EXTA

Crystal structure of kgpdc from streptococcus mutans
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
218
structure length
211
Chain Sequence
QLPNLQVALDHSNLKGAITAAVSVGNEVDVIEAGTVCLLQVGSELVEVLRSLFPDKIIVADTKCADAGGTVAKNNAVRGADWMTCICSATIPTMKAARKAIEDINPDKGEIQVELYGDWTYDQAQQWLDAGISQAIYHQSRTWGEKDLNKVKKLIEMGFRVSVTGGLSVDTLKLFEGVDVFTFIAGRGITEAKNPAGAARAFKDEIKRIWG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Open-closed conformational change revealed by the crystal structures of 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase from Streptococcus mutans
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Streptococcus mutans
molecule keywords RmpD (Hexulose-6-phosphate synthase)
total genus 80
structure length 211
sequence length 218
ec nomenclature ec 4.1.1.85: 3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2008-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3extA00
1E51A 2Q3OA 4O57A 3G1SA 4FNSA 2VENA 3NGJA 3TQKA 4Y9AA 2C19A 4N02A 2QKFA 4WUIA 4AHQA 2CLOA 1KM0A 3C0JA 3RNDA 3UZ5A 3W7EA 2DJLA 4I9AA 4LVGA 3DH7A 3EWWA 4GRSA 2ZQ0A 1FX6A 3EX4A 3UY8A 1K8ZA 1SO3A 4DBDA 3TUUA 4CNOA 3O63A 2PRHA 2Y7EA 4ZVJA 2J6XA 5G2HA 4IMEA 1D3GA 3F03K 1GYNA 1QPNA 2BXVA 3C56A 1BWKA 1VLIA 2V82A 4LS0A 3OG3A 5AFDA 1AL8A 1YLVA 2B7OA 2HS6A 3DGRA 3GB6A 1KM6A 4LU0A 2R91A 1ZCOA 1W54A 3L65A 1GOXA 3H54A 3LHTA 1O60A 1WBJA 3L5LA 2VEIA 3KVJA 4RXGA 3VI2A 3F4NA 4IX2A 1Q6QA 2GUUA 4M6QA 3I7QA 3P84A 4BR1A 2NWRA 3MMTA 3OHIA 2GVJA 2ISVA 3TMQA 3W7IA 4HSNA 4A2SA 1MSSA 2C3ZA 1Q45A 1S5WA 1KLYA 3EWZA 3TDFA 1W3NA 3PSWA 4M7TA 2Z0IA 3A5VA 1PHQA 8TIMA 2ZA3A 4XUGA 1FY6A 3W75A 1ZY9A 3LRMA 5C5YA 3QW4B 1CI1A 1QWGA 3S5YA 4X9SA 1IIHA 1QPOA 4HKPA 3EX2A 1W1ZA 4LV9A 1B4KA 1Z41A 3NM1A 5CPMA 3QEZA 4FIQA 1YADA 5BNKA 5DLCA 2OZ0A 3A21A 1AG1O 1SW0A 3S5ZA 3W1TA 1ZAHA 3O6CA 2I14A 4GXMA 2G5WA 4IXXA 4HNNA 2QUUA 4I7WA 1TQXA 4UFIA 4DEFA 3O06A 1H7XA 2QAFA 4MY8A 3BV4A 3HPSA 3RF9A 2X30A 2J24A 3V75A 1H7WA 1KM5A 3NAVA 4M19A 5I3IA 1OFBA 5J5RA 1AW2A 1XBZA 3SIZA 3HQ1A 3ELFA 3NM3A 1HUVA 2DZSA 1VHNA 1OK4A 2A0NA 2E6DA 3KX6A 2EPHA 1M7OA 3TE9A 1LBFA 3ZFHA 3OBKA 1YTKA 2I1OA 1T0OA 3SSJA 1JUEA 3TA6A 4MUZA 1DKWA 1F7BA 2OCZA 5D09A 1OF6A 3W7CA 4N6EA 1T96A 3W7NA 3PB0A 3E49A 1F73A 2CLKA 4JDBA 2ZYFA 1QFEA 4O18A 4UCGA 1NAL1 3W23A 1H51A 1W3IA 3KRSA 1F05A 1GG1A 4FO4A 1YTEA 1SZNA 2NUYA 3JRKA 4UTKA 4DO6A 1I2PA 1FDYA 5LNRA 3ATZA 5SWUA 4LUIA 4WZHA 2R94A 2G95A 2DP3A 3HG4A 2Y7GA 4TU1A 3GX9A 3CIXA 3L9CA 3QM3A 3RLUA 3MHUA 1EEPA 1TJPA 1BKSA 1X6UA 3A23A 4RJEA 1VQTA 1WOAA 2BSLA 3E02A 1YDNA 4OHQA 2GJLA 4JS3A 3KVMA 4H3DA 2H3DA 1SZGA 1IGSA 1FBAA 5EMUA 2BLEA 1TPUA 2ZZ3A 4N9BA 7TIMA 1PHWA 3Q37A 1FXPA 4NXSA 3LB0A 3T40A 4DF2A 1JCJA 1TTJA 2V8ZA 2JKEA 4JYDA 1FDZA 2H8XA 2DZTA 4N2YA 1NF0A 2Y7DA 3R13A 1L2UA 5KMYA 1CW2A 4JTFA 3FJLA 4LC8A 3OEXA 4WOZA 2XN2A 1TMHA 1KM4A 2ISSA 2QCGA 3ABRA 3YPIA 4JEQA 3MP3A 4XKYB 4JD4A 1WDWA 4MLRA 3MI2A 4LVDA 4EF9A 3LBMA 4GUIA 3RFAA 1R2SA 3PBUA 3RMJA 5BRBA 4JN6A 4AMAA 1M6JA 2CFFA 1ME7A 4MIMA 1MEHA 1JRBA 3LXAA 4O50A 1T99A 4UTMA 1QPQA 2Y6ZA 1KV8A 4RLIA 2YSWA 4RZ6A 3BG3A 4QIUA 3UPBA 3KAOA 5AYYA 3MBFA 2TRSA 2CLMA 4H6KA 3T78A 3FLUA 4MLJA 1SO5A 3DI1A 1TCDA 5DXYA 5K9XA 1XFBA 3STFA 1JQVA 3I68A 3CEPA 4YXGA 4N9EA 1UBSA 1OX5A 3ZWSA 3GR7A 3S6DA 1VPXA 3QYQA 1LOQA 3TJXA 3GNNA 3MO7A 3SI9A 1RQEA 1O5KA 1LRNA 3NPWA 4X22A 4OV9A 3FYOA 1WAUA 3HG5A 2Z2UA 5CZSA 1NF7A 2QUVA 3M5XA 3LRLA 3W7PA 1F6PA 4RZ4A 5FF0A 1QOPA 3FIGA 3WJSA 3TW6A 2NX3A 2EF9A 3RU6A 3L5AA 4IXHA 3CQ0A 4JX5A 3KVLA 3W22A 5I3HA 1TB3A 4UNKA 3GXTA 1PL9A 3OVPA 5LGZA 2DZVA 3FKRA 1NFBA 3L5MA 4N9CA 4BI7A 1GZGA 3CLMA 1SU5A 3EX1A 1ME9A 3MUXA 4ML9A 3THQA 1XXXA 3IEBA 1D9EA 3EX3A 2AAMA 2V5BA 4DQWA 5FEZA 4KFPA 2TYSA 4O0ZA 2E68A 3TFXA 3W9ZA 4FX8A 3W83A 4UC5A 4LOCA 1R2TA 2V5LA 1XDLA 5K7JA 5DY2A 3BLEA 1S5VA 4OT7A 5TBOA 1I45A 1XKYA 4Q33A 1TV8A 2NXHA 1SPQA 2VKZG 2D73A 4OBTA 4CNPA 3QQ1A 3W2KA 2QJGA 3M41A 4Y6GA 4JX6A 2OT1A 5D04C 1QAPA 3GDRA 5IBXA 1U83A 4UTTC 1ZALA 1XL9A 2A6NA 3W2LA 1TV7A 5LNUA 1XUUA 3IIOA 1XI3A 1OFAA 1LDCA 2VFIA 3OVQA 4W9TA 2C0AA 1J2WA 4Z1DA 4O54A 3MYPA 1LBMA 3S1VA 1I8JA 4ZQPA 4NNAA 1HTIA 2QJHA 2V2DA 3TROA 3MYOA 2ZFAA 1ZAIA 5AHIA 2GJNA 3PBYA 5HUPA 4BWLC 4OV4A 4DPQA 3L67A 2E5BA 1QDSA 2A5HA 3A24A 5EY5A 3BGGA 2WJZA 1DBTA 1VJIA 1A50A 5AHMA 4GJ1A 1BWLA 2ZZ2A 4UTTA 1MEIA 1B9BA 4O8RA 5D03A 2E1DA 4ONVA 1TPWA 1IXNA 1G4PA 4PEKA 2C14A 2DZUA 5FF7A 2RH9A 2FJKA 4MY1A 3PUOA 3S8HA 4I7VA 4YLWA 1TPB1 3A5FA 1V5XA 3G1YA 3QSRA 5E0KA 1DQXA 4FNUA 1PIIA 1R47A 3ABOA 2YGYA 3OIXA 1XC4A 3LCXA 4NJKA 4AWUA 1H7PA 2WKJA 3BGJA 3M5VA 5FEXA 1ICQA 5HMSA 1GYLA 5KZEA 4NJGA 2E5DA 1XBYA 3W2MA 4FEZA 1ZENA 3O05A 4NX0A 1F74A 2E5CA 2W79A 3PBVA 4M6PA 5AYXA 1XUZA 3M7WA 4HPXA 3DZ1A 3BK0A 3GK0A 2V81A 3IIPA 2OT0A 3EXRA 1G69A 3HJZA 2VELA 4AAJA 1EX5A 2FIQA 5D02A 3C61A 3L2IA 2DU2A 3S5NA 2ATMA 1H1ZA 2YYTA 4R53A 2QCEA 3IIVA 3B4UA 1OK6A 3TC7A 4ZL1A 4OWGA 4ZQNA 5FESA 1TJRA 1OF8A 3FFSA 1VR6A 3L66A 4XWUA 3CPRA 3W74A 4ZQMA 2V2HA 5DCDA 3SECA 3LLFA 3LGEA 4O17A 3GXNA 3C6CA 2GVGA 1FCBA 3ABSA 4P2VA 3T44A 3A22A 1OFQA 3O6DA 3M16A 5I3JA 3KHJA 3MP4A 4DXVA 3S42A 1LM1A 2ZA1A 4EIVA 2ZZ5A 3IRDA 4HSOA 4CQAA 1NSJA 4JIPA 4LVFA 1KV5A 2TSYA 2ZZ7A 1AMKA 4FXRA 1FDJA 2X1TA 1FCUA 5F2GA 1GTEA 3KRZA 1B3OA 1K7XA 1X1OA 2ZA2A 4IMFA 3OVRA 3CWOX 4HIBA 4ZQCA 4NNCA 4FXSA 3G22A 3TCEA 2WSYA 1VCGA 1WX0A 4AWTA 1SW3A 4O28A 5DBUA 3TX9A 1WYIA 2ZRUA 4JYFA 1TPH1 3PG8A 4CCEA 4AF0A 4FX7A 3WK2A 4K39A 1X1ZA 3LHWA 3WJZA 2QDGA 2X16A 5G2WA 5HR6A 3TV8A 2VFGA 3L0KA 2VXNA 4G1KA 4KFOA 1YPIA 4IPIA 4MYXA 1K7EA 3TC6A 3GDMA 3O8AA 1Q6RA 2QJIA 2E09A 4ADUA 1OX4B 3C8FA 1J5TA 1H63A 2E77A 3IVUA 2QCLA 2Z1BA 1QO2A 3W7QA 1YYAA 1WOBA 2EHHA 3MHGA 4NJIA 3P7YA 3BW4A 3N19B 1KFEA 1F5ZA 5F4WA 3LX9A 5F2IA 1H5YA 1XCFA 3TMLA 3F4WA 5AYZA 4K8EA 3CHVA 2R8WA 4JTGA 3MWAA 3LHYA 3DKLA 4DPPA 4LC6A 3W86A 2BTMA 2BZNA 1JULA 4MPQA 2Z6JA 4UTJA 2DORA 1DJQA 3MW7A 1LZOA 4N4PA 1LOSA 2WO5A 3NOEA 4O1DA 3PB2A 1G7UA 1OVDA 4N9DA 5A8GA 3TNOA 2O7SA 2DZWA 1XDMA 3W84A 2B4GA 3VFLA 1OYCA 4Y96A 5LNWA 2X1UA 3MBDA 1DOSA 4A22A 2GQAA 2AQWA 4WOQA 4OU1A 4UTWC 3BG5A 1Z42A 3M9YA 1LRQA 3CU2A 5DELA 4HPJA 6TIMA 1K02A 4FHAA 4O11A 3U6WA 3UNDA 3C2OA 2YFNA 3EB2A 3LXBA 1DVJA 1YPFA 3P81A 4NZJA 4NX5A 3W7DA 2EAWA 4GUFA 4DELA 4D2JA 4IX0A 1ZFJA 3CEUA 2VEMA 3PBWA 2QCCA 2ZZ6A 3PUEA 2ZZ4A 3FKKA 1KM1A 1JVNA 2TMDA 4GE8A 3CM4A 2JK2A 3HG3A 1GG0A 2DZXA 1XM3A 3SFKA 5DCEA 3W2JA 4JTTA 3W70A 5KSWA 2CZ5A 1U5JA 4NUWA 4NU7A 1GWJA 4CLMA 3LLDA 1AK5A 1SUXA 3DHDA 3NQEA 3PSVA 1UB3A 1A53A 2FPYA 1G4SA 4O1CA 3KOFA 2NXGA 3WK0A 3EXTA 4RXFA 1KA9F 3NQ8A 3NPXA 3DFTA 1FUYA 3IGXA 5EBUA 1QCWA 1UCWA 1B57A 2X2GA 3NQ7A 3DFOA 5F4SA 2J9XA 2Y62A 3N73A 3PM6A 5L6UA 5K2ZA 4AXKA 5G1TA 1EIXA 4A29A 3P8JA 3O15A 5KTLA 3M5YA 1OFRA 3DXIA 4O1BA 4K7YA 1H1YA 1KW1A 5AOUA 2CLHA 3TU9A 3STCA 1ML1A 3LCFA 5TQLA 3S1UA 5CZTA 1EP2A 2G97A 1SSDA 3NPVA 1TTIA 4I7UA 1OFOA 4O52A 3W7RA 3LI1A 3EWYA 3I7SA 1G4TA 2YYUA 5LHEA 3VNDA 3L68A 4AH7A 3IV3A 4EF8A 3TXVA 1IIGA 1YTDA 1B4EA 3W1PA 3P5ZA 3HPZA 1TPDA 3EWUA 4QAIA 3P8IA 3E96A 2LLEA 3G18A 3QSTA 2PC4A 3L21A 4NJJA 1VLWA 1W56A 1ZJIA 3W76A 3W7OA 2G96A 2A7NA 4QJ1A 1EPXA 1L6YA 2QCFA 2H3BA 5F1VA 3LI0A 1S3HA 3S9YA 3EKZA 3P67A 1FWWA 1GQNA 2QUTA 2B0MA 3BLIA 3LCLA 1VYPX 1H61A 4JR5A 2B7QA 3B04A 4GUJA 4C1KA 2ZCGA 1H7OA 1NEYA 2CWNA 3IGSA 5KZDA 2V9DA 4JTLA 1HL2A 2ZDRA 1KTBA 5A5WA 2IQTA 1Z48A 1PCWA 4WX2A 2NV2A 4YCOA 5EA9A 3LBCA 3NQ2A 4LV4A 5AHLA 3ZWTA 1FQ0A 5CPLA 2CLEA 4BI6A 5LHFA 4WJEA 3W7GA 3V1PA 2C6QA 2YW4A 2H90A 1KTNA 5CSSA 2EGZA 5HINA 3P60A 3H55A 5D30A 5ABTA 5K9DA 4WY0A 4OQVA 2FFCA 5H91A 4HNTA 2VFEA 1EP3A 3NQDA 3JS3A 3O16A 1HO4A 5AHFA 3USBA 4NQ1A 2Z6IA 4JIQA 3GDTA 3HO8A 3AJXA 2CLFA 3KXQA 5AHEA 3UXAA 4AHPA 4K38A 3M6YA 1HG3A 2XN0A 3EWBX 4GUHA 3LCGA 3W1QA 2X1SA 2ZTJA 1OX6A 3NA8A 4XBSA 4LRSA 2YDAA 3G1VA 4XZ9A 4ICNA 1RPXA 3W7LA 2F84A 4JDYA 3S0CA 2YR1A 1DJNA 3GR8A 2WOQA 1PV8A 4Q4KA 4NVTA 3GKFA 1G7VA 4CQ8A 4E2DA 5HWMA 3UXDA 5D38A 1L6WA 1AW1A 1SQ7A 2ZRYA 3P62A 1LOLA 2J9YA 3B8DA 4L4MA 4MFEA 2RFGA 1I2QA 1LROA 2Y85A 4UMBA 4HNUA 1W31A 4PH6A 5E93A 2P10A 5K9CA 3NL2A 3N2XA 2UV8G 5E1QA 3RLVA 5AC8A 3U2OA 1M5WA 1MO0A 3DBPA 5MHBA 3GVGA 3MI6A 3TR2A 2H6RA 2HSAA 3G0SA 4C1LA 3S1XA 5K4XA 2CZFA 4TO8A 3SGZA 1SO6A 2VEPA 3ANYA 1TTPA 3TSMA 3W07A 1T8XA 3MP5A 2DJXA 5DN1A 3W1XA 5H2ZA 4PODA 4UTHA 3CB8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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