3FS2 | Genus

Total Genus 90

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	90
sequence length	275
structure length	258
Chain Sequence	TANSTVKVGNVTFSNSAPLALIAGPCQMETRDHAFEMAGRLKEMTDKLGIGLVYKSSFDKANIGLEKALEVFSDLKKEYGFPVLTDIHTEEQCAAVAPVVDVLQIPAFLCRQTDLLIAAARTGRVVNVKKGQFLAPWDMKNVLAKITESGNPNVLATERGVSFGYNTLVSDMRALPIMAGLGAPVIFDATHSVQQPGQREFVETLARAAVAVGVAGFFIETHEDPDNAPSDGPNMVPIDKMPALLEKLMAFDRIAKAL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of 2-Dehydro-3-Deoxyphosphooctonate aldolase from Bruciella melitensis at 1.85A resolution rcsb
molecule keywords	2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
molecule tags	Transferase
source organism	Brucella melitensis
total genus	90
structure length	258
sequence length	275
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date	2009-01-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3fs2A00

1G4SA 3NGJA 3EXSA 5IM51 1O95A 2EHHA 1SZFA 4GUFA 1SZEA 4ORIA 4Y6GA 1LLZA 3N2MA 3MP3A 3C2EA 2PE4A 3NQ8A 4Y8FA 5I3FA 3VE7A 4QSHA 1EIXA 4ZQMA 3MO7A 1LTDA 1SO6A 1Q6OA 4D2JA 3UXAA 3C0JA 3E49A 3W2MA 1W56A 3RMJA 2QCFA 1TV7A 4IX2A 3MP4A 5BNKA 5L6UA 3BGGA 3WK2A 3KVJA 3GB6A 2ALDA 1R2SA 5FF0A 1GWJA 4MY8A 1GTEA 4RZ5A 1SSDA 1L6WA 4AMAA 5AB3A 1X6UA 4UC5A 4UFLA 1ZAJA 3FLUA 3CM4A 4MZYA 1BWLA 3T4CA 4RKAA 1A5BA 3E02A 4WY0F 4FXRA 3LHUA 2E5DA 2DJLA 4K8HA 5AHFA 1SUXA 1KM0A 5LGXA 3W1LA 3STFA 3RK8A 3SGZA 2VFEA 5FESA 2A5HA 1JCLA 1SU5A 3GAKA 3VCRA 2C13A 1W31A 1G69A 4PEKA 3QW4B 5DY2A 3DFPA 1H1ZA 2ABAA 3LB0A 1TCDA 5K7JA 1EUNA 1FY6A 2WV8A 5K9DA 3DFNA 4JIPA 3QMTA 4XKYA 3SZ8A 1RQEA 1GTHA 1VCFA 1LYXA 2G95A 1K3UA 4UUIA 2ZRZA 3GR8A 4GXMA 2ZZ1A 1H62A 1VJIA 2A6NA 1DVJA 2ZCGA 3LHWA 2ISWA 1WV2A 6TIMA 3R8RA 4UFMA 1PHQA 2QJGA 4JDBA 3L21A 4LV9A 1MEHA 1DL3A 3RU6A 4LS1A 5EA9A 2BLEA 5F2GA 2VFDA 4XWUA 3DFTA 1IXOA 4JX6A 1YDNA 1QPQA 3ZS4A 1W1ZA 5EL1A 2ZRYA 4ADUA 3HF3A 4NQ1A 5D2XA 3C6CA 4CQ9A 5DY3A 5EBUA 3T55A 3O06A 1T99A 1H7RA 2H8XA 3M5XA 4IX0A 3FYPA 1QO2A 3O1NA 5D02A 4UFHA 4O57A 5D09A 1KLYA 1PS9A 4RR4A 3NL3A 1LRQA 3ATYA 4O1BA 4JGDA 4O8RA 1JCXA 2A7RA 1S5WA 1L6YA 1SR9A 1R47A 4AHQA 2Z6JA 1X8FA 3HJZA 3EX1A 2GQ8A 4N9BA 4NU7A 3IGSA 2QDGA 2BTMA 1JQVA 2R14A 4JY9A 1W5MA 4AWUA 2DJXA 3PUDA 4X22A 5CZTA 4RK8A 1ZAHA 2WOQA 3VFLA 4XTDA 2NLIA 4UIOA 4X2RA 3DH7A 3TX9A 4I7UA 3BLFA 1QO5A 4XZ9A 4DXVA 3R5EA 3QZEA 1YPFA 1W3TA 3ELFA 1CX9A 3TQVA 5BRBA 3QSRA 5DLCA 2C19A 4RLIA 2EKCA 2X16A 1RQHA 5D05A 5EMUA 4NT0A 3L65A 3P74A 4LVBA 1FX6A 4MPQA 1LRTA 2V82A 1LROA 1MZHA 3W7IA 1OK4A 2RDUA 4AHOA 1ONRA 3P67A 3W7OA 1OX5A 3O15A 4LWWA 5D30A 4KFNA 2FPYA 3EWXA 1OX6A 3PC0A 1OFQA 5BMXA 3MUXA 5J5RA 4HNTA 4I7WA 3S6DA 4IGHA 4JXCA 3W1TA 1NAL1 3M1ZA 5KZMA 4I9AA 1MSSA 1VYRA 1FCBA 4EOUA 1VH7A 1ME7A 4M6QA 3GAYA 1IF2A 3TV8A 2QCLA 2DZSA 3STGA 2BX7A 3P84A 1W54A 3UNDA 1QNVA 3C2OA 5LNSA 4JR5A 1PIIA 3NQGA 4O4WA 1XL9A 1BEUA 1EP3A 4JYFA 1OF6A 3G1VA 2Y61A 4N9CA 1LORA 1GYNA 2E5CA 1Q3NA 5CPMA 1K8YA 3HO8A 1GZGA 4FNPA 1SO4A 4UTUA 1WAUA 3L5LA 1F76A 2NX9A 3S1XA 1QR7A 3W2UA 4CCEA 7TIMA 4E2BA 2X1SA 1LOLA 4O12A 1U5JA 1FXQA 4TO8A 3FJLA 1Z48A 4FHAA 5F1VA 3M47A 2QEZA 3WK3A 5CPLA 1Q6RA 1QAPA 3G1FA 2HS6A 3WJYA 1GPWA 2YFNA 3C61A 2OZ0A 4P61A 3W1XA 2QAPA 1KM5A 3W76A 1LLWA 3LLDA 4IXHA 5H91A 5HWNA 2A0NA 2IQTA 3BG3A 4FX7A 1TPDA 4E2DA 5U7SA 2J27A 2J6XA 3NEVA 1ZY9A 4A3UA 3LM7A 3W1PA 3KVLA 2Z2UA 2XFWA 1ICQA 4R33A 3QFEA 3VKJA 1QFEA 1ZCOA 2P1FA 2ZA3A 3S5ZA 3UPBA 3LHZA 3DAQA 3WJXA 3Q37A 2GQAA 5CSSA 3P81A 5C54A 3MYOA 4AEOA 3BARA 1FWNA 2YCEA 3LCXA 4NUWA 4UR7A 3ANYA 5AHEA 4JTKA 3NQ7A 2DP3A 2Q8LA 2VFIA 5SWUA 1WYIA 1RQBA 1WX0A 5D04C 3M0ZA 2F84A 5TIMA 4AWSA 1J2WA 3RLUA 3DENA 4MKNA 1TQJA 3CHVA 2B7OA 3CT7A 1VHNA 1PCKA 4Y9AA 5C5YA 2G97A 4HPXA 1AG1O 3ZWSA 5FI8A 3OA3A 2R91A 4CNNA 5AHLA 1XUZA 2WJZA 4FNUA 3HG5A 4NJJA 4DQWA 4NNCA 3P61A 5K4XA 1VS1A 4DELA 1TJPA 4RX0A 2ZZ3A 1O4UA 4Q33A 3NQCA 1TYGA 3FYOA 3MI3A 1I2QA 4LW7A 1LBMA 3DFQA 1KFEA 3E12A 3IGUA 2VC6A 3AJXA 3P8JA 3THAA 1PL9A 1KM3A 3HGRA 4HNNA 4CLMA 2V81A 5DXXA 3UWZA 3GXPA 1TPEA 4WD0A 4JS3A 3PS7A 2QF7A 3W1MA 3HPZA 2NWRA 2I1OA 1GVRA 4JDYA 4OQVA 3O07A 1I4NA 3GR7A 5D37A 2CLOA 2CZEA 1VCGA 2Y88A 5TQLA 1RPXA 3CWNA 4Y96A 1XFBA 3ATZA 3NQVA 4PFMA 1A5CA 3DBPA 2JKPA 1C29A 1P1XA 1TRIA 1ICSA 4BWLA 3F4WA 3OVRA 4LUIA 1B57A 1GVQA 2WNNA 2OJPA 1XBYA 5CKSA 4HSNA 5DBUA 3MWAA 4LRTA 3PF3A 1VYPX 3NQ2A 5LNRA 1ADOA 3E9AA 4OE7A 5HUOA 1WBJA 4RV8A 1DORA 1F6KA 3W2LA 1CW2A 4JTHA 3NPVA 4O14A 1VQTA 4MYAA 3NPXA 2GVLA 2V2DA 3LTSA 4UTJA 2FPTA 1FWTA 2V30A 3PBVA 1XDLA 5HJLA 4HN4A 2YDAA 4BF9A 5HULA 3A5FA 5AC6A 4TU1A 2GVGA 3G3DA 3QW3A 4DF0A 4GWEA 4EF9A 2NWSA 5D2YA 2X1TA 3I6RA 3EXTA 2GJNA 2V0TA 1H7PA 2YSWA 2R94A 5LHEA 2Y70A 4HNUA 5I3IA 1JCMP 2C3ZA 2CLEA 2GUUA 4U28A 1BKSA 1KFKA 2DZTA 4LOCA 4RCXA 1OYAA 1AW1A 3TSMA 3R12A 3W75A 3L5AA 1LRNA 2RHGA 4Q4KA 1I2NA 3UQNA 1WBHA 1YDOA 2ATMA 3IIOA 3LERA 4BI7A 3ABQA 1X1OA 1ZENA 2CU0A 5U4NA 1YXDA 3B0VC 3EKLA 5TBOA 1KFLA 3G24A 2VFFA 1VLWA 3G1YA 3DHDA 3HMJG 1HL2A 3STCA 4LVDA 4ALDA 4M19A 3L0GA 4TMBA 4NJGA 1B4KA 1SW0A 2VFGA 1KFBA 3LTYA 3UD6A 4DO5A 4LT9A 2RDWA 4I7VA 2B7NA 3LXAA 2E68A 2H90A 4XBSA 2BZNA 3JS3A 1XI3A 1NEYA 2Y63A 1P5BA 3A22A 4OU1A 3CB8A 1EPXA 4ICNA 3V75A 1GQNA 4JTUA 1ZFJA 5LNWA 5AYXA 5FEXA 3PULA 1YTDA 4N6EA 2CFFA 1TPB1 4K39A 1N55A 1YXYA 4DF2A 3P62A 1Q45A 5LSMA 3BPWA 4ADTA 4AAJA 1DHPA 2CLLA 3BVJA 3GKAA 3RF9A 3QM3A 1H50A 3BO9A 1H51A 4RJEA 3HG3A 3TROA 4IUOA 2JK2A 4WOZA 3T7VA 3EWUA 3EXRA 4Z1DA 4O11A 3TSDA 1WQ5A 3BG9A 4GRSA 4JTTA 4DBEA 3GYEA 2GQ9A 4UTLA 1FUYA 3OG3A 3QEZA 4NX5A 3JR2A 2NUXA 2F7FA 4QNWA 3NZRA 2RFGA 5EPDA 1VR6A 1D9EA 5K4ZA 5L9FA 3NQFA 4HIBA 4ZVJA 3IGXA 4MOZA 4NXKA 1TJRA 1W0MA 3TQ0A 4C1LA 2H3DA 3P5YA 4UMBA 4ML9A 5T26A 3W73A 3T40A 2HMCA 1W5QA 1H61A 3NM3A 2TPSA 3C2VA 1DJNA 2GPTA 5EKYA 2E77A 4LVAA 1O5XA 4UTWC 2QCGA 1EWEA 2YFOA 3WJWA 3QMRA 4WQ6A 4IOTA 4DO4A 2B7QA 5FEPA 4EIVA 4TIMA 3DXIA 3B8DA 3H55A 1QOPA 2ZA2A 1THFD 3VI2A 1A5SA 2V2CA 1R46A 4LC8A 3DI0A 4MJZA 3W3OA 4AB4A 2UV8G 3IVUA 3W7EA 4KFPA 1YTEA 3C52A 4RXFA 1T96A 5G5IA 3DZ1A 2QCCA 1DQXA 1W5OA 3LCHA 1U83A 2XN2A 4WY0B 1UJPA 1JULA 1SO3A 3W84A 1LOQA 4DPQA 4M5PA 4NVTA 3UXDA 3ABOA 3B0PA 4H6KA 3W70A 4YCPA 4LRSA 2PC4A 4MLRA 3PWAA 3DFOA 1F73A 1GYLA 2Y85A 4TMCA 1OYCA 3ZWTA 2QUTA 1AL8A 1VLIA 2NX1A 4K7YA 3S9YA 3MHGA 3P60A 5HMSA 1G4PA 5DBTA 3FKKA 3P80A 3LTPA 3D0CA 3L66A 3U2OA 1VHCA 3TAOA 3DKJA 3SFKA 3LBMA 5BMWA 3V1PA 5IBXA 3PB2A 3T44A 4OBTA 2Y89A 5CPOA 3A5VA 3NDOA 4EF8A 2NXIA 4POCA 2JBMA 1O60A 1F5ZA 1SPQA 4EWND 5F4WA 5CZSA 5F2IA 3EX2A 2W79A 4FO4A 1EUAA 3LRMA 3UWVA 5DCDA 2CLKA 3W7MA 4UCGA 3SECA 4QJ1A 1HFBA 1JCNA 1QOQA 2XN0A 3S5OA 3HG2A 2HSAA 3LI0A 3TAKA 5K3VA 1KA9F 3G0XA 1OX4B 1KTNA 3EWBX 3GX9A 4CNPA 3TFXA 3SSJA 2BSLA 1R30A 2Z0IA 5KMYA 3NL2A 3WJZA 3LDVA 2Y7DA 2FQIA 1MEIA 2HS8A 1FQ0A 4BFAA 3O8AA 4NX0A 3W88A 2CLFA 4YWIA 1EX5A 2WSRA 3W2JA 3PBUA 4K36A 1IIGA 1K02A 1OFAA 3WK1A 3TH6A 5BW6A 1I45A 4TX9A 2I14A 1VRDA 1GVFA 4E0CA 1W3NA 4HHPA 2H6RA 5F2LA 1HO1A 3UY7A 2FLIA 5LNUA 1LCOA 4J9JA 4TR9A 1TTIA 3W1RA 3B0UX 3C2FA 3I65A 5DCEA 4UNKA 3SY5A 5G1TA 4PC8A 3C8FA 2C15A 1WXJA 3TA6A 2C0AA 1MXSA 4CCDA 2X30A 2A2IA 4ZQPA 4NZJA 4NZFA 1W5PA 4Z08A 2ZRVA 3U8GA 5FF3A 4LUJA 3GDRA 2NV2A 3NPUA 5ABTA 3VE9A 2QCHA 3W2NA 4ZQRA 1KW1A 1H63A 3W1AA 3EX3A 4CQAA 2YW4A 5G4EA 4OHQA 1HG3A 3FEMA 4QM1A 1PVNA 4IQLA 3MI2A 3L2IA 3IEBA 4K6AA 4JICA 4Q32A 1JJKA 4FNQA 4UTMA 3G1HA 3PM6A 1OFEA 3L0KA 2QUUA 5FF7A 2ZFAA 1NF7A 3IIXA 3N73A 3G3MA 4K7VA 1SSGA 4O54A 4MJMA 2YR1A 3LXBA 3PUEA 3O6DA 4Y90A 3R89A 1OK6A 1UUOA 1UBSA 4MZ1A 4P2VA 4LC6A 4BK9A 2CZ5A 4KKXA 1S5VA 2H3BA 4O50A 1KM6A 1W37A 4GUIA 4NNAA 1H7OA 3W7NA 1EP1A 4W9TA 3O6YX 1KTBA 2X1RA 2FIQA 1AMKA 1C9DA 3MW7A 3MP5A 3LHTA 3H53A 2ZTJA 1XC4A 2B7PA 4Z1AA 6ALDA 3EX4A 1YADA 2LLEA 5HUPA 1QCWA 3KOFA 1RR2A 3M5YA 3RFAA 3W7QA 3O16A 3PBYA 2DU2A 3TC7A 1QDSA 5HR6A 4N4PA 3PSWA 5CG7A 2A7PA 2R8WA 4G1KA 1KM2A 1IXQA 4O53A 4QQ3A 3TXVA 2VOMA 4LVFA 3M7WA 3CTLA 2DZUA 1OHLA 3W7LA 4YXGA 3FIGA 3GK0A 4FEZA 4MUZA 1X1ZA 3A9IA 3FS2A 5KZDA 3TK7A 5A5WA 1UB3A 1Q6QA 1OJXA 2QCDB 2YYTA 3S1WA 4XQ6A 3F03K 4O17A 3TIMA 3FKRA 4JTSA 1FCVA 3C3NA 1T0OA 5I3GA 3W2KA 3L9CA 4OV4A 4XUGA 3PY2A 4UR8A 3LHVA 5LHFA 1O94A 1TPC1 3CEPA 3PUOA 5HINA 3W07A 5HNRA 1Z44A 3HGJA 3M9YA 2WSQA 3G1AA 4DF1A 4WUIA 3NPWA 3QF0A 3W6YA 4IMEA 3FOKA 2E6DA 2V9DA 4A22A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3FS2A

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