3G1DA

Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with uridine 5'-monophosphate
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 80
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2009-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3g1dA00
3B8DA 3USBA 3UYCA 4IPIA 1KM3A 3UY7A 1XCFA 3HOJA 1OFOA 4GXMA 4NXKA 4CCCA 3MHUA 2CLEA 1IF2A 2Y7FA 3PWAA 2NUXA 3EKZA 4JDYA 4LU0A 2YX0A 3MMTA 1K7XA 3TJLA 4UTJA 1RPXA 2EAWA 3TV8A 4HSOA 1LBFA 4DELA 4FNPA 5AHFA 2CLLA 1LCOA 3TFXA 3HGJA 1Z44A 4MVAA 3CEUA 2QUVA 2V30A 1K8YA 3RU6A 2ISVA 3NXFA 4IXXA 1ML1A 5E0KA 3BK0A 3K30A 4O1AA 2FB2A 2C0AA 5IBXA 1VRDA 2YCEA 3EWXA 4MZ8A 4J9JA 2OT0A 4LT9A 1FCUA 3GB6A 1T8XA 3DI0A 4KWWA 1NF0A 1LOQA 4LVAA 4O16A 3NQ8A 2Y70A 4OWGA 3TQVA 5K7JA 3FOKA 2BX7A 3KVMA 4MJMA 2YFOA 4N2YA 1WBHA 5D03A 3W83A 5FF3A 3G0UA 3THQA 2OZ0A 1RQBA 3B04A 4IMEA 3IIZA 5KZEA 1G67A 5F4WA 3BV4A 1ZHAA 1H60A 3L0NA 3PSVA 3GXPA 4LNYA 4K37A 3LHZA 4JYEA 8TIMA 1TPDA 3P8JA 5AYZA 1Q6LA 1JUEA 3FIGA 3TXZA 2AAMA 3NPUA 1GYNA 4XQ6A 4NJHA 3A9IA 1DQXA 4ALDA 3F1QA 4HNVA 3WK2A 2J27A 1GOXA 1GVFA 1OYAA 1R2SA 3FKRA 3N9SA 3EB2A 2C13A 2GPTA 2VENA 2C3ZA 1JUKA 2GJLA 2E1DA 2DORA 1VQTA 3P8IA 4XWUA 1LYXA 1B9BA 3KFTA 1O5XA 2NV1A 3WJSA 4RXFA 2QAFA 2HS6A 3HIJA 2RKXA 3G0SA 1TPVA 1HG3A 3PS7A 4K6AA 1WBJA 3W75A 2R94A 3MI3A 3MP3A 1V5XA 3S5YA 1RR2A 5K9CA 5EL1A 1Q6QA 1LORA 2E6YA 4HT3A 1F2JA 4Z1DA 1B4EA 3IEBA 1FCQA 2EGZA 3NL2A 3I68A 3PBUA 1TYGA 3PG9A 4IMGA 4JYDA 3L0GA 3LXBA 1VR6A 4U28A 2G96A 4O8RA 4JX6A 1XUUA 4GFSA 5EY5A 5G2WA 2WO5A 2I9EA 1B4KA 3S0CA 3TUUA 1FCVA 2FQIA 4N4PA 1YDOA 3DHDA 4O53A 1XBZA 2A7PA 4BR1A 1JCMP 3TQKA 1N7KA 3M47A 2AGKA 3DFQA 1BWLA 3CPRA 1DHPA 4LC6A 1YPFA 4IWWA 3NEVA 4JTGA 5CSSA 1OX4B 4NQ1A 2X30A 3TU9A 5HWJA 1DL3A 3CM4A 2FPYA 3W84A 2J24A 1Z48A 2GQ9A 1VC4A 3LHVA 2NX3A 3KVLA 3Q37A 1I2OA 4AWUA 4C1KA 1TPB1 1KV5A 1SSGA 3W7OA 4NT0A 2A4AA 2RDUA 4MIMA 1TO3A 1FXPA 3UWUA 2B7QA 3O63A 2WQPA 5T26A 4MYXA 4PH6A 1R2TA 3TW6A 5G4WA 1A5SA 2NX1A 5HMSA 3W1RA 3NL6A 2ZRWA 1CW2A 4KFOA 3TC7A 2G5WA 1TREA 4FIRA 1A53A 1OFEA 3HQ1A 3C3NA 1SUXA 2GQ8A 2H8XA 3P80A 1VYSX 4MZ1A 2Q8LA 1KFJA 4O1CA 3GZ3A 2Y88A 3M5YA 4KWVA 3NQ2A 1W3IA 4O19A 3CIXA 3UXAA 3W85A 2EF9A 1FQ0A 2B4GA 3QF0A 4NJGA 3VFLA 3M9YA 1M7OA 4UNKA 4MUZA 2ZZ3A 3WJYA 3LCGA 3P5ZA 3O06A 3W7LA 4UTWA 1JULA 1XDLA 4TX9A 3DI1A 4WJEA 2QCNA 3Q58A 1Q3NA 1PS9A 3W2UA 4AWSA 3W1NA 5I3JA 4M7TA 5D02A 2UV8G 3PG8A 3T4CA 4K7YA 2Y85A 3FEMA 3SY5A 4A3UA 3ATZA 5AHEA 1OFPA 1OJXA 1ZCOA 3GK0A 3SFKA 5FF0A 4A2RA 2BTMA 4QISA 1YADA 3STEA 2Y7EA 1FY6A 2OCZA 4N9CA 4RV8A 3CB8A 3TSBA 3LCXA 3DKLA 3L5LA 3R13A 1M6JA 1JJKA 3EXRA 3DFPA 4K8EA 2DZSA 1X1ZA 1TJPA 4EF9A 1P4CA 1P5BA 1EX5A 1QO5A 1ZFJA 1FX6A 1G7UA 5DELA 4NZJA 2VFEA 3S8HA 4UXDA 1KBIA 3MHFA 5K3VA 1O5KA 2TPSA 1EB3A 1UBSA 2IQTA 3R12A 4JTKA 3C2VA 1OHLA 4OV4A 4DXVA 1L6SA 2R8WA 1TQJA 4OT7A 2TYSA 1TPFA 1YLVA 4HHPA 4AWTA 5L9FA 2FJKA 4RKAA 3LHUA 4PEKA 5D2XA 5D05A 2ZZ1A 1OFBA 1I8JA 2W0UA 1IXOA 4MLRA 5TQLA 3TKFA 3LCFA 3A24A 3PC0A 3TAOA 1QOQA 2FB3A 4O1DA 3LLDA 3W1QA 4CCDA 4IQLA 3GR7A 3LDVA 2RDWA 4XKYB 5DY2A 1T0OA 3PUEA 1FUYA 3W2KA 4DPQA 2NXGA 4ONVA 2GJNA 5I3KA 1L6YA 1W5MA 4BWLA 3HPZA 3KHJA 3W88A 5DCDA 5EBUA 1IGSA 1V7YA 1WYIA 1W56A 4H6KA 3N73A 2V5BA 3M5ZA 1T99A 3BGJA 1VGAA 4DO4A 3M6YA 4O0ZA 5HULA 4FB7A 4FX7A 3UWZA 3W7DA 1A5CA 2CZFA 1JCJA 5LHEA 3TXVA 4X22A 3WK0A 1H63A 4BF9A 1QR7A 4E2DA 1S5VA 1C29A 2O7QA 3C6CA 3GAYA 2JKPA 3LCIA 3NO5A 1W8SA 3I7QA 3IIOA 4E2BA 4NVTA 1YTEA 3UWQA 3S6DA 4LRTA 4KFPA 5FEXA 5AN7A 2R91A 1OYBA 2JK2A 3KRZA 1SO3A 1AK5A 4PL2A 1SO4A 3P5YA 5F4XA 4IMDA 2VELA 1AW2A 3C52A 4FX8A 5F2LA 3OVRA 1DJNA 2V5LA 3R8RA 1UASA 1QPRA 3B0VC 3P61A 1KBJA 3W73A 3C8FA 3LX9A 2B7NA 4M6PA 4WUIA 2BXVA 2FTPA 4LS0A 4IUOA 3YPIA 3PUOA 1JQXA 2YR1A 2V81A 1H50A 2VEIA 3CHVA 3HGRA 3SJ3A 4IXHA 3KRSA 1DJQA 4OHQA 4HNTA 2VFDA 1GVQA 1K8XA 5CPNA 3W9ZA 2RH9A 1PCWA 1OYCA 3W2JA 2FPTA 5LNWA 3PBWA 1KLYA 1TV8A 5AC7A 2A5HA 2YSWA 3WK3A 1FWSA 1TPUA 3DFOA 1K03A 1WXJA 1X8FA 1OK6A 4GUGA 4NX5A 1TPWA 4Q32A 2ABAA 1G4SA 4H3DA 2E6AA 1EUAA 2YYUA 1KM4A 4WQ6A 4NZFA 2DZWA 1FDJA 1MEIA 3E12A 3FYOA 3TCEA 1JCNA 5K4XA 1R2RA 3D0CA 4UFMA 3G1XA 3ZS4A 3WJZA 3FYPA 1AG1O 3O6DA 5U4NA 3GNDA 2J9ZA 1O4UA 4HSNA 5A8GA 1QPQA 3IGUA 1SFLA 5G1YA 2NWRA 1SW3A 1OX4A 4MYAA 1H7RA 3LRLA 3FJ6A 4ZQOA 1IXQA 5IM51 2CZDA 3W7KA 4EOUA 1WV2A 5K4ZA 1B57A 2VEPA 4QNEA 3LTPA 1XL9A 1F74A 5AC8A 4FXSA 3VE9A 1LBLA 3ABOA 2GVGA 3I7SA 3W71A 3N2XA 1GVSA 5AYXA 4HIBA 1LZOA 2Z0IA 1SO6A 3HB9A 4I7VA 4JIPA 4JGDA 2BZNA 3NQ6A 4BI6A 1RQHA 1ME9A 4FNSA 1C9DA 4RCXA 5IBXC 5FF2A 3DXIA 5LSMA 5C6MA 1ADOA 3W7JA 1X7FA 3S1VA 2ZRUA 1SW7A 4PFMA 5I3GA 4JX5A 1RD5A 3TFCA 2V0TA 2ZA3A 4PC8A 2GUUA 3S5ZA 1QO2A 1GWJA 4ZMGA 3TA6A 3H53A 1Z42A 5CPOA 3IRDA 3PUDA 3W07A 3NQVA 5ABTA 4LWWA 3FLUA 4LC8A 3N9RA 2J9XA 2CLIA 4POCA 1HL2A 5HJLA 1LDCA 1TPH1 3GR8A 1A5AA 2QCGA 4DQWA 2X1UA 3ANYA 4YCOA 1UUMA 3JRKA 2PURA 3ZWSA 4ML9A 4Y8FA 1ZENA 4H4IA 1TQXA 4RJEA 2ZTKA 5LGXA 4LVFA 2NUWA 3QEZA 3QW3A 3BG3A 3NR0A 1YTDA 2V2HA 1GTEA 2RDTA 4IMCA 3O8AA 1EWDA 3W7RA 4HKPA 2KZHA 4FXRA 3KX6A 4UTUA 3O6YX 2CZ5A 3A21A 3UPWA 5DBUA 1SZGA 1EEPA 5BRBA 2OT1A 4R33A 1G6CA 3VKJA 4UIOA 4YCPA 3QPYA 3BLIA 4FNTA 3TW7A 4ZVJA 2QDHA 4LV9A 4JNMA 5LZLA 1TRDA 3C0JA 5H91A 1KFCA 1BWKA 3EKLA 2Y7DA 3DHFA 2E6FA 2QCLA 4UFHA 4P61A 3IVUA 1DBTA 4ZQRA 4LOCA 3AO0A 4BFAA 3OA3A 3IGXA 2C15A 3W1UA 3B4UA 3C2FA 3LBCA 3TJXA 1YXDA 4JIQA 3W1XA 3O15A 2ZRVA 3MW7A 1L9WA 2H3BA 1W0MA 1K3UA 4O17A 3C4UA 3W7GA 5KZDA 1J5TA 3V1PA 2ALDA 2VXNA 4BK9A 3W23A 3DH7A 3W72A 1S3HA 4JD4A 5FI8A 2RHGA 1ZY9A 5KTLA 2X1RA 1K7EA 3GDTA 3L9CA 4OBTA 5D30A 2CFFA 4N6EA 3CU2A 2E77A 3HJZA 2Y61A 1H7NA 4O4VA 4WOQA 3HGSA 1OFRA 3QZEA 1FWRA 1VS1A 2YYTA 3STFA 2BLEA 3UWYA 3BLEA 4O50A 4ZQPA 4ICNA 4LRSA 3W74A 1UUOA 3M7WA 4R34A 3G1FA 5D33A 3VNDA 3TNOA 4EVZA 2W6RA 3LXAA 4HN4A 1XBXA 5J5RA 5CZSA 2I14A 2FLIA 4A21A 3T78A 3W7CA 1K8ZA 3G1AA 1JRBA 4ADTA 2P1FA 3QH2A 1GTHA 4FNUA 1W5NA 2WSYA 3RNDA 3LV5A 2ZZ5A 1J4EA 3OVQA 5D2YA 1ZALA 1QFEA 2DZXA 2DZPA 1P0KA 3EX3A 1B3OA 1UJPA 4O1BA 3IIVA 1ME7A 2RFGA 4FX6M 3UWWA 1I2RA 1M5WA 4Z1AA 5BOOA 1JCLA 4UTWC 1AL8A 4RZ5A 3QSTA 2NV2A 1KFLA 3LI0A 3P81A 3NGJA 3EWBX 1D9EA 2B7OA 3L66A 3KRUA 4FNQA 3P74A 4I9AA 3W86A 3B0UX 3NAVA 1H1ZA 1OFAA 3S9YA 4MKNA 3RMJA 3UXDA 1MEHA 3KVJA 3MJYA 1H7OA 5G2HA 3THAA 4NNBA 4KFNA 3PY2A 4N9BA 3TK7A 3IVSA 4WY0F 5CPMA 3I6RA 4DBEA 1D3HA 2AQWA 2YZRA 1SO5A 1JVNA 3W2MA 3EEGA 1MO0A 2F7FA 3GLCA 1DV7A 1NSJA 5AB3A 3A5FA 4JN6A 4PL1A 3U2OA 1KM0A 3TMLA 1TV5A 2ZZ2A 3MUXA 1MEWA 2VC6A 2VEMA 2A0NA 3HF3A 2QJHA 4JTUA 3KVKA 3W7MA 1EPXA 3MI2A 4LVBA 1C8VA 4NXSA 5D32A 3L21A 3EWWA 3PAJA 5LNRA 2LLEA 6ALDA 3T40A 3SR7A 3IIXA 5FESA 3LB0A 2FFCA 2X1TA 3SW6A 5I3IA 3W7HA 1IXPA 3DFNA 1KTNA 2XN2A 5TIMA 5LKYA 3W7QA 4NJJA 4Z1BA 4QIUA 3W1AA 4O13A 1VCFA 1VLWA 3LI1A 5KSWA 3U8GA 1AMKA 3F4WA 2HMCA 1BKSA 4JS3A 2TSYA 2Z1BA 1F6KA 2C1HA 1QDSA 4AAJA 3W1TA 1OF6A 5HINA 5DN1A 1WOAA 1LROA 4JDBA 2F84A 1JCYA 2P10A 4O28A 5AHMA 4CNOA 3GAKA 3BARA 1SZNA 4PCFA 4LVGA 5BMXA 3G1HA 3QW4B 1XBYA 4PTNA 3LV6A 4IX0A 5AHIA 1YXCA 3QM3A 3B05A 2X1SA 3NL3A 3NQGA 3SGUA 2JBMA 2VFGA 5AFDA 1H1YA 4MFEA 2V8ZA 2C6QA 2VEKA 3OBKA 1H61A 3I65A 3W3OA 3S5NA 3E49A 2YGYA 2V9DA 4ADUA 5G4EA 4I7WA 3S1UA 1KV8A 1I4NA 4M6QA 3W1PA 5H2ZA 1PVNA 4JTSA 5HR6A 1GPWA 1VYRA 3T44A 1W54A 2J6XA 2OX1A 1D3GA 5HR7A 3EX2A 1FDYA 1TSIA 1WA3A 2PCQA 4N9EA 1GVOA 4AMAA 1JR1A 4IMFA 2ZDRA 4RXGA 1GT8A 3NG3A 4S2CA 3TH6A 4N9DA 2ZFAA 4CNNA 3EWYA 2NZLA 3U6WA 1AW5A 1A50A 4TO8A 2HSAA 2YXGA 1H7PA 3ZR4A 3STCA 1SSDA 4QQ3A 3N19B 1GJPA 2ABBA 1LRNA 3BPWA 3QQ1A 1PHQA 2WSRA 3LTYA 4DPPA 5HUPA 3L0KA 2E5BA 2YDAA 1KLZA 4UTLA 4P2VA 3FFSA 1RQEA 1VPXA 1RVGA 2B7PA 3OHIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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