3FEM | Genus

Total Genus 93

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	93
sequence length	281
structure length	281
Chain Sequence	GEDFKIKSGLAQMLKGGVIMDVVTPEQAKIAEKSGACAVMALESIPADMRKSGKVCRMSDPKMIKDIMNSVSIPVMAKVRIGHFVEAQIIEALEVDYIDESEVLTPADWTHHIEKDKFKVPFVCGAKDLGEALRRINEGAAMIRTKGEAGTGDVSEAVKHIRRITEEIKACQQLKSEDDIAKVAEEMRVPVSLLKDVLEKGKLPVVNFAAGGVATPADAALLMQLGCDGVFVGSGIFKSSNPVRLATAVVEATTHFDNPSKLLEVSSDLGELMGGVSIESI

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__607970610965639__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__607970610965639__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3FEM/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__607970610965639__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"607970610965639","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3FEM/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__607970610965639__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfedff6e37de4a5ff1fd693/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfedff6e37de4a5ff1fd693/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfedff6e37de4a5ff1fd693/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfedff6e37de4a5ff1fd693/pdb.gz): 168 ms

reading 281 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

281 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:280});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Biosynthetic protein, transferase
source organism	Saccharomyces cerevisiae
publication title	X-ray crystal structure of Saccharomyces cerevisiae Pdx1 provides insights into the oligomeric nature of PLP synthases. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Pyridoxine biosynthesis protein SNZ1
total genus	93
structure length	281
sequence length	281
chains with identical sequence	B, C, D, E, F
ec nomenclature	ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date	2008-11-30

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01680	SOR_SNZ	SOR/SNZ family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3femA00

3GNDA 4IOTA 1ZAJA 3G1DA 4UFLA 4MZ8A 2ZZ3A 3NQ6A 2ZRVA 4NJGA 4N9BA 1A5BA 4DPQA 1SFLA 1DBTA 1T8XA 1KFJA 4NNCA 2C15A 4IWWA 2NX3A 2YW3A 2I1OA 3HO8A 4DPPA 3R89A 2CZ5A 3S42A 4CQ8A 3G8EA 2Q8ZA 4NJIA 2V8ZA 3ZR4A 4A2RA 2ZTKA 4O1DA 1WX0A 1GQNA 3PUOA 2DP3A 5F4WA 4NNBA 1EEPA 1YTEA 1HFBA 3LCHA 5D05A 3UPWA 3JS3A 1SUXA 5AN7A 3C6CA 3QYQA 4AWTA 3W2KA 4IUOA 1KM6A 5DCEA 2QJHA 4E0CA 1R46A 4LUIA 1A50A 4RXGA 4JN6A 3RNDA 5LHEA 3CWNA 4UXDA 1KBIA 2GJNA 5AYYA 1IXOA 2G5WA 5K9CA 1S5VA 1PHQA 3LXAA 1XKYA 1VZWA 2DZVA 4FB7A 1FWRA 1W0MA 1YPIA 1KLYA 3GKFA 5F2MA 1G4TA 4MPQA 3ABQA 3TW6A 1CI1A 3W7OA 3INPA 3M1ZA 2ZZ1A 2J9YA 3W72A 4KFPA 1KV5A 2R91A 2QR6A 3W73A 3TE9A 3MO7A 5TQLA 3W1LA 2VOMA 2QCDA 4QSHA 3BG5A 3FEMA 3GXTA 1H61A 3TCEA 2PE4A 3O6YX 4TR9A 6ALDA 4I7UA 7TIMA 3KRUA 4QNWA 3L0GA 1KFCA 4WD0A 2QJIA 1EP1A 1JR1A 1TPC1 3U2OA 3QPYA 1HUVA 1TYGA 3IIXA 4JTKA 2OJPA 2OT1A 5I3JA 4OBTA 1L6YA 3LV6A 1OX5A 4KKXA 3NYZA 5FESA 3OVQA 1K7XA 4LRSA 3FYOA 1FDZA 4O1CA 3W84A 4UTLA 1BKSA 1TPDA 4Z0JA 2C14A 4TIMA 3B8DA 4JTJA 1KW1A 3A5VA 4IX0A 2FIQA 1RZMA 4R7JA 1EB3A 3ABRA 4Z0SA 3LCFA 1JRBA 3E96A 1GG1A 1B4KA 3TSDA 4U28A 1JUEA 4TMBA 3T55A 1RR2A 5CZ0A 2DZWA 3LCLA 2QDGA 3EX2A 3SECA 4JX6A 3QW4B 3T7VA 2EGZA 3MBDA 4LS2A 1H1ZA 5HINA 4NQ1A 4ICNA 1UUOA 4PFMA 1NEYA 2C18A 5AHIA 2GJLA 2CLLA 3MJYA 3BLFA 1RQEA 2V2DA 4FX8A 5DCDA 4NJJA 2A21A 2H3BA 1S5TA 3LOTA 3MHFA 4N9DA 4XWUA 4Z08A 3M44A 3W7PA 2Y7DA 4HNNA 3FKKA 4JNMA 4QITA 1A5SA 1XL9A 2YDAA 1WV2A 1QMLA 5L6UA 2RDUA 3P67A 4UNLA 1XBVA 4ZMGA 2C1HA 1TQXA 1R2SA 4PL1A 3KVMA 3MW7A 2YCEA 2VFFA 1NF7A 1S5WA 1ICSA 1DORA 1UASA 3GKAA 1TPFA 3IIZA 3EX1A 4ML9A 4ALDA 3CLMA 5DXYA 3W6YA 2QKFA 1H7WA 3TROA 3ATYA 3DFTA 2V2HA 3PULA 2XN0A 3W1TA 4BWLC 4DXVA 2I14A 1JQXA 3NL5A 3W87A 5G2IA 2VENA 3S5ZA 3TK7A 1VYPX 2O7QA 3WJWA 4MZ1A 3L65A 3GDKA 5BOOA 1K8XA 1SO6A 1H60A 1Z41A 1Z42A 5A8GA 4UC5A 3C56A 2JKPA 2JBMA 3AJXA 4N4QA 5HWNA 1E51A 4JTFA 4DF1A 2VXNA 1W5PA 2YGYA 4NXKA 3PS7A 3E9AA 1JJKA 4UMAA 3LCXA 4JTHA 1AW2A 2C3ZA 1A5CA 2Y70A 4GUHA 1IGSA 4JTLA 1WQ5A 3BG3A 3PWAA 4IJBA 5K9XA 4JX4A 4WQ6A 5U4NA 4PC8A 1SZEA 3UY7A 4M5PA 3DXIA 4K6AA 4POCA 2FPTA 4I7WA 2NZLA 5BNKA 3TMQA 4LRTA 3N3MA 5FEZA 4MLRA 4MY8A 3NZRA 3G1FA 3GDRA 3W7QA 1DJNA 2FPYA 1THFD 1TPVA 1GVSA 3P7YA 1ADOA 3HJZA 5HR6A 3O6DA 2DZTA 4DELA 4WY0F 2ZYFA 2J9XA 3IIPA 2TYSA 2V82A 3GNNA 1EWEA 3C3NA 1KFEA 2NV2A 1LRTA 3FJ6A 2ABBA 3M5VA 2G97A 1OG0A 3EKLA 2NX1A 1JUKA 4CNOA 1AL7A 4M6QA 1D3HA 3RK8A 4C1KA 4CLMA 4MYAA 3EB2A 5LNWA 5F2LA 2Z2UA 2A6NA 3UWVA 5D30A 1GPWA 2H6RA 3LHVA 4CNPA 3G3DA 4E2DA 1VJIA 3EWYA 3THQA 5HNRA 1TSIA 3QQ1A 1G7UA 2V5LA 1RVGA 3NM1A 2OCZA 1U5JA 3STGA 5BMWA 2NX9A 3JRKA 3NGJA 4JTGA 5KITA 2VEMA 1H7RA 1L6SA 4XTIA 2V2CA 1G67A 3K30A 3ANYA 1BTMA 4FXSA 1MO0A 4K37A 1BEUA 2GVLA 4GWEA 1W1ZA 1EX5A 3BGGA 2VFHA 2RDTA 1KFKA 3HG5A 3UXAA 4NNAA 2YW4A 4GC4A 3C8FA 2OMAA 2ZBTA 3IVSA 3W1UA 1VCVA 4LVDA 4MOZA 4GNJA 4HPXA 5I3FA 2R94A 2QUTA 4K8HA 4BI7A 1MSSA 1PHWA 2VEPA 2B7QA 3WK3A 1KTBA 1OK4A 1OFDA 4MUZA 1D3GA 1GWJA 1M7OA 4Y96A 3OBKA 4C1LA 1GJPA 3GR8A 3NXFA 4WZHA 2ZRZA 1GZGA 5CG7A 2QUVA 4UFKA 2CZEA 1U83A 4OV4A 3LLDA 1GVFA 3TDFA 4O15A 3NQ2A 3NZ1A 4RX0A 4UMCA 4M7SA 1XBYA 3S1UA 5D2YA 1K3UA 4YXGA 3CEPA 1JUBA 1R2TA 2C19A 1BWLA 1QCWA 3G1HA 2PRHA 4UTWC 3DBPA 3DKLA 1OFOA 3TFXA 5DBUA 1QO5A 3WK1A 2E77A 2ZZ5A 1W5MA 2ZTJA 3GYEA 3RLVA 3TSMA 3DFSA 2ZRUA 5E93A 4D2JA 4HN4A 4UTHA 1P5BA 1VCGA 4HT3A 1WDWA 3NA8A 3R12A 4XQ6A 4UMBA 2NWRA 3SFKA 1GTEA 2PURA 4MJMA 3N19B 2HS8A 4I7VA 1GVRA 4A29A 4FX6M 3GIYA 2ISVA 1JCNA 4BF9A 1QR7A 2ZRXA 1VS1A 5HR7A 1VYRA 4JIQA 2QCNA 4QISA 5F4SA 1KBJA 1MEHA 4K38A 2ZDRA 3W2UA 2VFGA 4UR7A 1TTPA 1JCMP 2DJXA 3SIZA 1Z44A 2Y7GA 3NVTA 3DGRA 4J9JA 3I6RA 1FWTA 4JYDA 1KM3A 2QDHA 4JTIA 4UTWA 1AMKA 1HG3A 4IMDA 5E1QA 1JCYA 1TV8A 2NXGA 3W7IA 2ABAA 3LRLA 1TJRA 3IIVA 4NJKA 5AOUA 1YXYA 3DHDA 1OX6A 1YDNA 1VGAA 5F1UA 5BRBA 2R14A 3NQDA 1W31A 5KSWA 2ATMA 3IVUA 1KA9F 5AHMA 3MHGA 1PS9A 1IXQA 3BPWA 3PBYA 5GVJA 1ZHAA 5G2WA 1LRQA 2VELA 2DJLA 4MLJA 3TQVA 3EWXA 3FLUA 3EWZA 2EKCA 3HGSA 4LC6A 2NLIA 2RHGA 3C2OA 4GUIA 3LI1A 3G8RA 2ALDA 1IXNA 1YDOA 3S0CA 1P4CA 4MY9A 3M43A 3KVLA 3USBA 4RV8A 1FXQA 1SW7A 4QQ3A 2DZXA 4ZQPA 4UTTA 4K8EA 5HJLA 1SR9A 1JQVA 4UFHA 1XFBA 2ISWA 2R8WA 2JK2A 2VFIA 1B9BA 5CGQA 3STFA 4RZ5A 3FA5A 1VLWA 3MI2A 3NQAA 5L9FA 1YTDA 3SGUA 3T78A 3KHJA 1YLVA 2BX7A 3EKZA 3KFTA 3O05A 1L2UA 1RQHA 1GYLA 2WNZA 3CM4A 2J27A 4FHAA 3W22A 4RLIA 2YYUA 1TPWA 3L0KA 2YFOA 3VE9A 4JICA 1I45A 1ME9A 2GQ9A 4LVFA 1VC4A 3LCIA 1JRCA 3EX4A 1WAUA 1PIIA 1QOQA 4AMAA 4AHOA 4DO4A 5DN1A 1FY6A 5D03A 2Z6IA 2ZCGA 1F74A 3LBCA 1LM1A 3FJLA 4KWVA 3PF3A 3W1NA 4E2BA 2Q8LA 2C6QA 3BO9A 1TPB1 3QH2A 4Z1BA 4OGZA 5KZEA 4O13A 2ZA1A 5LNUA 2P1FA 4ZL1A 4GUFA 5G4EA 4DF0A 3PAJA 2KZHA 1FBAA 1VQTA 2VKZG 3C4UA 4Q4KA 5CZSA 3W2JA 1PVNA 4LWWA 5HWMA 3MP3A 2C13A 3G22A 5EY5A 4HNUA 3QRHA 2WJZA 3NG3A 2ZZ2A 4GXMA 2QJGA 4MVAA 3VCRA 6TIMA 3O8AA 1TTIA 4UTKA 2QCEA 1YXCA 4AEOA 2O7SA 2X1RA 3DAQA 4PA8A 2J6XA 3G24A 3KRSA 2CLEA 1K02A 1FWWA 1PL9A 3QW3A 1LOQA 3BLIA 3LTSA 4LY8A 1M5WA 3BW2A 1QO2A 3W3OA 1DHPA 4GRSA 4AWUA 3LXBA 2YFNA 5HUPA 2HTMA 4OV9A 2A0NA 5AHNA 2X16A 4HKPA 5FF0A 1OJXA 2BSLA 1TQJA 1OYBA 4PH6A 1ZALA 1H7NA 4O19A 3W7MA 3IGXA 4O14A 3WFAA 2JGYA 1YTKA 5I3HA 3WJZA 5LGZA 5C55A 3CB8A 3MWAA 3SZ8A 5HQEA 3CHVA 2Y88A 1Q6QA 3C2EA 5T26A 1K03A 5DY3A 4PODA 1XUZA 3PC0A 1WXJA 3F4WA 2NXIA 3D0CA 1UJPA 1XCFA 4AWSA 1QAPA 1AW1A 4LVBA 3LDVA 4PEKA 1W3IA 1T0OA 1F76A 3TAOA 3HPXA 2QCGA 1H50A 5EBUA 3P84A 1X8FA 3EWWA 1O94A 3UWWA 3BARA 3W7EA 4O18A 1W56A 2A7PA 2DZPA 3HPZA 1R47A 1QNVA 1L9WA 2CLKA 2ZZ6A 5J5RA 3NPUA 1JVNA 2QCFA 4JY8A 1Z48A 4R53A 1I4NA 1TO3A 1LBLA 5C5YA 3E0IA 4UCGA 3BG9A 1KM4A 3TXVA 3CTLA 2WSRA 3TJLA 5F4XA 4BK9A 3B06A 5LHFA 4WY0B 4IQLA 3NPXA 4TU1A 2A1YA 4EIVA 3FYPA 1QPNA 3M47A 4ADUA 2Y61A 1OX4B 4XKYB 3NL6A 5LKYA 3W83A 4RJEA 3BLEA 4A3UA 3BW3A 2Y6ZA 2WSYA 3TC6A 1XXXA 3O6CA 3DH7A 3P60A 2BZNA 1I2NA 4YWIA 3LCGA 5G4WA 1PE1A 2PRMA 4JTEA 3W7RA 1OF6A 2E5DA 5KZDA 4JX5A 1X6UA 2B7OA 5LGXA 2J88A 3W07A 1W5NA 2TRSA 4UNKA 4JY9A 1ICQA 2H90A 4FEZA 4LW7A 4P2VA 3IV3A 1VYSX 2GVJA 2EHHA 3YPIA 1Q6LA 2C0AA 5FF4A 1OK6A 3LLFA 4Q33A 1QFEA 2RKXA 3KRZA 2JGQA 3HB9A 3W71A 1VH7A 3HOJA 3QSTA 1C9DA 1ONRA 3KVJA 2A4AA 3O63A 4E38A 3LM7A 1JCXA 3Q94A 5FF3A 4YCOA 2VFEA 1KM0A 1VPXA 4NZFA 3B0VC 2Z1BA 2H8ZA 3LHWA 3NEVA 3TXZA 1I2QA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1PTD A;  9XIM A;  1XLI A;  2AQO A;  3C8N A;  3OIX A;  2NUW A;  1V02 A;  1DWJ M;  3O1N A;  4IIC A;  3OA5 A;  3EMC A;  2P0I A;  1KTN A;  1X1N A;  4KIE A;  3VGF A;  4PMO A;  3PZI A;  3LGE A;  4LV4 A;  1J10 A;  1FCQ A;  3ZM8 A;  1TCM A;  4HNV A;  4FF7 A;  3FFS A;  4DJD A;  2FDS A;  3GHU A;  3BUR A;  1JND A;  2WSK A;  4I9A A;  5G2H A;  3DFO A;  3PM6 A;  1WDD A;  1CPU A;  1E6Q M;  2ZRW A;  1M1B A;  2D0G A;  4H2H A;  1LBM A;  3M46 A;  3L5L A;  3MHU A;  3N73 A;  5CPS A;  4Z2I A;  3CL7 A;  3UR2 A;  3M9Y A;  2Y85 A;  2YDQ A;  1V8E A;  2AOS A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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3FEMA

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