3G1XA

Crystal structure of the mutant d70g of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with uridine 5'-monophosphate
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
213
structure length
213
Chain Sequence
VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIAGFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
total genus 80
structure length 213
sequence length 213
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2009-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3g1xA00
1NVMA 4GC4A 2ZRYA 2RDUA 4FX8A 3LCIA 3YPIA 5I3GA 1OX5A 3NR0A 5D03A 4JDYA 1FWWA 1KV8A 4LVFA 4S2BA 3L5MA 1RQBA 1F73A 1I2OA 4RJEA 4HPJA 5D04C 3C61A 3PM6A 1RZMA 3DENA 1G4TA 1Q6RA 3G0XA 1KBIA 1TJRA 1ME7A 2R8WA 1KFLA 3QW4B 3EWUA 1IIGA 1S5VA 3HG3A 3M5XA 5L6UA 4WY0A 4MY9A 3W1QA 4RXFA 1IXOA 3M44A 1LTDA 3RF9A 5BOOA 3W2UA 1SQ7A 5DCBA 1JCMP 2NV2A 4FIRA 5EL1A 4IUOA 3KHJA 1FWTA 2TSYA 3CQ0A 2C13A 3G1VA 3W1MA 3G1YA 4JN6A 1DQWA 2VEIA 2C3ZA 2EAWA 4ALDA 1Q6LA 1BWKA 2CLMA 1WOBA 3M5YA 4U28A 3NQDA 3K30A 2KZHA 4ONVA 1SSDA 3W1LA 1MEIA 1I4NA 1OX4B 2YDAA 5DLCA 4O13A 4HNTA 3IVUA 4XKYB 2GQAA 2O7QA 2OT1A 1V7YA 2X16A 3G3MA 4K37A 3FFSA 3P62A 4K6AA 1TREA 3KVMA 2P10A 2QUVA 3LTSA 2CWNA 1XDLA 3HG5A 1FWSA 3TC6A 3M41A 4UTTC 3TAKA 1F5ZA 1F6PA 1JVNA 4JX5A 5DCEA 1VZWA 5DY2A 3N9SA 4O15A 5CPLA 2EPHA 5F4WA 2RHGA 2CLLA 1K3UA 1A5AA 1VH7A 3HGSA 4QNWA 3VE7A 1VRDA 2GJNA 3P84A 4RZ6A 3BG9A 2PURA 3GYEA 1I2PA 1UB3A 1GPWA 5ABTA 4M6VA 4LWWA 3G24A 1ZFJA 4PA8A 2B4GA 3TA6A 2B7NA 3O1NA 4JIPA 4OWGA 4UTKA 2A5HA 3EWXA 1VHCA 3GKAA 3W3OA 3W76A 3GXTA 1Z41A 2JGYA 1W5PA 3WK2A 4PH6A 3T7VA 4ZMGA 2ZQ0A 4R53A 1VQTA 5I3HA 1AG1O 1XI3A 3TC7A 1KLZA 3NL6A 3S5OA 4DF1A 3TSBA 2ISVA 3Q37A 4NJIA 3GKFA 4H3DA 2QJGA 4O18A 4YMZA 3UYCA 3MHUA 2YZRA 1YPFA 4RX0A 2ATSA 2V81A 3M1ZA 3PSVA 1RVGA 4LC8A 3HO8A 1I8JA 2ALDA 4FNSA 4YXGA 3UY7A 4IMCA 2NX3A 1SFJA 2W6RA 3CPRA 3LXBA 3S1XA 1QCWA 1TQJA 4O1DA 2B7OA 4Y6GA 2FPYA 1EWEA 4PEKA 3W07A 2R91A 4E0CA 1W1ZA 3IEBA 3MP5A 3MYPA 2NXHA 4Q33A 1EX5A 1G6CA 2H6RA 3UWWA 3I7SA 1FX6A 1THFD 4JX6A 1L6YA 3TROA 4WY0B 4EVZA 3STGA 3CT7A 1YXDA 1QOQA 2FPVA 2VEKA 5F1UA 2FFCA 1EEPA 2GUUA 2X1UA 1JUKA 5KTLA 5I3FA 4MZYA 1OHLA 1GQNA 3GNNA 3NPXA 3W9ZA 3TQVA 1JUBA 3GLCA 4BK9A 1KM4A 1XFBA 3ZWSA 3IIPA 3THAA 3BLFA 1LOSA 1MO0A 3H55A 3ABOA 3MHFA 4TR9A 2DJXA 4KFOA 1N55A 2ABBA 3NYZA 4LVDA 4MKNA 4FNQA 3S6DA 1PCWA 2OZ0A 4JY9A 4JIQA 3GZ3A 4FEZA 3N3MA 3SI9A 4POCA 4CLMA 1O4UA 4UIOA 1UBSA 3NPWA 3ZS4A 3G1DA 4Q4KA 4N6FA 2G5WA 3W7PA 1H5YA 1L2UA 4WD0A 5CGQA 2J27A 2EKCA 1TPWA 1J5TA 2CLHA 3W85A 2WSRA 5EYWA 1GYLA 3W1PA 3TFXA 2BTMA 4CCDA 4IMDA 3PG8A 1LRQA 4WQ6A 4DELA 1MEHA 4JICA 4JR5A 4RZ5A 1DL3A 5EPDA 1FDZA 4JTIA 1SO5A 5AC8A 3LDVA 3UXAA 2QKFA 1DJNA 4RLIA 5A5WA 3SGZA 1QDSA 5DY3A 4LNYA 5HUOA 3QH2A 3NQFA 2A6NA 2NV1A 3NQ8A 1QPQA 2DZUA 4BWLA 1VYRA 1OFEA 4GWEA 2XN1A 3DFQA 2HSAA 3VE9A 5G4EA 4LS1A 3LXCA 3MW7A 1WQ5A 4NJHA 3PUEA 2CLIA 3NQ6A 1WA3A 2I14A 2QCDB 1XKYA 1MZHA 3L21A 4LVBA 2C0AA 4O19A 2O7SA 3OG3A 2NLIA 3G22A 3C0JA 2QCLA 4JYDA 1LLZA 3S1VA 1L6WA 2UV8G 4LU0A 5HJLA 1CW2A 1QPRA 2QDGA 1QR7A 3RLUA 1GVSA 1ZAHA 2J9YA 3N2XA 2NUYA 1VCVA 4JTSA 3TQ0A 1T8XA 4NZFA 3W7QA 1SPQA 1SUXA 3TMQA 5AB3A 3L68A 4N9CA 2VFHA 3P8JA 2A7NA 2XN0A 1P1XA 4O28A 1P0NA 4R7JA 4JEQA 2IQTA 4M19A 6TIMA 2E1DA 4O4WA 5F1VA 3TAOA 4JTKA 5CSRA 2YFNA 4JTTA 1LBLA 4FO4A 1SW0A 1AK5A 3U6WA 3W2NA 3NPUA 1K7XA 2HMCA 2RDTA 3UPBA 1F6KA 2QAFA 1NEYA 2LLEA 3C8FA 4DF0A 3W2JA 2NUXA 1J2WA 1K8ZA 2F7FA 4ZVJA 3BPWA 4QIUA 3LRKA 1E51A 2YPIA 3R8RA 4ZQPA 4Y9AA 1TRIA 5AC6A 3KAOA 4HNUA 1IIHA 4O16A 1SZEA 3B04A 1LOLA 5FEZA 5K9DA 1GTHA 2Y61A 3KRSA 3SJ3A 1Z44A 2GVGA 3VKJA 3S1WA 3AO0A 4UTMA 5G5IA 2DZPA 1TV8A 3BV4A 5GVJA 4NX5A 4WXZA 1IXPA 1XCFA 3NO5A 4JTJA 3UZ5A 2VC6A 3T44A 3KVLA 1H7WA 1SSGA 3M9YA 1TPEA 2E6AA 4IOTA 5TIMA 1G69A 4I7WA 3O6CA 3TDFA 5FEWA 3LCGA 1TPC1 4UNKA 3QW3A 1X6UA 1Q6OA 3NDOA 5FEPA 1Y0EA 1JCYA 3NNTA 5K4ZA 4NXKA 3TKFA 5D2XA 4BF9A 2DJLA 3LBMA 2Y62A 2RDWA 3RMJA 3EB2A 3HGOA 1G7UA 1K8XA 2DZTA 3L0NA 4IWWA 1KM0A 4MLRA 3UWUA 2Q8ZA 3NAVA 1K02A 5IBXA 2C1HA 4QISA 5HQEA 1O95A 4JTGA 4MJMA 2YR1A 1JJKA 1BEUA 2Y7FA 1H7XA 1SFLA 2D73A 1W5QA 3W1XA 2BXVA 4PFMA 1PS9A 1H61A 4N6EA 3PBVA 2OX1A 3G1HA 5C55A 3I68A 4XKYA 1HL2A 3LCHA 4FXRA 4CCCA 3ATZA 5CPNA 1YDVA 1XBYA 4O52A 5D09A 1W31A 3UXDA 4LY8A 3ABQA 3W75A 4MZ1A 4DQWA 1YPIA 1Q6QA 3FKRA 2ZZ7A 2V8ZA 2PRMA 4IMGA 1OG0A 2NWRA 1XBZA 3T78A 4AB4A 3BW4A 3STFA 4OV4A 1AMKA 3EX4A 3B06A 2H8ZA 3QRHA 3L67A 1W8SA 3M5VA 2R14A 2XFWA 3O16A 4YWIA 1VCGA 3EWWA 4DF2A 3NVTA 4NUWA 1ZY9A 3GB6A 3L0KA 3O6YX 1TCDA 1A53A 3W88A 1FXPA 3TXVA 1KFBA 3C2FA 1EPXA 4CQ9A 1YTKA 2HS8A 5C2XA 2EHHA 3KXQA 2WSQA 1PIIA 4AAJA 1FCBA 3CC1A 1A5CA 1TPB1 3BVJA 1ZNNA 5LNSA 1GWJA 3B03A 3UWZA 1TSIA 2NX9A 3P7YA 4UCGA 4A3UA 5C5YA 5DN1A 5E1QA 2VKZG 4UMCA 3UWQA 5FEXA 3PBWA 2YX0A 3QZEA 1OFOA 2WOQA 5CKSA 4TO8A 1FCVA 4EIVA 1KFCA 1LOQA 3OEXA 1HFBA 3JRKA 5F2MA 3G1AA 1F05A 2E09A 3NQGA 1G7VA 3LXAA 4LS0A 4MYXA 3EWZA 2VFEA 4OT7A 3STCA 4IXXA 4JYEA 2VFDA 1UUOA 3B8DA 3LGEA 2JKEA 1TV7A 3PULA 1D3HA 5D2TA 4RK8A 4UXDA 4JTLA 1SZNA 3F4NA 1KM5A 1FBAA 4EOUA 3G1XA 2QUTA 3OBKA 4DPQA 1EUNA 4PODA 4KKXA 2DP3A 3CIXA 4DPPA 2QCFA 3GDRA 3PSWA 2VXNA 1VGAA 1YDNA 5LSMA 3LTYA 3LI1A 3EX2A 4N9DA 3DZ1A 4JDBA 4NNBA 2QEZA 2F84A 3TSDA 1FWNA 5HUPA 3EWBX 4RR4A 4XQ6A 1W5NA 3Q94A 4O50A 1G67A 3HGRA 3HIJA 4Y90A 5AYXA 3PG9A 1IXNA 3TQKA 2ZZ3A 4KFNA 4N4QA 1SU5A 5SWUA 1QPNA 3QQ1A 3NQVA 1H1ZA 3BG3A 1BTMA 1W3IA 4A22A 4UTLA 3O6DA 3TR2A 3G0SA 1QMLA 1JULA 1F7BA 2QUUA 4N9BA 5F2GA 3NPVA 3DHFA 1R46A 4OV9A 1TPVA 2VENA 2CW6A 1RQEA 3VCRA 4KFPA 1R2TA 1F2JA 3S5NA 3OVPA 3A22A 1DV7A 5G1YA 5HNRA 1P5BA 2V2CA 4WY0F 3NZRA 3SY5A 3I7RA 4FX6M 3W72A 2V30A 4GBUA 3I6RA 1PVNA 2QJHA 4K7VA 5E0KA 3GR7A 5K3VA 1YLVA 5FF4A 3LCXA 3TUUA 3W87A 1ZAIA 3UWYA 3TXZA 4NXSA 1FCQA 3TSMA 3L66A 5T26A 3T40A 1OX6A 4HSOA 1QO5A 1LLWA 1GVRA 4FX7A 1ME9A 3EEGA 7TIMA 3HJZA 2C15A 4L4LA 5D02A 2YYTA 3NOEA 1O5XA 1ICQA 3DFSA 1ZCOA 4ADTA 2GVJA 2GQ8A 3R89A 1XXXA 3TNOA 5LZLA 4N2YA 1LRTA 2GPTA 2WSYA 1KTBA 4XWUA 3W7LA 4FHAA 1KFEA 3R5EA 3TMLA 2VEMA 2JBMA 1SO4A 5J5DA 1XM3A 8TIMA 3NQEA 4XUGA 4LW7A 2G96A 2QCDA 2A4AA 1H50A 1W3TA 2GOUA 3DH7A 3FEMA 4AHQA 3CEPA 1ICPA 1TYGA 5EA9A 4Z1BA 3NQAA 4IMFA 3O06A 4ZZ9A 4MUZA 3MBDA 3IIZA 2V9DA 4AH7A 3HG4A 3P80A 4UMBA 4HPXA 3CM4A 4AF0B 3P74A 4TIMA 2FTPA 3W7EA 4UTWC 1B9BA 2NX1A 5D38A 3RLVA 2PE4A 3PB2A 2I1OA 4JTHA 5CZJA 5F4XA 3C4UA 1GVQA 4FNUA 1W5MA 5I3JA 3GDKA 2ZZ4A 3NL2A 3TX9A 1NF0A 4NNAA 1GOXA 3GAKA 3TH6A 1NF7A 5I3IA 2VEPA 5HINA 4CQAA 3QPZA 1FY6A 2C6QA 1I45A 3G8EA 4O1BA 3MO7A 3DBPA 3ELFA 5LHEA 2WNZA 2YGYA 2B0MA 2OMAA 2Z1BA 3GXPA 3E02A 3MUXA 2X30A 3O05A 1H51A 4O53A 1LZOA 4N4PA 2HTMA 4LVAA 3OVQA 4FNTA 5DCDA 4E2DA 5C6MA 2C14A 5H91A 2YSWA 4QITA 3C2OA 3PUDA 2QCGA 3NEVA 2V82A 4UFJA 1TTPA 3TU9A 2QCMA 2DZVA 4Z08A 4X9SA 1LBFA 3RNDA 2NUWA 3GNDA 5U7SA 3QC3A 1DORA 1BKSA 3N19B 1VPXA 1KM6A 2TRSA 4IX2A 4JNMA 5IM51 1MSSA 2DU2A 5HWJA 5K7JA 1XL9A 4NX0A 4ML9A 1VS1A 2YXGA 3L2IA 1A50A 3R13A 2E5CA 4ZQMA 4AHOA 5HULA 4HNVA 2FQIA 4JXCA 1P0KA 2ABAA 3HPSA 5KZMA 4O0KA 4XBSA 3LLDA 4JTEA 2QCNA 4Z1CA 3W7RA 2ZTJA 3N2MA 4RXGA 4H4IA 4QQ3A 2BLEA 1RV8A 2GVLA 2CLKA 4IPJA 3C52A 3SW6A 4LV4A 1I2RA 5LHFA 1LROA 4K8EA 5F2IA 3W7GA 1OFAA 5HR6A 3LHTA 3T55A 1PHWA 1IF2A 3DI0A 3CWNA 3N34A 4LS2A 1SW3A 2Z2UA 3TJXA 3A23A 3FA5A 4NT0A 4IXHA 2FDSA 4UC5A 3W7CA 3LHYA 1TB3A 2ZFAA 3TCEA 2VOMA 3W7HA 5EMUA 3M5ZA 3NXFA 5FF2A 1LP6A 1PV8A 3PB0A 1BWLA 1WOAA 4JTUA 4RKAA 3GDMA 1ME8A 3CLMA 3PBYA 1R2RA 1JQXA 4NJKA 2Y6ZA 3SSJA 3FS2A 4JY8A 1H7RA 4ICNA 1OYCA 3RFAA 1NFBA 1GVOA 3S5ZA 3QPYA 3LB0A 1XBVA 1QPOA 3S9YA 1YDOA 1GJPA 4HNNA 4DO5A 5AHLA 3LRMA 4XBKA 5EBUA 5AOUA 4LV9A 4MVAA 1VLIA 2V5LA 2H3BA 3PVFA 3N9RA 1D3GA 3CEUA 3WK3A 1SR9A 3R12A 4IMEA 1PE1A 1SO6A 2A2IA 1ADOA 4MPQA 4O11A 3W71A 3EKZA 3TE9A 2QJIA 1FDJA 1WYIA 1S5TA 3LM7A 4NQ1A 3NL5A 4QM1A 1VCFA 3GIYA 1LRNA 2E5DA 2Q3OA 2JKAA 3DU0A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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