3GDRA

Crystal structure of the d91n mutant of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from saccharomyces cerevisiae
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
260
structure length
260
Chain Sequence
KATYKERAATHPSPVAAKLFNIMHEKQTNLCASLDVRTTKELLELVEALGPKICLLKTHVDILTDFSMEGTVKPLKALSAKYNFLLFENRKFADIGNTVKLQYSAGVYRIAEWADITNAHGVVGPGIVSGLKQAAEEVTKEPRGLLMLAELSCKGSLATGEYTKGTVDIAKSDKDFVIGFIAQRDMGGRDEGYDWLIMTPGVGLDDKGDALGQQYRTVDDVVSTGSDIIIVGRGLFAKGRDAKVEGERYRKAGWEAYLRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 102
structure length 260
sequence length 260
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2009-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3gdrA00
1VQTA 2A0NA 1FXPA 3W9ZA 2PCQA 4JTGA 1FCBA 5CKSA 3P61A 3WK2A 1NVMA 2VFHA 1BWLA 4RZ6A 5F2IA 4EF9A 4NZJA 1FQ0A 3GKAA 3BLFA 1YDVA 5D2XA 4K7YA 1W1ZA 1OJXA 4WX2A 5KSWA 5HNRA 3L67A 1OYCA 1PIIA 3LTSA 4NNBA 4QISA 1ZY9A 3LCGA 5FF3A 4IX0A 1BWKA 3ATYA 3ZR4A 5F2LA 3RLVA 3QC3A 1H61A 2ISSA 2VFIA 1HG3A 4I7UA 4DBDA 5F2GA 1ME9A 1KM1A 5HWMA 4GUGA 2Y7GA 3EWXA 4U4MA 2DZTA 1TV7A 5CPLA 2VC6A 1FCVA 1Q6QA 2BXVA 3L0GA 3NQGA 2V30A 4HIBA 4UTTC 4JICA 3B0PA 3PAJA 4UTUA 2P1FA 3M5XA 1EWDA 1B57A 1ICSA 2CLHA 1A5SA 4Z0SA 1SZGA 1SFLA 4PA8A 1C9DA 3CHVA 4CCDA 4C1KA 2QJGA 1QDSA 2FTPA 3GK0A 4AMAA 4N2YA 4Q4KA 3MWAA 4NX5A 1H63A 1W5NA 3S8HA 5KZEA 1FWSA 3O6CA 4FX6M 3PG8A 2Y61A 3FS2A 4UFLA 2VFEA 4CCCA 2VFDA 4H6KA 3W7IA 4XZ9A 4H4IA 1ZFJA 3A21A 3VFLA 1HTIA 4RXGA 3TR2A 5IM51 2HMCA 3W7QA 2C0AA 6TIMA 2E6FA 1TCDA 4K8EA 4N4PA 5C2XA 4UMAA 1XL9A 1I2PA 2DZUA 1YXYA 1UUMA 1XUUA 1YPIA 3DFTA 3T55A 2B7OA 3W7PA 2FDSA 5CG7A 1F7BA 1W3IA 1GJPA 3TUUA 4NJIA 2Q8ZA 1SUXA 2ZRZA 1H7OA 3IVUA 5FF7A 3GXPA 1ME8A 1H7WA 1EP3A 2VKZG 4E2DA 5EBUA 3PB0A 4DQWA 3O06A 4LY8A 3N2MA 4XQ6A 4XWUA 4A29A 1O95A 2QCDA 3PC0A 4PODA 3LHZA 3W7DA 5F1VA 4JR5A 3L0NA 2YR1A 3C61A 1JCMP 2WPBA 3WJXA 3TFXA 2Y7FA 2J9ZA 1PE1A 3C0JA 2V8ZA 5AFDA 1W5MA 1KFBA 3G1DA 2FLIA 3R5EA 4HNUA 4O1DA 3O05A 3BG9A 1L9WA 2TMDA 3LI0A 1KM6A 3CLMA 1HUVA 2E6DA 4UFJA 2YPIA 3EXTA 3LXBA 4TMCA 2YW3A 5HWNA 5LNWA 3TNOA 5DXYA 1TO3A 1LTDA 3STEA 4JTLA 5C5YA 2QCGA 3S42A 1TJPA 1BKSA 4IMFA 4AWUA 4GUHA 4QIUA 3N9RA 3W1RA 4NVTA 4XBSA 1QMLA 2P10A 4XUGA 1OX5A 2H8ZA 1MEIA 3GNDA 7TIMA 1DQWA 2VEMA 1VYPX 1KFKA 2RDWA 5HULA 1P1XA 3AJXA 4DBEA 4IGHA 2YYTA 4FIQA 4DELA 2CLIA 4RZ5A 4JYFA 4GUIA 1GG1A 3HGRA 5FEWA 3DFPA 3W7GA 2WKJA 4IXHA 4IOTA 1H7NA 3L66A 4YL2A 3G8EA 1S5WA 3HQ1A 3MW7A 1XC4A 4JXCA 4NZFA 1TTQA 1GTHA 4PC8A 3FKKA 3EXSA 5LZLA 4TIMA 1ZENA 1O94A 3DKJA 4FX7A 3P80A 3LCHA 3I7SA 4BWLC 3I7QA 3WJSA 1YTDA 1OVDA 3KVJA 2BWGA 3EKLA 3STCA 1A53A 4UCGA 2XN2A 4MJZA 3ABRA 3EWYA 1FWRA 2Y62A 3LXAA 3HG2A 4K38A 3L2IA 4GUJA 5ABTA 3PF3A 1RV8A 2J9XA 2XN0A 3W2MA 2GVJA 1TREA 3HG5A 4MVAA 4PFMA 1SU5A 1UUOA 3W1MA 3W2NA 3LOTA 3HPSA 3EEGA 1QPRA 2Q8LA 5G2HA 4R53A 1IXOA 3GDKA 4HNVA 1LOQA 1VH7A 3SECA 1TPDA 3W1XA 1H1ZA 2CZEA 1JCXA 4RJEA 3FLUA 3E02A 4LV9A 3EB2A 1JCLA 2DORA 1WQ5A 2VFFA 1K7FA 3GLCA 3M43A 4ZMGA 1ADOA 3A5VA 3TQ0A 4JNMA 3SGUA 1JCYA 2CLEA 2E5DA 3W2KA 3DH7A 3FOKA 3NM3A 1HFBA 4NU7A 3MHFA 3OA3A 4O52A 4ZQOA 3O6DA 3LHWA 1TTJA 1GVRA 2GVGA 3UYCA 3QMTA 1J4EA 1H62A 4UTTA 1I2NA 3TC7A 1H7XA 2CLMA 3GDRA 4FHAA 4IWWA 3NPUA 4O1CA 5D32A 4DEFA 5G1TA 4NJGA 4KFNA 5EMUA 4K37A 3NQ8A 1MEHA 3BLEA 4Y6GA 4JTUA 2HS8A 3MYOA 3EX2A 5DY3A 5D37A 3P82A 4WOZA 4LC6A 3SR7A 1DOSA 2CLOA 3EX1A 5D03A 2ZRUA 5DBTA 4JS3A 5DN1A 1NF0A 1W3NA 4XTDA 5HR7A 3DKLA 3TSBA 2C14A 3W2LA 5TBOA 2QR6A 3G18A 5TIMA 2Q3RA 1ALDA 3UWQA 3PVFA 4XKYB 1HO1A 3M7WA 3A9IA 4O10A 4OU1A 3N34A 3FEMA 3BG3A 5H2ZA 3UNDA 3S9YA 3MJYA 4A21A 3C2RA 3T40A 1W54A 3IGXA 4X2RA 2NWSA 5CPNA 1JUEA 4E0CA 3EX3A 1A5CA 5DY2A 3S6DA 4MLRA 2AGKA 3FJ6A 5J5RA 1SZEA 1SO6A 5EL1A 1P5BA 3ZFHA 3NL5A 3RNDA 1E51A 4GE8A 5AC6A 1N55A 2Y70A 4JTTA 2PRLA 4Y9AA 1KLYA 4QQ3A 1FDZA 2W6RA 1WDWA 4O0ZA 4QJ1A 2C19A 4OGZA 4AVFA 3OEXA 3S5ZA 1OABA 1GWJA 1VS1A 1RZMA 4HPXA 5A5WA 3OVRA 1KTBA 3UPWA 1ZALA 3HBLA 1YTKA 2DU2A 3TROA 2CLFA 1XXXA 1F2JA 1JJKA 3W6YA 2CLLA 1MEWA 1K8YA 4AB4A 2V5LA 5HMSA 5K7JA 1FXQA 4WXYA 5G1YA 4PH6A 3M44A 3QFEA 1QCWA 4OQVA 1LORA 1LLZA 3QYQA 3Q58A 1VRDA 3GIYA 1IGSA 3B0UX 3FJLA 3CC1A 3W7MA 5D09A 1EA0A 1UASA 1KFCA 3W1UA 4DO4A 2TRSA 3MHGA 3DXIA 3LXCA 1H1YA 3FYPA 1I45A 1MSSA 2ZYFA 1DQXA 1Y0EA 1GVFA 4MY8A 4LW7A 1OFBA 3QW4B 4KKXA 4UMBA 4H3DA 3W74A 1DKWA 4UTLA 1O4UA 5BRBA 2Y88A 4DXVA 3PR2A 4MLJA 2NXHA 2YXGA 3G1HA 3TA6A 3THAA 5U4NA 2V9DA 3CEUA 3QQ1A 5FEPA 2V5BA 2A6LA 3TDFA 5K3VA 1IXNA 4I7WA 3LBMA 3NPXA 3FIGA 2Y89A 4Z1AA 5D30A 3NL2A 1LROA 4N9DA 3UQNA 1EUNA 1OF6A 1Q3NA 1AW5A 3PY2A 3W7LA 4UFMA 3PM6A 3RFAA 4O11A 2EF9A 2A2IA 3M0ZA 3G24A 3GR8A 4M19A 4FNUA 4EVZA 5IBXC 2E5BA 1W0MA 3IGUA 2C6QA 1XBZA 3ELFA 3BW2A 2ATSA 3EXRA 4XBKA 5KMYA 4LVAA 1I4NA 1VR6A 3EX6A 3BVJA 3IIPA 4ZVJA 2Q3OA 1G4EA 2RFGA 3WJYA 3G1XA 3NL6A 4AHOA 1YYAA 2QAPA 1GVQA 5CZ0A 3KX6A 4LS0A 3BG5A 3W76A 5LGXA 3LX9A 5LNRA 1SR9A 3IIOA 1OFOA 1F05A 3NM1A 2Y6ZA 4FF7A 3LI1A 4JTKA 5LNSA 5FI8A 2QCLA 4UFHA 3TC6A 4MZYA 3IGSA 4Q32A 2WV8A 4UTWC 4AAJA 1XBXA 3PSVA 3EWZA 4IMGA 2ZA2A 2BZNA 2X1SA 2C1HA 3N9SA 3NVTA 1LRTA 2YDAA 5L9FA 1D9EA 2EGZA 4ZQPA 3F03K 1PHQA 1X8FA 2CZ5A 3NDOA 2ZZ6A 3MP3A 3W70A 1ONRA 1H50A 3U8GA 4WY0B 2HSAA 2JKAA 3MO7A 3QQ0A 3HG4A 2B7NA 4LVGA 4MZ8A 1G4TA 1VZWA 3A5FA 2YYUA 3N2XA 4Y96A 3ABOA 3LTPA 1TIMA 1ZJIA 3JS3A 5HWJA 1JRBA 1I8JA 3B8DA 3JRKA 1X1OA 2WNQA 3IIZA 4N9BA 4KWVA 2YX0A 2GUUA 3ZWTA 3NOEA 3P7YA 4P2VA 1XKYA 1JCNA 4UFIA 1DL3A 3NQFA 1ZAJA 1VCFA 1S5TA 5CPMA 3QMSA 2ZDRA 3A24A 3F4WA 4Z1DA 3TIMA 4TX9A 3R2GA 3HPXA 1TJRA 4O4VA 1DHPA 3P84A 3OG3A 1FX6A 3EWWA 3W88A 4BI5A 3MI2A 5GVJA 2DZPA 1QPOA 3OBKA 4DF2A 2ZZ5A 3B4UA 3U6WA 4S1FA 1DJQA 4MJMA 2JK2A 4HHPA 4S2CA 2NUYA 2A1YA 1W5QA 1P0KA 1LCOA 3LBCA 1DV7A 2RH9A 3KOFA 1NSJA 4JYDA 1TPB1 3R8RA 2QCEA 3LM7A 3HGJA 1TB3A 4NNAA 4TU1A 4M7SA 3EWUA 1SSGA 3DBPA 1X1ZA 2R14A 1H5YA 2QCNA 3KVKA 2X1UA 4FB7A 2ISWA 3LRKA 5G2IA 2FIQA 2YSWA 5AC7A 1SO4A 3SJ3A 4JX4A 2R94A 5E93A 3DENA 4EWND 4RX0A 2DP3A 1WA3A 1OYBA 1VLWA 3CPRA 4LS1A 5D04C 3DHFA 3UXDA 3W3OA 2QUTA 3NL3A 2ALDA 1W3TA 3DFNA 3CWNA 2QJIA 3IEBA 3M5VA 4MOZA 4N6EA 1L6SA 4ALDA 1P0NA 3NA8A 4CQAA 1JQXA 1WV2A 3P8JA 5FF0A 3SZ8A 3BK0A 5EY5A 4Z0JA 2ABAA 1FDYA 1KM3A 1PV8A 3WK3A 3LHVA 1LBLA 1DORA 4UUIA 4LVBA 4DF0A 3FKRA 3GYEA 5G4WA 4ZQNA 1TPWA 2ZTJA 2BX7A 1ME7A 4FIRA 3OIXA 4FO4A 3OHIA 4K8HA 1ZAHA 2H3DA 4ADUA 4MY9A 3GNNA 3SSJA 5FESA 4ZZ9A 5E1QA 1TPVA 3W7JA 4HT3A 4JTHA 1GTEA 1RQEA 3TQKA 5J5DA 2CWNA 2B7QA 3F4NA 2E6AA 2OJPA 3U2OA 3LCLA 3HG3A 4O17A 2A5HA 4TR9A 3KVMA 2VXNA 3BGJA 3MP5A 1RVGA 3CIWA 4UTMA 4CNPA 4OV4A 1EUAA 5CZJA 3HF3A 3E49A 2G96A 2XN1A 3VNDA 4A2SA 4ZQRA 4N02A 1K8ZA 1X7FA 3UY7A 3L5AA 3E96A 2R91A 1YPFA 4A2RA 3KFTA 1J5TA 2QCHA 1OX4B 3D0CA 4RKAA 5IBXA 1GYLA 4GRSA 2B4GA 3KRZA 5L6UA 3UWVA 3HB9A 4N6FA 1FBAA 3DHDA 3O07A 2X30A 1GVOA 3TW7A 2C15A 3O8AA 5D2YA 3G1FA 1DVJA 3H53A 3CM4A 2E1DA 1QFEA 4A3UA 1K7XA 1SPQA 3NPVA 3TFCA 1RQHA 2B7PA 3DFQA 3NQEA 1W5PA 5F4SA 3P81A 3T44A 3MYPA 1OHLA 2QCFA 1XDMA 2WJZA 5LSMA 4O1BA 2Z2UA 2TSYA 2WNNA 3LV6A 3E0IA 5HR6A 4NXKA 1TPH1 3R89A 1AG1O 2ZZ2A 4M6QA 3VCRA 3IIXA 4O53A 4O19A 4UR7A 2ZTKA 2CW6A 3BW4A 4UTWA 4KFPA 4O16A 2DJLA 2ZZ4A 4UNLA 3R13A 1VHCA 4GUFA 4O0KA 3GDTA 5I3HA 4MKNA 3NGJA 3UZ5A 5FEZA 1VYSX 3GX9A 6ALDA 4ZQCA 3M16A 1WOBA 4FNRA 1YTEA 3GB6A 2E5CA 4NNCA 3CB8A 1GT8A 3RK8A 3QPYA 1F73A 1AW1A 4MYAA 3ZS4A 5F2MA 1L6WA 1YXDA 3Q94A 5FF4A 3E12A 3RMJA 3ZWSA 2EHHA 3BGGA 1V7YA 4JTSA 1KM4A 1OG0A 3QPZA 2QDHA 4QITA 2XFWA 4MZ1A 3W86A 1QPNA 3TAKA 4AHQA 3JR2A 1TMHA 2ZRXA 3NQ6A 1XCFA 3GAYA 3H54A 4ORIA 1QWGA 3CWOX 1D3HA 1QAPA 3TU9A 1TRIA 1UBSA 3KAOA 3QM3A 4AF0B 1KFJA 4JEQA 1DBTA 1TPC1 2FB3A 4LUJA 1AMKA 1QNVA 2X1RA 3TJLA 2C18A 3N14A 1A50A 4S2BA 5HQEA 1C29A 1PL9A 4LRSA 1OX6A 1EP1A 1KA9F 5LKYA 2F84A 2YFOA 2ZZ3A 5AC8A 5D2WA 3Q37A 1L6YA 4M6PA 3UY8A 1GZGA 4J9JA 3MMTA 2VENA 5D2VA 3ANYA 2V2HA 1Z42A 5E0KA 5F4WA 3W87A 3PBVA 2V2DA 4XKYA 3O16A 4AWSA 3CTLA 4O18A 3M5ZA 5AHEA 1HL2A 2KZHA 5D05A 5KZDA 1RR2A 3PUOA 1UJPA 3FYOA 3PSWA 5BMXA 4JY9A 2QDGA 3G22A 2GPTA 4MFEA 2D73A 4O14A 3G8RA 4R34A 3C2VA 4Z1BA 4AWTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4QRO A;  3ARV A;  4INF A;  1FXP A;  4JKL A;  4TVD A;  1MRA A;  1QHP A;  3RME A;  3WUE A;  1D2K A;  3WK2 A;  1NVM A;  4DI8 A;  5F2I A;  5A8Q A;  3GKA A;  2G41 A;  1YDV A;  3AHX A;  1W1Z A;  1OJX A;  4WX2 A;  2OTD A;  4NNB A;  1S2U A;  1DPM A;  4IX0 A;  5CC3 A;  1RY8 A;  2YKK A;  2ISS A;  1CCW B;  4I7U A;  3QXB A;  3PNU A;  3T05 A;  3H6O A;  4GUG A;  3KUM A;  1QBB A;  3CZL A;  5CPL A;  5LYR A;  3KBJ A;  1TWI A;  1Y65 A;  1Q6C A;  1NDV A;  2V30 A;  2XM2 A;  1I75 A;  3GZA A;  3UU0 A;  1HL8 A;  3MC5 A;  1E71 M;  3PAJ A;  3P2V A;  2P1F A;  1NDY A;  3M5X A;  4HK7 A;  3HU7 A;  1B0I A;  1HKI A;  3CO4 A;  1SFL A;  1C9D A;  4CCD A;  1OIN A;  1QDS A;  3WZ0 E;  4LH8 A;  4AMA A;  4N2Y A;  5E9A A;  3MWA A;  1H63 A;  2YL9 A;  1W5N A;  3WLN A;  4FX6 M;  4FOJ A;  4KGL A;  4N42 A;  2OOG A;  3ITC A;  3OGV A;  2G37 A;  1JF6 A;  3T1G A;  1ZZM A;  4H4I A;  1GVY A;  3OQE A;  1HTI A;  4RXG A;  3W7Q A;  3FHA A;  1QOX A;  6TIM A;  1TCD A;  4K8E A;  2Y5E A;  4ML4 A;  4N4P A;  4W85 A;  3GD6 A;  1PZ0 A;  2AL2 B;  5H1W A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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