3G18 | Genus

Total Genus 74

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	74
sequence length	220
structure length	211
Chain Sequence	RRVDVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIK

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__5332780588976749__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__5332780588976749__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3G18/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__5332780588976749__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"5332780588976749","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3G18/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__5332780588976749__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfeeff9906694d364cc79cf/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfeeff9906694d364cc79cf/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfeeff9906694d364cc79cf/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfeeff9906694d364cc79cf/pdb.gz): 1677 ms

reading 211 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

211 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 21 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:210});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
publication title	Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	74
structure length	211
sequence length	220
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2009-01-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3g18A00

3LTYA 2TRSA 1LRTA 2EGZA 4ZQOA 4UTHA 1RQHA 2B7NA 5F2LA 3O15A 1MO0A 2G5WA 4UR8A 3GB6A 2DORA 3GKAA 4AVFA 4R33A 3C2FA 5TQLA 3QF0A 5H2ZA 4I9AA 3NQFA 4DF2A 1X7FA 1UUMA 4MJMA 3JS3A 1T99A 3LHTA 5CZ0A 3WJSA 1PS9A 2GQ9A 3HG5A 5E93A 3G0XA 2VEKA 4M6PA 3S8HA 3EX6A 4JDBA 4K7YA 1B9BA 3P67A 2PRHA 4BI6A 4XKYA 1AMKA 3EWWA 3LRMA 4LS1A 2NV1A 3GDKA 3W1UA 3W87A 1LP6A 1G67A 3E9AA 3UWVA 1KW1A 3LCFA 1YPFA 4Z1BA 1P4CA 1GYNA 3TQ0A 4LT9A 2ZZ1A 1FWSA 1VH7A 4ADUA 4K8EA 4TU1A 2LLEA 3T4CA 3NPUA 1FX6A 3RFAA 3LGEA 3LHUA 4IGHA 1D3HA 1SW7A 2NV2A 3WK3A 5CSRA 2Y85A 3N9RA 3LRLA 5LNWA 1TPDA 4RX0A 4XBKA 1PHQA 3PR2A 2VFHA 4M5PA 3L67A 5HR6A 3O07A 1T96A 4HN4A 3HIJA 2NWSA 4KFOA 5F2MA 5AB3A 2I14A 5DBTA 5AYXA 3FJ6A 3IIVA 2B7QA 5K3VA 4O18A 1I2QA 2O7SA 3UZ5A 3PBUA 5I3HA 4HT3A 4I7VA 1H7XA 5LNUA 3CHVA 5DCEA 1QDSA 2BXVA 3Q58A 4X3ZA 4LUJA 1PVNA 3SI9A 2ZZ3A 3WK0A 3SECA 2JGYA 3LXBA 2RH9A 4JTKA 3IRDA 5AN7A 2PC4A 4FXSA 4NU7A 4ADTA 2WNZA 3P81A 4CQAA 2YFOA 2B7PA 3O6DA 4FX7A 2ZRWA 4WD0A 4LWWA 2HMCA 4ZL1A 3HGOA 1XDLA 3E49A 3G1XA 5G5IA 2TMDA 1Q45A 2CLHA 1C9DA 3DGRA 3ZWTA 3B0UX 1IXOA 1I8JA 4LVAA 4A2SA 1NSJA 5L6UA 4DPQA 3MUXA 5FI8A 1MZHA 2QAFA 2XN1A 2A0NA 2VFIA 3TAOA 3AJXA 3P82A 4YMZA 3PM6A 1Q3NA 5I3JA 3IIPA 1A5BA 5AYZA 4IMDA 3S1WA 3DBPA 3EWUA 4UTLA 1VCFA 2JKPA 2Y61A 2BTMA 3W7CA 3IIZA 4CNNA 1I2RA 3TNOA 2X2GA 2E1DA 3S5OA 4JD4A 1K8YA 2GOUA 3GNNA 4DQWA 4HSNA 4WZHA 3LHWA 4WJEA 5G1YA 4JTFA 1F6KA 3NL3A 1OHLA 1JCNA 2KZHA 1LRQA 3HBLA 1XCFA 1A53A 2DJXA 2DU2A 5C6MA 1VPXA 4LRSA 4DBEA 1KFBA 1MEWA 4AB4A 3UWQA 1W37A 3LBMA 3MHFA 4EF8A 5GVJA 1TPB1 1GZGA 3W2MA 1LBFA 3Q37A 1OVDA 5AHLA 3CU2A 3E02A 1OX4B 2GVGA 2QCGA 3R5EA 4CLMA 3HO8A 2GVLA 3GAYA 3QPYA 4ZMGA 3NQAA 3FKRA 2NWRA 1TYGA 2YSWA 2YYUA 5HJLA 3BO9A 4AMAA 3UXAA 1SZGA 2VFGA 5G4EA 2W0UA 4DELA 2OT0A 4ALDA 1QR7A 2QCCA 3RLUA 3Q2DA 3KHJA 4MYXA 1XUZA 4UFMA 2ZRYA 1GYLA 5KINA 3T55A 1FWTA 2DZUA 4JGDA 3KVKA 3SSJA 1B4KA 2QKFA 1G7VA 3NL5A 2J24A 3FS2A 1SZFA 1K02A 3V1PA 1BEUA 2Y89A 6TIMA 2YXGA 4O4WA 2NXIA 1DL3A 4IQLA 2H3DA 2V8ZA 1GTHA 3WJYA 4TMBA 1FWWA 1HL2A 2Q3OA 4FNUA 3SGUA 4MZYA 5KZMA 3WK2A 4OBTA 1B4EA 1WBJA 5F1UA 4WOQA 1EX5A 1LOSA 3IGXA 4G1KA 4WY0F 4H4IA 1EP2A 3MP4A 4MPQA 1XL9A 3NQMA 1L6SA 4EF9A 4LV9A 4JYEA 1KV8A 3CTLA 2QCDB 4OWGA 2DP3A 2YX0A 4UIOA 5MHBA 2H8XA 1GWJA 1KBIA 4N4PA 5CPMA 4PCFA 1ZAIA 4MJZA 4FO4A 1H60A 3SZ8A 2CLLA 3C8FA 1W0MA 1RQBA 4O0KA 3L21A 3W73A 3GYEA 3DKJA 1F74A 1OFQA 2CLEA 2X1SA 3EX2A 3UXDA 3W7QA 4KWVA 1X8FA 3WJXA 4P2VA 3W07A 1EP3A 2V30A 4PEKA 3TFCA 4XZ9A 1SFLA 2A21A 3W2NA 1W54A 3TSMA 1NEYA 4YCOA 3W1NA 5EL1A 2QCNA 2EAWA 4O28A 4HSOA 3LXAA 3O1NA 3BW3A 2V2HA 5KMYA 4DBDA 3N2MA 4GUJA 1XBXA 3W1AA 4UTMA 1RZMA 1KFLA 1H50A 2QJGA 2A7NA 4Z0JA 3NNTA 4M6VA 1M7PA 1M7OA 1W5OA 3U6WA 2B4GA 3KVJA 1ZCOA 3INPA 1I2OA 4ZZ9A 1LLZA 4K7VA 3KAOA 1F05A 2Y7DA 3TQVA 1TPUA 2ZZ5A 4BI5A 3DXIA 1JQXA 1TTIA 3UWWA 3KRZA 5KZEA 1JJKA 5BMXA 6ALDA 1UASA 3G3DA 3NOEA 1JQVA 4POCA 3MBFA 4CNPA 2HTMA 4YXGA 2HSAA 4MIMA 2ZFAA 1KM4A 2GQ8A 5K2ZA 2OX1A 2RFGA 3FKKA 1P5BA 3TFXA 3DH7A 5IM51 2Y7FA 4BWLA 1O94A 5HMSA 3UPBA 2H8ZA 3H53A 3U8GA 1D9EA 4XTDA 4RZ4A 5J5RA 3ZS4A 4XWUA 1QOPA 4XUGA 4NVTA 2R91A 5D09A 5BMWA 4JIQA 4Z1AA 1VQTA 2X30A 4JTHA 1C8VA 1PCKA 3W7GA 3HPSA 3STCA 4IXHA 3M5VA 5G2IA 3UY7A 3G0SA 3E12A 3MBDA 4JTEA 2A7PA 1SO5A 5HWMA 3GR8A 4Y96A 4EWND 3C2OA 5F2GA 3DU0A 1YXYA 3R12A 1TCDA 1FCQA 1QNVA 3G1HA 1FBAA 2CWNA 1GG0A 3B04A 3QZEA 1CW2A 3D0CA 2P1FA 3F1QA 3I7QA 4AEOA 3NA8A 2AQWA 3HGRA 2QUTA 1F7BA 2EF9A 3N34A 4JN6A 4UTUA 1KFCA 4DO4A 2P0OA 3UWYA 5D32A 5LKYA 1ME8A 1SPQA 3S1UA 5K9CA 3STEA 2QJHA 3CM4A 1TPWA 3EWBX 3LCGA 4WOZA 2O7QA 3BVJA 3UYCA 1H61A 1QCWA 1R2RA 1TPVA 1H1ZA 2WSYA 5D2VA 2WQPA 3N9SA 3W83A 2V9DA 2QUUA 4N6FA 1I2PA 2NZLA 3CC1A 4NJIA 4C1KA 3G1DA 1FCBA 5I3GA 1JULA 2BWGA 2Q3RA 3EB2A 1W56A 2PCQA 3VNDA 2NUXA 3O6CA 4PC8A 2DZSA 3FOKA 1G69A 4IUOA 5LHFA 4JIPA 1AW1A 2V81A 4IOTA 2E6FA 3UNDA 5KZDA 1GOXA 2XN2A 2V2CA 5HULA 4RZ6A 5FF4A 4FNSA 1EUNA 2DZWA 3BW2A 5BW6A 4KFPA 3TXVA 3HPXA 3TW7A 4FX8A 1ICSA 2FJKA 3TH6A 1OFEA 2Y7EA 2V5BA 5G2HA 2ZTJA 5HWNA 4JTGA 1VGAA 3S0CA 2ZTKA 3JRKA 3UQNA 1GTEA 2DZPA 4JTTA 5D2YA 1JCYA 1X1OA 3CEPA 3LCWA 3CWNA 3PAJA 2DZXA 3PUEA 5BNKA 1DVJA 3M9YA 1DOSA 3HB9A 3QSTA 1HO1A 1J2WA 1W5NA 1FY6A 3NZ1A 2Z6JA 1R46A 3V75A 4L4MA 3DKLA 4FB7A 4NXSA 4O1BA 4TMCA 5G2WA 3QMTA 2JKEA 2WJZA 2QAPA 3NXFA 5CZTA 3LHZA 3P84A 1WA3A 2VELA 4CCDA 2QDGA 4UC5A 4U28A 4TX9A 1EA0A 3A9IA 1OFAA 3GDTA 1G4PA 1OYAA 4JX4A 4R34A 3LERA 1N8FA 3W1PA 3L68A 3P80A 3C61A 3L66A 3DHFA 2ZRZA 3MYOA 3NPXA 4M7SA 3MP3A 4RK8A 5K7JA 1L6WA 2Q8ZA 3UY8A 4ZQMA 4MY9A 1I45A 1KBJA 4HIBA 1TTPA 3NPWA 3B8DA 7TIMA 1JUKA 4IMCA 3DHDA 3DFOA 4UTKA 1WYIA 3PULA 2ZZ7A 4GRSA 3IGUA 5HUPA 1H7WA 2JBMA 1RVGA 1H62A 5EPDA 2ZDRA 3W6YA 2E5BA 3A5VA 4ZQRA 3B03A 3VE9A 3S1XA 3ATYA 1KA9F 4O57A 4Y6GA 3PG9A 3EWXA 5FESA 3SY5A 1SW3A 2Y88A 4LS0A 4WX2A 4NT0A 3S5YA 3UZJA 5KITA 1XM3A 3UWZA 4O54A 4LRTA 4HNNA 2RDWA 3EWZA 2FPYA 4NJKA 3SJ3A 1IXQA 2DZTA 1E51A 4MZ8A 2H3BA 3DFNA 2OMAA 5DCBA 4RV8A 1XBVA 2R8WA 1V7YA 2C18A 3P60A 2C1HA 1QPRA 4E0CA 3R2GA 3YPIA 1IXPA 1GG1A 2A85A 4O13A 4UFHA 5AHFA 3I6RA 2OCZA 4ML9A 1TIMA 1DKWA 4O53A 1K03A 2FTPA 2X16A 5DLCA 2H90A 3VI2A 4JR5A 4AF0B 3MYPA 5K4ZA 3W7OA 1VHCA 5LHEA 4X9SA 3G22A 2Q8LA 1L9WA 2WO5A 3A23A 3GZ3A 1VHNA 2EKCA 4NNBA 4MOZA 3CLMA 2C3ZA 3SIZA 5D05A 2CW6A 4IJBA 3C6CA 4N9DA 1NAL1 5LGZA 4JX6A 1ME9A 4UFIA 2X1RA 3W9ZA 1BTMA 1EWDA 3T44A 4OV4A 4DO5A 4E38A 3NQ7A 4W9TA 5KSWA 1H7PA 3PUDA 3W7IA 1F76A 3FYOA 1VCGA 4RLIA 5D04C 1OX6A 1RD5A 1U83A 2E77A 1Q6RA 4IXXA 3OA3A 3T40A 1LOLA 1OF8A 1ME7A 3ABSA 2WKJA 4FF7A 1TRDA 5K9XA 3G1FA 3TUUA 2NX1A 3RLVA 1KM5A 4R53A 1YXDA 1CI1A 1W5QA 1ONRA 3LDVA 3OBKA 1Z44A 1KTNA 3NZRA 3W1RA 3W7PA 3IVUA 4K38A 5L9FA 5EMUA 1LYXA 2QDHA 1O5XA 1B3OA 3WFAA 2CZ5A 2J88A 3EX3A 3GXTA 3EX4A 4DF0A 3P74A 2J6XA 4IMFA 2IQTA 5EKYA 1LTDA 3QW3A 1KTCA 1K3UA 1X1ZA 3RNDA 4UFJA 1Z41A 2VXNA 2A7RA 3FA5A 3NQ6A 2CZEA 1OFOA 2ZZ4A 3G3MA 4MVAA 1K8ZA 3BPWA 1UCWA 3NQ2A 2NLIA 4MZ1A 3O06A 3TU9A 3HPZA 1QO5A 3VE7A 2C16A 3PSVA 4A21A 1WAUA 5F4WA 1O60A 1GVQA 1XBZA 1OFBA 4MUZA 4ONVA 4HPJA 4X22A 2F7FA 2A2IA 3HG2A 3FFSA 5C54A 1NF7A 2FQIA 1WV2A 5D2TA 2TSYA 1QPNA 4OV9A 4ZQNA 4Z1CA 4BFAA 3TA6A 3NL6A 3GDRA 4IMEA 4LC6A 1ZAHA 2ZRUA 3EKLA 5K9DA 1OABA 3TW6A 1QWGA 3E0IA 3NPVA 5BOOA 1AL7A 3ABRA 1TMHA 3I7RA 1VCVA 3W22A 2RDTA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3DI1 A;  1O95 A;  5T26 A;  4XIM A;  3IUI A;  3OOD A;  4W8B A;  5XIA A;  2WNN A;  2DSV A;  1PCW A;  2B0M A;  5A6S A;  4WVX A;  4QIT A;  1DOR A;  4AG0 A;  4C6C A;  3NG3 A;  5RUB A;  1SJB A;  1UG6 A;  3PUO A;  4OOU A;  1K77 A;  2WAN A;  3T0C A;  1V0N A;  5BOF A;  2A1Y A;  5FEW A;  1H49 A;  3BLE A;  1JCM P;  3LUT A;  2ZZ6 A;  1MWO A;  3TYU A;  3IAP A;  2FDS A;  3T07 A;  2D3L A;  5AHI A;  4ZE5 A;  3PZQ A;  2ZCG A;  3WUB A;  1OC5 A;  3B0X A;  4FZI A;  2VTF A;  1OZQ A;  2BVW A;  3LHY A;  1KGX A;  8RUC A;  1KWK A;  2OYM A;  4MB5 A;  4NAF B;  4XD4 A;  3ANY A;  5I0D A;  1GHS A;  2XM1 A;  4RE2 A;  1TRE A;  4WUI A;  3H4X A;  4LY8 A;  5FA5 A;  3AQU A;  4NZ1 A;  4IFR A;  4NNA A;  4PUK A;  4DLM A;  5CAH A;  1KRC C;  2PP3 A;  2F84 A;  1R86 A;  4W5Z A;  3GLC A;  3JUG A;  5GNZ A;  2X8R A;  3M5Y A;  2AAM A;  4XTI A;  4DBS A;  4UBP C;  2ALD A;  3LLX A;  1GNX A;  1XR2 A;  1LJY A;  2OEJ A;  5FEP A;  4IIF A;  7ENL A;  5KEZ A;  2J9Y A;  3LX9 A;  4NIL A;  3O0F A;  3RHG A;  4B5V A;  4GVF A;  4O14 A;  2DUZ A;  1ONE A;  3W7J A;  2RKX A;  2QEZ A;  4QS6 A;  4H8U A;  4HU3 A;  4Q22 A;  4JYF A;  1P6B A;  2A6L A;  1XYM A;  4B5X A;  5DT7 A;  3W1X A;  1KGW A;  4GKT A;  3CV1 A;  1FXP A;  2J7F A;  1EB3 A;  3TN5 A;  2JF7 A;  2TYS A;  1ZAJ A;  1F8I A;  3EXT A;  3VO0 A;  2Z1K A;  5LXE A;  1I4N A;  4B5T A;  3E3H A;  3CAV A;  4OEC A;  4JL2 A;  4ZB5 A;  2UY2 A;  4K1G A;  3IGH X;  3ATZ A;  3W1T A;  2PWV A;  1OK4 A;  4BQ5 A;  3BCD A;  3GX9 A;  3NWR A;  3B9D A;  4DWS D;  1XID A;  1KM1 A;  3FDG A;  2O9T A;  2WM1 A;  4S3B A;  2C1I A;  2D2H A;  3RME A;  2O0T A;  2HK0 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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3G18A

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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