3G1AA

Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 6-azauridine 5'-monophosphate
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
total genus 82
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2009-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3g1aA00
3TH6A 3BO9A 3CQ0A 5F2MA 3NQFA 2RDTA 3PBVA 4UR7A 1I2PA 4OT7A 3GIYA 1TMHA 3W74A 5LNVA 4BF9A 2E5BA 1EPXA 3K30A 1GOXA 2RHGA 4MLRA 1WBJA 1YYAA 4Y8FA 2P0OA 3LX9A 1RQHA 4GWEA 4IX2A 1ZFJA 1KFKA 3S5NA 1TV5A 4QQ3A 3ATYA 3IIVA 1W5QA 2A85A 1TV7A 5HUPA 3DXIA 1TTQA 3CB8A 3W2JA 3Q2DA 5D38A 1Q45A 5H91A 3PVFA 1NSJA 4RR4A 2WOQA 1H51A 3NPVA 2QCCA 3W3OA 1K7XA 4W9TA 3M5VA 4RZ4A 4JYFA 2CLHA 5D2VA 1F5ZA 3W75A 3EB2A 3QMTA 4HNTA 2WPBA 3HPSA 1OG0A 3B05A 4MPQA 3BLIA 1UUMA 4E2BA 4IMFA 1EWEA 3R12A 2R91A 1NVMA 6ALDA 1H5YA 1GVRA 3DAQA 4DBEA 1KFCA 2YFNA 5H2ZA 1XI3A 1XC4A 3TAKA 2PRMA 2Y7EA 5K3VA 3ZWTA 4QIUA 5LHEA 4ZMGA 3TJXA 4LS1A 1NF0A 1QOPA 3WJYA 1LRNA 2B7OA 3ELFA 1VYRA 2Z6IA 4OWGA 1WYIA 4N6EA 2VFEA 3OIXA 3LCWA 2QAFA 5AHNA 7TIMA 5T26A 2Q3RA 1ICSA 2NXIA 3G8EA 3GDTA 4CNOA 1K8ZA 2RH9A 5SWUA 1G4TA 4WUIA 3EX2A 4EF8A 2GVLA 3LHUA 4UNLA 2R14A 3W2UA 1C8VA 1S5TA 5DLCA 1GVFA 4RXGA 4Y6GA 3FS2A 4YCOA 1WXJA 4LVFA 3O07A 1OFAA 2CW6A 3F4NA 3BG3A 4AWTA 2YR1A 1XKYA 1KBIA 4UTJA 3O06A 3IV3A 3PR2A 4BWLC 3DGRA 1KV8A 3DFQA 2A21A 4ML9A 2NX9A 3MI2A 2V5BA 5LSMA 1YPFA 4AWSA 3P60A 3NA8A 4JTSA 3W76A 4XTIA 3L5LA 5C6MA 1FWNA 5HWMA 5D2TA 1ZNNA 3E02A 3QSTA 2ZCGA 1EP1A 1FXQA 2Y70A 1SW7A 5HULA 3W1XA 4N4PA 2HS6A 3GXNA 1TPB1 3MBDA 4DF2A 3BG5A 1YTEA 2ZBTA 4PL1A 1OK4A 1SU5A 2WO5A 5DCDA 4MFEA 4K37A 2VEPA 5HJLA 3L5AA 4IMCA 3SFKA 4NNCA 4Z08A 2QCEA 2AQWA 2E77A 1AK5A 2YPIA 4FF7A 4I7UA 2VFIA 1W5PA 2C16A 2E5CA 2Y7FA 3EX4A 2NUYA 3HGSA 1W5MA 3H53A 3HMJG 1H7OA 3KVKA 4CQ8A 4ADUA 2ATMA 5ABTA 3W88A 4O10A 3NYZA 1BWKA 3HO8A 3QW3A 1Y0EA 3W73A 1TPH1 1S5WA 1VRDA 3DKLA 4TO8A 4Z1BA 2Z0IA 4WOZA 3W83A 1G4EA 1K02A 1Z42A 4UFKA 4NXSA 3NQVA 2ZZ3A 5C54A 4JR5A 3G1XA 1W5NA 2G97A 5G4EA 1S5VA 1TPC1 1SSDA 1XUUA 2W0UA 1PS9A 4AHPA 4PFMA 3TFCA 4IUOA 5D2YA 4JYEA 4Q4KA 2EAWA 3W7EA 2ZRWA 3WJSA 1VLIA 1SO3A 4NT0A 3OHIA 2YYTA 1WX0A 2DZSA 3I7SA 5A5WA 4MOZA 1YADA 3W1QA 3PBYA 2CZDA 1IXOA 1XDMA 1GPWA 3P61A 5AC8A 3FA5A 2QDHA 5LGZA 1GWJA 3M43A 5BW6A 1VQTA 3W7PA 4EVZA 2H8ZA 2DZPA 4LC6A 4LC8A 3W1NA 4FEZA 2H3DA 3RU6A 4S1FA 2GVJA 1AMKA 4JN6A 4K8HA 1AG1O 2VEIA 3WK1A 1SZFA 1M7PA 4O15A 1FCUA 1SZGA 4O1DA 5BOOA 1SW0A 4NNAA 4A2RA 1DVJA 1RPXA 2FQIA 4ZQCA 3SR7A 2YCEA 1HTIA 4MJZA 1TTJA 3E0IA 1M6JA 1R30A 1UBSA 5J5DA 5AN7A 1W56A 2A7RA 4KFOA 4UTMA 3TC7A 2V0TA 4XWUA 3RMJA 2WSRA 4CNPA 1LBMA 4AH7A 1KFEA 2YW4A 2VFGA 1GZGA 4WD0A 4O19A 3G1HA 5L6UA 3USBA 2CLEA 5DBUA 1CI1A 1G4PA 3BVJA 3BGJA 3RLVA 1FWWA 1SZEA 3OVQA 1KBJA 4WQ6A 2VEKA 3NM3A 3G1AA 2QCNA 4NU7A 1B9BA 4JICA 1A5SA 3HBLA 2QCLA 4N9BA 1U83A 1TREA 1ONRA 3DI1A 4K7YA 3LHVA 4UTTA 2UV8G 3ZFHA 3DFSA 3M5ZA 1DL3A 1LBLA 1CX9A 2XN1A 4A22A 4IWWA 1OABA 3E96A 2ZZ6A 3QH2A 1NAL1 3O16A 3TU9A 5TBOA 2CFFA 2A6NA 1J2WA 4BI6A 3TV8A 1JUEA 1GEQA 2I9EA 5LKYA 4UFIA 3TK7A 1WQ5A 3WK0A 3L5MA 4RK8A 1PL9A 1RD5A 4MY1A 1K03A 5F2GA 1VCFA 5K2ZA 1PV8A 5EA9A 1Q6LA 2WKJA 2YZRA 2GQ8A 4U4MA 1LCOA 4UCGA 8TIMA 3L21A 3C2OA 3GNNA 3HQ1A 4IPIA 4KFPA 3ANYA 3SIZA 4UC5A 4N6FA 3PSWA 4HT3A 4WX2A 3P8IA 4OBTA 3LHWA 3TQVA 3LCFA 5DCEA 4AB4A 1UB3A 3S6DA 2YW3A 4WY0A 2YX0A 3W7IA 4M5PA 4WXYA 4IOTA 1TIMA 2ZZ2A 2ZZ7A 1KM6A 5LNUA 2QJHA 2Y85A 3C8FA 4X22A 3I7QA 3QMRA 4TX9A 3LXAA 5HMSA 3IRDA 3NQAA 2ZA1A 3R13A 3LRMA 5LHFA 5E1QA 1ML1A 4X3ZA 1FUYA 1EIXA 1HG3A 1MO0A 3UY7A 5K9CA 4IX0A 4MFDA 1TQJA 1YDOA 3BW2A 4UFMA 4FHAA 3MYOA 2V5LA 1TYGA 3BW4A 3UWYA 3NR0A 2V81A 3HGRA 1OJXA 3W1PA 1UASA 2CZ5A 4GC4A 4JTHA 3L68A 3LHZA 5G4WA 2QCFA 4H6KA 4JYDA 2A7PA 3UZ5A 3GK0A 3NG3A 2J88A 4OE7A 1A5AA 2ZRXA 3GDMA 5FEPA 1Q6RA 2DZXA 4O4VA 3L0NA 2PE4A 3FIGA 3NQCA 2E6AA 5J5RA 4WOQA 4KWVA 5AHMA 1C9DA 4XTDA 3CIWA 3W84A 1EWDA 1IXQA 3UWWA 2VKZG 1T96A 1O4UA 3A5VA 1QWGA 5KTLA 2H8XA 3O6YX 5AHEA 3DU0A 1LOSA 4OV4A 4O8RA 5HQEA 1ZALA 3RK8A 3VE7A 1GVOA 4O12A 1IF2A 4P61A 4UFLA 1UCWA 5EPDA 2NX3A 4FIQA 1TPDA 1WOBA 1I2QA 3ZR4A 3BPWA 4O52A 2ZTKA 1H50A 3A24A 2JKAA 1V7YA 4WY0B 3W70A 4LRSA 5D03A 3CEUA 2FFCA 1TB3A 4R34A 5F4SA 1Z44A 2QJGA 2VOMA 3CLMA 4JTLA 4ZQOA 1LLZA 5KZDA 4UMBA 2ZTJA 3G24A 1JCMP 3P7YA 3W87A 4AXKA 4HN4A 3GDLA 5DXXA 4NJIA 4FIRA 3N19B 3JR2A 3P81A 5HNRA 2RDWA 4TIMA 2GPTA 1DJQA 3TFXA 1M7OA 3IGXA 4IQLA 1J4EA 4NUWA 4MY8A 4BI5A 3STFA 4JTEA 2X1SA 3NNTA 1KTBA 3NGJA 3WK3A 4DXVA 3T55A 3N2MA 4FNUA 2E6FA 5G2HA 2B7NA 1G7UA 5CPOA 1OVDA 3QZEA 3TW6A 2A2IA 2E5DA 1JCXA 1XXXA 3W1AA 4HIBA 3TCEA 4DPQA 1EP2A 1LOLA 1X1ZA 3CT7A 3HG5A 1YLVA 5DY3A 5C55A 5HR7A 1L2UA 3W1RA 3M1ZA 3KXQA 1GYLA 2FIQA 1T99A 4FNPA 4NZJA 1HFBA 2ALDA 5I3FA 5BMWA 3W6YA 5FF3A 2PURA 2Z2UA 5CPMA 1QO5A 1P4CA 3D0CA 3GAYA 4UMCA 4N4QA 5I3JA 3W1MA 4RJEA 2QDGA 1SFJA 4DO4A 3BG9A 3LBCA 2VEMA 4LTSA 4PH6A 1FCBA 4FNQA 4HSNA 3DHDA 1XCFA 3QSRA 1QNVA 1KTNA 4MY9A 3IGSA 1PHWA 4XKYB 3LTSA 4MLJA 5I3HA 2JKEA 3FKKA 3C2FA 4LVGA 5LZLA 5TQLA 4MUZA 5HWNA 1LYXA 1HL2A 2OMAA 3G0XA 4FX6M 5BNKA 1LLWA 2V30A 4L4MA 1PHQA 3I6RA 3QEZA 1KLYA 3KVMA 3PF3A 2EKCA 2X1UA 4IXHA 3LERA 3GNDA 3THQA 3OVPA 3MWAA 2C3ZA 1BTMA 3PC0A 4JXCA 4MJMA 3KFTA 3O63A 3KX6A 4R7JA 5FI8A 3LV6A 1ME7A 1KM2A 2BXVA 1V5XA 3VKJA 3NL5A 4AHOA 1XFBA 2BX7A 3JRKA 1DJNA 4M7TA 1GTEA 3W7LA 5G2IA 4ADTA 4BK9A 4LU0A 3TC6A 2V2DA 5CPLA 1W54A 1TPUA 4LV4A 2G96A 3O1NA 1VYSX 3PSVA 4FXSA 2WNQA 4C1KA 3PUEA 1N8FA 1TQXA 1FDZA 2DJXA 3RLUA 1O5XA 1OFEA 2HS8A 4QITA 3GAKA 1QPOA 1TTPA 1YPIA 2R8WA 3MMTA 4O4WA 4UMAA 2TYSA 3UD6A 3V1PA 3EXTA 4OV9A 2WNNA 3EEGA 4Z0SA 3KVLA 5D04C 1M5WA 2VFHA 1DORA 1OF8A 1HO1A 1W1ZA 4MVAA 3F4WA 1LBFA 3SY5A 4E0CA 1JJKA 4XQ6A 3LBMA 1QOQA 1DOSA 4O13A 1PVNA 4QSHA 3W1TA 3W22A 4JTTA 1GG1A 3SGZA 3T78A 2QKFA 4JTUA 1HUVA 1P1XA 1GTHA 1EB3A 1VC4A 3B06A 4HSOA 3LDVA 4FNSA 5D32A 2TPSA 3QFEA 3N34A 3LHTA 2NZLA 1R2SA 1D3HA 2FPYA 4DEFA 2J27A 4JIPA 1H62A 3PULA 4UNKA 2VC6A 3V75A 4CLMA 1F7BA 1GT8A 2OT1A 4QJ1A 3LCLA 1DBTA 3UYCA 2Y62A 1GQNA 1LP6A 3S1WA 3B04A 1A5BA 3G1VA 1X7FA 1QPRA 5CZJA 2VFFA 3U6WA 3M16A 3IIOA 2GOUA 5D09A 1FXPA 1AW2A 1LRQA 1K8YA 4X2RA 5G1TA 1SO4A 3GDKA 3NXFA 2Y89A 1LRTA 1OX6A 4L4LA 3A9IA 3BLFA 2VXNA 3M41A 1W8SA 2Q3OA 3TMQA 2FJKA 3LHYA 3N73A 3TQKA 2YXGA 3NL2A 3M7WA 3NOEA 3S1VA 1SSGA 3TQ0A 4Y9AA 4K6AA 5G2WA 3CU2A 3CPRA 1AW1A 3FJLA 3KOFA 3RNDA 5FF2A 3KRSA 3NDOA 3W72A 1PCWA 5IBXC 1ZY9A 4Z1DA 1TO3A 3E12A 3P74A 3PG9A 3M5XA 1FWRA 1XUZA 3DFPA 3UPWA 4GUGA 4Q32A 2OT0A 2ZQ0A 1K8XA 3TMLA 3W7QA 2E6DA 4TU1A 3EKZA 5HWJA 3B0VC 4AHQA 4HNUA 3W7OA 2ISVA 4YMZA 3WJWA 4UTUA 4N9EA 1I4NA 1LTDA 1ZHAA 4Y90A 3WK2A 3TNOA 1QMLA 3NQ6A 4RKAA 1RQEA 3ABOA 3BGGA 2GJNA 4CCEA 3UZJA 3GB6A 3TXZA 2JBMA 3EWYA 3NQMA 3FOKA 2V82A 1UUOA 3CWNA 3SGUA 5D02A 3LLDA 4K39A 1F74A 2NX1A 3U8GA 4RCXA 1S3HA 2NWRA 1P0KA 2TRSA 1KFLA 1ME9A 3BARA 2H3BA 5HR6A 4KWWA 1ZAJA 3W7JA 1KFBA 3UWZA 3P67A 1WDWA 4U28A 4UIOA 3TE9A 3W7HA 2WJZA 1OFRA 1MEHA 1O60A 3VCRA 2FPVA 4ONVA 1OFPA 4YXGA 5C2XA 4ADSA 5AFDA 1R2RA 1RV8A 2Q8LA 1JRCA 1SO5A 3HJZA 3UPBA 4A3UA 1OF6A 1FWSA 4K38A 2O7SA 3E49A 4JTKA 2XFWA 5EBUA 2X1TA 3T44A 4DF1A 1KV5A 2DP3A 4Q33A 4GBUA 3NQGA 2WQPA 4MKNA 2RFGA 3EWUA 1VYPX 2NUWA 5A8GA 4K36A 3MYPA 1H60A 3W2KA 2F7FA 5G5IA 4AF0A 3P5YA 3RF9A 2QEZA 1TJPA 3LCHA 2DORA 4JY8A 4HKPA 1K3UA 4FX8A 2Z1BA 2I1OA 2ISWA 4LW7A 3I7RA 4GJ1A 4NX0A 3C0JA 4RX0A 2XN2A 5KZEA 4ZQMA 4WJEA 5FEWA 3PBWA 4A29A 3IVUA 4QAIA 1EP3A 2PCQA 1G7VA 1B4EA 1KTCA 1F6KA 3ABSA 3MP5A 5D33A 2KZHA 4QNWA 1SR9A 4M6PA 1YDVA 2D73A 1IXNA 4DF0A 4O1BA 1XBXA 2OX1A 3QPZA 1Q3NA 5CZTA 3S5ZA 3TIMA 1DV7A 3HG3A 2FB3A 3HG2A 3L67A 1H61A 1JRBA 1KM5A 1XL9A 4M6VA 3UWVA 3P5ZA 4AAJA 1H1ZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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