3GDRA

Crystal structure of the d91n mutant of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from saccharomyces cerevisiae
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
260
structure length
260
Chain Sequence
KATYKERAATHPSPVAAKLFNIMHEKQTNLCASLDVRTTKELLELVEALGPKICLLKTHVDILTDFSMEGTVKPLKALSAKYNFLLFENRKFADIGNTVKLQYSAGVYRIAEWADITNAHGVVGPGIVSGLKQAAEEVTKEPRGLLMLAELSCKGSLATGEYTKGTVDIAKSDKDFVIGFIAQRDMGGRDEGYDWLIMTPGVGLDDKGDALGQQYRTVDDVVSTGSDIIIVGRGLFAKGRDAKVEGERYRKAGWEAYLRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 102
structure length 260
sequence length 260
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2009-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3gdrA00
1OYCA 4AH7A 1DOSA 2C6QA 3RLUA 5LSMA 2CLKA 4MLRA 3O6DA 3W7PA 1IXNA 3ZWTA 4DBDA 2YSWA 3P8JA 1TV7A 3NO5A 1QCWA 3NVTA 3HIJA 3M5XA 4MVAA 3W75A 1NVMA 1WOAA 4O1AA 4M5PA 5I3IA 5LHEA 2EGZA 4PH6A 4LOCA 1I8JA 3M5VA 4UTWC 5LNUA 5FEWA 1ONRA 2YYTA 3FYOA 3DI1A 1FWSA 3KVJA 2V8ZA 1TPEA 2FB3A 3NQEA 3S1WA 5D2VA 1UCWA 2AGKA 1YXYA 1H50A 3LV5A 3P67A 1KM1A 3JS3A 4JDBA 4LU0A 3QMRA 1UASA 2QUUA 2RH9A 2ZRZA 3L5MA 3M6YA 1EA0A 1K8ZA 3MP3A 3T4CA 4GUIA 3IGXA 5G5IA 1OK6A 4AB4A 3THQA 1R2RA 5D02A 3BK0A 4QSHA 4IQLA 4FHAA 3G1SA 5HMSA 4WOQA 3W2UA 1FQ0A 2J9YA 3NL2A 3THAA 3CT7A 5K2ZA 1HL2A 5I3GA 3P60A 2HMCA 3D0CA 1FDYA 2ZYFA 4LW7A 3DHFA 4HIBA 3SFKA 3W7NA 1BTMA 5CG7A 1XKYA 1H62A 3QJAA 3LTSA 2YCEA 2CU0A 1PV8A 4UCGA 3UWWA 4DELA 3N3MA 3EXTA 1I2NA 5K9CA 4Z1CA 1JUKA 1H1ZA 1WDWA 1K7EA 4NJIA 1FDZA 1FWWA 3BVJA 3ANYA 3TCEA 4CLMA 3A23A 2UV8G 2QR6A 4UTKA 2WV8A 1YPFA 3NM3A 1YADA 2J6XA 5D04C 1IIHA 1BKSA 1HO1A 1TRDA 2OT0A 1SSGA 3R89A 2J24A 4OU1A 1I2RA 1YPIA 4K6AA 2FPTA 1DORA 1C8VA 3ATZA 2ZZ4A 1AL7A 4JX4A 3B0UX 3PVFA 1W54A 1RPXA 4LNYA 1VS1A 1WX0A 5DXYA 3STCA 2CLMA 2V5LA 2HS6A 4GUGA 2WJZA 3G0UA 3ZFHA 3CU2A 3NR0A 1OFQA 2QCLA 4UMBA 3TQVA 5HWMA 1DQWA 2VKZG 1OX6A 1DV7A 2DORA 3S1UA 3FJ6A 3IVTA 1KBIA 2DZWA 4IMGA 1LDCA 3BGJA 2W79A 1SU5A 4MJZA 2NLIA 1ICQA 1AK5A 5D38A 1OX4B 2JBMA 1GZGA 1WXJA 4WZHA 3LXCA 3GKAA 3LHZA 1OF6A 3SECA 3DGRA 1ZAJA 3BARA 2GQ9A 2JKEA 1I2OA 3S0CA 4X3ZA 1KV5A 4JIPA 4FX7A 3MMTA 1SO6A 2Y7GA 1KV8A 4X2RA 4H3DA 4AHQA 3DFQA 3MYOA 4O11A 4KFPA 4M6VA 4MZYA 2E5CA 1VR6A 3HF3A 3I6RA 1O94A 4I7UA 5C2XA 1SZNA 4JTHA 3LERA 3ELFA 3EEGA 2VFGA 5EMUA 4UTUA 3ABSA 3FKRA 4JTFA 5DCEA 5K3VA 3E96A 4AVFA 3OEXA 1ALDA 1G4TA 2A0NA 4YWIA 5L9FA 3QPZA 4LC6A 2YYUA 3DKLA 3W7JA 4DEFA 1W0MA 1AG1O 1VYRA 3CHVA 2H8XA 3E0IA 3UD6A 3S6DA 5D2YA 1WAUA 3P8IA 3S1VA 3O05A 2CLOA 3KRSA 1JVNA 3B4UA 2Y88A 3QMTA 4OE7A 1XDMA 3USBA 1KTNA 3A22A 3EXSA 3L0KA 2BX7A 4ZQRA 4YXGA 4PL1A 4AEOA 5K9XA 2E1DA 4O28A 4Q32A 3LGEA 5CZSA 3N9SA 1KTCA 1CI1A 2YW4A 4CQ9A 4UFMA 4QISA 2BXVA 2GOUA 3PR2A 2Z6IA 4JYFA 3GVGA 2IQTA 4UR7A 3F4WA 2NX3A 2ZA3A 1JQXA 3DBPA 2RDTA 1LYXA 3FOKA 5DBTA 4Z1AA 2CZ5A 5F1VA 4IMDA 1KA9F 4FO4A 4ZVJA 1JRBA 2H3DA 2Z1BA 4NJGA 1L2UA 3LV6A 4R53A 1F5ZA 1TIMA 5CSSA 1XUZA 2YX0A 5CZTA 2ZDRA 4PL2A 3LRMA 3QQ0A 4D2JA 3NPWA 4U4MA 3VI2A 5K4ZA 2ZRXA 4NNBA 2C1HA 4OHQA 2WNQA 5AC7A 2WSYA 4W9TA 3W7DA 1GQNA 3DH7A 4JN6A 3LRKA 3HBLA 3MJYA 3G1HA 4KWVA 3TK7A 4AWUA 5KZMA 1WBJA 4GE8A 3PM6A 2X2GA 5J5DA 3CTLA 3GAYA 2ZBTA 1W31A 4LY8A 1DBTA 3TE9A 4NJJA 1UUOA 5CPMA 1OFAA 1EP3A 1G4EA 1X1OA 2H90A 1Q45A 1TYGA 3W1MA 4N9BA 3N14A 1S5WA 3KVMA 1I4NA 4WQ6A 4DBEA 1PHQA 5HJLA 1VZWA 4CNPA 4OV9A 2PC4A 1XXXA 2QEZA 3FS2A 2ATMA 4DO4A 1AW1A 3G1XA 4WUIA 3MBDA 2O7QA 2V2HA 2W0UA 1O5XA 2WNNA 2Y63A 2PE4A 3NDOA 1EUAA 3ABOA 1ZCOA 3YPIA 1H7RA 2Q3OA 4PODA 1H7OA 2Q8ZA 3N34A 3IRDA 2DJLA 1MSSA 1LLWA 4O0KA 3UPBA 1FXQA 4IUOA 2NXIA 1QWGA 1YTDA 1KLZA 2FB2A 3A9IA 4RX0A 1LCOA 3I7RA 1PS9A 3L9CA 1KM3A 5AN7A 1VYPX 4LVAA 1LZOA 3QM3A 3QQ1A 2JKAA 2ABAA 3W7MA 3BLFA 2CWNA 2HS8A 3HGJA 1RD5A 3W7RA 5HNRA 3A5VA 4L4LA 4NXSA 4QJ1A 3N73A 4PEKA 4UXDA 3ZR4A 4QNEA 3NGJA 3EX3A 2Q8LA 4N4QA 3V1PA 2YDAA 1W1ZA 4R33A 1J4EA 1ZY9A 1K02A 3DFOA 4LVBA 3VKJA 2X16A 4MJMA 3M16A 1Z44A 1G4PA 1UB3A 2NXGA 4LS2A 4TMBA 1SFLA 3MP5A 1GYNA 4GUFA 3I7QA 4ONVA 1FWTA 4H6KA 3CPRA 2E5DA 2CLEA 3WJYA 3M44A 4MUZA 4GWEA 5F2MA 4ADTA 4ZQOA 1R30A 2Z6JA 3R13A 2JGQA 4JDYA 4K8EA 2I1OA 1OFDA 4FIRA 5DN1A 4GNJA 1WA3A 3R2GA 3VE9A 3S5ZA 1OG0A 1X8FA 5HR6A 3C6CA 3H54A 4AMAA 2I14A 1GVOA 4JTJA 4DF1A 1OYBA 1SO4A 1X7FA 2DZXA 1WV2A 1F74A 3L21A 4LVGA 2WPBA 4E2DA 4AAJA 3LX9A 2X1TA 1FBAA 4O50A 3LOTA 3EKLA 1XBVA 1H51A 4O0ZA 5G2WA 3TV8A 4JEQA 3BG9A 1NEYA 3MBFA 1O5KA 4N9CA 3M1ZA 3E12A 5MHBA 4TX9A 5AYYA 5TIMA 3KHJA 2GVLA 4UTTA 4S2BA 5EKYA 1JQVA 3VE7A 1F05A 5FEPA 3S9YA 2ZRYA 4UFHA 3NL6A 3NG3A 4O15A 1Z48A 3BG5A 4M7SA 5LKYA 1SR9A 1W5QA 2A7NA 3QC3A 5FEZA 5BMXA 1TTPA 2EKCA 5DELA 1TPUA 4JTUA 1E51A 4FNSA 3FKKA 4ADUA 4RJEA 4DO6A 4E0CA 5AHMA 4ML9A 4O1BA 3FFSA 4UFKA 3ZS4A 4CNOA 4JGDA 2V2CA 5DY2A 1OHLA 1QO2A 4BI7A 3DI0A 6ALDA 4KWWA 3MI3A 3UWUA 4HN4A 4P2VA 1JR1A 1N8FA 4JTLA 5J5RA 5SWUA 3G1DA 1T99A 5C54A 2C15A 1MEWA 3PBYA 6TIMA 3GDLA 5DBUA 3EX4A 4A3UA 1BEUA 3UNDA 4L4MA 2QAFA 3KX6A 5IBXA 3RNDA 4M6QA 3UY8A 4N02A 4JY8A 3TIMA 4XWUA 2C19A 3W1UA 3PAJA 4BK9A 2NWRA 4MLJA 3TU9A 2TPSA 1L9WA 2J9ZA 3LI1A 3NPXA 3W1RA 2RDUA 1TB3A 5HR7A 2ZZ3A 3ABQA 1JULA 4KKXA 3O1NA 3M7WA 3A5FA 3DFTA 3M5ZA 5D05A 3NQFA 4GJ1A 3E9AA 5DCBA 1TJRA 1FCVA 3NAVA 1CW2A 2P1FA 2Y7EA 5AFDA 3NQAA 2ZRWA 2DZPA 5F4WA 3TQ0A 1W3NA 5DY3A 1JCNA 3EX1A 4K36A 1A5CA 2Y61A 4O19A 1KFLA 2X30A 4GXMA 4A22A 2ZQ0A 2ALDA 4XKYB 4AWTA 4LTSA 2GUUA 4FXSA 3EX2A 5LNVA 2AAMA 3G3DA 1TRIA 1PIIA 3SW6A 1FWRA 2VELA 5CPNA 3W1QA 4J9JA 2VFDA 2PRMA 1ZFJA 3LDVA 4X9SA 1K8YA 1TPC1 3HJZA 3UZJA 5AHFA 2H6RA 3FJLA 4P61A 3LHUA 3BV4A 4Q33A 1OVDA 2DZUA 4O8RA 2Y85A 1J5TA 2V0TA 4LVDA 3UWZA 3TSDA 3W1PA 3CQ0A 1OYAA 4FXRA 3O06A 3W71A 4FEZA 2YGYA 1W37A 5HWJA 1R2TA 1SW3A 4Z1DA 3NYZA 5AHIA 3UY7A 3LM7A 5AC6A 4YMZA 1B9BA 4MKNA 4YLWA 5EY5A 3LBCA 4O18A 3SGUA 1OJXA 4M7TA 3LXBA 2E77A 5CSRA 3W83A 3HG5A 3MYPA 2O7SA 3G22A 3HGOA 1O4UA 1TREA 4JR5A 1B4EA 4UTIA 5CKSA 4UTHA 3HQ1A 2TMDA 3A21A 4K7VA 4DO5A 1A50A 3UQNA 5CZ0A 3WK0A 3BGGA 3G0XA 1JRCA 1EPXA 5D30A 3RU6A 3GDMA 3PB0A 3B0VC 3TXZA 3TMQA 3HB9A 2CFFA 4O14A 4BF9A 4FNUA 4IWWA 3GZ3A 2FDSA 5CPLA 1IIGA 1YDOA 5FF7A 3W1TA 1A53A 3C61A 2E6DA 4K38A 4ADSA 4OQVA 3PY2A 1F73A 3Q58A 2WO5A 4M6PA 4QM1A 2J9XA 4JTKA 5F4SA 1RZMA 4O4VA 4CCCA 4U28A 1TSIA 1M6JA 1SFJA 2VFFA 5EL1A 3QW4B 4UTWA 3OA3A 3O6YX 3C2VA 5LNSA 3W72A 3GR7A 5DLCA 4KFOA 3W2NA 3HPSA 2E68A 1SZFA 1GVSA 2R14A 2DZTA 3L0GA 2CZFA 4UIOA 2D73A 1RR2A 1I45A 3C56A 4LV4A 4TO8A 3G1AA 1GVQA 1IXOA 3WFAA 3PBVA 1B4KA 1Q3NA 1ZHAA 2G97A 1GG1A 4QIUA 1Z41A 3OBKA 2E5BA 3EX6A 4RV8A 4YL2A 5KITA 3LTYA 4O10A 1LP6A 3L0NA 1G67A 1OF8A 3JRKA 3L65A 2J88A 2A85A 3OG3A 3IVSA 1F6PA 1PL9A 2ISWA 1B57A 5I3HA 3VFLA 2V30A 3GAKA 1MXSA 3U2OA 2V81A 4NQ1A 3TX9A 2RDWA 3QPYA 1U83A 2DJXA 3NXFA 4K39A 3TW7A 3C52A 5G4WA 1KFJA 5DCDA 4NZFA 1P0KA 5K4XA 3GK0A 4NJKA 1QAPA 1ME8A 2EF9A 2YZRA 1KLYA 2F84A 5AHNA 5KSWA 2QCHA 3WK2A 3GNNA 3LCWA 2E6FA 2ZFAA 4QNWA 2XN0A 1KM5A 5AC8A 4NZJA 3UXDA 4PTNA 3TKFA 1ICPA 2BZNA 1M7PA 3KVLA 1EB3A 3W7IA 1JUEA 8TIMA 1UUMA 5BOOA 5IM51 2B7QA 3WJSA 4RZ4A 4S2CA 1U5JA 1MO0A 3KRUA 1TV8A 1WOBA 3HPXA 3TROA 3O16A 3GIYA 5TBOA 3P5ZA 5CZJA 5KMYA 1LBMA 5F4XA 1T96A 1H5YA 2BTMA 3GLCA 3EWXA 3DZ1A 2WQPA 1QOQA 1VQTA 1GVRA 4IOTA 3BLEA 5D2TA 1NAL1 2Y6ZA 1QPRA 1VLIA 4BR1A 2C14A 3UWVA 3OHIA 3L5LA 3LI0A 3U8GA 4JS3A 4JTGA 3F1QA 5F2GA 3W7EA 5C6MA 3W2MA 1EIXA 5HUOA 2E09A 1KFEA 2VEMA 4S1FA 3DAQA 1GEQA 2LLEA 5K9DA 3W84A 4UNKA 5U7SA 1OFRA 2V9DA 3W7LA 3WK1A 4FX6M 2C13A 5D32A 3B05A 3W1AA 4RR4A 3EWYA 3OVPA 3KAOA 3LLDA 1EP2A 1W3IA 3GYEA 4HHPA 2C16A 2X1UA 4I7VA 4UMAA 4JY9A 3C3NA 3CC1A 2YXGA 1W56A 4N9EA 3NQ7A 2QCMA 4XUGA 4Z08A 3G1YA 3L67A 3NL3A 5E1QA 5AB3A 1AW2A 1TPWA 4UMCA 3W23A 3MO7A 4ORMA 2GJLA 1W5NA 3G1FA 4IGHA 3T55A 3PWAA 1OFOA 4ZQNA 1DVJA 3G0SA 3P74A 1XI3A 3LRLA 4NVTA 3LBMA 3I7SA 1LRTA 4O13A 2V2DA 4MFDA 3TH6A 1BWKA 1VHCA 1PE1A 3LCFA 3S5OA 1ZJIA 3VNDA 1TQJA 1YXDA 3TJXA 1VRDA 3CLMA 3P7YA 5FESA 3MI6A 2BSLA 5U4NA 2JK2A 4Y8FA 4OWGA 1ZENA 3W70A 5FF0A 2YFNA 4UNLA 4AHPA 1OABA 3PS7A 2RFGA 3LCIA 2WOQA 2VEKA 2B4GA 5HWNA 4LRSA 3QFEA 2QCNA 3MHGA 4FIQA 1THFD 3ATYA 2B7NA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3HFT A;  4AH7 A;  4HHL A;  4L6D A;  3GBE A;  3O6D A;  5C7H A;  1RPK A;  3ZWT A;  2O9P A;  2PGF A;  4CNT A;  2YSW A;  3P8J A;  5AVN A;  1H0I A;  3E0V A;  2R1K A;  2EGZ A;  3A9B A;  3TZN A;  1RXO B;  5LNU A;  1QBA A;  2YYT A;  1E1C B;  4LB4 A;  4L4O A;  5IDZ A;  4YWS A;  1IHI A;  1EDT A;  5D2V A;  1UCW A;  2EG7 A;  1QNO A;  2D24 A;  4A35 A;  4M29 A;  4K1W A;  1DWH M;  3ANV A;  3N2O A;  1BWV A;  1HGW A;  4MB5 A;  4RW3 A;  3LV5 A;  3B0Y A;  3KP0 A;  3P67 A;  4YS1 A;  3JS3 A;  1UAS A;  3J7H A;  2BNJ A;  4BHY A;  2OSX A;  3MP3 A;  4IIB A;  3W25 A;  4AB4 A;  1UPM B;  3N17 A;  4DJD A;  3BUV A;  3BK0 A;  3V35 A;  2J25 A;  3ARS A;  3FAX A;  4AG0 A;  3VX0 A;  2XVG A;  1A80 A;  3A4W A;  1IR2 A;  2HMC A;  1FDY A;  3ITX A;  4LW7 A;  3SUS A;  3WD2 A;  3FJ4 A;  1Q6F A;  5CG7 A;  4QJ4 B;  2YCE A;  1B3W A;  1PV8 A;  2XIS A;  2A3L A;  2YDR A;  3RM9 A;  5IHR A;  3UWW A;  3VIO A;  4JKK A;  4DEL A;  3N3M A;  3QGV A;  3QFW A;  5K9C A;  1UR4 A;  2GDV A;  1UC4 A;  1FDZ A;  3PZN A;  3BVJ A;  3U9I A;  3S9I A;  3ANY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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