3G1SA

Crystal structure of the mutant d70g of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
218
structure length
209
Chain Sequence
RVDVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIAGFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
total genus 78
structure length 209
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2009-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3g1sA00
4BWLA 1EP2A 3LCIA 1KM4A 4E38A 1G4TA 1F5ZA 1TPFA 2ZZ6A 3SGUA 3NQ6A 2H8XA 3G1SA 1LRNA 1LRQA 2ZZ1A 1XUZA 3LTYA 1H62A 3PG9A 1QDSA 3E02A 2E77A 4AAJA 1R2TA 3NPWA 1K8ZA 1XUUA 3C52A 3PWAA 2CLOA 3RLVA 2YFOA 1T8XA 3CEPA 1XC4A 3TW7A 1XCFA 3L0KA 1PVNA 1YDVA 2QCLA 3OVRA 1LROA 3WJWA 1I45A 3NQ8A 1H63A 4Y90A 4AWTA 2FB2A 3SIZA 4MKNA 2H3BA 4GUGA 3NZ1A 1UJPA 4CNNA 3SR7A 3GAKA 4JEQA 2R14A 3T7VA 4UTUA 3QW4B 2H90A 2ZA1A 5EY5A 3EKZA 4GBUA 5BOOA 4GE8A 1MXSA 2JK2A 3WK3A 2RDUA 3VFLA 1VRDA 2VFFA 2P10A 4NNCA 4CQ8A 1UASA 4BFAA 4KFPA 2B7OA 2O7QA 3CQ0A 5K4ZA 3TC6A 3DFNA 2ZDRA 2X2GA 3KVKA 4R34A 3W87A 4O10A 3SW6A 5KINA 4LVDA 1AMKA 2EHHA 4MZYA 3CU2A 4M6VA 3CWOX 1IIGA 1VZWA 3GNDA 3UWYA 5I3GA 2W79A 4H6KA 1RV8A 3OIXA 1W5NA 4QNWA 3NAVA 2QCCA 1LLZA 3FYPA 3M5VA 3UQNA 2WSRA 3Q2DA 3C61A 4MY1A 3EXSA 3PG8A 3LDVA 4JTSA 4RZ6A 3O16A 1KFEA 2VEIA 2ALDA 3EXRA 3QMTA 3W1NA 1F6KA 2FB3A 4UTWA 3TROA 3GK0A 4BI6A 2CZEA 4XTDA 4ML9A 3UWVA 1W37A 3SECA 3W75A 3GB6A 2CLHA 2OJPA 3TFXA 1WDWA 4IX0A 1VHNA 2PE4A 5HWMA 3LHWA 1GG0A 2RFGA 1NSJA 1QFEA 2FPVA 3ZFHA 1NF7A 2E1DA 3GXTA 3KOFA 3K30A 3LGEA 2OT0A 1KTBA 3N73A 3R8RA 2ZRUA 4IWWA 4QITA 2OX1A 1KM2A 2GVLA 3EB2A 3KVMA 1I8JA 2QCNA 4QAIA 1UUOA 3H54A 2J27A 2BSLA 1LTDA 1FUYA 4UMCA 2BX7A 3L66A 2ZRZA 1ICQA 3WK2A 4LRTA 2EGZA 3TJLA 2CU0A 3EX6A 4OT7A 3ZR4A 5F4WA 4HN4A 4DO5A 1AL8A 3MI3A 5HWJA 4JTIA 3W7IA 4WD0A 5HULA 1I2NA 4CLMA 2F84A 4IQLA 5DBTA 1O60A 4K7YA 4WY0B 3MBDA 1TSIA 1S5WA 1QCWA 3GDKA 4WY0A 1MO0A 1XDLA 4IXHA 2BXVA 4TX9A 3G18A 1GG1A 1H1ZA 3C2EA 3PB2A 4UMAA 3S42A 1G7VA 1ZAHA 5L9FA 4Z0SA 3IGXA 2C18A 1S3HA 4K39A 3SY5A 3NPXA 1V7YA 4BWLC 1VR6A 2A5HA 1YXDA 5CGQA 1Q3NA 4O18A 1EX5A 3OVPA 3H53A 4NJGA 3CWNA 5K2ZA 5E1QA 2CLMA 5HUOA 1VYPX 3HPSA 3IEBA 4IPIA 4DF1A 3OVQA 1B4EA 4LS1A 5F4XA 1TYGA 3TFCA 4IGHA 3CLMA 2JKEA 4JTFA 3W1MA 4L4MA 1P0NA 5AYZA 4G1KA 4LC6A 3LHZA 1DV7A 3TU9A 1OYCA 1FDYA 2Y88A 1GPWA 1SZEA 2DP3A 1K7FA 2OT1A 3MYPA 5EBUA 4JIPA 3NQFA 3W7PA 1IXOA 4O12A 1TB3A 3GDMA 1XBYA 3W7NA 1KM0A 4LT9A 4DF2A 2GVJA 4RV8A 2BWGA 1I2PA 1AL7A 1KM3A 2Z1BA 5I3IA 3S5YA 2JKPA 4LVFA 1R2RA 4AMAA 4WOZA 2V82A 3A5VA 1L6SA 2WNZA 3W88A 3SSJA 5D2YA 3G0UA 3GX9A 3FIGA 4NQ1A 2WOQA 3O6YX 3W7GA 2VFIA 4JDYA 1HG3A 4UMBA 3NM1A 4XWUA 2B4GA 4MLJA 5F1UA 3W1LA 2I1OA 2E68A 3GKFA 4CQ9A 1YADA 3PS7A 1QNVA 4MFDA 3TQ0A 3U6WA 4H4IA 2Y7DA 3HGRA 3L2IA 5EPDA 4ZQOA 3BG3A 4RX0A 5K3VA 1LRTA 1KV8A 2X1TA 1K7EA 3G1YA 2A1YA 2WV8A 5CPNA 1CX9A 3LHYA 4Z1BA 3LOTA 3C8FA 5IBXC 4ZL1A 4O4VA 1L6WA 2Y63A 1Z41A 1OX4B 3W76A 3WJXA 1OX4A 5HINA 3FLUA 1EIXA 3PM6A 1BWLA 2QAPA 4E2DA 4ZMGA 1B9BA 1FY6A 3TCEA 3IIOA 1EWDA 1VLWA 3USBA 3W3OA 1DJQA 4MIMA 3GLCA 4GUIA 3JS3A 2H8ZA 3P61A 3DHDA 2Y7GA 3NGJA 2NUXA 4O8RA 4JR5A 2P1FA 3QPYA 3S5NA 3P67A 4FXSA 3P5YA 1TIMA 2CW6A 2C19A 4JS3A 3GIYA 3NQEA 5C5YA 1PHWA 1PIIA 1TPEA 4RXFA 2F7FA 3FYOA 2Y62A 1LOSA 2J6XA 5D03A 4I7VA 2DZUA 2EPHA 3O06A 5FF3A 4UNKA 4JY9A 1V5XA 3NPUA 1Z48A 1T96A 3W71A 4KWWA 2CZDA 3W7LA 3CIWA 5TBOA 2FDSA 3W85A 3M6YA 1DQXA 1W3TA 3PBWA 2PCQA 3M47A 2ZZ7A 3G8EA 3IVUA 2OCZA 2J9YA 3CM4A 4LVGA 3S1UA 4LWWA 5EYWA 8TIMA 2D73A 3W7EA 3U2OA 4QISA 4KFOA 2ZZ2A 2RDTA 1N7KA 4GC4A 4NNBA 1L6YA 5HUPA 2VELA 1Q6LA 1GYLA 3HO8A 3MP5A 1FX6A 5AHIA 3FFSA 1DJNA 1DKWA 4A21A 2C6QA 3A22A 1EA0A 1W5PA 1MEWA 4JXCA 3LLFA 4MYXA 3N3MA 3T40A 3F1QA 2ZQ0A 3QFEA 4J9JA 3BG9A 5C54A 5CSRA 1OJXA 1GEQA 3G1FA 1M7OA 1AK5A 3FKRA 2CLEA 4MYAA 3L5MA 1SW0A 3TH6A 1UCWA 4W9TA 2YFNA 1O5XA 4UUIA 1LOQA 4HT3A 3W84A 4DO4A 3W2LA 3PC0A 2FQIA 1JVNA 3TIMA 1H7RA 5D05A 2VOMA 2VFGA 5AOUA 5CSSA 3LCLA 1C9DA 1W1ZA 5KMYA 4ZQRA 4ZVJA 3S1WA 3U8GA 1FWRA 4YMZA 3IIPA 2QCGA 3TV8A 2ZRWA 1BKSA 4JX5A 1FCVA 3W7OA 5G4WA 1KM6A 3E12A 2A85A 2DORA 1TRDA 3F4WA 4HSOA 3C2RA 1DBTA 2B0MA 3S1VA 5DCEA 1SPQA 1SSDA 3M5XA 4MZ8A 4IMGA 1TPVA 4FX7A 3LV5A 3KX6A 4JDBA 3EWBX 3R89A 5FEZA 1SZFA 4K38A 3PB0A 3W22A 3PR2A 4DEFA 3HG2A 4K6AA 1E51A 3W7KA 1F7BA 5FESA 2NX3A 3QQ0A 3N2XA 5D2TA 2YXGA 3VE7A 4NU7A 2TYSA 2G96A 2PRHA 2B7PA 4JTTA 5F2LA 5J5DA 1DOSA 5DBUA 3HF3A 1M7PA 3FJLA 2R94A 3SFKA 4ADSA 3HQ1A 3UY7A 4FNQA 3WK0A 3DKJA 4O53A 4UFMA 5FEXA 3PVFA 4LOCA 2W6RA 1FDJA 2VFHA 1WX0A 3QEZA 3TX9A 3R2GA 5AYXA 1GTHA 2X16A 1SW3A 5C2XA 4IOTA 1SO6A 5C55A 3TE9A 2EKCA 1W0MA 3BLFA 5HMSA 4WX2A 3IIVA 4HSNA 2PRLA 2V30A 4DXVA 4HNUA 1VH7A 4FNSA 2ZCGA 2JGQA 3L5LA 3HB9A 3N34A 3LLDA 4A22A 1IXNA 2YPIA 4AVFA 4O15A 1S5VA 1VCFA 4A3UA 2CWNA 2Y85A 3QH2A 1SQ7A 3C2FA 3CPRA 3M7WA 1XBVA 4WXYA 3NYZA 1AW2A 1O5KA 3UZ5A 3G1HA 5LSMA 3BLEA 4JD4A 4CNOA 3EWXA 3KRUA 1T99A 4P61A 1X1OA 4AWSA 1XFBA 5EMUA 3W1AA 3C2OA 3MP4A 5FI8A 3NA8A 3QYQA 4O17A 1K8XA 4D2JA 3IVSA 3IRDA 3DAQA 2YW3A 1TREA 1P1XA 1GVRA 2QCMA 3UWZA 5D30A 4O52A 3D0CA 3NQ7A 5F4SA 3L9CA 3VCRA 3KVJA 4MY9A 5I3KA 1TV7A 1VLIA 4QQ3A 3EX2A 4K8EA 1J4EA 7TIMA 4O0ZA 1RQHA 1TCDA 1TTPA 1LOLA 1FCUA 2YYTA 4PA8A 4UR7A 2X1UA 1JUKA 3ABSA 3STGA 4AHOA 3MBFA 5LHEA 1L2UA 1OFDA 3TSDA 3OEXA 3HOJA 4O19A 2NX1A 4JICA 3BPWA 4LY8A 4GJ1A 1TPWA 1T0OA 2C16A 5CPLA 1G4SA 1ONRA 3CT7A 3UY8A 4PCFA 3W1RA 4RK8A 5K4XA 2V8ZA 1FWTA 3O6DA 4UTIA 4FNTA 4YCPA 3IVTA 3DBPA 4OGZA 3S1XA 4M6QA 4DBDA 4JTLA 5H2ZA 3PUDA 2FJKA 1OFRA 5A5WA 5DCDA 3VKJA 3FEMA 5I3HA 3L0NA 3P60A 1ZAIA 5K9CA 3LCXA 1WBJA 3HGOA 2JBMA 4FX6M 1TTIA 4JYDA 1SFLA 4JGDA 3YPIA 1EUNA 1JULA 4O14A 4JNMA 4O4WA 3HG3A 3MHGA 3O8AA 2V2DA 4FNRA 2GOUA 3BW2A 5IBXA 3W1UA 2CLFA 3NG3A 3WFAA 4ADUA 4JTKA 5G2WA 1HO4A 1F6PA 3LXCA 2C15A 5D37A 1X7FA 3W9ZA 1NAL1 4DF0A 2VC6A 3HPXA 2QR6A 3DENA 3TXVA 4ADTA 1TPH1 4LUIA 1LZOA 1YTDA 3MMTA 4KKXA 5AHMA 3W2MA 4Z1DA 3QMRA 3B0UX 5G5IA 4X22A 4Z08A 2NZLA 4UTLA 3NR0A 3G0SA 5AHNA 1TTJA 5FEWA 5E93A 4UTHA 1RZMA 2Q3OA 4O1BA 4MZ1A 3ZWTA 1WV2A 1ML1A 1WA3A 3KFTA 2HS8A 5H91A 3NL6A 1VCVA 3JRKA 3T44A 5G1YA 1F76A 1XXXA 3I7QA 3NM3A 5LNRA 1OFPA 2YYUA 3I7RA 3M0ZA 4O50A 4C1KA 1G67A 2E6FA 3BW4A 5I3FA 3KRZA 4UR8A 2E5BA 3GNNA 4MLRA 5KZEA 1CI1A 1UBSA 3ELFA 4CQAA 3P82A 4Y6GA 2C0AA 2CZFA 3CTLA 4XZ9A 5AHFA 5CG7A 3BGJA 3LHUA 5BMWA 4PC8A 1JRCA 3DGRA 3A9IA 3DI1A 4GWEA 2H6RA 1WOBA 1LM1A 1THFD 3TSMA 5LNVA 2YDAA 3HMJG 5SWUA 1JRBA 1QPQA 3N14A 1FWWA 3WJSA 1FXPA 2E09A 3FJ6A 4O1CA 3TNOA 2V2CA 1Q45A 5D2WA 3G1AA 1EEPA 1J2WA 3Q94A 3TQKA 4AH7A 4CNPA 3QPZA 1YLVA 3G24A 2WKJA 4UCGA 5G1TA 3DI0A 3G1XA 3E96A 2XN1A 4JTHA 3B03A 4N4QA 3S9YA 2VKZG 4N9BA 1GJPA 1MZHA 1FCBA 1GOXA 4UTMA 3TXZA 3LXAA 1R2SA 3ABOA 2C1HA 3GAYA 3BV4A 4WQ6A 4M19A 4FHAA 1KFKA 1SFJA 1C29A 2VXNA 1F73A 1R46A 2NV2A 4FNUA 2WQPA 1SO3A 3BG5A 4IMFA 1OFBA 4OQVA 1PHQA 5C6MA 3LRMA 5D2XA 3I7SA 1R30A 1D9EA 2X1RA 4GNJA 1K8YA 1VYRA 3GDRA 2ZYFA 1VHCA 4PL2A 2A2IA 2A7RA 4K37A 4YXGA 4RCXA 3ATZA 3KAOA 3M5ZA 1FBAA 1MEHA 2JGYA 4HPJA 3KVLA 4BR1A 3QF0A 4UIOA 5D04C 3TA6A 4I7UA 4O0KA 3KXQA 2NUYA 1QMLA 3NXFA 3C56A 3TSBA 4FIQA 2ZRXA 3ANYA 3E0IA 1QO2A 4BI5A 4RR4A 3HGSA 2FFCA 3W2JA 1F05A 3RK8A 4CCEA 3G22A 1TO3A 3MHUA 4RLIA 3EWUA 3M1ZA 1G69A 3I65A 3P84A 4LVAA 2VEPA 1UB3A 2R91A 3QJAA 4UFLA 1EP3A 1OFOA 4O11A 2G97A 4OV4A 1SR9A 1W56A 1IXPA 2CLKA 2YCEA 1Q6RA 5U4NA 4XUGA 5J5RA 5LGXA 1OFQA 5F2IA 2RDWA 1JR1A 3N9RA 2HSAA 4QM1A 3DH7A 3L5AA 3P5ZA 1ALDA 3AJXA 1LYXA 1W31A 3GR8A 4O57A 3NVTA 5KITA 5CZTA 1DHPA 1VJIA 5AHLA 1W5QA 1SZGA 1A50A 4NZFA 4OWGA 1HUVA 2ZTJA 3GVGA 1K7XA 4GUFA 1OYAA 3BK0A 5ABTA 3VNDA 1W54A 2A7NA 1G4EA 2NV1A 3HG5A 5DY3A 3EKLA 3S5OA 3THAA 1SU5A 2VEKA 1XBZA 3ABRA 4K7VA 2FPYA 4EF9A 3O6CA 3MP3A 1JCNA 4I7WA 3W73A 3L68A 2BTMA 5IM51 5FF0A 1W3IA 1RD5A 2EAWA 4LS0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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