3F4VA

Semi-active e176q mutant of rice bglu1, a plant exoglucanase/beta-glucosidase
Total Genus 199
50100150200250300350400450050100150200
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
199
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
NWLGGLSRAAFPKRFVFGTVTSAYQVEGMAASGGRGPSIWDAFAHTPGNVAGNQNGDVATDQYHRYKEDVNLMKSLNFDAYRFSISWSRIFPDGEGRVNQEGVAYYNNLINYLLQKGITPYVNLYHYDLPLALEKKYGGWLNAKMADLFTEYADFCFKTFGNRVKHWFTFNQPRIVALLGYDQGTNPPKRCTKCAAGGNSATEPYIVAHNFLLSHAAAVARYRTKYQAAQQGKVGIVLDFNWYEALSNSTEDQAAAQRARDFHIGWYLDPLINGHYPQIMQDLVKDRLPKFTPEQARLVKGSADYIGINQYTASYMKGQQLMQQTPTSYSADWQVTYVFAKNGKPIGPQANSNWLYIVPWGMYGCVNYIKQKYGNPTVVITENGMDQPANLSRDQYLRDTTRVHFYRSYLTQLKKAIDEGANVAGYFAWSLLDNFEWLSGYTSKFGIVYVDFNTLERHPKASAYWFRDMLKH
50100150200250300350400450400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Oryza sativa japonica group
publication title The structural basis of oligosaccharide binding by rice BGlu1 beta-glucosidase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase
total genus 199
structure length 472
sequence length 472
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2008-11-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3f4vA00
1XYZA 5DFAA 4QAWA 5CGTA 1WKYA 1DWGM 3D5HA 3NSXA 1FP9A 4HMCA 4HPHA 4PMUA 1WCGA 2PWDA 1VENA 1JZ4A 4HOWA 3A47A 1XCXA 2HISA 2DH2A 2VCBA 4HZ8A 4FLRA 4W86A 2J75A 2PC8A 1M7XA 1UR1A 2EPKX 4CCEA 1HKIA 7TAAA 4W7UA 3W6LA 4JL1A 4PMXA 3SUWA 1CGWA 1E73M 1JZ2A 3WEOA 1MXDA 3WF4A 3AS1A 2XFYA 1HF6A 1XSKA 2DSZA 3WN6A 3U7BA 2VC9A 1E4MM 2Z1SA 3VIMA 1BVNP 2JE8A 4AW7A 1GHSA 1MFVA 5TD4A 1DWJM 4D6CA 2OYLA 4GXPA 1V3JA 1QI4A 3DYPA 1RPKA 1UWTA 4F8XA 2WHKA 3D3AA 4ML4A 1ISYA 2WHJA 2D2OA 4PUEA 1ITCA 3WL0A 5E09A 3RO8A 4AYSA 1CGYA 2BXZA 3IJ8A 3M7SA 1CXLA 4V28A 4WSKA 1RP8A 1E6NA 2IUZA 2J7EA 1CIUA 4DM1A 4U2ZA 1H1NA 5E0CA 4AD5A 3LPOA 2PWFA 3GZAA 2EQDA 4P7LA 2J8GA 1J0ZA 3KE0A 4P8XA 3L4ZA 4CN1A 5I0DA 1VEPA 4E8DA 3WNPA 3QHMA 1KXVA 1OGGA 3PTKA 4AZBA 1PEZA 1BYCA 1ZBVA 5I2UA 2E9LA 3A4XA 3GNOA 4UOQA 3BLKA 1NWSA 1E6RA 4NI3A 3AIWA 1C93A 1BGGA 3T0DA 1W3JA 1TCMA 4QLJA 1GPFA 4AD3A 4GO9A 1BPLB 4W89A 2AMGA 1C7SA 3CH9A 4JFSA 1JNDA 1CZ1A 1GZJA 1UD8A 2PWHA 3VIGA 1UD4A 4BA0A 1GUVA 1CEOA 1I75A 4C7FA 1FH7A 4WKFA 2VOTA 3AMKA 2ZUNA 1C90A 1KBKA 3MU7A 1HKKA 4DM2A 1QI0A 3W24A 3EDFA 3AMLA 1LG2A 2DIJA 1H0GA 2F8QA 3CUJA 4GQRA 2XIIA 1CECA 2VZSA 3EDKA 1E6PA 5EMYA 4TTGA 3LMYA 2WVTA 1FP8A 1G5AA 5ABHA 2YA2A 4Z2LA 5HOSA 4PMNA 3TTOA 4MJ2A 3EMQA 1BSIA 4GZEA 4AEFA 4DUVA 1F4AA 1A47A 1NWUA 3W28A 3VGDA 3VM7A 4KRUA 2XYLA 1V02A 3PZ9A 2VCAA 1IZJA 4TOQA 1BF2A 1J01A 5CPTA 3T09A 5HDRA 2J78A 4JHZA 5M3WA 1C92A 1B9ZA 1FH9A 1W1VA 4D1IA 4BQ3A 3ARWA 2Y8VA 3PN8A 3T08A 2XUCA 3BGAA 4TUFA 1ECEA 2W92A 1TUXA 1J10A 3RDKA 3KL3A 5FCZA 2ZIDA 4FLSA 3CHDA 3CBWA 4QDMA 1WZKA 2CKSA 1EDGA 2YIHA 4WJXA 1AMYA 3SCOA 2ZX6A 2J7GA 5A8OA 1QBBA 1W91A 5LA2A 2UWFA 2BY1A 2GK1A 2W62A 1VJZA 4Z2GA 3VMPA 1X6NA 1JXJA 3N13A 5A2AA 2GVYA 3POHA 2YDRA 1TA3A 2X1IA 1JAEA 3MV11 3OA5A 4TVDA 1XSIA 1OSEA 1WB0A 4GZJA 1ODZA 1XD1A 2EPLX 3PZTA 2DSVA 2JALA 2Y2WA 4UFHA 4BQ4A 3VDCA 1YQ2A 1NOWA 1J0IA 1GVYA 2VX5A 1JYVA 3T0AA 1UH4A 4PRWA 1HJXA 2O92A 2O9RA 5LA1A 1ZJBA 3U5UA 4DUXA 5E9AA 5A8MA 1S46A 2GK1B 4U2YA 4PEEA 1KGXA 3AHYA 2WWCA 1RD6A 1HNYA 1TA3B 2CBIA 1M01A 1QPKA 1F4HA 3KEHA 1A3HA 4V2XA 3RMEA 2E4TA 5LA0A 4GQQA 2ZUMA 3WUFA 1JAKA 1J11A 1EO5A 2DT1A 4W87A 1FA2A 2CBUA 4P7NA 4ATLA 5EFDA 1KCLA 4CU7A 2CHOA 3SEPA 2J25A 1OGBA 3GNPA 1XD0A 4B9ZA 2FH8A 5FL1A 1KGWA 4KGLA 5D8ZA 3WD0A 5DO8A 2CETA 4Q7NA 1U33A 1IZKA 2W63A 5I77A 4K68A 3N15A 2ZXQA 4PMZA 1PBGA 1HXJA 4U3CA 3BAJA 4UQCA 1XH1A 5A94A 1E6XM 1J0JA 1UH3A 4W84A 1W9VA 5C70A 4HA4A 2A3BA 4EAMA 3OLEA 4GI9A 3L4VA 2EJ1A 1QNQA 3CUIA 4MDPA 1EQPA 3VIFA 3WUGA 1QNRA 4UFIA 2DT3A 2JFEX 3A6OA 4UOJA 4AZHA 5D4YA 3ZR5A 3LPFA 2G3NA 1V08A 1V0KA 3B8SA 4P8VA 1JIBA 3K8LA 1R7AA 3W53A 2OYMA 5D8WA 4ACZA 4UQ9A 4W7VA 1QI2A 2OWWA 3WQ5A 4U33A 2DSUA 2V38A 4ZXLA 5M5DA 2VRQA 3NDYA 3WFLA 4DUWA 4D1JA 4W7WA 1CGUA 2J7CA 4QP0A 1BHGA 2DT2A 1HJQA 1GOMA 5BXSA 3EDEA 2X8RA 3VD3A 4H04A 2G3MA 2VTFA 2RGLA 4H7VA 2PBGA 4NZCA 1H11A 4PSPA 4J3TA 3RM8A 3AISA 2DH3A 1NH6A 1M03A 5A6BD 5JBEA 4HMEA 1B90A 1JF5A 1ZBKA 4PBGA 4JIEA 1WZLA 3TTYA 3BAIA 3ECQA 1KQZA 2WXDM 3AYRA 3MUZ1 4W5UA 1K9FA 4Q22A 5E6ZA 3CLWA 4AD4A 3CZEA 1CXHA 4EANA 4HMDA 1LL7A 3OLIA 1E55A 3THCA 1H5VA 3GM8A 2W4XA 3SCRA 8CGTA 1PZ3A 1Q6DA 2XWEA 2DSKA 4LX4A 2Y5EA 3VGEA 1LF1A 2WSKA 5I78A 2Y24A 2WMGA 1G0CA 1CTNA 3GXIA 4KMQA 4D6HA 1W9PA 1VRXA 3WMBA 3U7VA 1JFHA 4ZENA 1UQYA 1QI3A 2VRKA 4AC1X 3L4WA 3AFBA 2F61A 4URIA 4HZ6A 1PIFA 4PMVA 2X2YA 1DTUA 1UKPA 3VGBA 3VD9A 4TX8A 5LYRA 4AD2A 3F5LA 1QVBA 1VFOA 1PZ2A 4CD8A 3SCWA 1HJSA 3N17A 1PX3A 3BCDA 3OG2A 1BG9A 1TMQA 5ABGA 1JZ6A 3ARVA 5DMYA 3I3BA 3UG3A 4CD4A 5A2BA 2ZXDA 3VIIA 1X1NA 1E6SM 2CERA 4PMDA 2BVYA 3CZ8A 3VUPA 1PJ9A 2IXVA 3BXWA 3AMCA 4MNLA 2VQTA 2ZXAA 5GNXA 4HOXA 5HXMA 3VIJA 2E8YA 1DP0A 3KL0A 1J18A 1UR8A 1OCQA 1WP6A 3WF1A 1E5JA 2E8ZA 4TTUA 3MMDA 2A3EA 3OGRA 2O9TA 1BYBA 1UR2A 3ARTA 3MSDA 3NIYA 3TOPA 1MQPA 4JFVA 1JD9A 3I3EA 1C91A 1G01A 1WNOA 3IAQA 2GUYA 5HBFA 1I1WA 4MPKA 2YA1A 3WMSA 5GNYA 2XGBA 3VIPA 1OGSA 3W4RA 4GO8A 1GOWA 1EA9C 3B9AA 1CENA 3K8MA 4WIWA 1Q6EA 2CYGA 3CGTA 2WMHA 1M04A 2B31A 3WF0A 3THDA 2WMJA 3O6AA 1O7AA 3UCQA 3WY1A 1V03A 1VAHA 3GDBA 2BNJA 2HVMA 4MB5A 2XM2A 3GXDA 3T0BA 4TVCA 2VT0A 1HN1A 5A1AA 3ARSA 2WLYA 4PTMA 2WBGA 4PMOA 2D20A 3GNRA 4UFKA 3EDJA 4M82A 2J7BA 1DWHM 4P8UA 2VZVA 5I79A 3QGVA 2CCRA 3T2PA 6A3HA 5A8NA 2VZOA 3WNKA 3W0KA 1AQHA 3W6MA 4XX6A 2BY3A 3AIUA 3SCNA 1MWOA 4H2CA 1B3ZA 4HZ7A 2VX6A 3B9DA 1OT1A 3A3HA 1HL8A 2A3CA 1WZMA 1FFQA 3AHVA 2D23A 2W91A 3K4AA 3OZPA 3AXXA 1E0WA 1NQ6A 3MSGA 4AIUA 2D0HA 4KWUA 4J3VA 3UG5A 1MQRA 4QCFA 4UQAA 3VNYA 1QW9A 2FHBA 4D6IA 3HN3A 5A95A 1UH2A 2BHYA 2YKKA 2BY0A 4ACYA 3VIHA 4MADA 5I3DA 1Q6GA 1GW1A 4M8UA 4CN6A 4MDOA 1GHRA 3AJ7A 4XZWA 4NRRA 3UR7A 1JGIA 2WPGA 4YN5A 1W3LA 1V6UA 2ZX5A 4AY1A 4N42A 2VI0A 3NYDA 1E1FA 2CESA 2NT0A 4M24A 2E9MA 2WC7A 3ARUA 1J0HA 3MANA 3S2CA 1BGAA 1W9BM 1TFVA 3CZLA 1KR1A 2QMKA 5E6YA 5CQ1A 3VIOA 3UG4A 4BQ2A 5IXEA 3IANA 1MW2A 5JUVA 1E1EA 3U57A 1CXEA 4OKDA 3O9NA 3AQUA 1V3HA 3VNZA 1UA3A 3VX0A 1CXIA 1GOOA 3ZJ6A 2XGIA 3VO0A 4ATDA 3E1F1 1SMDA 3AIRA 2ZE0A 4H8HA 1GOIA 1W9XA 1EQCA 4XV0A 1GNXA 5IDIA 4MAVA 5JIWA 3SCSA 3EMCA 4IPLA 1LG1A 4YHEA 4J28A 1KR0A 4AIOA 1UZ4A 3WD4A 5FKYA 2ESCA 4RE2A 3HMCA 3ZT5A 1BTCA 5A6LA 4Z2IA 2D0GA 5HPCA 4PUDA 4P7RA 1B3XA 2E0PA 2FGZA 1XRVA 2YDSA 1QHPA 1OINA 3UESA 3TONA 1E6QM 2GDVA 3ZQ9A 3WUBA 4TX6A 1CXKA 1TZ7A 5I23A 1EH9A 3FAXA 1XV8A 2EO7A 4LYQA 2VVSA 1TVNA 1CYGA 3AXIA 3AS0A 4F66A 1L0PA 4GZIA 5ABEA 3WQVA 4UOZA 1ISXA 1JF6A 2JEPA 4WK9A 4EE9A 4FMVA 2YA0A 2GJRA 4IPNB 3BCFA 4OBRA 4CD7A 1V6XA 5AYIA 4B15A 5FD0A 5A6JA 4J7RA 3W26A 5AY7A 3W81A 3M07A 3GXFA 3SCQA 3WD2A 3MV01 3K4DA 1OBAA 2CNCA 5DT7A 3VGHA 2WK2A 1WDQA 2XG9A 3WSUA 2OYKA 2QPUA 2VNCA 4JAWA 2E40A 3KL5A 4AISA 2J62A 5IHRA 4L4OA 1KGUA 2FGLA 5KEZA 3VD5A 1EO7A 1QBAA 5CJ5A 3M6DA 1BLIA 2J7FA 3LPGA 1GORA 2WAGA 3WBEA 3II1A 1UWQA 3GBDA 3IJ7A 3SURA 3IJ9A 4BCEA 3G6LA 2WSPA 1ESWA 3OBAA 1UKTA 3ZM8A 5CSYA 3L4YA 4JZ5A 1JXKA 2V3FA 4ZXOA 1NWRA 3EDDA 1EDTA 4W85A 2VX4A 5A6MA 4OBSA 3WDQA 2OSXA 1BFNA 3VINA 1IV8A 3JUGA 2QLYA 4D6DA 1UD5A 1ISWA 2CKRA 3QR3A 1CGXA 2G41A 3SUUA 1JDCA 1FFRA 1HVXA 4GI8A 3HJEA 4PTVA 3WNLA 2YLAA 5CZKA 1UR4A 3A4AA 3VTRA 3CTTA 1CBGA 4BF7A 2XJ7A 2DQXA 4JHOA 4D6EA 4MNJA 2ZX7A 4LQ1A 1D7FA 3VDBA 2GDUA 1EHNA 2VRJA 4CU8A 3IAPA 3ZJKA 2XWDA 2BV9A 2DIEA 4QLKA 2ZUSA 3WQ4A 5BYWA 2XVPA 3NJ3A 1Q4NX 4PTWA 1V6YA 3CZGA 4EK7A 4JFUA 6TAAA 3IK2A 1V0MA 2YDQA 4ZE4A 2XHYA 1R86A 1UG6A 2WKGA 2YL8A 3BAWA 3AIQA 1UWRA 4DWSA 1N82A 1J0YA 2EPOA 3WELA 3GXMA 4MB1A 3SUTA 1H4PA 1UZ1A 1GQJA 2WYSA 2BFGA 1BVZA 4W8BA 5JBDA 1V02E 2ZX9A 2WNWA 1SMAA 3AZRA 2O9OA 4DWSC 1US3A 1W1TA 1XSJA 3WD1A 3WIJA 5DEZA 3OIHA 4DWSB 4F79A 1C8QA 4RE3A 1CNVA 4FF5A 2XSBA 4H8VA 1NWTA 3AS2A 5HPOA 2G3IA 4M81A 4A4AA 3MUAA 1CWYA 4TVUA 4NSBA 3J7HA 1E3ZA 4CUCA 1HJWA 3W27A 1QI5A 5IHSA 3WUEA 4UFLA 1J9YA 2IXUA 1H41A 1UKQA 2BVDA 3OZOA 1IT0A 3FHQA 2CPUA 3RIKA 2V3DA 1B31A 4F9DA 3RCNA 3PBGA 4WLCA 5ABFA 2JF7A 1UKOA 3GYCA 4PTXA 4ACZB 4GKLA 1JZ7A 4X0VA 2JF6A 1ITXA 1GONA 4H41A 2WMFA 5AYBA 5CG0A 3VM5A 1UWSA 2ZUWA 4QFUA 3WH8A 3MS8A 3BMVA 3WEMA 2WMIA 2UY2A 2D3LA 3WEZA 4UTFA 4M29A 5BXTA 3W82A 4CN4A 3PTMA 1XGZA 4H8UA 5ABFB 3PHAA 3PTQA 3W37A 1ZU8A 4FLQA 1JFXA 3BAKA 4Z2JA 1UUQA 1V0LA 2J4GA 3AMGA 1B0IA 3ARZA 2XVNA 3OB8A 4F9JA 4XB3A 2YOCA 2XPKA 3WKZA 2D1ZA 4JFWA 3KZSA 2E3ZA 3SCVA 2GJPA 4S3KA 4UFMA 2G8ZA 2WMIB 2J7HA 3AHTA 1UD6A 1NOFA 4HU0A 4CKQA 2O9PA 2G4FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1XYZ A;  5DFA A;  4QAW A;  5CGT A;  1WKY A;  1DWG M;  3D5H A;  3NSX A;  1FP9 A;  4HMC A;  4HPH A;  4PMU A;  1WCG A;  2PWD A;  1VEN A;  1JZ4 A;  4HOW A;  3A47 A;  1XCX A;  2HIS A;  2DH2 A;  2VCB A;  4HZ8 A;  4FLR A;  4W86 A;  2J75 A;  2PC8 A;  1M7X A;  1UR1 A;  2EPK X;  4CCE A;  1HKI A;  7TAA A;  4W7U A;  3W6L A;  4JL1 A;  4PMX A;  3SUW A;  1CGW A;  1E73 M;  1JZ2 A;  3WEO A;  1MXD A;  3WF4 A;  3AS1 A;  2XFY A;  1HF6 A;  1XSK A;  2DSZ A;  3WN6 A;  3U7B A;  2VC9 A;  1E4M M;  2Z1S A;  3VIM A;  1BVN P;  2JE8 A;  4AW7 A;  1GHS A;  1MFV A;  5TD4 A;  1DWJ M;  4D6C A;  2OYL A;  4GXP A;  1V3J A;  1QI4 A;  3DYP A;  1RPK A;  1UWT A;  4F8X A;  2WHK A;  3D3A A;  4ML4 A;  1ISY A;  2WHJ A;  2D2O A;  4PUE A;  1ITC A;  3WL0 A;  5E09 A;  3RO8 A;  4AYS A;  1CGY A;  2BXZ A;  3IJ8 A;  3M7S A;  1CXL A;  4V28 A;  4WSK A;  1RP8 A;  1E6N A;  2IUZ A;  2J7E A;  1CIU A;  4DM1 A;  4U2Z A;  1H1N A;  5E0C A;  4AD5 A;  3LPO A;  2PWF A;  3GZA A;  2EQD A;  4P7L A;  2J8G A;  1J0Z A;  3KE0 A;  4P8X A;  3L4Z A;  4CN1 A;  5I0D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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