3G1SA

Crystal structure of the mutant d70g of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
218
structure length
209
Chain Sequence
RVDVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIAGFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
total genus 78
structure length 209
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2009-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3g1sA00
4PODA 2ISVA 1GPWA 5I3JA 1TTQA 2ZZ7A 2BZNA 3WK3A 3KVMA 1EWEA 3SW6A 5AC6A 1AK5A 5I3HA 1JJKA 1ICQA 4GE8A 2JK2A 5DBUA 2ZZ4A 1PL9A 1KLZA 1ICSA 1TPFA 3IIPA 4O50A 3STEA 2W0UA 2Q8ZA 3S1UA 1PIIA 3M43A 4N6EA 2V2DA 1A5AA 1K02A 2VEMA 5FEZA 1QPRA 1TTPA 4GUJA 3LX9A 4YMZA 3N73A 3DFNA 1Z48A 2J9XA 4DBEA 5LGXA 2A0NA 3W87A 2J27A 4JN6A 1S3HA 1GJPA 3CEUA 4CQAA 3PVFA 3S5NA 4JYFA 4RX0A 3NQ8A 4UTTC 4O0ZA 4K8EA 3L0KA 4K36A 3C6CA 3CT7A 2V2CA 3TQKA 1ADOA 4CQ8A 2QF7A 4O11A 2YSWA 2A6NA 2A7RA 3HPZA 3JRKA 4ONVA 3LCGA 3GAKA 5FF2A 3UY7A 2QCNA 3M5ZA 1LLWA 2ZQ0A 3G18A 3EX6A 1HL2A 4JTLA 2XFWA 3ABOA 1G4PA 4AAJA 5EMUA 3FEMA 4MFDA 4LU0A 4RXGA 1VLWA 5HR6A 1F7BA 4MIMA 3JR2A 4PA8A 2V9DA 1P0KA 2Z6IA 4UMCA 2Z6JA 3NQVA 3L21A 4P61A 4J9JA 4JYDA 5AFDA 1UASA 5AN7A 4EOUA 4YCOA 3IGUA 1YDNA 4FIQA 1ML1A 3M5XA 2J9YA 4UIOA 2WSRA 1VPXA 1G4SA 1KTBA 1KM0A 1I2NA 2G95A 3CQ0A 1LORA 4TX9A 3PG8A 3O07A 1OHLA 1EPXA 2RDTA 2UV8G 4W9TA 3GR7A 1Q6OA 3G1AA 4K38A 3BGGA 2D73A 3FLUA 4MFEA 4MZ1A 4GXMA 4GUIA 2NUYA 3A21A 2DZTA 4BK9A 3S1XA 2G5WA 4ORIA 3TSBA 3OA3A 1HO4A 3L0NA 4IMGA 1OYBA 1IGSA 4LS1A 1F6PA 1KM1A 2VENA 2E09A 5CZSA 4WY0B 1OFBA 4Q32A 5D33A 5HWJA 4KKXA 3F4WA 3HG5A 5G1TA 1PVNA 4HNVA 3E96A 2ZZ1A 3LI1A 4DPQA 2EKCA 2X16A 1ALDA 4N2YA 4LS0A 2ZCGA 3W7RA 4I7VA 4A29A 4NJHA 5CZ0A 4OHQA 1JVNA 1I4NA 1SO6A 3C8FA 2YXGA 3KRSA 3S42A 2DZWA 3EX4A 1B9BA 5AHEA 3HQ1A 3B06A 3A23A 5D37A 2HSAA 4TMCA 1KBJA 1YTEA 3QW4B 1AW2A 1OJXA 2TSYA 3M1ZA 3TMLA 4HKPA 1TMHA 4O1CA 2QCFA 4H3DA 3LBCA 3GLCA 3TSDA 2Z2UA 3LXBA 4ZQRA 3MW7A 3TJLA 4GJ1A 4BFAA 1THFD 2WSYA 4ZZ9A 4AB4A 5CG7A 1OFPA 2E5BA 1FY6A 2J9ZA 4MKNA 5HWMA 3LI0A 3BLIA 5F2IA 2NX1A 2DZUA 1KFJA 2X1UA 3NG3A 2GJNA 5G2HA 5ABTA 4O1AA 2QDHA 1B57A 3W74A 4C1KA 2E68A 2PCQA 4NNBA 3O16A 1KFCA 5CPMA 1W1ZA 5E0KA 3BLEA 3QQ0A 1SO5A 1W31A 2PC4A 1M7OA 3RMJA 3GIYA 2DORA 3W7QA 1JCXA 3P5ZA 1FWSA 2ZDRA 1JCNA 2C19A 5BMXA 3LTSA 1YADA 2EF9A 1OF8A 3MI2A 3HB9A 4MZYA 3A9IA 4AMAA 3SY5A 5DXYA 1SR9A 1GTEA 1TTJA 3ABSA 4GNJA 4M5PA 2ZA3A 1TB3A 4I9AA 3TSMA 3DH7A 1KTNA 4AF0A 4OE7A 4MLRA 3V1PA 1MEWA 1TQXA 3C3NA 2NUXA 4LVDA 4N9EA 1QCWA 5AOUA 2YDAA 2ZYFA 1Z41A 1LCOA 1GTHA 3HPSA 5AYZA 3KVJA 4A22A 4M6VA 2CZDA 1WA3A 1WQ5A 3R5EA 1XM3A 4TO8A 1H50A 5IM51 5DCBA 1O94A 2ZBTA 2B7QA 1ZALA 3SJ3A 1QFEA 5HQEA 3S6DA 2W79A 3YPIA 3WJXA 5U4NA 2RHGA 1BTMA 3PBVA 1LRTA 4GUFA 1P4CA 3O6DA 4UTTA 4OBTA 1H7NA 3TNOA 3TA6A 3W7NA 4FNRA 3EWXA 3LGEA 5HWNA 4NVTA 1P1XA 2GVGA 1X8FA 5U7SA 1C29A 5L6UA 2PRHA 1L6WA 2PRMA 4WY0F 3W7JA 4HSOA 1VCGA 1L6SA 1HG3A 3VNDA 2QCGA 1KM2A 4ZL1A 1GYLA 3NDOA 4EVZA 1KBIA 2H6RA 3IIOA 4HT3A 1R2SA 1OX4B 2JKEA 3GDTA 3NXFA 3GVGA 5EPDA 1C8VA 4KFOA 3FOKA 4UMBA 4JR5A 1SFJA 3LXCA 3BGJA 1W3IA 1ZJIA 2CLMA 4NXSA 1EUNA 5EKYA 4IMEA 2ZRZA 2QUTA 4IX0A 1GWJA 4GWEA 1XFBA 3RF9A 3RNDA 1EB3A 3IIXA 1QOQA 1YDVA 3PAJA 1GEQA 4O28A 4DPPA 3E0IA 3K30A 3NQCA 2RDWA 3IVUA 3W2MA 4JTIA 2AQWA 4LV4A 3P67A 1U5JA 4ML9A 1XBXA 3GR8A 4AWSA 3M47A 4MLJA 5EL1A 1ONRA 1LZOA 3SSJA 1KLYA 1G4TA 5AC8A 3EB2A 1K03A 4QJ1A 1TJRA 2LLEA 2CLLA 1WYIA 4OT7A 4N9DA 5FI8A 4Y90A 1I8JA 1TV8A 1FWWA 1OFOA 2C15A 3MUXA 5CZJA 3N3MA 4ZQMA 3QF0A 1TYGA 3LCLA 4XTDA 1H7RA 1XBVA 3W71A 3UPBA 1KM6A 4P2VA 1NF7A 2YZRA 4QQ3A 4JTFA 1W3NA 2YCEA 2NLIA 1TJPA 1JCYA 1PCWA 1WXJA 4NNCA 3SR7A 1MEIA 5AB3A 5F2GA 5CPLA 3B04A 2Y89A 3W7OA 3OEXA 1SZFA 2HS8A 2JGQA 3LCIA 3T78A 3PG9A 1SW3A 1F5ZA 1OX6A 4N6FA 3B8DA 4WJEA 4UFIA 3GDKA 1NVMA 3T7VA 4R7JA 2C1HA 3BK0A 4JXCA 2QR6A 1KFKA 3BVJA 3NL2A 4S2CA 3C2VA 5AHMA 3TQ0A 1VYPX 1N7KA 5D02A 1XKYA 4UTUA 3JS3A 4XWUA 2WNZA 3PR2A 5A8GA 3FJ6A 4JX4A 4XUGA 1AW1A 4KFNA 3W1PA 1Y0EA 1SZGA 2V8ZA 1H51A 3AO0A 1OABA 3CPRA 5F1UA 4PFMA 5GVJA 3TAKA 3CLMA 3T44A 3M9YA 1VHCA 4NJKA 3W83A 3CU2A 4E2DA 1KW1A 2A7NA 1VR6A 3TUUA 3VI2A 5D30A 4DO4A 3LLFA 4TIMA 4M7SA 1EUAA 3L5MA 1B4KA 1YYAA 5BMWA 2YW4A 1LOSA 3THAA 3O63A 1W3TA 2NV1A 4DF1A 1GVFA 4O19A 1QDSA 4Y6GA 3STFA 4MUZA 4ZMGA 2OT0A 4NU7A 2VFIA 4IPIA 4U28A 3W72A 5TBOA 3G1HA 1VYSX 3MYPA 3W3OA 1F2JA 3R8RA 4HNUA 1AMKA 2WV8A 3QFEA 2VKZG 3NZRA 3EX1A 1H7OA 3IVSA 3THQA 1SPQA 3A24A 3OG3A 3B0PA 1DHPA 4LV9A 4UFHA 2E6YA 2E6FA 3BV4A 3DI1A 4IJBA 4JIPA 1QO5A 3LHWA 4QAIA 3GXNA 4I7WA 3N9RA 1PHWA 3W1LA 4K8HA 3U2OA 3CIXA 3W2NA 4H6KA 1TPDA 3DU0A 1ZCOA 5DLCA 4JTSA 1QAPA 5FEXA 3NPVA 3CWNA 3R12A 3UZJA 3S5ZA 2EPHA 2FB3A 1OG0A 3WJZA 3W1AA 3G1XA 1UBSA 1JULA 5G4EA 3STCA 3NQ6A 5K2ZA 3KFTA 2DZXA 3NL5A 5KZMA 4O16A 4AHOA 4NXKA 4O17A 4Q33A 1GG1A 4HHPA 3NM1A 3E49A 3EEGA 2A21A 2WNNA 4JTJA 2OJPA 3PC0A 2FPVA 4CNOA 4Z1DA 5E93A 1TCDA 4IMFA 4JS3A 2FJKA 1RQHA 1HTIA 2CLFA 3O6CA 3TX9A 2CZEA 1RPXA 3GX9A 4RR4A 2ISSA 1EWDA 1ME7A 4UTKA 3A5VA 5I3FA 1OFQA 3NNTA 3GDMA 1SSDA 3LTPA 1TRDA 2A7PA 2FPYA 4LC6A 3N19B 3V75A 5FF4A 3EWUA 4KFPA 5K9CA 3GYEA 1SO3A 1VC4A 3WJWA 3M5YA 4IX2A 1R2RA 4L4LA 3LRLA 4JICA 2QUVA 1XUUA 4X2RA 3NL6A 1UUMA 2JKAA 2X2GA 2NXHA 3QW3A 4AXKA 1W8SA 4NNAA 3TIMA 4O13A 1MZHA 1XUZA 3P82A 1LLZA 1OFEA 4IMDA 3W88A 3P84A 4M6PA 2FLIA 2E5DA 5LNVA 4WOZA 4AEOA 3DFPA 5FF0A 2GOUA 3P7YA 1OYAA 5D2VA 3B0UX 3W7HA 1LM1A 1JR1A 4LW7A 1LDCA 5KINA 1GVOA 1YXYA 2J24A 4M6QA 3GKAA 3LM7A 1W0MA 1VH7A 3OBKA 1IIHA 4ZVJA 1I2OA 3QSRA 4DF0A 4C1LA 3LHUA 2YW3A 3IIVA 4MOZA 2ZZ3A 2Y70A 4O14A 3W23A 4NJIA 2TRSA 5KTLA 1XDMA 2CWNA 2X1TA 5J5DA 3HGSA 2E6DA 5E1QA 5C55A 2GVJA 2PURA 3WFAA 3NM3A 1KV5A 4WX2A 5AHFA 4UTLA 4CCEA 5DY3A 4JEQA 3I7QA 1Z44A 1SW7A 3W07A 3EXSA 5CPOA 1LRQA 1MSSA 3W84A 3NR0A 4K7VA 3SI9A 3LHZA 5G1YA 3QMTA 1R46A 4OWGA 5KMYA 5F4SA 3R2GA 3MHGA 3CB8A 1RQEA 3S8HA 2ABAA 1AG1O 4LRTA 3QRHA 1CW2A 4KWVA 3TXZA 1QMLA 5FEPA 1JQXA 1ZHAA 4FX7A 4EF9A 3U6WA 5CZTA 1LOLA 1ZAIA 5CPNA 3P80A 1W56A 4M19A 1ZY9A 4Z08A 2NZLA 4NJGA 1WV2A 4K39A 3W2LA 2NXIA 1GOXA 3ZWSA 1JCMP 3PB2A 3C2OA 4IXHA 2JGYA 2YX0A 3W7KA 3L2IA 3W2UA 3IRDA 1H7WA 2CZ5A 3OHIA 4QNEA 1VRDA 1PHQA 2FFCA 3S1WA 5AC7A 1TTIA 4HN4A 5T26A 3TE9A 3MYOA 4R33A 2ISWA 1EP1A 4JIQA 3NEVA 5DCEA 1V7YA 4AH7A 1NF0A 1LRNA 3DKJA 2VEPA 4UNKA 5D2XA 1SO4A 3DZ1A 4O18A 4ALDA 2JBMA 3LTYA 3PBWA 2QCCA 4MY8A 2B4GA 1S5WA 3DHDA 3NGJA 1TV7A 1XL9A 5D2YA 5HJLA 2C18A 3P8IA 1YTDA 4YLWA 5IBXA 5TQLA 1TPVA 3EWBX 2WSQA 5LNUA 4PTNA 2F84A 4PL1A 1K8ZA 3QYQA 4JTTA 3TH6A 4NX0A 3BW3A 1S5TA 1F74A 3NA8A 5CSSA 3HIJA 4LS2A 3G3DA 3F4NA 5A5WA 3R13A 3Q37A 3NL3A 1H1YA 1SZEA 1ME9A 2EGZA 3P81A 4E38A 3C56A 3TQVA 1VCVA 4OGZA 1BKSA 4QM1A 2ZA2A 3PB0A 1TV5A 3KOFA 4WD0A 2FB2A 3VKJA 5AHLA 4EIVA 2PE4A 4OV4A 2QAPA 3M5VA 1LP6A 1QR7A 3TW6A 2BTMA 3PWAA 3P5YA 3PS7A 1DBTA 5D05A 4N4PA 1Z42A 3O06A 2R8WA 4IUOA 4UTHA 3TKFA 4B5NA 2WO5A 2E6AA 3SGZA 3TJXA 1XC4A 1H60A 3QSTA 3W1NA 2NWRA 4JGDA 3LHTA 1HUVA 3QM3A 1GVQA 3G0SA 1ZENA 1WDWA 5C2XA 3G1DA 5EY5A 1A5SA 2Z0IA 3QC3A 7TIMA 4D2JA 1K8YA 2NX9A 5D03A 2VEKA 1LYXA 1W37A 1CI1A 2VFEA 1KM5A 3DKLA 4XBKA 1L6YA 2RKXA 3EKZA 3HGRA 3GXPA 5K4ZA 3LCHA 4O12A 3TV8A 5J5RA 3U8GA 2C0AA 1IXNA 1GVSA 1UJPA 3PY2A 1VS1A 3MP5A 3OVPA 1Q6LA 4O15A 1YXDA 1HO1A 4HNNA 4LC8A 4KWWA 1FXPA 2E77A 2XN0A 1QPNA 4UNLA 1UUOA 2Y85A 4LUIA 3CM4A 5EA9A 1WBJA 5CSRA 5C6MA 5LGZA 3MP3A 2AAMA 5F1VA 3N34A 3RU6A 2FIQA 1O4UA 4O54A 1PV8A 3W7EA 3G1VA 3O6YX 2V30A 4Z0SA 1KFBA 3W85A 5HNRA 2B7NA 2QCDA 4FEZA 4RV8A 1QPOA 4MPQA 3FIGA 1H1ZA 1OF6A 4CCDA 1F76A 1FCQA 3NAVA 3NQGA 1M6JA 2BXVA 3CHVA 3PF3A 1FDYA 3KVLA 4WXYA 4X3ZA 2NV2A 2Y7EA 3C2FA 1VLIA 8TIMA 1XCFA 2YGYA 3DI0A 5H91A 4Z1CA 4FNUA 2QCMA 3DBPA 3GB6A 4PL2A 3VCRA 1YPFA 3PUOA 2EHHA 2H90A 2RH9A 1JCLA 3E02A 3I65A 3FS2A 3L5LA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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