3G1SA

Crystal structure of the mutant d70g of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
218
structure length
209
Chain Sequence
RVDVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIAGFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
total genus 78
structure length 209
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2009-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3g1sA00
2WKJA 4O4VA 4DF2A 1KM2A 5FF3A 1GG0A 1W56A 2DP3A 4R53A 2CZFA 4JS3A 3W84A 4CLMA 5F1UA 3EX2A 3O6CA 3RK8A 5EYWA 3W1XA 3LXAA 5FF0A 2RFGA 4Z1DA 4LVGA 1GOXA 3BVJA 4AAJA 3W70A 4U28A 3T4CA 3U6WA 4O57A 3LHWA 4UMAA 4O1AA 2RHGA 1W5MA 1KM1A 3O16A 1FUYA 1JUBA 2ISVA 4BWLA 1VHNA 3QSRA 2E5CA 4GFSA 4IX2A 4MZ1A 2DZTA 5TIMA 3VFLA 1RPXA 1GVFA 3BW4A 4AHQA 1ZNNA 3IGXA 5C2XA 1PHWA 2Y62A 4Y9AA 4XZ9A 3ABSA 2VEPA 3B8DA 2B4GA 3W2MA 2R94A 1XBYA 4KWWA 2JKPA 4CNOA 1RZMA 4FX6M 4MUZA 1QPOA 1LZOA 3SY5A 4BK9A 3QH2A 2VEIA 4NUWA 1KW1A 2EAWA 2WSYA 2ZDRA 3NPXA 3N34A 1FCQA 1QCWA 5BNKA 4IGHA 4RXFA 3W7NA 4ALDA 2QCGA 1THFD 1LBFA 2RH9A 3GB6A 4FEZA 5CZSA 5EPDA 3ZS4A 1ME8A 2CLLA 3GIYA 2P0OA 1AG1O 1OX4A 1JCJA 2H3DA 5L6UA 5AYYA 1QR7A 4FNUA 1T99A 1TV8A 3W86A 1KTCA 2CW6A 1VLIA 3KRZA 4O4WA 3E49A 4WXYA 1UCWA 5DELA 1Z42A 2FJKA 3PBWA 1H7NA 3BLEA 1SUXA 4BI6A 5I3IA 3NL3A 1G6CA 4Z0SA 4ZQPA 2NUYA 3NXFA 1W0MA 5LNVA 5F2MA 1G7VA 4O11A 4EIVA 4UR8A 3W6YA 3LRKA 2ABAA 2OJPA 3TV8A 3TROA 3E02A 2ZRYA 3S1WA 3TX9A 3W7QA 2NWRA 3DFPA 3NQ7A 2ZRVA 4NNCA 3O63A 1VCFA 1OJXA 5K3VA 4NU7A 3GXNA 1SW7A 3W23A 4H3DA 1OG0A 5KTLA 3W7OA 3LI0A 3PR2A 4EF9A 2QAFA 2DU2A 4N9CA 1L2UA 4QSHA 4MOZA 2Y89A 2YDAA 3E12A 3W2KA 3SFKA 1WA3A 1AW5A 1TV5A 1OF8A 1SU5A 4QISA 2I9EA 2TRSA 3T7VA 1IXQA 1A50A 2Z1BA 1SFLA 5HINA 4GUGA 4IJBA 4LV4A 1YTEA 1AL7A 4XKYA 4OU1A 3W7IA 1H61A 3W75A 4K37A 2E6AA 1G4SA 3QMRA 1K3UA 5F2GA 3AJXA 4N4QA 1TV7A 1HG3A 1OFEA 2QCFA 4ONVA 3W88A 3L66A 2VOMA 3KVJA 3CWNA 2Z2UA 3UXDA 3S5NA 4OQVA 1KBIA 3UZ5A 1EIXA 4O8RA 2YFNA 3STFA 1I2PA 3LGEA 3T55A 7TIMA 4NQ1A 2FLIA 2YW3A 4GJ1A 1XFBA 4NJKA 4JTLA 1QO2A 5EA9A 3TCEA 2ZZ5A 3EKLA 4JXCA 1XI3A 4MYAA 1TPB1 2X2GA 4BR1A 3STEA 2DJLA 1UUMA 3Q94A 5U7SA 2A6NA 1DOSA 3W7CA 3H54A 2QF7A 1ZHAA 3MP5A 1PE1A 2DJXA 3ZWTA 2YYTA 6ALDA 1CI1A 3SR7A 4BFAA 1FDZA 3HOJA 4WXZA 3NM3A 1XDLA 2DZXA 3SGZA 4K36A 1P0KA 4JTFA 5D38A 4ICNA 1I2OA 2EHHA 4S2CA 3S9YA 4RR4A 4LT9A 1OYBA 4JY8A 4XBSA 1A5CA 4QM1A 1K02A 1SO5A 4K7YA 3BARA 4JIPA 1LOSA 5G2HA 2QJIA 3DXIA 2NV2A 4XTIA 1N7KA 5T26A 5AHMA 2WNQA 4MYXA 3HGJA 1DJQA 4WZHA 3RLVA 4A21A 3B06A 4FX8A 4UTMA 1OFAA 2ZTJA 1L9WA 3FFSA 3L9CA 3G8EA 4O16A 4JYDA 1EWDA 4EWND 3B0UX 3IRDA 3IVSA 4Z0JA 5IBXA 3W1AA 2RKXA 1VPXA 1PIIA 3W9ZA 5AHIA 4LWWA 4TR9A 1NEYA 1FX6A 4M7TA 5FEZA 2C18A 3SIZA 1RQEA 5DXXA 1AK5A 3M5YA 3A5VA 3N2MA 3NVTA 4LVDA 4MVAA 3A23A 1VZWA 1LBLA 3CEPA 1XBXA 1NFBA 2JGYA 5K2ZA 3S1XA 4Y96A 3KHJA 1Q3NA 1XXXA 2X1UA 1DBTA 3LV6A 4GUFA 1SPQA 1W3IA 4H6KA 1IXOA 2CWNA 3W7PA 4PL2A 1F6KA 2B7OA 3MI2A 1LCOA 4X2RA 1KFKA 4RZ4A 3BG3A 1H7RA 1LDCA 1JULA 5DN1A 2W6RA 1D3HA 1UBSA 2ZRWA 3WJSA 4JTJA 3UWYA 1FWSA 4EOUA 3B4UA 4UTWA 3TMQA 4FF7A 4FXSA 3LRLA 1F74A 3WK3A 4UTTA 1P5BA 2A4AA 1DL3A 1YLVA 2E5BA 4YCPA 3W85A 4O13A 4BWLC 1Q6OA 2TPSA 3B05A 5K9DA 1RR2A 4LUIA 4ZQMA 5IM51 1R30A 2NXGA 4O17A 3M7WA 4ORMA 3IV3A 4ZQOA 1V7YA 1TTIA 5C55A 4UFKA 1VCGA 2CFFA 3NQ8A 4LU0A 3SW6A 4LV9A 5DCDA 3YPIA 3CQ0A 3EWYA 4KKXA 2V9DA 1GEQA 2YCEA 1W8SA 3G1XA 3EWBX 3L5LA 1SFJA 4UTUA 3HBLA 3CIXA 3NQAA 1XC4A 1FCVA 1TTPA 1YYAA 3F4NA 1XCFA 2A2IA 3LHUA 3BGGA 5DCBA 2X1SA 3IGSA 1FQ0A 3ZFHA 3NZ1A 4FNPA 3TU9A 3LHTA 4JDYA 1WOBA 3NL2A 1DQWA 2Q3RA 1T8XA 1ICSA 2GVGA 1KV8A 3GDKA 2GUUA 1MEIA 5D02A 1KFEA 1TTJA 1TPEA 2FB3A 1W54A 3GKFA 3EXSA 5EKYA 5I3KA 1H1YA 4N6EA 5F4WA 3NDOA 4AWSA 4RXGA 2CU0A 1JRCA 1VQTA 3FA5A 3HG2A 3HJZA 2V0TA 3C2EA 5KMYA 1B3OA 4GC4A 1AW2A 4FB7A 2VKZG 4Z08A 2VFEA 3FJLA 2V81A 2WSQA 4LRSA 1SO4A 2BLEA 1PCWA 3NPUA 1HFBA 4I7WA 5KSWA 1ZAIA 5HWMA 2VFIA 4KFPA 3TDFA 1C8VA 3W7KA 4JTUA 1SW0A 2NZLA 3LDVA 4HNUA 3EKZA 3C0JA 3HPZA 1HTIA 4RX0A 3TUUA 1PS9A 1VHCA 2JBMA 1EB3A 4JN6A 4CQ9A 3I7SA 3G3MA 1VYSX 1DKWA 3NM1A 1SZEA 1FWTA 1LTDA 5CZ0A 3Q2DA 1FWWA 1G4TA 2E6FA 5J5DA 2DZVA 3STCA 3EB2A 2UV8G 3W2UA 3UNDA 2FFCA 2H6RA 2PRMA 2PRHA 4O10A 4OWGA 1LOLA 5CPOA 4CQAA 1G4PA 2X30A 3ATZA 1YPIA 3P84A 2NXHA 4IUOA 3P5YA 4M6PA 2WPBA 2WNNA 4FNTA 1LOQA 5CPMA 3BLIA 2VFHA 2PURA 4L4MA 1WQ5A 2ZFAA 2XN2A 3LLDA 2GJNA 2A7RA 1VC4A 5I3JA 1BEUA 3S8HA 1GZGA 1Z41A 3W2JA 5DBTA 2CLEA 3BV4A 4AF0B 4A3UA 2ZQ0A 2R14A 1GYNA 4JY9A 3CWOX 3SJ3A 5D2VA 1KFLA 3UY7A 2O7QA 4N9BA 2QCDB 1F6PA 1EX5A 1W5PA 1RQBA 5LHFA 4JTEA 1JJKA 1VR6A 1EWEA 3NYZA 3M41A 2ZZ4A 4FIRA 3EX4A 3NQVA 3AO0A 3NA8A 4O53A 4RZ6A 8TIMA 3S1VA 3LERA 2C0AA 4NVTA 1TPC1 3EWUA 2VFFA 1KM6A 1ME7A 3A21A 2BWGA 3GAYA 3WJYA 4RV8A 5CGQA 4ZQCA 2GPTA 4HPXA 3M5VA 1KTBA 1WDWA 2F7FA 3LXBA 1OHLA 3GX9A 1SZFA 1KM5A 1PHQA 2HS6A 4AHPA 5SWUA 1LM1A 2ZZ3A 4FNQA 3D0CA 3NEVA 3NGJA 3GKAA 2NUWA 4HNVA 1R47A 4TMBA 3OVPA 3HPXA 3NQFA 2YYUA 4B5NA 1U5JA 4MKNA 2YXGA 3O6YX 4JYFA 3LHZA 3C61A 4WY0B 1W5OA 3TXVA 1WX0A 1TRDA 2DZPA 4E0CA 3HMJG 2GJLA 4NXSA 1SSDA 3GDMA 2J9XA 4LVFA 3QQ0A 1TCDA 4GRSA 4DBDA 1YADA 3F1QA 5BRBA 2QCCA 3TFCA 4K8EA 2C15A 3DKJA 4MZYA 2CLMA 2V5LA 1OABA 5FEWA 3L67A 5IBXC 4O14A 1P0NA 4JTHA 1H60A 3EXRA 4W9TA 4O19A 1Q6RA 2QEZA 2B7PA 3FYOA 3GXTA 5HQEA 5F4XA 3DZ1A 4GXMA 1GVRA 4R7JA 2V8ZA 4ZVJA 1ZJIA 5G4EA 1QOPA 2D73A 2F84A 5C5YA 1NSJA 4NJGA 2VFDA 5HR7A 1J5TA 3CT7A 4N9DA 3UPWA 3WJXA 4UUIA 2FB2A 1YTDA 3NL5A 4PH6A 2RDUA 4YL2A 1TPDA 3BW3A 1GTEA 3L2IA 4UIOA 2Y7FA 3QC3A 1EPXA 1TJPA 3T44A 4DELA 3GR8A 3ZWSA 4RZ5A 1IXNA 4LY8A 2NX1A 3V1PA 3JR2A 2OT0A 5G1YA 3DENA 1HO1A 4JTSA 3TJXA 1HO4A 1IIGA 3HG3A 1JUEA 3EXTA 3G8RA 3U8GA 1GVQA 3IIZA 2P1FA 2YPIA 4UTWC 3DBPA 2JKAA 4O50A 4A29A 5AHEA 2R91A 5D2WA 3LXCA 5AFDA 4UMCA 1LLZA 3IIVA 4M6QA 3P61A 1F7BA 1I8JA 3NQ2A 1GT8A 1B4KA 2GQAA 2BSLA 4GUHA 3FKKA 2VELA 4BI7A 1KM0A 2ABBA 3G0UA 4NJJA 4A22A 1W5NA 4Y90A 1EP1A 1ALDA 3MP4A 2QCLA 3H55A 3UWZA 1EA0A 5L9FA 1O4UA 3E96A 3ABRA 1K03A 3FS2A 1IF2A 3VI2A 3B04A 2DZSA 2QR6A 5AHNA 1WBJA 2Q8ZA 2CZEA 4EVZA 1X8FA 3SGUA 3I68A 3L0NA 3UWWA 2ISSA 1FDYA 2ZRZA 3C2FA 1A5AA 3U2OA 1F76A 4U4MA 2ZZ1A 2AGKA 1UUOA 3I6RA 5LNWA 1TSIA 2FTPA 4DO4A 2VENA 3LTYA 4S2BA 3KAOA 3GDLA 1Q45A 1FBAA 1B4EA 4UTLA 2O7SA 2Q3OA 2Y63A 4Z1AA 4JIQA 1KM3A 3L5MA 1VYRA 2HS8A 4JD4A 1VS1A 3HB9A 4RJEA 1ADOA 1VH7A 4IXXA 4CNNA 5CG7A 5E93A 5HUOA 1R2RA 3A22A 2H90A 5D37A 4UMBA 4YMZA 3M47A 2FIQA 1H7PA 4N02A 1S5TA 2J9YA 1J2WA 1Q6LA 1MXSA 1JQXA 2ZZ2A 1RV8A 2FDSA 5HWNA 5DY2A 4OT7A 3B0PA 4X3ZA 2OT1A 3CM4A 3LCXA 4JX4A 3P81A 4H4IA 4CNPA 3QMSA 2QAPA 3KFTA 3A24A 3OBKA 4MJZA 1QPQA 1TPH1 3P80A 4GUIA 3PM6A 2JKEA 1FDJA 1TIMA 1XM3A 5BMXA 2E6YA 4P61A 2BTMA 1A5BA 4XKYB 3TQKA 3HG5A 3W7HA 1VGAA 2WOQA 3ELFA 3MBFA 3NZRA 3NPVA 3RNDA 2YFOA 2YZRA 3UWVA 1X1ZA 1T96A 1ZALA 3M16A 1XUUA 4NNBA 1FWNA 4N2YA 2PC4A 3N9RA 2ISWA 3QJAA 3SZ8A 1GWJA 3GR7A 3PAJA 2ATSA 5BMWA 1JCMP 3EEGA 2I14A 1KTNA 1NF7A 3EX1A 2C14A 3EWXA 1OFOA 3C2OA 1SZNA 4ZL1A 3KRUA 3RMJA 2RDWA 3VKJA 3N14A 3TIMA 2NV1A 4O1BA 5TBOA 3R13A 3BG5A 3MI6A 5D09A 1OYAA 1KM4A 2FPTA 4LS1A 3QYQA 4N6FA 5D32A 3QRHA 3GLCA 3UWQA 1LROA 1TREA 2TYSA 3PWAA 4DQWA 5DBUA 3OHIA 1R2SA 1JUKA 3TAOA 2B0MA 2E77A 2LLEA 4QIUA 3C6CA 2ZYFA 2QCHA 4O12A 2GQ9A 3UQNA 1WAUA 3KOFA 4JYEA 3GVGA 3B03A 5K4ZA 3L0GA 3MW7A 3FIGA 1C29A 1R2TA 3N9SA 1I4NA 1OFRA 2QCNA 3W7GA 3WFAA 4AMAA 2WSRA 4PODA 4HSOA 4L4LA 1NAL1 3CU2A 1LYXA 1V5XA 1QO5A 1DJNA 3ZR4A 5K4XA 4M7SA 2PRLA 4I7VA 4UFIA 1I2NA 5BOOA 5F1VA 1O60A 4UFHA 4ZQRA 3TXZA 1OF6A 3QW3A 1O5XA 2FPYA 2Y7GA 3G1SA 1OFBA 1PVNA 1A5SA 3OVRA 1QNVA 5A5WA 3QF0A 1NVMA 2PCQA 2A6LA 1JCYA 3LCGA 2Y85A 1BWKA 2EF9A 1FXQA 3GK0A 4O0ZA 4GBUA 2QCEA 2CLIA 3LCLA 5LSMA 2EKCA 2WJZA 3S6DA 5G2IA 4TU1A 3BGJA 3DHFA 1XDMA 1H50A 3QW4B 3W71A 3W76A 3H53A 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 4NX0 A;  2J9Z A;  3LLF A;  5AHL A;  3PF3 A;  3FYP A;  3G3D A;  3VCR A;  1FWR A;  1PV8 A;  3N2X A;  1T0O A;  3USB A;  4HIB A;  4UTH A;  2X16 A;  3C2R A;  4NZF A;  3WK0 A;  2CLF A;  1G7U A;  4QIT A;  4FO4 A;  3CTL A;  4WY0 A;  3ABQ A;  3IGU A;  3V75 A;  1O94 A;  2A1Y A;  2CLK A;  3TML A;  3FKR A;  4AXK A;  1PL9 A;  4WJE A;  3G1F A;  2J88 A;  1VJI A;  3EX3 A;  4EF8 A;  4O54 A;  4K8H A;  5LNS A;  2WNZ A;  1SR9 A;  1MEW A;  4Y6G A;  1GVO A;  4AH7 A;  1ZY9 A;  3I7R A;  1KFJ A;  5A8G A;  4JGD A;  1K8X A;  4IXH A;  4MPQ A;  1ML1 A;  3UWU A;  3G22 A;  5LZL A;  4QNW A;  1H5Y A;  3W1N A;  3W1M A;  4RLI A;  4WOQ A;  3LBC A;  2ZBT A;  3MWA A;  4OV4 A;  3W7J A;  5D30 A;  1S5W A;  3QM3 A;  3CPR A;  2A85 A;  2AAM A;  2ZCG A;  2WV8 A;  3GYE A;  1LRQ A;  2Y70 A;  2OCZ A;  4IMF A;  4JIC A;  3HQ1 A;  1QPR A;  2DOR A;  2XFW A;  4DF0 A;  3OVQ A;  4DXV A;  2VXN A;  2ZA3 A;  5D2T A;  1Y0E A;  1G4E A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3QTP A;  2EKG A;  3II1 A;  1MVY A;  4IP4 A;  4JS3 A;  1PEZ A;  4CLM A;  1TFV A;  2D2G A;  3RK8 A;  5EYW A;  3DHU A;  4IGN A;  2XIM A;  2OYL A;  3W70 A;  3U6W A;  3FHQ A;  2AQO A;  1XSI A;  1K70 A;  1HKM A;  5HOS A;  3O6A A;  4RNI A;  3O16 A;  2YBT A;  4I3G A;  1XIG A;  2E5C A;  3HM7 A;  1TVN A;  3QV8 A;  3BQ6 A;  2OZ8 A;  4H8N A;  1RPX A;  1WXZ A;  1J6P A;  3GBD A;  3WNP A;  3ARX A;  4NZ5 A;  5C2X A;  3VGB A;  2Y62 A;  5CAH A;  3TYC A;  1XLM A;  5DRC A;  2JKP A;  4CNO A;  3QLL A;  3LNM A;  2ZC8 A;  2VEI A;  4NUW A;  1KW1 A;  2EAW A;  1IEX A;  4C91 A;  4HCH A;  4CU8 A;  4ALD A;  2QCG A;  3TYE A;  3ITO A;  4J3S A;  4MB1 A;  3B97 A;  1XLE A;  2PF8 A;  2CLL A;  3MTW A;  3IUD A;  1AG1 O;  1JCJ A;  2H3D A;  5L6U A;  5AYY A;  1BAG A;  1XIJ A;  1QR7 A;  4GIS A;  1T99 A;  3W86 A;  1P0E A;  4XK2 A;  3T0T A;  2WAN A;  1U5V A;  3PBW A;  3N13 A;  1SUX A;  4UQA A;  4BI6 A;  5CJM A;  1JYV A;  2Z7G A;  2YIH A;  4L6H A;  5LNV A;  1W0M A;  1RJQ A;  5FL1 A;  4GZ7 A;  1DHK A;  1G7V A;  3LRK A;  5CBB A;  1GGO A; 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