3GDL | Genus

Total Genus 98

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	98
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	TYKERAATHPSPVAAKLFNIMHEKQTNLCASLDVRTTKELLELVEALGPKICLLKTHVDILTDFSMEGTVKPLKALSAKYNFLLFEDRKFADIGNTVKLQYSAGVYRIAEWADITNAHGVVGPGIVSGLKQAAEEVTKEPRGLLMLAELSCKGSLATGEYTKGTVDIAKSDKDFVIGFIAQRDMGGRDEGYDWLIMTPGVGLDDKGDALGQQYRTVDDVVSTGSDIIIVGRGLFAKGRDAKVEGERYRKAGWEAYLR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags	Lyase
source organism	Saccharomyces cerevisiae
total genus	98
structure length	257
sequence length	257
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2009-02-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3gdlA00

1OF6A 4LW7A 3IVUA 3W7IA 1YTKA 2W6RA 5BMWA 3BLIA 1K8ZA 3LXBA 2JKPA 1W3TA 1SW0A 4A21A 4WQ6A 4NT0A 2BXVA 1F6PA 4JGDA 2Z6JA 1HUVA 3DKLA 3S5NA 2PRLA 1XUZA 2YGYA 1EIXA 4MZYA 4Z1BA 2A6LA 2EAWA 3EWBX 4ADTA 1R2TA 1K8XA 3C2RA 3CT7A 3G1XA 4NU7A 4ALDA 3W7OA 4GXMA 4ADUA 3LB0A 4G1KA 3EKLA 3M5VA 3RMJA 2WSYA 2A5HA 1LZOA 4JYFA 4KWWA 4IMFA 1PCWA 4KKXA 5FEPA 3G8EA 2C13A 2VEIA 1X8FA 5D03A 3W7GA 1GG1A 3RLVA 5DY2A 3P5YA 1JUBA 1IGSA 3R2GA 1GVQA 7TIMA 2DZSA 3W22A 3CPRA 1S3HA 5HUPA 2WSRA 3L66A 4LC6A 1ZENA 4U4MA 1ME8A 5D2VA 4I9AA 4TMBA 4FXSA 3FKRA 1GTHA 1I8JA 2Y62A 1AW5A 3TQVA 3UPWA 3CWOX 1LM1A 4JICA 5T26A 3W84A 1H7NA 3MBDA 3UWVA 1QMLA 1KA9F 4UIOA 3PBYA 3LX9A 2TYSA 2JKAA 3UZJA 2PRHA 4WOZA 2A6NA 1DVJA 1J4EA 3W74A 3W87A 4K36A 5K4XA 3PC0A 4UTTA 1TTPA 4R33A 2PCQA 3MW7A 5KITA 1OX6A 2VENA 3C0JA 4HNTA 2OT1A 1XXXA 3DZ1A 3I7QA 2OJPA 4FX8A 3MP5A 3CM4A 2PE4A 1I45A 2QCDA 1XCFA 3MI3A 3TK7A 2A2IA 4RLIA 4O12A 2RHGA 3RU6A 3NNTA 1H7PA 2PURA 3LERA 5LNUA 5FF0A 4QAIA 4IMEA 3IGSA 2Z2UA 5AYZA 2B7OA 3CC1A 3WK2A 1XBYA 3W7MA 4FNRA 5LNRA 4GJ1A 2WJZA 4AMAA 3NPXA 4M7TA 5AHEA 5E0KA 2NV1A 1OFQA 4I7WA 4WY0F 3T44A 4H3DA 5CPNA 3N2MA 3HJZA 1GZGA 3A23A 2WV8A 4IJBA 3BG9A 4M19A 3W23A 3BPWA 1I2PA 5G2HA 3W7EA 4L4LA 4M5PA 3LCLA 3W73A 3DFTA 2ZZ5A 3GXNA 5LGZA 1S5VA 1ML1A 1QOPA 1SFLA 1A5BA 3HPSA 3THAA 5AC6A 3FIGA 4O16A 3P82A 1ICPA 3L65A 3LLDA 3WK0A 1QPNA 1NAL1 3JRKA 3S8HA 1YPFA 4JX6A 3A22A 1RQBA 4O52A 2VEPA 5I3JA 4E2BA 1G69A 3LV5A 2C14A 3UWQA 3HGJA 1DQWA 2J9YA 5HNRA 1PCKA 5DCDA 4FNPA 2RH9A 2OX1A 4NX0A 4A22A 4HIBA 3MO7A 5AOUA 3O8AA 2VEMA 3QF0A 4HSOA 3FYOA 5D2WA 3NQ2A 1SZNA 2R14A 2QAFA 3G3MA 3UYCA 1JCJA 1K8YA 3W70A 2XN0A 4WXZA 4FX6M 4XKYA 1KM4A 2C3ZA 2C15A 3BV4A 1RZMA 2A4AA 3S5YA 1JCMP 1KBJA 4PODA 3W1NA 4RXGA 3W2KA 3P5ZA 2CZDA 2FPTA 4NNBA 2J88A 1PV8A 3B4UA 3DHFA 1ONRA 1AK5A 3FLUA 4AWUA 3NEVA 5G1YA 4TU1A 3NQGA 4E38A 3RF9A 5H2ZA 2P1FA 3HG4A 4JTKA 4LNYA 1VH7A 1E51A 1KLYA 4IWWA 5LZLA 3UPBA 4LOCA 3LHTA 2NUYA 3WJWA 1FCUA 4N6FA 3NQ7A 4UMCA 5BRBA 4ZQPA 1P4CA 3OIXA 3G1VA 2QR6A 4DO6A 1EP1A 1VS1A 1K02A 4PC8A 3R12A 4UTWC 3R5EA 5BW6A 3G24A 3P84A 5FEXA 1KFEA 1KV8A 3QSTA 3GXTA 1JRCA 1K7EA 3NQDA 4MYXA 3UWZA 2Z6IA 1RV8A 5CPOA 3QMRA 2GVJA 5D33A 3I65A 4UUIA 2JGQA 2DJXA 1MEWA 3B8DA 4O15A 1EWDA 4GNJA 2VFHA 3BGGA 1IIGA 2DZUA 2E6YA 3M44A 1XBZA 4HT3A 2FJKA 4IMCA 4YCOA 2XN1A 2ZYFA 5F1UA 2WSQA 4LVAA 2X1TA 3O1NA 1VQTA 5DXYA 1ZJIA 3NL3A 5CPMA 1R30A 4FNQA 4XTIA 3SGZA 5CZJA 2ZZ7A 3LCHA 2NXHA 3A21A 3EXTA 4L4MA 2V8ZA 4LC8A 3LHWA 3THQA 1VC4A 5AN7A 1B57A 1R47A 3PVFA 3MJYA 3MMTA 2OT0A 4P61A 4ICNA 4CQAA 1VRDA 2AGKA 3TE9A 1MO0A 2D73A 4PA8A 3QMSA 2VELA 1TTIA 4JXCA 4XTDA 3UQNA 3LHZA 3PF3A 3SY5A 2QCCA 4XBKA 1PHQA 2QUTA 1EP3A 3F4NA 1F5ZA 5F2LA 1JQVA 3W3OA 1K7FA 4WOQA 3QSRA 2ABBA 2Y89A 1W54A 1FUYA 1WA3A 4N9BA 3W1RA 3CQ0A 1JCYA 4CNNA 4EIVA 1EWEA 2C6QA 2DU2A 3M9YA 3D0CA 3VKJA 3I68A 3LM7A 1GVFA 3L68A 1IXQA 4U28A 1KM5A 4DPPA 1G7UA 1YYAA 1YDOA 2CWNA 4DXVA 2RKXA 1VR6A 1TPB1 4A2SA 2E5BA 3G1FA 1C9DA 3Q37A 3P7YA 3MP4A 4ZZ9A 1JCXA 3DU0A 1ME9A 5FF3A 5AHFA 4AVFA 1VCVA 2ZRXA 3N3MA 2RDTA 1UCWA 4EVZA 4TX9A 3TXVA 3DFSA 5DY3A 3TMLA 1P0NA 3FJLA 1QNVA 4XUGA 4DO5A 1TRIA 1KFKA 4RZ4A 2C19A 3NQFA 2Q3RA 4QSHA 1RPXA 1TV8A 3C3NA 3TAOA 1SW7A 2Y7FA 5DLCA 2GPTA 3GZ3A 3P81A 4RZ5A 5AHIA 4JNMA 3C52A 4D2JA 1O5XA 2NXGA 1RQHA 5DN1A 2Z1BA 5DCBA 1B4EA 2YFOA 3W1MA 1AL8A 3S0CA 3NQ6A 3TNOA 3O06A 3H54A 4Z1DA 3W1QA 1DOSA 1LROA 3CU2A 2FPVA 3W1UA 5J5DA 1N55A 1BWKA 4AXKA 3L5AA 3S1UA 5KZEA 2YCEA 2IQTA 5HWNA 1EUAA 1JCNA 4Y8FA 5K2ZA 5I3GA 1S5TA 1W5PA 2H8XA 4NZFA 2LLEA 1FBAA 1WXJA 4NQ1A 2CFFA 4OT7A 1Z48A 1GOXA 3HG2A 3S9YA 1GG0A 2FB3A 4IPIA 5HQEA 3W7KA 2QCEA 5K3VA 3W7QA 2HS8A 2ZRUA 3L0NA 5AHLA 4K8EA 2CLEA 5F2GA 1YADA 4UFLA 3MYPA 4UTIA 3HB9A 3M41A 2VC6A 3O05A 2GQAA 4N2YA 3W7PA 3PUDA 4HSNA 1SZEA 4JYEA 3TV8A 4MZ1A 4LS2A 1SO4A 1KM0A 3L9CA 4K39A 4PH6A 5LGXA 1TJPA 3LRLA 5F2IA 1BWLA 1SR9A 1T8XA 1F73A 4LV4A 4GUIA 2VFGA 3OEXA 2B0MA 3NYZA 3LCGA 3UY7A 3CIXA 3NG3A 1UASA 2VXNA 4AF0B 4UNLA 3KXQA 5D09A 5HULA 1Q6OA 3LTSA 3KRSA 3A24A 2JGYA 1GJPA 3GDMA 1G4PA 2HMCA 1P0KA 5AC7A 3BVJA 3T4CA 1DJNA 3G8RA 4MJZA 5D2XA 3LLFA 3NL6A 5LNSA 3UWYA 4UFIA 3W83A 2QCFA 4AH7A 1AW2A 1KFLA 1YXYA 2V9DA 3DAQA 3C8FA 3O15A 4LY8A 3WK1A 2E5CA 3GAKA 5D38A 5C6MA 3ABOA 3BARA 2Y85A 4FO4A 3LRMA 2X1UA 4TMCA 3E0IA 4FXRA 4Z1AA 4FIQA 2QKFA 5D04C 2A1YA 4X3ZA 1OYBA 4Z08A 3ZWTA 1QOQA 3IVTA 1VHCA 3OVRA 3EX3A 2QJHA 3NQ8A 3NR0A 4S1FA 4UFJA 2WNZA 4N4PA 1GEQA 3EWZA 5CKSA 4JD4A 4WJEA 4IUOA 1SZFA 3L2IA 4BF9A 3EWXA 3W1TA 3S1VA 1W3IA 2AAMA 3SECA 2Y6ZA 3G1HA 2CZFA 4JIQA 3RNDA 5MHBA 1O5KA 1OX4B 1EX5A 2WQPA 3AJXA 5IBXC 1NEYA 2ZA1A 3DFNA 1GPWA 1I2QA 4YMZA 3S5OA 5TQLA 2YW3A 3B05A 3S5ZA 1B3OA 2RDWA 1TO3A 5ABTA 2DZWA 1LLZA 1SPQA 1JCLA 3FA5A 4UR8A 3IEBA 3ATZA 2ATMA 1Q3NA 4Y9AA 1TB3A 4EF8A 3O6YX 2YX0A 4O10A 4PTNA 1ZCOA 4RK8A 1L6WA 1BEUA 1U83A 4O17A 2G5WA 2GJLA 5EL1A 3GVGA 2BLEA 1LTDA 1W8SA 1R46A 3FYPA 1EB3A 2DZXA 4MZ8A 3NM1A 1TIMA 3HO8A 4ONVA 3TMQA 3HPZA 2ZRZA 5KTLA 3W7JA 4Q32A 1SZGA 2ABAA 4UTTC 2V0TA 1NVMA 3DI1A 1P5BA 3OVQA 4O54A 3ABRA 5D32A 5CGQA 5BMXA 3SIZA 3BG5A 1W5QA 5TBOA 3EXRA 3I7SA 4FNUA 3SGUA 2CLKA 3NQVA 2A85A 4YWIA 1VZWA 1Y0EA 4GUGA 1H7XA 2H6RA 3RFAA 1XI3A 2A7PA 2B7QA 3LTYA 5E93A 3G1DA 1TV7A 3GNNA 5AB3A 3M16A 5H91A 3TSBA 3QYQA 4CNPA 1V5XA 3W2MA 1WBJA 2J27A 4LVGA 4LV9A 3GYEA 3STCA 4XKYB 1A53A 2C1HA 3TC7A 3EWWA 4UC5A 5CZSA 4QNWA 3E02A 4JN6A 3VFLA 3W2JA 4IXXA 4CLMA 5I3FA 3TSMA 1F7BA 5F4WA 4UTUA 5KZDA 2H90A 3DH7A 1SU5A 4AAJA 4AHOA 5D2YA 4GE8A 3ZS4A 5L6UA 1LOQA 3TW6A 1HL2A 3ELFA 2ZZ6A 3HG5A 3P60A 3MI2A 3IGUA 1VYRA 3NZRA 1OX5A 3BW3A 3STGA 2O7QA 3QFEA 5C55A 2OMAA 1FDZA 2KZHA 1IXPA 3VCRA 1WX0A 4M7SA 1VCGA 1H62A 3T55A 3P80A 1ZAIA 3LCXA 1WQ5A 1H7OA 3EX4A 3OG3A 1SUXA 4OV9A 4PL2A 5CPLA 2J9XA 3G22A 3QEZA 4O0ZA 1DBTA 4BK9A 4ZL1A 3INPA 4RKAA 3EB2A 5AYXA 3TIMA 1XL9A 3GIYA 5F4SA 3Q58A 3DXIA 3TSDA 2GJNA 3PY2A 3WFAA 3LHUA 3FFSA 3B0VC 6TIMA 3P61A 3NL5A 3IIZA 2YW4A 2CLOA 4TIMA 3QW4B 2HSAA 3GK0A 1FXQA 1BTMA 3BW4A 4YLWA 4BI7A 1AL7A 1QR7A 1XC4A 3NL2A 3JR2A 3GDKA 4RX0A 3QH2A 1I2RA 1OFEA 2YFNA 3UWWA 4LT9A 5KINA 1A5CA 4MPQA 4UFHA 1DHPA 5BOOA 1QPRA 1HO1A 2X1RA 3G0UA 3P62A 3G1AA 4O1DA 3KVMA 2Z0IA 4UR7A 3EX1A 1TPWA 4K37A 2QCLA 2RFGA 2H8ZA 4N9DA 4MFEA 3W75A 4UMBA 5G4EA 1L6YA 4RR4A 1QPQA 3W9ZA 4IQLA 3FOKA 4O11A 1WOBA 4X9SA 5LNWA 4S2BA 4PCFA 1OFRA 2TSYA 4IMGA 1FWNA 1ZY9A 2YDAA 1WDWA 2H3DA 3C61A 4NUWA 3PG8A 4NXSA 2CZEA 3M47A 3WJZA 4X2RA 2ZRVA 4OHQA 3S6DA 3TUUA 3F03K 1SSGA 4HNNA 4O13A 3MHFA 4GUJA 3PR2A 5CSSA 3TXZA 4JDYA 1EA0A 3GKFA 3L5LA 3QRHA 2JKEA 3HQ1A 2Q8LA 1DQXA 3IIPA 1EPXA 2X30A 1LBFA 4WUIA 4O4WA 4PL1A 4YL2A 4EWND 2FPYA 5G2WA 3LBCA 2BX7A 4ZQMA 1UB3A 4LRTA 1KFBA 4GBUA 3TCEA 3EWUA 2UV8G 3LI0A 3L21A 1QO2A 3HMJG 1RD5A 2J9ZA 2ZRWA 4QNEA 3STEA 5HWMA 2ZZ1A 2GQ9A 3O16A 1AG1O 3G0XA 3GLCA 1GYLA 2ZZ4A 1KV5A 1PS9A 3SSJA 5CZ0A 3PULA 3B0UX 3PBUA 4XZ9A 1M7OA 2Y70A 4ML9A 4JS3A 2B4GA 4CCDA 2V5BA 5C5YA 2C0AA 4UCGA 4LS1A 4LTSA 3O6CA 4MY8A 3ZFHA 5D2TA 4AEOA 1QDSA 1VLIA 4MY1A 3NGJA 1HTIA 2ZDRA 4WD0A 1OK4A 4HPJA 4S2CA 2ZCGA 1PIIA 5I3HA 4R7JA 4JY8A 4Y6GA 3EXSA 2YPIA 2VOMA 3LXAA 3KX6A 1VHNA 2Y7DA 4FNSA 1W1ZA 5EKYA 5FF4A 1UJPA 4KWVA 4FX7A 2HS6A 3R89A 3CLMA 2W79A 1EEPA 3QPZA 5HJLA 3W7LA 1LRNA 3T7VA 4WY0A 1S5WA 4CQ8A 4DEFA 4TR9A 2QF7A 3EEGA 2X16A 4GUFA 4UNKA 1QWGA 2V30A 4DBEA 1W3NA 4JTSA 1PE1A 3TQKA 2HTMA 5HMSA 1CW2A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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