3G1VA

Crystal structure of the mutant d70g of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 5-fluorouridine 5'-monophosphate
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
213
structure length
213
Chain Sequence
VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIAGFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 80
structure length 213
sequence length 213
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2009-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3g1vA00
5D05A 3STCA 2DJLA 3QMTA 5A5WA 3QM3A 4CNNA 1O94A 4NZFA 5HR7A 3W7PA 1UASA 4UFMA 2J9XA 3GXTA 4CCDA 1RD5A 2WKJA 4A2SA 4JTEA 1OABA 2NWSA 4O17A 3LHYA 2WNNA 3UY8A 4AHPA 3W7GA 3S5ZA 4LT9A 6ALDA 3QZEA 5DCEA 1EUNA 4HT3A 5LGXA 1AL8A 5D2YA 1N55A 3W23A 4BI7A 4IMEA 5LKYA 3TXZA 1T96A 2QCNA 1F74A 4DBDA 4N02A 3IVSA 1F6KA 1H63A 3W1UA 2IQTA 2C19A 1F05A 3NQ2A 5DELA 4B5NA 1O5KA 6TIMA 2OZ0A 3OVPA 2WOQA 2I14A 4JS3A 1M7OA 5CPOA 4S2CA 3A22A 5D37A 1LRTA 2CW6A 2YXGA 1L9WA 1NF0A 1A5SA 4O1AA 1VQTA 2RKXA 2V5LA 1F5ZA 2A0NA 4JTGA 1AW1A 1WAUA 5H91A 2NXHA 4Z1BA 4CCEA 1NEYA 4BFAA 4O4VA 5AYXA 3G1XA 1D3GA 5HJLA 2QUVA 3FJ6A 3BLEA 1X1OA 5DCBA 2CLMA 1EP3A 3KFTA 3DI0A 2AAMA 2OT1A 2FPTA 2ZZ6A 3LERA 1X1ZA 3TW7A 4KFNA 3UWUA 5U4NA 3AO0A 3S5NA 1PE1A 4S2BA 3KVJA 4Z0SA 2QKFA 2D73A 3W88A 3UZ5A 1T0OA 4O0ZA 1DQXA 3VE9A 1YYAA 5TQLA 1W3NA 2XN0A 3IIPA 4K8EA 1TTQA 1CI1A 2C14A 1W1ZA 2FTPA 4Z0JA 2DZVA 4AF0B 3QEZA 1DOSA 3N2XA 2F7FA 1QOPA 4OGZA 4UFIA 5E93A 4QIUA 2OMAA 2ATSA 1JRBA 3UWQA 2V2CA 1EP1A 1ZAIA 3NO5A 3O15A 1OF8A 3EX3A 5BMXA 1QPOA 4CLMA 1TRIA 1JUKA 1ONRA 2KZHA 3LRKA 3HB9A 3S9YA 4AWTA 4DF1A 1QOQA 2E6AA 3P7YA 5AHFA 1W5QA 5CSSA 5EYWA 2HS6A 4YLWA 4DPPA 2JKEA 3P82A 1Q6LA 1TPB1 4X2RA 5F4WA 3FYOA 4XUGA 1B57A 5EPDA 3L5LA 2YYTA 5U7SA 4JIPA 2QF7A 3LCIA 3MMTA 1VPXA 3NPWA 4ONVA 1OFBA 4JEQA 1KM1A 4OV9A 4TMBA 4M6PA 3L0NA 1KA9F 3DBPA 3KXQA 5CGQA 1Q6RA 2EAWA 3MI2A 1LLZA 1X6UA 1KV8A 3MHFA 4I7UA 4RXFA 1C29A 3B0PA 4JTHA 4LOCA 3GR8A 1OFQA 1SFJA 1O60A 3HF3A 4MLRA 1H50A 1YPFA 4AH7A 3MI3A 4AF0A 3C2EA 1O4UA 4PTNA 4MUZA 4PEKA 4XZ9A 1KM2A 3OHIA 5G2IA 4XWUA 3ABSA 5F2IA 1THFD 2GQ8A 3P67A 3QQ1A 3W7EA 2Y88A 3NQGA 1GPWA 1XL9A 5I3FA 4HNTA 5BNKA 1Q3NA 1ZNNA 4J9JA 2B7OA 1VGAA 5LSMA 3NOEA 3NXFA 4HN4A 4FEZA 3L68A 5IM51 1XBVA 3W7DA 3GNNA 5I3GA 1ZENA 4JNMA 1K03A 4OT7A 2GOUA 2BZNA 1R47A 2JGQA 4W9TA 4OE7A 3TAOA 3TMLA 1TTJA 5TIMA 3DHFA 5HR6A 1JCYA 3L0KA 3DU0A 4IX0A 1SO3A 3FLUA 4MVAA 3GKAA 2X30A 3GX9A 4IX2A 3NYZA 1TCDA 1QDSA 3HPZA 1JJKA 2B7QA 2OJPA 3NPUA 3NZ1A 2V8ZA 1G69A 1LORA 3P61A 3W1XA 3H53A 3GIYA 4JDBA 4N4PA 1XBYA 2R8WA 4IOTA 5D03A 4CNOA 5F4XA 2DZWA 4GUJA 3STFA 3M16A 2E77A 4C1LA 3TXVA 1MEHA 5DBUA 2QUUA 3PVFA 4WY0B 1JCJA 4O1DA 1WV2A 3V1PA 3CM4A 4FO4A 4DO5A 1LCOA 1XBXA 3S1WA 1P0NA 4E2BA 3W2KA 1MSSA 4LS2A 3LRLA 1J5TA 5K9CA 3M41A 3PSWA 4RKAA 1JVNA 4FX7A 2QJHA 2H8XA 2YR1A 3GVGA 2Y7FA 4P61A 2X1SA 1I8JA 1A53A 2TPSA 2PE4A 1ALDA 1GEQA 2O7SA 4LWWA 3W1PA 1AMKA 2C18A 2X1TA 3O6DA 2NV1A 3EB2A 3ATZA 3G1YA 1QO5A 4UMBA 3P8JA 4HKPA 1Q6OA 3HG4A 2QCHA 1LOQA 1EWEA 3LCFA 3SGUA 4DXVA 5K4XA 3WJYA 4NJKA 3F4WA 3T55A 3L5MA 4KKXA 1WX0A 4C1KA 2RDTA 1WXJA 1YXDA 4MY8A 2W0UA 4PL1A 3TUUA 3PY2A 4GFSA 1JUBA 3THQA 4UMCA 5EBUA 1QR7A 4R33A 4UCGA 4O0KA 1YTDA 3G24A 3EEGA 3KVMA 2AQWA 2E6FA 2ALDA 3W1NA 2CLIA 3WFAA 1S3HA 1WYIA 4IJBA 1AL7A 3GYEA 2GQ9A 5AHEA 5FF7A 5L9FA 4WY0A 3T40A 1M5WA 1H7NA 2V82A 3L0GA 1OYBA 3HGJA 3PBWA 1K7XA 3NQVA 4POCA 5LNVA 8TIMA 2ZZ4A 1EP2A 4M19A 2DU2A 4NXKA 4A22A 3IIZA 3RNDA 4XBKA 3GR7A 1L2UA 2A7RA 5HQEA 4XTIA 1TPC1 4L4MA 3Q94A 1OK4A 3U8GA 3PG9A 3CWOX 3M5VA 3ZWSA 3LM7A 2HMCA 4OU1A 3EXTA 1XXXA 1AW5A 3PR2A 4GRSA 4MJMA 2CLOA 2DZXA 4FNTA 1GT8A 5CPLA 5K3VA 3C52A 3LTPA 3QF0A 4UFHA 5D09A 4ML9A 1TTPA 4A2RA 3IEBA 4M7SA 4CNPA 1EB3A 1ME7A 2FPVA 1U83A 1ZAHA 3NQFA 5DN1A 5GVJA 3NEVA 4LUJA 3W85A 4JN6A 3LV6A 4JDYA 3W83A 4JTSA 2CLEA 3OVQA 5D30A 5KINA 4FX6M 2C0AA 4GC4A 1B9BA 4Y9AA 4M5PA 2QCGA 4UTIA 2VKZG 2DZPA 1QWGA 3CWNA 3L67A 4LRSA 5AFDA 1JQVA 1CX9A 2TMDA 1NF7A 5G1YA 3TU9A 1TQXA 2NX3A 5DBTA 2Y7DA 3DKJA 5EY5A 2BWGA 5EL1A 2RDUA 4K6AA 4BR1A 3MP3A 3ABRA 2NLIA 3DFPA 4RLIA 1RQBA 1W3IA 3P5ZA 1NVMA 3BK0A 1FWRA 4ZZ9A 1AG1O 2E5CA 3B0VC 3RLUA 3EWZA 3B05A 3LHZA 3W71A 3EX4A 3FA5A 2A21A 1XM3A 2I9EA 3UWYA 3JS3A 3A5VA 2QJIA 5LNUA 2ZRVA 1DORA 1W31A 1J2WA 1YADA 1L6YA 1TTIA 1FWTA 2NUYA 2Y6ZA 2FJKA 2VFFA 4I7VA 4LU0A 4PFMA 4R34A 4EOUA 3STGA 3L21A 1H61A 2GVLA 4O1BA 4FB7A 1JR1A 4M6VA 3P8IA 1I4NA 1KM6A 2Y61A 3R5EA 4HNNA 3SJ3A 2C13A 3MBDA 4AAJA 2FB3A 3LX9A 4A21A 2WSQA 2DZTA 2EGZA 4EWND 1OVDA 1Y0EA 3NR0A 3A9IA 3MWAA 4QITA 1MZHA 3OA3A 1G6CA 4DF0A 3LI0A 4CCCA 3B0UX 1PHQA 2GVJA 1TMHA 1TPWA 1XKYA 1X8FA 1OX6A 3K30A 4O12A 3M9YA 3WK0A 1W5NA 2NXGA 3CTLA 2YFNA 3MJYA 2ZZ5A 3OVRA 4LS0A 1UBSA 3LTYA 2EPHA 5LNRA 3SECA 1YPIA 1PV8A 3LXAA 5D04C 2X1RA 3NQ6A 1ZY9A 3W7NA 1OJXA 1FWSA 1DHPA 2QCEA 3P5YA 3TC6A 2H3DA 5KMYA 1FWNA 4OBTA 2GQAA 3HQ1A 3W07A 2A85A 3N19B 3O6YX 3PULA 3BG3A 2NV2A 3MUXA 3WJWA 3QPYA 5D2XA 4TO8A 5D02A 4MZ1A 3W7LA 4G1KA 3S5YA 4ADSA 3T44A 3A21A 4NT0A 4JR5A 3GAYA 3YPIA 3GB6A 3RU6A 1KFEA 2A1YA 4JTKA 3GDMA 1FXQA 4WJEA 3W1QA 3UPBA 3PBYA 3O16A 2BXVA 3TAKA 1ZALA 3QQ0A 4A29A 4JICA 1MO0A 3MBFA 3NA8A 1YLVA 4UTLA 1T99A 1TV5A 3P81A 4DO6A 2FIQA 3PAJA 3GAKA 1LBLA 1OF6A 3WJXA 1D3HA 3KAOA 1SUXA 1TB3A 5HINA 3DXIA 3LHWA 3TQKA 1KFJA 2V9DA 3TJLA 2C16A 2A4AA 4JTTA 2V2HA 3I7SA 4WY0F 4XTDA 3FJLA 4UC5A 4MFEA 1H62A 3W2MA 4O54A 3MP4A 4NU7A 1JUEA 3G22A 1A5CA 4MZ8A 3TKFA 3NL6A 1OX4B 1OX5A 1W0MA 3HBLA 4X22A 3ZWTA 3SI9A 2DZUA 1SW3A 1UB3A 4QNWA 3A23A 5MHBA 2QEZA 5DCDA 2VEKA 3BO9A 5HWMA 3KX6A 3VKJA 4DELA 3TC7A 3W84A 1FCVA 2ISWA 4UTKA 5DY2A 3S5OA 1SO6A 1RVGA 1C8VA 3TDFA 2QJGA 5D33A 5K7JA 2CLHA 3DAQA 3DKLA 3WJSA 4N9DA 3R2GA 2BLEA 2VEMA 1TRDA 1HUVA 3EXRA 1I2OA 2B7NA 3KHJA 4RJEA 1ML1A 1EUAA 4K8HA 1FDJA 3W7RA 1K8XA 4NZJA 5AB3A 1FCBA 1KFLA 2JKAA 1R30A 1G7UA 3NGJA 5LHFA 4UUIA 1U5JA 3CQ0A 2YW3A 3PUDA 3G0SA 1G4TA 3L2IA 3TSBA 1OX4A 4PC8A 3IRDA 1TJPA 4ZQCA 2CFFA 5BOOA 4UTHA 4DO4A 4KWVA 4ZQNA 1UUMA 3P84A 1DVJA 3BW2A 4R7JA 4IXXA 3E96A 1IF2A 1SZEA 3W73A 4GUGA 4NQ1A 4UIOA 3NNTA 3HJZA 1VS1A 4UFJA 1UCWA 2CLKA 1KTBA 2J27A 5F4SA 3M44A 3HGOA 3IVUA 2PCQA 2JKPA 3CIWA 2RFGA 1HL2A 3QW3A 1ICPA 1VYSX 3N2MA 1MXSA 4Y8FA 5F1UA 2NWRA 3BVJA 3BV4A 4ORIA 1FXPA 5AC7A 4GWEA 3USBA 1FX6A 5G2HA 3EX1A 2BTMA 2WNZA 3TIMA 5C5YA 2OX1A 3C2RA 1W54A 4MLJA 3G1VA 1HFBA 1TV7A 5FEZA 2C15A 1QO2A 3O06A 3O07A 1A50A 5K4ZA 2PRLA 2H3BA 2I1OA 4NUWA 4NJIA 3S8HA 5C54A 3N73A 2CZEA 2ISVA 3JR2A 2ATMA 1LTDA 1ME9A 3I7RA 4JYEA 2W79A 3QPZA 3R89A 1Z42A 3DZ1A 1O95A 1Z44A 4UTTA 3JRKA 5KZMA 2EF9A 1PIIA 1SSGA 1VZWA 3CIXA 4MIMA 3MW7A 5BW6A 1H7XA 1OFOA 3HO8A 4K36A 4O16A 3LCGA 1TPEA 2FB2A 2QUTA 2A2IA 2GPTA 3THAA 1TPUA 4NX5A 1GQNA 4FNRA 2NUXA 4XBSA 3RLVA 2G95A 5FI8A 1VLIA 3S42A 3OIXA 4WOQA 4UFLA 1JRCA 4FHAA 4QSHA 4ZQOA 2VFGA 3GNDA 2GJLA 1SPQA 1ADOA 4DQWA 4JTJA 1LM1A 3LBMA 2UV8G 3DFNA 3LCXA 2G96A 4M7TA 4U28A 4CQ8A 1W5MA 3DI1A 3LCLA 3CPRA 1K8ZA 1BWKA 3GXPA 3ZFHA 1RPXA 1WA3A 1W37A 4RV8A 5A8GA 2F84A 3EXSA 3LHTA 2H8ZA 4K7YA 5G1TA 4D2JA 5FF0A 2R91A 3TQ0A 1H51A 3KRSA 3OEXA 1BTMA 5C2XA 3H55A 5FF4A 4LVFA 3W1RA 3O05A 1YXCA 2ZA3A 3WJZA 3CHVA 4GNJA 1PL9A 1EX5A 2AGKA 1VHCA 2E09A 2ZRUA 3QW4B 2QDGA 3TQVA 3FKRA 1GZGA 1KM3A 4K37A 1ZFJA 1GYLA 3L66A 1Z48A 2CU0A 3GZ3A 1XCFA 2WSRA 1XFBA 2V5BA 2J88A 4NJJA 5CSRA 1OFPA 1WBHA 2LLEA 1DJNA 4LNYA 1KM5A 1G7VA 4BWLA 4RX0A 4O50A 3R13A 4YWIA 3TSDA 4EF8A 2ZZ3A 5FESA 1P0KA 4FX8A 3OBKA 4ZMGA 3PB2A 5F1VA 5AC8A 3W7CA 2A5HA 3TA6A 1G4SA 1R2TA 1DJQA 3QSRA 3QRHA 1KW1A 2FFCA 4LC6A 3CC1A 4PL2A 1XBZA 3V75A 2ISSA 5KZEA 4QNEA 5K2ZA 2C3ZA 3B06A 2A6LA 2A7NA 5K9XA 1G4PA 2ZTKA 2ZYFA 2J9ZA 4N2YA 5FF3A 2ZRXA 4EF9A 1DKWA 3LLDA 3HGSA 1PS9A 4HHPA 4UR8A 4K38A 1EIXA 1PHWA 1VR6A 3EWBX 1TPFA 4GBUA 1DQWA 3N14A 5C55A 4AWSA 4CQ9A 1OFEA 1PVNA 3R12A 3M47A 1EEPA 3N9RA 1SW0A 5HUOA 4UMAA 3UPWA 3G1SA 5F2GA 4WUIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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