3GDM | Genus

Total Genus 95

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	95
sequence length	261
structure length	261
Chain Sequence	KATYKERAATHPSPVAAKLFNIMHEKQTNLCASLDVRTTKELLELVEALGPKICLLKTHVDILTDFSMEGTVKPLKALSAKYNFLLFEDRRFADIGNTVKLQYSAGVYRIAEWADITNAHGVVGPGIVSGLKQAAEEVTKEPRGLLMLAELSCKGSLATGEYTKGTVDIAKSDKDFVIGFIAQRDMGGRDEGYDWLIMTPGVGLDDKGDALGQQYRTVDDVVSTGSDIIIVGRGLFAKGRDAKVEGERYRKAGWEAYLRRC

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of the K93R mutant of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Saccharomyces cerevisiae. rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags	Lyase
source organism	Saccharomyces cerevisiae
total genus	95
structure length	261
sequence length	261
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2009-02-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3gdmA00

1Z44A 4XUGA 5DBUA 4O1CA 4CNNA 1KTCA 3GDLA 1O5XA 3W71A 3W70A 3G1DA 3G3MA 2Y7DA 3I65A 2GVLA 4K8HA 1W3NA 1H51A 4QM1A 4DEFA 1GWJA 3GDTA 4FIRA 1QPRA 3WK1A 3SSJA 1U83A 5KZDA 3G1HA 3O1NA 1TTIA 1SSGA 1I2RA 1FDYA 1FWTA 3PULA 1ML1A 4Z1DA 2DZTA 3EKLA 4HPJA 4ONVA 4LS2A 3N2MA 1K3UA 3S5YA 3DI0A 4JY8A 2PE4A 4WXYA 2P10A 3PR2A 3WJZA 1VHCA 3GXTA 3CIXA 1DKWA 5K3VA 2H3BA 3TROA 1YDVA 2FPYA 3MJYA 1AK5A 3W1LA 1BTMA 4BFAA 2QJIA 3ABRA 2VFIA 2NWRA 4UFLA 3B06A 4NJGA 5HQEA 1W3IA 2QCFA 5AN7A 4Z0JA 1X6UA 2GVJA 2FQIA 3NEVA 4CQAA 3GXNA 3W87A 3TW7A 3INPA 3PC0A 3VNDA 2Y85A 3VFLA 2Y61A 3P81A 3LTSA 3W2LA 1EPXA 2NX9A 2PCQA 5G4EA 4N9DA 4JGDA 3W88A 3UPWA 3L68A 4FHAA 1YXYA 3GDKA 1C29A 2WOQA 1VLWA 3P80A 3EWYA 3D0CA 4MJZA 2QDGA 1OABA 3S1UA 1JRCA 3GAYA 4O15A 3HO8A 1MEWA 1V7YA 5A8GA 2C16A 3W7KA 3DAQA 5I3IA 1FWWA 4H4IA 4UFMA 4KWWA 5D02A 1JQVA 1EB3A 3CWNA 1VCGA 3PBUA 1S5VA 2Z0IA 3TQKA 3IIZA 5K9CA 1FWSA 3NL6A 3DKJA 4TIMA 1XBXA 2GOUA 1QMLA 3MP3A 4Q4KA 5FF2A 3LHWA 3W85A 1LORA 5G4WA 2JKAA 3DU0A 4R34A 3M5VA 4NU7A 4CCEA 4Z08A 1GYLA 4OBTA 4HNUA 1K8XA 3M16A 4O4VA 4FX7A 5GVJA 2E5DA 3KRSA 1QOPA 3PBVA 2V82A 4UTHA 2ZCGA 4O12A 1H7WA 1LP6A 1B9BA 1PE1A 3KXQA 5MHBA 1FXPA 3KVJA 3NQ2A 1XBZA 3A9IA 1GVQA 1XM3A 4RXFA 1L6WA 2E5BA 4K6AA 1FY6A 1Z42A 2NX3A 1C9DA 3L5AA 1T99A 5C54A 1Z48A 3LBMA 3FFSA 4OT7A 2CW6A 4I7UA 3NQ8A 3SFKA 4LNYA 5J5DA 1O95A 4S2BA 4FO4A 1GJPA 2Y70A 4HKPA 1SSDA 3W7DA 3ANYA 1X7FA 4AHOA 1KFCA 5DLCA 4DF1A 4EOUA 1OF8A 1JR1A 4ADUA 1SZNA 4GUGA 1VHNA 3HF3A 4DO6A 3A5FA 1TMHA 4OV4A 2O7QA 4ICNA 3L65A 2VFFA 1P4CA 5KITA 3EXSA 5FEPA 1XL9A 3HG4A 4HSNA 4MJMA 1G67A 5AHIA 1TO3A 3QW3A 2TSYA 4TU1A 4CCCA 1DQWA 3MHGA 1M5WA 2ISWA 3L2IA 2Y7FA 5CKSA 4JD4A 5D2TA 2E77A 4BWLC 4N4QA 1G6CA 3GXPA 4GUFA 2A1YA 3LRMA 3LI1A 4JNMA 4LW7A 4XKYA 1Q3NA 1JUKA 1NF0A 1L6YA 3W7GA 2LLEA 4UNLA 1ZAHA 4PH6A 3W1QA 3IVTA 1UUMA 3STCA 2XN1A 3W84A 4M6VA 4EF8A 5AC8A 4Y6GA 5G2WA 3MP5A 2Y7EA 1GT8A 3DFSA 3G0XA 2GVGA 1MZHA 5D2XA 3UXAA 2CLHA 3EWXA 3GNDA 4CCDA 5A5WA 3O15A 1PCWA 3LDVA 3TFCA 5DXYA 3PB0A 5DELA 2ZZ4A 5D2VA 4UUIA 3EX4A 4UMBA 3LLDA 4UTLA 2BZNA 2CWNA 3KVLA 1B4EA 1O60A 3W7EA 2QCGA 1C8VA 1UJPA 1S5TA 3Q2DA 4EIVA 1KM6A 3FKKA 3C61A 3MO7A 5D33A 3MI3A 4O0ZA 3GAKA 1DBTA 5DY2A 4DBEA 1KFKA 4UTWA 3QSTA 4HNNA 1YADA 3KHJA 1I2PA 1Q6OA 4ZQPA 4JYEA 4CQ9A 1VS1A 3GDRA 2Q8ZA 1OYBA 1NFBA 3QZEA 2QJHA 4R33A 3RNDA 4A22A 3NR0A 1TPEA 3TK7A 4XWUA 2DJLA 3W7JA 5EMUA 3RLVA 3B04A 1D9EA 3LCHA 3M43A 4UTTA 1H61A 1LCOA 5D32A 4XTIA 1R2TA 3W1XA 3WK2A 5BRBA 2GQ8A 4CQ8A 3NL2A 4E2BA 2RHGA 4PA8A 6ALDA 1HFBA 4QNEA 2Z2UA 4XBKA 2CZDA 3UY7A 4JX6A 1JCJA 1GOXA 1PL9A 4JTJA 5F2IA 3R2GA 1KBIA 2VKZG 4WZHA 3LB0A 4IMCA 3NPWA 4FNSA 2B7QA 1OFQA 4UTMA 3H55A 4MLJA 4Y90A 2YCEA 2E68A 4JS3A 4ADTA 1H1YA 4LVDA 1K03A 4NZJA 1QAPA 3TX9A 2XN2A 1K8ZA 3G0UA 5KTLA 2B4GA 1VGAA 1IXPA 1IF2A 3S6DA 3NQFA 5LHEA 4BF9A 4FX6M 5BMXA 1MSSA 3VCRA 1XC4A 1R47A 2JK2A 4Z1CA 1OFBA 2H6RA 3WK0A 2PRLA 5IM51 1KV5A 4AB4A 4ZQRA 4ZZ9A 2V8ZA 4N4PA 4UCGA 1JCMP 3KVKA 3QPYA 5DY3A 1Q6RA 4Y9AA 3NQGA 3S1XA 2JGQA 2C13A 3QJAA 3NDOA 1KFJA 3TAKA 3VKJA 1ICPA 1XDMA 2NXIA 4LVAA 3NQDA 1H7OA 3TAOA 4D2JA 2P0OA 1N8FA 1MO0A 5C55A 1JQXA 2Y6ZA 4KFPA 4UR8A 4CLMA 3M47A 3SZ8A 1OX4B 3QC3A 1WV2A 2W79A 5FF4A 4LC6A 3V1PA 4MY1A 1XKYA 2WV8A 3W1PA 1F6PA 1JUEA 2WO5A 3TJXA 1OHLA 3CT7A 1FX6A 4K7YA 1EIXA 1I45A 3CB8A 4Z1BA 5F2GA 3U8GA 2E6YA 2VENA 1QPOA 4WXZA 5K9XA 4O10A 1TYGA 3FOKA 1O4UA 3IVUA 4MFDA 3PY2A 3G1FA 3H54A 1KV8A 2YW3A 3NPXA 5CZ0A 3IGUA 4N9CA 2C14A 3W86A 1IXNA 1TV7A 3HB9A 3R12A 2WPBA 1YYAA 3R89A 4YXGA 3T4CA 3CC1A 1VR6A 3TC7A 3R8RA 3T44A 2DZSA 1WOAA 2J27A 3P84A 4PL2A 3M41A 4QNWA 1VYSX 2RFGA 4NJHA 1IIGA 2QCDB 2FB3A 1TREA 3C52A 1YPFA 3PBYA 1EA0A 1GQNA 1TRDA 3M5YA 4IUOA 1EUAA 4IMDA 3S42A 5IBXA 3LXCA 1J2WA 1OFPA 1XCFA 3RFAA 5I3HA 4WD0A 2A6NA 3LOTA 4AF0A 5HWMA 4R7JA 2WJZA 3IGSA 3HGSA 3M7WA 3ZWTA 3DXIA 4IMEA 4UFHA 1G4TA 1QPQA 1H7RA 4TMBA 1TJRA 1O5KA 1RQHA 1NEYA 3W7CA 1GG0A 3UWVA 1CX9A 4S2CA 2E1DA 4EVZA 2Z1BA 1Q45A 4ALDA 1JRBA 4K7VA 1BWLA 3TV8A 1F73A 1J4EA 4DF2A 1QR7A 3NPVA 1X1ZA 3MMTA 4LUJA 1JULA 4O52A 4DF0A 4UMCA 3LM7A 1H62A 5AOUA 1S3HA 2R91A 1W31A 4WJEA 2NV2A 3QSRA 2W6RA 1TV8A 2XN0A 4M19A 3MUXA 1L9WA 2WNQA 3LHYA 3NM1A 3EEGA 2NXGA 2EPHA 3OVPA 1YTKA 2B7NA 5EL1A 3O6YX 3UD6A 1TPB1 1MEHA 1LLWA 1A5AA 2J9XA 3DENA 2YPIA 1RV8A 3W72A 4IOTA 2X30A 3PG9A 4R53A 1LBFA 3BG9A 3PS7A 1KLZA 2E5CA 4PTNA 3HGRA 2QAFA 4JTHA 1HO4A 5FESA 5TBOA 1FBAA 4RV8A 5EA9A 2V2CA 3C56A 1VPXA 2X1UA 4DXVA 1GEQA 3BGGA 4ZQMA 3L5LA 3HPXA 1LDCA 4O50A 2E6DA 5K9DA 3MWAA 1SR9A 4MYXA 4IGHA 2VFHA 3GK0A 4K36A 1J5TA 1OK6A 2OZ0A 3MBDA 2YFNA 4RXGA 5C6MA 3FJ6A 2X16A 3KX6A 4JTFA 4AHQA 4HT3A 3HPSA 3A22A 4YCOA 3AO0A 1OYCA 4FNQA 2X2GA 1ME8A 2A5HA 2NUXA 2YGYA 5AB3A 4O1BA 1FCBA 3GDMA 3QMTA 2ALDA 3QQ1A 1W1ZA 1TV5A 4UNKA 1WAUA 3DFQA 2PRHA 4XZ9A 5AHEA 5HINA 3P5ZA 1W3TA 3UXDA 2CZEA 3PVFA 1I4NA 4BI7A 3TXVA 3NA8A 1Z41A 5CZTA 3UYCA 2DZVA 1B3OA 3DFPA 3VE9A 4MPQA 1GG1A 2NXHA 1NSJA 5AHLA 5F4WA 2E6AA 4JICA 3UWQA 2AAMA 4XBSA 4YMZA 3S5NA 1GTHA 4M6QA 3IIVA 2H8ZA 3QQ0A 3C2VA 4AWTA 1YTEA 3Q58A 5F2LA 2I1OA 4U4MA 3S5OA 3G24A 4W9TA 5BOOA 2VEPA 4X22A 4AEOA 4UR7A 4NJJA 1PVNA 4WQ6A 2V9DA 2WKJA 4AWSA 1OFAA 2EKCA 1WBJA 3L9CA 3HMJG 1DV7A 1HO1A 2ZZ2A 1FUYA 4P2VA 1GVFA 1T96A 3HGJA 3LHTA 1F76A 3TQ0A 3IV3A 3LXBA 5DCBA 3GVGA 3TXZA 2ISSA 3TSMA 4MIMA 5J5RA 3HIJA 4I7VA 4MFEA 3M6YA 1DHPA 8TIMA 1IIHA 4O1DA 1ZNNA 2ZZ5A 3HJZA 2VEMA 3W7OA 4GWEA 3B0VC 2I14A 3ABQA 2TRSA 1KM4A 1TPFA 4K8EA 1A5BA 4K39A 4LUIA 1AMKA 3W1NA 1JCXA 4ORIA 1YXDA 3FYOA 4BI6A 3WJWA 3P82A 2V81A 2WQPA 2NWSA 4PFMA 3N3MA 3I7SA 2C0AA 4B5NA 2QCEA 4WY0A 1TQXA 3M0ZA 5K2ZA 3SY5A 2VXNA 3UQNA 3QPZA 4UFKA 3PSVA 3KVMA 4CNPA 1CW2A 1VLIA 5BMWA 3G1YA 2G97A 3LTYA 4YWIA 4WY0F 3Q37A 3SECA 4QQ3A 2QKFA 1A50A 1FCQA 4UFIA 2J9YA 3G3DA 1B57A 3QH2A 2VFGA 3DHDA 4KKXA 4QISA 4O4WA 3BLEA 1VYRA 4OHQA 1A53A 1VH7A 2NV1A 3L67A 3IGXA 1TRIA 4O53A 5K4ZA 1EUNA 1SZEA 5G2IA 1EEPA 3M5ZA 5D2WA 3UNDA 1R46A 1QO2A 1DOSA 1UUOA 2CZFA 4NQ1A 4A3UA 3OEXA 4LY8A 3FLUA 3QMRA 4XTDA 3SI9A 2VFDA 4JY9A 4U28A 1RR2A 3F4WA 1DJNA 4GXMA 3EX2A 1RPXA 3W83A 1KBJA 1H1ZA 3UWZA 5K7JA 1OYAA 3LERA 3BO9A 3Q94A 3B0PA 3NM3A 4IMFA 3W73A 4RKAA 3LBCA 2HS8A 4MY8A 3TFXA 1QDSA 1CI1A 1LLZA 3WJSA 2C19A 2FDSA 4JYDA 5E1QA 3EWBX 4O14A 2F84A 5AYXA 4NT0A 5KINA 3NZ1A 1SW0A 3VI2A 1OFDA 2ZDRA 2DZUA 2G95A 4N6FA 2CZ5A 4TO8A 1H63A 1VRDA 2X1RA 3B05A 1YXCA 5CPMA 1WBHA 3N14A 3HQ1A 3GYEA 2OJPA 3NYZA 1OX5A 5U7SA 2FTPA 4BK9A 3NQCA 5AHMA 2ZA1A 5CGQA 2EHHA 3WK3A 2BSLA 4O18A 3C0JA 4N9EA 2DJXA 1L6SA 1BKSA 2QCCA 4OV9A 4M5PA 1GPWA 2C15A 3BGJA 3LCLA 3TDFA 2CLEA 3LRLA 3SIZA 3NGJA 3I6RA 1VYPX 4XKYB 1DQXA 5LKYA 1FDJA 3CEUA 4OGZA 3W2NA 1P0KA 2YFOA 1Y0EA 3QEZA 4K38A 1NAL1 3TU9A 3LLFA 4IPIA 4GBUA 3O05A 3W7QA 1FWRA 3O16A 4O11A 1TIMA 3NO5A 3W7MA 1WOBA 4NZFA 3U2OA 1ME9A 3TW6A 1LRTA 4MOZA 2BTMA 5FEXA 1F74A 4YCPA 1UCWA 2Y62A 2W0UA 3PUEA 5KZMA 4HIBA 3BARA 2A21A 4LC8A 2BLEA 3DZ1A 2QCHA 3N2XA 5G1TA 3DFNA 1QCWA 5AC6A 3UWUA 1PCKA 3S1WA 1RQBA 3O06A 3TE9A 1VC4A 2VOMA 5D04C 3QMSA 3KRZA 4RR4A 4K37A 2HMCA 3TQVA 2ZRWA 3ZWSA 2BWGA 3F1QA 3LCGA 2V5LA 3KRUA 3F03K 1ZAJA 3O6CA 5F4XA 2JGYA 3NOEA 1AW2A 3VE7A 1MEIA 1LRQA 5HWJA 3N19B 1JCLA 3EWUA 4M7SA 1W5NA 3OBKA 2E09A 7TIMA 3NQVA 1G4SA 1XBYA 1P5BA 1K7FA 1O94A 3HG5A 3P62A 5K4XA 1G7UA 3TSDA 4BWLA 3M9YA 2OT1A 4IJBA 1TPC1 3EX6A 1ALDA 3G1SA 2QCMA 1W5MA 1DORA 2V2HA 2NLIA 4N2YA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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