3G1VA

Crystal structure of the mutant d70g of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 5-fluorouridine 5'-monophosphate
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
213
structure length
213
Chain Sequence
VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIAGFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
total genus 80
structure length 213
sequence length 213
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2009-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3g1vA00
1Z41A 3QW4B 4MZ1A 1FWRA 3INPA 2CLIA 2Y85A 2V2DA 3IIVA 4RXGA 1KM4A 2OCZA 3GR7A 4L4LA 5G4EA 2BZNA 3U2OA 3LM7A 1GWJA 3O6YX 1L6YA 4O0KA 2J9XA 1OFOA 5FF2A 3Q2DA 2ABBA 3W23A 1Z48A 3O15A 3M0ZA 3FYPA 3HBLA 1UJPA 4EF9A 1SO6A 2KZHA 2CZFA 2G95A 5AYZA 2V5LA 3UD6A 5F2IA 4UFKA 4WOQA 1IXPA 2NX9A 3FS2A 3LGEA 3W22A 3ABRA 1H50A 5DCEA 2VFEA 3CEPA 3W7EA 1I2PA 2GQAA 4JTEA 5C5YA 3W83A 3UXAA 3H54A 3RU6A 5I3FA 1ZY9A 1VCFA 2QCCA 2YPIA 3UY8A 3V75A 1D9EA 2FPTA 4CNOA 5A5WA 4R34A 1QNVA 2QCHA 5C2XA 1SFLA 3LCWA 1KLZA 4O53A 2GJNA 2QCLA 1DJQA 5G2WA 3S9YA 1VPXA 4UFHA 3LTSA 1NEYA 4KFOA 3PUDA 3DGRA 3L0KA 3GKFA 5F1VA 3TW7A 2BX7A 3QFEA 4ICNA 3S5ZA 2WNQA 3HGOA 2V30A 1Z44A 2RKXA 2VFHA 4OE7A 4PTNA 1SPQA 2A6LA 5K9DA 1W56A 4ADTA 4JTTA 2YYUA 4NQ1A 1FCUA 5D2VA 3IGXA 4KFPA 1I2NA 1BWLA 2NWSA 2PE4A 1JR1A 4HNTA 3PBUA 4OGZA 2QJHA 3BLEA 2NV1A 1OX4A 3FEMA 1SSDA 2JGYA 2R91A 3SSJA 3KFTA 3MWAA 4RX0A 1I2QA 3L0GA 2YCEA 1C29A 4P61A 2C13A 4O1CA 1F6PA 2EAWA 2JGQA 2Y63A 1FCBA 5F2LA 3BVJA 3S1UA 3CEUA 1KTNA 2QCGA 4NU7A 4BFAA 2PCQA 5C55A 3HPSA 1D3GA 3W7GA 1TO3A 4K8EA 5G2HA 3HB9A 1TPFA 2V2CA 3O07A 5DCDA 4AHPA 3L2IA 1YPFA 1YTDA 2J88A 4UTKA 3BG5A 5I3GA 3PSVA 3NA8A 1FCQA 5AOUA 4N4QA 5F4WA 3W1AA 3W85A 3LXBA 4AH7A 4GUJA 3R2GA 5FEXA 4NVTA 1F7BA 4O8RA 1W31A 2QAFA 2X16A 4RCXA 5KTLA 3KVJA 4JXCA 5D30A 5FEWA 1KV8A 1A5AA 3UQNA 2A21A 4IMEA 1I2RA 5TQLA 4A2RA 2QCDB 3LCFA 4O4VA 3UWWA 4I7VA 3ZS4A 1P1XA 4QNWA 2B7PA 1VYSX 2P1FA 2WKJA 1QMLA 3NM3A 4FXSA 3O05A 4MFEA 5F4XA 5C54A 5LGXA 1SW7A 1JUEA 2VEIA 3GIYA 4Y8FA 3W7RA 3LLDA 1WBHA 3NQDA 1NFBA 5D03A 3W1PA 3W7KA 4XBKA 5DY2A 3N9RA 1JJKA 3SI9A 2GVJA 1RVGA 2BXVA 2JBMA 4O1BA 3WK3A 3G1YA 5MHBA 3Q58A 2V0TA 1O4UA 3O1NA 4X3ZA 3BGGA 5DY3A 3HGRA 1FXQA 2GJLA 5HR6A 1TTIA 1JQVA 1KM2A 3WJYA 4JYDA 5AC8A 2E5BA 4MKNA 2CW6A 1BTMA 2GQ9A 3G18A 4JTUA 5GVJA 2EKCA 2ABAA 5TIMA 1YXDA 3TC7A 3VNDA 4A3UA 4UUIA 5CSSA 1PHQA 3CIXA 3W2LA 4O13A 4MVAA 5D32A 3N2XA 2CLLA 1K7XA 2AGKA 4MJZA 3B8DA 1OF8A 4IWWA 4QSHA 5HUOA 3G1SA 3QSRA 5CZSA 2OZ0A 3FYOA 4JD4A 3LHWA 2Q8LA 4L4MA 1VH7A 3NG3A 4JDBA 4UTTC 3CQ0A 3GAKA 1OYCA 3GR8A 3PB2A 4O1DA 5LSMA 4ZQPA 3EXTA 3FOKA 1GVFA 1VQTA 5AYXA 3KRSA 3GYEA 4MOZA 2VELA 2F7FA 3NL6A 5DCBA 3ZR4A 4O1AA 2ZRWA 1QDSA 1KTCA 3MI6A 4LT9A 2YZRA 2VFGA 4P2VA 2NUWA 1EUAA 3W2KA 5BNKA 7TIMA 3NM1A 2H3DA 3W70A 4PC8A 1W5PA 3QQ0A 4JX4A 4ADSA 2RHGA 3KRUA 3E02A 5CZTA 4Y6GA 3HG4A 1M7OA 1XBYA 5I3IA 4UTIA 3F1QA 2NLIA 1J2WA 1YPIA 3G0UA 3UPBA 3NNTA 3PR2A 4AF0B 1X1ZA 1H63A 2QCFA 4LUIA 3NDOA 3IIOA 5CPNA 3W87A 2CLFA 2WNNA 4OV9A 4FB7A 4DBEA 1JULA 5G5IA 2BWGA 1OFBA 1NAL1 3C2VA 3RLUA 1GZGA 4E0CA 3ZFHA 3W1TA 4IX2A 4FHAA 4OT7A 4JNMA 4NNCA 5EPDA 4QNEA 2WQPA 1OK4A 2E09A 3R12A 5EBUA 3PC0A 3TSBA 5CKSA 3OHIA 4A2SA 5H91A 1VLWA 1WBJA 2ISVA 4HNNA 2CLKA 2NUYA 3M16A 4K36A 5KMYA 4JS3A 2J27A 1X1OA 2X1UA 1XBXA 3TFCA 2WO5A 3C56A 1FWSA 1G6CA 2Y70A 5D02A 1M6JA 1GOXA 3B0UX 1OX5A 5F1UA 3GNDA 3QF0A 1TYGA 4LS1A 1XFBA 4JIQA 5LNWA 2GOUA 1WA3A 3G0XA 3TROA 2C0AA 3V1PA 3A9IA 1FWWA 3UZJA 4JTFA 1OVDA 3C4UA 1W0MA 3QC3A 3QSTA 1LBFA 5D05A 5KINA 3NZRA 1THFD 1ICSA 4GUIA 1TSIA 1UUMA 2C15A 4RKAA 5FF3A 3C6CA 3PAJA 3VFLA 2EF9A 1EIXA 1EWEA 3S42A 2W0UA 3KRZA 3TX9A 4RXFA 1LDCA 2ZZ2A 2A5HA 3M9YA 4GC4A 2HMCA 4YL2A 4WY0A 2CLMA 3W9ZA 3EWYA 3NEVA 2QCNA 1W8SA 4KKXA 1PCKA 4X9SA 1J5TA 2RDUA 4O28A 3U8GA 3W2MA 1ICQA 4ONVA 1NF0A 1DVJA 3PULA 1DQXA 3NZ1A 4Z1DA 2O7QA 1P0NA 4CLMA 1R30A 1VS1A 2Y7GA 4S2CA 3JR2A 4FX8A 1Q6LA 4ZQNA 3PB0A 3ANYA 3QMRA 3C2RA 4I7WA 2ZRZA 4UTMA 1KM0A 2DZXA 2NZLA 4MLJA 2ZA2A 3P61A 1JQXA 3BK0A 4FX6M 4PODA 1TPC1 1LROA 2VEKA 5HNRA 1DBTA 5HR7A 5G1TA 4BWLC 2AAMA 4HPXA 3TA6A 3PUEA 5AC6A 4M7SA 2PRMA 1H7PA 1KV5A 1LLZA 3B03A 2C18A 2FJKA 4ZQCA 1YTKA 2H6RA 5I3JA 2AQWA 1ZENA 2CWNA 4NJIA 1GVOA 2CLOA 4UFMA 4Y9AA 3I7QA 1H7NA 5HMSA 4IJBA 4NXKA 4E2DA 3CLMA 2WSQA 4UMCA 1YYAA 4TO8A 2RDWA 1SZGA 4DF0A 1GTEA 3DZ1A 3MO7A 5G4WA 1NF7A 4BF9A 1LOLA 4JEQA 1PCWA 5K4ZA 1Y0EA 2W79A 1LBMA 1EP2A 2ZCGA 3W7NA 3QMSA 2F84A 1V5XA 3PY2A 3DAQA 1TPVA 4AWSA 2E68A 3DU0A 1PVNA 1ME9A 3OBKA 3S1WA 3HG2A 3MP4A 2FIQA 2YX0A 3GAYA 4DPPA 1ZAIA 4N9CA 3TE9A 1FBAA 4O19A 2V8ZA 2NX1A 1TQJA 3NQ7A 1W5QA 2XN0A 2YFNA 1Q6RA 3RFAA 3GDKA 3SY5A 2ZRYA 4FEZA 3LRKA 4W9TA 4LWWA 1KA9F 1SO5A 3GDTA 3HOJA 5HUPA 3WK0A 4U28A 1OFAA 3LERA 1ZAHA 4GFSA 3EX2A 5AHEA 3N14A 1QPQA 2WOQA 4I9AA 3NQEA 3C0JA 1JCYA 2JKPA 1AMKA 4O17A 3L65A 4WOZA 3K30A 5FF7A 4ZQOA 3M47A 2NXHA 2HTMA 1CX9A 4D2JA 1TPDA 1JCXA 4LS2A 3W76A 1ZAJA 5AN7A 3TSMA 1AW5A 3UNDA 4NZJA 3W2JA 4JICA 4XQ6A 5BRBA 4BI7A 1BKSA 5K2ZA 4K39A 3Q94A 3N2MA 1S5VA 5I3KA 3DKLA 4ALDA 1MSSA 4NZFA 1KBJA 1RV8A 5BOOA 5E1QA 4ZQRA 2ZDRA 1H51A 2A85A 1FY6A 3S1XA 3NYZA 1FDZA 3QW3A 4K37A 4M19A 3RMJA 3CT7A 1ZJIA 4O57A 3SECA 3S5YA 3KX6A 5AHNA 1F2JA 4QIUA 4BR1A 3OIXA 1ONRA 2H8ZA 2C19A 4NJKA 1JCNA 3DFSA 4K8HA 3DH7A 1MXSA 1PL9A 3QYQA 3HIJA 1SSGA 1WQ5A 6ALDA 4LU0A 2G5WA 2ZZ6A 3I7SA 3O6DA 1Q6QA 4LVBA 1RPXA 1IIGA 3TIMA 4Z1BA 1KBIA 1O95A 5D2TA 2C3ZA 3G3DA 4MPQA 4WX2A 4C1KA 1G67A 2J9ZA 1FCVA 3EXSA 1O5KA 1JCLA 3LOTA 5H2ZA 2A0NA 2TMDA 3CWOX 1Q45A 1VGAA 5CG7A 3L66A 3W1LA 2XN1A 1EP1A 4Q4KA 3NQ2A 3T40A 3LLFA 2BTMA 1VCGA 2ZRUA 4K38A 3W7HA 5E0KA 1Q3NA 2X1RA 4IMGA 3RK8A 1S5TA 4UFLA 5BMXA 4JN6A 1VZWA 4GUFA 2O7SA 5K3VA 1LOQA 1S5WA 4ORMA 3ZWTA 4AVFA 1DORA 1N55A 4HPJA 4JTHA 1DKWA 1M5WA 3BG3A 2JKAA 4N9EA 1ADOA 1LCOA 1Q6OA 5TBOA 3RLVA 4AEOA 3QEZA 1VLIA 2ZZ5A 1XCFA 1LBLA 3W7QA 1AL7A 5DBUA 2WNZA 5IBXC 4UFJA 4YXGA 1TPB1 3A5VA 5AB3A 1B4EA 5CPMA 3NOEA 3O8AA 5CPOA 1VHNA 5F2MA 3CHVA 1F5ZA 3QPYA 5LHEA 4LC8A 3EX1A 4CNNA 4DF1A 4E38A 5D2WA 4CQ9A 4RV8A 1G7UA 4MYXA 1K3UA 4HN4A 2FB2A 2OX1A 1VJIA 1P0KA 4WZHA 3TAOA 2YW4A 3TH6A 4BWLA 3P82A 1K7EA 2I14A 2CLEA 2YXGA 4LVGA 1TPWA 5D09A 1SZNA 8TIMA 1SUXA 1F76A 1G4SA 4QAIA 2DZTA 3IVSA 3DENA 3EWZA 1KFBA 2ISWA 3G22A 3W7JA 1VCVA 3P7YA 4JDYA 3VE7A 1TPEA 1ZHAA 2BSLA 3IV3A 1QPOA 1GVSA 3LV6A 2E6AA 4XWUA 3LI1A 4ZVJA 1A53A 1KTBA 1SU5A 1PV8A 4GNJA 3G1AA 2TSYA 2J24A 1GJPA 1R2RA 3OVQA 3C2EA 4PL1A 4XTIA 4LV9A 1G7VA 2VEMA 3LV5A 4Z1CA 1ZFJA 3VKJA 1AG1O 4UTJA 4JTLA 1JCMP 3EXRA 1YXCA 4RZ4A 1PHWA 1GYNA 1OHLA 3M41A 1EA0A 3W3OA 4UMAA 1WDWA 4CCDA 3GDRA 1W3IA 1PE1A 2JK2A 2FPYA 3QRHA 1AL8A 4HSOA 1D3HA 2VFDA 2OT1A 3W73A 4IXXA 1U83A 2VXNA 4Q33A 1YDNA 4YWIA 3LX9A 1OABA 3IVUA 1AK5A 3UZ5A 3LCIA 1TB3A 3TJLA 1FDYA 3NQ8A 4KFNA 4XKYB 1JCJA 2X1TA 2YW3A 5AHIA 4MJMA 1MZHA 4HT3A 1MEIA 4FNSA 4YLWA 3EKLA 5FF0A 3EWWA 3MP3A 4YMZA 3JS3A 4IMDA 1A5BA 3QZEA 3M5XA 2NUXA 3A22A 1VR6A 3G1HA 2CZEA 5FEPA 2GVLA 4LS0A 2B4GA 4LUJA 3HGSA 4DQWA 4E2BA 1BEUA 2YGYA 1G69A 2ZA1A 1R47A 2YDAA 2WPBA 3GB6A 5EA9A 3JRKA 4O0ZA 2V82A 2Y6ZA 4GE8A 3OVRA 3MHGA 1FUYA 3OEXA 2PC4A 1E51A 2A7PA 4O50A 3TSDA 1L6WA 3EEGA 3QPZA 4UC5A 3SGZA 1OG0A 3O63A 2C16A 3LCXA 1ZCOA 1I45A 2VKZG 2ISSA 2QJGA 3NVTA 4M5PA 1K8XA 1KLYA 4PH6A 2CZ5A 2Y7FA 2ZZ4A 5K9CA 3TU9A 1G4TA 1HO1A 5BW6A 3G24A 1LOSA 1TIMA 4NJHA 2CU0A 2DZPA 1GG0A 3NPUA 3FKKA 2DJLA 1SW3A 3NPXA 5KZMA 5D04C 3T44A 2I9EA 2H3BA 4JX5A 4EVZA 3ABQA 2X2GA 4X2RA 3MBDA 3E0IA 1WXJA 3W1XA 3NQCA 2B7QA 4FX7A 3BW3A 3MHFA 3LHTA 1KFKA 1UCWA 4QQ3A 1H61A 4Y90A 4FIQA 4JX6A 3NQ6A 3QMTA 1L2UA 1P4CA 1YADA 1XC4A 3S5NA 1EWDA 2E6FA 1VYRA 3E96A 3UWVA 1OJXA 1R2SA 3C52A 1SZFA 3MBFA 5DXXA 5AHMA 3W7PA 1DJNA 2R8WA 3LBCA 1TPH1 3G1VA 3W2UA 4GBUA 3BPWA 1UASA 3P84A 1TRDA 4M6PA 3HGJA 1KW1A 3DFTA 4Z1AA 3HF3A 3STCA 4UTWC 4XBSA 4FNRA 1H7RA 4GUHA 2OT0A 3QH2A 4N02A 1QO2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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