3G1YA

Crystal structure of the mutant d70n of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with sulfate
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
218
structure length
204
Chain Sequence
RVDVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIANFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPRPERLSRLREIIGQDSFLISPGETLRFADAIIVGRSIYLPAAAAAGIIESI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
total genus 69
structure length 204
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2009-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3g1yA00
1MEHA 1ZJIA 3R2GA 4BK9A 1ZALA 2YZRA 4AXKA 4LRTA 4O1DA 2ZDRA 3RNDA 5LNWA 2ZZ5A 4O10A 3S6DA 4U4MA 3EKLA 3CEUA 1JCNA 1G4PA 4NQ1A 1C8VA 3B0PA 4GJ1A 3DHDA 4POCA 1IXPA 3W2NA 3R13A 3MP5A 2Y89A 4CNNA 2QUTA 3W7QA 2PE4A 5D2YA 3S9YA 1THFD 4RLIA 5DN1A 3S1VA 4A2RA 3LHVA 3HJZA 4OT7A 1QOQA 5AN7A 1XFBA 1MXSA 1KW1A 3KVKA 2Y7DA 1KV8A 1VGAA 4ZQCA 1GVSA 2B7QA 2ABBA 1F7BA 5HQEA 4BI6A 4Y96A 3TC6A 2DZSA 3GK0A 1YDVA 1SFJA 2FJKA 3UQNA 1VYPX 4D2JA 1YXCA 2RDWA 4IX0A 4N2YA 1OVDA 5KZMA 2V8ZA 3PG8A 1AMKA 1YDNA 3G22A 2VEIA 2YR1A 3M5YA 1W3NA 3A21A 3S8HA 2RHGA 3A9IA 4UTLA 4NJGA 2RFGA 3QPZA 1HFBA 1NF0A 3KVMA 5DELA 2I1OA 2PCQA 3VI2A 5AYXA 1VRDA 3ZS4A 5CPOA 1QDSA 1TYGA 4MVAA 2XN1A 3LOTA 2Q3OA 1FWSA 1CX9A 1SFLA 1OYBA 1PS9A 5AC6A 3C2EA 3W1PA 4OV9A 2VXNA 3LHUA 2QKFA 3LCGA 4O1BA 5BOOA 4GFSA 3KX6A 4QIUA 1P5BA 4XTDA 2ZFAA 3DFQA 2NX3A 3LTPA 2GQ9A 3RLUA 4A3UA 1TRIA 3W7MA 3M47A 4OBTA 6TIMA 1XC4A 3GAYA 3CU2A 3CHVA 4NJKA 4QQ3A 1G6CA 2YXGA 1YXYA 1W5QA 3QF0A 4MIMA 1O5KA 4C1KA 3MI3A 4YL2A 4RJEA 4O18A 1RPXA 1W1ZA 1P0KA 3TJLA 3NEVA 2GVGA 2X1RA 1FDZA 2QCGA 1XBZA 3T44A 1F74A 4JD4A 4N9BA 4N9CA 1VCGA 4FB7A 1EP3A 2WNZA 2E6FA 5TBOA 1VPXA 4RX0A 4KKXA 3NXFA 3KOFA 2QUVA 1GVOA 3BO9A 1JVNA 4WZHA 1U83A 4A22A 4Z0SA 2CZ5A 3G8RA 4S2CA 4TMBA 5AC8A 4RK8A 5KMYA 3OHIA 2R8WA 2Y85A 1KTNA 3W2LA 1GVQA 1O4UA 4MYAA 4UTMA 2YYTA 1OYAA 3JR2A 3BGJA 3H53A 4BR1A 4PODA 4CNOA 1BEUA 2WNNA 3N9SA 2WO5A 1QR7A 4UTHA 1M7OA 4UFJA 2BZNA 4XUGA 2VFGA 3PM6A 1I4NA 3NAVA 3C6CA 4CCCA 3GDRA 5I3FA 3TXZA 5DY3A 2A5HA 3LRKA 2G97A 4H3DA 3G3DA 3G0UA 1OX5A 3NA8A 3SI9A 3O6DA 4HPXA 1XUZA 3B4UA 3KRUA 2VFEA 3MYPA 1YLVA 3P7YA 3M5VA 3UY7A 4NU7A 3C2FA 1PCWA 1LBFA 5AFDA 1XBYA 3MMTA 1PVNA 4LVGA 1JULA 2H3DA 5D30A 5DY2A 3WK3A 1WXJA 2DZTA 1XDMA 2G96A 1SW7A 3TUUA 3W07A 5ABTA 4JTIA 3B04A 5CPLA 5HJLA 3W84A 1KM2A 4KWVA 3P8JA 4TMCA 1UASA 1BKSA 1Z41A 4O54A 1JRCA 3TC7A 4TR9A 1LBLA 1ALDA 5HULA 4JTSA 3UWVA 3GDKA 1Q6QA 1TPH1 3W1QA 1F6KA 1GTEA 1OK4A 5EPDA 3DKJA 3S5YA 3KVLA 1TPFA 1ME8A 5E1QA 1JCYA 4AMAA 1SR9A 1A50A 1T96A 1WA3A 4JYEA 5CSSA 2V81A 2Z0IA 1F6PA 2YDAA 2YFOA 4NNCA 1QOPA 3OVPA 5AYZA 3W7IA 2E6DA 3NZRA 1XI3A 2IQTA 3DKLA 3F4WA 4MZ1A 5G2IA 5LNSA 2CLKA 4DEFA 1WQ5A 1XCFA 5DBTA 1D3HA 3N2XA 1N8FA 4S1FA 5EMUA 3W7JA 3IRDA 1TMHA 3NNTA 4FX8A 4JTJA 3EWWA 5AOUA 4JTKA 1OK6A 4O12A 4CNPA 1FWNA 2QCFA 3LV6A 4TU1A 4Q32A 1SPQA 3NL3A 1C9DA 3EWXA 3AJXA 1JUEA 1K02A 3GAKA 3PC0A 1OFBA 1VYSX 1A53A 4MY1A 1QPNA 1D3GA 4N6FA 2ZYFA 3NOEA 4DO6A 2FPVA 3O16A 3FYOA 5C6MA 3GKFA 2ZRUA 3DFOA 3GDLA 4DF0A 4GUGA 3IIPA 3E49A 3LX9A 1VS1A 1J2WA 4XBKA 3HB9A 4YXGA 3S0CA 3LLDA 4WXZA 5DBUA 3T4CA 1PHQA 1EX5A 4R53A 4RZ5A 1SO5A 3TROA 3P82A 1ZAIA 2G5WA 1VYRA 1YADA 3L68A 4WQ6A 4RZ4A 1TO3A 1S3HA 3DAQA 2W0UA 3FKKA 3K30A 3KHJA 3M5ZA 4YLWA 3SZ8A 4EF8A 2AGKA 4L4MA 1PHWA 5J5DA 4N4PA 3MBDA 3NVTA 3W88A 1HUVA 1ZCOA 5F2MA 2ZZ3A 4IPJA 4UTIA 3PUEA 3W2MA 3LCIA 3O07A 1M5WA 1KLZA 2BXVA 3UNDA 3S1UA 4FIRA 2J9YA 1TJPA 1RV8A 1L9WA 2YSWA 4JYFA 3LHYA 2WNQA 3PWAA 6ALDA 4UNLA 2VEKA 5LNRA 2Y7GA 2CLFA 4K39A 2P1FA 2QCDA 2V30A 2OT0A 3L21A 3MHGA 5IM51 3MI2A 4GWEA 3O1NA 4MOZA 4FNQA 3DH7A 2LLEA 1G67A 1LZOA 1ZFJA 2A85A 3ZWTA 2P10A 1I2OA 3L5AA 5U4NA 4FXRA 5AHFA 3PG9A 3O05A 1JCJA 1XXXA 4K8HA 3C4UA 1JR1A 5D03A 3M5XA 2YW4A 3WK0A 5C5YA 1QFEA 2H8ZA 4LRSA 1V7YA 2VC6A 4IX2A 2JBMA 1OJXA 3NL6A 3FOKA 3RU6A 4UFMA 1LRQA 2NX1A 3IV3A 3CQ0A 8TIMA 2CLLA 1VZWA 5LHEA 2V5LA 1I2PA 3S5OA 1TSIA 4LUJA 4M6QA 1R2RA 1W5OA 5DCDA 4ONVA 1TPC1 2NV2A 1ZY9A 2ALDA 1WYIA 2BTMA 1NEYA 1KLYA 4O1CA 1IXNA 3W83A 2GPTA 4Z0JA 3MP3A 1OFEA 4UNKA 4LV9A 3W1AA 4AHQA 1LLWA 2DU2A 1FDJA 5EL1A 3IGUA 5AHEA 3BW2A 3CM4A 2OJPA 2ZRVA 3W7GA 3PBUA 4Y6GA 1YYAA 2A0NA 2E77A 2A7RA 1WOAA 3W87A 1OFRA 2GJNA 1KV5A 1W5MA 4PCFA 2BX7A 1QWGA 3QMTA 3MWAA 2X1SA 3C2OA 1GEQA 1Q3NA 1A5AA 1TPVA 4Z1CA 1LRNA 3RK8A 3QSTA 1KBIA 3LBMA 4RCXA 3C2RA 3UWYA 4O19A 3TSBA 3OBKA 3TQ0A 5HR7A 2XFWA 3F4NA 1KFLA 1XUUA 2NXGA 1TTPA 2CW6A 3L0KA 2GVLA 4GBUA 4LNYA 2QCEA 1FX6A 1WDWA 2ZCGA 4NX0A 3QMRA 3THAA 4MKNA 1L2UA 2H90A 3G1AA 5KSWA 1HO4A 2WV8A 1MSSA 3LTYA 3NM3A 4FNPA 1DBTA 1V5XA 3L0NA 4UTTA 5D38A 3M9YA 5LKYA 2B4GA 2DZVA 2B7PA 5G1YA 2DJXA 3TFXA 3LB0A 3O6YX 4BWLA 2BLEA 4AF0A 3MW7A 4MJMA 1H1YA 1KM6A 2QCCA 4M7TA 1DQWA 1DVJA 3TX9A 3W73A 2CLIA 4HNVA 3JRKA 3P62A 2B7NA 4N4QA 4NNBA 1T99A 3HBLA 4IJBA 1ICPA 2X1TA 3LRLA 4OE7A 2AAMA 3W2JA 2R14A 4Z1AA 3E9AA 2CLMA 4UFIA 3NR0A 5CSRA 4HNTA 1SW3A 4JTHA 1E51A 3P80A 4HN4A 1OX6A 3FFSA 4R33A 3R89A 5D02A 5EY5A 3SW6A 4UFKA 3N3MA 3THQA 1ZNNA 1B3OA 1I45A 5AHNA 4Q4KA 1PIIA 3SY5A 5HWMA 2JGQA 2ZRZA 4HNNA 4QITA 5K9DA 4LT9A 2BSLA 3N34A 3FJLA 5LGZA 2EPHA 3BLFA 3P61A 3WJWA 1EP2A 3SGZA 1RQBA 3NG3A 2W79A 1H63A 1BWKA 1H7WA 1VJIA 3S1WA 2QJHA 2WSRA 4AWSA 3GDMA 4H6KA 2GQ8A 4BFAA 1F05A 4E2BA 3UWZA 3UWQA 3A5FA 3I68A 4O4WA 4A21A 2J27A 3LHTA 3Q94A 1PE1A 2PRLA 3FKRA 1UB3A 2TSYA 3FS2A 2FIQA 3PSVA 4JDYA 3DU0A 3TXVA 1NF7A 4IXXA 4O11A 4WXYA 1ADOA 2Y7FA 2QUUA 3TMLA 1NSJA 2Z2UA 3L2IA 4NX5A 3STGA 5D2TA 1F76A 1K7EA 3LXCA 5FEXA 5F1VA 3B0UX 3IEBA 1L6SA 3QC3A 3W7HA 1C29A 2I9EA 1GQNA 2E6YA 4XTIA 3L67A 4UMCA 3W7KA 3WJZA 4YMZA 3TSDA 4Y90A 1BTMA 4UTKA 1JQVA 2TMDA 1M7PA 4ORIA 1IXOA 3MO7A 1CW2A 2QAPA 3DFPA 1FWTA 4LC6A 1LTDA 1RD5A 1X7FA 3CEPA 4IMCA 4K8EA 1N55A 3GXNA 1PV8A 4O0ZA 4ZQNA 3PSWA 1W3IA 3NQMA 3EWUA 3GR7A 1VHNA 3V1PA 1FWWA 3MHFA 2EGZA 3NO5A 1W0MA 4R7JA 4JGDA 3QMSA 1WBHA 2J6XA 3UD6A 1X1OA 4MUZA 2QR6A 3UYCA 1KM5A 2E1DA 3L0GA 2E5CA 5DCEA 1B4EA 3LHWA 4CQ9A 4DELA 3GZ3A 5HUOA 1OF6A 2D73A 1SSGA 2W6RA 4FNTA 4H4IA 3QSRA 3LV5A 4DO4A 4UTWC 3NL2A 1T0OA 1S5WA 3NDOA 1SO6A 3BW4A 4IMEA 2C3ZA 4E0CA 4OGZA 4FXSA 4PH6A 2X2GA 4Y9AA 1IXQA 5LNVA 1K7FA 3OEXA 3M41A 1HG3A 3O15A 1EB3A 4S2BA 3BPWA 2DZPA 1NAL1 3H55A 2E09A 2QDHA 3G0SA 2HTMA 4EVZA 3HPZA 2RDTA 4DXVA 3HG4A 3NPUA 3M44A 1DKWA 1H61A 2GUUA 1W54A 4DPQA 1GT8A 3SGUA 1OX4A 1AW1A 1O5XA 1YXDA 1X6UA 3MJYA 2C13A 3NQEA 2HS6A 2R94A 3G8EA 1GZGA 3W6YA 5G2HA 2EHHA 1H7XA 4X22A 4FNRA 4M5PA 4E2DA 3IGSA 2E68A 3DFTA 1G4EA 4OU1A 4YWIA 2UV8G 3LI0A 1OYCA 1TV8A 5HINA 2EAWA 1I2RA 2FB3A 5SWUA 5I3HA 3EX4A 1VHCA 1FCVA 1FWRA 1W5NA 3O8AA 3DXIA 2WPBA 4AAJA 3GNNA 3W7CA 2V82A 3W71A 2WOQA 3PBYA 5G4EA 1MEIA 3W22A 1EEPA 3QQ0A 1ONRA 2E5BA 2FB2A 2NUWA 1TPEA 4NZFA 1FXPA 3TMQA 3Q58A 1NVMA 1R46A 3B06A 2V2CA 5CG7A 2DJLA 1EIXA 2X30A 2FDSA 3UWUA 4NZJA 1FCQA 3EB2A 3G1VA 1LOLA 3QH2A 3TKFA 5EYWA 4ORMA 1A5SA 5AYYA 3W1XA 4CQAA 3GR8A 2GJLA 4MYXA 3NQ7A 3SR7A 3QYQA 1RQEA 2J9ZA 1MO0A 4BF9A 5HMSA 3E0IA 3UXDA 2FPTA 2C16A 4OWGA 1SUXA 1G7VA 1RQHA 2V2DA 1H7PA 3PULA 2CFFA 1NFBA 3QPYA 3NQ8A 4JY9A 1A5BA 3OVRA 2JGYA 1VCVA 4W9TA 4LVDA 2VFHA 4RXGA 1XDLA 4WY0A 1LOSA 4UFLA 4FO4A 1GWJA 4UC5A 3TA6A 1GJPA 3GYEA 3W74A 5DXYA 3L65A 2NXHA 1G69A 3QM3A 3PVFA 3DI0A 3QZEA 1L6WA 3LRMA 3C0JA 4KFPA 3CWNA 1ICQA 3VFLA 1JUKA 3P84A 3TDFA 1G7UA 1GYLA 1OFOA 4JS3A 1VQTA 3W1UA 3BARA 2ZZ4A 3U8GA 3HQ1A 3LDVA 1TCDA 2C14A 1H5YA 1QCWA 1TV5A 3G1SA 3GIYA 1MEWA 3ZWSA 2VENA 2PC4A 3NGJA 5AHLA 1GPWA 2JK2A 3SECA 4ZMGA 2XN2A 4LU0A 4N6EA 2Y88A 4K38A 3HPSA 1OG0A 3CPRA 2ZZ1A 5HWJA 4WX2A 3MI6A 3TSMA 4MPQA 3S42A 3FJ6A 4MLJA 2DZXA 4BI5A 4P61A 2C6QA 2HMCA 3OIXA 3EWZA 4N9EA 3TAKA 1Z44A 4JTFA 3BG5A 1KM0A 1ML1A 5G2WA 3G3MA 2A1YA 3TK7A 4XKYA 5KITA 3KVJA 3PUOA 3DHFA 3G24A 3GX9A 4UTJA 1LCOA 3EX1A 1UBSA 1OFDA 4BI7A 2CLHA 3EWBX 3NQCA 3G18A 3QJAA 3LXBA 2PRMA 5C55A 4M7SA 3DI1A 1I8JA 4AEOA 1TPUA 4KFOA 4YCPA 1H7OA 1Q6LA 1DV7A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1YRR A;  4R5E A;  2J8T A;  2WBG A;  2BOF X;  3GQY A;  4V2X A;  1I0B A;  5C7H A;  1UH2 A;  4C7D A;  4M8U A;  1W3H A;  5LNW A;  3SCN A;  2UY3 A;  4O10 A;  4REQ B;  3S6D A;  4IGN A;  5DT5 A;  4KMQ A;  1JCN A;  3SEP A;  2G8Z A;  3DHD A;  3W2N A;  4DX3 A;  3MP5 A;  2QUT A;  3W7Q A;  1THF D;  1GOM A;  2OLA A;  1GVI A;  3A3W A;  4GVH A;  4PSP A;  4OT7 A;  1C92 A;  1QOQ A;  2WVV A;  1KR0 A;  5DQP A;  3QY8 A;  2XVP A;  3AMG A;  1KW1 A;  5D9N A;  1W1B 1;  3CK5 A;  2Y7D A;  1RHC A;  1Q65 A;  4L7Z A;  1KKR A;  2ABB A;  3K46 A;  2YLL A;  3AUO A;  2OSY A;  1W9B M;  4Y96 A;  3L4W A;  2XYL A;  3CB3 A;  1GOO A;  1PBG A;  4P8U A;  1QK2 A;  3UQN A;  1JZ6 A;  1YXC A;  4RUB A;  1B3V A;  4C5Y A;  4N2Y A;  4AX6 A;  3OGR A;  3TQP A;  3G22 A;  1S2T A;  2VEI A;  4IIF A;  3EA3 A;  2YR1 A;  5I2U A;  3A21 A;  1QNR A;  2RHG A;  4P8X A;  1J96 A;  3QPZ A;  2VI0 A;  4LUY A;  3ZMR A;  3VI2 A;  2BDQ A;  4GA8 A;  5AYX A;  1KRC C;  3ZS4 A;  3NDY A;  2I56 A;  4HHH A;  1JZ8 A;  2BB0 A;  1FWS A;  1CX9 A;  2DSU A;  2Y8V A;  3LPG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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