3FGCB

Crystal structure of the bacterial luciferase:flavin complex reveals the basis of intersubunit communication
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
318
structure length
318
Chain Sequence
MKFGLFFLNFMNSKRSSDQVIEEMLDTAHYVDQLKFDTLAVYENHFSNNGVVGAPLTVAGFLLGMTKNAKVASLNHVITTHHPVRVAEEACLLDQMSEGRFAFGFSDCEKSADMRFFNRPTDSQFQLFSECHKIINDAFTTGYCHPNNDFYSFPKISVNPHAFTEGGPAQFVNATSKEVVEWAAKLGLPLVFRWDDSNAQRKEYAGLYHEVAQAHGVDVSQVRHKLTLLVNQNVDGEAARAEARVYLEEFVRESYSNTDFEQKMGELLSENAIGTYEESTQAARVAIECCGAADLLMSFESMEDKAQQRAVIDVVNAN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the bacterial luciferase/flavin complex provides insight into the function of the beta subunit.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Alkanal monooxygenase alpha chain
molecule tags Oxidoreductase
source organism Vibrio harveyi
total genus 125
structure length 318
sequence length 318
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 1.14.14.3: Bacterial luciferase.
pdb deposition date 2008-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00296 Bac_luciferase Luciferase-like monooxygenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.30 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Luciferase-like domain 3fgcB00
3FGCA 4J2PA 1NFPA 2B81A 4UWMA 3B9NA 1F07A 3FGCB 1BRLA 4US5A 1LUCA 1EZWA 1M41A 1BRLB 1NQKA 1LUCB 4US5D 5DQPA 1XKJA 5AECA 1Z69A 1TVLA 1FVPA 3SDOA 3C8NA 1BSLA 5LXEA 3B4YA 3B9OA 2I7GA 3RAOA 1YW1A 1RHCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4M19A 1X96A 4GOAA 4IFKA 3WK1A 4M8UA 3HU7A 4YWSA 2Z28A 7PTDA 2ZUMA 4JN7A 5BMXA 3TWAA 3SUUA 3QZEA 4UCGA 3NPXA 5CGMA 3KDNA 1CXKA 4I5RA 2ATSA 1ZPTA 2VNCA 4MWAB 3WDIA 2GQ9A 3TP4A 4Q4OA 4E0CA 1H7WA 1V6WA 3MP3A 3CUXA 2AGTA 3TEVA 1YDYA 1TUXA 1WDPA 3MCMA 3R8GA 1IYXA 3V1PA 1EP1A 5H2ZA 1HO1A 2QCGA 4AY8A 1Q66A 3LYEA 4MZYA 3UWWA 2WCAA 4I3GA 4MFEA 1VAHA 3R58A 4LY4A 1DHKA 5H8UA 1AD4A 5J04A 3UJSA 3LPGA 5A95A 3L7RA 4U2ZA 4G5DA 3AHXA 2INEA 5K9XA 4Q8WA 3AYTA 3IRSA 5CKSA 2CU0A 2ZUVA 2GOUA 3S1GA 4C65A 2BLEA 3UD6A 1K4GA 4DWSA 4IIGA 1P0DA 1X6UA 4NRRA 4JKKA 4IGMA 2IS7A 3BCJA 4IGNA 1S5VA 3GUGA 2RJHA 3G8RA 4GUFA 3I7SA 3M9YA 5ABHA 2CHNA 1U1UA 4HB7A 4QLLA 1JNDA 2QDDA 2J77A 1PVNA 3H22A 1W5PA 4MLJA 3TNOA 4LUJA 3T4CA 4CNUA 3KOYA 4NZJA 1V51A 4CNTA 2GDQA 4NAFB 4TV5A 2D20A 1Q13A 2BOEX 4NJGA 6ENLA 2DJXA 4N42A 3MJYA 1KFKA 3F4NA 3M5YA 1JQXA 4QISA 1RK6A 1DJNA 4FPSA 4NJKA 1X6LA 1LOQA 2YBVA 1V02A 4XKYA 3GKAA 1DEDA 1YXCA 5HANA 1WDSA 1ZBCA 1OYCA 1KXHA 5IBXC 3W1XA 5SWUA 5D8ZA 3W72A 2PTXA 4MJZA 2WMHA 3VD9A 4YVXA 3KM8A 4CCDA 3TJIA 1RZMA 4CD7A 1JPIA 4CKQA 1TSIA 3LI0A 4W9TA 4YVVA 2FZ9A 5FD0A 1V3JA 1HW6A 1VBHA 4O16A 3BDKA 1QOQA 4YJ5A 1WDQA 2HDJA 5HA7A 1HJXA 4FOJA 1WAWA 1F76A 1W9DM 4UBPC 4B9YA 3BG9A 1VCVA 4AWTA 3A22A 3SQMA 1PO9A 5BCAA 1VPQA 3IV8A 4J35A 3VE7A 1GWJA 1UR0A 3GE7A 4ES4A 1J0HA 3BARA 4GXPA 4EVZA 1I4NA 3RHGA 4PUJA 4D8LA 1MQPA 1Y0EA 4H6EA 2OB3A 1U5HA 4HHPA 5F2IA 2FYMA 2G50A 5D04C 1DTUA 2GVGA 3WH7A 1GVEA 1VZWA 1S5TA 1G4SA 4FLRA 2YZ5A 4EIVA 3B9DA 1FQ0A 4HCDA 3LENA 2Y5EA 2H3BA 1W56A 4C6CA 1BD0A 2Q8LA 4AF0B 3BJTA 5C55A 4ENLA 2E0PA 1KXQA 1Q4WA 4DO4A 3HFYA 4WHBA 3WH9A 4GZJA 3IGXA 2YA0A 4B5XA 1XSJA 2D0GA 4QJ5B 1PKNA 4J3SA 4HTBA 3CO4A 4NAEB 3UU0A 1KBBA 2ZYFA 3LEPA 4EKJA 4Q8PA 4WOZA 4C6MA 3SCWA 1R7AA 3HA1A 1UJQA 1BRLA 3IJ6A 1MZRA 4IISA 4NL1A 3TUUA 2X0YA 3ZIZA 3A9BA 4PEEA 1E1CB 2PLKA 2XVGA 1SW0A 4RNFA 5BXPA 2HVNA 1H11A 1F6PA 3N9KA 3G2GA 1TV4A 4JICA 3GK0A 1LTDA 1F4HA 3MMTA 3O05A 1C90A 1R9YA 4P8VA 1B3WA 1XISA 3WFLA 2FB3A 1L2QA 3SSJA 5KZMA 1U33A 3LDVA 1RP8A 5LHEA 3DHUA 1QFEA 1GVSA 1E6XM 1XG3A 4RZ6A 1UWAA 1E5NA 3TWBA 4ICCX 4B90A 3MP5A 1TPWA 1FWCC 4ZOEA 2E40A 3EA2A 1YE6A 4YVPA 2HNEA 2V9DA 2BXVA 4IL0A 3RIKA 2VZSA 1KGWA 1E9ZB 1B31A 2BFGA 4C6FA 4R7OA 1QNVA 1TWWA 2HQAA 3S5OA 2C79A 3HQPA 3CTTA 1QUMA 3GFZA 3I10A 4MY1A 1S5NA 1H5YA 3C61A 3GM8A 1ZRQA 9XIMA 3BPWA 4RE2A 4UR7A 5EY5A 1YNPA 1B30A 1LWHA 1HVQA 2NT1A 1DJGA 2AL2A 1A5SA 4O1DA 2YBUA 7REQB 1KC7A 1W17A 3NO5A 5ABGA 3W7LA 1O5RA 1O60A 1F3EA 2ZWZA 1KXVA 4RE3A 4WDUA 4GQQA 4N02A 3TXVA 2IQ0A 2Q8XA 3PPCA 4EXQA 1XD1A 4P8WA 5ABTA 2NUXA 5BROA 1K6AA 1A5LC 3CHFA 3S2LA 1PIIA 1TTQA 3XINA 3KVKA 3H2FA 1D7KA 4JQ2A 3W7QA 2AMGA 1MO0A 1KXTA 6CGTA 1TO3A 3K8MA 2B7NA 1U5VA 4HA4A 4IX2A 3ZZ1A 1R2TA 1UA7A 3W2JA 1R47A 1FCQA 1OFBA 2BNJA 3UNTA 3B4YA 2W92A 1PXGA 2OX1A 1IXPA 3CTLA 3NQ2A 3HV9A 4NXSA 1ONXA 3CYJA 3T55A 1J11A 2HVMA 3G18A 4GC4A 1T40A 4AEFA 1H50A 3GW0A 5F2LA 4X0VA 3B8UA 1FBAA 2JKAA 4WRHA 4JBRA 1AW1A 3UZJA 3CMFA 1AH3A 3WO8A 4KIRA 5C9ZA 3URBA 3T1GA 1W2PA 1GVQA 3RCYA 4BF5A 1JFXA 2V0TA 1W9UA 3ANVA 5F4WA 6PTDA 1AFSA 3HG3A 4UR8A 2E5BA 1MNSA 1EGZA 1K7EA 1KFCA 3SO7A 3TW9A 1UWIA 2BVTA 2YW4A 3SRFA 4REQB 1RY0A 1W5OA 4ADSA 1MRQA 1SJAA 3JS3A 4YLWA 3BLKA 4QJ1A 3ZJ7A 4ZVJA 3PWIA 3M46A 4DVOA 2ZZ4A 4Q4MA 3TOYA 1PPIA 3PZVA 4DX3A 2QZRA 1V3KA 2DZBA 4XK2A 1RV8A 2WZHA 3MCOA 1SO4A 3MW7A 3FY1A 2XH7A 3VABA 2OWXA 3OIXA 3LCWA 4XB3A 1H7XA 3ZO9A 2GK1B 1MEWA 5CAKA 3W7HA 1OB0A 2HEJA 1UD3A 2OELA 3AUOA 5I3DA 3KBVA 3W7RA 2EPOA 4MB4A 2CHRA 2JF7A 2W79A 1SO6A 4JFSA 2ZX8A 3VD5A 4DAIA 1CENA 4X63A 3V0SA 4BEUA 2OSWA 2JQXA 4RNHA 3WUFA 2CLMA 2I5QA 4O57A 4M1RA 3C56A 4OUEA 1JDEA 4NNCA 3B40A 1XBVA 5CG7A 1QNPA 3KAOA 3MI2A 5BOEA 3UCDA 4K8EA 1CLKA 1UC5A 4YCOA 1GEHA 1LL7A 2FZBA 4D72A 3R2GA 1AQ0A 3GO2A 3P81A 3ICJA 5D37A 1W2VA 3A47A 3QZ6A 4HHMA 2J6VA 1XYBA 1XM3A 2O55A 3VXGA 1TCDA 2YFOA 1KM5A 3AICA 2FTYA 4LV4A 1K02A 2QCCA 3PUOA 1JFHA 4IQEA 1OCNA 4YTUA 5DCDA 3CUGA 3MC5A 4S2CA 1K9EA 2BVWA 1QNRA 2WYSA 3H4XA 1MW2A 3C3NA 4MYXA 1Q6RA 1IEIA 3EKLA 4E8CA 1XV8A 2YGYA 1DQWA 2OLAA 3QYQA 3Q67A 4FALA 3FVDA 3DFHA 2G97A 1H41A 4CCEA 3S2MA 3WMSA 4QTGA 1BTCA 3HO8A 2PWFA 2J4GA 2Y2WA 4KEVA 2VWSA 2OYLA 2DZPA 3BVJA 4NXKA 4IIEA 4ML9A 1IWPA 3TZNA 4DYKA 2YA2A 2IW0A 4MIMA 2GQAA 2PWVA 2NWSA 4IFRA 1N2VA 1OIMA 3NURA 1UD4A 1J2BA 2D22A 2WC4A 4Q6XA 3KRSA 2PB1A 3MCNA 4L61A 3JU2A 3QRHA 2YDSA 3E2VA 1TJ2A 1R3YA 4NILA 5E9XA 3DC8A 3OZPA 1YXDA 5IRPA 4NSBA 4YS1A 4PFHA 3USZA 1OGSA 4RNJA 3QF0A 3NAVA 2E9MA 4ATDA 4S2BA 4HIBA 2A6NA 4R33A 1DYSA 4I7VA 3S9YA 3DG3A 3CUIA 3A23A 3PJTA 1TE1A 1A50A 3IACA 4O28A 2YZRA 5DT5A 3UXLA 1KQZA 1VS1A 3FSTA 4CD8A 2PDKA 1Q6OA 1DIDA 2O9PA 2XM2A 2XZ9A 3WELA 4F79A 1JDAA 2JGYA 4UFIA 1RY8A 1V7AA 2X05A 3BAXA 4NYUA 3MSDA 5KSWA 3T81A 3QMSA 1UWSA 3LZ5A 3NQBA 7REQA 2XM1A 3R8RA 3AQUA 2VXNA 2E28A 3LHTA 1S2CA 2F61A 4RW3A 2HRWA 1D8WA 2PC4A 4JN8A 3TQKA 4L1WA 1B0IA 1WZKA 1E9YB 1DKWA 1E6PA 3M4HA 3INPA 1R9XA 2DH3A 5A6BD 4DLMA 2GQ3A 1XRSA 3ZLHA 5FSEC 2G3FA 1QI3A 3PG9A 1LDCA 2CZDA 5HJYA 3CV6A 2W67A 4O0ZA 1JCMP 3MSRA 2RDXA 5HQEA 4O1CA 3UZWA 4DLFA 5EMLA 5AZ1A 1E0XA 1VENA 3W1UA 2D3LA 4CNSA 4KPLA 3TIMA 4WF7A 4XZ9A 3EXTA 1JJKA 3HTWA 4W89A 1BLIA 1QI4A 3WLPA 4JTRA 5D8WA 3B06A 1W8SA 3W7MA 3GVRA 1SGJA 1A5OC 4RW5A 1ZGDA 1Z7AA 2QJGA 3W22A 1UOKA 4YWIA 4HMDA 1I0DA 2FVLA 4LS0A 1G94A 2VD9A 4ADUA 4FNSA 3RPTA 2OCZA 1SM9A 1DJWA 2HISA 4P7RA 1F2JA 1OFOA 1QNSA 1DIKA 1OK4A 1TMLA 2ZA1A 3MUXA 3BV7A 2YIHA 4ZXLA 4RL3A 1UPMB 1O94A 1TJRA 3GTFA 4HPXA 4EX4A 1E40A 2PD9A 4UFHA 2QCHA 4HA0A 5HULA 1QHOA 3OVPA 4ZO8A 3EWZA 3IVSA 4B5WA 2JGQA 4Y9PA 4KBXA 5GNYA 3SRHA 4L9ZA 4Y9AA 1GT8A 1ZENA 5A6TC 3BW2A 1D9EA 2Z1WA 4I8DA 4ASTA 1CGXA 1IGSA 5E0CA 2PDCA 5MKGA 2BV9A 3L4UA 1ZY9A 3LPOA 3NJ3A 5F1UA 3FIGA 2EO7A 3M0ZA 5D38A 2PU1A 1KM0A 3G0UA 3ECQA 1PZ0A 1Q8AA 4W5UA 1O6IA 3A64A 3NZPA 4WX2A 1OFRA 1V08A 3GNPA 3IARA 1H51A 4M5PA 5DANA 2FGZA 3PZOA 5G2HA 2A0NA 1Z8AA 5JBEA 5AVNA 3T07A 1TX0A 2QS8A 9RUBA 2FVMA 1XX1A 5A69A 3BAKA 1GVIA 3VNZA 2UY4A 2WC7A 2V30A 1P7TA 3GXMA 1ZBWA 4NY2A 1EPXA 3V0TA 2G4JA 4Q8MA 6XIAA 5C9WA 5D30A 4PODA 2QV4A 3PUDA 2OEJA 5CXPA 2PD5A 2ZRZA 2GVLA 3RYSA 3Q45A 4DIAA 1QNOA 3AFBA 4FNQA 3VOHA 5HOSA 2G4FA 1ZJBA 3W27A 1AJ2A 3G3MA 3ES7A 5BNKA 2C8NA 2ASHA 1BYCA 3B0YA 4DZ5A 2XIMA 4PMXA 3SGUA 3MTWA 2CITA 4FF7A 3EWBX 3P6LA 1W0MA 5A8MA 1YDOA 4S3BA 3N3TA 3WL0A 4DUOA 1XYFA 4IIDA 4XZHA 2PMQA 2R24A 4Q8TA 1ISWA 4O4WA 4YIWA 1POJA 1A47A 2OT1A 2PZNA 2YDQA 1Y7VA 4NRSA 2PWGA 1XGEA 4A3QA 5FCZA 1XLDA 3CQHA 3EDJA 1ISVA 1KM1A 3K5XA 4GGHA 5EBAA 1XF0A 3RU8X 2NX1A 1Z48A 2QUTA 1QXLA 3CHEA 2HV5A 1UUOA 4GISA 4PUDA 1M01A 3U7BA 4X60A 4FXJA 5I06A 3TAKA 1XYLA 2VGBA 3KBSA 5IHRA 3D6NA 1DIOA 3BAIA 3RCMA 2H8ZA 3FFSA 4PC8A 3WNPA 1Z42A 1YPIA 3KHDA 1EQPA 2XDFA 3U4AA 1XDMA 3E74A 3PZGA 3VA8A 1M41A 3N6QA 3WJZA 4JKLA 4UR9A 4JNMA 4HVXA 3ZJ8A 3N17A 1S5MA 4FEZA 3TW6A 3OA3A 2ISDA 1EP2A 5A6JA 3B9NA 3I3DA 5J8LA 4G8TA 4LVAA 3NNTA 3RMJA 4W7WA 1JPDX 3GC2A 3H21A 4H41A 3TYAA 1E70M 4H2CA 4LUYA 3W23A 5G5IA 3ZR5A 9CGTA 3K30A 4HYRA 3G22A 3PAOA 3ZT7A 4GNKB 4U4MA 1XLCA 4N4PA 3W81A 1XICA 4RZ4A 2G96A 4C1NB 1P1MA 3TLQA 1OYBA 2FFCA 4F0LA 4OTKA 4BJHA 5HNNA 2C0HA 4JOMA 1YRRA 1W9VA 2A3BA 3BMWA 4MNJA 4A6GA 3IJ9A 1PKYA 4K7YA 1S3TC 1NQ6A 3W0KA 2VC6A 5T91A 3G8EA 1XFBA 2BG5A 3TMLA 2AL1A 4G7EA 4IUOA 5DBTA 1FWDC 3CQKA 1YXYA 3NQDA 3TX9A 1M5WA 3T2OA 5HNUA 1V6XA 1LQ2A 2PDPA 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