3GAKA

Structure of giardia fructose-1,6-biphosphate aldolase
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
321
structure length
290
Chain Sequence
PLCTLRQMLGEARKHKYGVGAFNVNNMEQIQGIMKAVVQLKSPVILQCSRGALKYSDMIYLKKLCEAALEKHPDIPICIHLDHGDTLESVKMAIDLGFSSVMIDASHHPFDENVRITKEVVAYAHARGVSVEAELGTEPQDAKKFVELTGVDALAVAILAIDRVKTISDLTGIPLVMHGSSSVPKDVKDMINKYGGKMPDAVGVPIESIVHAIGEGVCKINVDSDSRMAMTGAIRKVFVEHPEKFDPRDYLGPGRDAITEMLIPKIKAFGSAGHAGDYKVVSLEEAKAWY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Lyase
source organism Giardia intestinalis
publication title Structural insights into the substrate binding and stereoselectivity of giardia fructose-1,6-bisphosphate aldolase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Fructose-bisphosphate aldolase
total genus 101
structure length 290
sequence length 321
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date 2009-02-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01116 F_bP_aldolase Fructose-bisphosphate aldolase class-II
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3gakA00
2C19A 2ZYFA 3P67A 3VE7A 4ZQNA 1Q45A 1SSDA 4JTSA 4FO4A 4MIMA 5D04C 4AVFA 3W7PA 4Z1BA 1VCVA 4MY8A 3HG2A 8TIMA 2QKFA 3R12A 1TPEA 3OHIA 5HMSA 3S1UA 1WQ5A 4L4MA 4CCEA 4CNPA 1EP1A 3UQNA 4HPXA 3M6YA 2QJIA 1G6CA 2DP3A 2QCEA 2V5BA 4GWEA 4IGHA 3W73A 4Q32A 4JYEA 3C8FA 1TTPA 1K8ZA 1F5ZA 5EA9A 1EP3A 5F2LA 2B0MA 4Z0JA 3GDTA 3BGGA 2B7PA 1XL9A 1FDJA 1R2TA 2J9ZA 3DBPA 3LCIA 2J6XA 3DXIA 2WNNA 3PWAA 2ABBA 3IIXA 3O6YX 4NZJA 5LHFA 1X7FA 4NX5A 4IMGA 3W3OA 3M5ZA 4W9TA 3VNDA 1FBAA 2B7NA 3D0CA 4BWLC 3I7RA 3NQ7A 3E02A 3TJXA 3P84A 1VHNA 4NJKA 3W70A 3EX1A 3KRUA 3PSWA 1O4UA 2QDHA 3U6WA 3W23A 4O1BA 4DF2A 2AGKA 4AF0B 1YADA 3HPZA 3L5LA 1WBHA 1MEWA 1TV8A 3L2IA 3PBVA 2E6AA 4NZFA 1DQWA 3HGSA 3PR2A 3LLFA 4HSOA 4JTKA 2O7QA 3FEMA 2UV8G 2EGZA 5AHNA 1A53A 5D2VA 5HQEA 2Y62A 1TPH1 2EPHA 3W1MA 4YCPA 3EX6A 4MUZA 2Y7FA 4K39A 1TQXA 3DH7A 4LV9A 3PUDA 2ZRYA 4IMEA 3GX9A 4YXGA 3NOEA 1NF0A 3NL6A 4NXSA 1FCBA 4UR7A 1LP6A 5DXXA 1Z44A 1VRDA 3S6DA 3WJSA 1EIXA 2Y63A 5FEZA 4Y90A 4EF9A 2LLEA 1G67A 3VI2A 4JIQA 4UTUA 4DQWA 5TBOA 5KZEA 1HG3A 2PRLA 4IXXA 3GR8A 2C3ZA 1J2WA 3M16A 3SFKA 3A5VA 1EWDA 2V8ZA 3W83A 1H7NA 1M6JA 4RX0A 3KAOA 3R2GA 3MI3A 5D2TA 4NJJA 1C9DA 2E5BA 5I3FA 4LUJA 3A24A 1VYRA 4LS1A 3PUOA 3S1VA 2QJHA 2J9XA 3CQ0A 1I8JA 3P8IA 5G2HA 3PG8A 3LM7A 1JUKA 4FNQA 5DCEA 3LRMA 5CPMA 1W56A 3INPA 5LNRA 3ELFA 3W2UA 2DZVA 3TQ0A 4JTUA 2ZTKA 2TPSA 4YLWA 1XBXA 4Z08A 3TQKA 2V30A 1KLYA 1W3IA 2TSYA 3Q94A 3NQ2A 1VZWA 4UTMA 1SFJA 3W1NA 5AN7A 3OBKA 1K7XA 3C6CA 2FFCA 1OX6A 4NXKA 4XWUA 1W0MA 1PS9A 2HMCA 3NPWA 1ZHAA 2CWNA 4EVZA 1G69A 2AQWA 3N2MA 1P1XA 1DORA 5LKYA 2ZDRA 5HWMA 1IXOA 3QQ1A 2DJLA 1GZGA 2A1YA 3P60A 5MHBA 1F2JA 3W1RA 1L6SA 4CQ8A 2PRHA 1F05A 1FXQA 1K7EA 1AMKA 4WOZA 5C2XA 1F74A 5SWUA 4O19A 2WQPA 1H1ZA 5CZ0A 2TYSA 4KWVA 2VENA 3NQCA 4MLRA 2J9YA 2H3BA 3LDVA 4LNYA 3LHYA 3P81A 3Q37A 4UFIA 3STEA 3TSMA 3BG3A 1SO3A 1TPC1 4ADUA 4IMCA 4IWWA 1LLZA 3FKRA 3SI9A 1EWEA 3STFA 3W2NA 3A22A 2ZCGA 3E49A 1DJQA 3NXFA 2VC6A 3WK3A 5LNWA 3ABQA 3HIJA 5L6UA 5KTLA 1ME9A 1EUAA 2Y88A 4WY0A 1KFKA 1H7PA 2GJLA 4A29A 5AOUA 3THQA 2CLIA 2ZRXA 1BWKA 3UWVA 4IX0A 4FXSA 5LHEA 4NX0A 4PA8A 3ABSA 3U2OA 1DBTA 1Z41A 2DZUA 2VFEA 4AWTA 5A8GA 4EWND 4PL2A 1KM3A 3QW3A 3O16A 4WZHA 3L0KA 5D02A 5F2IA 3IIVA 4PEKA 1DHPA 4OGZA 3TX9A 3L65A 4Z1CA 5AHFA 2Q3RA 5HJLA 4JNMA 3MP3A 3BO9A 2CLOA 3RMJA 3LCFA 3USBA 1HTIA 3FIGA 4KFNA 3EWZA 1Q3NA 3C0JA 4GUFA 4RLIA 3BLFA 4QAIA 3QPZA 1SPQA 2V82A 2X1TA 3OVPA 3NM1A 4FEZA 1CW2A 1W54A 3MHUA 3KOFA 2YCEA 6TIMA 1R46A 2WSRA 5CZTA 1I2RA 2X16A 4TU1A 1QR7A 2WSYA 3GAYA 3UY8A 1H5YA 5AC8A 2R94A 3W7QA 1LRTA 3I65A 3GB6A 4LVDA 3LBCA 1JUEA 3EWBX 3S0CA 1BWLA 5FEXA 3FS2A 4PFMA 1ZY9A 3AO0A 1OHLA 3W7GA 3LCXA 1AG1O 5CPLA 2AAMA 1S3HA 2CLKA 1MXSA 1S5TA 3RK8A 5I3KA 5BOOA 3GAKA 3TKFA 4XKYB 2R8WA 3C52A 3BK0A 3MP5A 4MZ8A 3BARA 2JGQA 1LRQA 3S42A 2PE4A 3W22A 3W71A 1RPXA 4BI5A 3KVLA 3QH2A 4JTGA 2QUVA 4WJEA 3LV5A 3BW3A 2P0OA 3HPXA 1QWGA 3W7KA 4O13A 2NXHA 1ZNNA 5DCBA 2ISSA 1PHWA 1SW0A 1ZENA 3NGJA 3UZ5A 4FNPA 1VHCA 3B05A 4M6VA 5DCDA 2BTMA 3HG3A 4NT0A 2ZZ2A 3W7NA 4A2SA 4JGDA 4BI6A 4GRSA 4B5NA 1WDWA 3RLUA 3M9YA 1L6WA 4QIUA 4KFOA 4JYFA 3G3DA 1H60A 1XKYA 4E0CA 2VFHA 4JICA 4DO4A 1GVFA 3KVKA 3KFTA 1O60A 2RDWA 2ZFAA 3LHZA 1EA0A 2QCMA 3W1PA 5F4SA 2Q8LA 5BW6A 1SZEA 4GUIA 3QRHA 2FPVA 3FKKA 3THAA 1DKWA 3TQVA 1OFDA 4I7VA 1A50A 4DEFA 4DBEA 1KV5A 1GG1A 3HPSA 3TDFA 3DHDA 2HTMA 3N9SA 3PS7A 3EKZA 1SZFA 3HF3A 2E77A 2H8ZA 4UFHA 2XN1A 2Y6ZA 5AC6A 5DLCA 5LNSA 1XBVA 1UUMA 4S2BA 3TA6A 1FCUA 5EYWA 4ZVJA 4MJMA 3W88A 2RDTA 1K02A 3NZRA 1GQNA 1H62A 4MY1A 3NPXA 3FYPA 4K8HA 3LB0A 1I2NA 2XN2A 3NG3A 5C55A 3JR2A 1Q6LA 3QEZA 1XDMA 4FNTA 3LOTA 4L4LA 1W3NA 2YPIA 5FF4A 3GDRA 5DELA 4HNUA 4N9DA 2QCGA 3GDLA 3S1WA 3DFQA 3GDKA 1LZOA 3LGEA 1CI1A 1JVNA 5DN1A 1IXPA 1AK5A 3B04A 5A5WA 3W2LA 1YPFA 4M6QA 3TJLA 3GYEA 3M47A 4UTTC 1JJKA 4MVAA 4O1CA 4MOZA 4ADTA 3PG9A 3OEXA 1IGSA 3PUEA 5FI8A 4HPJA 3NO5A 5HULA 4UNKA 5CZSA 3RLVA 4DBDA 3Q2DA 1BKSA 2RFGA 3MW7A 1RR2A 3KRSA 3LCWA 4LTSA 4K8EA 3NAVA 2GVGA 4N02A 4UR8A 1W5MA 3QC3A 2GUUA 1X1OA 2Z1BA 3H55A 4H4IA 1GT8A 1N8FA 2ZA3A 1MEHA 3LI0A 4HT3A 1VC4A 1VCGA 3SW6A 3E96A 4UC5A 1TPUA 1OX4B 1FWRA 4GUJA 5ABTA 1KTBA 1AW5A 1VJIA 4AH7A 1I2QA 1P0NA 4XTIA 1SO5A 4UTHA 4U28A 5I3IA 3MUXA 3IVTA 3CTLA 3E12A 1RQBA 5KMYA 2QCNA 4NQ1A 4TMBA 3TAOA 1VGAA 3NQVA 4N9CA 1OABA 4QJ1A 2ZRVA 3MBDA 4AAJA 2B4GA 1KFBA 1MO0A 3IIPA 4Z1DA 2G96A 3EEGA 1OFPA 3SJ3A 3G3MA 2CLHA 4O12A 4ZQOA 4OHQA 5FF3A 1DJNA 1QAPA 3PBYA 4ZQRA 2X1RA 5G5IA 3N19B 1TJPA 3PSVA 4TIMA 3LXCA 2ZRWA 3Q58A 1JQVA 3UWQA 3NDOA 4WQ6A 1X6UA 3M1ZA 4O52A 1WOAA 3TW7A 1FCVA 5KITA 5D2XA 1XI3A 1KV8A 1GVOA 1WA3A 1OVDA 2YFNA 4JR5A 3GIYA 1W3TA 3BGJA 4O15A 1R30A 3L5AA 4UMBA 3KX6A 3FJ6A 1KM1A 3UYCA 1NFBA 2YSWA 4N6FA 3STGA 1TREA 4TO8A 3TV8A 4CCDA 3B0UX 1QPRA 2VFFA 4GUHA 3NQMA 3RNDA 4M6PA 2W79A 3W6YA 3O07A 1VH7A 3DHFA 3EWWA 3HOJA 1UB3A 2ZZ7A 3WK0A 3W1LA 1YDNA 3GLCA 2VOMA 1SSGA 1H1YA 1PE1A 1H7WA 2FLIA 2ISVA 2X2GA 3W9ZA 1KBIA 2BX7A 1LOLA 1QCWA 4LU0A 1EB3A 1AW2A 1G7VA 4N4PA 5DY3A 3HJZA 5FF7A 3C2EA 3IGXA 1R2SA 2YW4A 2NX3A 4CNOA 2A5HA 3A21A 1Q6RA 5CG7A 1KFEA 3LHWA 2E1DA 4MFDA 5BNKA 2CZFA 4Q4KA 4UFKA 2O7SA 1H63A 3GVGA 4FB7A 4LVFA 2NXIA 3ZWTA 3KVJA 4O50A 3L68A 1IIGA 3FJLA 4UXDA 4WD0A 2VEPA 2CLLA 2JK2A 1PIIA 1THFD 3W7RA 1XUZA 5T26A 1GVRA 2F7FA 3MHFA 2XFWA 1ICQA 4DO6A 1RV8A 4JDBA 2Y7DA 3EWXA 1FWWA 2JBMA 2QCFA 3G1VA 3PB2A 1GPWA 1XM3A 4TR9A 1VQTA 1HO1A 1H50A 3TC7A 4ONVA 5FF2A 4WXYA 4RZ4A 3PY2A 5K4XA 1LTDA 3DFSA 1HO4A 2HSAA 1C29A 3GNNA 4A22A 3IV3A 3QSTA 3NNTA 5G4EA 2Y61A 2WJZA 5HUPA 4HHPA 2FQIA 2BZNA 4ALDA 3ATZA 4M19A 2G5WA 3O8AA 3IVSA 2C15A 1OK6A 1P4CA 1EX5A 3R5EA 4XBKA 4AHOA 3UD6A 1G4SA 4OBTA 2Z6JA 4NJGA 3QMTA 1TIMA 1D3GA 4CQAA 3W76A 1GWJA 2Y7GA 1UASA 2Y70A 3ATYA 7TIMA 2VKZG 3DAQA 1E51A 2P10A 3N3MA 4UMAA 3LBMA 4JY8A 3N9RA 4K36A 1GJPA 1GEQA 1BTMA 3QQ0A 2QAPA 1AW1A 3BLEA 3DFOA 2ZZ6A 4DXVA 3M5YA 3C2RA 3FOKA 3C2VA 1J4EA 1TO3A 4IOTA 2ZRZA 3W7CA 3QMSA 5U4NA 1YTEA 4JTLA 3NQGA 3W7HA 5H91A 3I7SA 4AHQA 5J5RA 3RU6A 2VELA 2X1SA 4MLJA 2YZRA 2QF7A 3PBWA 2E6DA 4E2DA 5F2GA 3LTSA 5IM51 2E68A 5LSMA 3TNOA 1Z42A 4LRSA 3LTPA 1V5XA 2EF9A 1O95A 2PCQA 3TFXA 1LOQA 3BG9A 3PAJA 1YYAA 1OF6A 2ZTJA 4HIBA 4Z0SA 3WK2A 5AHLA 2QEZA 1OFOA 1TPVA 4WOQA 2WSQA 3PVFA 3BVJA 3NQAA 4RJEA 1QDSA 3SY5A 2QCHA 4JY9A 2QUUA 5E93A 2A4AA 5DXYA 3TSBA 3CEUA 1PL9A 3R89A 3CHVA 4R33A 1JR1A 5K3VA 2WO5A 3LCHA 4H6KA 1P0KA 5EL1A 1EP2A 3R13A 5AHMA 5C54A 4GUGA 4GNJA 3F4NA 4N2YA 4O17A 1G7UA 4AWUA 2J88A 3PF3A 3EB2A 4WX2A 3GXTA 1D9EA 1NEYA 4IQLA 1OK4A 1M7PA 1ZAHA 3NEVA 4P2VA 3P7YA 5KZMA 1SZGA 5C6MA 4FHAA 3W84A 1LM1A 3EXTA 2ATMA 1IF2A 5K9DA 1L9WA 4NNAA 1HFBA 3MP4A 3C4UA 5AC7A 1TJRA 1ME7A 1UBSA 4BWLA 1I2PA 3LHVA 5TIMA 1KFJA 3LV6A 5G2WA 1OFRA 3WK1A 4WY0B 1DQXA 3QSRA 4KKXA 1KTNA 1FDZA 3VCRA 4MZYA 4JTFA 1W5QA 1TPFA 2J24A 3NPUA 3ZWSA 2VFDA 3VE9A 3V1PA 4PL1A 3B4UA 1Q6OA 1A5BA 4E2BA 3BG5A 4DPQA 1T0OA 1KM2A 4BK9A 1TPB1 3W86A 1QFEA 3W75A 4JXCA 2YR1A 4OQVA 2NV1A 3P5YA 1H7RA 3N73A 3CIWA 1JCJA 5D33A 2EAWA 3CIXA 3AJXA 1WOBA 2DU2A 2GQ8A 3EX3A 1O5XA 1RQHA 3WJYA 4FNRA 5H2ZA 2FDSA 1QO5A 4G1KA 3LRLA 3BPWA 4ZL1A 2WV8A 3N2XA 5D2WA 5E1QA 5U7SA 4QNWA 3CM4A 3QZEA 3HB9A 3EX4A 3TE9A 3LI1A 4I7WA 4LT9A 4OWGA 1G4PA 3EKLA 4UFMA 5FF0A 1FX6A 4UMCA 4O14A 3S5YA 3RFAA 5I3JA 3BV4A 1LOSA 3OA3A 2DZTA 4FX6M 5AHIA 5BMWA 5D03A 3G8RA 1PCKA 3C56A 1A5AA 1JRBA 2WKJA 2DZSA 4K38A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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