3FOK | Genus

Total Genus 82

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	82
sequence length	297
structure length	295
Chain Sequence	PPIISPESFEALRRMRAAEPTMVAERFKQRRKRELLGEDGKLFIVAADHPARGALAVGDNETAMANRYELLERMAIALSRPGVDGVLGTPDIIDDLAALGLLDDKIVVGSMNRGGLRGASFEMDDRYTGYNVSSMVDRGVDFAKTLVRINLSDAGTAPTLEATAHAVNEAAAAQLPIMLEPFMSNWVNGKVVNDLSTDAVIQSVAIAAGLGNDSSYTWMKLPVVEEMERVMESTTMPTLLLGGEGGPDATFASWEHALTLPGVRGLTVGRTLLYPQDGDVAAAVDTAARLVHTDI

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__0716500597763079__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__0716500597763079__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3FOK/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__0716500597763079__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"0716500597763079","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3FOK/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__0716500597763079__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfee6b9e37de4a5ff1fd805/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfee6b9e37de4a5ff1fd805/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfee6b9e37de4a5ff1fd805/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfee6b9e37de4a5ff1fd805/pdb.gz): 301 ms

reading 295 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

295 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:294});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Structural genomics, unknown function
source organism	Corynebacterium glutamicum
publication title	Crystal Structure of Cgl0159 From Corynebacterium glutamicum (Brevibacterium flavum). Northeast Structural Genomics Target CgR115 rcsb
molecule keywords	uncharacterized protein Cgl0159
total genus	82
structure length	295
sequence length	297
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H, I, J
ec nomenclature
pdb deposition date	2008-12-30

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3fokA00

3BG5A 1YLVA 2DZTA 4D2JA 1FCVA 1QOPA 3UY8A 3V1PA 2QCHA 4UTTC 5AHLA 5I3IA 3BLFA 4WOZA 1MXSA 3W1QA 5AC7A 1FWNA 1WXJA 2CLLA 2YW3A 5CZSA 2J9YA 1OFQA 2NZLA 3Q58A 5D2WA 4AMAA 3B0PA 4IJBA 1TRIA 3T40A 2CLEA 1W3TA 1KM2A 3T78A 1OG0A 2AQWA 3CC1A 2C14A 3LM7A 2V9DA 4QSHA 1KM5A 3NQ8A 4FB7A 4QNEA 1UBSA 4RLIA 4O17A 3NGJA 4WQ6A 4DEFA 4Q4KA 2DP3A 4MIMA 2Y7FA 3IVTA 2QEZA 4KWVA 5HMSA 2B4GA 1W5OA 3NXFA 1Z48A 3R12A 1A5CA 4FXSA 3GDKA 1J2WA 2PCQA 3TSBA 5CZJA 4YMZA 4KKXA 2OJPA 1L6YA 1CX9A 3P5YA 3MYOA 3W7LA 5HUPA 4K39A 3KAOA 1W5MA 3W2MA 2JGQA 1LDCA 2DZPA 4MFEA 3E49A 2RDUA 3TW7A 3ATYA 1ZY9A 5G1YA 3JR2A 1YXCA 1Q3NA 1JCYA 1JRCA 2A1YA 5AFDA 1EP3A 2Z6JA 1XL9A 4RZ5A 2C19A 1AG1O 3H53A 1LOLA 3OA3A 1G7UA 3IRDA 1XKYA 3UD6A 4WXYA 4XQ6A 2P0OA 1EEPA 1MZHA 5D2XA 5FESA 3LCWA 1OJXA 1ME7A 4RV8A 4YXGA 3B4UA 3LCLA 3C2OA 2E6YA 4ADTA 5FEPA 4K6AA 3HGSA 3N9SA 2CZ5A 5D33A 1S5WA 3WFAA 4E38A 2B0MA 2NUWA 5CSRA 1F73A 4N6EA 1ICQA 4A3UA 4ONVA 4K8EA 1GZGA 3TC6A 1H7PA 2YSWA 2WOQA 1ZAIA 2TSYA 3A22A 2J88A 4LUIA 2B7QA 3ELFA 1F6KA 2ZQ0A 5TIMA 4NQ1A 3ABSA 1QR7A 3P62A 3TKFA 4JTKA 2E6AA 1RVGA 4UIOA 3LB0A 1O60A 4LW7A 2O7SA 2C3ZA 4OQVA 2YR1A 2ZBTA 2BTMA 1LLWA 1IXPA 5LSMA 3LCHA 3MWAA 3ZFHA 2A7PA 4FXRA 5F2GA 5AN7A 2I14A 3A24A 3E0IA 5HINA 1JQXA 3TU9A 4GUJA 3CEUA 3LXAA 3UQNA 1SQ7A 2A85A 4NNAA 5E0KA 3S1XA 3HGRA 1GVRA 2YDAA 3VE9A 1GQNA 5E93A 1LP6A 3R8RA 1NVMA 1VR6A 3JRKA 1XXXA 2BZNA 4RR4A 4PTNA 1VYSX 3W88A 4YL2A 3LDVA 2E6DA 4N9CA 3LI0A 3G8RA 3NPXA 3EX6A 4BI5A 3IV3A 3KRSA 4OHQA 1QFEA 2Q8ZA 1ZNNA 2X1UA 3PWAA 4N6FA 4UR7A 3S1VA 1OFBA 4GJ1A 2V2HA 3TW6A 2EF9A 1GYLA 2Y6ZA 1N55A 1RR2A 3G1FA 3NPUA 1OFPA 2DJXA 1LOSA 4AHQA 3GLCA 3OIXA 4R53A 1FDZA 3L0NA 2JKAA 2NXGA 4HSNA 4UMCA 1FWRA 1R2TA 2B7NA 3L2IA 4FNSA 4M6PA 3G22A 1LBFA 3Q37A 1PCWA 1DOSA 3VKJA 3TSMA 1P0NA 2J27A 1E51A 2RHGA 1HTIA 1LRQA 1VZWA 3DU0A 2HTMA 1TPDA 4OV9A 5E1QA 1JUBA 4K8HA 5HWMA 4MVAA 5AC8A 3N34A 3CHVA 2QUVA 2ZTKA 3EKLA 1I2OA 2C18A 2WNZA 3NM3A 3FFSA 4UNKA 5C5YA 4GRSA 4JTLA 3LRKA 4A22A 2OX1A 3E12A 1FCQA 1U83A 4CCDA 1VCVA 3QF0A 1DJNA 1UASA 2X1TA 4O4WA 1Q6LA 3T55A 5DLCA 1XC4A 4NNCA 4N9DA 3IIVA 4MYAA 4RJEA 3LHTA 3EX4A 4AHOA 1TTQA 4KWWA 4Q32A 4FIRA 3KRUA 1GJPA 4NJHA 4DELA 1ZAHA 4PEKA 4HIBA 3FS2A 1SSGA 3UXDA 3LLDA 4GUHA 1DQWA 3CM4A 3A9IA 2WNQA 1H5YA 3IGXA 3U6WA 5ABTA 3SW6A 2QCEA 3PAJA 4GFSA 3TXZA 4MLRA 4FEZA 3W7CA 1XUZA 1DQXA 5LNUA 1JR1A 5AHFA 3P74A 3B06A 3UNDA 1PL9A 3AO0A 5KTLA 3QZEA 4LV9A 3W1TA 1A50A 3PULA 1BTMA 1AW5A 4JNMA 1W5PA 2Y7GA 3GDLA 3NQMA 1KLYA 4BFAA 3R89A 3NOEA 3R2GA 2CLMA 4UC5A 3NVTA 2FJKA 3TR2A 3W75A 3LHUA 1THFD 5EY5A 4Z1CA 4MZYA 4UMAA 1FDJA 4O18A 3EB2A 1C29A 4HPJA 3W1XA 4JD4A 4MOZA 4CNOA 5DCBA 3HMJG 1KFKA 4OBTA 1FWSA 3W3OA 3W7HA 4WXZA 1VCGA 3HG2A 2CFFA 4MYXA 3HJZA 2G96A 3RU6A 4DQWA 1WYIA 2HMCA 1WA3A 1FCUA 1LBMA 3TFXA 2P1FA 1L6WA 2VEKA 3HQ1A 1TMHA 5BRBA 3G1SA 2CZDA 4R7JA 3C8FA 1X6UA 3B03A 1B4EA 3NYZA 4HNNA 4AWTA 1TPWA 1UJPA 3OVQA 1FBAA 1TTIA 3NDOA 4GC4A 3W7JA 4QQ3A 1IXOA 3MHGA 5EA9A 3B0VC 3UXAA 3WJZA 1R2SA 3LOTA 4RX0A 5LHFA 2VEIA 5HR7A 2C0AA 3INPA 1EPXA 3WK1A 5G4EA 3MBDA 4O1AA 5LZLA 3EWWA 4RZ4A 1TPVA 5K9CA 3W1NA 3CIXA 4MKNA 1G4PA 2DZXA 1G4EA 1G4SA 3M47A 2V5BA 2VENA 1I8JA 1QOQA 2FB3A 2QAPA 4LS1A 1ME8A 4W9TA 3M9YA 4O8RA 5A5WA 2DZUA 2B7PA 4ZZ9A 3MW7A 1SUXA 3N2XA 1XBZA 4QM1A 4A2SA 4H6KA 2NXIA 4PH6A 1JCNA 4JXCA 4XTIA 1GEQA 5CKSA 2CLFA 4ZQMA 4A2RA 4ALDA 1WOAA 4IMGA 2J24A 3F4NA 1OFAA 2NV2A 3VNDA 1VC4A 3JS3A 4GUIA 3NL5A 1J4EA 5D03A 2KZHA 1D9EA 4AAJA 2WO5A 4CLMA 3PBVA 1TYGA 3TMQA 3O8AA 3N9RA 3A5VA 6TIMA 4RKAA 4IMFA 3SZ8A 4JDYA 2FIQA 2GVJA 2VEPA 1DORA 2NX1A 3W7QA 5LKYA 4JTFA 2E1DA 4WOQA 2E68A 2YW4A 1OF6A 3L0KA 4P61A 1GYNA 4WY0B 2CZEA 2FQIA 1FWTA 3G0SA 3P82A 4MPQA 3E9AA 2QCFA 4UFKA 3QH2A 5HJLA 4IWWA 2ABBA 3M5YA 5BMWA 2R14A 3PSWA 3RF9A 2PRMA 1K3UA 3GXTA 3HO8A 3HIJA 3M1ZA 1QWGA 3WJXA 1HO1A 3RFAA 4M19A 1F5ZA 1TQXA 3KVKA 4QIUA 2FPYA 5C2XA 2OZ0A 5DY2A 3L68A 4O53A 2CZFA 4JYDA 4AH7A 4AVFA 4CQ8A 5AYXA 1TV7A 3C0JA 2H8ZA 2ZCGA 4LVBA 1PE1A 4QAIA 1R2RA 5D09A 2E5CA 3BGGA 3TAOA 3RK8A 3ABQA 1NSJA 2NX9A 5IBXA 2BSLA 1RD5A 1H7WA 1A5AA 3HPZA 3EXTA 1KBJA 3I7QA 4UFJA 3S1WA 3BPWA 1HG3A 1MEHA 3W71A 2Q8LA 4NVTA 3QM3A 2Z0IA 2QCNA 3EX2A 3N3MA 1VLWA 1MEIA 2CLIA 1RQHA 1C9DA 1RPXA 3G1VA 1BEUA 3KVLA 1QPRA 3PUOA 5HQEA 4UTTA 3IIPA 1LOQA 2C13A 1SU5A 4QJ1A 3MUXA 5G4WA 4ZL1A 4IQLA 4CQAA 1IIGA 3K30A 4ADUA 2Z2UA 3GKAA 3FKRA 5K2ZA 4FNQA 3SGZA 4NZJA 5U4NA 1GTHA 5EYWA 3CTLA 2W0UA 3W07A 3DFTA 4HPXA 3O6YX 4R33A 5F4WA 1EP2A 5EMUA 4O28A 1O5XA 1TCDA 4NJIA 5K4XA 1OFOA 4WX2A 2QCGA 2YCEA 1SSDA 2VFGA 4XBSA 4BF9A 4J9JA 2EKCA 4OGZA 3L21A 1F05A 4DO5A 4K37A 4UTHA 2ZZ2A 2WSRA 5FF2A 3LCGA 1V5XA 3PG8A 4NXSA 8TIMA 1W1ZA 1B9BA 1L6SA 3WJWA 4AB4A 1VH7A 3GNNA 4XZ9A 2GQ9A 5HUOA 3P67A 4TX9A 3DHFA 3W1LA 3W2LA 2P10A 5DN1A 4QITA 4C1KA 3PS7A 2H90A 5L9FA 3NL6A 1JUEA 3LV6A 3MI6A 4R34A 3DHDA 4ZQOA 3LHZA 3LV5A 4MFDA 1CW2A 1O4UA 1KM6A 4ML9A 2ISWA 3O15A 3VCRA 2BLEA 5F1UA 1AL7A 3TQVA 4U28A 1OK4A 1MO0A 3W7MA 4UCGA 1Q6OA 4UNLA 1SR9A 2ZA2A 4IPIA 3TQ0A 3EWYA 3W87A 3I7RA 4BK9A 3QW3A 3G3MA 2V5LA 1YPFA 2ABAA 5LNRA 5KZMA 1H60A 3QQ1A 1DL3A 2OT0A 1KTBA 4Z1BA 5A8GA 1DKWA 4WD0A 4I9AA 3LXBA 4JTJA 1SZEA 4MZ8A 4POCA 2E5BA 3S5ZA 3SI9A 3DKJA 4EOUA 6ALDA 4E2BA 4FNRA 1H7XA 3I7SA 2YPIA 3O6CA 4JY9A 1Z42A 4UTKA 2VFDA 3PUDA 3M0ZA 3N14A 4UFLA 3L66A 1W3NA 4PA8A 3NL3A 3V75A 1WV2A 1O94A 2Y7DA 4FX6M 3HGOA 5D2TA 3YPIA 4Y6GA 3H55A 1F6PA 4AHPA 3QSTA 1PCKA 4LTSA 4AXKA 4WUIA 3HG4A 3G0XA 1GVOA 2RKXA 3I6RA 4M6VA 3SFKA 3QPYA 4UTUA 1VYRA 4O54A 1KA9F 3DKLA 3UWUA 3TROA 3EWZA 1JCMP 1GPWA 1OVDA 4JEQA 2D73A 2H3BA 3SR7A 2Q3OA 3LLFA 1RZMA 5BOOA 1TSIA 4CQ9A 5FEZA 1EX5A 1KFBA 5K9DA 4UTWA 4O1DA 4ZQRA 3G3DA 1ICSA 4PCFA 4TR9A 4B5NA 3HF3A 1VQTA 3PF3A 4K7YA 4UTWC 2ZRYA 1N7KA 4LT9A 1MEWA 1FWWA 1RV8A 2NXHA 2YYTA 1KM4A 4JX4A 1ZALA 3GVGA 1F7BA 3UWVA 1IGSA 1T99A 1TTPA 4TIMA 1ZENA 1OFRA 1QO2A 4JIQA 2JKPA 3C4UA 2Y62A 5I3KA 4TMCA 3OVPA 2A7NA 1W0MA 1CI1A 2ISVA 5D30A 4DBEA 4Y8FA 2AAMA 4AEOA 2BXVA 3G18A 1KBIA 4X3ZA 1VYPX 1EIXA 2ZZ6A 3PB2A 3LERA 4NUWA 3P84A 1QO5A 1H63A 3BK0A 2ZRUA 1P5BA 2E6FA 3NQCA 3TIMA 1EWEA 3EKZA 3C61A 3NQVA 4XWUA 4HNVA 4UTMA 2Y85A 3PBYA 2ZTJA 4OU1A 1Z44A 4NNBA 4P2VA 3C2FA 1WBJA 4JYFA 2FPTA 4MJMA 3S5NA 5CPMA 1K8ZA 5CPNA 5D05A 3LTPA 4N02A 3HB9A 3NQ7A 1AMKA 3W9ZA 3THQA 4NT0A 1M7OA 2NLIA 1S3HA 3ZS4A 7TIMA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1HVQ A;  1D3G A;  4JX6 A;  1JF5 A;  1GVI A;  1ZBW A;  2DVU A;  4MJZ A;  4YPJ A;  3TNO A;  4UUI A;  4TTU A;  5JH2 A;  4US5 D;  1SVD A;  4KCU A;  3ALF A;  3EX1 A;  3E2R A;  3GVV A;  3BUR A;  3OOD A;  1HL8 A;  4XTD A;  1LQ2 A;  2DSZ A;  2TPS A;  4LYP A;  2A2I A;  2H6R A;  4NX5 A;  1XIF A;  3M0H A;  3IK4 A;  3DGR A;  3UA3 A;  1KO0 A;  2QII A;  3W82 A;  4Q7N A;  2XPK A;  4QRO A;  3E3H A;  1IXN A;  4JNZ A;  4IXX A;  2A4A A;  3IAR A;  3KDN A;  5K9X A;  1TV3 A;  3GK0 A;  5DRI A;  1M5W A;  3WDJ A;  3UFY A;  4OFC A;  1NY1 A;  4JFT A;  1XDM A;  2EG8 A;  1K70 A;  1WPC A;  2BHU A;  2J4G A;  3C5Q A;  3EWD A;  3BSH A;  3NGF A;  3S2C A;  3RJY A;  1K7E A;  1KM3 A;  3QW4 B;  3BOF A;  4PUE A;  1W1P A;  5HAO A;  3MUI A;  4EX4 A;  4Z1A A;  3RLU A;  3V5F A;  5ECU A;  2AOS A;  2CC0 A;  3L0G A;  5FF0 A;  1TWD A;  4J3S A;  4B4H A;  3F4W A;  4GXM A;  3CZG A;  3C0Q A;  3EOE A;  5C9U A;  3KM8 A;  3VYL A;  3NA8 A;  2QLY A;  1DHP A;  4C6O A;  4MLJ A;  1YDV A;  2VZU A;  3GKF A;  1VS1 A;  3EXR A;  1LRT A;  2CLP A;  4EF9 A;  5RUB A;  1UMY A;  4U2Z A;  3NIY A;  4OUI A;  3WSU A;  2ZE3 A;  1G6C A;  3TX9 A;  3AAL A;  2PD9 A;  1TPH 1;  3N2O A;  2PDP A;  1W56 A;  1KXV A;  2DT0 A;  3GVW A;  4S39 A;  4Y9A A;  5LHE A;  3DYP A;  2D23 A;  3GFX A;  1NDY A;  2FTW A;  2Z27 A;  5D04 C;  1CIU A;  3K4D A;  2VHL A;  4H4I A;  4YTQ A;  3UZY A;  1KRB C;  5EMK A;  3L4X A;  1QAP A;  3MDW A;  3AYT A;  3VE7 A;  1VGA A;  4WKA A;  2F8Q A;  1R7O A;  3VNL A;  4WDU A;  5CC5 A;  2GJL A;  2PE4 A;  3GX9 A;  2X1R A;  1XM3 A;  4DXV A;  3SUW A;  1I45 A;  1L8P A;  2ZZ7 A;  2WSQ A;  3T42 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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3FOKA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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