3FS2 | Genus

Total Genus 90

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	90
sequence length	275
structure length	258
Chain Sequence	TANSTVKVGNVTFSNSAPLALIAGPCQMETRDHAFEMAGRLKEMTDKLGIGLVYKSSFDKANIGLEKALEVFSDLKKEYGFPVLTDIHTEEQCAAVAPVVDVLQIPAFLCRQTDLLIAAARTGRVVNVKKGQFLAPWDMKNVLAKITESGNPNVLATERGVSFGYNTLVSDMRALPIMAGLGAPVIFDATHSVQQPGQREFVETLARAAVAVGVAGFFIETHEDPDNAPSDGPNMVPIDKMPALLEKLMAFDRIAKAL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of 2-Dehydro-3-Deoxyphosphooctonate aldolase from Bruciella melitensis at 1.85A resolution rcsb
molecule keywords	2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
molecule tags	Transferase
source organism	Brucella melitensis
total genus	90
structure length	258
sequence length	275
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date	2009-01-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3fs2A00

3CEUA 4TMCA 4N4PA 5K9CA 3L2IA 3M7WA 1KFEA 2ZTJA 4LY8A 3WFAA 4O0ZA 4GC4A 3CLMA 1GEQA 2NXHA 3VE9A 2D73A 4O28A 3T4CA 1IIHA 3DGRA 3C8FA 4UR8A 4UTLA 3B03A 2FDSA 3GDLA 1RV8A 1VQTA 2NWSA 2Y7FA 2ZTKA 1HO4A 1O5XA 3P8IA 2E68A 1QOQA 3T7VA 3KXQA 3PAJA 4NNBA 1LBLA 4BK9A 3NL6A 4QNEA 5DELA 3CIXA 4MJZA 4U28A 5K9DA 3EX6A 3SGZA 3LXCA 1ADOA 3S8HA 4NJHA 3QJAA 3F03K 3FJ6A 5TIMA 3TUUA 3IVSA 2IQTA 3TSMA 2PC4A 3FJLA 4C1KA 4LVAA 3M47A 3NZ1A 3T44A 5D2WA 5CZ0A 3L65A 3LLFA 3O15A 3STGA 3DFPA 2GJLA 1K8ZA 3LBMA 3LCIA 2YGYA 4S1FA 1RPXA 5KINA 2WSYA 1HO1A 3QYQA 2P1FA 1IF2A 3LHWA 3EKLA 5C5YA 2NV2A 4JTIA 4LVBA 4QIUA 5MHBA 1I8JA 5BOOA 4D2JA 3UWQA 2VOMA 1KLYA 1VJIA 5AHMA 4LT9A 4OQVA 3DI1A 4LS2A 2C16A 3LCLA 1T8XA 2EAWA 3G22A 2YCEA 1TPUA 3NZRA 1JCXA 1EB3A 3T78A 1LRTA 5D02A 3HGRA 4TX9A 3EEGA 3G8EA 5FF3A 1C29A 3RMJA 3PSWA 3G1DA 4UTWC 2Q3RA 4Z1DA 3PULA 3CHVA 2FPVA 3NQMA 1H7PA 3M6YA 3HB9A 3NAVA 3O1NA 2TSYA 5AYXA 3STCA 4IMFA 3ABRA 2WPBA 1R2TA 3I7QA 4AVFA 4WJEA 4EVZA 2ZRYA 3W1QA 3EWZA 3L67A 4XTDA 3NEVA 1VRDA 1GYNA 3NA8A 1SR9A 4FB7A 1I2PA 2XN0A 2CLFA 3V1PA 4ALDA 1WA3A 2WJZA 3WJSA 4Z0SA 4N4QA 3G0SA 3ELFA 3UY8A 4QAIA 3LCWA 3W1LA 1AK5A 3TFCA 2X1RA 4A29A 1KTCA 4AF0A 4DQWA 4XZ9A 4O13A 2ZRWA 5F2GA 5BW6A 1W5PA 3GK0A 4OV9A 4BI6A 3W1MA 3CQ0A 4FEZA 3N2MA 3G1XA 3EX1A 4I7WA 1H1ZA 4FO4A 1VZWA 3EWBX 3M1ZA 1J5TA 2FPYA 4MZ8A 3CPRA 1MXSA 4FXRA 5DY2A 1W8SA 1G7VA 1YLVA 3QPYA 3OA3A 2FFCA 1A5BA 5C2XA 4FXSA 5AB3A 4O8RA 2P0OA 5GVJA 3TR2A 3HF3A 1XFBA 1OK4A 4FX8A 4N6FA 3BW4A 2FQIA 2BSLA 2RDTA 4K6AA 3ZR4A 4NNAA 2CLHA 5HJLA 3UZJA 3M41A 4UIOA 3W7IA 5FF4A 1O95A 2QJGA 4CLMA 1OX5A 3DFTA 4FHAA 4HKPA 4LS1A 4O1BA 3HGOA 3W2NA 1BWLA 4POCA 1JRCA 5HWJA 4N2YA 3N14A 4O1AA 5DN1A 3TC7A 3PBWA 1MEHA 1H62A 2BWGA 2PRLA 1GVOA 2VFHA 4Z08A 1ALDA 1LDCA 3BLEA 1OX6A 3USBA 4JEQA 1R2SA 4GRSA 5K2ZA 1EX5A 2R14A 4ZQRA 1GG1A 8TIMA 2OMAA 2CZEA 2Q8ZA 2QCGA 1W31A 2YW4A 5CPMA 3U6WA 2FB2A 3RK8A 2V30A 5LNWA 3L21A 1DQWA 6ALDA 1TPWA 3R2GA 4QNWA 5C54A 4FNPA 3DKJA 3HO8A 3KAOA 3P80A 1IXNA 2A7NA 2B4GA 1K7EA 1EP2A 1CI1A 2XN1A 3PG9A 1W3TA 2GQ8A 3GNDA 4NT0A 4CCCA 2ZA3A 1FWNA 4JDYA 3HGSA 2A7PA 3NQAA 4Z1BA 4WXYA 2V9DA 1PE1A 4BFAA 3LM7A 3TSDA 3W73A 4RXGA 3QSTA 1TSIA 5HWNA 1VYRA 5G4EA 1KA9F 2V82A 1GVFA 4JTJA 4QJ1A 4JXCA 5BNKA 3E9AA 3O8AA 4AWSA 5BRBA 2Y70A 3G1YA 2FIQA 1H7OA 4HPJA 3HOJA 2VFFA 2CLEA 1P5BA 4LV9A 4UTTA 1TPC1 3QQ0A 5HQEA 3WJXA 3BVJA 4GUJA 2G96A 4O54A 1JCJA 2I1OA 4OWGA 4LOCA 1KM1A 1G4TA 3E0IA 2C18A 2AGKA 3FEMA 3ZS4A 3NQ7A 3L0NA 2RFGA 2BXVA 3CC1A 1S5TA 4IQLA 3G8RA 3DU0A 1W54A 2C13A 5U4NA 4BI7A 5CZJA 1YDOA 2V2DA 5FEZA 3M5ZA 3GB6A 1PCKA 1YXYA 2B7QA 2Q3OA 2BZNA 3HQ1A 4HNUA 2VFIA 3G1AA 5EY5A 4FNQA 3BLIA 4NUWA 3QRHA 4WZHA 3NQDA 4MIMA 3UWVA 3S42A 5EBUA 5I3JA 1B4KA 1XBZA 1O5KA 3AJXA 2NXGA 2V5BA 4JTEA 4XBSA 2RHGA 1RQHA 4IWWA 4XTIA 4N9EA 1GQNA 3NL2A 1GTEA 1B9BA 5G2WA 1QAPA 3OVQA 5IBXC 3NDOA 5I3FA 3NR0A 3P62A 2NUWA 3GAYA 1FX6A 1NSJA 4K37A 5G1TA 3P7YA 3PUOA 3W7LA 3BW2A 2X30A 1CX9A 4AWTA 3UY7A 2E6YA 5AHNA 1ZAJA 4O17A 3I7RA 4PEKA 1QWGA 5EL1A 3LRLA 2ISWA 2KZHA 1G67A 1FCBA 3GKAA 3HBLA 4KKXA 3P82A 4JTTA 4ML9A 4ZVJA 3TCEA 1P1XA 1FWSA 4UTMA 1P4CA 4UMAA 1PHWA 3W7DA 3C2RA 3LTSA 4PH6A 3EXTA 3PBVA 5D09A 3TU9A 3SECA 4UFJA 1AMKA 5KMYA 2Z0IA 4M5PA 3HIJA 4UR7A 4RJEA 4O0KA 3JS3A 2BX7A 3N3MA 3TK7A 4WD0A 4IUOA 3ABSA 2ZA1A 3GR7A 3WK1A 4Y9AA 3PUEA 3DFQA 1TV8A 3UNDA 2Y62A 3DHFA 4O50A 3HGJA 4NX5A 3CT7A 1D3HA 1TV7A 3B8DA 4O11A 1OFOA 3YPIA 1XCFA 4ONVA 3PC0A 3R89A 1P0KA 5J5DA 2CW6A 2BTMA 2H6RA 3W88A 1TQJA 3W7KA 2QF7A 4A3UA 4IOTA 3W2JA 2CLMA 5LGXA 4QSHA 4KWWA 2ZDRA 4AHQA 1TO3A 1I2OA 1UUMA 4B5NA 4G1KA 3UWUA 4XWUA 5DCDA 1K03A 2VXNA 2Y7GA 4JYDA 3QF0A 1H1YA 1E51A 3W72A 3IIZA 3W1RA 4UTWA 3O63A 1U5JA 4WUIA 4Y90A 1K02A 4KWVA 2EF9A 3CU2A 3N34A 4UFKA 3G0XA 2GOUA 3ABOA 4M7SA 4BWLA 3P5YA 3L5LA 3R13A 1EP1A 2J9ZA 3P67A 5D37A 1F7BA 4YL2A 1Z44A 2ISVA 3M44A 2A4AA 4UFMA 1JUKA 4MLRA 2NX3A 1EA0A 1DKWA 1I2QA 3FFSA 1GZGA 5CGQA 2QCEA 3BPWA 3ZWTA 4JR5A 1B4EA 4A2RA 4RZ6A 3VCRA 1KM0A 1GYLA 3MWAA 3N9RA 2C15A 4DO6A 3EWXA 3C0JA 2DZTA 3EX2A 3LLDA 3PBUA 1TQXA 4GWEA 1JULA 4KFPA 5F1VA 1KW1A 3GXNA 2B0MA 2CLIA 1LOLA 4ADUA 3GIYA 4IX0A 4LU0A 5CG7A 4DELA 1I4NA 4LUIA 1NFBA 1TB3A 5CPOA 3MI6A 1X8FA 1EEPA 2CWNA 3A9IA 1QPQA 2EGZA 2ZZ3A 3I65A 1D3GA 2JGQA 3M9YA 1UB3A 1OFBA 2DORA 1QPRA 1YTDA 4R53A 4UNLA 4JYFA 1XUZA 4ZQMA 3E02A 3EXSA 4UTJA 1RD5A 3MHFA 4P2VA 5IM51 4LNYA 4KFOA 5EA9A 1TTQA 3ZWSA 1J2WA 4LC6A 4FIRA 4O53A 1SUXA 4GE8A 2J6XA 1EUNA 3GDMA 3LHZA 3O07A 1KBIA 3GXPA 3R5EA 3RLUA 3T40A 1NAL1 1S3HA 2QCHA 3HJZA 3BGGA 2HMCA 4OGZA 2P10A 2HTMA 3B05A 2XN2A 3NVTA 3DFOA 1OFDA 4E38A 4EF8A 3QMRA 4UC5A 3UPBA 2NX9A 4Y96A 3G3DA 5FEWA 2LLEA 3A21A 4IMCA 4M6PA 1QOPA 2PURA 1A5SA 3L68A 3NGJA 4JY9A 3UXAA 4N9BA 4IPIA 3G1VA 5C6MA 4QM1A 1BTMA 1VLIA 1ME9A 3EB2A 1KFLA 4IPJA 4E2BA 5F4SA 3VNDA 3BG9A 1N7KA 4WY0B 2ABBA 2TRSA 2X2GA 3GXTA 4K7YA 4ZQOA 4NJGA 3LHVA 3M43A 1ME7A 2YFOA 2EPHA 1QMLA 3UXDA 1Q6RA 3NM3A 5C55A 2X1SA 2YYTA 1XL9A 2YW3A 4CQAA 1KFKA 1ZFJA 2CZFA 2OT1A 3W7MA 5FEXA 1YXCA 1FDYA 1DJQA 4WY0A 1OYBA 2QDHA 1TTPA 4O12A 1B3OA 2ZZ4A 5HMSA 1PS9A 1QNVA 3WJWA 3E96A 3BG5A 3LERA 3W23A 2E09A 1LTDA 4WXZA 4O57A 2E1DA 1Q3NA 3L9CA 5EMUA 5HUPA 4GXMA 3GNNA 3FS2A 4FX6M 3KVJA 4K36A 1VCFA 1S5VA 4GBUA 5L9FA 4O52A 1D9EA 3W1AA 1TJRA 2W0UA 5FI8A 1A53A 1F76A 5F4WA 4YCOA 2V0TA 4Q33A 1LM1A 3H54A 4UTIA 5FESA 1ZAIA 3P60A 1FCVA 5LNVA 1GT8A 1LOSA 3GKFA 3TC6A 3QW3A 3W74A 3KHJA 4MKNA 5CZTA 5F2MA 1THFD 4IX2A 4MY8A 3MP3A 2VFDA 2WNZA 4E2DA 4X22A 1A50A 1LBMA 3W71A 5SWUA 1OYCA 4M7TA 5HULA 5IBXA 3A22A 1DHPA 3F1QA 4UMCA 3W7QA 1UCWA 2DZPA 1XC4A 3TMLA 4O4WA 2DZXA 2NWRA 1A5CA 3M5XA 4QITA 3WK3A 1MSSA 4O18A 1O94A 1TTJA 4S2BA 3DFNA 1H61A 2YX0A 5DBTA 3DFSA 2TPSA 1I2NA 2QCLA 2Y7EA 1LZOA 3L0GA 2ZQ0A 2OT0A 3TXVA 1TJPA 3FKKA 3TW7A 4OU1A 2WNQA 4UMBA 4ORMA 2CLLA 1GVSA 3OVPA 2Y85A 2VENA 4JS3A 1VH7A 4MUZA 3CB8A 2NUYA 4Z0JA 5FEPA 3O6CA 1P0NA 1B57A 3GX9A 3GZ3A 3LHTA 1ZHAA 2C14A 1K8YA 3W75A 2PRMA 2VEMA 2E5CA 2A7RA 1ICSA 3PWAA 5E93A 2PCQA 1DQXA 2CU0A 1JVNA 1O60A 2DP3A 1WAUA 1HTIA 1RQBA 2I9EA 2YYUA 5DXXA 5CSRA 3NOEA 5KTLA 4JTFA 5HR6A 1K7XA 1WYIA 4O4VA 2DZVA 1TYGA 2CLOA 3SJ3A 3NPXA 4Y8FA 5F2IA 3STFA 3SFKA 3N2XA 2NLIA 1FWTA 1DVJA 3LRKA 4IMGA 4XQ6A 1OJXA 1ZALA 3R8RA 3PM6A 3SI9A 2G97A 1LRNA 2X1UA 4J9JA 4R34A 4HPXA 1N55A 3QSRA 4A2SA 3C4UA 3W83A 1TPDA 3S5NA 4FIQA 4RCXA 3Q2DA 3QM3A 5CZSA 1OX4B 5AC8A 1VCVA 5DCEA 3DKLA 4QQ3A 3MW7A 3RU6A 5LKYA 2A1YA 2J27A 3IGUA 3HMJG 4UCGA 5DLCA 1HUVA 2H90A 3IIOA 4K7VA 4HSNA 3W1TA 2ALDA 5D2VA 2Y61A 1C8VA 3OEXA 2GVGA 2DJLA 4AHPA 3MBFA 2AQWA 4X3ZA 2TMDA 1KFCA 5I3KA 4LRSA 3S5ZA 3O05A 1OF6A 4PC8A 1ZCOA 3PSVA 2PRHA 3KRSA 1YYAA 1TPFA 2E6DA 3UYCA 3IGSA 3KVMA 1ZENA 3LCFA 1SW3A 4N02A 2QAFA 4I7VA 2QCDB 1SZFA 2FPTA 1TTIA 4K38A 1I45A 4GJ1A 2FJKA 2C0AA 3O6DA 1PL9A 1KFJA 1OG0A 4NZJA 1O4UA 1LRQA 2ABAA 1R46A 1EWEA 3A5FA 2YZRA 1SQ7A 2Y6ZA 5E0KA 1FCQA 3LOTA 2E5BA 4AAJA 3S1XA 1DV7A 2QCDA 2ZRVA 1YXDA 4Z1AA 3STEA 1YPIA 3W7GA 5KZDA 1EUAA 3CEPA 3NG3A 2C19A 1K3UA 1M5WA 3GAKA 1QO5A 4IXHA 2ZYFA 4O16A 2QCMA 2OJPA 1JCNA 1KM5A 4PCFA 1WBJA 4UXDA 4MJMA 3QEZA 4DBDA 3H55A 4PTNA 4PFMA 3IRDA 3G24A 3MP5A 5AHIA 1TPEA 3NO5A 4DF0A 3S9YA 4O15A 3C6CA 3PBYA 4TIMA 1ONRA 2VFGA 3D0CA 1EWDA 4MFEA 1VR6A 1XBVA 4OE7A 2GJNA 1KBJA 3W87A 5EKYA 3THQA 3TKFA 1R47A 4H6KA 3LI1A 1DJNA 4Z1CA 2OZ0A 2A0NA 1LROA 1K8XA 2RKXA 2J9YA 4FF7A 5LHEA 3UQNA 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3EWUA 4LVDA 1SU5A 1ZAHA 4X9SA 4RK8A 2ZZ2A 4DO5A 5D04C 3TJLA 3UD6A 3W2UA 3FKRA 2H3BA 3QZEA 1ICPA 1N8FA 2ATMA 3I6RA 2XFWA 3H53A 3UWZA 2A85A 4HNVA 2B7PA 4RLIA 1X1OA 3HPSA 1OVDA 3ANYA 4JGDA 3KRZA 4JX4A 4O14A 5AC7A 3E12A 3TX9A 3W22A 1VC4A 3MI2A 1EIXA 3NL3A 4NXSA 3SZ8A 1DORA 4E0CA 3S1WA 4BF9A 1TIMA 3I7SA 2VEPA 4DXVA 3G1FA 4NXKA 5CPLA 4LUJA 1VCGA 3MO7A 3LHUA 3SW6A 4CQ9A 1F05A 3ATYA 3G3MA 2VELA 1SO5A 3TQ0A 1TREA 2A6NA 4UTTC 3W2MA 5K9XA 4OBTA 1IXPA 1J4EA 4UFLA 5CPNA 3IV3A 3W6YA 4GNJA 1W3IA 1H50A 3W1UA 2QUUA 2A6LA 1Y0EA 3W3OA 3N19B 3K30A 1TPB1 2JKEA 4XKYB 2EHHA 2FB3A 2ZBTA 3PB2A 1Z48A 4O19A 1SO3A 2QR6A 3EX4A 1FCUA 1TRIA 3DH7A 3W7HA 1YADA 1SFLA 3NM1A 3LGEA 3GDKA 1EPXA 1MO0A 1S5WA 1SW7A 3GDTA 2ZFAA 5TQLA 3W7CA 1OYAA 2X16A 1BWKA 3C2EA 4XKYA 3C2FA 3DBPA 3RFAA 2Y63A 5K7JA 3KVLA 3OIXA 1WDWA 1L6SA 1LOQA 2NUXA 5CKSA 4C1LA 1JUBA 5AC6A 3B0VC 2NXIA 2A21A 3B04A 1WV2A 5DCBA 3MJYA 1QDSA 1H51A 1OFPA 3W86A 1Q6OA 4CQ8A 1YTKA 3A24A 5HR7A 4QISA 5EPDA 3F4NA 2J9XA 3L5MA 4FNUA 4AMAA 3TQVA 3BV4A 3ATZA 4M6QA 1FQ0A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1HKW A;  1R38 A;  2FLI A;  2DT2 A;  4H2C A;  2PCE A;  4JN8 A;  3B8W A;  2ZX7 A;  4NAF A;  5A94 A;  5CBB A;  4Z17 A;  2IKI A;  4RV8 A;  1FFR A;  1IGS A;  1DPM A;  3S6O A;  3R43 A;  2RDU A;  3DZ1 A;  5DX7 A;  5JH2 A;  3P0W A;  4H9Z A;  2VCC A;  4B3L A;  1UAS A;  5I78 A;  1F4A A;  1JL8 A;  4U4M A;  3ZT5 A;  5A8Q A;  1FY6 A;  5L6U A;  1W5Q A;  1MEW A;  1J2B A;  3W7J A;  1V6X A;  3T08 A;  4J27 A;  1HQT A;  4AC7 C;  2YZ5 A;  4KWS A;  3WH9 A;  1YNP A;  3WQO A;  3O0F A;  5DT5 A;  1A0C A;  4I9A A;  1XYB A;  4UUI A;  4RXF A;  3C86 A;  4AEO A;  1JQX A;  4I9M A;  4Z2H A;  3VFL A;  1OHL A;  3S46 A;  3PVF A;  2DW6 A;  2GQ3 A;  4PUK A;  2FTY A;  1XLF A;  3VUP A;  4S3B A;  1IV8 A;  3BAK A;  1O68 A;  1W5M A;  1QXL A;  5DBU A;  1QNS A;  4DUO A;  4N9D A;  4ZZ9 A;  4D6E A;  1G6C A;  1XDL A;  4YTS A;  3NQV A;  1ZRQ A;  3GE7 A;  5H6H A;  3EMZ A;  3F7J A;  4PA8 A;  5AKQ A;  4CCD A;  3WLR A;  1XKY A;  3UPW A;  3PZQ A;  2BHY A;  3CLW A;  5D38 A;  5M5D A;  3VYL A;  1DIO A;  4DLM A;  1LYX A;  4CNP A;  1DXF A;  1JF5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3FS2A

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